一个电光犀利气氛悚然的雨夜,大内高手携几具头颅向雍正皇帝复命。面对颅骸，雍正反应镇定。其中一和尚的头颅却令其心生错愕。原来，颅与尸分自于闽浙一带的反贼--天鹰帮之成员。雍正预感泉州南少林难脱其咎遂派弘时与弘历两位阿哥兵分两路赴南少林查办此事。 弘时与弘历向来为了争承帝位明争暗斗，心狠手辣的弘时暗派杀手潜伏在弘历行途中，欲趁机除掉弘历。孰料，弘历幸得南少林俗家弟子方方世玉与小和尚宝光相助逃过此劫。方世玉与化名花公子的弘历结为好友，众人欢喜，却不知打斗中宝光遗落的僧鞋已埋下祸患。

众杀手行刺弘历失败，弘时气结，携僧鞋至南少林。借南少林僧人欲行刺他为由对南少林大行搜查。并令每一僧人均要将僧鞋试上一试。结果，除方世玉，宝光，玄智不在寺内，其他无一人适于此鞋。弘时不肯罢休，决意等方世玉等人归来。 方世玉因私自下山违反寺规，被逐出山门。南少林首座玄净大师令方世玉身披枷锁步行千里以赎其过。玄净早已投入天鹰帮门下，此次罚方世玉是想趁机将黄金所铸的镣铐运出南少林转入天鹰帮。黄金的铸的镣铐与铁铸镣铐别无两样，他人无法分辨。 方世玉受罚途中巧遇"天下第一神偷"赵大宏和江湖老千卓灵。方世玉与大宏甚为投缘，结伴而行。大宏心疼方世玉身披重铐行动不便，自作聪明地悄悄将镣铐卸下掷入山涧，五百两黄金从此不翼而飞。

方世玉失去镣铐，以为自己因此会亵渎了寺规，返寺无望，便大发雷庭。大宏无奈又铸了副铁镣给方世玉披上，方世玉欢喜坦然。江湖老千卓灵曾无意中发现方世玉的镣铐不凡，遂心生诡计决定跟随方世玉以取此铐，她岂知黄金镣铐已暗沉涧底。方世玉等人受令返回南少林，以试僧鞋，宝光紧张恐有纰漏，方世玉施计令宝光逃过弘时之"慧眼"。 方世玉欣喜自认为返寺有望，怎料方丈等人令他闯三关方可立表入寺。

众人相助之下，方世玉终于闯过三关入得南少林。此时，闽浙总督张张信德接到圣旨。皇帝令其秘密剿灭天鹰帮闽粤分舵的老窝。不想此消息被弘历的"眼线"获悉，于是弘历抢在众人之前剿灭了天鹰帮的分舵，从此世玉的父亲方德就陷入一场灾难。 弘时得知弘历抢了头功盛怒遂将张张信德及其属下徐标招纳在自己旗下为之效命。弘时暗下决心，此番查办南少林决定与弘历拼个"鱼死网破"。

因方世玉曾救弘历，弘时决定除掉方世玉。令徐标择机下手，南少林方丈深感弘时来势不妙，决定让方世玉暂时回广东老家以避风头。 弘历查得方德之行踪，决定赴广东方家以会方德。 广东方家，方世玉再遇弘历因甚是欣喜。徐标暗杀方世玉，弘历出面化解，方世玉免遭一死。弘历知方德乃方世玉之父便劝说方德赴泉州重整旗鼓。方德决定举家迁到泉州，却不知弘历之安排另蓄其意。

弘时收买了几名天鹰帮的成员，欲顺藤摸瓜将天鹰帮一网打尽。不料天鹰帮特使李梦麟出现将这几人杀死。弘时失去耳目又获爪牙，他探得玄净在天鹰帮的身分与地位，欲将玄净纳入己门，但玄净不允。此时弘历亦在泉州招兵买马，将泉州知府李海收复，令其观察天鹰帮的行踪。

在弘时淫威之下玄净终于妥协，供出天鹰帮巨资五百两黄金是利用方世玉运出寺外。徐标在方世玉家中盗得镣铐。弘时大喜以为大功告成，于是飞鸽传书向雍正帝报喜讯。孰料，徐标所盗镣铐乃铁铐，黄金镣铐不知去向。弘时一时陷入危机，情急之下，弘时决定令徐标假扮天鹰帮之人劫贡品以补缺耗。怎知，徐标在行动中遇到真天鹰帮人，混战中贡品误落在偶经此处的方德的货队中。 徐标失手遂派手下潜入方宅打查找贡品下落，却被卓灵与大宏杀死。原来，卓灵与大宏一直在暗中关注着贡品和黄金镣铐。

李梦麟虽为李海之女但她的特使身份却不为李海所知。李梦麟察觉方德被诬陷，于是决定靠近方世玉以护方德。 贡品丢失，弘时与张张信德等人惴惴不安，将全部希望寄托在方方世玉的镣铐上，于是方世玉成了他们追查之重点。 方德携方世玉再赴南少林，并应允大宏同往与方世玉为伴。方德等人至南少林，不知情的他将夹有贡品有布匹作为济物施于南少林，并请求方丈允方世玉再入南少林，心怀诡计的玄净以方世玉遗失镣铐为由将其拒之门外。

李梦麟受命进京刺杀雍正。行动失败，李梦麟痛不欲生，决定以死复命。关键时刻天鹰帮总舵主龙万乘出现将其救下并指示她返回泉州待命。 雍正遇刺未遂，令弘历携密旨赴泉州查办天鹰帮和南少林。此时方世玉因返南少林受阻，神情沮丧，众人想助方世玉却无计可施。

就在众人犯难之际，曾受助于方世玉的张信德之女张小莹将徐标盗至总督府的镣铐拿回，方世玉再回南少林出现转机。 镣铐失而复得，方世玉有望回寺。玄净再次发难方世玉，要其闯过三关方可入寺。众人为方世玉闯关之事费尽心思。此时，弘时为查出黄金镣铐之下落，正派人暗中监视方世玉。弘历重返泉州的途中于十里亭作诗一首，机缘巧合李梦麟为其续写，二人擦肩而过。

弘时再次派人索弘历的性命，被弘历巧施金蝉脱壳之计再逃一劫。弘历到福州城隍庙，此时再次与梦麟失之交臂。 在众人相助之下，方世玉终于闯过入寺的第一关--少林棍阵。

弘历接到皇上口谕，令其利用方德查明天鹰帮，弘历大喜。 弘时施欲擒故纵之计，令玄净故意放方世玉入南少林，待方世玉在玄净拳掌之中时再问出金铐下落。众人相助方世玉连过两关，方世玉如愿再入南少林。

方世玉被编入南少林香积厨，非但与习武无缘，还受尽玄净的折磨。 小莹因帮方世玉遭其父张信德惩罚，小莹因倾心方世玉，并借烧香之际探望他。而方世玉对此不以为然， 大宏与卓灵为寻贡品等宝物暗查南少林，方世玉全然不知。

弘时知弘历对查天鹰帮一事胸有成竹，深感危机，再令徐标刺杀弘历。 卓灵获悉方世玉的镣铐曾经过泉州知府李海之手遂胁迫李海说出镣铐下落，为救李海，李梦麟与卓灵交手，交战中弘历恰好路过。卓灵不敌弘历、梦麟逃走，弘历则被暗中埋伏的徐标所伤，毒性发作弘历的生命危在旦夕。 李梦麟与弘历初次相遇却似曾相识，二人互生好感。

弘历巧遇苗显，苗显为其疗伤救弘历一命。 方世玉为入罗汉堂习武费尽周折。因方世玉广种福田深得善男信女拥护，众人呈千人签名的百米长卷呈于方丈为方世玉求情。中秋将至，方世玉终如愿以偿进入罗汉堂，众人欢喜。

中秋节，方世玉告假回家与家人团圆，见在方家养伤的弘历喜出望外。众结伴赏花灯，花灯会上弘时暗藏杀机，方世玉等人机警，幸得南少林俗家弟子洪熙官相助弘历又逃一劫，之后众人商议决定弘历暂入南少林学艺，以避一时。 李梦麟接到总舵指示，弘历已至泉州。总舵令李梦麟查出弘历下落并将其杀死。

方世玉，洪熙官等人回到南少林，弘历随至。弘历告知方丈保密其阿哥身份以花公子相称。弘历按常规经过考核成为南少林俗家弟子与方世玉等人共同习武。 弘时得知弘历入南少林，不明其意，处心积虑。方世玉在玄净等人的挑唆下与熙官产生矛盾。玄净施计使熙官误会方世玉有意害自己……

方世玉与熙官发生争执，二人皆受处罚，玄净切喜。在受罚过程中方世玉与熙官互不服气笑料百出。方世玉二人在无意中得知有人暗下牵绊制造矛盾，真相终于大白，生事之人得以惩治。方世玉与熙官冰释前嫌成为好友。

南少林库房里，前来寻贡品的大宏，卓灵，张信德不期而遇。为探贡品弘历也行至库房。 为感化大宏，卓灵向大宏讲述了自己孤儿的身世。大宏更对卓灵滋生情愫，死心踏地的帮她寻宝。 弘历跟踪大宏与卓灵，得知二人寻宝，为达自己目的，弘历决定与他二人同行。

弘历为打探消息下山。途中再遇李梦麟，二人互述衷肠，情意绵绵。 大宏与卓灵探到南少林藏经阁，二人怀疑内有宝物，可藏经阁大门紧锁。为探宝二人决定铤而走险去偷方丈与二位首座身上的钥匙。

卓灵、大宏、弘历偷配了藏经阁的钥匙，在藏经阁中发现一个宝盒，可是三人使出浑身解术都无法打开。卓灵决定第二天一早下山去知府李海府中偷取鱼肠剑，弘历也尾随而去。 在李海府中，弘历遇见已经怀疑他的李梦麟和焰儿，焰儿出手逼弘历说出他的真实身份，被赶来的李海救下，并声称弘历是他的多年好友，消除了焰儿的怀疑。 卓灵得手之后被李梦麟发现，卓灵将剑藏在瓦片中。弘时得知卓灵被抓，便亲自审问。卓灵身份暴露。危机之中卓灵胁迫弘时吃下一粒半年后发作毒药，震怒下的弘时也给卓灵服下一济C药，说好半年内交换解药，并让李海看住卓灵。 方世玉和大宏为救卓灵，就乔装打扮以卓灵的名义四处抢劫……

方世玉为了救卓灵来找张小莹，想让她偷出张信德的令箭，自己去知府喊冤，张小莹对方世玉早生爱意。 知府的大堂上，李海拿着张小莹偷来的总督令箭不知如何是好了，师爷让他将计就计放了卓灵。 自由了的卓灵从瓦片中拿走了鱼肠剑。三人又潜入藏经阁终于打开了宝盒，却只见一件普通的袈裟，三人很是失望。 卓灵的逃脱，弘对李海时大发雷霆，李海只好拿着令箭找张信德对质，张信德矢口否认。弘时决定要杀掉李海，李梦麟为救父亲愿带父受死，弘时限李梦麟三天内抓住卓灵。李梦麟为了抓住卓灵去找方世玉…… 弘时命张信德去南少林寻事，张信德借给亡妻做法事之机大闹南少林……

张信德故意将亡妻的灵牌毁坏，赖在南少林头上，并要解散南少林。就在这危急时刻弘历暗中叫走张信德，用话压住了他，并令其不能泄露他藏身南少林之事，张信德只得收兵。 张小莹因为父亲大闹南少林，觉得无颜再住寺中，临行前卓灵说破她对方世玉的情义，并鼓励她向方世玉表白。林中，见到方世玉的张小莹竟语无伦次的说成卓灵喜欢方世玉，这让方世玉高兴不已。决心去张信德府上退婚，这让张小莹伤心不已，欲寻短见。 李梦麟到南少林找方世玉打听卓灵的下落，不想遇见了花公子，花公子让李梦麟放心，说李海两日内必无事，这令李梦麟对花公子暗生疑窦。 弘历身边的来贵突然来找张信德……

张信德告诉弘时，弘历已经向御史台参了他一本，说他私扣朝廷命官，弘时虽不太相信。该晚弘时找来玄净，利用玄净查得李海为天鹰帮首脑，就将计就计放了李海。 李海从女儿口中得知救自己的其实是三阿哥，知道自己身份已暴露，便要稼祸方德，他命师爷找茬搜查方德的布行，不想师爷早已投入弘时门下，暗中做手脚，将天鹰帮劫走的贡品藏于方德的布行中，这下方德受到牵连。李海对师爷的做法大为不满。方德被关入大牢，苗翠花伤心不已。 李梦麟得舵主的指令，因方德不是天鹰帮的人，不许救方德，以保护李海的身份。并让焰儿传令李海斩杀方德……

苗翠花和苗显到南少林看望方世玉，苗显一时说漏嘴，将方德被关入狱中之事告诉了方世玉，世玉听后闹着要下山救父亲，被苗翠花拦下。救父心切的方世玉听洪熙官说只要打出南少林的"木人巷"就能随意下山了，可是那里机关重重。 李梦麟不忍见方德惨死，就假扮狱卒。这天，弘时亲自来牢中审问方德，并以妻儿相挟，方德不得已说出其他布料已捐给南少林。假扮狱卒的李梦麟急忙赶到南少林，在大宏和花公子的帮助下，取回了藏在布料中的贡品，并将贡品呈给了总舵主。使随后赶来的弘时悻悻而归。弘历对李梦麟的身份也产生了怀疑。 卓灵知道方世玉的父亲被关入大牢，就找到张小莹，说服她求父亲替方德说情。张小莹被张信德责骂。 李海再次审问方德，说他私通天鹰帮，方德一再否认……

方德被判斩立决，苗显、苗翠花痛不欲生，决心劫法场。 弘时知道李海要处死方德，觉得其中大有文章。 方世玉得知父亲深陷绝境，冒着九死一生的危险独闯"木人巷"。大宏、洪熙官和卓灵得知前来阻止，但方世玉心意已决。由于方世玉的大意和轻敌被打出了"木人巷"。 方世玉在方丈的指点下，明白了武学的精华在于：去其糟粕取其精华，而且重要的还要有智慧。方世玉再闯"木人巷"，这次的世玉已成竹在胸…… 刑场上，午时已到，眼看刽子手的刀就要落下，方世玉赶到，誓与父亲共生死……

刑场上，方世玉与方德已被官兵团团围住，千钧一发时刻弘时派徐标前来以证据不足为名阻止行刑，并当场释放方德。 弘历得知弘时放走方德，就密奏皇上参弘时私放重要人犯，一边找来李海。他们的对话被跟踪而来的李梦麟听见，她知道了花公子就是三阿哥。 弘历突然来到方德府上，表明了自己的真实身份，给了方德一个航海图劝他退隐孤岛，方德为了家人应允了。 弘历又赶回南少林，向方丈禀明了一切，让方丈劝方世玉离开南少林。这时，洪熙官来报，口岸有许多倭寇聚集，而且据抓来的人说是弘时指使的。 弘时知道方德已离开，就派手下到南少林捉拿方世玉，而方世玉为了不连累南少林，同意随父母离开……

张信德看清形势，暗中投靠了弘历，他秘密赶到南少林，告诉弘历李海才是天鹰帮重要人物。两人的谈话被弘时的手下徐标看见，回去禀报了弘时，弘时命张镖除去张小莹。又命玄净除去弘历。 弘历来找梦麟，此时梦麟因为得知弘历乃当朝皇子的身份而陷入了痛苦抉择中。弘历告诉梦麟他一直痛恨自己是皇子，想和梦麟过平凡的生活，梦麟被其感动。而玄净在弘历回南少林的途中暗害弘历和梦麟，二人被困山洞之中。 焰儿将李梦麟和弘历之事告诉了天鹰帮总舵主，总舵主令焰儿杀了梦麟和弘历。 张信德受弘历的指使给李海下毒，李海临死前告诉梦麟，一定是天鹰帮的人下的毒手，并说他私藏了一笔天鹰帮的活动经费，梦麟决心找总舵主问个明白，没想到等着她的是焰儿的宝剑……

就在焰儿要杀梦麟之时，梦麟说出他父亲私藏了财宝，总舵主一听假意饶恕梦麟，命她找回财宝。暗地却让焰儿盯住梦麟，一拿到财宝就杀了梦麟。 方德的失踪惹怒了雍正，他传圣旨召弘时回京。而弘历先弘时一步带玄净回京。弘时失策陷入危机，情急之下以张小莹为要挟，命徐标行刺雍正。未想徐标失手，被擒获。 方世玉追赶父母途中，履见倭寇欺压百姓，心中不忿，又记挂南少林的安危，于是请求方德让他回去保护南少林，方德知道世玉已成熟，同意他返回南少林。 弘历在回京途中接到消息雍正被刺，快马加鞭赶回京城。雍正假装伤势严重，以试探两位皇子的心态，弘时马上表现出自己的野心，而弘历看到雍正受伤严重，表现出更为父皇的安危担心。

为除后患，弘时毒死张信德，将小莹一并灭口。 弘时勾结倭寇假扮北少林僧人与南少林比武，借机行事。方世玉、洪熙官与倭寇打成平手。弘时大为不满，又另方丈交出龙万乘。

弘时欲灭南少林。为保护南少林，方丈以死相谢，令弘时进退两难。关键时刻弘历携旨而来，弘历数出弘时种种罪行并令其接旨自行了断。弘时狗急跳墙，拔刀刺向弘历，结果自己毙命刀下。 恶人终被绳之以法，弘历奉旨查处南少林，此时方世玉却誓言自己要与南少林同生死共存亡……