在海岸线上，一个蓝衣的骑士骑著机车驰骋著。同时在洞窟中，一位红衣骑士正和蝙蝠身形的怪物在战斗。这两位是人类基盤史研究所为了封印不死的怪物不死者，派出来保护人类的战士，红色的假面骑士金币与蓝色的假面骑士剑。现在，那股力量将完全解放…

在BOARD被毁後，一真为了自己又再被背叛而陷入了低潮，而虎太郎才刚安慰完他的那时，不死生物出现了！但一真却踌躇著该不该出击，这也惹的栞对他的一顿斥责。虽然，一真还是出击了，但是不死生物到底是什麼，假面骑士又到底是为何而战的？能解开一真心中问号的乌丸所长又到底被带到哪里去了？

好不容易找到乌丸所长了，一真、虎太郎和栞尽了所有的努力想要和所长取得接触，最後终於找出了密码：「DOUBLE JOKER」。这到底是什麼意思呢?是指扑克牌中的黑白两张鬼牌吗?还是又有什麼含意呢?而无法挥去脑中毁灭影像的朔也，来到了小夜子的诊所。虽然小夜子替他作的检测是一切正常，朔也为什麼会一再浮现那个影像呢？「DOUBLE JOKER」、毁灭的影像、第三位假面骑士，这一切的真相到底是什麼？

在战斗之後,一真愤怒的质问朔也,问他为什麼要绑走乌丸所长?袭击BOARD?还有是不是他解开不死生物封印的?但朔也不但回达说解开封印的是「乌丸他们」，更警告一真，要是再战斗下去，一真的身体迟早也会变的和他一样。朔也的回答，让一真陷入了更深的错误之中…

乌丸所长就这样子在火焰中消失了，栞也因此难过的不知该如何是好，但这时回来研究所的朔也则看穿了一切都只是障眼法而已。但是，到底是谁弄出了这样子的障眼法?而把乌丸所长带走的是什麼，又是为了什麼目的呢?

在圣杯的努力之下，天音总算是获救了。不过，这也让一真笃定了始就是那位神秘的假面骑士。就在一真向始质问时，始的回答却正好表达了许多人的现在的心声，「谁都有不想让人碰触的隐私…」。不过，始到底在「过去」看到了什麼?而始「他本身」又是什麼呢?

攻击朔也的人、讽刺始的人、命令神秘人追捕乌丸所长与俘虏一真的人，原来都是………伊坂，一个不知道能不能算「人类」「人」。知道1万年前的事的他，似乎想要创造出一个有别於剑、圣杯与金币的新骑士。他(它?)的目的到底是什麼?

在逃出了伊坂的基地之後，乌丸所长对众人说出了人类基盤史的事，也就是1万年前的生存淘汰战。同时，乌丸所长也说了，一定有著能够化成人类外貌，并能够使用人类语言的上级不死生物。这段话，让一真直觉的想到了始，而乌丸所长也认为伊坂也是。可是，既然伊坂是不死生物，那他为什麼会想创出能封印自己的新骑士呢？

在斑马不死生物的攻击下，朔也在小夜子面前变身为假面骑士金币。但无法摆脱恐惧的他，依然越战越畏缩并再次的落败。尽管小夜子表示愿意陪朔也离开这里，一同过新的生活，但是朔也却仍选走择战斗的路。而企图制作新骑士系统的伊坂，则在这时找上了朔也…

在决心一死的战斗中，朔也战败了。但，伊坂不但没杀了他，还就这麼的把他给带走了。而朔也在恢复意识後，却听到了伊坂告诉他说，他已经痊愈了，已经又可以再战了。到底，伊坂对朔也做了什麼?朔也真的克服恐惧心了吗?

在伊坂的治疗下，朔也的攻击不再有犹豫，更不再有恐惧，尽管他攻击的人是剑崎…至於离开蓝花楹餐厅的始，在开始接处仁的生活後，见到了人类的另外一面。始、朔也，他们想要的到底是什麼?力量?人性?还是…………归处?

与任一同生活的始，开始对自己的离开感到疑惑，不过他依然认为自己还是无法回到天音与遥香的身边。看著优对自己叙述他对仁的关心，始认为自己依然无法理解人类，但他却也觉得现在是该自己要离开的时候了…

小夜子在努力的调查後，知道了朔也恢复斗志的真相，也因而知道了他现在到底处在多危险的处境。为了帮助朔也，一真更下定决心要先封印那只类别Ace的不死生物。而就在追查不死者掳人的案途中，一真遇到了始，始这时则说蜘蛛不死生物会放出小蜘蛛去找类别Ace的适合者。到底，类别Ace的适合者会是怎样的人呢……?

在被朔也打倒之後，倒在溪畔的始让赶来的一真救了起来。一个是孤独永远战斗的不死生物，一个是为了保护人类免於不死者伤害的人类骑士，就在这样的情况下，他们开始有了真正接触的机会。纵然对於始，栞保持不信任的态度，虎太郎则是极度的敌视，但一真却开始积极的想走进始的世界。始的孤独、一真的热切 这两人的关系开始加速了…

在小屋的事件之後，一真已经开始对始敞开了心房，在看到了始赶去救遥香母女的情形，更事确信始应该要回到蓝花楹餐厅。而在另一方面，为了小夜子的死，朔也清醒了，也完全甩脱了心中的恐惧感，但他却决心要不惜牺牲自己的去为小夜子报仇。而除了一真、始、朔也之外，原本平凡的少年睦月 ，他的命运也开始要急速改变了…

一番激斗之後，朔也封印了孔雀不死生物(伊坂)，为小夜子复了仇，也让被伊坂施加精神控制的乌丸所长等人都醒了过来。随著所长的归队，用来创造第四位骑士的腰带与Ace盤牌也到了一真等人的手中。原本虎太郎想用这条腰带尝试变身，但所长不但阻止了他还说这条腰带并不寻常。这条腰带到底藏有怎样的秘密在呢?

为了找寻被捡走的腰带，朔也与一真四处去寻找那位叫作「睦月」的小男生，但一真却万万没有想到，其实「睦月」就是之前被他救了的那位高中生。再得到了假面骑士权杖的力量之後，睦月开始有了改变，也希望自己能像救了自己的一真一样，成为一个救人的假面骑士，而这时正巧一真又再次见到了睦月…

在变身的同时，睦月的意志又再次的被类别Ace(蜘蛛不死生物)掌控，虽然他断定那只是自己的身体还不能够适应而已，但一真与栞却还是将腰带收了回去。不过，被收回的腰带却莫名的又回到了睦月的房里。到底被封印的蜘蛛不死生物想要利用睦月做什麼呢?

得到了权杖的腰带，豪就像是又再变了个人一样，不理会朔也苦苦规劝的他，不但放出不死生物去攻击人类，更一再的挑衅朔也。面对著自己所敬爱的前辈，正与敬爱自己的後备战斗著，朔也又再度拿起了腰带…

为了拿回权杖的腰带，朔也来到了睦月的面前，但被蜘蛛不死生物所蛊惑的睦月却无法从力量的泥沼里脱身。看著越陷越深的睦月，朔也决定尽全力去拉睦月一把。而在同时，一位清纯可人的美女吉永美雪，出现在陷入低潮的虎太郎面前…

在始的面前，睦月因为变身解除而落败。而朔也在知道了睦月想变强的原因後，发觉到睦月其实与自己有许多相似。为了不让睦月走上自己的错误後尘，他开始为睦月进行特训。而就在这时山羊不死生物化身的人类矢泽，将剑崎引了出去，并来到了虎太郎与美雪所在的温室之外…

在橘的锻鍊过後，睦月在肉体上有所成长，但是精神方面却还仍旧停滞不前。睦月认为自己是因为没有战斗的理由，而陷入了矛盾的迷思之中。就在这时，金币的战斗讯号，在与於地底行动的不死生物战斗时消失了!赶去现场的睦月能够挣脱心中的疑惑挺身而战吗?

因为一张照片，让令怀疑起了始的身份；因为一张牌，让始的不死生物真面目更加疑云重重。鹰不死生物和螳螂不死生物嘠涩在一万年前到底约定过什麼。而杀害栗原晋的凶手到底是谁?为什麼在栗原晋死後，始就这麼的来到遥香她们母女俩身边呢?

睦月在与望美约会时碰上了由死人变成的不死生物攻击，但不论睦月怎麼努力，都无法把打倒的不死生物封印。就在这时，一群持枪的黑衣男子出现，并以手上的枪打倒了不可能被枪打倒的不死生物!这些人自称是…不死生物猎人!

一真、朔也与不死者猎人们一同努力完成的漆黑獠牙被狼不死生物给抢走了!为了夺回大家的心血，并替为此牺牲的不死生物猎人复仇，一真与朔也死命的追击著狼不死生物。就在觉得要追丢它的时候，却看到新命满身是伤的キング牵著漆黑獠牙走过来…

在败给了大地大象不死生物後，一真与朔也难掩落没的回到了虎太郎家里。就在这时，一个手提金丝雀鸟笼，有著爽朗笑容的大叔嶋升出现了，自称与乌丸所长交情不错的他来自西藏。但不知为什麼，他似乎流露著一种常人所没有的智慧气息，他的真正身份到底什麼?

在嶋先生的引导下，一真知道了他到底是为何而战，也获得了与类别JACK融合的新力量JACK FORM。但就在一真的身心都有所成长时，睦月心中的阴影却越来越大，类别Ace的蜘蛛不死生物，在看到了类别King的嶋先生後，对睦月的控制力似乎又更强了。面对自己同族的恶毒，嶋先生在心中暗自做了一个决定…

在与安昙眠蛇不死生物的战斗中，始的头部意外受到冲击因而失去了记忆。在失去记忆的情况下，阿始碰到了与他长像一样的人类三上了。因为种种因素，不知道始真面目的了决定要和使交换彼此的生活。於是最强的章鱼烧小开，与最痞的相川始诞生了…

和始交换身份的了，在与虎太郎的对话中知道了始并不是人类的事。大为吃惊的他虽然急著想要换回原来的身份，但却阴错阳差让未知发现，而反而弄巧成拙的被轰出了家门。至於失去记忆的始，却因一句最後的胜利者，而满脑子只想著一定要战胜。就在这时，一真等人收到了一个来自西藏的小包裹，那个小包裹装的到底是…

虎太郎收到了一封名为「假面骑士」的邮件，一开之下才发现有人知道了关於假面骑士的事，并有散布负面的消息。在大家分头找寻之下，找到了一个自称为KING的少年，这位少年是否就是类别KING的不死生物？同时，完全被类别ACE控制的睦月，又会做出怎样的举动？而在骑士与52个不死者之外，似乎又有了第三势力的出现…

在打倒了无法封印的不死生物後，朔也在追查关於JOKER的真象时，却意外的发现了小栞之父广濑义人尚在人世。而这时广濑义人不但说出了剑崎会因JOEKER而受害，更说出了另一组BOARD秘码。到底BOARD还藏则怎样的未公开秘密在?

失去所有牌的始，因为无法压抑自己JOKER的本能而陷入了痛苦的挣扎中。为了要解救受苦的始，一真决心替始向King抢回所有的牌。但无意战斗的King，一边以它惊人的战斗能力戏弄著一真，一边说出了一真心中的迷惑。抢回了牌，封印了King，虽然能救回始，但却也让JOKER更接近获胜的终点。一真到底该怎麼办才好?

为了不让身边的人被牵连，一真毅然的离开了虎太郎的家。虽然这样消极的让虎太郎等人不会受到考验者的伤害，但也让一真顿时失去依靠而不知如何自处。另一方面，形同失控的睦月则找上了始，企图想趁始在与本性挣扎时封印他，但没想到始不但利用Jack变身，还说出了过去他绝不可能说出的话…

以KING FORM战胜考验者D之後，一真莫名的昏睡了过去，等一醒来时，眼前出现了一个可爱的女孩羽美。羽美是在看到一真表示自己是假面骑士，并在一真战完昏倒後带他回来的，但她也趁机拿走了一真所有的牌。任性的美羽以牌作威胁，要一真当一天她专属的英雄，一真能够捱得过这一天吗？

欠

看到了变回JOKER,而且变得连天音都分不出来的阿始，一真决心要帮阿始再度恢复他的人性。而在看过乌丸所长寄来的邮件後，一真认为只要为阿始凑齐了13张红心牌，那他或许就有机会进行不同形态的进化，这样就可能会压抑住JOKER的本能了。於是，一真不顾一切的冲了出去…

用了一真牺牲自己所换来红心类别King，始完成了新的进化狂野圣杯，并成功的压抑住自己JOKER的本性，重新取回自己相川始的人性。但就在一真协助广濑义人後，广濑先生却找了睦月来，怂恿睦月封印变成JOKER的一真。广濑先生的目的到底是什麼?一真真的会被封印吗?

在始的帮助下，一真从JOKER的意识中清醒了过来，但相对於一真与始等人的欣喜，睦月却大受打击。为了让自己变强，为了不要只有其他人变强，睦月决心去找他认定可以让自己变强的人广濑义人!但不知从何找起他的，便将矛头转向了栞。但这时，一真和朔却还没让栞知道自己父亲其实还活著的事…

纵使百般不愿，栞还是知道了真相，但同时也发现，一真与朔也以为的广濑义人其实是考验者B。虽然在一真、朔也与睦月的连手下击退了考验者B，但考验者B抓睦月的真正目的是什麼?到底为什麼考验者B会变身为广濑义人?而真正的广濑义人是不是真的还在人世呢?

在睡梦中，城光—老虎不死生物梦见了1万年前大战时的景像。但1万年後，同样是极限之战，但多了骑士，多了人类…现在还没被封印的不死生物只剩5张，但却也让大家开始注意到，这场极限之战其实并不单纯，而这其实中秘密到底是……

欠

好不容易睦月从类别Ace的咒缚中解放了，但是因为泰坦的攻击，似乎让一真与朔也都中了不死生物之毒。在始与睦月受到一真的袭击後，三位骑士变开始寻找著一真，但就在这时，朔也似乎也毒发了。始与睦月为了要唤醒曾经一再为自己付出一真与朔也，决心要打醒他们两人，但一真与朔也的反应似乎却…

在泰坦的计谋下，始与睦月开始猜忌一真与朔也失去了心智，也让他们开始对另外两人做一对一的监视。但泰坦却趁机继续的挑拨离间，化身成始攻击一真，也化身成睦月去袭击朔也。不过，就在它再度化作一真去攻击始的时候，让始发现的破绽，於是始将计就计的设下了一个陷阱…

就在大家都已经觉得战争就要结束的时候，天王路的阴谋也正式开始浮上台面了。由人工所创造的全新不死生物，凯尔贝洛斯(三头巨犬)，到底是为何而被造出的?又能帮天王路实现怎样的理想呢?剩下的两只不死生物，真的会战到只剩下一个吗?这对曾变身为JOKER的一真，又会带来什麼影响呢?

在打倒了凯尔贝洛斯(三头巨犬)後，天王路终於现身了，但众人万万没有想到，凯尔贝洛斯被创造出的真正目的并不单只是为了封印不死生物。类别King的金居，原本想抢走第五张Ace凯尔贝洛斯，藉以封印JOKER，但没想到天王路造出这张Ace的目的竟然是…

打倒了天王路之後，不死生物就只剩最後两个了，在游戏就将结束的现在，阿始对前来找自己的金居帠别King提出了休战的意见。但金居却因已有了足以封印对手的手段，而执意要与阿始一战。一万年後的这场极限之战，到是会创造出一个锹形虫之星?还是人类能继续现在的世界?或著是……游戏重新洗牌…

52只不死生物都被封印了，JOKER成了最後的胜利者。但朔也牺牲自己才得到的这个结果…除了换来阿使的失踪外，还让世上出现了打都打不完的黑色怪物黑蟑…世界真的要毁灭了吗?天王路和其他不死生物所说的难道都是真的吗?这个世界到底真的就有没有希望了吗…

终於，假面骑士就只剩下一真了…一真死命地战斗，甚至一直使用King形态在和四处袭击生命体的黑蟑螂战斗。一真这样子的举动到底代表什麼?是真的打算要封印JOKER始?还是想拖到始能够抗拒主宰者的意志?又或著是……与那个秘码有关?最後的高潮!最後的抉择!人到底要如何才能战胜命运……