为了寻找父亲下落而落脚新选组驻在所的千鹤，渐渐的与队士们打成一片。某一天，与队员一同在市内巡逻的千鹤被卷入一场骚动，但也因此得知长州藩士的可疑行动。这就是历史上著名的「池田屋事件」的开端。

以局长近藤勇为首的新选组，在以寡击众的情况下冲入池田屋，   与尊王攘夷激进派的长州藩士展开激战。在战斗中，冲田跟藤堂碰上两名不寻常的神秘男子。另一方面，千鹤为了拯救冲田一行人，而火速赶往土方所在的四国屋求援。

池田屋事件之後一个月，长州藩士为了攻入御所而再次集结在京城。前往阻止他们的新选组，在战斗中碰上帮助萨摩跟长州的人。面对三个不同於常人的对手，斋藤、原田跟土方展开一场赌上信念的战斗。

在近藤的拉拢下，伊东甲子太郎加入了新选组。但同为高明剑客及善于谋略的伊东当上参谋，使得山南在新选组内失去了立足之地。於是，事态终于发展成无法预期的惨剧…

服下秘药后成为非人的山南。以及得知药物是父亲纲道所研发而感到错愕的千鹤。从强行迁移驻在所，到伊东派势力的抬头，再加上从江户返京的平助也有些不对劲…这一连串的情况，让新选组笼罩在一股不寻常的氛围下。

自称为「鬼」，在二条城出现的三名男子─风间、天雾及不知火想将千鹤带走，却被及时赶到的土方一行人解救。但风间离开时所留下的话，却让千鹤充满了不安与疑惑。在这个时刻，千鹤在京城里遇见了一名叫作「千」的少女。

为了意志消沉的千鹤，原田特地让她与阿千再次碰面。在新选组干部的贴心安排下，千鹤终於恢复了元气。另一方面，新选组接下守护告示牌的任务，但出现在原田眼前的犯人，却长得跟千鹤一模一样…

得知山南还活著的事实后，伊东离开了新选组转任御陵卫士。而跟近藤的想法出现落差的藤堂与斋藤，也与伊东一起离开新选组。在这个当下来访的千姬与君菊，将冲击的真相告诉了千鹤──

大政奉还之后，新选组也被卷入多变的世局之中。在得知伊东所带领的御陵卫士即将有所行动後，土方终于决定要暗杀伊东。为了挽救跟伊东在一起的平助，千鹤不禁加快了脚步…

在油小路事件身负重伤的藤堂，选择走上罗刹之路。虽然在千鹤面前展现出坚强的一面，但藤堂仍为罗刹的吸血冲动所苦。新选组为了备战而将据点移往伏见奉行所，但在此同时，近藤却被不明人士狙击…

鸟羽伏见之战终于爆发，新选组与新政府军所持有的新型枪械陷入苦战。在拼死的战斗中，千鹤跟井上前往锭城请求援军，但锭城却早已向敌方倒戈。看著队士不断负伤倒下，与风间对峙的土方做出了重大的决定。