石慕云军功赫赫，在战场上杀人无数，自感罪孽深重，希望剃度出家，不料住持不愿意收他为弟子，石慕云只好自行剃度，改称石头和尚。

隋末朝廷黑暗，贪官污吏数不胜数。一日，一名黑衣女子刺杀坐轿而行的一个贪官，被其手下刺伤，石头和尚出手救了她，并表示如此怎杀得尽贪官。黑衣女子却道，她无父无母，无牵无挂，对这些贪官能杀一个是一个。石头和尚被感动。后精通医术的石头和尚又救了一个身怀绝症的女子。两名女子坚持要拜石头和尚为师，石头和尚无奈只得答应了，但他要求两人放弃俗家名字，改名为阿舍、阿得，然后教阿舍武功，教阿得医术。

石慕云昔日好友——大将江成峰逐年老去，膝下有一子一女。儿子江小楼初掌兵权，得意非凡，犯下了一个致命的错误——滥杀无辜，屠杀赵村的所有村民，只有赵根死里逃生，发誓要为全村人报仇。

江小楼自以为凭此战功牢牢掌握了兵权，但威远侯石涛暗中布置一切要报复当年撤兵权之仇。石涛找来石惊天，请他去法场将赵根救出来，此时阿舍也同样前去救赵根。在法场上，石惊天认出阿舍，协助她带走赵根。

阿得救治赵根身上的伤，赵根向阿舍学习武术立志报仇。后来石惊天想查看赵根情况，遇上阿舍，与其比武。

由于赵根失踪，江成峰被罢免兵权。

江小楼前去苦竹精舍看赵根，赵根与江小楼定下三个月之约，三个月后决一死战。在与阿舍见面后，江小楼喜欢上阿舍。由于兵权落入石涛手上，石涛负有抓回赵根的责任，于是他让石惊天抓回赵根。之后与阿舍在一起，表明自己所做并非自愿，而是与石涛之间的三个约定。而后，石惊天向阿舍表白自己的心意，不料阿舍因为害怕受到伤害而居然拒绝。

石惊天误以为阿舍对赵根有情而愁眉不展。苗疆兄妹冷炎、冷雨，虽是石惊天的手下，实情同兄妹，尤其是冷雨早已对主人暗生情愫。

石涛放了赵根，并让他集合一队人马，要求他起义报仇，其真正目的是要打击江成峰一家，并添加自己的军功。

江小楼找阿舍并告白，但被阿舍拒绝，令江小楼受到相当大的打击。

石头和尚回忆当初在军队并放下屠刀的事。

被阿舍拒绝的江小楼认为一个黄毛丫头都不把他放在眼里，随随便便就拒绝了他，回家自暴自弃。小妹江小婵劝他不能轻言放弃，要让阿舍慢慢感觉他的好。

赵根找到同伴组成了义军起义。

江小婵找到赵根，表示愿意牺牲自己，请求他放过兄长。不料赵根得到了她却翻脸不认人，转将江小婵送给石涛。石涛拒绝，并留下江小婵，请江成峰上门利用江小婵失身的事羞辱江成峰。

江小婵回到家里，却被父亲江成峰以破坏家风为由赶了出去。江小婵无处可去，本想自尽，后决定要报复于是活下来。江小婵到苦竹精舍，聆听石头和尚讲述佛理。最后留下自己的头发离开。

江小婵找石涛，假意要找赵根报仇，做他的妾。江小楼找江小婵，得知江小婵不在，看到小妹留下的头发，誓要赵根报仇。石头找赵根，责骂他。

管家要石涛利用江小楼试探小婵的心。

江小楼因心系大将军之职，事事听石涛之命。

赵根进攻县城，江小楼想上石府商谈战事，意外发现小妹江小婵竟在府上做妾。郁闷的江小楼回到江府，告知父母。江成峰上门要女，石涛拒绝。

石涛派江小楼去平息战事，江成峰细细嘱咐。

赵根为保命，抢阿得做人质，防阿舍和石头对自己下手。

石涛耍心机，派管家到江府谎称江小楼已经战死，江成枫被活活气死，夫人徇情。石头和尚气愤至极，与阿舍夜闯侯爷府。三个月期限未到，石惊天不得不阻止了阿舍进侯府，却阻挡不住武功高强的石头和尚。但碍于普渡众生的和尚身份，石头和尚打伤了石涛，却下不了手杀他。石涛大笑：阿舍可以杀他，却被石惊天阻挡接近不了他；石头和尚可以接近他，却下不了手杀他。

恶战终于开始，江小楼与赵根一一对决，约好决不牵联手下。在两败俱伤以前，江小楼与赵根的仇恨终于化解，赵根决定隐居，不问世事；江小楼决定投奔李世民，真正干一番大事业。

江小婵假称给石涛买药，到了阿得所开的药店内，终于得知自己双亲的惨死。她将一副祖传的药方交给阿得，阿得看出有一味药不对，不愿害人，但提醒江小婵可去别处补上最后一味。江小婵佩服阿得的医术，抓完药，回侯爷府煎药。生性多疑的石涛并不接受江小婵的药，江小婵自己先尝了一口，石涛才终于喝下了毒药。临死之前，江小婵穿上孝服，为父母发丧。狡猾多端的石涛怎么也想不到自己竟死在一个不懂武功的弱女子手上。

阿舍与石惊天交往日深，并到了石惊天的家慕云山庄，见过了石惊天的母亲白玉。时下血玉观音作祟，常常半夜外出抓了童男童女取其血练玄功。

白玉与阿舍十分投缘，希望儿子快点迎娶阿舍。但宋青云和郭放因各自的私心不想白玉顺遂心愿，联合密谋。郭放为调查阿舍身世，做救下小孩的戏博得阿舍阿得的敬意。从铁蛋处得知石头师父是石慕云。

宋青云找到冷雨，想利用冷雨分开阿舍与石。

白玉的弟子郭放对阿舍一见钟情，要求与石惊天公平竞争，三个月内不能得到阿舍芳心，石惊天才能迎娶阿舍。阿舍对石惊天迟迟不肯迎娶自己感到十分不解，继而痛苦万分。

白玉先是对儿子的“负心”行为十分痛恨，不知该以母亲的身份对待还是以血玉观音的身份来处理。

作为一个母亲，她该宽恕孩子的过错；可是作为血玉观音，她最不能容忍负心汉。

郭放向阿舍坦白自己的感情，但被阿舍拒绝。

阿舍告诉白玉自己的师父俗名石慕云时，白玉惊呆了——石慕云正是她负心的丈夫，慕云山庄的主人。因此，她拒绝石惊天再与阿舍来往。石惊天惊呆，对母亲出尔反尔的态度不明所以。

石惊天与郭放决斗，郭放失败，但他告诉石惊天关于白玉的秘密。

石惊天依郭放所说到秘室证实了母亲的身份。石头因为不想因为自己导致阿舍错过真爱，于是上门查明原因。但见到的女主人是白玉，明白了症结所在。

由于白玉要重练武功，所以又抓小孩。在过程中，被阿舍与郭放遇上。当白玉处于下风时，石惊天出现救了白玉。阿舍责骂石惊天。

郭放虽为白玉弟子，其实从未练过玄功。慕云山庄管家宋青云偷偷抄录一份玄功秘籍给郭放，要求他杀了石头和尚。

白玉把所有事情都告诉了石惊天。

石头把当年的往事告诉了阿舍与阿得。石惊天找石慕云时打了一场架，并受了伤。白玉得知是石慕云下的手，便找他算账。

事后，白玉述说自己很后悔当初练武的事。宋青云找给武功秘籍的郭放，查看练功情况。但武功大进的郭放却一改往日的姿态，无法无天。

白玉与石头和尚相见，实则两人皆余情未了。十多年的爱恨情仇交加，白玉见石头和尚便大打出手，意外发现了石头和尚怀中所藏的自己的木梳。石头和尚表示当年毅然决定出家时并不知道白玉已经怀孕，真心请求白玉原谅。

宋青云最不愿意看到的事发生了：白玉与石头和尚冰释前嫌。郭放练成玄功，要杀石头和尚，白玉牺牲了自己，与郭放同归于尽。

石惊天坚持认为石头和尚害死了母亲，拒绝与他父子相认。他与阿舍的感情只好再度搁下。

阿得在给一家富贵人家看完病回家途中，目睹了一个女杀手从一户人家走出来，而她身  后尽是尸体。阿得害怕会遭灭口，对一个不相识的过路男子叫了一声“大哥”。

那人脸上有一条浅浅的疤痕，手拿佩剑，应该是一个武林高手。他似乎很不理解有个陌生女子开口叫他大哥，看到了女杀手才明白过来，便假装和阿得非常熟  悉。女杀手蒙着面，用很怀疑的目光看了男子一眼，才离开。

那名男子自称“骆日”，向阿得介绍了许多江湖中的事情。他从小被师父收养，称作落日，后来觉得自己应该有自己的姓，所以改称骆日。阿得与相貌非凡的骆日一见倾心。

阿舍意外邂逅从前作为女飞贼时的师父于二娘，她已经嫁给了大善人张万里。

当晚，杀手组织主人召集四大杀手——追风、逐月、骆日、向阳。由于五个人都蒙着面，杀手之间从来互不相识。为了避免互  相打杀，杀手主人要求四个人摘下面纱。逐月的直觉没有错，那日遇见的男子果然是骆日。

逐月明知作为一个杀手，是不该有感情的，但她还是不可自拔地爱上了骆日。她告诉阿得骆日是一个杀手，以为这样就可以让阿得死心。

阿得发现了骆日其实是一个杀手的事实，伤心不已，她要求骆日为了她不要再当一个杀手，不要再杀人。骆日同意，阿得带他离开。

逐月瞒着主人找到苦竹精舍，劝骆日回归组织，不然被主人找到是没有好下场的。主人命令追风找出骆日。阿舍回苦竹精舍找到了下落不明的阿得，并发现了骆日，也发现阿得喜欢上了他，阿舍为阿得的身体有些担忧，怕承受不住感情的起落。阿得向阿舍隐瞒了骆日的真实身份，阿舍离开。石头告诉阿舍他猜测于二娘是杀手首领，阿舍不愿相信。

石头找张万里，告之其怀疑对象，张万里表示不可能。事后，张万里化身为主人派向阳认于二娘为主人，在石头及众人面前让大家相信于二娘是杀手组织的主人，令心高气傲的于二娘负气出走。

阿舍回苦竹精舍，发现骆日却时时有警惕之心，环顾四周，让阿舍怀疑他是杀手组织派来的奸细。阿舍对骆日三番四次试探，确认骆日对阿得是真心的，她要求骆日供出杀手组织主人，骆日却回答从未见过主人的面容，更不知道他的身份，只知道主人是男人，并非女人。阿舍便要他去见师父。

石头和尚告诉阿舍，其实案件毫无头绪，所以才暂时委屈于二娘，不料张万里的举动露出了马脚。于是杀手主人毫无疑问便是张万里。杀手主人挟持了阿得，由逐月看管，要求骆日重回组织。骆日无奈之下答应。

骆日回归组织后，请逐月保护阿得。

于二娘撞见杀手主人，瞧着背影有些眼熟，想再仔细看，不料惊动了组织，在杀手主人命令下，手下没有下杀手。之后阿舍告诉于二娘，石头和尚怀疑是张万里。于是于二娘回到家里，质问张万里，但张万里矢口否认。深信不疑的于二娘向丈夫坦陈自己对曾经怀疑张万里才是杀手主人的想法惭愧不已，张万里听了表情意味深长。

阿舍决定查出真相，于是跟踪骆日，不料追风假扮成一个叫花子，缠住阿舍。追风用阿舍施舍的银子买酒买肉，阿舍毫不客气地喝完了酒。追风不由得欣赏起这个充满豪情的女子。   杀手主人要求追风、向阳和骆日把阿舍引入树林灭口，追风和骆日诈败，放了阿舍一条生路。骆日瞧出端倪，和追风苦中作乐，把酒言欢，成了彼此生平第26一个好友。

随后杀手主人要追风、骆日、向阳联手，杀了张万里、于二娘一家。此时石头和尚与阿舍也在，合力打败三大杀手，但阿舍还是放了他们，还追风一个人情，并告诉师父：追风与骆日一样，有向善之心。

受了重伤的向阳告诉追风、骆日，他发现张万里与师父有着一双一模一样的眼睛。追风、骆日明白过来，杀手主人这次任务的目的是要杀人灭口，一举杀死他们三个，于是决定反抗到底。但愚忠的向阳偷偷回到了主人身边继续卖命。

受到阿得善良的心的感染，逐月放了阿得。而向阳认主人为义父。骆日突然想起一件事，师父可能是杀人凶手，并从石头和尚知道了漠北双鹰，张万里是金鹰。骆日执意去报仇，石头和尚也没有办法让他放下仇恨。

骆日替追风向阿舍表达感情，阿舍表示惊讶。阿舍找于二娘，引导话题到鹰形图案，问她是否见过有这样图案的人。于二娘说不出话，随后找张万里质问，而张万里的向善令于二娘原谅。

逐月接受主人的指令去杀石头，被阿舍制服。逐月复命，被主人控制，并用逐月的生命威胁骆日、追风等人找他。阿舍找于二娘，指责张万里的种种恶行，却暗中被张万里下药控制做其护身符，避免被石头和尚杀死。于二娘同样中了药，极力想阻止张万里。向阳带着主人的命令通知了骆日和追风。当骆日与追风告诉向阳关于仇家是张万里的事，但向阳仍效忠张万里。

骆日和追风找主人，经过一番打斗，但不敌前来的石头和尚，张万里逃走前击伤了逐月。逐月伤重过世。

追风、骆日在剑上淬上剧毒，要与张万里同归于尽，但无奈功力相差太远，毒剑连张万里的衣角都沾不到，骆日和追风都被打伤。之后石头和尚赶来，打伤了张万里，但因不杀的信念，没有下杀手。但于二娘痛苦地捡起骆日的剑，杀了张万里，然后自杀。

骆日因中毒救治无效，与阿得做最后的话别。追风为了救自己深爱的阿舍，身中长枪而死。

石头和尚在慕云山庄外颂经百日，为白玉超度。石惊天始终不与他说话，也不准他踏进慕云山庄半步。宋青云一心要为白玉报仇，处心积虑要杀石头和尚。侥幸逃生的向阳逃到漠北，找到“金鹰”张万里的师兄——“赤鹰”莫如风，也要找石头和尚报仇。

夹在师父与石惊天中间，阿舍倍感为难，而自从骆日死后，身患绝症的阿得病情日益严重，但为了不让大家担心强作镇定。

宋青云担心血浓于水，石惊天与石头和尚迟早要相认，希望早些下手除掉石头和尚，暗中与莫如风联手。

一日，冷炎、冷雨离开山庄采购日常用品，宋青云要向阳杀了他们，以剪除石惊天的双翼。

冷炎、冷雨联手，向阳怎会是对手。眼看就要落败，莫如风出现，惊异的冷氏兄妹叫了一声“师父”。宋青云得知这些关系，改变计划，便以石惊天的生死为要挟，  要求冷炎、冷雨配合。冷炎、冷雨只要求主人安全，不违抗师父，便答应下来。

宋青云一边让自己的侄女巧儿混进苦竹精舍，监视石头和尚，一边又让莫如风易容成  石头和尚，利用石头和尚颂经、忏悔的时间差在阿舍、阿得面前为非作歹，一剑穿心杀死向阳。

巧儿感受到阿舍、阿得的关怀，对两位姐姐真心相待。

阿得看到石头和尚杀死向阳，病情更加严重。阿舍伤心之下，把阿得内心埋藏的事全都说出来，由此打开了阿得的心结，身体奇迹般地好了很多。

宋青云问巧儿为何对阿舍和阿得产生感情，巧儿表示不明白，因为当初宋青云没有告诉她全盘计划，目的是什么，宋青云仍然不说，巧儿只得按照宋青云指示去做。

当阿得的病好了，回医馆做生意。

冷雨穿着汉服向石惊天表白，但被石惊天拒绝。石头和尚见此，道出感情不可勉强的事。石惊天慢慢冷静下来，终于放下架子，允许石头和尚进慕云山庄，但一声“爹”始终无法叫出口。

石头和尚离开回到苦竹精舍，而假和尚莫如风在石头和尚还未到达、阿得回来时强了巧儿，阿得看到之后十分震惊，跑了出去直说不相信，等到她回来发现巧儿已死。此事令阿舍阿得对师父存有芥蒂。

宋青云要冷炎兄妹杀老禅师，正巧石头和尚出现捉住了二人，石头和尚问他们为何要这么做，可二人偏偏不回答。石头和尚追查真相，于是绑着二人到玉云山庄问石惊天。

阿舍、阿得误会师父走火入魔，自己犯下的错还不知道。阿得怕师父再干下什么错事，终于下手，给石头和尚下了化功散。石头和尚几十年内力灰飞烟灭。

石头发现自己无力动弹，明白了是阿舍阿得下的手。于是问原因，才知道自己离开的时候，有人假扮他做了许多不该做的事。但阿舍和阿得不相信石头和尚的话。但阿得看到师父的虚弱，深感内疚。

由于石惊天站在石头和尚一方，莫如风计划去除掉他，但被打败。

阿舍看到石惊天留下的书信，回到玉云山庄见石惊天，才知道事情的真相，错怪了师父。

而石惊天被莫如风抓住软禁，逃离的冷炎兄妹到苦竹精舍想请石头帮忙出手救石惊天。

阿得为了恢复石头的武功，埋下心病。冷炎兄妹知道武功恢复不了，于是回头自己去救石惊天。

为了救石惊天，冷雨把石头失去武功的事告诉师父莫如风，但莫如风怕被骗，强迫冷炎吃下毒药，让他留下，带走了冷雨。莫如风发现石头不见，打伤了冷雨，而此时冷炎带走了石惊天，由于没有解药，冷炎不治身亡。

经过阿得的全力施救，毒药虽解，功力却无法再恢复了。阿得后悔莫及，石头和尚却看得很开。

在极度压抑之下，阿得旧病复发，交代完后事，终于安然地走了。

冷炎、冷雨不再相信宋青云的诡计，不愿加害石头和尚，冷炎被害死，冷雨逃了出来，想为兄长报仇，终究还是死于宋青云的机关之下。

石惊天分析之下，得出宋青云才是杀害白玉的凶手的结论：因为只有宋青云才有可能将玄功秘籍抄给郭放。宋青云大失惊色，多年爱慕白玉的念头表露无遗，阴谋诡计也随之败露。石头和尚失去功力之后，阿舍、石惊天联手仍不是莫如风的对手。

关键时刻，莫如风想先杀了宋青云这个诡计多端的人为自己的师侄向阳报仇，不料还是晚了，宋青云早已诱他喝下有剧毒的酒，宋青云一吹箫，莫如风精神失常而亡。

宋青云自己也因为被石惊天指责为害死白玉真凶而精神错乱。石头和尚带着宋青云离开了。阿舍与石惊天有情人终成眷属。

经过了一切，感受了亲情、友情、爱情、师徒之情，石头和尚终于真正跳出三界外，不在五行中，修得正果。