朝鲜开化时期，开化运动的先锋成员屡遭一个神秘枪手暗杀，由于他使用的是最先进的进口枪支，一时在朝鲜形成恐慌。朴震汗被钦点剿灭暗杀神秘组织，这也让他成为对方的目标。朴震汗的儿子朴允江也武艺惊人，但他更喜欢吃喝玩乐，是个纨绔子弟。一日他在都城游荡，无意撞到一个神秘男子，发现他身上竟然带着枪，便一路跟踪他。这个男子竟是女扮男装，她本是翻译官的女儿秀仁，他的父亲还是允江的生死之交。因为朴震汗卷入暗杀阴谋，不得已把儿子女儿暂时安置到秀仁家，秀仁与允江再相见分外尴尬。秀仁一直女扮男装是为了寻找开化先锋乌镜，是为了把师傅玄岩的一本书交给他。

秀仁拿着枪也没有勇气按下扳机，允江也就是因为这点断定她并不是暗杀者。朴震汗抓获了暗杀凶手，但在即将审问出幕后主使者的时候，犯人突然中毒暴毙，最后一刻也只其背后有更厉害的枪手，而没有说出姓名。朴震汗因此成了保守派的眼中钉，陷于危险之境遇。玝璟先生给秀仁送来密信，因为要马上离开朝鲜，约定地点麻浦渡口转交玄岩先生的书，允江要与她同去。允江无意透露玝璟先生的下落，却遭来保守派的追杀。玝璟先生遭暗杀，允江急忙带着秀仁逃命。二人夜宿荒山，却意外遇到了黑衣人，虽然秀仁交出玄岩先生的书，但杀手依然举起了枪……

允江秀仁遇到危难之际，父亲及时出现救下了他们，可父亲却为了追捕逃犯，跳下了悬崖。在追捕嫌犯的时候，朴震汗手臂受伤。朴震汗认出了秀仁，警告她和允江不要再参与这件事儿了，非常危险。玄岩先生的书被保守派首领得到，并被付之一炬。秀仁回到家里总是忍不住回想起跟允江在一起的点点滴滴，为了报答允江的救命之恩，秀仁邀请他一起看烟火。允江秀仁一行人到山间放烟火，莲荷却意外被黑衣人拐走，只留下允江送给她的猫头鹰。朴震汗知道后震怒，把允江投入了大牢。

朴震汗与允江一起营救莲荷，虽然成功救下莲荷，但是朴震汗没有放弃，依然执着追杀凶手。允江想要与朴震汗同去，但被拒绝，允江被打晕，朴震汗一人去追赶枪手。朴震汗终不敌枪手，被杀死，允江赶到痛苦欲绝。朴震汗被保守派栽赃，被参有谋反之心，允江与父亲被判死刑，莲荷被抓到义禁府为奴。官兵来家里抓人，好在当时允江外出，免于一难，但莲荷被抓走。在秀仁的帮助下，允江登上了前往日本的小船，不料枪手再次出现，允江受伤沉入江中。秀仁目睹这一幕，但无能为力。原来允江被几个人救起，而正是秀仁的小指南针久了允江一命，挡住了子弹。三年后允江伪装成日本人，重新回到了朝鲜，并成为一名神枪手……

允江以日商身份归国，在码头用枪解决了混乱。崔元臣邀请他成为贸易伙伴，却被允江给了一个下马威。秀仁去黑市买照相机，却遭到捕校追捕，并在逃跑途中撞到允江，不慎将照相机遗落，归家后以寻找照相机的名义四处打听允江的下落。夜里，允江化身黑衣神枪手突袭知情人孙泽寿家中，并定下十五日之约，希望为父报仇。秀仁找到允江住处希望取回照相机却遭允江避而不见。崔元臣再次找到允江，并终于开始洽谈合作。惠媛以找回照相机为交换，请秀仁当火药技师救急，在合作的商谈处，秀仁与允江终于再次相见……

秀仁与允江在崔元臣面前相见，允江拒不承认自己的身份。

秀仁为求证自己的猜想自荐当向导带允江逛街，途中各种试探，最终惹怒允江。

原来允江在三年前获救时就下定决心做一个没有历史的新人，因此无法与他人相认才能更好进行复仇大计。

杀害朴父的人在被允江追杀的途中自杀，高宗为了进行开化改革秘密召集文士，秀仁的父亲成为改革派的眼中钉。

惠媛带允江出行，途中遇到刺客，允江将惠媛救下，惠媛对允江另眼相看。

秀仁得知失踪的莲荷的下落并告知允江，允江虽不承认身份，但连夜前去救援，就在此时被埋伏在莲荷处的崔元臣堵个正着……

允江被包围后，最终巧妙逃脱。允江逃跑过程中遇到秀仁，镐京误以为他是绑架的坏人。

虽有人一直监视，但允江始终保持伪装，让人找不出破绽。

允江回忆起当年在日本接头惨遭毒打，奋力挣扎战胜所有人才有如今的身份。

允江深夜拜访正勋，正勋十分惊讶允江的归来，并以儿时的往事来询问他。

允江之妹荷莲在都接长家当奴婢，都接长让莲荷送茶来试探允江，莲荷一见允江便一把抱住哥哥哭泣起来。

允江杀死宋大人后和莲荷相认，不料却被人发现遭到枪击围堵，允江骑上快马带妹妹冲出重围。允江将妹妹暂时安置在寺院，向她保证时机成熟会接她出来。

允江刚回到家被找上门来的崔大人撞上，崔大人向他询问起宋大人被杀的事。皇帝得知宋大人被杀的事下令要调查清楚。

秀仁向父亲说出自己想学习火药的想法，得到父亲的支持。秀仁找到允江，允江帮她争取到学习火药的机会。

慧媛从秀仁那里听说莲荷被枪手带走的消息。慧媛将莲荷被抓走的消息告诉了允江，允江装作毫不在意，慧媛却表示自己有同样经历，因此特别同情她。

允江告诉都接长那天晚上不只一个枪手，而且怀疑是接长的人干的。在他俩谈话的时候，都接长安排手下准备射杀允江，却因为手下报告枪手出现而打乱计划。其实这都是允江的安排。

秀仁得知三藏正是允江，可是这时禁义府的人闯入将秀仁抓走。

秀仁被怀疑与曹大人的案子有关被禁义府抓走。秀仁为保护允江说是自己拿走火药与允江无关，遭受酷刑也没有说出允江。于是大人们便问她是否将火药交给了父亲，秀仁坚称父亲与此事无关，但是郑大人还是被带走。

允江和慧媛、都接长一同来到禁义府。允江为救秀仁，说是自己使用的火药，与秀仁无关。允江让秀仁说是自己指示她的，但是秀仁一直坚称是自己拿走的，允江被人拖走，秀仁继续遭受酷刑。左相对郑大人用刑，强迫秀仁承认受父亲指示，但是被金镐京阻止。

晚上允江穿上夜行衣准备去救秀仁被劝阻。在镐京的帮助下，允江来到狱中见到秀仁，两人互诉衷肠，洒泪分别。第二天，郑大人求他们放过女儿，自己愿意招认。

这时皇上赶到，传上允江与左相对峙，并训斥左相为扳倒开化派实施酷刑。郑大人释放后感谢允江救命之情。金左英交代都接长处理掉郑大人。遭受金大人侮辱的都接长十分愤恨，决定和日本人合作。

慧媛去看望秀仁，正好遇到允江。都接长来给要你讲赔礼道歉，被慧媛看到。允江再次见秀仁，秀仁告诉他知道允江还活着的事就让她十分欣慰。

开化派主张学习枪支使用技术，并从大清国进口武器，保守派得知后在交易地点南别宫进行伏击。

允江意外秀仁的父亲成为保守派的目标，再次变装出手保护他。

允江在枪手中发现了一个左肩有伤疤的人，认定是曾杀害父亲的凶手，但他最终还是在其他同伙的保护下逃脱了。

镐京在关键时刻，替秀仁父亲挡了一枪，受了重伤。

慧媛找到允江，希望能够帮助父亲走出危机，允江却找到崔元信，警告他不要太嚣张，他是看在慧媛的面子才提出帮助的。

慧媛撞见莲荷与允江在一起，开始怀疑他的身份。

允江的火药厂技师受伤，秀仁临时顶上。

秀仁刚要走出房间却被允江拉住，允江问他是否还觉得自己是朝鲜人朴允江，秀仁一口否认。允江化身黑衣人将郑大人绑架，审问他当年的幕后指使的人是谁。

金大人吩咐崔大人去杀掉允江救出郑大人。崔大人带人将允江包围试图查出他的真实身份。崔大人射中允江，掀开了他的面罩。崔大人救出了郑大人，却遭到郑大人的训斥，他一气之下将郑大人射死。

允江回到家里自己忍痛将子弹取出，正巧被秀仁发现。秀仁很是心疼，亲自为他治疗。慧媛觉得十分可疑，问起父亲关于之前的旧事，崔大人说总有一天她会理解的。

晚上慧媛找到允江说出了自己的真心。允江告诉秀仁不要离自己太近，会十分危险。慧媛看见秀仁从允江那里走出来，将自己的真心告诉了秀仁。秀仁的父亲在皇帝面前为左相求情。

允江因为长得像画像上的人险些被官府抓走，被崔大人救下。崔大人劝允江不要再查，还是乖乖做事比较好。允江让秀仁快些离开，不要再接近自己。秀仁转身要离开时，允江却心痛不已，二人深情相拥。

允江不忍伤害秀仁，两人最终相认后拥抱深吻。允江约慧媛晚上一同散步。

晚间允江变装后，来刺杀都接长，却险些被都接长射杀。最终允江将都接长击倒在地，慧媛却赶到救了父亲一命。允江将都接长作为犯人交给官府，却被义禁府带走。

慧媛代替父亲来向允江道歉，允江却不接受。义禁府来人将允江以逆贼的身份抓走。慧媛来到大狱劝父亲说出所有的事情，父亲却要她不要牵扯进来。

允江和都接长当堂进行对质，大人要求慧媛进行质证，都接长却以他受贿的事进行威胁。秀仁劝说慧媛进行作证。禁义府的人纷纷被抓，开化派按照允江的意思一部部实施着计划。

皇上亲自审问都接长和允江二人，慧媛来作证却并未说出实情。皇上又传唤了义禁府其他证人，没想到所有人都被迫翻供了。皇上十分慌张，决定上邢审问两人，遭左相阻止。允江求皇帝一定要查出真相，但左相却劝说皇帝维持体制。皇帝最后决定处斩朴允江。

陛下无奈下令将允江斩首，崔元信被无罪释放。

在押送的过程中，黑衣人掳走了允江，原来是陛下派人来救下了他，希望他能够帮助陛下扫平叛党，但允江却大怒，表示他只想亲自手刃凶手，选择离开。

秀仁告诉莲荷，允江没有死，他很快就会回来的，莲荷提出要回寺里等哥哥，秀仁无奈只好送她回去。路上遇到有人想要劫持莲荷，好在允江及时出现救下了他们，允江放走了他，让他去告诉崔元信他马上就会去报仇的。

慧媛向允江表白被拒绝，心碎选择跳河自杀，好在被父亲救起，而允江刚好看到这一幕。

允江开枪射中崔元信，崔元信坠落山崖。慧媛带领手下搜寻都接长的下落，众人怀疑都接长已死。

慧媛来找允江遇到秀仁，她决心要杀掉允江报仇。官兵来人想抓走莲荷，莲荷四处躲藏。允江准备暗杀金大人，但是秀仁赶来让他先去找莲荷。允江和秀仁最后在山里找到受伤的莲荷。

允江来找到皇帝的亲信，决定暂时协助皇帝。分给战士的粮食都变成麸皮，郑大人发现后十分生气。秀仁发现金镐京的父亲正是左相。生菜将济美被抓的事相告，允江深夜化身神枪手去右议政家救出了奴婢们。

允江拜托山元帮自己一个忙，自己决定直接去见金佐英，打探些消息。崔元信并没有死而是被金佐英所救。允江换成山元的身份来到金佐英府上，以谈生意为名接近他。

在允江离开时，崔元信醒来了。慧媛找到允江，允江本要杀掉慧媛的手下，可慧媛却举起枪对准了秀仁。

慧媛带人来与允江道别，决定杀死允江。允江制服了慧媛的手下，慧媛将抢指向秀仁。允江情急之下用枪射中慧媛的枪，慧媛要允江亲手杀了她。

金大人将崔元信救活要他帮助完成最后一件事，崔元信请求回家看望慧媛。慧媛十分绝望决定自杀，被崔元信拦下。崔元信来见左相，左相将金佐英要发动政变的事告诉了他，说近期就会有指示。

允江化妆成山元又来拜访金佐英，正巧遇见允江险些识破。允江深夜来到金佐英家逼他交出了联名书。之后他将罪证都交给皇帝，皇帝以此为凭据要抓捕守护契。

逆贼闯入宫廷，莲荷对允江说要保护皇后，莲荷坐在皇后的轿子中躲避别人的视线，将皇后化妆成宫女带了出去。秀仁的父亲在叛乱中被杀。金佐英找到大院君进行交易，大院君要他杀掉明成皇后。

崔元信得到指示去杀掉逃亡的皇后。允江秀仁保护皇后逃亡，遭到崔元信的追杀，还好镐京及时赶到。允江又返回京城转交皇后的信件。

皇帝决定从清朝请兵救援，左相要慧媛告诉他爹立刻回来。崔元信带人准备暗杀秀仁镐京，允江化身黑衣人来到金佐英府，同时准备杀掉金大人。

正在都接长准备杀掉秀仁和镐京之时，慧媛突然带人赶到，说要保护皇后娘娘。崔元信为了保命杀掉了金佐英的手下。左相向皇上表示衷心说自己不是金佐英的人，会带领大臣辅佐皇上。慧媛告诉秀仁她的父亲已经遇害，秀仁十分震惊。

允江将金佐英绑架带走，并得知清朝的军队正向都城赶来。皇上审判犯人之时，允江将金佐英带到现场，皇上宣布将金佐英等人实施死刑，赦免朴允江父亲和家族的一切罪责。

金佐英本以为左相也会被一起实施死刑，但是左相早利用崔元信得到皇后的信任，再加上朝臣的劝说，皇上为了强化王权决定释放左相并与他联合。

皇上召见允江说要拜托一件大事给他，说崔元信将统领全国商人给予皇帝帮助，要允江不能与他为敌。允江说如果王命如此自己宁愿去死。朴泳孝等人想夺回朝中的实权要镐京去做奸细。

崔元信去狱中见了金佐英，告诉他自己已经背叛了他，金佐英被皇帝处死。莲荷将皇帝的命令告诉了秀仁，秀仁得知无法将崔元信绳之于法，直接去宴会上找到他，与慧媛彻底翻脸。

日本山元先生来到朝鲜找到允江，山元警告他在完成任务前他不准离开。允江回想起半藏身份的真实来历和自己在日本的经历。允江再次找到火药师，得知矿场奴隶过得很惨，便深夜变装去救他们。

崔元信找到山元说愿意合作开金矿，第二天山元和崔元信来到矿山，却发现工人都不见了，可允江却及时赶到说自己已准备好可以接手金矿的事情，抢夺了崔元信的生意。

允江夺了崔元信的金矿生意让他愤怒不已。允江派人收购了市场上的生丝和牛皮，让崔元信无货可存。气愤的崔元信拿着枪来到允江家，但是最终也无可奈何。

崔元信找到左相希望能掌控商贸，阻止允江。开化派找到秀仁，想安插她在皇后身边当宫女，让她做奸细。秀仁和允江商量后，允江表示不希望秀仁卷入此事。

左相带着镐京与崔元信、山元等人秘密会面。左相向日本人保证以后朝鲜的商贸都将在崔元信的管辖之下。镐京从金玉均处出来时遇到允江，允江将金玉均救过自己一命的事告诉了他。

崔元信本要宴请粮商，却因为允江抬价粮商纷纷跑到允江的商会。秀仁在街上看到镐京和左相一起。崔元信向皇后提议向惠商公局收税，并给皇后娘娘送了礼物。

秀仁和慧媛在宫廷相遇，秀仁说早晚真相会大白于天下。允江抢先囤积大米，但是慧媛告诉他没有惠商公局的许可，他们是不能进行贸易的。矿场救下的小孩偷吃米饭被允江看见，结果惊慌逃跑的孩子被马撞伤。因为崔元信囤积大米，老百姓无米可买，允江将大米免费发放给老百姓。

朝廷上开化派提议阻止粮食出口，但是左相坚决反对。秀仁看到镐京站在左相一边，对镐京十分失望。允江深夜来到崔元信的米仓，打开之后，让老百姓免费来取。

允江又截获日本人的商船。满月黑枪手的英雄故事传便全城。秀仁猜到那人就是允江。山元要允江去抓那个黑夜枪手被允江拒绝。

半夜有人持枪抓了秀仁和允江的仆人，金丸赶到救了他们却因替允江挡枪而死。允江亲自找到山元让他带着人都滚回日本。

允江带人以商局命案为由将山元带走。 日本公使对此十分不满，要求惩治朴允江，否则会有严重后果。皇后劝说皇帝要保住王权，必须要抓捕允江，此时站在门外的秀仁刚好听到，十分震惊。崔元信带手下抓捕允江，允江带秀仁骑马出逃。二人无处可逃只能跑向深山。在深山里秀仁意外受伤，金玉均找到朴泳孝希望他派兵救下允江。第二天清晨允江下山寻找秀仁丢失的鞋子却意外碰到抓捕的人，秀仁醒来未见允江就被人追捕。允江返回后不见秀仁。秀仁险些被捕时允江及时赶到，但是秀仁脚伤无法再行走。允江暂时与秀仁分开，追捕过程滚下山底。允江醒来后发现已被金玉均救下。左相向皇后推荐镐京为左营。山元被移交给日本使馆，山元走之前交代崔元信定要杀掉允江。当上官职的镐京被很多开化派诟病。允江在休养期间训练了一只枪手的精锐部队。秀仁答应了金玉均的要求，准备去皇宫做宫女。允江回到都城见到了莲荷，与即将入宫秀仁做了最后的分别。

秀仁入宫成为宫女，作为卧底监视闵氏的一切动向。允江投靠锦陵尉大人，与其共谋开化大计。

一日几人正在商量大计，崔元信突然到访要来追捕逃犯允江，幸好被锦陵尉大人喝退。

慧媛来到宫中警告闵氏不可过分相信秀仁，她入宫另有其他目的。

开化派举行正面，在宫内燃起熊熊烈火，允江带领一众士兵冲进皇宫……

晚上宴会开始后，允江带人点燃了邮政局周围，众人四处逃散。开化派众人杀入会场，闵大人被杀，崔元信被砍。镐京带左相离开现场，想救他的性命，但是还是被其他人杀死。允江和金玉均等人来到皇宫以事变为名让皇帝和他们走，但是被皇后质疑。秀仁点燃了炸弹，皇帝决定立刻和他们走。但是镐京迟迟不来，官兵赶到和开化派厮杀起来。官兵想拦住皇帝，允江开枪将他们射杀。皇帝得知开化派造反的真相。崔元信阻止包袱商聚集成军，慧媛等人来拿印信正好遇到允江。慧媛持枪追杀允江，却意外被崔元信杀死。皇帝向开化派妥协通过了许多新法案。允江正式向秀仁求婚。

改革后百姓们沉浸在喜悦之中，可金玉均为抵御清朝军队却允许日本人来到朝鲜，引起允江的不满。日本人来到后将皇帝皇后带到昌德宫，皇后借送礼为名将向清朝求助的信件交给领议政。不久清朝军队来到都城，政变只维持了三天。日本人撤退。允江、镐京等人殊死抵抗。崔元信带人追杀允江，秀仁在逃亡过程中中枪，镐京为掩护他们而死。允江秀仁逃往山洞，允江为秀仁疗伤。允江救出莲荷等人，在树林里与崔元信决一死战，崔元信不敌朴允江自杀身亡。多年后，两人甜蜜生活在一起，允江为拯救百姓成为民众的英雄。