小智和三色堇来到了卡洛斯地方的密阿雷市，急着想挑战三色堇妹妹道馆的小智因为无法联络而十分沮丧，在得知这里也有道馆十分兴奋，和三色堇分别后，便直接向密阿雷道馆前进，在路上，小智遇见了许多认识和不认识的神奇宝贝，这让他更加地按耐不住。到达道馆后，小智因为没有收集足够的徽章而掉入道馆的机关，被直接送出道馆的外部，眼看就要摔了下去，路过的希特隆和柚丽嘉救下了小智和皮卡丘，之后，柚丽嘉提议让希特隆和小智做神奇宝贝对战，眼看小智就要获得胜利，火箭队三人住跑出来捣乱，这时跟着小智多时的呱呱泡蛙也出来帮忙，击退火箭队后，呱呱泡蛙因为体力不支倒了下去，小智抱起它前往布拉塔诺博士的研究所。

小智抱着衰弱的呱呱泡蛙来到布拉塔诺博士的研究所，在苏菲的治疗下，呱呱泡蛙逐渐恢复健康，布拉塔诺博士也将呱呱泡蛙过去不断逃离训练家的经过告诉小智。布拉塔诺博士带小智、希特隆与柚丽嘉参观研究所，谈到自己研究神奇宝贝的进化，并谈到超进化的可能性，他的烈咬陆鲨就是他的研究的对象。此时窃听到超进化讯息的火箭队，伪装成研究人士进入研究所，并趁机将控制神奇宝贝的装置丢向呱呱泡蛙，烈咬陆鲨挺身而出而遭受装置控制，痛苦难当的烈咬陆鲨开始发狂攻击，破坏研究所与炸飞火箭队后，便冲至密阿雷市的街上四处破坏，最后爬上了幻彩水晶塔。小智与呱呱泡蛙为拯救烈咬陆鲨也爬上幻彩水晶塔，但烈咬陆鲨依然不断攻击，就在即将从塔顶跌落的时候，呱呱泡蛙利用泡沫黏住烈咬陆鲨的双脚，皮卡丘也趁势用铁尾打破控制装置，烈咬陆鲨才终于恢复。皮卡丘却不小心从塔顶坠落，小智奋不顾身跳下抱住皮卡丘，此时火焰鸡现身救了小智与皮卡丘，事情才圆满落幕。为表达感谢，布拉塔诺博士将卡洛斯地方的神奇宝贝图鉴送给小智，小智也收服到想一起旅行的呱呱泡蛙，准备踏上旅程。

小智在希特隆和柚丽嘉的带领下，在神奇宝贝中心登记参加卡洛斯地方联盟，并决定前往白檀市挑战道馆训练家紫罗兰，而希特隆和柚莉嘉也表示希望与小智一同旅行，三人便一同经由4号道路前往白檀市。三人在路上遇上了咚咚鼠，在希特隆同意下柚丽嘉决定收养咚咚鼠，但忽然出现的小箭雀抢走咚咚鼠的食物，使得咚咚鼠哭泣着逃走。小智的呱呱泡蛙因为无法忍受小箭雀的野蛮而主动攻击，但攻无法对抗在天空自由飞翔的小箭雀，小箭雀极快的速度也让小智决定收服它。希特隆使用机器发出音波想吸引小箭雀靠近，却引来一大群大针锋来攻击，最后机器爆炸三人跌落山谷。看到周遭地形的小智，决定让呱呱泡蛙利用地形的高低差来与小箭雀进行空战，最后顺利打败并收服小箭雀，三人继续向白檀市前进。同时莎莉娜到达了密阿雷市的研究所准备并挑选自己的初学者神奇宝贝。

莎莉娜在布拉塔诺博士处得到了卡洛斯地方图鉴，并选择了火狐狸作为自己的初学者神奇宝贝。在前往白檀道馆的途中，柚丽嘉在照顾小智的神奇宝贝时，之前的咚咚鼠再次出现。柚丽嘉十分想要收养它，但咚咚鼠再次逃走。于是小智和希特隆分别派出皮卡丘和掘掘兔前去收服咚咚鼠。皮卡丘抓到了咚咚鼠但是却和小智等人走散了，并且和咚咚鼠一起被火箭队追捕。皮卡丘带着咚咚鼠逃过了火箭队的追捕，并被小智的小箭雀找到。小智等人赶到皮卡丘处，希特隆帮咚咚鼠回复了体力。再一次击败来袭的火箭队后，咚咚鼠自愿被希特隆收服，并被柚丽嘉带在身边。

小智一行人来到了白檀市，与此同时莎莉娜也来到了白檀市。在前往道馆的路上小智与道馆训练家紫罗兰碰面了，但却不知道她的道馆训练家身份。抵达道馆，小智在门口遇见了三色堇和她的伞电蜥，从来采访结束来到这里等小智一行人的三色堇那里得知，这里便是她妹妹的道馆后十分激动，尾随而至的紫罗兰与小智等人见面，小智才知道原来她就是道馆训练家。穿过一层时，小智一行人看见了墙上的照片十分赞赏，这时，被照片迷住的柚丽嘉决定将紫罗兰选为希特隆的新娘，但是被希特隆的机械之手拖到对战场地了。之后，小智的皮卡丘和紫罗兰的溜溜糖球开始进行道馆赛，第一轮由于溜溜糖球用急冻光线造出来冰之场地使得皮卡丘被打败了。接着出场的小箭雀扳回一局，打败了溜溜糖球，但接下来登场的碧粉蝶利用幻象术将小箭雀撞上冰之场地和黏网，最后被阳光烈焰一击打败，在对战中，莎莉娜来到这里参观比赛。小智输了后，和紫罗兰约定再次挑战，然后便带着受伤的神奇宝贝去了神奇宝贝中心，却把背包忘在了道馆，莎莉娜看到后决定帮他送去。在神奇宝贝中心后的对战场地上的小智送来背包的莎莉娜碰面了，柚丽嘉和希特隆过来告诉了小智，刚才莎莉娜也在场，小智对只注意神奇宝贝和对战而忽略她了感到抱歉，这时，神奇宝贝中心的通知声音打断了莎莉娜想和小智说的话。在神奇宝贝中心里小智见到了火狐狸，也告诉了莎莉娜乔伊小姐有很多的事。接着，小智和赶来的三色堇在对战场地进行特训，决定先来突破烈暴风，便让三色堇的音波龙造出大风，让绑着气球皮卡丘他们进行突破，可是总是失败，每当失败摔下时，小智都会替它们挡下摔下的伤害，这时，莎莉娜为小智递上了手帕，莎莉娜再次和她说起过去的事…

经过莎莉娜的提点，小智恢复了活力，继续接受三色堇的特训，让皮卡丘、小箭雀适应了在大风中的战斗。吃过晚饭后，又接受了希特隆的科学特训。第二天小智跟神奇宝贝们精神满满地前去挑战紫罗兰，对决开始！皮卡丘对战溜溜糖球，打败了紫罗兰获得虫虫徽章。

得到第一枚徽章后，小智和伙伴们再次踏上旅途向遥香道馆进发 ，莎莉娜也应邀一同出发。在莎莉娜的提醒下，小智终于想起了自己与莎莉娜是旧识，就在大家为重逢而开心时，突然传来轰隆隆的声音，原来他们遇到了铁甲犀牛大赛，之后，小智也报名参加，莎莉娜指导他掌握了驾驶犀牛的诀窍。

前往密阿雷市途中，小智等人结识了被神奇宝贝多丽米亚拒绝的实习美容师洁西卡，洁西卡热情的招待他们在这个小镇观光，期间大家的目光都被一所神奇宝贝美容院所吸引，莎莉娜还将火狐狸交予他们进行美容，可让大家意外的是这伙美容师竟然是火箭队伪装的，为了救回火狐狸，大家齐心协力将火箭队打的落荒而逃，多丽米亚也因洁西卡在战斗中的舍身相救，而渐渐接受了她。

小智一行人在到达遥香道馆前来到了密阿雷市，这里也是小智与希特隆、柚丽嘉相识的地方，没想到刚来这里就遇到了兄妹二人的爸爸并且小智还意外得知希特隆就是密阿雷市道馆的馆主，而他一直向小智隐瞒此事是因为道馆已被自己制作的“希特洛伊特 ”所占领，可自己却无能为力，最终希特隆在小智的鼓励下与自己的机器人进行对战，赢回道馆。

在莎莉娜的提议下大家一起去拜访布拉塔诺博士，就在大伙开开心心吃马卡龙时，火箭队突然闯入并抓走了博士，在他们的威胁下博士交出了让神奇宝贝超进化的资料，于是超级喵喵诞生！而此时的小智等人也在哈力栗的引导下赶来营救，岂料超级喵喵异常强大，就连哈力栗和皮卡丘一起作战都难以攻破，就在这时，超级火焰鸡再次现身！

小智、希特隆等人一起在竹林里享受午餐的时候，突然冒出了两只顽皮熊猫，它们吃光了所有人的食物，这时，火箭队出现并抓走了神奇宝贝们，可是却因为起内讧引起爆炸使皮卡丘它们得以逃脱，在与小智会和之前，哈力栗将流氓熊猫最为重要的竹叶破坏，致使它一蹶不振，之后，大家在顽皮熊猫的带领下找到了新的竹叶，没想到火箭队却将流氓熊猫绑架。

旅行途中，小智等人捡到了被神奇宝贝卖家达兹掉落的粉蛹，当大家从君莎小姐那里得知达兹的丑恶行径后，决定救出其他被抓的粉蛹，于是，大伙儿制定了伪装大作战计划，他们将哈力栗装扮成粉蝶蛹并依此为诱饵找到了达兹的藏身之地，然而，有所觉察的达兹却将希特隆等人一网打尽，只剩小智一人与他进行战斗，所幸在关键时刻粉蝶蛹进化成了碧粉蝶。

前往遥香市的途中，小智遇到了训练家普尔美艾，因为在对战中败给了仙子精灵，他便与伙伴们按照约定随普尔美艾来到一所幼稚园，让自己的神奇宝贝陪孩子们玩耍，但其中有一个名为兰迪孩子却因为受到过伤害而远离神奇宝贝，期间，火箭队伪装成志愿者来幼儿园表演，他们利用卡车掳走了仙子精灵和皮卡丘，而呱呱泡蛙和兰迪也阴错阳差的被关在了卡车中，所幸小智及时赶到，在他的鼓励下兰迪克服障碍救出了仙子精灵和皮卡丘并与呱呱泡蛙成为了朋友。

旅行途中突降大雨，小智等人躲进了一栋无人居住的诡异宅邸，因为这里不是电灯自动点亮就是大门忽然紧闭，于是，大伙决定另寻出口，没想到遇见了一个奇怪的生物，期间，柚莉嘉也莫名失踪，就在大伙心急如焚的寻找柚丽嘉之时碰到了同样在这里躲雨的火箭队。原来这是“自制神奇宝贝”妙喵，这栋宅子的原主人丽莎婆婆与妙喵成为了朋友，还把她逝去的丈夫送给她的项链交给了妙喵，等妙喵来归还项链的时候，老婆婆已经去世。

天色渐暗，前往遥香市的小智等人决定露营，大家一起吃饭、嬉闹，其乐融融。其间，因贪吃而肥胖的哈力栗还与呱呱泡蛙和咚咚鼠进行了对战，哈力栗惨败两战。当晚，哈力栗受到香气的指引来到附近的婆婆家，没想到却卷入了一场因争吵而引发的精灵对战中，面对炎系的妖火红狐，行动逐渐迟钝的哈力栗最终与老爷爷战斗减肥成功。

在神奇宝贝中心时，由于莉姆的大意，把装着皮丘的背包和柚丽嘉装着咚咚鼠的背包弄混了，看见柚丽嘉的皮丘吓得使出绝招，莎莉娜保护了柚丽嘉，皮卡丘也用十万伏特稳定了皮丘，之后小智等人在神奇宝贝中心问了皮丘主人的详细情况决定一起去找。在路上，正在寻找莉姆的她的姐姐蕾娜与小智等人碰面了，皮丘跑到蕾娜的怀里，之后，大家一起找到了莉姆，原来莉姆是因为姐姐送自己的皮丘被自己弄丢的才溜走的。

正在前往下一个道馆的所在地遥香市的小智一行人，遇到了神秘的少年忍者和呱头蛙。面对拥有呱头蛙小精灵的少年忍者三平，小智对三平提出了对战的请求，于是小智的呱呱泡蛙对战三平的呱头蛙的比赛就此开始。对战开始呱头蛙就展现出了高超的忍术将呱呱泡蛙和小智成功压制。面对忍术高超的呱头蛙，被压制的呱呱泡蛙最终反败为胜。

来到古木镇的小智一行人，一进入城门就听到了一阵奇怪的噪音。在一番了解之后，小智等人得知原来是因为今年卡比兽未被唤醒而一直沉睡。为了唤醒时不时发出噪音的卡比兽，希特隆拿出了自己发明的叫醒器，结果却对卡比兽一点用也没有。于是为了唤醒沉睡的卡比兽，小智一行人只好寻找城主了解情况，最终成功唤醒卡比兽。

就在火箭队众人讨论如何捉住皮卡丘的时候，神秘的X女士出现在火箭队的面前，为了得到皮卡丘，X女士控制住了火箭队的武藏与小次郎。而躲过一劫的喵喵在遇到并提醒了小智一行人，然而后者并未相信。就在喵喵辩解时，被控制的武藏和小次郎出现在众人面前，并且和X女士一起抓走了皮卡丘。希特隆利用他的器械，最终小智等人分头行动，救回了皮卡丘。

可以在战斗中获得爵位的战斗城堡引起了小智等人的注意，在说唱兄弟尼古拉和特斯拉的带领下小智等人来到了战斗古堡。不同于道馆战，战斗古堡的战斗充满了骑士精神，而小智也在战斗中获得了男爵的爵位，而真正的重头戏是紫罗兰和查克洛这两个公爵间的对战。比赛中小智见识到了查克洛的非凡实力，而这个查克洛正是他要去挑战的遥香道馆的馆主。

最近流行的神奇宝贝录像里第一名是偶像神奇宝贝组合出道的艾露和火狐狸，看到这些的莎莉娜也不甘示弱，她也准备拍摄神奇宝贝录像出道。一番努力之后莎莉娜的录像终于拍摄好了，但神奇宝贝中心的编辑设施却出现了问题。，而火箭队趁机打起了歪主意。在武藏沉醉在拍摄乐趣中时小智等人已经赶了过来，而他们面前的水坑是摆在爱干净的莎莉娜面前的难题

小智一行人途径朝气蓬勃的古香水族馆，在那里他们不光看见了来自各地的水系神奇宝贝，还看到了黄金的鲤鱼王雕像。在海边他们看到了正在垂钓的馆长和铁臂枪虾，听说了黄金鲤鱼王的传说后小智等人也加入了垂钓者的行列，而在一旁偷听的火箭队又开始了行动。在咚咚鼠遇到危险时，一向冷傲的铁臂枪虾伸出了援助之手。

前往遥香道馆的小智等人遇到了三色堇小姐，而三色堇这次采访的目的地——古香镇化石研究所——引起了小智等人的兴趣。来到化石研究所大冰库的小智一行人遇到了喜欢亲近人的冰雪龙与冰雪巨龙。然而，火箭队趁众人不备盗走了冰雪龙，暴露在常温中的冰雪龙时刻存在着危险，小智等人和冰雪巨龙一起靠着极光的羁绊前往救援。

为了得到第二枚徽章，小智一行人终于到达了遥香市，迫不及待向查克洛先生提出道馆战的小智将要展现自己的特训成果。登上绝壁的小智得到了查克洛的认可，特训后的呱呱泡蛙用“岩石封闭”打败了大岩蛇，但拥有卓越跳跃能力的宝宝暴龙却打败了小智的呱呱泡蛙和小箭雀，在这样的情况下属性不利的皮卡丘将迎接挑战。

因为小精灵泡芙的关系莎莉娜和米露菲产生了矛盾，为了一较高下，两人都参加了小精灵泡芙比赛。而当比赛接近末尾时，作为材料的树果全都不翼而飞了。为了寻找树果，小智一行人来到了森林中，但那里的树果也全都被人偷走了。正当奶油球指示大家树果方向时，远处的莎莉娜发出了尖叫，原来是森林中的绵绵泡芙因缺少甜食变得非常暴躁。

小智和同伴们在前往第三个道馆所在的娑罗市的路上。然而，他们在途中遇到的花蓓蓓却一直黏在柚丽嘉的花型头饰上面不肯离开，它本应随身携带的妖精之花也不见了踪影。来到城市后小智他们遇到了花蓓蓓的训练家灰，灰和韩娜这对老夫妻和花蓓蓓一直生活在一起，在探望重病韩娜时花蓓蓓弄丢了自己的花，知道情况的小智等人决定帮助花蓓蓓找回妖精之花。

在小精灵表演赛中小智目睹了卡洛斯地区冠军卡露乃的风采，她和小精灵沙奈朵有着很深的羁绊，而博士也为了调查超进化调查上了卡露乃。后因为热销的巧克力 蛋糕的缘故卡露乃接下了小智的挑战，在小智和卡露乃决战的过程中火箭队又从中作梗，通过心灵的呼唤卡露乃找到了被抓走的沙奈朵，超进化后的沙奈朵发 挥出了强大的力量。

小智一行人突然俊先生被带走，自称小智莎莉娜柚丽嘉到处吃东西没付钱。完全没有做过的小智决定去寻找，小智能找到冒牌货？

小智一行在旅行中，遇到了可尔妮和路卡利欧后贝邀请战斗。小智接收挑战，皮卡丘陷入了苦战...后可尔妮赢得了99胜.

后火箭队出来捣乱被打跑可尔妮取得了100胜，小智从可尔妮那知道超进化后决定一起..

为了得到超级石，可尔妮和小智一行来的了石苔镇，深山的洞窟有超级石的消息，但抢先的火箭队被什么吹跑了！洞窟的深处火焰鸡在那里，超级石需要打败火焰鸡，可尔妮能得到！？

路卡利欧超级石到手，可尔妮完成了路卡利欧超进化。为了确认路卡利欧的实力，立刻和皮卡丘战斗。控制不住强力波导让路卡利欧逐渐暴走。皮卡丘遭暴走的路卡利欧的攻击可尔妮能阻止吗！？

强力的波导控制课题，老黄瓜的新考验，小智一行前往姆斯特山。为了走近路而被火箭队带入、但因为洞窟的神奇宝贝搞大混乱，想办法逃出的小智和同伴走散了，小智和同伴在相见吗！？

第33超级路卡利欧对超级大嘴娃超进化的羁绊

抵达姆斯特山的小智可尔妮一行人遇上了一位名为梅普尔的老婆婆，于是超级路卡利欧和超级大嘴娃展开了一场对战。但是再次暴走的超级路卡利欧却被超级大嘴娃所打倒。可尔妮一行人接受了梅普尔所谓“花道”的修行。看上去是和超进化不相关的修行。但他们通过『花道』修行努力达成超进化。

强力的波导控制课题，老黄瓜的新考验，小智一行前往姆斯特山。为了走近路而被火箭队带入、但因为洞窟的神奇宝贝搞大混乱，想办法逃出的小智和同伴走散了，小智和同伴在相见吗！？..

在途中遇到欺负神奇宝贝的圈圈熊，小智一行决定去教训它。在这时摔跤神奇宝贝战斗飞鸟出现了，它的美学吸引力小智，小智决定帮他完成飞行重压就在成功时，邪恶的神奇宝贝出现.....

在途中小智一行遇到在空中战斗的教练，小智决定去学。后来小智和飞行大师娜美比赛......

旅行的途中路过的反映洞窟小智等人。镜子一样自己反映出这个洞穴，奇妙的事件发生了。众多倒映在镜子中的一个小智把皮卡丘夺去了！小智为了夺回皮卡丘进入镜子的世界???在另一个世界！？那里有个好胜的莎莉娜·神速的希特隆·大小姐气质的柚丽嘉，胆小的小智。小智的皮卡丘是能取回？然后，能回到原来的世界！？

为了打败可尔妮，小智和希特隆展开了双打比赛。但由于不默契战斗的途中争吵。结果小智决定训练呱呱泡蛙和战斗飞鸟，在训练中小智被朽木妖抓走了，战斗飞鸟和呱呱泡蛙去救小智结果.........

小智一行参加了布拉塔诺博士举办的夏令营。队伍分数最高可以入殿堂。后小智一行和瑅耶鲁诺、莎娜、多罗巴的相遇。夏令营活动，现在拉开了帷幕！！

夏令营第三日的节目是神奇宝贝表演，神奇宝贝为主角。为了选场景莎莉娜不小心滑落悬崖！瞬间试图伸出手帮助的小智也被卷入了。究竟2人的平安吗！？他们能赢？

小智与瑅耶鲁诺在进入白热化阶段的夏令营里争第一。下一个项目是收集各个检查点的印章，以终点为目标的小精灵定向越野竞赛。小智一行人齐心协力顺利地前进着，但是由于浓雾在中途与柚丽嘉走散了。

夏令营的最后一天战斗！到这里小智和瑅耶鲁诺队共同竞争着首位，决赛前，瑅耶鲁诺队对去找乔伊治疗神奇宝贝，但是，出现扮演厨师潜入夏令营的火箭队欺骗！瑅耶鲁诺队的神奇宝贝被带走了。瑅耶鲁诺队最终能取回神奇宝贝吗？然后，夏令营决赛胜利进入殿堂的是那个队

娑罗市到达，可尔妮小智等人久违的再会。神奇宝贝夏令营瑅耶鲁诺教的“节奏战法”没有完成的状态进行道馆战。小智在莎莉娜的担心中，后往精通塔走去。在小智一行了解超进化的那天晚上，空空伯秘传书被火箭对夺去了！决战前夜的大骚动！最终，秘传书可以从火箭队夺回了吗！？

心情无法抑制的小智，瑅耶鲁诺节奏战法的练习也草草了事。终于娑罗道馆战开始！于擅长格斗类型的可尔妮对战，小智派战斗飞鸟、火箭雀、皮卡丘挑战。到现在对路卡利欧一次也没有取胜的皮卡丘。最终，可以胜控制波导百万路卡利欧吗！？  

第44希特隆对柚丽嘉?用超能妙喵进行对战！

小智一行在旅行途中碰到了用超能妙喵作为搭档的龙一兄弟，他们两个分别进行了自己的旅行，现在正在久违的回家途中。但是虽说兄弟俩很长时间以来初次见面，两人中间却飘荡着一股不和谐的气氛……就这样回到家后，他们的爸爸突然告诉他们要以试炼来在他们中间选出继承人，于是小智一行也来帮忙了。

心情无法抑制的小智，瑅耶鲁诺节奏战法的练习也草草了事。终于娑罗道馆战开始！于擅长格斗类型的可尔妮对战，小智派战斗飞鸟、火箭雀、皮卡丘挑战。到现在对路卡利欧一次也没有取胜的皮卡丘。最终，可以胜控制波导百万路卡利欧吗！？

小智一行在旅行途中经过了一家神奇宝贝中心，见到了一只总是失败的胖可丁。然后城里有一只暴蝾螈突然开始暴走，被打伤的神奇宝贝不停地被送到了这家神奇宝贝中心，这使得这只胖可丁大为慌乱。在暴蝾螈想袭击乔伊小姐的时候，胖可丁终于鼓起了勇气，挡在了暴蝾螈面前。胖可丁最终弄阻止暴蝾螈？

小智一行受莎娜的邀请来看卡洛斯女王艾露的表演，期间顽皮熊猫随意出来表演，后莎莉娜发现顽皮熊猫喜欢表演决定收服，在收服的过程中火箭队出来捣乱，最终莎莉娜能收服顽皮熊猫吗？？？？

小智一行来到希特隆的母校，因为火箭队的捣乱，遇到了野生的勒克猫。这勒克猫还是小电狮曾经希特隆一起进行研究深厚情谊的精灵。但是，由于某些原因2人分离了。再会的2个，他们之间的鸿沟无法填补…。希特隆和勒克猫友情能取回了吗！？

第48乘龙防卫队出动！柚丽嘉加油！！

柚丽嘉在森林中与自称“拉普拉斯防卫队，年纪相同的3人组相遇。3人照顾了受伤的乘龙。乘龙的哀鸣“拉普拉斯防卫队决定把乘龙送到海里。在终途遇到火箭队的妨碍！“拉普拉斯防卫可以保护乘龙吗！？

第49跳舞顽皮熊猫!迷人火狐狸!明日的舞步！

顽皮熊猫和哈力栗因为食物的争吵，宁宁和小智等人相遇。宁宁和莎莉娜一样以卡洛斯女王为目标。火箭队出现把神奇宝贝夺去了！火狐狸的危机，争吵中的 顽皮熊猫和哈力栗能保护火狐狸吗！？

小智一行来到希特隆的母校，因为火箭队的捣乱，遇到了野生的勒克猫。这勒克猫还是小电狮曾经希特隆一起进行研究深厚情谊的精灵。但是，由于某些原因2人分离了。再会的2个，他们之间的鸿沟无法填补…。希特隆和勒克猫友情能取回了吗！？

柚丽嘉在森林中与自称“拉普拉斯防卫队，年纪相同的3人组相遇。3人照顾了受伤的乘龙。乘龙的哀鸣“拉普拉斯防卫队决定把乘龙送到海里。在终途遇到火箭队的妨碍！“拉普拉斯防卫可以保护乘龙吗！？

海岸钓神奇宝贝的小智，毒拉蜜妮攻击使皮卡丘中毒，路过的夫妇帮助治疗。原来两人是水中考古学者，在这一带考察的沉没豪华客轮。发现海流从这片海域穿过。小智一行帮助调查。另一方面，听说有豪华客船财宝火箭队的影子接近了???。

小智一行看见闪光的战斗飞鸟袭击布卢。，其实它只是戏剧的练习。打扰了，练习使主角艾路雷朵受伤了，让小智的战斗飞鸟代替参加布鲁舞台。适逢正式开始火箭队进入发生了骚动…

在战斗训练的小智一行，和受伤的三平相遇了。三平的任务是把卷轴送到馆里在途中遇到了神秘的“假面忍者”的袭击。小智一行和三平，一起向这个馆护送卷轴为目标。然而假面忍者出现了进行战斗。咦？小智的呱呱泡蛙发生了变化？

路过牧场的小智一行人和莎莉娜的萨琪相遇了。尽管萨琪想要把莎莉娜培养成一流的铁甲犀牛骑手，莎莉娜却决意传达出的是想要成为“神奇宝贝表演家”的想法。可是面对不肯承认自己梦想的妈妈，莎莉娜提出进行“如果咩咩羊比赛能取得胜利就希望妈妈能承认她的梦想”的比赛的方案。到底莎莉娜的想法有没有传达给妈妈呢？！关乎莎莉娜命运的咩咩羊比赛胜负去向究竟如何？！

小智一行人在旅行中遇见了之前在发电站的君莎小姐，后来，火箭队和小智等人被乌贼王发现并被抓走。为了破坏乌贼王的最终计划，希特隆和小次郎得到了当地小精灵的帮助。但是，小次郎的豪喇花枝的样子......

在前往海翼市的途中，小智一行人与最弱的龙系小精灵黏黏宝相遇，虚弱的黏黏宝得到了小智们的帮助恢复了精神。但皮卡丘和黏黏宝却被火箭队抓走了，皮卡丘和黏黏宝应该如何逃走呢？

旅行的途中，小智一行人打算让小精灵们到水池玩耍，然后这水池却是火箭队所建造的圈套。分散了小智一行人，在打斗中，黏黏宝不见了。后来发现黏黏宝被火箭队逮捕了...

小智等人来到了海翼市，他们听说在比翼市的神奇宝贝中心有一只迷路的迷你冰。于是小智等人决定去看望迷你冰，然而迷你冰却被火箭队绑架了。迷你冰被绑架后比翼市突然下起了大雪？！

终于迎来了海翼道馆战，小智与擅长使用草系小精灵的道馆馆主福爷进行道馆战。与福爷的苦战中，小智最终选择了属性不利的呱头蛙进行对战，那么小智的作战到底是什么呢？小智最后能不能得到道馆徽章呢？

今天是海翼市一年一度的祭典，在这天最主要的是要在誓言之树下训练师们要送礼物给自己的神奇宝贝，并加深彼此的羁绊。听到消息的小智和莎莉娜两人决定去给神奇宝贝们买礼物。这也是两人第一次连其他神奇宝贝也没有二人一起去买东西...咦？这或许是约会吧！？

今天终于是莎莉娜在三冠卫星赛出道的日子，紧张无法掩饰莎莉娜此刻的心情，莎娜也准备好去参加该次比赛，在三冠卫星赛中，与莎莉娜比赛的有莎娜、武藏等竞争对手们，莎莉娜的初次比赛能够胜利吗？终于，三冠卫星赛开幕！

小智一行人在旅行途中的荒野，遇见了寻求帮助的受伤的跳跳猪，跳跳猪们原本在荒野中的绿洲和平的生活着，但是噗噗猪的出现，使得跳跳猪们都被欺负，只有自己逃了出去，小智一行人决定帮助跳跳猪，最后被幕后黑手火箭队所设置的笼子关了起来。从牢笼中溜出去的咚咚鼠和黏黏宝与噗噗猪进行对战！这时黏黏宝的样子！？

旅行的途中，路过卡洛斯发电站的附近的小智一行往发电站走去。然而接近发电站的皮卡丘们发生异常！其实火箭团占领发电所操纵电系神奇宝贝！小智的神奇宝贝们们帮助发电站的人员？说起来希特隆有什么烦恼的样子……？

与小智一行的战斗，小次郎喵喵和走散了的武藏果然翁。掉到河里被医生的救了。于是武藏和医生一见钟情！…在爱与恶的中间苦恼的武藏，火箭队变成怎样！？

以下各表演赛练习中的莎莉娜，练习中发生问题。莎莉娜觉定整理心情，自己一个人行动。于是自称艾露的神秘姐姐过来搭话一起练习的事…咦？这个姐姐的脸在哪里看过？

向着密阿雷市前进的小智一行人，在森林里吃饭。瑅耶鲁诺向小智发起特训战斗，火箭队的机械抓走了皮卡丘，不过，战斗的余波是森林着火！那个时候，小智的黏美伊儿变了！

回到密阿雷市小智等人，小智向希特隆挑战。突然，君莎小姐闯入！什么要逮捕希特洛伊特！原来和希特洛伊特一模一样的机器人在密阿雷市搞破坏。被冤枉的希特洛伊特，小智一行如何可以证明？

终于到达密阿雷市，小智与希特隆的道馆战开始了，希特隆使用了会用电系技能的掘掘兔、技能丰富的电伞查特和强力的伦琴猫......小智能否赢得约定之战的胜利，获得道馆徽章呢？

小智在向下一个道馆出发前，先去一趟博士的研究所。布拉塔诺博士将他的烈咬陆鲨石给小智一行人展示，可是这时火箭队却突然抢走了它，烈咬陆鲨该怎么办？

由于黏美露龙被火箭队袭击而身负重伤。夜晚，虫系神奇宝贝们带走了皮卡丘等神奇宝贝！！小智们背后蠢动的可疑的黑影的真实身份是…？

和火箭队的战斗使流氓熊猫攻击小智等人。混乱中柚丽嘉的大家走散了！柚丽嘉和喵喵被藤蔓捆在了一起，到底柚丽嘉和喵喵能否回到同伴身边！？

在森林里迷路了小智一行。到达有妖怪传闻中的可怕的地方恐怖房屋。连续发生的奇怪现象，消失的伙伴们、另人害怕的真相是!?

成功抵达香薰市的小智一行人，正准备开始道馆战，可是正好赶上道馆训练家的时装秀。失望的小智了他们遇到了新人训练家胜太，于是小智开始与其对战，这时，莎丽娜和柚丽嘉不在了!?

道馆战开始，小智迫不及待的和玛绣开始了对战，这次的小智特别考虑作战。好像…真的没问题！？

结束了道馆战后，抑制不住心情的胜太准备和小智来一场完整的对战，可是在吃完饭后，他的笔记本不见了，担心的小智等人也分头笔记。其实胜太的笔记被火箭队捡到！

在旅途中森林里，小智的战斗飞鸟捡到一颗蛋，经过小智他们的努力孵化成嗡蝠。但是，无法嗡蝠飞行！大家帮忙嗡蝠飞行???

旅行的途中的村子，很多的神奇宝贝飞行训练师聚集着的。现在这个村里，在很多神奇宝贝在空接力进行。这是神奇宝贝空中接力赛！小智，参加了比赛但嗡蝠能得到第一？？

小智一行前去参观宝贝球工厂。但是这个参观活动其实是火箭队的陷阱，以“维护宝贝球”的名义把小智他们的的神奇宝贝全拐跑了，皮卡丘该如何？

Pikachu the Movie 特辑

莎莉娜再次参加了以神奇宝贝的魅力来竞争的三冠卫星赛。第一轮比赛是她的得意项目因此轻松通过，但在准备进行自由表演的时候，在后台却发生了意想不到的意外???莎莉娜该怎么办呢？

小智一行人来到一家旅馆，他们发现旅馆老板在对战获胜后夺取对方的神奇宝贝。小智不满而站出来对抗，却被老板逼他交出皮卡丘，这时洛托姆出现救走小智一行人，并告诉小智它的愿望???

小智一行人来到城市，参加了让神奇宝贝化装的南瓜怪人祭典。但是，祭典却被迷之老人带领的南瓜怪人集团袭击了。而且那个集团，把乔装成皮卡丘的哈力栗也抢走了...

以百刻市为目标的小智一行人，为了走捷径租借象牙猪来越过雪山。后来小智一行人与山中生病的雪笠怪和保护它的暴雪王相遇了。为了帮助雪笠怪，小智他们分头寻找做药的材料。可就在这时象牙猪和暴雪王被跟在后面的火箭队捉住了...

小精灵中心电路遇水短路，小智一行人帮忙修复却缺少零件，便让针栗鼠去购买，针栗鼠在购买的路上遇到了一些情况……

在训练中，长尾火狐不小心将树枝折断，于是找人修复时却被告知无法修复。在宠物小精灵对战中突遇火箭队，长尾火狐用折断的树枝放出了大字火……

当小智一行来到山脚下。火恐龙的突然出现让他们知道特多罗巴就在附近,原来他的目标是拍摄照片的传说神奇宝贝火焰鸟，但火焰鸟认为他们是敌人，并打算攻击他们…

火箭队得到了一只宝宝暴龙，但宝宝暴龙却在逃走时陷在一些岩石里面。这时柚丽嘉发现了它并救了它，他们便成为了朋友,但这时…

小智一行人走在隧道里，希特隆回想起了他和掘掘兔的故事，从让地下居住的神奇宝贝和睦相处，到收服了掘掘兔的一段经历。

塞蕾娜在野餐时偶遇跳舞的伊布，被她的舞姿吸引，可是这只伊布生性害羞，躲到了森林里，塞蕾娜能收复她吗？

小智一行人走在隧道里，希特隆回想起了他和掘掘兔的故事，从让地下居住的神奇宝贝和睦相处，到收服了掘掘兔的一段经历。

小智一行人在花田休息时，莎莉娜遇见了一只很会跳舞的伊布，想收服它，但这只伊布会怕生，一看见莎莉娜就逃跑了。莎莉娜把伊布的事告诉小智他们后，决定去寻找伊布。希特隆和柚丽嘉试图用波伏蕾吸引他。虽然成功了，但希特隆和柚丽嘉都没发现，只有希特隆的掘掘兔注意到，掘掘兔便让伊布离开。小智他们都找不到伊布，莎莉娜决定进行表演吸引她。伊布会被吸引吗？莎莉娜会成功收服伊布吗？

在百刻市，莎莉娜正在为下一场三冠卫星赛彩排。一行人邂逅了带着进化后的神奇宝贝到来的瑅耶鲁诺和莎娜！莎莉娜的新伙伴伊布在这么多陌生的面孔前既激动又羞涩，莎莉娜随即提议进行双打对战，来让伊布获得些经验和自信。对战的双方是小智和瑅耶鲁诺对抗莎莉娜和莎娜！当瑅耶鲁诺和他的水箭龟再度上演战斗之舞时，伊布跟着他们打起了节奏，很快就翩翩起舞了起来，连水箭龟都跟不上了！它的一记高速星星正中要害，莎莉娜目瞪口呆…然后莎莉娜终止了比赛，来排练一个新想到的表演创意！小智和瑅耶鲁诺兴致勃勃地接着打了起来，莎娜和莎莉娜则去练习去了——因为明天，就是三冠卫星赛检录的日子了！

在三冠卫星赛百刻大会上，莎莉娜和莎娜与宁宁重聚了！主题表演是神奇宝贝猜谜，这让宁宁直接错失了夺冠的机会！莎娜、莎莉娜和武藏成功晋级了自由表演。武藏激烈的烟火表演逼得伊布去找掩护！莎莉娜在上场前四处寻找伊布——所幸她的声音把伊布叫了出来。莎娜和莎莉娜进行了出色的表演，莎莉娜得到了第二把公主金钥！三冠卫星赛一结束，瑅耶鲁诺和莎娜就跑去给他们的朋友多罗巴帮忙去了。小智的道馆赛即将拉开帷幕！

小智正在为百刻道馆道馆赛做准备时，法桐博士来到了百刻市研究神秘的百刻日晷的起源。一个年轻女子突然出现，愤怒地要求博士即刻离开！道馆训练家葛吉花随后赶到制止了自己的弟子。葛吉花有着强大而神秘的预知未来的能力！葛吉花一眼看出了小智与呱头蛙之间强烈的羁绊和他们二者的光明未来，但也同样预见了日晷正处在被摧毁的巨大危险之中——罪魁祸首正是火箭队！小智一行人和葛吉花与她的弟子们协力将坏人们又一次打飞。令人生畏的葛吉花接受了小智道馆赛的挑战，尽管自己的朋友们都有些紧张，小智已经迫不及待地要去赢得自己的第七枚卡洛斯道馆徽章了！

在该季的最后一集里，小智终于如愿以偿，做足了准备要从道馆训练家葛吉花手里赢下百刻道馆徽章。这是一场两位非常出色的神奇宝贝训练家之间的激烈的双打对战。小智有能力夺得关系着卡洛斯联盟参赛资格的超能力徽章么？

在去往映雪市的路上，柚丽嘉发现自己的包里藏着一只小小的绿色神奇宝贝。神奇宝贝图鉴无法识别它，所以她将其取名小软。不一会儿，一行人遇到了他们的朋友翔太和他的森林蜥蜴。这次重逢很快就被一群穿着红色衣服，带着奇怪眼睛的人们打断了，他们想要染指柚丽嘉的新朋友！这些坏人是闪焰队，小软则是他们神秘的Z行动中不可或缺的一环。小智和翔太联手赶走了他们，然而他们再度碰头重新计划，却被火箭队盯上了……翔太建议一行人在前往映雪市的路上从终端洞窟稍作停留，小软格外同意这个计划——所以小智一行人的下一站确定了！

小智一行人向法桐博士报告有关小软的事，而火箭队得知此事，决定去捕获小软。之后，他们在某处的草原休息。野生的胖胖哈力经过小智他们时，看见了正在梳毛的莎莉娜的伊布而一见钟情。于是，它向伊布使用心形的藤鞭和滚动表示爱意。莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗前来阻止胖胖哈力。失败后，胖胖哈力决定以打败莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗来夺得伊布的心。胖胖哈力会成功吗？

小智一行人在穿越森林的时候听到了求助的声音！他们发现了一位腿卡在了岩石裂隙之中的女子，成功救出了她。她向一行人展示了自己正在寻找的超进化石，并揭露了自己的真实身份，护士乔伊，并将一行人带去与法桐博士在神奇宝贝中心相会。在神奇宝贝中心，乔伊和自己的助手差不多娃娃争了起来！每个人都想要帮忙来让二人和好，博士同时也指出羁绊是超进化的必要前提。二人一起努力治愈了一只受伤的幕下力士——在火箭队袭击之时，差不多娃娃超进化将火箭队再次打飞，展现了她们强有力的羁绊！在见到小软后，法桐博士表示自己也不了解它是什么，随即决定回到自己的实验室再做研究。一行人告别博士，再度朝向映雪市进发！

在前往映雪市的旅途中，一行人看到了动人的一幕——一只火炎狮将一只小狮狮送出了族群，作为成年仪式。那只火炎狮和小智一行人密切关注着首次踏入野外的小狮狮。然而就像命中注定一样，当火箭队出现之时，不是小狮狮，而是火炎狮陷入了危险之中！

皮卡丘，看见了小软的梦境！（日文︰ピカチュウ、プニちゃんの梦を见る！）是精灵宝可梦XY第98话，也是精灵宝可梦动画的第903话。于2015年11月26日在日本首播。

欢迎来到忍者村！英雄甲贺忍蛙的传说!!（日文︰ようこそ忍者村へ！英雄ゲッコウガの伝说!!）是精灵宝可梦XY第99话，也是精灵宝可梦动画的第904话。于2015年12月3日在日本首播。

忍者村决战！呱头蛙对劈斩司令!!（日文︰忍者村决戦！ゲコガシラ対キリキザン!!）是精灵宝可梦XY第100话，也是精灵宝可梦动画的第905话。于2015年12月10日在日本首播。

跳吧，伊布！三冠卫星赛·首次登台!!（日文︰踊れイーブイ！トライポカロン・デビュー!!）是精灵宝可梦XY第101话，也是精灵宝可梦动画的第906话。于2015年12月17日在日本首播。

终端洞窟！Z之谜出动!!（日文︰ついの洞窟！动き出したZの谜!!）是精灵宝可梦XY第102话，也是精灵宝可梦动画的第907话。于2015年12月24日在日本首播

小智一行人四处寻找失踪的小软但还是找不到。柚丽嘉担心得一点食欲也没有，还闹脾气。希特隆答应她明天早上再去找小软。隔天，正当他们要出发时，希特隆拿出了他的得意发明——“绝对会找到小软1号”。之后，希特隆的发明竟然到达火箭队正在休息的地方，并为了捕捉小软而拍打他们的脸，武藏受不了而把它踢坏，还引出了一堆毒骷蛙。小智一行人遇到他们，只好逃跑。在逃跑时，他们不慎掉下悬崖，虽然希特隆的机械手救到大家，却救不了柚丽嘉。这时，希特隆的掘掘兔跳下去救她，虽然救到了，自己却受伤了。于是大家赶紧把掘掘兔送到宝可梦中心。乔伊小姐必须到后山采“信子兰”（草药），但过于繁忙而没时间。柚丽嘉为了补偿而跑去后山，但却遇到了毒蜈蚣，幸好小智他们及时发现并赶上了。最后，小智一行人找到了信子兰，并交给乔伊小姐来医治掘掘兔。这时，小软又回到了柚丽嘉的身边。

在小智一行人休息时，小智的嗡蝠遇到了斗笠菇，并因破坏了斗笠菇原想送给花叶蒂的花而使斗笠菇生气后，因斗笠菇而出现中毒症状。幸好小智一行人发现后遇上了花叶蒂，花叶蒂对嗡蝠使用了芳香疗法，让它恢复。嗡蝠和花叶蒂成为了好朋友，却使在一旁看着的斗笠菇感到嫉妒，而攻击嗡蝠。之后，斗笠菇向花叶蒂告白，但失败。它不甘心，于是把花叶蒂带走。嗡蝠向斗笠菇提出挑战，他们决定单挑，但嗡蝠总是被攻击。在快要失败时，花叶蒂阻止斗笠菇继续攻击。突然，火箭队把斗笠菇和花叶蒂捉走了。 这时，希特隆使用了他的发明来寻找它们。虽然途中突然爆炸了，不过最后靠着嗡蝠的超音波找到了。在和火箭队战斗时，小智让嗡蝠和柚丽嘉去拯救斗笠菇和花叶蒂。嗡蝠不断的对笼子使用冲击。在一次又一次的失败后，嗡蝠学会了特技演员，并成功打破了笼子。最后，火箭队会被打飞了。花叶蒂也回到队伍中。就这样，小智一行人继续了旅程。

小智一行人在宝可梦中心休息时，莎莉娜得知她被邀请到皮耶尔举办的舞会。宝可梦训练家和神奇宝贝必须男女配对才能参加这个舞会，莎莉娜原想和小智一起参加，但由于莎莉娜的伊布只和希特隆的掘掘兔合得来，因此莎莉娜只好和希特隆一起参加。在他们抵达舞会的举办地点时，他们碰见了米茹菲和她的胖甜妮。没有舞伴的米茹菲和胖甜妮要求小智与他的皮卡丘和她们一起参加，小智答应了。舞会开始了，莎莉娜很想和小智跳舞，但却迟迟找不到机会。好不容易能和小智一起跳舞，舞会却暂停了,以主要活动——双打战斗来代替。而小智、莎莉娜和米茹菲、小次郎被选为战斗对手。小智和莎莉娜能胜利吗？

小智一行人在前往映雪市的途中遇到了翔太，和翔太展开了三对三对战，再次由小智获得胜利。在宝可梦中心休息时，火箭队出来打扰，但被艾岚打跑。而艾岚出于对甲贺忍蛙的好奇，向小智提出对战，小智落败。

爆裂大地原力！基格尔德捕捉作战!!（日文︰爆裂グランドフォース！ジガルデ捕获作戦!!）是精灵宝可梦XY第107话，也是精灵宝可梦动画的第912话。于2016年2月11日在日本首播。

荒野的布里卡隆！种植树木的机器卡隆!!（日文︰荒野のブリガロン！ 木を植えるロボン!!）是精灵宝可梦XY第108话，也是精灵宝可梦动画的第913话。于2016年2月18日在日本首播。

往大师级高阶赛的试练！莎莉娜该怎么办!?（日文︰マスタークラスへの试练！どうするセレナ!?）是精灵宝可梦XY第109话，也是精灵宝可梦动画的第914话。于2016年2月25日在日本首播。

小智一行人在前往闪电鸟祭典的途中，因闪电鸟引发的雷电而躲进洞穴。他们在洞穴认识了斯坦，并得知洞穴和举办祭典的伊香土镇相通，于是便前进了。但途中因岩石塌下，小智和其他人分开了。小智只好独自一人前进。从洞穴里出来的小智不幸遇到闪电鸟而无法继续前进。小智能够继续前进抵达祭典吗？

左和右！心灵摇摆的龟脚脚!!（日文︰レフトとライト！揺れる心のカメテテ!!）是精灵宝可梦XY第111话，也是精灵宝可梦动画的第916话。于2016年3月10日在日本首播。

大师级高阶赛开幕！火花绽放的少女激战!!（日文︰マスタークラス开幕！火花散る乙女の激闘!!）是精灵宝可梦XY第112话，也是精灵宝可梦动画的第917话。于2016年3月17日在日本首播。

爱儿对莎莉娜！打开通往未来的大门!!（日文︰エルVSセレナ！开け未来への扉!!）是精灵宝可梦XY第113话，也是精灵宝可梦动画的第918话。于2016年3月24日在日本首播。

希特隆的新娘!? 柚丽嘉请新娘大恐慌!!（日文︰シトロンの花嫁!? ユリーカのシルブプレパニック!!）是精灵宝可梦XY第114话，也是精灵宝可梦动画的第919话。于2016年4月7日在日本首播。

莎莉娜成为小智! 最强皮卡丘对决!!

小智艾岚 甲贺忍蛙VS超级喷火龙再临

火箭队来到了小木灵居住的森林里，未经同意就吃掉了它们的贡品而引起小木灵们的愤怒。武藏坚持要吃，就被小木灵集体打飞，然而其中一只白色的小木灵却为了抢武藏手上的马卡龙而跟著被打飞，接著掉到了小智的头上。为了帮小木灵与同伴团聚，小智一行人决定往山顶前进，然而火箭队为了抓到皮卡丘诡计百出，最后终于抓到皮卡丘时其他的小木灵出来解救了皮卡丘。回到山顶后白色小木灵马上介绍它新认识的朋友—地鼠、三地鼠、伞电蜥与大牙狸，最后小智一行人与小木灵们道别继续往下一个道馆前进。