拥有神力的双手 天才外科医生朝田龙太郎（坂口宪二饰演）4年前曾经率领万人医疗队在世界最高级别的医疗小组“Team Medical Dragon”简称“医龙”中工作。由于没有听从所属北日本医学院附属医院院长的命令回国，在服务期满后仍继续留在战地工作，龙太郎被北日本医学院附属医院解雇，其他医院也都因为这一事件拒绝聘用他。于是，龙太郎在一所偏僻的海边小诊所替人治病疗伤。 一天，明真大学附属医院胸外科的副教授加藤晶（稻森泉饰演）突然造访龙太郎。原来加藤晶为了登上教授的宝座，希望龙太郎能够加入到自己研发新式心脏外科手术的队伍中。加藤晶所研究的新式心脏外科手术是胸外科手术中最新的技术，龙太郎虽然吃惊，仍欣然答应。 这边，明真大学附属医院的实习医生伊集院登（小池彻平饰演）正对着一名植物人患者诉说着自己的烦恼。原来，在这所医院中，一名医生要想出人头地，靠的不是实际的医术，而是要懂得看上司的脸色行事，要学会与医药厂商搞好关系。对于这样的医风，阿登感到十分困惑。和阿登不同，另一位实习医生木原毅彦（池田铁洋饰演）更关心的是如何泡妞交女朋友。就这样，龙太郎来到明真医院的第一天就无意中听到了两位年轻的实习医生的心事。 加藤晶出席胸外科医生行会。席间，北日本大学医学院附属医院的胸外科医生雾岛军司（北村一辉饰演）也有出席，作为北日本大学医学院附属医院胸外科教授的首席候选，北村在业界小有名气，而且，北村和加藤晶还是情侣关系，二人曾共同发誓要一统日本胸外科医学界。加藤晶询问北村认不认识龙太郎，北村摇头否认。而事实上，北村与龙太郎是当年同期进入北日本大学医学院附属医院的实习医生，北村为什么要说谎呢？ 此刻，明真医院突然接到了由于交通事故而胸部受到强烈撞击的急诊病患……

神的手与恶魔的药 因为医院方面对龙太郎仍存有偏见，加藤晶被迫安排龙太郎和阿登一起值夜班。且院方规定龙太郎不得单独进行手术。 一天深夜，突然有一名患急性阑尾炎的女病患被送到了明真医院。龙太郎和阿登一起前往手术室。龙太郎要阿登主刀，阿登说自己经验不足，到目前为止只做过4例手术，不敢主刀。龙太郎斥责阿登：“如果在国际医疗队的话，你这个年纪的医生早就动过上百次手术了！”阿登不得不拿起手术刀。然而，阿登并没有在书本所记载的位置找到这名病患的阑尾，在龙太郎的指导下，阿登终于有惊无险地完成了手术。龙太郎告诉阿登，要想成为一名优秀的外科医生，一定要在实践中不断学习。 当二人走出手术室，在医院走廊里听到了一名女病患痛苦的呻吟。询问护士后得知，这名女病患到了肺癌晚期，因为服用抗癌剂，所以引发了一些副作用，非常痛苦。龙太郎询问抗癌剂的药名后得知，这是一种新药，目前尚处于临床试用阶段。龙太郎不顾阿登的反对，调出了这名女病患的资料，在看过病人病历后，龙太郎要求主治医师和院方马上停止给这名病患服用抗癌剂。然而，医院方面根本不把龙太郎的话当回事。 院方把对龙太郎的不满迁怒于加藤晶，命令她写出深刻地检讨。加藤晶的恋人雾岛劝解加藤晶，看着龙太郎在医院里惹出这么多麻烦，干嘛还非要他加入全新心脏手术的研究小组。 一天夜里，突然有一名发生交通意外的病患被送到了明真医院。阿登要对病患实施抢救时却接到急诊部的通知，告诫阿登不要擅作主张。原来，这是一名不明国籍和身份的外籍男子……

内科医生藤吉的女儿患心脏病住在明真大学医院，藤吉坚持用内科方法治疗自己女儿的病。野口教授收到朝田几次未经允许擅接病人的报告，但他又想利用他做成 Batista手术，于是命令他为藤吉的女儿做心脏手术，他可以亲眼证实一下朝田的医术。藤吉知道后极力反对，因为他不愿让女儿冒风险，宁愿辞职也要保护女儿的安全。因为他不相信朝田，在医院的施压下，藤吉辞职准备带女儿离开，就在那时，他自己却突发心脏病昏死在街头，朝田与伊集院见状用随身携带的心脏起博器（本来是要送往另一家医院的，却派上了用场）为藤吉在街头做了一次惊心动魄的抢救手术，干净、漂亮的医术让伊集院佩服不已。苏醒后的藤吉相信了朝田，决定让他为女儿做手术，但是当朝田看完病历后却得出了相同的结论：小女孩并不用做手术，随着年龄增长，病会自愈。朝田又一次得罪了野口教授，而藤吉却主动加入了Batista手术小组。

伊集院依然在为是否进入Batista手术小组而内心激烈斗争着，另一方面，原本定为朝田实施的弓部大动脉手术因为抢救藤吉而被北日本大学的教授雾岛军司所执行，野口教授看在眼里，心里极为不爽。同时，急救部的鬼头医生又看中了朝田，承诺以2000万年薪把他招入急救部，朝田并未答应鬼头的请求，但他却依然喜欢战斗在紧张的抢救现场。这天，急诊中心送来了三名病人，他们都是因为心脏病突发而晕倒，经过诊断，朝田发现了一个奇怪的事实，即这三人所使用的心脏起博器都是由米拉公司生产的SP200型，他又翻查了一年内的纪录，发现所有使用此心脏起博器的病人病名都是心不全，主治医生都是冲。朝田仔细做了实验，发现这种心脏起博器存在着质量缺陷，也就是劣质产品，它在遇到微小电磁波干扰时会突然失灵导致病人病发。朝田要求收回SP200的所有产品，但是冲却极力反对，因为这个产品正是野口教授推荐使用的，如果收回不正是摆明了要和野口作对吗？野口知道后阴险的把朝田调入富士山温泉医院而指名冲担当稻垣（就是三个病人中年龄最小的病患）的主治医生，正当冲要把劣质心脏起博器再次植入稻垣体内时，伊集院勇敢的阻止了冲的行为，虽然他吓得双腿发抖。千钧一发之际，朝田再次出现在手术室，他把劣质产品狠狠踩碎，在藤吉和美纪的帮助下，朝田帮稻垣植入了功能良好的心脏起博器。阴险的野口知道了这件事情后，利用权力嫁祸冲把他赶到乡下医院，而把朝田留了下来，以此来维持自己的“权威”和“名誉”。通过这次事件，伊集院终于决定加入Batista手术小组，而朝田又开始寻找优秀的麻醉师。

Batista手术越来越近，明真医院确定了两例病患需从中选择一名来做这次尚无前例的高难度手术，两名病患分别是16岁的高中女学生村野里奈和55岁的前明真医院心胸外科护士长奈良桥文代。两份病历捏在加藤医生手中，她正考虑最后选择哪个做Batista手术，显而易见的是，加藤做为功利性强，有着强烈的往上爬的欲望的医生，她自然是选择了整体状况较好的16岁女学生，这样手术的成功率就会大大提高，因为她的论文是不允许任何失败的数据出现的。朝田却持着相反的意见，他认为论文和患者是无任何关系的，应该选择最需要手术的病人做为手术对象。患者奈良桥文代其实在加藤心中占着重要地位，正是她从她最初踏上医学道路时一路陪伴，耐心倾听她的心声，帮助她渡过事业的难关，是无法轻易忘记的深厚感情，只是不知从何时起，发誓要改革腐败大学医院的自己也变得和大多数的一群一样，只为了名利不择手段往上爬。加藤看着病床上已生命垂危的奈良桥，一幕幕往事象放电影般在脑海中流过，奈良桥并不知情，她依然把加藤当成最好的医生，并说如果由她来做手术，就算死了也甘心了。加藤在母亲般的老护士长面前掉下泪来，她的防线终于崩溃，她最终改变了主意，选择了奈良桥文代做为手术对象，朝田从心底赞赏，但是加藤依然坚持手术、论文同等重要。同时，伊集院也通过了加藤的考验，做为第二助手出现在Batista手术小组中间，令人瞩目的Batista手术即将开始了。

Batista手术开始了，全明真医院的医生都在现场或通过录像观看这场史无前例的手术，野口更是比别人多了几分心，因为一直以来令他不爽却又没奈何的朝田就要在此次手术中见分晓了。朝田、加藤、伊集院、美纪等人开始了紧张的手术，朝田绝顶的医术和冷静的头脑无不令在场的人感到惊叹。在朝田的主刀下很快找到了奈良桥心肌坏死的部分，他用行云流水般的技术切除了病灶，病变的心脏终于恢复了正常，Batista手术宣告成功，野口大大松了口气，但就在缝合胸腔之际，朝田却发现奈良桥右心室也出现了问题（这在手术前没有检查出来），需要做搭桥手术，否则必死无疑。野口深知手术危险，他狂吠着要求停止手术（因为病人如果死在手术台上，那么一切都前功尽弃了），但是朝田却决定再做右心室搭桥手术，对他来说病人的生命才是第一位的，他坚定的表情和不容置疑的话语打动了加藤，他们不再理会野口，决定继续手术。由于伊集院双手已接触过仪器，所以需重新进行消毒，但情况已十分紧急，朝田果断的下令让看护士美纪进行血管采集的手术，这一举动无疑又炸开了锅，看护士是绝对禁止手术的，但是在人手缺乏、情况危急的现场，朝田还是坚定了自己的决定，美纪熟练的采集了血管（事实证明，她的技术比有的医生还棒），为手术争取了时间。大家跟着朝田的节奏越来越默契，仿佛完全溶在了一起，手术最后宣告成功。但是等待他们的依然是审问和质疑。野口以明真大学做成了日本首例Batista手术，所以暂时没有惩罚朝田、美纪等人，但是随后的消息却让众人目瞪口呆，明真并不是首例Batista手术成功者，首例成功者是北日本大学医院的雾岛军司，他和朝田龙一郎到底有什么关系？他们之间又将有一场怎样的较量呢？

加藤怎么也没料到自己的情人雾岛军司会抢在自己前面做成了Batista手术，但是更让人吃惊的是，原来雾岛军司竟然是美纪同父异母的哥哥。美纪把自己的情况详细的告诉了加藤。若干年前，美纪与母亲搬进了父亲的家，但是父亲并不认同这母女俩，也不让她们姓雾岛，美纪和母亲在家被当作佣人来看，高傲自我的哥哥雾岛军司更是以把美纪控制在自己手心为乐。当时的雾岛已是北日本大学医院颇有作为的医生，而朝田龙一郎当时也在北日本大学医院，两人是工作上的伙伴，但是一次手术过程中的分歧让雾岛极为不爽，因为朝田龙一郎胜他一筹的医术令他狂怒忌妒，也正是那个时候雾岛觉得自己比不过朝田龙一郎。为了铲除心头的绊脚石，雾岛利用一次医疗事故嫁祸于朝田，医院方面自是相信了八面玲珑的雾岛，而把叛逆、难以驯服的朝田开除出局，但是只有美纪心中明白，这一切都是哥哥搞的鬼，因为他的眼中容不得别人比他好，美纪义无反顾挣脱了哥哥的控制，追随朝田到了异国他乡，在紧张的抢救第一线学到了许多东西。所以，雾岛军司之所以千方百计做成日本首例Batista手术，就是为了要报复朝田比自己的优秀和美纪对自己的“背叛”。与此同时，朝田开始动手寻找麻醉师，荒濑精湛的技术很让他佩服，但是这个终日醉薰薰的人却只为了钱而出卖自己的技术，并且有过为了收取贿赂给病人试药而致多名病人死亡的记录，但是朝田却认定了他的技术，并且一语中的的说出：好的麻醉师最希望的是与好的医生合作。明真医院第二例Batista手术又将开始，雾岛军司却在为解散明真医院Batista手术小组而频繁活动着，他们终于不可避免的站在了交锋之地。

野口教授退休后的继位人被明真大学医院提到了议事日程上，但是野口依然有决定继位人的权利。雾岛军司依然在为解散明真大学Batista手术小组而努力着，事实证明，他与野口在背地里已达成某项协议。朝田、加藤等人开始准备第二例Batista手术，临床工学士经由加藤推荐找到了优秀人选，剩下的便是麻醉师了。朝田认准了终日醉薰薰的荒濑，并让伊集院与他接触。荒濑把伊集院带到了自己买醉的酒吧，在那儿，伊集院认识了小香—一个多年来一直默默关注着荒濑的女孩，从她嘴里，伊集院了解了荒濑的情况。但随后就在小香出门买东西的时候，却不幸遭遇暴力事件，她被两颗子弹打中胸部和大腿，生命危在旦夕。伊集院发现后大惊，荒濑也完全忘记了自己的醉态，对小香实施了紧急救护措施。在送往医院的途中，小香渐渐没了心跳，荒濑在对自己良心极度谴责中绝望起来，他甚至不敢再看一眼挣扎在死亡边缘的女友。到达医院后，朝田迅速展开了救治措施，他与鬼头医生相互配合，后来荒濑也进入手术室成为手术一分子，朝田精湛的医术终于把小香从死亡边缘拉了回来，荒濑也在手术中感受到了朝田的力量，他最终答应了朝田的要求，这样Batista手术小组的成员就齐全了。而与此同时，野口向加藤宣布了自己继位人的名字，这个人并不是加藤，而是雾岛军司，加藤刹那惊呆了。

众人得知加藤已没有希望当上教授后十分震惊，雾岛军司也从北日本大学转到了明真医院，准备就任下一届的心胸外科教授。同时，朝田龙一郎的第二例 Batista手术也即将开始了，对象便是那位16岁的高中女生。手术过程中，各人完美的配合着，加藤看着眼前的队伍，下定了某种决心。手术成功完成后，加藤找到野口，野口以为她还要继续理论自己当教授的事情，正不耐烦间，加藤却说她早已不想当教授了，还把自己研制的论文数据交了出来，说自己的研究成果都可以给雾岛军司，只是希望明真不要解散Batista小组，这下轮到野口有点吃惊。朝田龙一郎、伊集院等人得知加藤要以辞职来挽回Batista小组时，大家都非常激动，说缺少了加藤的队伍是不完整的，加藤看着眼前的好友，眼泪控制不住的滚落下来。朝田找到鬼头教授请求她推荐加藤，因为只要有教授推荐，就可以做为候选了。鬼头虽然表面不置可否，但是心里却很欣赏朝田的才能，在教授会议上，她提出了改革方案并提名加藤做了候选人。同时，雾岛开始接触伊集院，他希望伊集院到自己的手下工作，这让伊集院十分惶恐。第三例Batista手术又将开始，众人接到病历后都大吃一惊，因为病患不仅是心股扩张，还是概率极小的内脏反转，并且只有9个月大。朝田考虑再三后，向野口表示自己准备放弃这个手术。

雾岛军司开始拉拢伊集院，而朝田龙一郎也放弃了第三例Batista手术，事情向着极其微妙的方向前进。与此同时，教授会议也正式召开了，会议就野口和鬼头所提出的改革建议进行投票，胜者就能一步登天，而败者就有可能被扫地出门。雾岛军司为了登上教授位置与野口合伙同谋，商量着如何在最后的投票中打败鬼头一派。朝田放弃了Batista手术，这让孩子父母极为愤怒，他们认为朝田等人与其他医院的医生并无两样，朝田并不多说什么，他开始着手安排孩子转院，此举伤透了孩子父母的心，孩子转院安排在了教授会议当天。当天，伊集院找到雾岛，声称自己既然已是他手下的人，就想知道此次选举的详细情况，雾岛把事情原委都告诉了伊集院。就在野口自觉万无一失、胜算在握的时候，朝田等人发起了反攻，他们突然决定给孩子做手术（选在教授会议这天，正是有理由不需通过教授同意而有权力做紧急手术），伊集院搜集到情报后也表明了自己的立场，说自己无论如何也无法跟随雾岛的脚步，雾岛一时怔住，但随即又露出了阴险的笑容。第三例 Batista手术开始了，优秀的团队重又聚集在一起，为了这个手术，他们已经策划了很久，但是手术中他们却发现了一个意外，这个意外正是雾岛留给他们的致命一击，这个婴儿还患有其它不能手术的病症，雾岛故意隐瞒病情，这让手术气氛一时紧张到了极点。