香河县知县马东阳突然死于非命，他的死关系到皇上脉案的去向，西太后欲派御厨牛不耕接任知县一职。 皇上品尝民间小吃，厨子石竹香用老鳖代替熊掌，做出了宫廷名菜"一掌定乾坤"，不料被怒冲冲赶来找皇上的西太后揭穿。西太后一怒之下要砍石竹香的脑袋。穆小卉为救夫君挺身而出道明原委，原来是进士当了厨子。石竹香满腹经纶，他的独道见解使得皇上对他大为赞许，认为香河县知县非石竹香不可。西太后和皇上二人各执己见，互不相让。格格蓉秀出主意让二人比厨斗菜、公堂断案……

石竹香与牛不耕二人各做了一道翡翠白菜，石竹香用独特的烧制方法胜出牛不耕，夺得神厨美名。公堂论断牛不耕只会以常理断案，险些冤枉了好人。而石竹香机智过人用"审案板"的方法找出了真凶--一条毒蜈蚣！ 西太后坚持让牛不耕接任知县，皇上为石竹香据理力争强保石竹香。情急之下荣禄建议让二人一同上任，分单双日执掌县印。皇上派身边小太监小寇子跟随。那石竹香在赴香河的途中遭"豹子头"拦截，欲杀之。牛不耕大字不识在公堂上出了洋相，正要杖责告病没有前来点卯的巡检傅天仇，不料石竹香却及时赶来。恰巧那傅天仇同穆小卉有兄妹之亲。 俄国公爵的女儿斯维达是个美食家，蓉格格要陪她吃遍京城……

牛不耕审案，偷牛贼李狗顺手牵绳牵头牛，牛不耕收了银子放走了偷牛贼。穆小卉带着做了吏的厨子女婿去见父亲，没成想父亲已病故。 皇上的病情不见好转，西太后心急如焚。牛不耕与杜主簿勾结，设宴请石竹香想让他出洋相，聪明的穆小卉用计，结果使得牛不耕杜主簿害人先害己，不但喝到了特制的"洋酒"还被蛇吓了个半死。 石竹香头一天做堂就接了一桩与牛有关的案子。村民叶三郎和秀姑订了婚配，叶三郎戍边五年将自家的牛交与秀姑的姨夫龚福代养。没想到回来之后，龚福不但不还牛还动手打人。石竹香决定用"吐泥法"断案，追回叶三郎被霸占的牛……

龚福中计后认罪，将牛还给了叶三郎。牛不耕接了桩财产纠纷案。兄弟俩认为所分得家产不公，觉得对方分得的一定比自己的多。牛不耕实行有偿办案，公开向兄弟俩索要银子，谁给的银子多就给谁办案子。小寇子原来是皇上派去暗中调查马知县被杀一案的真相。苦主娄大被打心里不服再次上告石竹香。牛不耕背着石竹香去马知县被害的现场勘察。石竹香重断了兄弟俩的财产纠纷案，让哥俩心服口服。 李多喜和乔老爷子前来投奔石竹香，石竹香开了一家馆子。牛不耕想在开业当天让石竹香出丑，故意出难题刁难石竹香……

石竹香设计巧妙的掩护了黄岩，躲开了鄂林泰的搜捕。斯维达要拜石竹香为师学厨艺，引起穆小卉的不快。 唐梦古翻案告牛不耕强占他的酒楼，石竹香接手此案。牛不耕酒楼开张之际石竹香送给他一份让他终生难忘的厚礼。石竹香劝牛不耕将酒楼还给唐梦古或是付租金租下酒楼，牛不耕不同意。牛不耕气不过再次提审唐梦古，唐梦古被打入了死牢。 蓉格格出主意让皇上的老师翁同和出城和黄岩见面。石竹香再次了解唐梦古案情的始末，才知原来惹祸的是一道菜……

石竹香放了唐梦古并限牛不耕三天内还唐梦古一个公道。 斯维达一心学厨艺，穆小卉看在眼里气在心里。 翁同和与黄岩会面商议变法大事。典史马芮褚旰到石竹香的酒楼刺探情况被穆小卉恶整。鄂林泰得到情报直奔酒楼抓了黄岩，蓉格格带着新军前来助阵救了黄岩。 三天期限已到牛不耕不见动静，石竹香派人查封了他的酒楼。牛不耕没有办法只得服软租下了酒楼。石竹香向马知县的随从了解情况，原来在马知县被害的当日没有人跟随，是因为众马快因为拖欠饷银而闹事。当日劫杀马知县的又是"豹子头"……

悦来钱庄发生了一起盗窃案，可窃银子的贼却死在了钱庄。牛不耕带人去勘察现场，发现给钱庄修锁的孙锁匠有重大嫌疑。孙锁匠的女儿玉环告诉牛不耕他爹之前为盗窃钱庄做过准备，还和一个叫鲁老八有关联。牛不耕捉拿了鲁老八，鲁老八拒不承认。 斯维达表示出对石竹香的好感，穆小卉示意并警告石竹香。牛不耕要求钱庄老板给他银子他才破案，钱庄老板不同意，于是牛不耕匆匆结案，将鲁老八屈打成招，并命马芮将公文呈送刑部。傅天仇将事情原委告诉了石竹香，石竹香带人拦截马芮，扣下了公文准备重审……

穆小卉要求石竹香必须让斯维达离开，石竹香委婉的告诉斯维达她可以出师了。斯维达无奈只得离开。石竹香对孙锁匠一案决定来一个现场模拟凶杀再现。经过模拟发现了很多有用的线索。钱庄萧柜头在街头看见了"玉环"，不料"玉环"竟不认识他。萧柜头嘱咐他的相好将银子藏好，傅天仇调虎离山拿了一锭脏银作证。萧柜头再次到玉环家威胁玉环，傅天仇到钱庄找萧柜头，不料萧柜头居然暴死春花客栈。傅天仇勘察现场后请石竹香到场，经分析萧柜头是被毒杀的。客栈老板称之前有一位神秘女子和萧柜头幽会并毒杀了他。石竹香由酒菜查到了得月楼并放了鲁老八，牛不耕带着玉环前去申冤，石竹香与牛不耕约定十天之内必定破案……

黄岩剑锋来信，告诉石竹香皇上接受新党支持变法了。荣禄却为荣秀不见踪影而恼怒。牛不耕受贿，小寇子当堂咬自己的耳朵验证孙六是否自己咬了耳朵。被牛不耕恼羞成怒把小寇字赶出大堂。石竹香发现玉环在香满斋吃饭，带穆小卉和小寇子上前询问，结果碰了钉子。日字出头，是念甲还是由？牛不耕在堂上又犯了难。为袁世凯派兵救石黄岩老佛爷生气了，荣禄趁机打听老佛爷是否真的不再管朝政？慈禧告他稳住袁世凯，并让他趁早把荣秀嫁了。石竹香赶到玉环家，却看到玉环和邻居五婶在家守孝，不由得心生疑惑。公堂上玉环的供述和石竹香的推断完全不同，使石竹香陷入迷茫……

牛不耕不顾石竹香反对把刚关进大牢的玉环放了，小寇子在街上却被玉环打昏，整个案件扑朔迷离。小寇子在牛不耕的汤里放了巴豆，石竹香从"一卵孵双凤"这道名菜里悟出了案情的真相。狂泻不止的牛不耕求石竹香代他坐堂，石竹香当着牛不耕的面审清了玉环一案，牛不耕听得目瞪口呆。

碧环服毒自杀，案情大白。牛不耕赌输了只得当众喊石竹香爷爷。石黄岩快马出京城，在路边小点打尖，却发现有人提前为他安排好饭菜，正在疑惑，格格荣秀撩帘走进来，两人眉目传情私定终身。石竹香穆小卉听到两人定亲，先惊后喜。杜主簿带鄂林泰到香满斋搜荣秀，石竹香大演空城计，有惊有险地保护了荣秀。为了让荣禄死心，石竹香决定把两人的婚事在香河县大操大办，让荣禄哑巴吃黄连。小寇子化装在刘赶家门外卖木梳，乔装了的石竹香也来了。他们悄悄跟着刘赶的老婆进了甘露寺……

甘露寺的主持了空把石竹香当成了大财主，缠着他说话，刘赶的老婆却没了踪影。刘赶老婆的相好赖和尚把她骗出门，几个无赖抢了她的金银首饰还把她杀了。石竹香从活吃猴脑想到了破案的方法，贴出了公告。果然，猴子们一个个露脸了，最终推出了最肥的猴子主犯胡四。活吃猴脑的桌子卡在胡四的头，眼看凿子就招呼到天灵盖了，被吓得屁滚尿流的胡四招出了指使他杀人的赖和尚，把线索又指向了甘露寺。傅天仇故意打草惊蛇搜查甘露寺，没想到了空方丈第二天就把赖和尚绑着交给了石竹香。案情更加扑朔迷离了，那刘赶到底死没死呢？

穆小卉带石竹香小寇子进山找老舅林仙伯，林仙伯说出了自己当甘露寺主持的时候发生的一系列怪事。石竹香诚恳邀请林仙伯随自己出山一同去看甘露寺将要开始的荼毗大会。吃了了空贿赂的牛不耕把赖和尚放了，为此石竹香和他当堂大吵，牛不耕以今日掌印的权利威胁要把他乱棍打出，小寇子连忙把石竹香劝走。了空怕真相败露，命手下同伙提前开始荼毗大会，立刻点火，请"自愿焚身的高僧"迅速升天。石竹香带人赶到救下了"高僧"，发现差点被烧死的"高僧"竟是百寻不见的刘赶。公堂上，面对手里的面团，四个和尚捏出了四个玉佛掌，石竹香再一次用智慧使了空等人不得不承认甘露寺确实没有玉佛掌。了空等人被关进大牢，林仙伯的冤案得到昭雪，可费尽千辛万苦才找到的刘赶被一伙蒙面人抢走了……

丢了刘赶的石竹香没急，抢走刘赶的牛不耕到急了，他闹不清石竹香葫芦里卖什么药。维新变法首要的一条就是裁减冗员，香河县两个知县，就像一个人长了两个脑袋，穆小卉和荣秀商量给皇上建议裁掉牛不耕，可皇上怎么想她们也摸不清。小寇子奉石竹香之命把刘赶是废人的消息透露给马肉，牛不耕上当马上把刘赶给送回来了。夜审刘赶，石竹香发现他还有难言之隐。瞎驴拉磨，小寇子用闷罐车拉着刘赶上"京城"。等他们饶着县城转了几圈回来，石竹香已经不是知县了。小寇子守着囚车不知道该怎么办。

傅天仇一人劫狱被抓，格格荣秀急忙进京求荣禄，荣禄居然答应了女儿的请求，傅天仇很快就被放出来了。没人来县衙告状，牛不耕急得火烧火燎，马肉告诉他是他要价太高把告状的吓跑了，牛不耕马上悔改，说"以后咱不要了，不不不，少要少要……"。娄大娄二嫌家产分得不公，结果出五两银子的娄大被打得皮开肉绽，出十两银子的娄二又多分了一份，娄大疼得哭叫，牛不耕高兴的大笑。由于积怨太多，无人再找牛不耕办案，牛只好赔礼来请石竹香出山给他做师爷。石竹香不管牛不耕怎么说就是不答应，牛不耕终于发了牛脾气，冲石竹香大喊一通摔门走了，石竹香被噎在当地。

石竹香家大门打开，牛不耕带杜主簿等一干人马恭迎石竹香。李大祥绸缎庄被骗案、龚福侵占他人黄牛案……连续断了几个案子，牛步耕断案神奇的名声传到了京城。老佛爷听说特别高兴，亲自来香河县看他断案。牛不耕再求石竹香，于是两人在老佛爷面前演起了双簧。

对牛不耕的作为，荣秀看不下去，到老佛爷面前揭穿了他的假把戏，荣禄不满，引得老佛爷再考石竹香。荣禄出了三道难题，让石竹香接招。石竹香连过三关，可下边老佛爷的题才是最难的--三十天内破马知县被杀案，否则到宫里做御厨。 "到宫里做御厨？那不是要成太监？你成了太监我怎么办？"穆小卉急了。一波未平一波又起，石黄岩家的厨娘玉蝶从老家追到香河来了。她来干什么？是有私情还是……看到黄岩和一个女子在一起，荣秀起了疑心。小寇子带回重要情报，傅天仇在马知县一案里有重大嫌疑！正当石竹香怀疑傅天仇的时候，玉蝶到香满斋应聘了……

那边杜主簿威胁傅天仇荣禄不许他退出；这边石黄岩向石竹香解释玉蝶的事情。小寇子取到了刘赶被杀的重要物证--丝绳。偏巧，玉蝶要在石竹相面前露的拿手菜的名字是寸抄丝绳。石竹香受启发马上和小寇子去牢房查丝绳的来历。知情的邢三突然消失了，郁闷的石竹香带小寇子顺路上了香河陈旧的名胜云霄楼。荣秀偶然知道玉蝶在香满斋，急忙来找穆小卉。穆小卉当着她的面叫来玉蝶给了银子辞退她，玉蝶明白坐在旁边的就是石黄岩的媳妇容格格，恨恨地撂下一句"你们会后悔的"。云霄楼上，石黄岩出现在石竹香小寇子身边，他们又一次谈起了玉蝶……八月初八晚上，荣秀请石竹香穆小卉小寇子喝黄酒，这壶酒喝出了名堂……

日上三竿，石竹香穆小卉小寇子才勉强爬起来。走在去玉蝶小院的路上三人还头脑昏沉沉的。玉蝶不在家，三人正分析她可能去哪里，衙役来报云霄楼下有一女子暴毙。尸首翻过来正是玉蝶！石竹香看着石黄岩，听他解释自己没有杀人动机。随着调查的一步步深入，石竹向心里引出了另一个可能杀玉蝶的人……

荣秀打翻了穆小卉灌她的八月初八那天晚上剩下的黄酒，讥刺石竹香竟然把自己当作杀玉蝶的人，亲戚之间反目。傅天仇来报找到玉蝶的帮厨秋月，石竹香急忙带小寇子前往春花客栈。房间是空的，秋月跳窗逃跑了…… 老佛爷一反常态对皇上说想恢复石竹香的官职。傅天仇找到已经被杀的秋月，凶器和石黄岩家藏的嫦蛾玉指刀一样。石黄岩看着家里藏剑阁里嫦蛾玉指刀的空刀鞘惊呆了，是谁把刀偷出去的呢？圣旨下来了，石竹香恢复官职。牛不耕为抢功，急忙连夜审理玉蝶秋月被杀案，把石黄岩狠打一顿抓进大牢。石竹香夜闯公堂，制止牛不耕胡作非为，放了石黄岩。虽然避免了一桩冤案，可是杀玉蝶的到底是谁还是没弄清。

疑点引到了荣秀的丫鬟春草身上，石竹香突击检查，在春草身上找到了没鞘的嫦蛾玉指刀，可春草说她是替少奶奶还回嫦蛾玉指刀。再次复查现场，石竹香差一点被活动楼板掀翻掉到楼下。看着楼板上新钉上去的新钉子，石竹香明白这是有人在案发后补上的。除了六弟石黄岩，谁还有如此高的心智不用脏自己的手就把人杀了呢？！ 小寇字找到铁匠证实买钉子人的年龄，公堂上，铁匠当众指认了买钉子的就是石黄岩。石竹香忍痛把石黄岩押进大牢，石黄岩对大门外听审的父亲大声喊"人是我杀的--是我一个人杀的--"荣秀大闹香满斋，质问石竹香为什么抓石黄岩，石竹香有口难辩。为救夫君荣秀答应了荣禄的条件。石竹香苦思冥想，终于想明白了。他摆下盛宴慰问六弟和格格。席间，一道带子上朝的名菜引出一个令人感动的故事，石黄岩把事实真相对石竹香说了……

傅天仇带人在石黄岩父亲石安的书房搜出了重要证据白玉九龙碗，把石安带回衙门。所有人证物证都把杀人的嫌疑指向一个人--石黄岩的父亲石竹香的三叔石安。当石竹香审过石安之后将他判罪下狱的时候，牛不耕又来搅局，当堂把石安放了。石竹香、石黄岩、荣秀、小寇子追到云霄楼下，看到的是从楼上跳下的石安。为了让石竹香进宫当太监，杜主簿和牛不耕密谋找几个难办的案子缠住他，让他没精力和时间去破马知县的案子。好胜的石竹香不知是计，马上接过了县衙金库盗窃案。

石竹香用一块铁板烧就把金库盗窃案的主要嫌疑划在了李清白身上。看到石竹香这么快就要破案，牛不耕杜主簿又起坏心，要制造点麻烦。石竹香去县衙的路上，被李清白的三姑六婆小舅子大兄哥围攻，一顿烂菜叶子臭鸡蛋把他打回了家。虽说怀疑李清白，但是证据在哪儿？穆小卉自告奋勇去探李清白老婆的口风。穆小卉出妙计，一个小金字把李清白折腾了一夜，第二天他老婆就供出了藏金子的地方。案子顺利破了，可令人诧异的事情又出现了--李清白死了，被人毒死的！为深入调查，石竹香到好再来酒楼应聘，又当起了厨子。小寇子好心，给石竹香喷了皇上赏的法兰西香水，掩盖他身上的油烟味儿。可穆小卉闻到，疑心他和别的女人幽会，石竹香有口难言。

穆小卉突然到县衙找石竹香，小寇子打掩护，可最终没有挡住，被她一直追到好再来酒楼。穆小卉拧着石竹香的耳朵把他揪回家。 裹金蛋是好再来酒楼灶头曹大的拿手菜，蛋黄换成了蟹黄。这一招又提醒了石竹香，县衙里的库金会不会都是假的呢？另一个库吏，曹大的儿子曹元朗被抓了。石竹香审出他和李清白共同盗窃库金，又杀害李清白夫妇的真相。可他也不知道他们偷出来的金子是不是假的。 听说有金子，牛不耕来了神，马上把曹大曹元朗带到家里询问，可什么都没问出来。真金子到底在哪儿呢？

杜主簿大哥杜子丁家厨房里尘土飞扬，杜主簿牛不耕指挥下人翻箱倒柜找金子。石竹香也来凑热闹，没看见金子到相中了十块崭新的铁板烧，杜、牛二人巴不得他快走，就把铁板烧送他了。石竹香在香满斋宴请香河县衙所有官吏，最重要的菜是用那十块铁板做的"铁板烧牛柳"。闻着喷香的菜吃到嘴里却不是味儿？怎么回事儿？问题出在铁板！洗净烟墨，那十块铁板都是金灿灿的黄金。牛不耕杜主簿悔得肠子都青了，当着众人又什么都说不出来，狠得直咬牙。 案子断清了，石竹香等人掰着手指算时间，离太后给的破案限期没几天了。穆小卉急得团团转，生怕石竹香就此进宫当太监。小寇子带回情报，马知县被杀一案与傅天仇有关……

石竹香小寇子刚要去抓傅天仇，傅天仇却来到公堂自首，要配合二位知县办案。原来是穆小卉偷偷跑去告诉傅天仇石竹香要抓他让他快跑，傅天仇选择了投案。 战长沙、空城计这两个折子戏在石竹香这儿变成了菜名。看着这两道菜，石竹香向小寇子分析了案情的可能性。马知县的坟掘开了，是空棺。这证实了石竹香推断的正确。那马知县在哪儿呢？ 马知县没找到，傅天仇又在押解途中脱枷逃跑了。穆小卉无意中在傅天仇家发现暗道，里边台子上赫然摆着那个恐怖的面具--豹子头。

找到傅天仇就能找到马知县，这是一个既定的事实。石竹香、牛不耕都行动起来了。林仙伯提供了傅天仇曾借过竹林小屋，他们马上赶去却扑了空。怕石竹香真的破了案，荣禄亲自到香河县督阵，命鄂林泰跟踪石竹香，一旦找到皇上的脉案就把所有的知情人全都杀掉。一个村妇卖给石竹香一袋菜谱，鄂林泰找到马知县并把他们俩口杀了。穆小卉烧火，用的是那些菜谱，石竹香从火里抢出来一看，竟是皇上的脉案！在他们高兴的看脉案的时候，鄂林泰悄悄走出来，就在他指挥黑衣人开枪射击的一刹那，傅天仇出现，和鄂林泰一场恶战。 石竹香被宣进宫为老佛爷大寿做寿宴。马上就到老佛爷指定的限期了，脉案虽然到手，可是把它交给皇上还是交给太后，几个人又犯了难。

石黄岩把脉案给康有为让他出主意，康有为却把脉案直接交给了皇上，一下子把石竹香逼上死路。御膳房里牛不耕和李莲英密商陷害石竹香，荣秀急忙进宫找皇上求情。寿宴开始，牛不耕夺了头彩，石竹香因为"万寿无疆"的疆字没有了，被荣禄、牛不耕、李莲英轮番攻击，挑的老佛爷发怒逼问脉案。千钧一发的时候，荣秀赶到把脉案呈给老佛爷，才算保住石竹香的命。 荣禄被老佛爷训斥之后，明降暗升，做了北洋大臣。他耿耿于怀一定要把石竹香置于死地。杜主簿献策，用香满斋名菜"头脑"暗含反清复明的意思来治石竹香的罪。

皇上对石竹香大谈老佛爷如何设计要废他，自己又如何打算调动袁世凯的新军反对太后。石竹香听了胆战心惊，马上对皇上提出辞去知县不做，在京城开一家烤鸭店，求皇上赐他五个字--京城第一楼。 烤鸭店开张，宾客盈门。牛不耕也带人前来，不过他不是来贺喜的，他是奉老佛爷的懿旨来抓石竹香。小寇子哭求老佛爷自己愿代石竹香领罪。 荣秀陪流放宁古塔的石黄岩上路了，石竹香来看望替自己顶罪的小寇子。这一对患难之交在互道"来世再见"后挥泪而别。石竹香再也不愿在京城这块伤心之地停留，决心和穆小卉回香河静静地度过余生。可牛不耕又来了，他叫人强行把石竹香架走，要和石竹香吃河豚赌命……