"Avalon Part 1" 阿瓦隆（上）  在O'Neill升职后，SGC迎来一位新领导人Hank Landry将军以及SG1新领队Cameron Mitchell中校。太空女贼Vala向Daniel Jackson寻求帮助，以期找到古老的古人财宝。由于Vala耍了点诡计，Daniel只好帮忙，他们开始寻找传说中亚瑟王的乐岛——阿瓦隆。

"Avalon Part 2" 阿瓦隆（下）  在阿瓦隆的洞穴中，小队面对着几个来自Merlin的考验，以证明他们的能力。最终他们得到了很多古人的宝物，而Daniel和Vala还激活了其中一个新发现的古人装置，思想被传送到了遥远的星系，那里似乎是古人的起源地。

"Origin" 起源  在那个遥远星系中，Daniel和Vala发现一种传教士，他们把一种称为“Ori”的种族作为神。他们也见到了他们，一种类似于火焰墙的升天体。Prior从Ori获得高超的能力，不停向其他星球传教，同时不允许不信仰的人存在，必须清除。Prior还第一次光临了SGC，并以自焚结束。

"The Ties That Bind" 约束  Daniel被任性的Vala利用一个外星装置把他们俩“绑”在一起，无法解除否则有生命危险。他们带着古人的装置去了一个又一个地方以期和一个知情人交换解除的方法，最后却发现其实可以自动解除。最后他们把古人的装置扔入了星门涌浪中。

"The Powers That Be" 较量  Vala回到一个星球，在哪里利用变成装置使自己成为一个Goa'uld“神”。但这时Prior也来了。Vala让居民们不信Ori，但Prior随即发动一场致命的瘟疫，Vala利用Goa'uld手镯加上SGC医疗小组也帮不上什么忙。最后居民们只好接受信仰，Prior治好了他们后扬长而去。

"Beachhead" 前阵  Landry将军把Carter从51区调了回来以帮忙解决新敌人Ori的问题。他们在一个自由Jaffa星球遭遇了Prior。SG1打算利用核弹对付他，但没有凑效反而扩大了他的能量波。原来他打算做一个巨型星门以让Ori舰队通过用来向整个银河系施威。紧急关头Vala破坏了星门虫洞的建立，而她自己也失踪了。

"Ex Deus Machina" 冲突  星际罪犯Ba'al居然躲在地球上，还成为了一个名人。与此同时地球和Jaffa的关系也因此紧张起来。Ba'al声称要毁灭一座楼以威胁要俘虏他的人。最后SGC利用光传送技术使楼宇在地球外空爆炸。

"Babylon" 巴比伦  Teal'c听说反抗Goa'uld的Sodan战士依然存在。SG1造访了他们隐居的星球，没料到发展了战斗。Mitchell被Sodan战士俘虏而其他人则俘虏了一个Jaffa。同时Prior也来到了这里传教。Mitchell通过自己努力回到地球，SGC审问那个Jaffa无果后释放了他。

"Prototype" 原型  小队发现一个有着Anubis遗传记忆的变异人Khalek，他甚至拥有升天的能力。Daniel建议消灭他，但国际勘察员Woolsey却要留下他来，以期研究对付Ori的Prior的能力，以及SGC自身科技的发展。然而Khalek进化成一个超人差点逃掉，幸好SG1及时将其毁灭。

"The Fourth Horseman Part 1" 第四骑手（上） 自由Jaffa议会成员Gerak开始信奉“起源”，同一时间Ori的Prior留下在地球的致命瘟疫开始大范围蔓延。Teal'c开始游说其他Jaffa一起对抗Ori的信仰，这时Carter的老友Orlin来到地球帮助他们开发对付瘟疫的药物，但这个需要Prior的血做原料，Daniel和Mitchell带着可能使Prior能力失效的装置去Sodan的星球寻求证实。

"The Fourth Horseman Part 2" 第四骑手（下）  尽管用尽各种办法，瘟疫仍然不可治，继续在全球蔓延。Orlin的古人知识逐渐消失，伤亡人数越来越多。就在事情变得无法收拾之际，Teal'c成功说服Gerak，使其改变想法帮助地球消灭了瘟疫，同时他也为此牺牲了自己。

"Collateral Damage" 间接伤害  在一个外星上Mitchell中校被指控犯下谋杀罪名，SG1开始寻找背后的真相。原来这个行星正在研究一项记忆移植的科技，以期更好地发展自身。小队通过调查终于将案子水落石出，但最后却是一个无奈的结果。

"Ripple Effect" 连锁反应  由于奇点效应，SGC成为多对平行现实的汇聚地，同时出现了多对SG1，他们还见到了很多逝去的熟人。“真的”SG1发现不是每对SG1都像他们这么谨慎就做事情的，有对SG1甚至为完成他们的任务破坏“真SG1”的计划。“真SG1”只好用别的办法解决这个难题。

"Ethon" 政见 Tegalus行星的Jared Kane希望Daniel前去解决Rand Protectorate和Caledonian Federation一触即发的战争，原来Rand已经获得Ori帮忙建造的超级卫星武器打算对付Caledonian。Daniel发挥外交才能劝说Rand的总统，同时其余队员乘Prometheus前往意图击毁卫星武器。但是事情终于还是无法挽回，Prometheus被卫星击毁，对立双方还是开始了战争。

"Off The Grid" 变数  SG1前往调查一种瘾性谷物kassa，没料到在撤退时发现星门突然消失了，被迫成为了俘虏。幸好紧急关头Odyssey赶到救走了他们。经过调查发现原来是Ba'al偷走了星门，意图组建自己的星门网络。好不容易发现星门在Ba'al的母舰上，就将尽数取回时Lucian联盟来到，Odyssey被夹在了中间。SG1在最后一刻终于逃离，Ba'al的母舰被Lucian联盟打成了碎片。

"The Scourge" 鞭笞  五角大楼令SG1护送几个IOA官员参观外星基地Gamma区。在Gamma，一种怀疑为Prior所造的外星虫子在吃了肉末后迅速繁殖，众人只好一路撤退到一个石洞中，而基地就此自毁。在度过一段惊恐的时间后终于等来了Odyssey将他们接回去。

"Arthur's Mantle" 亚瑟王的斗篷  Mitchell和Carter被一个古人装置送到了另一维，Carter寻求Danniel的帮忙，而Mithell则打算去帮Teal'c的忙，对付一个混灭了整个Sodan家园，有着同样隐身效应的Volnek。原来他已经被Prior转化为一个有着高超能力的毁灭者。最后他们合作打败了Volnek，而Daniel他们发现Merlin装置里面写着有关消灭升天态生命的武器信息。

"Crusade" 十字军 利用古人的通讯装置，Vala来到SGC讲述她被传送到Ori星系后的遭遇。她已经结了婚并且神秘怀孕了。原来Ori已经组建了一支军队准备前往银河系以惩罚那些不信仰他们的星球。SG1推测另一个超级星门已经建成。与此同时俄罗斯以获得一艘X-304的条件让美国继续使用其星门。

"Camelot" 入侵  SG1前往一个名为Camelot（亚瑟王的宫殿）的中世纪村子寻找Merlin的武器。在那里他们发现线索在Merlin的图书馆。在击败“黑武士”后他们了解到武器的关键在于一样名为“圣杯”的东西，而这东西已经不知去向。这时所有人都聚集在超级星门星域中，想尽方法阻止Ori舰队的来临。但是超级虫洞形成，Ori几艘大舰跃出，双方即时展开战斗。可惜银河系的船只比起Ori舰队等级差太远了，不同的船陆续被毁，包括俄罗斯星舰Korolev。而Ori大舰却毫发无伤，开始进军银河系。