一个基因变种人有着无法抑止的吃人脑的欲望。但他想做个好人。

幸运儿 The Goldberg Variatio

一个善良的家伙有着难以置信的好运气，他和懂得平衡自己拥有的好运，并运用它们来攒钱帮助一个肾衰竭的孩子做肾移植手术。

第六次大灭绝（上） The Sixth Extinctio

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

第六次大灭绝（下） The Sixth Extinction II: Amor Fati

Kritschgau指出Mulder现在的情况是因为曾感染黑油，飞船碎片的出现激活了黑油发生作用。CSM知道Mulder现在是继Spender的母亲之后又一例成功alien/人类混种，而且是更加稳定无排斥的品种。他带走Mulder，实施手术移植他的脑部遗传物质到自己身上。Mulder一直在做梦，梦中他在CSM的诱惑下经历了完全不同的人生。

一个叫做千禧组织的邪教团体召唤了四个活死人，意图通过仪式迎接世纪末的世界末日。Mulder和Scully找到曾专门调查千禧组织，现已退休的FBI探员帮助破案。

几个孩子发现了一个山洞的秘密，被洞里的神秘光线照过之后，他们能够以肉眼捕捉不到的高速运动。

2X13里的恋物癖被一个传教士出于替天行道的目的放出了监狱，但他低估了这个变态的邪恶程度。Scully再次成为了这个变态的目标。

魔术大师 The Amazing Maleeni

魔术大师马里尼在完成他的绝技——头颅旋转180度的表演后，被发现尸首分离死在自己的货车上，另一个与他有瓜葛的魔术师成为了嫌疑犯。Mulder和Scully却发现这一切可能只是场魔术骗局。

生命的奇迹（上） Sein Und Zeit

发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。

被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。

X档案与Cops的Crossover，忠实记录了Mulder和Scully协助警方追捕月圆之夜的“怪物”——恐惧的过程。

虚拟战斗 First Person Shooter

游戏公司测试虚拟现实第一人称射击游戏时，测试人员意外死于游戏中——被一个非游戏角色的虚拟人物杀死。Mulder和Scully全副武装进入游戏调查真相。

誉满业界的医生曾经为一名无治疗希望的病人实施了安乐死。病人的父亲认为医生是杀手，决心用巫术报复医生全家。

CSM利用Scully达成他的目的，在Scully和CSM的合作过程中，她多少了解到了他的另一面。

善良能乾的妻子对丈夫偷情视而不见，宁愿默默忍受也要维护家庭的幸福。但忍受到了极限就一定会爆发，她变成了连自己都不认识的怪物。

Mulder匆匆赶去英国看麦田怪圈，Scully留在华盛顿遇到了自己的旧情人，让她有机会对自己做出的选择进行了深刻的反省。

Morley烟草公司利用转基因技术培育新品种烟草，却意外改造出了致命的烟草甲虫。Mulder成为了甲虫的受害者，生命垂危。

好莱坞式Ｘ档案 Hollywood A.D.

Mulder和Scully发现了上帝让拉撒路复活时使用过的陶土碗。好莱坞把他们的经历拍成了电影，请Skinner担任副制片人。

通过捐献精子由同父异母所生的一对完全相像的双胞胎相遇，周围的人们便会莫名其妙地陷入疯狂。两对这样的双胞胎在全是摔角迷的摔角赛场相遇……

来自法国的古老的地毯精灵被释放了，她能满足任何释放她的人任意三个愿望。

Mulder和Scully回到他们第一次合作办案的厄勒冈，调查当地一起飞船坠毁事件。CSM自从手术后就身体欠佳，听到消息异常兴奋，认为是复兴计划的机会，派出Krycek寻找飞船。MS发现，曾被劫持过的人现在又开始一一失踪了，他担心Scully的安全。但是，最后被飞船和赏金杀手带走的却是Mulder。Krycek无情地杀死了CSM。Scully怀孕了。