抵达试验会场所在地的小杰、雷欧力与酷拉皮卡等三人，照着船长的指示走向通往试验会场的捷径。当走到贫民窟时，有位老婆婆率领了一群人在路上等着他们。老婆婆向他们提问，若是答不出来就立刻淘汰。

三人在凶狸狐的带领之下，终于进入试验会场，而会场内也早已经聚集了许多的考生。像是自称试验老手的东巴、散发诡谲氛围的西索、话讲个不停的忍者半藏，以及手持滑板的少年奇犽等。第一次试验即将展开。

第一次试验的内容就是跟着考官萨特次走到第二次试验会场。在单调又见不到终点的路线上，开始陆续出现脱退者。而跟着酷拉皮卡一起跑的雷欧力虽然也跑得越来越吃力，但基于他对猎人的执着，还是一直紧跟在后。在过了80公里后，眼前出现了阶梯，但萨特次的步伐却又加快了。

在通过漫长的地下隧道后，出现在考生面前的是浓雾弥漫的湿地地带。由于视线不佳，考生们一直遭到各式各样的怪物袭击。小杰与奇犽跑在前头，但在后方的酷拉皮卡跟雷欧力眼前，却看到西索被其他考生团团包围。

在与西索对峙之后，小杰等人顺利抵达第二次试验的会场。担任第二次试验考官的门淇与卜哈剌所开出的考题是要考生们做料理。于是考生们为了做出让美食猎人门淇感到满意的料理而努力。究竟，会不会出现令门淇满意的料理呢？

小杰等人在顺利结束第二次试验后，搭上了前往第三次试验会场的飞行船。小杰与奇犽在飞行船内探险时巧遇尼特罗会长，并与其展开对决。而且明明只是从尼特罗手中抢到球的单纯小游戏，却演变成只要赢过尼特罗便能成为猎人。

飞行船抵达的目的地是第三次试验会场陷阱塔的顶楼，只要能在72小时之内，活着抵达地面上就算合格。小杰、奇犽、酷拉皮卡与雷欧力等四人好不容易进入塔内，却陷入了必须凑满五个人才能继续前进的窘境。究竟第五个人会是谁？

小杰等人必须在四场比赛中赢得三场才行。而在第二场时，小杰面临到的比赛是只要让蜡烛的火先熄灭的人就输。却没想到，小杰拿的蜡烛上暗藏玄机。而下一场酷拉皮卡要和连续杀人犯──喳唬进行死斗。酷拉皮卡虽接受死斗，却意外发现喳唬背上有象征幻影旅团的蜘蛛刺青。

本以为在小杰与酷拉皮卡取胜，比分变成二胜一败时，敌人却主张喳唬只是昏过去而已，跟酷拉皮卡之间并没有分出胜负。相对于不愿意给予喳唬最后一击的酷拉皮卡，雷欧力却因为焦虑而显得越来越烦躁。五人之间开始弥漫着不平静的气氛，时间也逐渐一分一秒的过去。

雷欧力跟对方进行的是比剩余时间为筹码的赌局。一回神，雷欧力的筹码竟然只剩下10小时。被逼到无路可退的雷欧力所选的方式是猜拳。雷欧力虽然信心十足，在心理战上却完全败给了对手。二胜二败，在已经没有退路的状态下，胜负的关键就寄托在奇犽身上。

五个人各自度过50小时的等待时间。就在再度前进，以表决克服了重重难关后，就在时间大概只剩1个小时的时候，众人的眼前出现了两扇门。一条是可以五人通行的艰苦远路，另一条则是只能三人通行的简单捷径。五个人又必须再以表决决定要走的路，他们的选择究竟是……

扶养小杰长大的米特一直很担心去参加猎人试验的小杰。就在这时候，米特收到小杰寄来的信，内容提到自在猎人试验一路上所经历的事情、认识的同伴等，还有目前突破的难关。

前往第四次试验考场──赛比掳岛的考生们，在那里所面临到的试验内容，是自己所抽中的号码牌有3分、自己的号码牌也是3分，除此之外的全都是1分，考生必须在一个星期内凑满6分，这样就能过关。而小杰所抽到号码居然是44号！

小杰由嗜血蝶找出他的猎物──西索，并且在一旁企图以拿手的钓竿伺机抢夺西索的号码牌。而另一方面，雷欧力虽被东巴所骗，连号码牌都被抢走了，但在酷拉皮卡相助之下成功夺回。在得知彼此并不是对方的猎物之后，酷拉皮卡与雷欧力组成了共同战线。

酷拉皮卡与雷欧力虽然被西索锁定，但在交涉之后，得以免于一战。不过，无法抑制杀气的西索还是继续寻找下个目标。就在西索攻击目标的一瞬间，小杰成功用钓竿抢到了西索的号码牌，没想到在他准备逃走的时候，号码牌却被其他考生抢走了。

奇犽与尾随他的伊目礼三兄弟战斗，轻而易举地就胜利了。另一方面，小杰与雷欧力跟酷拉皮卡会合，为了抢夺雷欧力的目标－－彭丝的号码牌而拟定计画。三人循着彭丝的气息来到可疑的洞窟，可是雷欧力执意单独进入洞窟之中，没想到……

小杰等人在洞窟当中被毒蛇团团围住，但布下毒蛇陷阱的巴鹏却早已经死亡，无法解除毒蛇的包围，而被毒蛇咬伤的雷欧力情况不断在恶化。后来，小杰总算是顺利通过试验了，但在进行下个试验之前，留到最终试验的考生都必须接受尼特罗的面试。

小杰一行人终于来到最终试验，最终试验是赢的人就能先合格的淘汰赛！在杀了对手即失去资格的规则下，进行的第一场比赛始小杰vs半藏。虽然小杰对半藏毫无招架之力，却也没有认输的打算。最后失去耐性的半藏甚至威胁说要折断小杰的手。

小杰在与半藏的决斗中被折断了手，等他在病房醒过来时，萨特次便告知他已经通过试验的事。但听到唯一的淘汰者是奇犽时，难以置信的小杰从萨特次口中得知奇犽在跟哥哥－－伊耳谜决斗时的状况。

如果奇犽是被迫成为杀手就绝不原谅――对伊耳谜怒气大发的小杰，为了带回奇犽而决定前往枯枯戮山。而萨特次在目送小杰一行人离开的同时，口中还喃喃说着：「猎人试验还没有结束」

小杰、雷欧力跟酷拉皮卡在抵达巴托奇亚共和国后，搭乘观光巴士前往枯枯戮山，却被城墙般的正门给阻挡在外。若是从旁边守卫走的小门进入也会被看门狗给咬死。即使如此，无论如何都要见到奇犽的小杰一行人向守卫自称自己是奇犽的朋友，希望能请他帮忙安排会面，但……

小杰一行人为了见到奇犽而选鹅从「试炼之门」进入，并为了打开门而在佣人的房间锻炼身体。另一方面，奇犽得知小杰等人前来见他。小杰、雷欧力和酷拉皮卡虽发挥特训的成果开门进到里面，却受到实习管家卡娜莉亚阻挠。

小杰等人受到心系奇犽的卡娜莉亚协助而来到宅邸了。可是却从奇曲的口中听到奇犽由于在独居房当中，所以不能见面的讯息。而此时，席巴找奇犽过去，问他「想跟朋友见面吗？」老实回答想见面的奇犽，终于可以到小杰他们身边了。

小杰等人在卡娜莉亚的带路下抵达管家室。在那里遇见的管家梧桐提意用掷硬币来评断小杰究竟适不适合当奇犽的朋友。获得胜利，顺利与奇犽重逢的小杰，又将迈向下个新目标……

在顺利将奇犽带出揍敌客家后，酷拉皮卡、雷欧力与小杰跟奇犽在约定好9月1日友克鑫市再会后而暂时道别了。正愁着不知该往何处去时，奇犽提意到天空斗技场修行，同时赚取旅费。而在前往的途中，小杰寄了封信给米特阿姨，告诉她目前的状况……

小杰与奇犽开始在越往上爬就越能跟强者战斗的天空斗技场修行兼赚钱，并且遇见了一个从1楼立刻升上20楼的同年纪的少年──智喜。在和全身充满破绽的智喜对战当中，奇犽对于智喜企图使出的神秘招式跟面对伊耳谜时有着相似的感觉……

智喜的师父云古，让小杰与奇犽得知名为『燃』的存在。但奇犽对于云古所阐述的说明却持疑。就这么还没掌握到其中隐藏的秘密时，不断比赛的两人终于抵达200楼级……

为了突破在200楼等着的西索布下的『念』壁，小杰与奇犽拜托云古无论如何都要让他们能发动念。眼看着选手登记的时限步步逼近，小杰与奇犽开始进行『念』的基础要素「四大行」之一『缠』的修行。

小杰在天空斗技场200楼级的初战对上了念能力者疾斗。小杰虽然发动着『缠』一边战斗，但在能够随意操纵念力陀螺的疾斗面前，还是只能拼命防守。被逼到穷途末路的小杰不断思考该怎麼做才能持续战斗下去，这时他所采取的行动是……

在小杰身负重伤后又过了1个月，西索与华石斗郎即将要在天空斗技场进行比赛。由于华石斗郎曾让西索倒地，这次也发出了「不会赢就不会比赛」的自信宣言。但西索始终是面带着微笑参加比赛。

华石斗郎以能做出自己分身的念能力顺利进行比赛，并成功废掉西索的手臂。但即使如此，西索的神情依旧泰若自得，丝毫不受影响。接着，西索开始展开反击……

小杰与奇犽在2个月后，再度开始修练念。此时，疾斗、杀大索跟狸狈多三人又出现在他们眼前，并要求小杰、奇犽跟他们比赛。知道他们三人的企图，小杰跟奇犽都拒绝了他们的要求，但从杀大索的态度看来，奇犽不禁在心中抱持着某种疑虑。

面临与疾斗、狸狈多比赛的小杰，将他们利用智喜的怒气收在心里，迎接比赛。小杰不但将疾斗所有招式给接下来，甚至还压倒性地赢得胜利。看着小杰的成长，西索脸上露出一抹诡异的笑容。

为了学会念能力的集大成发，小杰与奇犽更加努力修练。而小杰为了要还当初在猎人试验中欠下的人情，于是决定跟西索交手。为了揍西索脸部一击重拳，再把号码牌还给他，小杰与西索的战斗即将揭开序幕……

击中西索一击的小杰，把西索在猎人试验中拿给他的号码牌还给了西索。看到小杰显着的成长而感到兴奋不已的西索，甚至还使出了自己的念能力攻击小杰。体会到难以言喻的恐怖，小杰决定使出舍身一击！究竟这场比赛，最后会是谁输谁赢？

小杰在学会念能力后，终于成为真正的猎人一员，并带着奇犽回到鲸鱼岛。这时候，米特交给小杰一个盒子，据说是金当年请她转交而托付给她的。但是，不管用再大的力气都打不开那个盒子……

小杰打开金所留下的盒子，听了里面的录音带，里头传出的是金的声音。没想到，只要一停止播放，录音带就自己复写，把原本录进的内容给消除了！于是，金所留下的线索，就只剩戒指跟游戏的记忆卡……

幻影旅团是酷拉皮卡憎恨的对象，在5年前的那一天，亲人、朋友，还有『火红眼』一切全被旅团给夺走了。酷拉皮卡立誓要拿回族人们的『眼球』，将旅团打入地狱深处。酷拉皮卡的战斗，即将展开!

造访人体收藏家宅邸的酷拉皮卡等5人受到神秘的武装集团袭击。酷拉皮卡陆续击退袭击者，冷静查探四周的状况时，发现到一个行迹可疑的人。另一方面，小杰等人也为了金所留下的线索『Greed Island』而前往友克鑫。

世界最大的拍卖会即将在巨大都市友克鑫举行。幻影旅团团员在团长库洛洛的召集之下在这都市集合。在库洛洛告知这次行动的目的后，拍卖会即将开始，杀戮的强盗集团即将开始行动!

拍卖会第一天终于到来。小杰、奇犽与雷欧力为了筹措标下『Greed Island』的资金而四处奔走，酷拉皮卡则是负责监视拍卖会会场的动静。此时，幻影旅团正悄悄潜入拍卖会场。所有人的命运在友克鑫交错了!!

幻影旅团袭击了黑帮所举办的地下拍卖会会场。整个会场被完全压制住，别说是拍卖品，就连参加拍卖的人都全部消失了。于是黑帮给予奖金，通缉袭击会场的人。就连负责守备的酷拉皮卡也跟着前往捕捉袭击者。酷拉皮卡与幻影旅团的相遇就近在眼前了……

黑帮的最终王牌阴兽企图歼灭窝金等人。但窝金一个人便陆续打倒了阴兽成员。在这场战斗中，窝金无意露出背后的蜘蛛刺青！面对寻找已久的幻影旅团成员，酷拉皮卡决定放手一搏……

酷拉皮卡终于抓到幻影旅团中的其中一人－－窝金。然而，窝金即使在被拘束的状态下，仍不改其蛮横的态度，住使得酷拉皮卡对窝近的憎恨更加高涨。此时，酷拉皮卡收到西索传来的简讯……

窝金在同伴的帮助下逃了出来。但是，自尊心受伤的愤怒下，窝金为了打倒酷拉皮卡而开始寻找起他的下落。得知藏身处已经被幻影旅团发现，酷拉皮卡让老板到安全的地方避难后，独自一人等待着幻影旅团的到来……

酷拉皮卡终于和杀害窟卢塔族同胞的幻影旅团成员窝金面对面。然而，窝金却??对窟卢塔族一点印象都没有，使得酷拉皮卡感到十分愤怒。于是，酷拉皮卡看窝金一对一的决斗终于揭开了序幕……

为了得到贪婪之岛，小杰、奇犽和雷欧力为了筹钱而四处奔走。就在这时，小杰想到了在古董市集寻找值钱物品这个方法。他们想要用低价买进、高价卖出，谁知道他们看上的东西都被人捷足先登了……

小杰等人想用旅团的悬赏金一口气筹到钱。同一时间，玛奇和信长对窝金迟迟未归一事心生疑惑，于是为了寻找锁链小子而现身在人群中。为了打听旅团的情报，小杰和奇犽小心翼翼跟在他们身后，没想到……

小杰和奇犽双双被幻影旅团抓走了。旅团向他们追问有关锁链小子的事，而不知道锁链小子就是酷拉皮卡的两人自然无从回答，眼看就要获得释放，没想到信长却为了要向团长推荐他们入团而将两人关了起来。他们能够从出口被封住的房间逃脱吗？

为了歼灭旅团，黑帮召集了酷拉皮卡等人组织杀手部队。另一方面，独缺酷拉皮卡一人的诺斯拉护卫团则是在照顾妮翁，却没想到才一没注意，妮翁就为了参加拍卖会而趁机逃走了。而此时跟妮翁接触的人，竟然是旅团团长库洛洛…

为了替同伴报仇，幻影旅团潜入了设有拍卖会会场的大楼。十老头所召集的杀手们逐一被团长库洛洛给撂倒。就在会场内不平静的气氛之下，传说中的暗杀者一族揍敌客家的桀诺跟席巴开始进行歼灭旅团的行动。

揍敌客的桀诺（奇牙爷爷）与席巴（奇牙父亲）联手与幻影旅团团长展开决斗,最后幻影旅团团长以及成员皆离奇死亡,酷拉皮卡的复仇似乎也结束了…

小杰、奇犽、酷拉皮卡跟雷欧力等四人久违地齐聚一堂。酷拉皮卡将之前发生的事，以及自己念能力的特殊性告诉其他人。在听了酷拉皮卡的话后，奇犽回想起旅团的幸存者中有个能读取他人记忆的人，担心酷拉皮卡会因此招致危机。而另一方面，库洛洛利用从妮翁身上偷来的能力为团员占卜未来。

西索因库洛洛的占卜而蒙上出卖团员的嫌疑。对于西索为了跟库洛洛一战而不惜窜改占卜内容的赌注，库洛洛将会…？而得知旅团还活着的酷拉皮卡跟小杰等人合作，进行捕捉派克诺妲的计划。

库洛洛试图从妮翁的本性去找出链子杀手酷拉皮卡的所在地。另一方面，监视着幻影旅团基地的奇犽跟旋律会合，察觉到旅团正朝着酷拉皮卡所在的饭店前进。彼此追查对方的旅团跟酷拉皮卡等人，他们的命运之线即将交错…

幻影旅团终于知道酷拉皮卡就是打倒窝金的人。迟早旅团也会知道被他们抓到的小杰跟奇犽其实是酷拉皮卡同伴!?库洛洛带着小杰等人在旅馆大厅与派克诺妲等人碰面。突如其来的停电，小杰、奇犽企图趁着一片漆黑逃走。没想到在察觉到时，库洛洛已经失去踪影了…

酷拉皮卡抓到了库洛洛，并以释放小杰与奇犽为条件跟派克诺妲交涉。眼看着旅团团长就在眼前，酷拉皮卡难掩心中的动摇。究竟酷拉皮卡所采取的报复是…与旅团间的战斗终于迎向终幕了。

寻找金的线索游戏软体贪婪之岛的拍卖终于开始了。小杰与奇犽虽然希望能以玩家的身分让标下贪婪的岛的买家雇用，但对方认为他们两人的实力不足而拒于门外。为了通过玩家审查，两人开始各自进行必杀技的特训…

小杰和奇犽终于要挑战玩家审查了。负责审查的绝兹绝拉所提示的合格条件就只有「发动练」。200名参加者中，只有32名能被录取的合格门槛，小杰与奇犽是否能顺利跨过!?

小杰与奇犽虽然进入到金所留下的线索贪婪之岛的世界当中，但在那里就只有金的留言。决定要好好享受游戏的小杰等人，为了收集情报而前往附近的城镇。在那里，他们受到为了破关而组队的集团邀约…

为了寻求咒语卡，小杰与奇犽决定前往魔法都市?玛沙多拉。途中，有各式各样的怪物出现在小杰等人的眼前，他们面对棘手的怪物陷入苦战，一直无法顺利前进。有名少女比司吉似乎很感兴趣地盯着他们两人战斗的模样。究竟比司吉的目的是…

自愿指导小杰跟奇犽的比司吉，最初赋予他们的试炼就是在2周内打倒奖金猎人匕诺透！虽然对手身上负伤，但毕竟也是被悬赏的逃犯，身手自然了得。究竟小杰跟奇犽又会怎麼做呢!?

在比司吉的指导之下，小杰与奇犽的念能力逐步确实地在成长中，就连一开始抓不到的怪物也能轻松抓到了！就在两人埋头修行的同时，在联手破关的人面前，炸弹魔现身了…

在听了比司吉述说猜拳的由来后，小杰为了以猜拳学习强化系、放出系跟具现化系的必杀技而每天修练。另一方面，奇犽为了考猎人试验而暂时离开游戏，回到现实世界。就在这时候，小杰与比司吉得知了炸弹魔的真实身分…

奇犽在轻松通过第2次的猎人试验，顺利成为猎人后回到游戏中。小杰、奇犽、比司吉3人再次齐聚，开始认真攻略游戏！顺利收集卡片。另一方面，即将快要破关的玩家为了攻略游戏而拟定策略。

甘舒等人在欺骗了绝兹绝拉后，终于收集到了96种指定口袋卡片。为了不让甘舒破关，其他玩家向小杰、奇犽提议组成共同战线，并且为了独占甘舒所没有的卡片一坪海岸线而前往寿富拉比！

要把15名海盗从城镇赶出去才能获得一坪海岸线。小杰等人虽然立刻尝试与海盗头目磊札接触，却败于对手压倒性的实力之下。为了再次挑战，小杰等人必须寻求更强的伙伴，于是决定找自称「库洛洛」的玩家…

小杰等人与西索、果列奴一起再次挑战磊札，不足的伙伴则是找绝兹绝拉组充数。虽然他们在事前已经针对比赛项目拟定对策，也一路赢得胜利，但最后等着他们的却是跟磊札的躲避球对决！

小杰由于接不住磊札丢出的球而到外场去了，即使喊出BACK回到场内，但西索也早已负伤，战况并不乐观。就在此时，小杰想到了一个可以让磊札输球的祕计，那就是跟奇犽共同合作…

磊札认真起来了，为了接住磊札的球，小杰、奇犽还有西索等三人正面迎击，总算把球接下来了。小杰将全身的念灌注在球上朝磊札丢出。这场躲避球赛即将分出胜负！

为了破关，就无法避面与甘舒等人对决。依绝兹绝拉的提案，在他引开甘舒的三个星期内，小杰等人进行特训。就在绝兹绝拉为了绊住甘舒而暂时离开游戏时，却从巴特拉口中得知意想不到的事情……

绝兹绝拉等人一直没有回到游戏内，于是甘舒的矛头指向小杰等人！形成小杰对上甘舒、奇犽对上沙布、比司吉对上巴拉的单挑战。比司吉的真正相貌究竟是!?而奇犽的策略是否能顺利？而小杰又是否能打赢甘舒呢…

甘舒展现出压倒性的实力差距，但看到坚持不肯让步，始终与他作对的小杰，甘舒终于也认真起来，开始以一撮火药发动攻击了。遍体鳞伤的小杰，究竟有没有胜算？和奇犽他们共同进行的特训成果又是……

小杰等人终于打倒甘舒，收集到99种卡片了。最后的事件就是全体玩家共同参加的问答大赛。顺利获胜的小杰得到「统治者的招待」!!而在前往的城堡里，他所见到的人是…？

使用从游戏中带回的卡片，小杰与奇犽前往被认为是金的「尼古」所在之处。可是，在那里的人不是金，而是别的男人。而且在小杰等人刚抵达后，就被男人推开，还被大声斥责。但小杰似乎听过这个斥责声……

小杰与奇犽、凯特等人决定参加正在举行的嵌合蚁生态调查。嵌合蚁是会将吃下的生物特徵，反映在下一代身上的危险生物。在凯特的不安日渐增加时，嵌合蚁终于开始捕食人类！

凯特从发现嵌合蚁手臂的地点，以及当时的潮流资讯，查出了手臂主人的所在之处。那是个完全摒弃机械文明，外界得不到任何情报的封闭世界。另一方面，嵌合蚁们打算进行更进一步的进化。

通过严格的入境审查，小杰等人进入他们认为有嵌合蚁存在的NGL。但是他们听说已经有10组的猎人造访NGL。这时，拥有姓名、个性的嵌合蚁，开始依照各自的意志袭击人类。

爆库儿与彭丝想通知猎人协会前来消灭嵌合蚁，于是委托彭丝的蜂群捎信。另一方面，嵌合蚁攻击了以NGL秘密组织身分，进行麻药与枪械走私的首领宰依洛，并获得了武器…。在事态恶化时，彭丝的信送到了小杰等人的手中。

小杰、奇犽、凯特发现一座遭到袭击的村落遗迹。小杰等人在那里，第一次遇上了嵌合蚁。看到拥有速度和力量的嵌合蚁后，小杰与奇犽开始产生动摇。可是，凯特告诉他们要是无法打倒嵌合蚁就滚人……

由于好战的嵌合蚁捕食了NGL幕后组织里的恶徒，使得嵌合蚁变得更加凶恶。凯特怒斥见到嵌合蚁残忍屠杀而移开视线的小杰。因为，之后为了要继续前进，众人将展开一决生死的战斗！另一方面，拥有念能力的嵌合蚁终于诞生……

为了讨伐嵌合蚁，猎人协会也开始行动。这时，小杰等人被想捕食「特异人类」的嵌合蚁们狙击。与军队长等级的嵌合蚁形成单挑局面的三人，一个接着一个打倒敌人。在小杰与奇犽随着一次次的实战增强实力前，凯特有种不祥的预感…

寻找特异人类的哈加，为了袭击小杰、奇犽及凯特，派出了直属的部队。在树丛里被层层包围而无法顺心战斗的小杰一行人，遭到嵌合蚁接连不断的攻击。另一方面，在女王的城池中，终于产下蚁后直属护卫队的其中一人

凯特、小杰与奇犽，紧紧尾随走在他们前方的哈加等人，朝位于森林里的嵌合蚁巢穴的蚁后城池前进。可是，正当城池就要出现在他们眼前时，蚁后直属护卫队的尼飞彼多出现了。凯特以一面倒的速度被逼上了绝路，最后小杰等人所采取的行动是……

凯特亲自成为了诱饵。深信凯特平安无事的小杰与奇犽，发誓要增强实力，然后将凯特救出。可是，要回到NGL，就必须通过尼特罗会长所开出「打倒两名刺客，并夺回符节」的条件。决定接受条件的小杰与奇犽，站在车站候车亭的布告栏前时，他们忽然感觉背后有股令人感到不快的气……

为了夺下符节，小杰与奇犽展开了特训。特训结束后，比司吉告诉疲累不堪的小杰他们，接下来将很难与拿酷戮进行决斗。小杰与奇犽连获胜的信心都没有，便前往拿酷戮的所在之处。震慑于拿酷戮强势外表的小杰等人，是否能够夺下胜利呢？

第二名刺客．秀托，打算偷袭与拿酷戮对战到筋疲力尽的小杰与奇犽。可是他连偷袭都没有，就已经吓得浑身冷汗直流。小杰向对于自己提昇基础能力的修行进度感到担忧的庞姆，誓言一定会取得胜利。此时，蚁后居城里的蚁王胎儿不断以惊人的速度成长，而它的脉搏跳动里传来一股令人毛骨悚然的感觉……

终于，小杰与拿酷戮开始认真交手。但是拿酷戮指出小杰的必杀技．猜猜拳有很大的弱点。拿酷戮不断针对该弱点进攻。一点反击馀地都没有的小杰，直接做出将念集中于手上的猜猜拳攻击姿势……

小杰与奇犽终于要面对和拿酷戮以及秀托之间的决战。奇犽对上秀托、小杰对上拿酷戮。正当小杰心想成功以气捕捉到拿酷戮敏捷的行动时，「波特克林」悄悄出现在他的左臂上！另一方面，奇犽对秀托的攻击感到困惑着急，因而陷入了苦战之中。

蚁后的城池，终于迎来蚁王诞生的那个时刻。「这就是……蚁王……!!」。蚁王身上的那股邪恶气息，令服侍它的众多嵌合蚁们也感到背脊发凉。彼多、普夫、尤匹这三名直属护卫队的成员，虽单膝跪地恭迎蚁王，同时却也必须舍弃过去所服侍的主人．蚁后。

竖起白旗投降的寇鲁多愿望，就是希望众人救助濒临死亡边缘的蚁后。答应它这个恳求的莫老五，随即派遣嵌合蚁的研究团队进入蚁后城池。然而，在城池深处，拿酷戮及秀托看见一个怪异的景象……

蚁王出动了。入侵东果陀共和国这个独裁国家的蚁王，在吸食念能力者的气之后，增强了力量。蚁王．梅路艾姆也瞬间占领了东果陀共和国的宫殿。另一方面，输给拿酷戮与秀托的小杰和奇犽，回到庞姆等待他们的旅舍里。而庞姆对无法遵守带自己前往NGL约定的小杰与奇犽，展露出愤怒。

正当小杰与庞姆约会时，尾随在后的奇犽，在森林里碰上了拉摩多。但由于小杰无法使用念能力，所以不能让他进行战斗，于是奇犽决定要一个人对抗拉摩多。然而，从小就被教导不打没胜算的仗的奇犽，哥哥．伊耳谜的声音一直在他的脑海中挥之不去。

拿酷戮与莫老五和基度展开了对战。而显而易见的，嵌合蚁与人类的身体能力是有差异的。他们俩就像被基度从容的攻击和速度，玩弄于股掌之间。但是，拿酷戮与莫老五是有胜算的。当拿酷戮微笑说出：「用智慧和经验吧」时，从莫老五口中吐出的白色烟雾，缓缓将两人与基度包围起来……

流星街，幻影旅团的故乡。旅团里有柯特、飞坦、侠客、芬克士、小滴、剥落裂夫等成员。他们在接到嵌合蚁也入侵到流星街的消息后返乡，并在街道上看见变成异形的遗体。那是在流星街的垃圾山中，建立高耸的巢穴，意图统治流星街的杀残所做出的行为……

嵌合蚁杀残，在幻影旅团的故乡──流星街里筑起了巢穴。幻影旅团的成员们，为了打倒杀残，前往了嵌合蚁的巢穴……旅团成员开始四散，分头展开行动。结果，杀残的手下各自挡住了他们的去路。在团员也完全不清楚自己的同伴各自拥有何种密技的情况下，幻影旅团是否能歼灭嵌合蚁？

小杰与奇犽为阻止以「挑选」之名所进行的「虐杀」，潜入东果陀共和国。当他们抵达某座村落，确认周遭的情况时，却发现没有任何人迹。但是，地板和墙上留下了些许的血迹。两人循着血迹找到屋外，发现被野狗挖出的屍体。「国民大会的真正目的，就是这个。」奇犽如此低语。而奇犽所发觉的真正目的，究竟是……

为阻止「挑选」而与奇犽分头行动的小杰面前，出现了新的嵌合蚁──猫头鹰男和蝙蝠女。它们都是将黑夜作为掠食场的夜行性猎人。小杰被蝙蝠不同于猫头鹰巨大振翅声的静音振翅攻击耍得团团转。但凭藉着小杰过人的应对能力，他对空攻击的准确度也提高了。明白继续对峙下去将无法打赢对方的小杰提高了气的强度，做出「剪刀」的攻击姿势，但此时却……

拿酷戮与秀托，在路上埋伏等待着基度出现。本以为基度就要接近，但却在即将现身时改变行进方向，从两人面前消失了踪影。「为什麼它会发现我们的埋伏!?……难道是！」愕然的两察觉到某个人物的存在……另一方面，奇犽与小杰仍感觉自己被跟踪。尔后，一路尾随而来的嵌合蚁，终于出现在小杰的面前……

有刺客袭击了与小杰分头行动的奇犽。那是一只有著章鱼外型的嵌合蚁──伊加路哥。伊加路哥的能力是将人类作为宿主，并从自己的脚变形而成的空气枪发射蚤弹。但它在找到宿主前，就被奇犽擒获。面对与自己协商，只要透露同伴能力就会饶过自己的奇犽，伊加路哥说：「我不会出卖同伴」，便斩断奇犽所抓住的枪口，纵身跃入湖中……

伊加路哥背叛同伴，救了本应是自己敌人的奇犽。此时，小杰也开始与名为梅雷翁的嵌合蚁互相交心。梅雷翁向小杰说明自己的能力。对念能力者来说，揭露自己的能力，就必须承担起风险。明白这点的梅雷翁依然想加深小杰对自己的信赖。而它的目的，是为了打倒嵌合蚁蚁王──梅路艾姆……

不知如何打发到挑选前的时间，於是蚁王──梅路艾姆召来将棋、围棋等名人，并接连在对弈中取胜。它是个不仅拥有战斗能力，在智慧上也是超乎人类潜力的重要存在。蚁王接著召见的，是在一种名为「军仪」，也是东果陀国技的棋盤竞技里的世界冠军，一位盲眼的少女小麦。拄著拐杖，坐在蚁王面前的小麦，只要开始对弈就会睁开眼，凝视棋盤……

猎人──诺布，冲向了宫殿。尽管嵌合蚁磊欧陆与弗拉塔为了掂量诺布能力，一面监视一面跟踪，但还是跟丢了诺布。同一时间，遭到基度念能力妨碍的莫老五，终於开始进行反击。在嵌合蚁与猎人你来我往的攻防之中，蚁王与小麦长时间在宫殿内对弈「军仪」。蚁王因无法打乱小麦下棋步调，而陷入苦战中。但是，当蚁王逐渐掌握诀窍时，小麦的手却停下了……

在和令人难以捉摸的军仪世界冠军，名为小麦的少女相遇後，蚁王开始感到焦躁不安。可是，另一方却很享受於棋局之中。棋局重新开始，蚁王向小麦提议下个赌注。小麦获胜，就赐给小麦想要的东西。要是小麦输了，就要将左臂献给蚁王。对於想用欲望和恐惧让自己产生动摇的蚁王，小麦提议改用自己平时对弈时会赌上的东西。而小麦每次赌上的，就是自己的「性命」……

在蚁王与小麦持续对弈的同时，诺布成功潜入宫殿里。他是为了确保其他猎人的入侵路线，而潜入宫中设置四次元公寓的入口。即使在被嵌合蚁士兵发现，极度紧张的状态中，他还是一边设置入口，一边接近蚁王王座。诺布接近中央楼梯，想在二楼也设置一个四次元公寓的入口。但是，来到中央楼梯旁的诺布，被从楼梯上散发出的煞气震慑到动弹不得。「继续前进的话……铁定会被……杀掉」

遭到狮子外型的嵌合蚁──磊欧陆追赶的莫老五，在地下教堂与磊欧陆进行一对一的廝杀。磊欧陆发动念能力，召来了滔天大浪和冲浪板。大浪袭击了莫老五，磊欧陆则乘著冲浪板攻击他。莫老五胸前被冲浪板划出一道伤痕，渗出血来。「怎麼样！本大爷的冲浪板威力如何!?」受到磊欧陆挑衅的莫老五脸色一变。「那不是你的能力吧。那个是我…朋友的能力！」露出愤怒表情的莫老五开始进行反击。

距离挑选还有三天。得到新同伴的小杰等人在拟定进攻计画的时候，蚁王梅路艾姆和小麦继续下著军仪。在宫殿里结束伤势治疗的蚁王不停对弈，而小麦也显露了疲态。随侍在蚁王身旁的枭亚普夫看见疲累不堪的小麦，认定她不消多久就会落败。但是，瞧见小麦疲态的蚁王提议休息，撤回自己先前说过不再休息的话。和小麦这位少女相识後，蚁王也慢慢产生了变化。

到挑选还剩一天。小杰、奇犽、伊加路哥三人，确认今晚要展开的行动。他们必须针对可能发生的情况进行沙盤推演。另一方面，培京市区内突然响起刺耳的警报声，播放「现在开始往宫殿移动」的广播讯息。挑选的准备工作终於要开始了。这少说关系著五百万人的性命。猎人方的讨伐队是否能打倒蚁王……打倒嵌合蚁呢？

挑选终於要开始了，大规模的群众在宫殿前行进。另一方面在宫殿内，狼型的嵌合蚁──威尔芬发现有人入侵到宫殿里。另外，毕则夫也因为庞姆人不见了，而在宫殿内四处寻找。威尔芬试著以它敏锐的嗅觉，追踪入侵者。此时，小杰等人也准备开始行动。

「攻坚前一分钟」，小杰、奇犽、拿酷戮、秀托、梅雷翁等人集合在四次元公寓内部。在莫老五做出「出动了，各位…」的出征鼓舞的前两分钟，东果陀共和国上空高处落下两道光影。比任何人都还要早察觉到此异状的人是尼飞彼多。「有什麼要出现了……」的预感在几秒後成真。「是敌人！」一头巨龙从天空的云层窜出。人类与嵌合蚁的决斗，终于开始。

在桀诺与尼特罗的攻击下，宫殿内一片混乱。小杰、奇犽、秀托在蚁王所在的房外楼梯上，与防止有人入侵到蚁王身旁的尤匹碰个正著。尔後，担忧蚁王安危的彼多与普夫，火速赶往主子身边。而抵达蚁王身旁的彼多所看到的景象，竟使它落泪了。蚁王身上究竟发生了什麼事……

攻坚进宫殿的小杰等人，在遭到变成异形的尤匹一击後被迫分开。尤匹则被莫老五烟雾状的气团团包围。以烟雾扰乱尤匹的莫老五，将一切托付给秀托与拿酷戮後，只身前往蚁王身边。另一方面，小杰与奇犽也各自展开了行动。

枭亚普夫与莫老五、孟徒徒尤匹与秀托和拿酷戮在各自的战场上展开了战斗。尔後，蚁王也与尼特罗、桀诺相持不下。桀诺发动巨龙外型的气，他朝蚁王施放的念能力是「龙头戏画」。蚁王就这麼背对著桀诺的龙头戏画，并不打算闪躲。它的真正用意究竟为何……蚁王与尼特罗的殊死决斗，终於开始。

为了救出庞姆，伊加路哥独自在宫殿地下努力。另一方面，拿酷戮不再仰赖梅雷翁的「神的不在场证明」，现身於尤匹的面前，并和它展开全面对决，而梅雷翁也开始去帮助其他的同伴。此时，生性多疑狡猾的威尔芬，对伊加路哥假扮的弗拉塔产生怀疑，它还感觉到梅雷翁微弱的气味，於是开始对它展开追踪。

“里面的事情，就由你们自己去判断吧。”桀诺意味深长地和奇犽与小杰说这句话的用意终於明朗。小杰与奇犽前往凯特仇人──尼飞彼多所在的塔楼内部，就看见彼多在发动「玩具修理者」这项能力。而玩具修理者的触手前端，是躺在地上，处於濒死边缘的小麦。发现彼多的小杰，散发出锐利的气，而在他身旁的奇犽，对彼多与小杰身上的气息感到些许不对劲。那是因为，奇犽从感受不到彼多的敌意，而且彼多还向小杰进行恳求……「什麼都可以，不管你说什麼，我都悉听尊便！」彼多的心愿究竟…

基度挡下离开宫殿的桀诺，想拿他试试自己获得的新能力。「你最好小心一下你的背後。」当桀诺和基度这麼说完後，就有人从基度背後袭击它。另一方面，拿酷戮抱著濒死的秀托，从尤匹身旁逃离。但是为了好友秀托，不揍尤匹一拳就不甘心的拿酷戮，决定再次和它对战。尤匹也越来越按捺不住自己迟迟无法分出胜负的焦躁情绪，结果打算采取更激烈的攻击。

「时间到，开始计算利息」，尤匹为了让自己看起来像在对不管怎麼攻击，都不离开的拿酷戮能力──波特克林的存在感到不耐，假装自己很愤怒。在此同时，变身後的伊加路哥为了救出庞姆，在宫殿内四处探查。这时，伊加路哥忽然发现墙上有用念留下的发光文字。那些文字，能用「凝」来读取。伊加路哥开始读起上头的内容。「我去宫殿……如果到攻坚时都没有联络……就当成我已死并继续行动……」

在尤匹对讨伐队的能力，开始产生敬畏念头时，伊加路哥移动到被布罗布塔的炮击轰成碎片的弗拉塔的座位下。为了救出庞姆，入侵到宫殿的伊加路哥，看到布罗布塔进电梯後没有上升，挑动粗眉认为这是个好机会。「要启动电梯就需要通行密码，不知道密码的人只要搭上电梯，电梯门就会上锁，而且还会释放催眠瓦斯」、「等布罗布塔昏迷後再来处置他」，伊加路哥进行了这样的脑内模拟……之後，电梯开始广播「请输入您的通行密码」，但是……

拿酷戮脸色铁青地呆立许久，因为面临濒死边缘的秀托不见了。此时，在普夫的蛹面前不停苦思的莫老五，终於决定作出行动。他将巨大的烟斗扛在肩上，像是上紧发条般扭著身体，紧接著破坏了在他眼前的蛹。普夫就像莫老五所预料的，人不在蛹里……他就站在王位殿外方的拱状屋顶上。「呵、呵呵……」普夫发出令人发毛的笑声。莫老五发现普夫身上出现一些怪异的迹象。

小杰登上世界最高的树。在树顶端等著小杰的，是他找寻已久的父亲──金。小杰想告诉金旅行至今的体验。为了找寻金，离开故乡鲸鱼岛；闯过严苛的猎人试验，成为职业猎人；在旅途中获得许多无可取代的同伴。父子首次的相聚时光，正等著小杰与金。

桀诺的能力「龙头戏画」，朝著决战之地，飞翔在繁星闪耀的夜空。在龙爪上的是蚁王──梅路艾姆，而龙体上是尼特罗。抵达荒野的蚁王，问了尼特罗「为什麼要战斗？」蚁王透过与小麦的相遇，明白人类当中也有「值得活下来的人」，并认为尼特罗也是其中一人。面对蚁王「停战便可活命」的提议，尼特罗没有答应，并开始聚集全身的气。终於，蚁王与会长的战斗开始了。

在蚁王与尼特罗会长开始认真对决的这个时候，没有给予布罗布塔致命一击的伊加路哥，突然趴在监控室的控制台前，不停地懊悔哭泣。然而伊加路哥，想起自己还有救出庞姆的这项任务，於是打起精神抬起了头来。可是，映入眼中的萤幕影像，让伊加路哥感到不知所措。应该紧闭的防火墙升起，闸门也是开启的……紧接著，伊加路哥背後传来「不准动」的声音。那是发动卵男这项能力，准备战斗的威尔芬。

当奇犽在宫殿内的房间充完电，以闪电般的速度赶往小杰身边的时候，他察觉到某个人的气息而停下了脚步。身上散发熟悉气息，在寂静无声的走廊往奇犽方向走来的人，是个面无表情、留著长发的纤瘦女人……那是庞姆！虽然还留有过去的面容，但她很明显地已经不是以前的庞姆。庞姆被护卫队抓走的这件事，强烈牵动著奇犽的神经。如果连庞姆的心都完全遭到改造的话，小杰可能会就此崩溃。奇犽决定独自确认清楚这件事，於是挡在庞姆的面前。

枭亚普夫与孟徒徒尤匹急著前往蚁王身边。这个时候，宫殿二楼的房间里，尼飞彼多持续在坐著的小杰面前，以「玩具修理者」为小麦进行治疗。此外，在小杰身後看著这一切的普夫背後，出现了不顾梅雷翁阻止，意图与普夫直接对决的拿酷戮身影。可是普夫告诉拿酷戮，在这个地方的人是分身，本尊早已赶往蚁王身边。普夫为何要向拿酷戮透露此事？它是在进行紧张的心理战。但就算是这样，小杰的视线依旧只望著彼多一个。另一方面，在武器实验场的石岩山中，蚁王──梅路艾姆对尼特罗知道自己名字一事感到惊讶。尼特罗还告诉蚁王「如果能让自己认输」，就把名字告诉它……

不停进行强烈攻击的尼特罗，以绝招「百式观音」的巨大手掌将蚁王打倒在地，如同杀死虫子般要击倒蚁王。可是，蚁王完全没受到任何伤害。被百式观音的连续出掌打飞的蚁王，虽然对尼特罗展开反击，但尼特罗也躲开蚁王的攻击，并持续著高层次的战斗。尼特罗对自己与蚁王的战斗感到欢喜，而蚁王也有同样的想法。尽管蚁王来回於闪躲和反击之中，它还是一股脑地思索、感受。这是它对尼特罗毫不吝啬的赞赏……

「梅路艾姆……这就是你的名字。」尼特罗终於对走向自己的蚁王说出它的名字。但在下一瞬间，白光吞没了一切。尼特罗藉著自行让心脏停止跳动，来启动杀伤力惊人，被称为「迷你玫瑰」的炸弹。紧接著，为了结束这一切的尼特罗爆炸了。人类与嵌合蚁有何不同？但是现在，也无从确认起了。赶往武器实验场的普夫与尤匹，在瞬间明白发生了什麼事情後，便全速飞向爆炸黑烟之处。

看到蚁王──梅路艾姆彻底换了个模样的普夫与尤匹，发出如同这世界毁灭般的哀痛声响。它们泪流满面，受到绝望的折磨。但是，蚁王还不能死去。普夫瞬间想到拯救蚁王的方法。「请陛下把我吃了。」为了拯救蚁王性命，奉献出自己身体的普夫表情上的绝望眼泪，转变为治疗蚁王的欢喜之泪，然後……

复活的蚁王，自称为「梅路艾姆」，并失去了一部分的记忆。它带著枭亚普夫与孟徒徒尤匹，前往应能找回自己记忆的宫殿。普夫身为护卫队，身为继承蚁后之人，考量到不让蚁王恢复对小麦的记忆，才是为了蚁王好，因此派遣分身前往宫殿进行搜索，好能够早一步除掉小麦。然後，普夫发现背著小麦，站在宫殿某处墙上通道的奇犽身影……

在降落於宫殿内的蚁王──梅路艾姆，尤匹以及普夫眼前的是，为了挑选活动而聚集的上万名民众所组成的队伍。而混在队伍之中的拿酷戮、在他身旁的梅雷翁、宫殿里的庞姆，以及回廊屋顶上的伊加路哥，知道蚁王等人回来後，都露出严肃神情。另一方面，到处寻找可能成为唤起蚁王记忆关键的军仪棋盤与棋子的普夫分身，发现破坏且四散的棋盤和棋子，并打算藏起。这个时候，小杰为了治疗位於培京古城藏身处的凯特，让尼飞彼多站在自己前方，沿著宽阔的走廊前进……

「快让凯特恢复原状啊，求求你了！」小杰一面流著斗大的泪珠，一面向彼多恳求，而彼多的脚边，是一动也不动的凯特。可是，彼多使用自身能力「玩具修理者」修复的，不是凯特，而是自己的左手。结束治疗，一根根确认左手指头都能活动的彼多开口：「我很遗憾，但是我……必须杀了你才行，为了陛下。」小杰讶异地看著彼多，他让气缠绕自己身躯，口中喃喃说著：「骗子……」室内的烛光熄灭，开始刮起阵阵强风……

小杰与彼多的战役结束了。这时，梅路艾姆与尤匹、普夫出现在西塔前。普夫担心梅路艾姆找回关於小麦的记忆，因而露出担忧神情。梅路艾姆巡视西塔室内时，感受到一股「少了点什麼」的焦虑感。另一方面，尤匹提议要去找回彼多的事，让梅路艾姆开始产生头痛。我有交代彼多某件事……立刻把彼多找回来！──梅路艾姆向护卫队下出这样的指令。

普夫一直担心梅路艾姆想起小麦的事。即使心中担忧，普夫还是向为数众多的人民们撒下鳞粉。它再次体认到将自己献给蚁王後，能力下降的事实……普夫察觉彼多尚未回到宫殿，但它不清楚小杰与彼多之战的结果为何。另一方面，伊加路哥和庞姆驾著卡车行驶於地下室，而卡车货柜里是与他们一起行动的布罗布塔和威尔芬。为了让蚁王知道小麦的存在，伊加路哥等人拜托威尔芬当传话人。尽管威尔芬对此举感到疑惑，但它还是接下这项任务……

因蔷薇陷入濒死状态，但又再次复活的蚁王──梅路艾姆，为失去关於小麦的记忆一事感到焦躁不已。另一方面，它又感觉到枭亚普夫在隐瞒自己某件事。蚁王发动提升到更高境界的「圆」，掌握宫殿各个角落的状况，并瞬间出现在对蚁王的「圆」产生反应的新人物──威尔芬面前询问它：「是你杀死尤匹的吗？」蚁王梅路艾姆的锐利目光，令威尔芬感到不寒而栗。

威尔芬的一句话，使梅路艾姆想起小麦的存在。沿著宫殿地下通道，前往位於地下仓库屋子的蚁王，透过转换为光子的气，彻底掌握藏匿於该处的庞姆所在位置。从蚁王口中，听见战争结束，以及它来到这里只为一件事的惊人原因，庞姆内心动摇了。然而，身体的一部分已成为嵌合蚁的庞姆，深深明白蚁王请求他人的这件事的严重程度，因此最後决定告诉蚁王小麦的藏身之处。不过，她希望蚁王能答应自己一个条件……

随著蚁王──梅路艾姆的死亡，人类与嵌合蚁间的战争划下了句号。虽然人类出现重大的伤亡，最後还是赢过嵌合蚁军队。威尔芬、布罗布塔、西娜、芝多列这些不管是拥有前世记忆，或是没有前世的嵌合蚁，都将步上各自的人生。芝多列与布罗布塔两人来到一座村落。村民们一看见这两只嵌合蚁，就赶紧躲了起来。但是不久之後，村民们终於开始聆听布罗布塔所说的话