日本特务机关开始了针对军统的暗杀行动。戴笠和毛人选中了因为涉嫌通共关在集中营里面的国军少校陈一鸣，让他挑选囚犯，组成眼镜蛇敢死队，报复日军的特务头目中村一郎。陈一鸣拒绝了谍报工作。但日军的残忍行径让他愤然而起，他写下血书，答应了军统的要求，并且到上海找到了自己的老部下——原国军88师特务连一排少尉排长冷锋。冷锋经过激烈的思想斗争，决定和陈一鸣并肩作战。黄天明委派了妹妹黄云晴接任中共南京联络站站长职务。黄云晴对救命恩人陈一鸣念念不忘。陈一鸣和冷锋先到监狱里去招募上海滩著名的老千小K，小K见到陈一鸣拿的死刑判决令，立刻脚软，被陈一鸣带走。燕子门的掌门人燕子六企图越狱，被陈一鸣逮个正着，陈一鸣看上了他的一身武艺。陈一鸣接着招募了懂爆破的建筑硕士书生和日本陆军航空队的战俘藤原刚。

陈一鸣到重庆的歌舞厅里找到了中村以前的恋人蝴蝶。蝴蝶为了保护儿子，答应加入突击队。被招募来的队员们集合到秘密军事基地，开始严酷的军事训练。陈一鸣宣布，要把这些囚犯训练成国之利刃。经过艰苦的训练，队员们训逐渐掌握了伞兵突击队的基本战术。美国海军情报署夫妻搭档史密斯夫妇打算以德国商人的身份来华建立情报网，却被中村密捕。美国海军上校梅乐斯找到戴笠，请他救出史密斯夫妇。史密斯咬舌自尽，被送到医院急救。

中共潜伏在日军内的内线布谷鸟弄到了医院地图，交给黄云晴。黄天明接到指示，要为营救史密斯提供一切必要帮助，他把医院地图给了军统。眼镜蛇敢死队出动了。运输机上，小K叫着不愿意去送死，被冷锋的匕首震住，只有书生镇定自若。跳伞时，书生的眼镜却被摔碎了……岩本发现了突击队的降落伞和被踩碎的眼镜。南京全城戒严，日军重点盘查眼镜店。突击队员们隐藏到了萨尔神父的教堂。陈一鸣提醒萨尔神父，电台、武器不能都放在教堂里，太危险。萨尔神父却表示日军不会轻易搜查意大利教堂。

中村一郎准备以史密斯为诱饵，给突击队设一个局中局，让他们自投罗网。突击队员们化妆成民间劳军演出队来到了医院。藤原刚和蝴蝶开始表演，牵制住日军伤兵。书生安置炸弹，冷锋在对面楼顶负责狙击。众人救出了史密斯，并且把医院炸成了火海，岩本被埋在废墟里……正当突击队员们兴奋地期待特赦之时，陈一鸣却表示，还有一项任务没有完成。众人愤愤不解，只有书生心知肚明，这一项任务就是暗杀中村一郎。他警告陈一鸣，如果以蝴蝶的孩子相威胁，让蝴蝶杀了中村，蝴蝶会选择自杀。陈一鸣带着队员们仔细侦查了日本在南京的政府机关大楼，众人一致认为只有适合狙杀。

书生负责来做蝴蝶的思想工作，他告诉蝴蝶，只要把中村一郎引到冷锋的枪口下五秒，一切就会结束。蝴蝶答应了，却在狙击现场一把推开中村，冷锋的子弹打在了路面上……狙杀失败，陈一鸣告诉突击队员们，要做好长期潜伏的准备，众人发了生死与共的血誓，蝴蝶愧疚地流泪……日军开始了新一轮的搜捕，中村开始怀疑意大利教堂，并且下令搜查。布谷鸟发来了情报，黄云晴通知了军统南京站。突击队转移了，萨尔神父和孩子们被捕……书生带着燕子六来到药铺找南京的地下党组织，并对燕子六说药铺高老板他舅舅。书生向组织详细地汇报了突击队的情况，并请求援助。事态紧急，黄天明擅自同意了协助突击队暗杀中村一郎，并向上级请求处分。

李部长同意了黄天明的请示。中村开始杀害孩子们，逼问萨尔神父陈一鸣的下落，萨尔神父终于顶不住了。中村率领着忍着特工队杀到突击队的藏身处，双方血战，忍者被全歼……陈一鸣以蝴蝶和中村的孩子为筹码，向中村谈判。正当双方胶着时，高老板带着蒙面枪手们赶到，把突击队救了出来，并且给他们找了新的安全点。蝴蝶痛苦地回忆起和中村的往事，终于明白她无处逃避，必须承担起中国人的责任。

黄天明表示，陈一鸣军事素质过硬，政治头脑欠缺，但是他忠诚国家，热爱中华，是一个可用之才。黄云晴提出正面接触陈一鸣。黑夜中的中山陵，陈一鸣见到了阔别四年的黄云晴……突击队决定重新拟定暗杀行动的计划，制造爆破的假象，让中村以为蝴蝶炸死了他们。行动开始了，队员们在一面画着中国地图的青天白日国旗上写下自己的名字，藤原刚把名字写在了武汉，因为他是在武汉被俘的，书生把名字写在了延安。蝴蝶顺利地接近了中村……中村将蝴蝶安顿在公馆，并由女特务看护。

中村对好友岩本说，这么多年他一直在寻找蝴蝶，其实寻找的不是她这个人，而是一个爱情的幻想。他向父亲中村雄汇报了蝴蝶和孩子的情况，中村雄指示，孩子下落已经派人调查，为防止军统阴谋，要杀了蝴蝶。陈一鸣等人伪装成电业工人来到蝴蝶的公馆修电路，给蝴蝶带进去了无声手枪，让她见机除掉中村一郎。中村一郎让岩本给他准备了毒酒，准备毒死蝴蝶。烛光晚宴上，蝴蝶将毒酒一饮而尽，却把枪口对准了中村……原来岩本没有给酒里下毒，中村中弹身亡。岩本又救出了史密斯太太，转交给突击队员们，让他们连夜撤离……

岩本来到了太平间，对着儿时的玩伴，袒露了自己的身份。原来他是日本共差党员，因为不能看着日本毁灭自己，才会选择这条道路。中村雄接管了日本驻中国谍报主管。戴老板听说眼镜蛇敢死队成功返回，对眼镜蛇敢死队刮目相看，决定留下他们继续卖命。军统给突击队员们发了特赦令，却准备将愿意回去的人处决。藤原刚和蝴蝶离开了。藤原刚见到了母亲，却眼睁睁地看着母亲被中村雄派来的人杀死。蝴蝶看完儿子后，准备投江自杀，却被书生拦住……

书生鼓励蝴蝶，要活下去，并且战斗……藤原刚与蝴蝶归队，眼镜蛇敢死队的成员们又聚齐了。意大利方面催促日本释放萨尔神父。中村雄释放了萨尔神父，却把孩子们全部杀害，面对着教堂大厅悬挂的孩子尸体，萨尔神父崩溃了，投江自杀……日本关东军731部队，组织了华东派遣队，搭乘军列南下参战。委员长命令戴笠组织敢死队干掉731派遣队……陈一鸣给队员们放了一天假。冷锋来到野战医院去见护士长林冉和桂花；燕子六遇到了自己的师妹春桃；书生跟黄云晴接头，黄云晴指示书生，争取陈一鸣反正……

陈一鸣向队员们宣布了将要执行的任务，并表示，即使灭了731，也会死于细菌武器，所以这次是必死无疑。李部长指示，社会部华东局所有单位，动员一切关系，全力搜集日本生化战部队的情报。中村雄将保护云字号细菌战的反间谍任务交给了岩本。岩本将云字号计划的详细内容汇报给了黄云晴。周先生亲自来到委员长官邸，将这份重要情报交给了委员长。委员长大怒，大骂戴笠无能。眼镜蛇敢死队出动了，执行劫杀731部队华东派遣队的任务……

戴笠派人来找岩本，把眼镜蛇敢死队的行动计划告诉了日军，让中村雄去杀掉他们，只是为了证明共党的情报是假的。黄云晴指示岩本，这个情报隐瞒不住中村雄，只能如实汇报，到时再想办法摧毁军统和日军的阴谋。眼镜蛇敢死队空降到临远县城，县医院李院长和女儿阿莲接应了他们，并把他们隐藏在医院的解剖室……岩本来到临远，叮嘱先遣分队队长加藤要密切监视眼镜蛇敢死队，但不能轻举妄动。黄云晴也来到临远，和当地的地下组织接头，准备随时协助突击队。小K误吃了毒老鼠用的酱鸭，被送去洗胃，哄骗阿莲，阿莲爱上了小K。

突击队成员们商定了行动方案，他们一致认为唯一可采取的方式只有自杀式爆炸攻击。陈一鸣等人的一切行动都在日军的监控之下。突击队成员伪装成记者，到西大营采访侦察。岩本负责接待了他们，并且给书生传递了暗号，岩本的异常，引起队员们的警觉。李院长得知阿莲和小K的事情后，强迫小K娶阿莲。小K反复强调，他晚上就要死了。但李院长仍旧坚持着让他们在太平间拜了天地……队员们做战好战前准备，出发了。书生在路上暗示陈一鸣，这很可能是个圈套，因为他收到了警报。突击队伪装成送给养的部队来到了车站。列车进站了，队员们背上炸药背包，抄起冲锋枪，奋不顾身，一边射击一边冲向列车……闷罐车的车门同时打开，黑洞洞的重机枪枪口和日本兵们暴露出来。队员们都呆住了，四面八方埋伏的日军都冒出来，将队员们俘虏。

岩本拷打陈一鸣，将军统出卖他们的消息告诉了他，陈一鸣悲愤莫名。书生告诉大家，一定要熬刑，会有人救他们出去的。队员们经过商量，提出要一台轰炸机轰炸车站。岩本转告给了黄云晴，黄云晴想到了东大营机场的关系……黄云晴派出了一小队负责潜入日军机场，自己则带队第二小队，去劫刑场。突击队成员就要被枪毙了。黄云晴等潜藏在附近山坡上，随着一声枪响，战斗开始，现场大乱……陈一鸣没有想到来的竟是黄云晴，黄云晴给了他们武器，让突击队赶紧赶到机场。岩本不愿意跟黄云晴走，他表示要继续潜伏下来，并开枪打伤自己……机场里面已经乱作一团，到处都是爆炸，高老板接应了突击队，突击队抢到一台轰炸机，直接飞到车站，把专列炸成火海……

突击队顺利返航了，戴笠却惊恐不已，让前线防空部队打掉突击队乘坐的日本飞机，突击队成员跳伞生还……委员长得知后大怒，宣布一定要找到突击队成员。昏迷的岩本被送到医院急救，老中村疑云重重。军统派人将春桃、小木墩、林冉、桂花都抓起来，准备以此要挟眼镜蛇敢死队。委员长亲自接见了眼镜蛇敢死队成员，给他们授勋，并委任陈一鸣为民国第一个空降兵团长。军统以突击队家属的生命安全威胁陈一鸣，要求陈一鸣继续给他们卖命。书生分析，军统是想把他们控制起来，等待合适的机会干掉他们。陈一鸣为了顾全大局，答应了军统的要求。黄天明为岩本的安全担心，黄云晴表示，她已经派了一个秘密的安全小组监控保护着岩本，一旦需要，他们会奋不顾身营救岩本。

中村雄派人伪装成共产党来试探岩本，被岩本识破，没有中计。中村雄决定出动自己精心培养的行动特务小组樱花三人组。樱花三人组由三个美丽的女子组成——北泽晶、久保亚子与铃木亚奈美。她们由南洋调回了南京。岩本发现，北泽晶竟是自己少年时失散的恋人……黄云晴告诉岩本，上级已经屡次下达命令，让他撤回。岩本再次婉拒，他表示，自己帮助中国战败日本，除了因为自己是一名共产主义战士，内心深处，更想为日本赎罪……陈一鸣接到任务，灭掉樱花三人组。

突击队伞降到南京，慈心师太掩护他们隐藏在静心庵里。慈心告诉陈一鸣，樱花三人组每周都会来静心庵拜佛。但陈一鸣怕殃及静心庵，拒绝了在静心庵动手。突击队员们决定化装成各种身份去接近樱花三人组。小K发挥了他的特长，扮作日本富商公子伊藤秀男，挥金如土，声色犬马，英雄救美接近久保亚子，燕子六和藤原刚分别扮作他的保镖和司机。陈一鸣又要求冷锋扮演成中央大学国文系的学生，去接近化装成中国学生欧阳若兰的铃木亚奈美。

蝴蝶被迫扮成带发修行的女尼，接近来静心庵拜佛的北泽晶。中村雄让北泽晶去跟踪岩本，获取他的信任，发现他的漏洞，挖出他幕后的组织。北泽晶心情复杂，没有举报岩本。陈一鸣宣布，明天动手，干掉樱花三人组。小K和冷锋分别去引诱久保亚子和铃木，只有蝴蝶说她没有把握引诱北泽晶。陈一鸣提出去见黄云晴，并对黄云晴请求了两件事情，第一就是如果行动成功，让黄云晴带走自己的队员，因为他不能让军统杀了自己的兄弟。黄云晴拒绝了，告诉陈一鸣，如果要来，就要他带队一起来。第二条，陈一鸣提出让岩本引诱北泽晶到狙杀地点。黄云晴犹豫了，岩本却答应了这个命令……

樱花三人组被狙杀，中村雄又调出了自己培训的673特攻队，伞降渗透到重庆，去暗杀委员长和周先生。赤井带着自己的特攻队员化妆成伤兵和溃兵，混进了国民党队伍……眼镜蛇敢死队很快发现了五十二顶降落伞。重庆城内开始有一股日本伞兵特攻队活动，眼镜蛇敢死队正正在全力搜捕，陈一鸣等分析，该股日本伞兵的目的很可能是暗杀委员长。

赤井带队将673特攻队隐藏到宪兵司令部教导团。赤井命令渡边、山田带第二突击队，留在宪兵教导团，干掉二号目标周先生。赤井自己带第一突击队，伪装成远征军，到了佛光寺后山的岭客村，受到白村长等人的热烈欢迎。女教师白淑珍让赤井给孩子们讲抗日事迹。渡边和山田等人在街上巡逻时遇到了林冉和桂花，林冉对渡边和山田产生怀疑。岩本偷偷潜入中村雄的办公室，偷拍到了673特攻队的详细资料……黄天明得到673特攻队的资料后，十分震惊，上报给李部长。

李部长指示，可以与军统上海站会面，把这份情报转给他们，但要防止上次的教训。戴笠拿到情报后，却决定借刀杀人，只对付准备暗杀委员长的日本特攻队。赤井详细地侦查了岭客村周围的地形，决定趁委员长前去佛光寺进香时实行暗杀。山田决定去杀掉林冉和桂花灭口。林冉却提前告诉了冷锋有人冒充宪兵。山田被冷锋击毙。陈一鸣等人分析，伪宪兵在红岩村的山脚下巡逻，很可能是想暗杀周先生，并调人来保护周先生。

渡边隐藏的宪兵教导团被发现了，双方展开了激战，渡边被俘。陈一鸣拿出了673特攻队的资料给渡边看，渡边没有想到，他们的真实身份都是中国抗日烈士的遗孤……村长做主，给白淑珍和赤井说媒，赤井被迫和白淑珍成亲。一个伞兵无意中暴露了日本人的身份，村民们大惊。赤井把村民们全部关在祠堂里面。突击队赶到，和赤井小队发生了战斗。陈一鸣电台呼叫重庆所有的军警单位援助，赤井以百姓为人质，陈一鸣进去和赤井谈判。他袒露了赤井的身份真相，赤井小队泪流满面，跪在沧溟大师的面前忏悔……

小队被宪兵们歼灭了，赤井却不见踪影。赤井独自来到委员长的官邸，含泪质问他为什么把东三省丢给日本人。陈一鸣等人赶到，狙杀了赤井，才发现赤井的手枪根本没上子弹……陈一鸣在一次暗杀汉J行动当中，不慎被日寇抓获，关押在中村特务机关地下看守所。冷锋等人请求潜回南京，誓死救出陈一鸣。戴笠却认为这样正好除掉陈一鸣，不但不去营救，还将冷锋等人关押起来。黄云晴一边请求上级援救陈一鸣，一边擅自发了特级警报，要新四军游击队秘密进城。黄天明严肃地批评了黄云晴的冲动行为。延安社会部召开了党委紧急会议，最终同意营救陈一鸣。

岩本把中村机关大厦的建筑设计图给了黄云晴，黄云晴亲自带着十几名游击队员从下水道进入看守所，抢走了陈一鸣。而岩奔却在掩护他们的过程中暴露被捕……军统得知陈一鸣被救了出来，害怕陈一鸣报复，于是没有杀掉突击队员们和家眷。陈一鸣被送到华东新四军根据地，在那里，他见到了一片新天地……黄天明对陈一鸣说，国民党是一个苹果，从核开始烂了，不能对它再存有幻想。陈一鸣却表示，自己已经宣誓效忠校长和国民政府，宣誓效忠三民主义，所以还是要回到重庆去。

陈一鸣回去后，被直接关押，以通共罪名严刑拷打，并判处死刑。中共周先生找到张治中将军，请他救陈一鸣。岩本经过了严刑拷打，被关进南京的日军军事监狱。军事监狱都是爱国志士，岩本生不如死。黄云晴派高老板等去监狱当犯人，保护岩本。委员长接见了陈一鸣，并委任他为新组建的伞兵团团长。眼镜蛇敢死队终于脱离了军统，从此成为历史。陈一鸣登门拜谢周先生的救命之恩，对周先生的人格魅力敬仰不已……伞兵团成了全套美式装备的精良部队，冷锋担任了侦察连连长，书生担任侦察连副连长，蝴蝶担任通信连排长……

军统派来田伯涛做伞兵团的政战处主任，众人对他非常不屑。伞兵第一团兵强马壮，抗战八年却没有打过一仗，陈一鸣主动到何总司令处请战。何总司令却告诉他们，日本人投降之日，就是恶战刚开之时，伞兵团要准备对付第二个敌人共产党……日本投降了。南京街头人山人海，陈一鸣带兵接管了日本驻华方面军大本营本部。

军统给了中村雄日本战俘遣散委员会委员的头衔，让他为军统卖命。陈一鸣释放了日军监狱里的所有囚犯。岩本被释放出狱，却被国民党宪兵带走。黄云晴担心宪兵会把岩本交给中村雄，她找到陈一鸣，请求他救岩本。陈一鸣等人来到南京警备司令部，没想到却晚到了一步，中村雄拿着一份死刑判决书劫走了岩本。陈一鸣大怒，带着队员们去劫法场，却亲眼看到岩本被杀害……陈一鸣找到黄云晴，请求把杀掉中村雄的任务交给他，并表示对党国彻底失望。黄天明让陈一鸣继续潜伏在伞兵团，保护好中国伞兵的种子，等到合适的时机起义，并送他代号为蒲公英……

陈一鸣宣布了暗杀中村雄的计划，并表示要选择一个合适的时机，带领全团起义。小组成员们心照不宣地准备着。小K事先给田伯涛下了巴豆，田伯涛住院，支开了他的眼线。黄云晴向陈一鸣提供了详细的情报，并表示有国防部作战厅长为他们掩护。中村雄死在了陈一鸣的匕首之下……国共内战爆发，陈一鸣的伞兵团成了战场的救火队，到处驰援。国军兵败如山倒，战局一片混乱。

徐蚌会战打响，黄云晴指示陈一鸣，中央希望伞兵团完整地起义，为组建人民解放军的伞兵部队做准备，并提醒他，保密局的田伯涛虽然在伞兵团活动，但是他实在不足为虑，陈一鸣真正要担心的，是代号黄鼠狼的保密局特务，黄鼠狼就潜伏在伞兵团内部。蝴蝶遭到了神秘人物的威胁，说她的儿子被控制在他们手里，让她好好的为保密局工作，否则就会杀了小木墩。委员长为了避免伞兵团在会战中遭覆没厄运，决定把伞兵团抽离徐蚌会战，改编为总统特种警备团，登船运往台湾。党中央指示，伞兵团可以在海上起义，直接开到山东沿海解放区。

轮船启航了，陈一鸣对突击队员们宣布，他们的目的地，不是台湾，是连云港。蝴蝶告诉了船上的军统特务，陈一鸣准备起义。军统特务要求蝴蝶引爆炸药，炸掉轮船。蝴蝶安装雷管时，被桂花发现。厮打中，桂花的后脑撞在墙壁上，鲜血汩汩流出，熄灭了引线……突击队和宪兵们展开了生死较量。田伯涛发现了蝴蝶的行动，追着她出来，举枪射击。小K误会了田伯涛，对着他扣动扳机。田伯涛牺牲了。原来，他是一直潜伏在军统内部的我党特工。蝴蝶告诉大家，她是叛徒，并请求死在书生的枪下。蝴蝶死了，其实她并不知道，她的儿子，已经被地下党营救出来，送往了解放区……晨曦中，陈一鸣宣布伞兵团起义，伞兵们爆发出欢呼声。连云港码头，黄天明跟首长们看着飘舞着红旗的登陆舰乘风破浪开过来。