在一个雾霾深重的日子，CBD突然下起了奇怪的二次元鸭梨雨。后来鸭梨变成了鸭梨兽，开始吃人。被鸭梨兽吃掉的人变成了盒子人。张小盒是一个普通的上班族，情感内向，这天正在鼓起勇气向心爱的女同事莉莉送生日礼物，结果又像往常一样被老板VC高打断，被使唤去买咖啡。张小盒在买咖啡过程中遇到灾难爆发，赶紧赶回办公室去救莉莉，结果还是晚了一步，亲眼目睹了莉莉被吞。

半个月后，张小盒从昏迷中醒来，却发现世界变了。当初大批降临的鸭梨兽已经变成了大量小鸭梨散落在各地，只是偶尔零星还会变回成鸭梨兽再次袭击人。出现了大量盒子人，都有各种各样的倒霉症状，受到正常人歧视。张小盒也是其中之一。张小盒在医院里寻找莉莉的下落，被告知以往入院病人记录中并没有关于莉莉的信息。张小盒怀疑传说中今天刚送来医院的那个神秘的盒子人没准就是莉莉，设法潜入“她”所在的地下室。

张小盒和何小酷都被作为“纵兽犯”遭到通缉。他们临时住在一个废车场避难。何小酷看到张小盒能够变身的潜力，想激发他的超能力。张小盒不配合实验，何小酷就硬逼着他来。原来何小酷偶尔会有洞悉未来一瞥的预知力，他曾预见到自己曾与一个类似张小盒的身影并肩作战打怪兽，他坚信自己是未来的救世主，并认为与张小盒成为搭档是宿命。何小酷劝张小盒跟自己去打怪当英雄，张小盒却一心只想救莉莉。终于在百般刺激下，张小盒再次变身摆脱了何小酷的控制。而何小酷则更加认定自己，从此跟定了张小盒。

何小酷跟张小盒回到公司寻找莉莉。这是盒子人能够重回工作岗位的第一天，两人借着这个契机假扮成新入职的员工混进。张小盒发现公司也有很多变化，盒子人表面上重新被社会接纳，但实际上备受歧视。他们没有在莉莉的岗位上找到她，又设法混入HR的办公室查找莉莉的电话和住址。HR回来发现张小盒，引起办公室骚乱，大家为了抢到悬赏都争抢着抓张小盒。鸭梨兽爆发反倒为张小盒二人解围。何小酷本想扑上去打怪兽，被张小盒强硬拉住，二人趁乱逃走。

黄阿狗本是张小盒的同事，因为变成盒子人而失去了工作流落街头。无家可归之际偶然发现莉莉家钥匙于是去避难。在莉莉家门口，偶然捡到“盒子妹”的色情广告卡片，他一时兴起定制了一个名叫“莉莉”的盒子妹。张小盒和何小酷也来到莉莉家，黄阿狗藏到柜子里。对门邻居发现莉莉家有贼，带人要进门捉贼。张小盒二人也躲进柜子。结果与黄阿狗相遇。黄阿狗无法解释自己的来意，假称帮莉莉回家拿衣物，恰逢招妓电话正好说出“莉莉已经准备好了”，让张小盒信以为真，拉着黄阿狗去色情店找莉莉。

黄阿狗得知了张小盒是悬赏通缉犯，准备利用张小盒“嫖”的时机举报他。他设法让张小盒在色情店稳住，安排好之后借机开溜去报警。但色情店其实是利用色诱和假装扫黄来拐卖盒子人的人贩组织。黄阿狗遇到穿假警服的人贩子向他们举报。同时，两个真的警察正换了便衣也来到这里。