使用魔术手法在全世界范围内进行盗窃的大怪盗·怪盗基德，在时隔8年后首次现身。

喜爱魔术的高中生黑羽快斗，在同学的面前发出了要与基德一决胜负并将其逮捕的宣言。当天，基德对正在小野银行中展示的宝石“月之瞳”发出了盗窃预告。回到家中的快斗意外发现了已经去世的魔术师、父亲黑羽盗一留下的密室，房间中不知为何存放着与怪盗基德一模一样的服装。快斗抱着见到基德就会知道些什么的想法前往小野银行，因此知道了盗一之死的真相，以及盗一不为人知的一面……

怪盗基德接到匿名者打来的电话，并在电话中收到了“不要再插手宝石的事，再做同样的事你就会没命”的警告。

第二天，青子迎来了自己的17岁生日。这一天也是基德的预告中将要盗窃印度最大的蓝宝石——“蓝色生日”的日子。晚上，基德成功突破博物馆中警察的防守，偷到了宝石。但谜一样的男人斯内克出现在了准备逃走的基德面前。

斯内克说着“这是忠告”并掏出手枪对准了基德。他的声音正是昨天电话中男人的声音。斯内克知道快斗的父亲盗一的事情……

黑社会头目经营的台球酒吧“美国人”，拥有传说中的台球球杆。那原本是寺井的。很久前，寺井与黑社会里精明的台球赌徒莲罗通二郎以那支球杆作为赌注进行比赛，寺井因输掉比赛而失去了球杆。快斗答应寺井去取回传奇球杆，因此以怪盗基德的身份向头目发出盗窃预告。

晚上，快斗和青子、寺井一起造访了“美国人”，与莲罗进行有赌注的台球对决。连续输球的快斗，却提出提高赌注，自己用寺井的店“蓝鹦鹉”，而对方以传奇球杆下注的提议……

从伦敦归来、不断解决案件的著名高中生侦探白马探，正受到公众的关注。基德盗窃名画《亚当的微笑》时与白马进行了较量。尽管基德因为白马的到场而焦头烂额，但还是成功地盗走了名画。

第二天，白马转学到了快斗的班级。这一天也是基德预告要盗窃青铜女神像的日子。在中了两张演唱会现场门票的青子面前，白马提议，如果他今晚抓住了基德，青子就要邀请他一同观看演唱会，如果输了则由快斗陪青子前往。当天晚上，基德与白马再次展开了对决……

快斗的同班同学小泉红子，能俘获世界上的所有男人，却只有怪盗基德除外，这使红子非常不快。2月14日，红子发现快斗对自己不感兴趣，她因此怀疑快斗和基德是同一人。回家后，红子举行了让基德成为自己俘虏的仪式。红子是赤魔法的正统继承人。晚上，基德去美术馆盗取宝石，却因受到红子的仪式的影响而险些被中森警部等人捉住。想方设法逃出来的基德，却又被红子逼进了魔法阵……

怪盗基德发布了将要盗窃车站前钟楼的镶有数颗大钻石的大钟的犯罪预告。基德在装扮成泉水警官试图潜入钟楼时，守卫在入口的刑警只在询问中就识破了基德的伪装，慌了神的基德逃到钟楼内部。而建议警察进行这些询问的是一位乘着警视厅派来增援的直升机的神秘男子。神秘男子推理出基德可能仍躲在建筑物里的某处，并指挥警察前去追捕基德。而这名神秘男子的身份，就是目暮警官带来的高中生侦探工藤新一……

怪盗基德盗取“天使的王冠”时因为中森警部的阻止而只能放弃，因此他发布了周日再次盗取“天使的王冠”的预告。但在此过程中，中森警部看到了基德的脸，因此怀疑到快斗。青子听说父亲怀疑基德是快斗，因此邀请快斗在周日与自己约会，因为青子坚信快斗不是基德。

到了周日，快斗与青子在热带乐园约会。随着预告时间的临近，快斗准备找借口离开，青子却给快斗戴上了手铐，动弹不得……

由于不能俘虏基德（快斗），红子做了要将他从这个世界上抹杀掉的决定，因此召唤了邪神路西法，得知了基德逃跑路线的信息。

满月之夜，中森警部等警官在基德发布犯罪预告的博物馆中进行警戒。红子利用魔法控制了中森，使他对试图盗窃宝石的基德发动攻击。然后基德像路西法所预言的一样，通过屋顶上的绳索向东都铁塔逃走。而红子就在塔上等待着基德，她挥动着大镰刀，声称要将基德从世界上抹杀掉……

在听了母亲黑羽千影18年前与父亲盗一初次邂逅的经历后，快斗也就是怪盗基德，前往发布犯罪预告的博物馆。但在偷到的宝石背面却写着：“奉还18年前的恩怨。”

后来，快斗虽然怀疑这是某人设下的陷阱，但还是变装成中森警部的样子，与获得了招待券的青子一同前往东都铁塔。但那里出现了乡津会长和他持枪的手下。乡津没有注意到中森（快斗）是变装的，却误以为他是18年前的初代基德。乡津一直对初代基德与怪盗淑女的合作而怀恨在心……

快斗变装成中森警部，与青子一起前往东都塔。在那里埋伏着的人，是对18年前的初代基德与同伙怪盗淑女怀恨在心的乡津。中森（快斗）认识到眼前的情形与母亲黑羽千影说过的18年前与父亲盗一初次邂逅的经历一模一样。中森（快斗）因此察觉到乡津等人准备谎称基德已偷走在展望台上展示的红宝石，并把原本放在暗中的大量的仿制品在黑市上兜售。乡津和他的部下为了偿还18年前的恩怨，用催眠瓦斯迷昏了青子，并把枪指向了中森（快斗）。于是快斗卸下了中森的变装，变身为怪盗基德……

怪盗基德发布了明日20时将要在龙马展上归还坂本龙马的三件遗物的预告。柯南看破了基德把犯罪日期定在明天的原因。天气预报称明天有雨，基德在等待下雨。基德的真正目的，并不是要把遗物返还给主办者樽见和鉴定家华村，而是为了让警察对龙马展的中心——龙马的枪带进行警戒。

第二天，基德变装成一个胖男人潜入了博物馆，并和柯南交谈，企图动摇柯南。基德在被柯南看破了真正目的的情况下开始行动……

怪盗基德发布了将在圣诞夜的今晚偷取东风百货前圣诞树上的宝石——巨人之星的犯罪预告。但是，这实际上是巨人之星的主人财前放出的假预告。财前蓄意炒热话题以便增加营业额，并命令职员冒充基德盗取宝石。晚上，对假预告毫不知情的快斗前往青子的家参加聚会。然而，临近预告时间的时候，快斗惊讶地得知了假预告的事。不过为时已晚，假的怪盗基德已经在东风百货前现身……

快斗的班级参加了雪山上的一家滑雪教室，某天晚上将要举行假面滑雪大赛。大赛规定必须要男女生两人一组，化装后从山顶滑下。红子向青子提出以“谁能和快斗组队”而一决胜负的想法，并进一步提出，输的一方要对快斗就此放手。青子尽管考虑到了快斗的想法，但还是决定和对红子抱有好感的藤江组队。精通红魔发的红子抱着必须和快斗组队的心情，在快斗身上粘上了有魔法的纹章，策划着与快斗组队……

怪盗基德发出了将要盗窃英格拉姆公国女王持有的宝石——水晶之母的预告。女王和儿子菲利浦王子将要乘坐特快列车访问日本，中森警部作为护卫同行。快斗和青子也乘坐了这次列车。女王胸口佩戴的宝石是赝品，而真正的宝石藏在了列车的某处。同样潜伏在列车上、觊觎着宝石的还有斯内克。快斗和青子一起前去问候女王，借机窥伺周围，想要找到宝石的所在之处。

欧洲萨贝利那公国的安公主即将前来日本展示公国的宝物。安公主带有欧洲最大的宝石。跟随安公主而来的刑警多隆在媒体上大肆宣传，向怪盗基德挑战，并声称“只有赢了我才能盗走宝石”。快斗通过新闻得知了多隆的挑战。这次的展示区的警备主动权握在萨贝利那公国警察的手里，中森警官的岗位并不重要。夜里，快斗变装为怪盗基德返回展示区，引起了骚动后趁机偷走了安公主的宝石，却遭到了多隆的枪击……

铃木集团的顾问铃木次郎吉，在晨报上打出大幅广告，向怪盗基德发出挑战。快斗接受了挑战，决定要偷走铃木大博物馆屋顶上展示的“大海的奇迹”。快斗听到大家对基德的期待后决定不仅仅要在挑战中胜出，还要让观众好好享乐一番。然而次朗吉已经准备好了包括直升机在内的精锐警备，而快斗在检查对博物馆的监视影像、准备寻找警备的突破口的时候，也看到了柯南和兰的身影……

舞台剧《马尔斯和罗莎》公演当天，将要使用世界最大的绿宝石——绿色之梦。怪盗基德发出了将要盗走这颗绿色之梦的预告。公演前日，快斗变装成剧场里准备小道具的少年前去确认警备的状况，并认识了夜里留下来联系的新人女演员惠。第二天，快斗和青子一起去看公演。中森警部为了把常常趁着环境黑暗进行偷盗的基德陷入不利的境地，特地准备了20个使用电池的大探照灯。然而直到最后一幕，基德也没有出现，中森警部便认为基德只有在一片黑暗中才能消失，并提前确认了自己的胜利……

怪盗基德接受了法国来的怪盗——黑猫的挑战，决定盗取戒指“黄金之眼”。这枚戒指是玛丽·安托瓦内特所收藏的七件首饰中的最后一件。与此同时，戒指的主人丹·光石和保安公司的主人阿兰准备抓捕黑猫，夺回被黑猫偷走的其它六件首饰。丹给宝石投了失窃险，这家保险公司的调查员鲁比小姐也被派来守卫宝石。考虑好守卫宝石的秘密绝招的阿兰自信满满地宣布没有人能成功从内部逃脱。预告的时间逐渐接近了……

离预告时间还有五分钟的时候，中森警部把戒指戴在了手套上面。与此同时，几名机动队员运进了几个大照光灯。丹询问这件事的原因，假扮成机动队员的基德回答，是从中森警部那里收到了要把展示室照亮的命令，因为展示室里太暗。鲁比揪了基德的鼻子以再度确认基德的身份。鲁比是在怀疑基德吗？

星期日的早上，铃木财团的顾问，铃木次郎吉再次在新闻上对基德发出了挑战。从18点开到始24点为止，将在锦座4丁目交叉路口的中央进行宝石的展示。宝物是100克拉的紫水晶装饰的拖鞋，紫红指甲。寺井劝说快斗不要去偷，但快斗说只要有时间就可以去挑战……

怪盗基德发出预告，要在明日港口酒店举行的晚餐聚会盗取世界最大的红宝石，红色之泪。红子对快斗发出了停手的忠告，因为据说把这个红宝石搞到手的人一定会遭遇灾祸，这是一块恶魔之石……

怪盗基德前去窃取世界上最大的黑色的钻石，但是在展示场寒冷的环境中连手都不能动。这是因为中森警官接受了白马探的意见，根据“基德怕冷”采取的作战计划。基德依靠双重变装总算成功逃离，他放弃宝石，发誓改日复仇……

快斗的母亲黑羽千影突然回国。千影通过新闻也知道了怪盗基德和科尔博的事情。千影给出了盗一师弟的线索。杀害盗一的家伙也开始行动，他们的目的是……