雍正年间，南少林三十六房住持刘仁宣受方丈之命给皇上送密函，途中遭袭身亡。当年康熙帝将缴获倭寇的宝藏藏在南少林中，刘仁宣是受皇上之命将宝藏部分清单送往京城。宝亲王弘历受雍正之命前往浙江海宁以寻医为名暗访倭寇内应，弘历途中遇吕四娘袭击。吕四娘父亲吕留良当年被雍正所杀，吕四娘女扮男装陆弘十找到当年父亲好友、“易神医”曹太虚杀弘历。雍正派方世玉和北少林玄真继任三十六房住持和方丈，刘仁宣之死是师叔普照所为，他欲夺方丈之位和宝藏。

吕四娘要曹太虚和她一起报仇遭拒，与前来的弘历相遇，曹太虚趁机逃走。吕四娘与弘历打赌，如自己用曹太虚最爱吃的狗肉将其骗出，弘历就与她进京城杀一个人，曹太虚被骗出，吕四娘与弘历相约广宁寺。江浙总督府温荣玉为讨好弘历，将名JI小红安排给弘历，洽遇方世玉到府上求见，小红将求救纸条递给方世玉，方世玉与吕四娘将小红救出怡红院。

“陆公子”和曹太虚欲在广宁寺杀弘历，被方世玉救下，方世玉告别弘历继续前往北少林。普照一班人欲在方世玉茶中下药，被“陆公子”巧妙化解，“陆公子”对方世玉暗生情愫。北少林内，方世玉见到玄真大师和他的徒弟云明，３人连同云惠一起前往南少林。

普照特来迎接，几次加害玄真，但玄真还是如期披上主持伽沙。吕四娘师兄江南六侠之一白太官，追杀吕家仇人刘太３年，终将其人头祭在吕老先生坟前，与暗恋多年的吕四娘相会。弘历回京，他在江南时屡次听到“往生极乐，天心月圆”，他询问雍正被拒绝。因倭寇猖獗，雍正再次派弘历前往海宁。

玄真让云明与方世玉比武和试解说《愣伽经》，胜者出任三十六房主持，3人遭到普照暗算，幸方世玉发现一密道逃生。方世玉收到弘历差信应邀下山，让助其收缴陆宏十等人。弘历赶路时吕四娘等人杀出来，弘历抽出闪灵长剑，吕四娘抽出木鞘长剑，两把剑心有灵犀将二人杀招化解。弘历分析吕四娘在进京路上，决定再次回京。温荣玉儿子温涛娶了武功高强的妻子，决定娶亲当天摆擂比武。

轮到方世玉上擂台，新娘子认出他，让方世玉赶快下去，原来新娘子是方世玉旧识卓灵。方世玉去北京查陆弘十行踪，行至山东德州拜见飞虎帮帮主董海川，董佩服方世玉武功交下他这个朋友。陆弘十也就是吕四娘以女装出去，被监视方世玉的云明看见，对她一见倾心。云明派人杀方世玉，被一路追来的卓灵破坏。飞虎堂探知吕四娘师兄白太官在德州境内邀之前往，弟子杨某给方世玉报信被杀，并被诬陷是方世玉所为。董海川信以为真欲杀方世玉，被女扮男装的吕四娘巧妙化解。

官兵赶来，陆弘十大开杀界，方世玉阻止，二人相斗间方世玉发现陆弘十可能是个女人。吕四娘被箭射伤被云明救下，吕四娘无意中发现和云明在一起的人，正是诬陷方世玉的人，吕四娘耍花招逃出去。方世玉警告卓灵，如果她改不掉偷盗毛病就不再当她是朋友。吕四娘为了出城决定直接到德州刘世德家。

吕四娘拿刘世德女儿当人质夺门而出，撞到前来的方世玉，二人决定公平比武，方世玉略施小计将吕四娘放走，被弘历识破。吕四娘等３人赴京与乔装等候的方世玉相遇，方世玉劝她放弃计划被拒。弘历亲自带兵剿寇展开肉搏战，弘历制服倭寇首领押送进京时，遭到倭寇袭击，倭寇首领被营救走，弘历和温荣玉被追杀，幸遇方世玉才得以脱身。

陆弘十和曹太虚想混进宫内苦于没有门路，打听到有一个曹大人上可通天，此人十分爱他的九姨太小九，他们对小九做手脚让她卧床不起，陆弘十和曹太虚医治好小九达到目的。白太官把和师妹吕四娘定情的玉佩当掉，方世玉把玉佩赎回给白太官追问陆弘十下落，白太官喝得大醉告诉方世玉，陆弘十就是他师妹吕四娘。方世玉知道吕四娘与曹太虚可能进宫，要曹大人追查，曹太虚威胁说他推荐进宫要诛九族，要曹大人保他们过关。

曹太虚化名杜仲混入宫中。夜里以自己的真实身份，阿隆庆偷偷见了皇上，并求皇上饶过吕四娘。吕四娘和曹太虚为皇上做饭，弘历和惠成出面指认两人是刺客，被皇上平息。弘历让方世玉做了皇上的贴身侍卫，方世玉把吕四娘骗到皇上寝宫，劝说她放弃报仇并下了最后通牒。惠成因为承受不了压力自缢，皇上为了调开弘历，将他派去江浙，但弘历抗旨带侍卫来抓曹太虚和吕四娘。

弘历的计划被皇上打乱，吕四娘等人被带走，并让方世玉转告弘历不要再管这件事了。皇上和方世玉一同饮酒，在方世玉的酒里下了药，皇上对方世玉讲了自己的一段感情经历。吕四娘趁方世玉被迷倒将皇上杀了。弘历登基并派人捉拿吕四娘，云明的人到客栈追杀方世玉和卓灵，正遇黄啸侠逃走，黄啸侠与方世玉相见恨晚，方世玉和卓灵同回南少林。

温荣玉派风云四毒去吕四娘老宅追杀，被吕四娘杀死，但曹太虚中了他们的暗器，吕四娘一路逃往杭州找五师哥白泰官解毒。弘历的人冲进客栈，错把方世玉和卓灵当做吕四娘和曹太虚，吕四娘和曹太虚借机逃走，找到白泰官，为曹太虚多延长了几天性命。他们只有找到黄啸侠才能真正救活曹太虚，吕四娘和白泰官上路去北少林找黄啸侠。温荣玉被调任福建总督。

方世玉和卓灵同北少林主持一同来到云州客栈，巧遇吕四娘和白泰官。老虎等决定到云州客栈袭击吕四娘和卓灵。老虎被方世玉认出，是原被南少林逐出山门的宝光，方世玉和吕四娘联手追捕采花贼，发现了江浙总督的腰牌，两人相认。

方世玉来到北少林，巧遇黄啸侠，提起为曹太虚疗伤的事被拒绝。黄啸侠知道吕四娘的真实身份后，同意为曹太虚疗伤，闲聊中吕四娘得知，三德的易经功同样可以救曹太虚的命。黄啸侠在与云明的决斗中被暗箭所杀。方世玉和卓灵在给赵大宏扫墓时碰到三德，在与三德的交谈中获益不小。方世玉回到南少林，方丈决定让其与云明比试武功和佛法，胜者出任三十六房住持。

御前侍卫伊尔根、乌苏、塔布一路追杀吕四娘、曹太虚至杭州，曹太虚身受重伤。吕、曹二人退避至吕四娘师兄白泰官的归云庄内，被伊尔根等人发现，３人调集官兵将归云庄团团围住。吕四娘与曹太虚只得扮做采茶父女在龙井村安顿下来，在吕四娘追问下，曹太虚道出吕四娘之母当年与雍正之间一段情缘。曹太虚身中剧毒再次发作时日不多，只有少林寺三德和尚能有法救他，此时三德和尚为查明云明身世，已追至福建南少林。为早日抓到吕四娘，乾隆决定御驾亲征赶往福建，吕四娘、曹太虚也为找三德疗伤赶往福建南少林。福建总督温荣玉得知乾隆要微服来福建，与倭寇首领宫本健二策划惊天大阴谋。云明的突然出现，揭开了温荣玉隐藏极深的另一层身份。

带着玄悲大师临终前的重托，方世玉回到南少林，并将南少林代代相传并藏有半张藏宝图的八宝紫金裂梁交给了方丈玄真大师。爱说梦话的云慧无意中听到藏宝图的秘密，在云明的威逼利诱下，他说出了所听到的一切。三德和尚性格放荡不羁，云明从中挑拨，加之他先弃于南少林又被北少林驱逐，这些都让玄真大师颇为不满。南少林三十六房主持之职选拔日期临近，玄真大师希望方世玉和云明能加紧练功，通过比武选出主持，并将南少林武功发扬光大。卓灵跟随方世玉来到南少林，在云慧梦语中，她也知道了藏宝图的存在。当夜在云明的胁迫下，温荣玉下手杀害了云慧，并嫁祸于三德和尚。在塔林，三德将自己对云明的种种怀疑告知方世玉，在选拔三十六房主持的比武中，方世玉胜出。

精灵古怪的卓灵在寻找藏宝图中，撞到了她原本以为已不在人世的赵大宏。对赵大宏的表白，卓灵灵机一动，在她的鼓动下，赵大宏心甘情愿加入到替卓灵寻找藏宝图的行列。吕四娘与曹太虚在去南少林寻找三德和尚的途中，巧遇遭倭寇袭击的乾隆，关键时刻吕四娘与曹太虚二人出手救下乾隆，官兵的到来让原本想从乾隆口中打探自己母亲消息吕四娘不得不放弃。三德和尚的被逐让吕四娘大失所望，情急之下向方世玉求助。正在方世玉无奈之时，三德和尚突然出现让曹太虚的伤势转危为安。龙颜震怒的乾隆下旨，让方世玉出山抓捕吕四娘，以期早日得知真相，为逃避追捕，方世玉将吕四娘与曹太虚二人安排到南少林后山静养。方世玉和吕四娘二人惺惺相惜。为了不祸及南少林，面对前来颁旨的鄂必隆，方世玉表面上应允了抓捕吕四娘的任务。

面对曹太虚对自己与方世玉之间相互爱慕之情的调侃，吕四娘心烦意乱。一面是乾隆的圣旨，一面是自己心爱的四娘，这让方世玉骑虎难下，玄真大师的一番开导，让方世玉下定进京决心。进京面圣前，玄真大师将藏宝图刺在方世玉的背上，这一举动被突然闯入的云明发现。在后山，云明也对吕四娘表达了自己心底的爱慕，吕四娘的严辞拒绝让云明发誓要把她弄到手。卓灵缠着方世玉带她一同下山，对卓灵的爱意方世玉婉言相拒。下山时，方世玉和吕四娘依依惜别，并约定将来的联络方式，方世玉告知吕四娘，自己进京准备面见乾隆，打消他们之间的误解，吕四娘将自己随身玉佩送给方世玉。进京途中，方世玉发现尾随身后的卓灵和赵大宏。

在宫本健二的催问下，云明在方世玉下山进京，自己暂行三十六房主持之职的便利下，加紧了在寺内的寻宝之路。在伊尔根等人围捕下，与曹太虚走散了的吕四娘误打误撞，赶上了温荣玉之子温涛设下的太平节厨娘大赛，厨艺精湛的四娘一举夺魁，并借此机会混入总督府担任厨娘躲避了追捕。浑身透着傻气的温涛，被吕四娘的美貌打动，一心想娶四娘为妻，在三番五次努力失败，并吃够了吕四娘的苦头后，转而坚持要拜吕四娘为师。面对憨态执著的温涛，也为了自己能够暂时藏身于府中，四娘勉强答应了温涛的请求。

卓灵和赵大宏在尾随方世玉失败后盘缠耗尽，在卓灵鼓动下，二人在泉州城街边表演气功换取银两。在温涛软磨硬泡下，吕四娘教他做了几样小菜，这些都让温荣玉感到了温涛身上的变化。金銮殿上，方世玉冒死向乾隆进谏，恳请放过对吕四娘的追杀，乾隆勃然大怒，任凭方世玉如何请命，乾隆始终不改初衷，方世玉失望离去。望着方世玉离去的背影，乾隆密嘱鄂必隆监视方世玉一切行踪，如有异动或勾结吕四娘可随机处置。伊尔根３人在福建境内始终无法抓到吕四娘，只得硬着头皮去找温荣玉，酒席之上双方始终无法为利益达成一致。得知是给大内侍卫做饭，吕四娘悄悄将一包泄药放进汤内。

方世玉离开京城回到福建，却一直未能打听到吕四娘消息。伊尔根等3人追捕吕四娘未果，在泉州城他们意外发现了方世玉。云明在接到方世玉出现在泉州城内的密报后找到温荣玉，迫其与之合作，从方世玉身上下手，抓到吕四娘除掉方世玉。温涛在给温荣玉送夜宵时，无意之中听到云明与父亲密谋除掉方世玉的阴谋，这让温涛感到十分不安。为了万无一失，云明、温荣玉又找来伊尔根3人，定下了在万花楼设计擒拿方世玉，引出吕四娘的万全之策。

整日心神不宁的温涛在吕四娘的追问下，道出了温荣玉、云明等人设计擒拿方世玉的秘密。万花楼内，温荣玉、云明、伊尔根等人将毫无防范的方世玉拿下，危急时刻，吕四娘赶到救下方世玉。但清兵众多，同在万花楼的白泰官相助，３人也无法冲出重围。为掩护四娘，方世玉身中火枪，温涛赶到并故意使自己成为吕四娘的人质以掩护师父突围。慌乱中，温涛被击中，温涛之死让吕四娘悲痛万分，方世玉与吕四娘之间的爱慕之情也让白泰官十分嫉恨。身负南少林之义、吕四娘之情的方世玉陷入痛苦和无奈中，温涛的意外身亡，让温荣玉和云明之间反目成仇，两人交手时，让温荣玉从云明的招式中发现了云明的真实身份。

身受枪伤倒地昏迷不醒的方世玉，被路过的卓灵和赵大宏救起，他们为方世玉疗伤时发现方世玉背上所刺的藏宝图。白泰官挟持吕四娘向她表白爱慕被拒绝，在酒楼方世玉无意间从白泰官手中救下吕四娘，经过生死考验，一对有情人双手握在一起。这时温荣玉带火枪兵将二人围住，因方世玉手中握有乾隆御赐龙牌，让温荣玉对他无可奈何，只好将吕四娘一人押走。赵大宏不惜干累活养活卓灵，让卓灵大为感动。

温荣玉欲侮辱吕四娘，被赶到的方世玉制止。白泰官拉卓灵和大宏一起劫狱，经三德帮助，方世玉等人杀出重围，方世玉和四娘决定畅游后隐居，途中二人看到，若方世玉捉不到吕四娘，南北少林将遭血洗的圣旨。吕四娘决定上京由乾隆处置，两人怀着沉重心情再度上路。鄂必隆劝乾隆放过吕四娘，并言雍正之死未必与吕四娘有关，乾隆表示圣谕不可变。

卓灵和赵大宏一路追来找方世玉和吕四娘，三德去见玄真大师告诉他，方世玉和吕四娘已经去云游四海，并说三十六房住持之位绝对不能让云明担任，其实云明是日本派到中国寻找宝藏的内应。方世玉和吕四娘去京城途中遭日本人暗算，方世玉重伤。日本的宫本被杀，云明的随从去通知这一消息被玄真大师看到，云明假装与来者动手试图骗过玄真。白太官为吕四娘答应与云明合作抓方世玉。卓灵和赵大宏见到方世玉和吕四娘，卓灵想把方世玉背上的藏宝图描下来，方世玉想借他们之手将藏宝图传出去。

吕四娘在方世玉的饭中下药自己去京城，赴京城途中，云明和白泰官捉到她想逼方世玉出现，曹太虚出现迎救，厮杀之际，寻找吕四娘的方世玉出现，此时乾隆带兵前来，云明、白泰官逃跑，吕四娘和方世玉自知难逃，要求释放太虚。乾隆将二人带回宫中审问，曹太虚闯入说不能杀吕四娘，因为她是雍正的女儿、乾隆的皇妹。他与鄂必隆一起拿出雍正当年留给吕四娘的玉佩，及藏于木鞘内雍正亲笔书写的吕四娘的年生八字为证，乾隆呆立。但他因认为雍正为吕四娘所杀，仍要将其杀死，吕四娘冷言当日刺杀雍正时，雍正已经不支而死。

方世玉要求乾隆放过吕四娘，条件是自己可为乾隆取出南少林内的宝藏，乾隆允诺但要吕四娘作押。云明、白泰官回南少林路上英明现身，限令云明向玄真动手，若云明不肯就亲自出马。东赢忍者在南少林水井及附近小溪下毒，众僧们包括玄真大师都感不适，失去抵抗能力的少林僧人被喝令跪在地上，英明问玄真宝藏被拒绝，英明大怒扬言每数３声便杀一人，三德、大宏和卓灵杀出迎救，三人寡不敌众，卓灵被抓。

英明用酷刑要玄真交出南少林藏宝图，云明不忍看师傅受苦亲手杀了玄真。赵大宏给师傅三德抓药被温庭玉抓到，得知南少林已被云明等日本人强占，温庭玉虽爱财却发誓不让日本人占去宝藏。白泰官不满日本人所作所为欲退出，和卓灵一起被云明禁在南少林。

曹太虚和吕四娘来到南少林被擒，发现南少林被日本人占据，温荣玉也与日本人为伍。藏宝图被搜出，云明、英明和温荣玉研究藏宝图，怀疑三十六房内的藏书和四娘的木鞘剑可能与宝藏有关。深夜，温荣玉来到石雕处想找玄机，被英明与云明当场活捉。云明要娶四娘为妻被拒绝大怒，他强迫与四娘成亲之际，逃出的白泰官、曹太虚和卓灵杀入，曹太虚以取自忍者身上的雷火弹作掩护救走四娘。英明、云明等人一路追杀，四娘与白泰官帮助卓灵与曹太虚逃脱，白泰官惨死四娘被抓。卓灵与曹太虚与方世玉等人相聚，方世玉得知吕四娘被囚禁在南少林孤身前往。

曹太虚、卓灵、赵大宏也赶去，方世玉打败英明救下四娘。英明、云明假装退走，想等方世玉等人找到宝藏后坐享其成。方世玉等人苦苦研究藏宝图，只差一念即可破解宝藏之迷，乾隆派人监视南少林，了解到日本人正往南少林增援后，命索额图调兵南少林以备不测。

大宏与卓灵打闹无意中发现玄机，宝藏机关终于打开，云明、英明率忍者出现双方大战，乾隆也率士兵杀到。英明、云明发现根本无宝，方世玉追入三人再战，英明、云明不敌，加上多年心机白费，气愤之下剖腹自杀。乾隆随后进入，发现雍正遗下石碑，碑文讲述宝藏己在早年由雍正发掘搬入国库，此举是为了引蛇出洞，好一举J灭倭寇。乾隆要将方世玉和吕四娘杀死，方世玉以闪灵剑挟持，经过方世玉、吕四娘劝说与暗示，乾隆答应放两人一马，两人决定到大西北隐居。