一年前一伙恐怖分子袭击了德克萨斯州的奥德萨，人们把这场事故归咎于超能力者，自此超能力者便开始不断的躲避逃亡。

高中生汤米亦是一名超能力者，遭到卢克与乔安娜两人追杀的他不得已施展瞬间移物的能力挽救了自己与同学埃米莉的性命。诺亚本已经脱离了反恐组，但他却发现在奥德萨袭击事件背后似乎另有阴谋。

诺亚发现自己的记忆无法完全与往事重合，他驱车前往奥德萨想要找寻相关的线索及一个叫莫利的超能力者。

汤米的秘密被布拉德发现，他以此要挟汤米将自己的继父转移走。被汤米瞬间移走的卢克与乔安妮终于逃出了位于奥德萨废墟下的密室。他们杀掉密室里的所有人并带走了所有超能力者的名单。诺亚跟随动静发现了雷诺塔斯的地下基地，亦得知莫利已经失踪。

诺亚与昆汀为了继续寻找莫利亦离开了奥德萨。日本的超能力者梦子被雷诺塔斯组织所控制，在濂的帮助下她逃出囚禁，为了营救父亲他们前往美国。诺亚在医院的监控中确认了女儿死亡的事实，他更加怀疑雷诺塔斯计划的阴谋。莫利被抓至雷诺塔斯总部，她拒绝与前来营救自己的诺亚离开。艾丽卡宣布史诗系统的发行，他们将莫利的能力数字化导致全世界范围内的超能力者都无所遁形。

汤米与母亲在逃亡的路上发生车祸，母亲受伤严重。卢克与乔安妮凭借在雷诺塔斯得到的能力者的名单一路追杀，卢克意外发现自己也是一名超能力者。随着时机成熟，隐居北极的马利娜即将发挥自己的作用。诺亚与昆汀说服了艾丽卡的女儿泰勒来探寻史诗这个作品的真相，泰勒在看到母亲让一众能力者备受折磨后痛心难忍，而莫利为了不被继续利用竟毅然自杀。

汤米身份遭识破，卫星监控失自由。卢克重回昔日家，妻离子散难忍悲。频遭追杀难逃脱，法拉赫以身掩护。梦子伺机破防卫，重夺宝剑再救父。质问母亲瞒身世，汤米身负救世命。

囚禁之处将暴露，神秘堡垒突消失。诺亚梦子结同盟，联手对抗艾丽卡。卢克心灰欲轻生，马利娜施力挽救。

诺亚重回一年前想要改变一切，他极力寻找着女儿克莱尔的身影。而艾丽卡早已秘密控制菲比，由她来收集黑暗力量。安吉拉将艾丽卡欲加快人类毁灭的阴谋告诉莫翰德，但莫翰德却不相信她的话。诺亚赶到医院发现克莱尔依旧逝世，但意外的是她留下了一对龙凤胎。安吉拉预见到这两个孩子将是拯救世界的人，而诺亚也想起了自己抹去的记忆就是这两个孩子。

中村宽与安吉拉穿越到了1999年，在发现汤米会吸收他人的超能力后他们决定分头抚养两个孩子。诺亚想要刺杀艾丽卡却被一年前的自己阻拦，而受伤的艾丽卡被昆汀所救。哈里斯试图从诺亚的记忆中知道克莱尔孩子的藏身之处，但卡斯帕及时消除了诺亚的记忆。在莫利的帮助下诺亚找到了中村宽并见到了已经长大的汤米，为躲过哈里斯的搜寻汤米与母亲不得不离开中村宽穿回现实。

卡洛斯假扮超能力者混入了日长石庄园，他四处寻找侄子荷西的踪迹。泰勒为了找到男友弗朗西斯而离家出走，她顺利通过考验接触到了英雄解密组织。汤米已经确认了自己的使命并做好了准备，与他确立了恋爱关系的埃米莉却处境危险。丧心病狂的乔安妮滥杀无辜，卡斯帕消除其记忆未成功反被击毙，幸亏卢克与马利娜及时赶到才挽救了埃米莉的性命。卡洛斯找到了荷西，但荷西的思想似乎受人控制。

汤米被一路押解至艾丽卡的家，他的人身自由受到限制，艾丽卡欲劝汤米与己共事。马利娜因为乔安妮杀死了卡斯帕而不再信任卢克，但卢克一路跟随她与诺亚希望合作。马特为了知道马利娜的踪迹对法拉赫频频审讯，更是以其爱人卡洛斯的性命为要挟。汤米在艾丽卡的巧言相骗下有些动摇，梦子遵照父亲的命令及时出现救走了汤米。马利娜在飓风来袭时力阻灾难却被人类误解，卢克与她速速逃离现场。

诺亚的再次离奇消失让马利娜很是不安，但为了安全她不得不暂时离开。卡洛斯与法拉赫一行暗中控制了日长石庄园，泰勒前去劝说马特与他们合作却不料自己反被马特控制。汤米将梦子送走，他再次骗得艾丽卡的信任。马利娜不幸与昆汀及菲比相遇，在菲比的黑暗力量下她险些被捕，卢克及时赶到将昆汀与菲比挟持并从他们口中得知了汤米的行踪。梦子与哈里斯血战一场后顺利除掉其真身，而梦子自身亦不再存在。

汤米被监禁并被强迫使用其超能力，艾丽卡的计划即将成功。菲比在发现自己遭抛弃后依旧迷途不返再次加害马利娜，昆汀只得痛苦地杀掉妹妹。濂受小友八郎的托付进入游戏中解救汤米，而此时的汤米恢复了自己所有的记忆，他被顺利解救后暂停了时间并返回现实与马利娜并肩作战。诺亚自愿牺牲自己以让汤米与马利娜发挥超能力挽救世界，最终灾难得以躲过，而艾丽卡所设计的未来城亦不复存在。