一转眼，六个星期过去了。感谢Root，所有人都有了一个假身份和一份固定的（正式的或非正式的）工作。Reese每天穿着西装去上班，Shaw当起了百货公司售货员，Fusco仍然可以安心地在纽约警署工作（并非Samaritan忽视他，而是它的触手暂时无法抵达纽约警署）。只有Finch无所事事，不是下棋就是遛狗。

尽管Finch一再坚称自己不愿再帮助机器指认的「可疑对象」，但新的「可疑对象」还是引起了他的兴趣。这名「可疑对象」是一个聪明的大学生，正在参加一场神秘而极其危险的「寻宝游戏」（scavenger hunt）。

Finch让Fusco紧盯最新的可疑对象——一个职业「社交助手」（Professional Wingman，当你初次约会或在社交场合与人搭讪的时候，这种人会以朋友的名义在一旁帮你说话，为你塑造出一个高超的形象）。Fusco很快发现，如何与女人打交道并非他最需要担心的事情……与此同时，机器派遣Finch和Root执行一项神秘的任务。Reese必须想办法在自己新的「日常工作」中「按规矩办事」。

Reese负责保护的一对兄妹成为一宗黑帮案件的调查对象，他在纽约警署的「侦探」工作变得复杂起来，他的卧底身份也受到影响。

机器提供了一名才华横溢的政治民调专家的号码，而此人通常都很准确的预测偏偏在这个时候出错了……Finch不禁怀疑这两件事之间可能存在某种关联。与此同时，Reese没有执行Moreno警长的直接命令。

一名为人低调的办公室职员稀里糊涂地卷入了一起危险的阴谋，因为他喜欢在夜里假扮“侦探”。当Reese、Shaw和Fusco全力保护他时，Finch则前往香港参加学术活动。他不能冒险暴露自己的真实身份，所以他必须把假身份“坚持到底”。

为了严密监视最新的可疑对象，Shaw加入一个国际盗窃团伙，但是一系列出人意料的变化导致她面临被Samaritan发现的危险。与此同时，Finch和Root共同执行一项危险的破坏任务。 Finch准备找Root谈论Samaritan「用不民主的方式选择州长」的问题，结果却发现Root有了一份新工作……保姆？！Root自我解嘲地说：「如果那些家长知道我杀过多少人，他们会怎么想？」

Reese志愿到纽约警署的一所警察学校担任教官，以便密切监视一名有天赋的年轻女警。她的行为十分可疑，令Reese不能不怀疑她的真实动机。与此同时，Martine根据Samaritan提供的情报追踪机器团队的一名成员。

Elias成为野心勃勃的兄弟会（Brotherhood）领袖Dominic要对付的目标，Reese和Finch被迫卷入城中帮派之间的权力争夺战。与此同时，Root和Shaw对于如何应对来自Samaritan的新威胁各执己见。

为了证明自己的强大力量并逼迫躲藏起来的机器现身，Samaritan在整整一天时间内「消除」了这座城市的犯罪。

机器拒绝向「上帝」Samaritan臣服，Greer气急败坏。Samaritan对证券交易所发动大规模网络攻击，机器团队别无选择，只能启动一项近乎自杀的任务来阻止全球经济灾难的发生。此时Shaw的身份已经暴露，Samaritan随时都能监视她的一举一动，这使得任务变得更加困难。

Control（Camryn Manheim）负责为政府监督「相关数字」的处理过程，但是在此过程中，她开始质疑Samaritan的方法和动机。与此同时，一对侠客在东北部地区肆意妄为的报道不断出现，令人不能不产生警觉。

机器安排Finch以陪审团员的身份参与一宗谋杀案的庭审，Finch怀疑另一名陪审团员试图操纵整个诉讼过程。与此同时，Reese渐渐向部门内部的心理专家打开了话匣子。

一名软件程序员因某种神秘原因重获新生，Reese必须暗中保护她，但他并不清楚她所面临的威胁来自她生活中的哪个部分。与此同时，Finch试图保护年轻黑客Claire免遭Samaritan毒手，谁料到Claire竟主动向Finch求援。

Reese和Finch必须保护聪明绝顶的街头骗子Harper——这个女孩计划从一家医用大麻药店盗取现金，但她遇到了大麻烦。

一名心理学家试图用非正统的方式来帮助病人获得解脱，但这会让他付出高昂的代价，Reese与Finch决定对他进行保护。与此同时，回忆情节揭示了Finch最好的朋友当年被炸死之后Finch脆弱的精神状态。

Flint和Bridges合作的非常愉快，同时Harold约好Bridges在咖啡店见面叙旧。Irish和Riley相互寒暄彼此的近况并表示两个人一定要聊聊治疗会的事情，并且Riley意识到Irish一定有事情瞒着他。

Saul被指泄露公司机密而在电视上被曝光，saul一夜之间声名狼藉。Saul为了给自己讨回声誉发起了绝地反击，而这一切计划都被监控着。

Reese一行在执行监视任务期间，John坦言自己在凶杀组经常和自己打交道的都是死人，John总结他们这些被监视人的特点就是谁都不知道有事儿找上门了。

多米尼克和以利亚两个黑社会老大狠了心要干掉彼此，不知道有多少无辜者会被卷入他们的交火。Reese和Finch想办法要组织这场战争。

全国四分之一的电力供应被入侵，机器很快就会完全失去权限。Greer对此很是满意。 “修正计划”即将实施。与此同时，Finch等人紧张地执行任务，努力寻找机器。而Harold在袭击来临之时也不忘保护他的机器。Greer却表示他要发动的并非袭击，而是忠诚测试，以一种胜利者的姿态展现在对手面前。