童话世界菲利普王子吻醒了被魔咒束缚的奥萝拉公主，两人准备开始幸福的生活。另一边，白雪和王子回到小镇，两人见到了艾玛、亨利还有七个小矮人。小镇上出现魔法，艾玛觉得与戈登有关。小镇居民找瑞金娜算账，艾玛等人急忙前去阻止。戈登暗中使用黑魔法，他召唤出了怪物。贝尔发现戈登欺骗自己，她伤心的离开了。菲利普为了保护奥萝拉而惨遭摄魂，与此同时艾玛母女掉入黑洞之中。

小矮人们通过鼻涕虫跨出童话镇的边界的结果判断出只要跨出童话镇就会再次失去记忆，童话镇中的人们处于慌乱中。瑞金娜想到了母亲的魔法书能帮助自己恢复魔法，在瑞金娜的威胁下戈登将魔法书交给了她。王子告诉童话镇的的人们只要自己活着就会保护大家的。王子从瑞金娜那得知魔法森林依旧存在，另一个世界里木兰和奥萝拉公主带着白雪母女来到她们的居住地。

另一个世界米拉厌倦了和朗姆在一起的生活，米拉跟着情人威廉船长离开，朗姆拥有了巫术后找威廉寻仇，结果米拉的语言激怒朗姆，朗姆气愤而将米拉杀死，但朗姆没有杀威廉，威廉决定为米拉报仇。童话镇中戈登耐心照顾着贝拉，贝拉被父亲欲送离镇边界，幸亏戈登及时发现用魔法将她带回。戈登告诉贝拉自己不能失去她，贝拉被打动。继而戈登在地下通道发现了一件曾经见过的东西。

白雪等人返回驻地，却发现士兵被科拉杀死。白雪等人却发现了唯一幸存的胡克船长，艾玛看穿胡克的阴谋，逼着他交代了一切。胡克告诉几人科拉要回童话镇的阴谋。瑞金娜晚驱车回家，曾经的爱人丹尼尔出现在自己面前，瑞金娜异常激动。现实世界中丹尼尔发疯似要杀亨利，幸亏瑞金娜和白马王子赶来将亨利救下。

白雪、艾玛、穆兰、奥罗拉公主和虎克船长找到巨人所看守的豆茎，为了寻找罗盘，艾玛和虎克爬上豆茎，与巨人打斗，然后艾玛将巨人陷在了巨人所设的铁框陷阱里面，并且免他一死。为了安全起见，艾玛将虎克露在了豆茎顶上。艾玛曾经为了生计偷车，遇见了亨瑞的父亲，亨瑞的父亲被通缉了，奥格斯格（匹诺曹）为了兑现她的承诺逼亨瑞的父亲离开了艾玛，然后艾玛代替她的亲爱的坐牢，并且发现自己怀孕了。

诅咒被解除后，露比要面对她二十八年后的第一次变身，斯宾塞（乔治王）为了从charming手中夺取storybook的权利，嫁祸露比变身后杀人，最终charming找到了证据，并帮露比发现了真正的自己。小红帽在和白雪公主逃亡中，为了保护白雪公主，俩人分开走，约定第二天在小溪旁会面。露比被她的妈妈找到了，并为了白雪公主误杀了她的妈妈。

在发现亨瑞每次进入梦境世界会受伤的情况后，charming毅然决然地准备代替亨瑞而接受睡眠咒进入梦境世界。而另一方面，艾玛一行人遭遇到科拉派出的僵尸军团。在混乱的战斗中，奥罗拉公主被抓走。于是白雪决定进入梦境世界。当charming与白雪在梦境世界相遇后，却发现无法碰到对方。而虎克船长放了被科拉抓走的奥罗拉公主。

由于，虎克船长挖掉了奥罗拉公主的心脏并将此献给了科拉。所以，科拉掌握了艾玛一行人所有的行踪，然后将她们关在了先前关Gold的监狱里并夺走了罗盘。另一方面，Gold怂恿瑞金娜，说艾玛一行人不可能打败科拉，而与她一起偷走魔力钻石并在童话镇这个世界入口处设置会杀死任何穿过入口的人的魔法。

戴维为艾玛以及白雪的归来开派对庆祝，瑞金娜出现，原来是白雪邀请她参加的。科拉来到童话镇，她变成瑞金娜将阿奇杀死。另一个世界里白雪阻止了王子要处死巫后的计划，无论王子如何规劝白雪也不改变主意。戴维等人认为是瑞金娜杀了阿奇，但是他们却找不到证据。戈登将小狗的记忆提取出来让艾玛看到瑞金娜杀死阿奇的全过程，艾玛等人将矛头指向瑞金娜。

戈登离开童话镇的试验药剂获得成功。阿奇的死给众人带来悲痛，众人在坟前为他念诵悼词。戈登因为离开童话镇的药剂研制成功而叫来贝拉一同分享幸福，戈登准备带着儿子的围巾去寻找儿子。贝拉被海盗虎克追杀。另一个世界里朗普斯金欲将虎克打死，贝拉阻止朗普斯金再次杀人。戈登带着围巾去寻找儿子，就在和贝拉分别时不幸发生了。

虎克将贝拉过童话镇边界而导致贝拉失忆，戈登生气将虎克打伤，艾玛等人及时赶到，却发现一辆开车闯入童话镇的男人晕倒。贝拉，虎克以及陌生男人被送入急救室。医生威尔为虎克和陌生男人治疗，但镇上的人害怕陌生人将自己的真实身份暴露而陷入两难。科拉来到了童话镇找到了女儿瑞金娜，但是瑞金娜却对她怀恨在心。戈登为尽快找回儿子而要带艾玛离开童话镇。

戈登为了寻找儿子，带着艾玛和亨利离开了童话镇。白雪唤醒被施咒的巨人，谁知醒来的安东怒打戴维，原来安东错把戴维当成了他的孪生哥哥詹姆斯。当年因安东轻信詹姆斯，结果导致家破人亡。受瑞金娜的挑唆，暂时恢复巨人身材的安东在小镇上肆意发泄。由于魔法突然失效，再次变回小矮人的安东被困在了洞中。看到戴维奋不顾身的伸手援救，释怀的安东终于拿出来豆茎。

艾玛在街头奋力追赶，结果抓到的人竟是尼尔，原来他就是戈登的儿子。尼尔坦白当年真相，因为身份遭识破，他才被迫陷害艾玛入狱。与此同时，为了打败戈登夺回亨利，瑞金娜与母亲联手寻找短剑的下落。戈登察觉艾玛有所隐瞒，忿然向其逼问真相。看到日思夜想的儿子终于现身，戈登欣喜若狂。就在众人争执不休之际，亨利无意中得知了自己的身世。

白雪生日到了，以前的仆人乔哈娜送来一顶漂亮的皇冠，白雪欣喜异常。白雪发现瑞金娜一直联合科拉寻找戈登的短剑。戈登遭到虎克的袭击，只有尼尔乘着海盗船回到童话镇才能找到救戈登的解药。戴维和白雪找到戈登短剑，科拉出现用乔哈娜的性命作为交换，白雪为救乔哈娜交出短剑，但是乔哈娜依旧未能免于遇难。

故事回到科拉年轻的时候，她是磨坊主的女儿因为受到国王的羞辱而与朗普斯金做交易才让自己死里逃生，并且与王子牵手走进婚姻殿堂。科拉决定用短剑将戈登杀死获得他的黑魔法，瑞金娜与科拉打开房间之门，与此同时，白雪从后门溜走取到科拉的心脏，并给心脏施咒。科拉见到了戈登，就在科拉要杀戈登时，瑞金娜将科拉的心脏送回，继而科拉死去，戈登却神奇般的痊愈，科拉为什么会死去？

暴风雨袭来后，欧文与父亲意外的来到了童话镇，瑞金娜在餐厅见到了欧文父子，她对突然到来的父子感觉吃惊。瑞金娜因为科拉的死而异常伤心，她一心想着为母报仇。欧文父因醉酒开车被抓捕，他让儿子欧文离开童话镇投奔其叔叔。亨利劝服瑞金娜用魔法复仇的想法。白雪因为用咒语杀了科拉而整天陷入自责中，她亲自登门让瑞金娜杀了自己，但是......

白雪在树林里意外发现已经变成木头人的奥格斯格，白雪告诉奥格斯格童话镇的人们都在等着他回去。尼尔女友得知亨利是他儿子后而选择离开。神秘人将一只瓶子给奥格斯格，告诉他瓶子里的东西能救他，但是却被尼尔女友抢走。瑞金娜认出了回童话镇寻找父亲的欧文，欧文告诉她自己找不到父亲是不会回去的。马可得知儿子的病情后立马寻找蓝仙子帮助，马可等人赶到树林时却发现奥格斯格消失......

戈登告诉瑞金娜亨利是自己的孙子，瑞金娜得知后异常吃惊。贝拉失忆后一直在医院居住，戈登探望她时却发现她突然消失，戈登在病床上发现了一个印有“兔子酒吧”字样的火柴盒。戈登在兔子酒吧找到了贝拉，但是此时的贝拉被人移植错误的记忆。戈登试图找回贝拉的记忆，但是贝拉对他的行为不屑一顾。瑞金娜利用魔法找到了种植魔豆的地方，她脸上露出诡异的笑容。

与此同时，塔玛拉与欧文却从童话镇外开来了一辆巨型卡车，而卡车内的人竟然是失踪已久的虎克。

瑞金娜将魔豆带回，告诉亨利自己要带他去魔法森林。瑞金娜准备用魔豆带亨利一个人回到魔法森林，而让其他人伴随童话镇一起消失，因为她手中有一个可以毁掉童话镇的触发器，亨利因与瑞金娜意见不一致发生争执。瑞金娜只好消除了亨利的记忆。虎克找到了瑞金娜，并告知瑞金娜自己与塔拉玛和欧文合作企图消灭童话镇与魔法，而虎克愿意和瑞金娜合作。Emma认为匹诺曹所说的“她”很可能是，Neal的女友塔玛拉，她要调查塔玛拉，但是Neal却不认为塔玛拉有其它动机，Emma没有找到塔玛拉的证据尴尬离开。瑞金娜带虎克去地下室取触发器，瑞金娜从虎克那里得到了母亲的遗物——一只魔法手链，却还是把虎克留在了地下室吸引关在地下室的怪兽，瑞金娜拿到了触发器，回到地面，却发现虎克在那里等着自己，同时还有欧文和塔玛拉，而瑞金娜发现自己的魔法已经无法使用了，原来虎克给瑞金娜的手链是加了一种抑制魔法力量。瑞金娜最终被欧文三人绑走了。

魔法世界（过去），朗普斯金的儿子Bealfire即Neal通过魔豆穿越到现实世界，遇到了善良的Wendy Darling，两人成为好友。后来并被Darling一家收养。Bealfire为救Wendy被带往梦幻岛，Bealfire挣脱后掉入大海，并被虎克船长所救。现实世界，戴伟等人怀疑是瑞金娜毁坏了魔豆，众人追查到瑞金娜办公室，并猜测瑞金娜遭遇不测。艾玛怀疑是塔玛拉干的，戴维和白雪向戈登求助。戈登收集瑞金娜与白雪的眼泪，将眼泪滴入白雪的眼中，因此她能感受到瑞金娜的遭遇。塔玛拉与格雷格（欧文）将瑞金娜绑架，格雷格（欧文）欲搞清楚自己父亲的去向，但是瑞金娜告诉他自己已经将他父亲杀死，格雷格被激怒开动机器欲弄死瑞金娜，幸戴维，白雪及时赶来。瑞金娜获救。塔玛拉用魔豆打开传送门，Neal被送到魔法世界。塔玛拉拿走了瑞金娜的触发器，只要触发器被摁动童话镇就会随之消失。

魔法世界（过去），虎克船长得知Bealfire的真实身份并企图利用他向朗普斯金复仇，虎克船长想要保护米拉的儿子即Bealfire，Bealfire得知真相与虎克发生争执，虎克最终将Bealfire交出送往梦幻岛。戈登得知Neal掉入传送门，而陷入悲痛中，无意求生，拒绝帮助戴维等人阻止塔玛拉与格雷格。塔玛拉与格雷格激活钻石欲摧毁童话镇，虎克为了保命寻找Emma等人帮忙。瑞金娜用自己的魔力拖延毁掉童话镇的装置，这样众人就能通过唯一的一颗魔豆逃走。蓝仙子做出了恢复记忆的药剂，爱生气为报答贝拉将药剂给了戈登，贝拉终于恢复记忆，戈登贝拉含泪相拥。亨利的一番话让众人感觉不可以抛下瑞金娜，Emma等来到瑞金娜身边，却发现虎克偷走了魔豆。最终Emma和瑞金娜合力将自毁装置停止。亨利却突然消失，原来是他被塔玛拉和格雷格带走，并用魔豆前往未知世界。虎克送回魔豆，Emma等人坐上虎克的船踏上寻找亨利，戈登利用Cora给他的魔法装置得知亨利被带到了梦幻岛，众人前往梦幻岛。梦幻岛上，两个神秘人相互对话，其中一个人拿着亨利的画像，神秘的说了一句“彼得·潘从来不会失败……”