黑暗的真相曝光后，Molly的生活被彻底改变。一转眼六个月过去了，Molly目前正在一家精神病院接受康复治疗。当她得知她在太空目睹的奇怪死亡事件再次发生之后，她决定逃出医院去调查。她与负责调查这些案件的警察兼赏金猎人JD Richter（Jeffrey Dean Morgan）不期而遇。出于某种个人原因，Richter决心不惜一切代价揭开真相。

Richter不相信Molly所说的拿着射线枪的外星人的存在，Molly表示被害人的血样可以证明自己的观点，二人调查时发现被害人已经不止一个。

为摧毁Ahdu，军方决定用无人机直接轰炸充满人群的酒吧，但是Molly和Ahdu在轰炸之前已经离开，Molly和Richter被捕，Ahdu逃脱。

Ethan越来越频繁的出现对Molly的记忆。Molly被Toby邀请一起研发一种杀死混血种又不伤害到人类自己的病毒。

数据显示，在四个月内有58名孕妇死于生产，这意味着有58个年龄未知的混血体散落在外。混血体近来转入地下，这令Toby等人十分担忧。与此同时，病毒小组的工作取得了突破性的进展，他们正在研究新的病毒株。Molly也在试图查清John的死因，并找回Ethan。Toby帮Molly联系到了国土安全局相关负责人，但负责人表示由于Ethan并非人类，Molly想要回Ethan并非易事。

Molly发现自己的基因已和外星人的基因结合，她成为了一种跨物种的生物，因此她必须尽快阻止外星人基因的繁衍。可以消灭混血体的病毒已经被成功研制，Lucy识别人类与混血体的工作也得到了认可。与此同时，Ethan找到Ahdu向其索取血样，Ahdu表明他们来到这里是为了重建家园。

谢坡德Shepherd释放了病毒，许多混血体都被感染了。儿子阿杜Ahdu快要死了。阿瑞斯和特拉不能相信。

Molly病重，在隔离病房接受救治，她录下了视频日记，为Ethan填补空白。Julie告诉Ethan，Molly很想见他一面，于是Ethan在Julie的帮助下下载关于Molly的记忆。

Molly破茧重生，机器人Lucy违规杀人。Toby助外星人逃跑，Molly再被通缉。机器人集体遭控制，Toby被政府定罪。

Molly整理John遗物，发现了Calderon的行踪，Molly在Calderon处得知种种阴谋的幕后黑手竟是Taylor，同时安委会部长听从了Taylor意见，决定加速生产人工生命。

JD解救了自杀未遂的Charlie，得知真相后，Charlie与Molly等人共同研究毁灭Taylor的方案。Taylor命令人工生命全球释放第一代菌株，地球人遇毁灭危机。

外星人同意帮助Molly对战人工生命，在外星人的协助下，Molly一行人勇闯迷宫，成功阻止了Taylor的邪恶计划。