康纳和艾比被困在白垩纪已经整整一年了，在一次外出狩猎时，他们意外发现了被恐龙藏起来的异常点控制器，终于开启了异常点回到了现代，但一只巨大的棘背龙也尾随而至，康纳、艾比与贝克尔以及马特合力解除了危险。

康纳和艾比还沉浸在回归现代世界的喜悦中，没想到在丹尼之后接手中心的菲利普却要以他们没有在军队任职的背景而解雇他们。

康纳一直被排除在异常点研究中心之外，他只能自己进行活动。他通过网络发现以前的朋友邓肯一直在私下里调查码头附近一个工地出现的异常情况。

两个人结伴来到工地，发现了已经开始吃人的入侵生物。康纳通知了艾比，马特跟踪艾比来到了码头。但是古生物十分强大，最终调动了贝克尔和异常点研究中心的保安队伍才最终将生物杀死。

康纳不仅恢复了与邓肯的友谊，而且还在莱斯特的帮助下回到了异常点研究中心，重新开始工作。

一家剧院出现了一个异常点，贝克尔和马特前去进行调查。他们发现，最初通过这个异常点的并非古生物，而是3个神秘人，其中一位女子穿过异常点不久之后就因病死去，另外还有一男一女不知去向。

马特为了救助穿越异常点的另一名神秘女子，违规跳进了异常点，最终他将神秘女子带回到现代。

在神秘女子的帮助下，异常点研究中心的人将穿过异常点的古生物驱赶回了异常点，但神秘女子和另一名男子的身份却令人匪夷所思。

一所中学出现了异常点，入侵生物一只接一只地通过异常点进入学校。一名老师意外遇难，引起恐慌。为了驱逐入侵生物，解救剩下的两男一女3名同学，异常点研究中心的人赶往学校。但是由于两个男同学误把他们当成警察，启动了安全装置，给康纳等人的解救工作带来了麻烦，此举还导致一位女同学也不幸遇难。

与此同时，菲利普为了节约开支，决定解决掉异常点研究中心内养育的古生物。艾比不忍心看到这些古生物被杀死，决定把它们偷偷带走。

康纳和艾比前往一个海边村庄调查那里出现的异常点信号，他们发现村里的人都十分古怪，特别是一对母子。康纳和艾比来到这对母子的住所，发现了他们的秘密，并在山洞里找到了入侵的古生物。同时他们还发现，正是这对母子非法制售燃料产生的酸液，导致异常点出现异动。

另一方面，马特在剧院发现并带回一个穿过异常点的女子艾米莉，可很快艾米莉就被与她同时穿过异常点的伊桑劫走了。

在一座供游人参观的旧监狱中，出现了异常现象，异常点研究中心的人赶往进行调查，那里的异常点非常诡异令所有人摸不着头脑。就在他们对付入侵生物的时候，失踪已久的丹尼从异常点冲了出来。

更令人惊讶的是，在他们抓住伊桑后，竟然发现伊桑是丹尼很多年前穿过异常点进入古代的弟弟。正是因为从小就孤独地在远古为了生存苦苦挣扎，同时伊桑又通过异常点在很多时代穿梭，他才变成了一个冷酷无情的人。

伊桑最终又从异常点逃到了过去，为了弥补多年前的过错，丹尼也追随他而去，而看到这些的艾米莉也准备回到自己的时代。