许浚的母亲是其父在海岛上驻扎时纳的妾，虽跟随着一起回到家乡，但在家里的地位十分低下。许浚也因为喜欢跟底层百姓的小孩们一起玩，被哥哥欺负。在许浚眼里，父亲是英雄般的存在，而他也希望像父亲一样能当上杀死敌寇的将领。许浚因身份甚至不能参加父亲的寿宴，他也下定决心一定要让母亲为自己感到自豪。在学校里浚的表现引起许石的嫉妒，他竟让浚脱光衣服站在冰天雪地中

被救回的浚睁开眼睛，发现是被曾经的一位医员所救。他的一番话让许浚感到前所未有的温暖。回到家后，许石因这件事狠狠地被父亲责罚，而父亲则把自己曾经用过的书了浚，并告诉浚要专心修学问。浚无意中跟随者美贤来到一片树林，发现她精通于各种草药的名字。浚因为和美贤一起玩，晚上回到家受到夫人鞭打。

胡狼进入村落中烧杀抢掠，许浚父亲率兵营救，听到消息的许浚也偷偷跑去寻找美贤。两人一同逃跑，但还是被蛮人抓走。节制道义大人无意中听到，原来是许石母子设计迫害许俊。在监狱里的许浚相信父亲一定会来救自己。美贤因为晕倒被扔在路上，等许浚逃出来发现她时，美贤已经没有了呼吸。

长大后的许浚性格大变，更被人称作是“疯子”。一度参与非法交易，du博，打架。喝醉的许浚回家受到许石的嘲讽，许浚痛苦的对母亲说出自己的心里话，他认为母子俩已经被父亲抛弃。

许浚再次被父亲召见，却发现父亲受伤在动手术，在回家的途中得知前几日碰到的女子，是被朝廷通缉的李初辛父女。李正灿突然病重，许浚请来医员，但医员却说他已经没有脉搏了。许浚帮助多海埋葬其父，并提出让她继续躲一阵子。许浚在做秘密交易时，被官兵逮捕。

许浚被带到父亲面前，武官指责许父没有教育好许浚。面对责怪自己的父亲，许浚让父亲杀了自己。委托许浚做秘密交易的医员担心许浚会供住自己，先去武官处告状说浚窝藏了罪犯的女儿。许浚受到严刑拷打，但坚持不说出多海的下落。母亲的苦苦求情字字句句鞭挞着许浚和许父的心。许父深夜带出许浚，让他带着自己的书信前往庆尚道。

许浚坚持要带多海一起离开，到岸的他们碰到盘问的官兵。多海发现狱车里的人正是当初诬陷自己父亲的官员，许浚安慰她这样就可以洗脱他们的罪名，但多海说父亲已经不在了，洗脱罪名也没有意义。许浚冒险寻找想逃走的张判官，却不料被官员因打架带走。在监狱中的浚听到李正灿已经恢复官职，许浚为了不连累多海，自己带着母亲离开。

许浚和母亲终于到达目的地，在酒馆住下后，向老板娘打听可以谋生的方法。第二天许浚带着父亲的书信前去寻找其父的老友时，却发现他早就辞官回乡了。许浚的母亲突然生病，在具一书的带领下，来到柳义泰处，发现柳家到处都是病人。浚看着柳义泰和柳道知为病人诊治，被他的神奇医术折服。

许浚和母亲搬到具一书家居住。鼓起勇气的许浚找到柳义泰家，想跟随他学习医术。性格怪异的柳义泰竟然同意让许浚进入柳家。柳义泰的夫人吴氏在外放高利贷被道知知道，道知让母亲停止这样的行为。满怀信心的许浚来到柳家，却被安排了挑水的活。外出的许浚遇到昏倒在地的病人，正当不知如何是好时，睿珍出现用针灸治疗了病人。

柳义泰责骂许浚打来的水不干净，将水泼在许浚的恋上。许浚追问到底应该用什么样的水，但没人告诉他。回到家的许浚一直在回想柳义泰的话，第二天询问睿珍水的性质。了解后的许浚开始寻找各种各样的水，并彻夜研读病历。但也因为如此，被怀疑偷了贵重药材。

道知和吴氏拷问许浚是否偷了药材，睿珍关键时刻出手相救，说是她让许浚进仓库的，并提醒许浚不要再犯类似的错误。吴氏派人向具一书打探许浚的消息。许浚无意中发现是付山泡偷的药材，并在du博现场逮个正着。许浚的母亲想通过裁缝赚钱，却发现在柳家做苦工的儿子。吴氏要将付不起医药费的病人都赶走，道知挽救了生命垂危的病人，让许浚心生敬佩。

许浚按照吴氏的吩咐，要将重病患者送走，却不料正好碰上柳义泰回家。道知为准备科举考试，应对三敌大师的各种问题，被大师质问想成为怎样的医师，心有不甘的道知误解了父亲的用意。坚持参加考试的道知，在许浚的陪同下上了路。具一书帮助许浚弄到了护牌。许浚十分感兴趣的翻看着道知的医书。

蛮横的士大夫因为酒家没有房间，想赶走道知，对身份敏感的许浚十分愤怒，并拒绝让出房间。同住一屋的士大夫想借诗歌讽刺道知，许浚一针见血指出士大夫的错误，让道知刮目相看，道知提出让许浚帮助他复习。许浚千辛万苦想找到李正灿大人家，但仍旧没有打听到多喜的下落。内医院医官因知道道知的父亲是柳义泰而将其在入围榜单上除名。道知和许浚了解到十年前柳义泰落榜的真相，并第一次听说九神针。

十年前柳义泰和杨礼寿九神针的比赛，比赛最终以柳义泰取得胜利而结束，道知无法接受因父亲而不能进入内医院的事实。另一方面，多喜也在到处打听许浚的消息，无意中碰到具一书。病倒的多喜被背到柳家，睿珍施展医术。

道知心情郁闷到酒家买醉，许浚发自肺腑的一番话企图唤醒他。睿珍被义泰教育，要时刻注意患者的变化。道知回家告知母亲自己落榜，吴氏晕倒。道知还是对父亲怀恨在心，责怪父亲当年的事情影响了自己今日的前途。许浚跟其他几个学徒上山，却被陷害让他去险恶的峡谷采药。

许浚在山里迷路，不想碰上老虎，一脚踩空的他滚到山下，第二天醒来又误食了有毒的草药。柳义泰坚持不去杨处求情，让道知心灰意冷。许浚母亲阻止多喜与许浚见面，晚上独自一人来到医院找到多喜，两人的对话被睿珍听到。许浚被三和大师救下，知道自己上了当。多喜向睿珍告辞，并留给睿珍一枚戒指。

许浚教训了欺骗他的同伙。道知愈加放纵自己。睿珍告诉许浚，多喜将要离开，浚匆忙跑到河边，只见到远去的船只，不想多喜却还没有走。多喜和许浚彻夜跪在雨中，以求许母的接受。许浚和多喜举办了简单的婚礼。回家的道知，再次被父亲训斥，一气之下烧了自己所有的医书。

多喜努力想帮助许浚减轻家庭负担，却还是放不下自己两班的身份。付山泡一伙买卖牌号，被许浚发现。柳义泰认真教导重新振作起来的道知。道知看到睿珍和许浚在一起看书，心中不爽。吴氏想为睿珍寻找夫家，但道知却想和睿珍成亲。睿珍帮助许浚学医，引起道知的嫉妒。

许浚边采草药边学习医书，因为数量较他人少受到道知的教训，但大师和柳义泰反而夸赞许浚认真。许浚一家4口搬到新的住处开始新的生活，多喜鼓励许浚要成为比道知更出名的医员。具一书一伙上山打猎，发现野人，许浚误打误撞找到野人的屋子，在屋中发现很多医书。正直的许浚被误解收了患者的贿赂。

被误解的许浚一人喝酒解闷，担心的多喜一直在家门口等浚。许浚独自一人上山寻找“野人”，终于在山顶上见到在打坐的他。许浚提出要跟他学习医术，第二天再次来到屋前下跪请求，而下山时正巧被三和大师看见。道知向父母表明，自己喜欢的是睿珍，遭到母亲的无情拒绝。

道知让睿珍和医官一起针灸病人，浚在旁边偷偷学习。浚白天干活，晚上去深山找师傅学医，态度认真诚恳。义泰看许浚医治病人，即使病人将药吐在浚身上，但他依然尽心尽意。义泰带浚一起出诊，亲自为病人吸毒疮，震撼了许浚。

睿珍要跟随三敌大师去三敌寺，走前把自己的医书送给了许浚。浚跟师傅上山采药，师傅犯了真心痛，他让浚为自己施针。浚回到柳家，官老爷的亲家也因为真心痛来就诊，俊提出了救人方案，但没有被重视。柳义泰的话印证了浚的判断是准确的，众人震惊。几年来，许浚边在柳家打杂，边研读医书。深夜，许浚为救治自杀的姑娘想尽一切办法。

许浚救活了姑娘，还为姑娘的狐臭找到了药方，一家人都替许浚高兴。医官找许浚询问应该怎么治疗寒症，俊也渐渐体会到医治好病人的快乐。许家聚集了越来越多来找许浚的病人。具一书的妻子无意中透露给吴氏，许浚在医治病人，引起道知的不安。被吴氏叫回柳家的许浚，进门就被打倒在地。

柳义泰得知，许浚私自为病人治疗，十分愤怒，找许俊要了他的处方传。面对柳义泰关于治疗的提问，许浚轻松完美的给出了所有答案，震撼了众人，也让睿珍刮目相看，浚的医术和医德终于得到了肯定。另一方面，付山泡准备偷柳义泰的秘籍，而潜入他的房间，并拿刀威胁义泰。

看着吃不上饭的母亲，许浚非常伤心。许浚和道知对患者的治疗方法产生分歧，义泰对浚的肯定让道知更加不满。有官僚怀疑多喜偷丝绸，而逮捕并仗打了她。另一方面，右相家在寻找能诊治夫人的医生，柳义泰派许浚前往。

柳义泰让许俊去右议政家给其夫人看病，对此道知和吴氏非常生气。见到来为夫人治病的不是柳义泰而是许俊，右丞相亦十分不满。许俊用自信打动了右议政，开始为夫人治疗，但其病情却加速恶化，睿珍鼓励许浚坚持治疗。许俊提出要用针灸，右议政坚决不同意。

右议政夫人的病情更加严重，一气之下将许浚关进仓库，睿珍为他求情，但仓库里的许浚莫名其妙的失踪了。右议政派人到柳义泰家，抓走道知。另一方面，许浚对右议政说，即使你杀了我也无所谓，但一定要让夫人喝了汤药。许俊十分用心的照顾病人，她的病情终于逐渐好转。

许浚治好了右议政夫人的病，柳义泰和瑞珍也更加相信许浚的医学实力，道知对此感到失望和愤怒。右丞相提出要奖赏许浚，推荐许浚明年进入内医院，而多喜则劝许俊放弃这个推荐书。

看过宇相大人的病簿记录道知对许浚开始每日例行的刁难。干杂活的下人们开始认清形势拜托许浚多多关照。咸安嫂看到孙氏在整理许浚被宇相大人赏赐的礼物惊羡不已，便刻意提到落难时曾帮助了她们母子，作为报答孙氏挑了戒指送与她。柳义泰听到具一书到处宣说柳医员的时代过去了现在是许浚的时代，不但没有生气，反而发自内心的高兴。临床治病时道知的“刁难”又教许浚学到了关于针灸的病理知识。

孙氏病倒，自己拼命努力干活却被赶出，许浚几近崩溃。许浚下定决心抛弃柳义泰并奔赴昌岭欲向相宇大人重新要一份推荐信，奈何相宇大人并不在府中，许浚又一次绝望。为了支持道知参加内医院的科举，柳夫人拿出自己攒了多年的私房金交给道知打点人脉。多喜拼命干杂活赚取粮食照顾孙氏，许浚却终日浑浑噩噩嗜酒du博，家里的生活每况愈下，就连咸安嫂也不愿意借钱给他们。

具一书想趁老婆睡觉时偷偷地在她枕边放一把锋利的斧子，据说这样就能生儿子，结果却被咸安嫂当成是小偷，打的他鼻青脸肿。睿珍对许浚的过分担心和关心令道知误会。偷偷做饼出来卖的孙氏看到偷偷采草药出来卖的多喜，婆媳二人为生计所迫，流过泪两人继续叫卖。也是从柳义泰家被赶出的采草药的医员靠卖生子秘方为生，为了艰辛的母亲和妻子，许浚答应了那个医员同他一起卖秘方。

明知道许浚的诊脉结果说的是可能是男孩，可付山泡同韩进士说的却是女孩。许浚不耻他这种骗人的行为，正要气愤离开却被官兵抓走。官长欲判他们行骗赚钱的罪责，付山泡却把一切责任推到了许浚身上。作伪证的证人的出现让许浚的辩驳苍白无力。许浚被打板子的时候柳医员正巧前来为官长治病，柳医员的一席话坐实了子转女秘方的荒唐。柳医员向官长为许浚求情，许浚才被释放。

睿珍的病十分严重，柳医员都无从着手。道知一直亲自照顾她，这可急坏了吃醋的小丫头们。许浚欲上三敌寺拜大师为师学习医术，途中却无人知道三敌寺到底在何处。晚上饥寒交迫的许浚遭到患有大风疮的村们民攻击，这才见到三敌大师。在大师的帮助下许浚积极为这些受病魔疫病折磨的村民熬药治病。

三敌大师曾是前途无量的御医金民世，尚华是他唯一的儿子。上山寻找失踪的儿子，却只看到尚华的鞋子，金民世以为是茅草屋的大风疮病患杀死了自己的儿子，一时愤怒杀光了茅草屋的所有村民。其实尚华是玩耍时意外跌入水里死的。金夫人上吊自缢，而那个亲眼看到父母被金民世所杀的孩子被金民世带回来认作义子取名尚华，这个孩子就是整日击鼓的少年。金民世为还清罪孽从此立志与大风疮斗争，出家为僧。

睿珍来到安定山看见努力工作的许浚十分欣慰。多亏睿珍的提醒三敌大师知道了尚华和秀贤私奔逃跑的消息。许浚下山时三敌吩咐他打探尚华和秀贤的消息。酒馆里许浚施针救了一个和老板娘打架伤了腰的客人，就在这时，尚华和秀贤被当成大风疮病人被村民痛打。许浚忙冲出去解释大风病并不会传染，还用嘴吸疮口证明。看到尚华因世人偏见而被鄙夷，许浚激动地与村民争执起来。

道知醉醺醺的回家。三敌大师传授许浚武功，第一步从训练呼吸开始。巧的是，同时柳医员也在向道知讲授有关于人体气息的医理。刘夫人托韩尚依在汉阳觅了一处学习的好地方，为道知考科举做了充足的准备。道知已经赴汉阳赶考，而许浚仍在山上这不免让孙氏和多喜担心。三敌大师吩咐许浚也尽快上汉阳赶考成为内医员，内医院是值得全面学习的地方也有治疗大风病的资料，许浚连夜向多喜辞行赶回家收拾行李。

客栈里进了小偷偷了道知的医术，幸而被许浚抓住。半夜时分有病患到客栈求医，但忙着休息清晨赶考的医员都不肯救人，道知只是出面写了药方出诊却颇为为难。想到三敌大师说的医病最重要是医好病人的心，许浚决定出面帮助了无助的病患，有两位医员得知那人是大名鼎鼎的许浚也忙追上来帮忙。许浚不花钱的处方医好了病患之后有更多的穷苦病患找上来，许浚又耽误了半天时间。

许浚的善良招来了更多的病患，医员劝许浚不要因为这些人耽误了一年只有一次的科考却遭到村民驱赶。村民的忘恩负义让医员气愤地独自一人上路，许浚继续为病患们医治，村民更加爱戴许浚。睿珍回到柳医员那里拿药材，由于药材名贵，柳夫人不禁恶言相向，但还好柳医员通情达理。是时孙氏突然晕倒，睿珍为其医治幸而只是身心虚劳。马上就要开考可许浚被客栈绊住仍然未到，道知暗自为他担心起来。

屋漏偏逢连夜雨，客栈老板外出为许浚找马，却因为偷马被官兵绑了回来，官兵认定是许浚指使并把许浚关进了大牢等待大人审判。道知的侍从抱着侥幸心理也报名了科举考试，道知的斥责和轻蔑让他颇不服气。全村的人为许浚求情，大人为之感动，不仅放了许浚设宴款待，还赠马予他。然好事多磨，许浚还是错过了考试。

许浚未进行考试自然落榜，五根带着歉意通知许浚，入阁的道知少爷请他去喝酒。道知在表示理解许浚的心情后教育许浚做大事的人是不会被小事所拘的那并不是做医生的职责。村里的人都在打赌道知少爷和许浚谁会考入阁，具一书把银子都压在了许浚身上，结果赔得倾家荡产。许浚落榜后始终不见踪影，孙氏担心的晕了过去。

柳医员得知许浚没能进考场的消息，责怪忽略病患的道知没有医生应有的德行，道知反驳不成材的是许浚，却挨了打。道知见父亲想的念的全是许浚，自己永远不如许浚，内心受到了很大的打击，即便是父亲阻止自己也要坚定地去内医院。许浚之所以没有赶回来是因为回到巴德村里继续为村民治病，孙氏和多喜感到十分欣慰，许浚救人的消息在村里不胫而走，村里的人也为许浚自豪。

本来许浚和柳医员一同给病患看病，柳医员却完全把病患交给了许浚并且让家属安心，可不知情的大家都以为许浚忘恩负义把柳医员挤了出来。许浚隐隐觉得是因为师父信任自己可又立刻否定如果师傅真的原谅自己不可能不让自己回去。许浚怀着希望再次拜访柳医员，一番考验过后他也终于被重新接受，除去去汉阳的道知，许浚成为了柳医员的首席弟子。

许浚日以继夜的为病人看病，多喜在后面辛苦的为他料理杂事，许浚夫妻二人伉俪情深让睿珍五味陈杂。柳医员和三敌大师计划外出远行，药房就交到了许浚手上。柳医员感悟到人终有一死，现在已经有人代替自己完成未完成的事业也是件能聊表欣慰的事。闷在内医院用功学习的道知总是不合群的拒绝同僚的作乐喝酒，机缘巧合有了机会为刚出生的小王子看诊，得到了赏识。

咸安嫂幸灾乐祸地到处说镇川有病人因为吃了许浚的药瞎了眼睛，从镇川赶来的客栈老板石世暴戾的阻止来看病的所有病患进入药房，许浚现在只能医治自己的母亲。药房病室的病人们因为柳医员不在不肯喝药，为了不影响许浚，睿珍出面告诫他们不配合的病人会被赶出去。具一书和太郎本来想吓唬石世却被石世的力大无穷惊呆了。

针灸和拔罐不能并行是不能违背的医学传统，感受着病患的痛苦许浚思考再三终于违背了柳医员的命令遵循了自己的想法对病人施以针灸，焦急的等待过后病人的眼睛终于重见光明，石世激动地抱住母亲嚎啕大哭，许浚也松了一口气。柳医员终于能满意的笑了，可是他的病情也越来越重时日不多，即便是医术高超的自己和三敌也不能治愈。

咸安嫂偷看到许浚和睿珍的话说到一半睿珍哭着跑出去，闲言闲语自不会少，多喜听到了也没放在心上。柳医员最近都在交代后事般有意无意地教导许浚生死有命，不是所有病症都能治愈的道理，例如反胃。也只有这些病症才是锻炼医者面对苦难不退缩不懦弱的良药。就在这时头石村出现了瘟疫，有不少医员为了活命逃走了。

柳医员赶许浚回去，和病人同生共死并不是能者许浚还有更重要的事要去做。虽然许浚能理解师傅的苦心，可医治病人的本能还是让他不能弃病人于不顾，赶回来的许浚正好看到柳医员昏了过去。头石村一片哀鸿，每天都不断有人死去，许浚每天都累到体力不支。睿珍找到了有关疫情的典籍，病区的状况让人忧心幸而终有好转。

柳医员的病已经严重到瞒不住许浚，许浚诊出柳医员的病是反胃，命门上长了硬邦邦的肿瘤。许浚坚信即便是不治之症也会有治疗的办法，可是柳医员表示如果许浚不能平静地接受自己离开他会走得不安。道知晋升为奉事成为了王子宫的宫御医，在官路上风生水起。柳医员就是希望睿珍能够放弃已经有了贤惠妻子的许浚去找道知，这是他最后的愿望。

道知刚到王子宫就受到了娘娘的赏赐，柳夫人已经在着手为自己出色的儿子安排政治婚姻，经过她的打点，刚到汉阳的睿珍直到天黑也没有在御医殿门外等到道知。道知仍然不知道睿珍已经来到汉阳，虽然内心苦闷，但道知没有拒绝母亲的要求。柳夫人欲私下把囚禁睿珍以保证道知顺利的完成婚礼，谁知睿珍被同为朝政的李正明所救。

道知在李正明口中得知睿珍曾找过自己，是母亲故意隐瞒了自己。明明知道师傅的病现在治疗已为时晚矣，可许浚仍然在努力。柳义泰希望趁着还有时间最后外出游历一番。柳医员的举动让大家很奇怪，不仅定制了奇怪的小刀，还改道去了很远的米粮千山。三敌大师想起自己曾经和柳医员的谈话，柳医员是想自尽于米粮，留下自己的身体供许浚解剖研究。

安葬了师父后，许浚在柳义泰墓前起誓若有一丝对不起医道便请师父惩罚。回到家的许浚不吃不喝不说话，三日后他决定启程去汉阳给道知少爷报丧。本来找不到睿珍的道知就失落得紧，父亲自尽的消息更如当头棒喝砸在他身上。道知怎么也想不到自己见到最后一件关于父亲的东西竟是父亲的解剖图，他无法原谅许浚更无法原谅自己。

许浚依然不能从师父离开的悲恸中走出来，柳义泰的教导历历在目。柳夫人把所有家当都迁往汉阳，许浚连睹物思人的机会都没有了，不过还好，药房内的一些书籍得以保留。天水局药房的张万寿像巡视领地似得来到药房四处指挥一副小人得志样，许浚既无意再开一家药房与张万寿作对也无意留下为他工作，他只想上京考科举。只是原药房的学徒们都来追随许浚，为了不辜负恩师的名声，许浚的家变成了一间小药房。

许浚怒斥张万寿的事大快人心，张万寿那里因为医药费太高无人去看病，无奈之下只能跪求许浚。这时科举的日子定了下来，许浚还有一个月的时间准备。同样想参加科举的五根陪着许浚来到汉阳，这次终于顺利拿到了考证。投机取巧的五根去拜访道知希望能得到一些透露的试题，道知严厉训斥了五根。许浚意料之中进榜，五根也争气的通过了一试。

面试时的五根没有轻易的通过，许浚精彩的背讲惊艳了一众考官以榜首的成绩入阁。道知不愧是正人君子没有在暗地中使见不得人的手段陷害自己的对手许浚，还在考后提点许浚因为内医院的大人与父亲有过节，领取证书时不要提及自己拜柳义泰为师的事。谁知许俊在内医院大人面前光明正大地承认了自己是柳义泰的门徒。

许浚终于安定下来把家人接到汉阳，一家四口居住在三敌大师曾经的房子里。然而生活不易，虽然多喜已经做好了陪相公吃苦的准备，可是一个异乡人想在汉阳找到杂活实在困难。在多喜经过杨义勇大人家时，有人认出她是李正灿大人家的小姐，多喜立刻走掉工作也没了希望。多喜突然晕倒，为了照顾怀孕的多喜许浚第一天入宫就迟到了。

因为多喜有孕在身许浚向道知申请延迟一天值班，道知拒绝，当着同僚的面斥责了许浚因为私事而违背内医院制度的行为。许浚只得麻烦同级的李名唤帮自己回家为多喜诊治。得知多喜情况稳定，整理病簿到天亮的许浚终于放下心来。虽说道知一直将许浚当对手，可一谈其他道知就不自觉地带上一份欣赏和骄傲。

由于在恭嫔娘娘那里的出色表现，道知被破格升职为七品执掌，监管药材库和汤药房。道知吩咐成为总药输出的五根把最下等的药材送到汇聚了全汉阳所有穷苦重病患者的惠民社，许浚陪着五根来到这个没有任何医官希望来的“人间炼狱”，惠民社的金奉事拿着猪狗都不吃的药材大闹太医院，让许浚不禁佩服起来。

柳夫人上街时撞见了成为医女的睿珍，道知的妻子知道了睿珍和道知的关系，有这样的女人存在让她无法安心。太医院的御医们一起弹劾金万静奉事，然所有意见都被御医大人用无人接手惠民社为由驳回。道知处处压制许浚在御医面前与他针锋相对，许浚终于感受到了危机欲发奋学习。

许浚在捕盗厅为怀孕的犯人诊病时遇到了已是医女的睿珍，但由于医女住的地方规矩森严，许浚想见上睿珍一面并不容易，但只要能远远的见上许浚一面睿珍就已很满足。道知的妻子自从知道了睿珍总是有意无意地向丈夫询问医女的事。内医院又到了为新人分配管制的日子，由于主部和判官大人的反对，许浚的品级受命延期了。

许浚和张医员被安排到惠民社当职，同届的医员不平去找御医大人理论告发了金宋两位大人，反倒是许浚因为有更好的机会学习而开心，况且能同睿珍一起工作也是件不坏的事。主部大人和判官大人还在为许浚被分配到惠民社弹冠相庆，御医大人实行监事时已查出他二人偷盗王室药材，道知也因此被连累禁职。

金宋两位大人认定是睿珍和崔善二人偷盗药材，新官上任三把火，为了正惠民社之风睿珍和崔善被抓到巡捕厅以儆效尤。有医女为睿珍打抱不平并向内医女反应偷取药材在民间贩卖的是韩奉事和医官等人。在牢里的睿珍向狱卒提出要见李宗明大人却被当做是耍花招。许浚担心睿珍，意外从咸安嫂那里得知汉阳的妓院有买卖官药的线索。

道知欲带睿珍回家遭到母亲的强烈反对，即便知道妻子怀孕道知也没有放弃说服母亲去帮助睿珍摆脱困境，门外的妻子把道知的话一字不落的听了进去。道知到惠民社找睿珍单独见面，这也加深了其他医女对睿珍的敌意。许浚家突然来了一群慕名而来的病患，虽然国家有规定御医不得私自会诊，可许浚处于不忍为他们医治。

在所有御医的注视下许浚坦然的接受处罚，在“调摄修养，药石次之”和“调和医药，保护圣躬”的御笔行板之间行走背诵一千遍。五根拜托前来拿药材的医女阿赫将礼物交给内医女红春，之后流言兴起。许浚累到虚脱，金万正收到消息后赶来求情却受到金宋二位御医大人的阻挠，金万正开口大骂。

经过两天一夜，许浚终于凭着意志完成了处罚，这时的许浚已经累得不成人形。御医大人法外开恩不追究许浚的责任，并且立了如果不是为了私利御医可以为病患医治的规矩。回到惠民社后，睿珍主动请求亲自照顾许浚，之后睿珍同孙氏和多喜见了面却没有告诉她们许浚受到重罚的事。

恭嫔娘娘早产情况危急，内医院乱成一团，若娘娘出事道知也将性命不保，而此时宫里只剩下待罪的红春有丰富的接生经验。红春的心里始终带着委屈，考虑再三之后终于决定帮助道知教他如何为娘娘顺产。最后恭嫔母子平安，道知也因祸得福。许浚在救助麻疹病人期间自己不慎结了化脓的水泡。

许浚染上脓痂疹的消息传遍了惠民社，病痛虽使人痛苦但人心却让人倍感温暖，最终在许浚的照料下麻疹病人痊愈。。具一书他们借助五根得利做起了药材生意，监医典的官员怀疑他们偷拿太医院的药材将他捉走，谁知在监医典遇到了古人英达等人，英达使了些银钱五根等人才被释放。医女们被官员叫去陪酒，睿珍也位列其中。

睿珍因放不下身段陪酒被官员大人泼了酒，幸而李正明为睿珍解了围。联会后李正明借机向睿珍表明心迹，即使睿珍心里仍然惦念着许浚他也会一直守护在她身边。汤药房中有人上吊自杀，官邸之中有人自尽本就是一件不吉利的事。内医院将事情上报到监医典，谁想监医典的许善判官就是许浚的大哥，他扬言会让许浚生不如死。

虽然巡捕厅将案件解决事情告一段落，可许浚发现尸体脖子上的勒痕有问题，金奉使劝他以治病为要，不要将事情闹大。道知的岳父是许善的知交，道知也为了自己的仕途与许善应酬交好。御医大人询问许浚近况，许浚称惠民社很好，这让人摸不清许浚实在装傻还是真的没有野心，许浚仍安然地为病人医治为医女授课。

李泰云突然发病，许浚欲为其救治时被突然出现的道知阻止，泰云猝死。许浚发现泰云明明有消渴症汤药却出现了问题，事情与之前自尽的朴氏串联起来。李家的仆人发现了多喜，多喜的哥哥找到家里，路过的咸安嫂正巧看到多喜在和大户人家的陌生男人交谈。柳夫人也得知了多喜的身份，许浚身为卑贱之人却与弘文馆教理的女儿结婚。

李正明已经把案件查到了弘文馆那里，但由于事关朝廷的党派之争巡捕厅不好出面，所以寻找斑蝥顺藤摸瓜的任务就落到了许浚身上。许浚求助于五根，五根靠着插科打诨查出斑蝥并不是出自于内医院的药材库而是通过秘密交易带进来的。柳夫人把许浚的把柄告知道知，道知不屑用这种不上台面的方法扳倒许浚。

许浚等人遭遇劫匪，幸而此时李正明及时出现，许浚一直担心查案的事在转天的会议上走神被责骂。案情逐渐明朗，尹正浩被抓到巡捕厅问罪却始终不敢供出幕后主使，明明知道真相却不能做出正义的判决，这让李正明自责又无奈。李正明派人给惠民社的睿珍送信之后来到射箭场，意发现许浚是个射术极佳的男人。

李正明每天都在饱受极刑，他也深知自己是遭人陷害，为了免遭人格的侮辱，他怒吼出对朝廷的黑暗体制的腐败和官员们的贪婪的绝望和国家正义的追求一心求死。许善得知许浚和李正明是莫逆之交后妄图让道知帮忙以谋反之名使许浚连罪。谋反的案件引起整个朝廷的关注，为了李正明不在受刑中死去许浚被派去专门负责照看他。

睿珍亲手端来了皇上赐予的毒药，李正明像个顶天立地的爷们儿悲壮地死去。伤心过度的睿珍夜不能寝，李正明的告白明明犹在耳畔，可人就死在自己的眼前。而另一边，许浚喝了一夜的酒。孙氏为了的良太和柳月婚事去拜访柳夫人，但是柳夫人一番冷嘲热讽后拒绝，还雇佣多喜来照顾即将生产的媳妇。内医院新上任的左议政大人就是当初推荐许浚的相宇大人，全体人员前去拜访，许浚因为要看守病患而留在惠民社。

许浚和道知同时面对着身份不同的面部中风病人，二人都是同样的有自信。成仁哲在视察惠民社时见到了正在为病人用嘴吸脓毒的许浚，内医院的所有人都知道了杜大人和许浚是旧识。道知用三天医治好了病人比七天提前了四天，皇帝重赏了道知，可恭嫔娘娘哥哥的病却复发了。而许浚的病人因为不配合用了四天时间痊愈比三天晚了一天。

御医杨大人接手了恭嫔娘娘哥哥的病，杜大人内心起疑命人去调查了许浚治疗面部中风的病簿和杨大人与许浚的恩怨。随后杜大人拿着许浚的病簿质问御医杨大人，虽说有道知在一旁辩解，但杜大人起重许浚的意图一看便知，恭嫔娘娘哥哥的病之后便由许浚负责。御医大人目睹了许浚的治疗过程，认出这分明是柳义泰的手法。

虽然通过治疗胃病治愈口歪眼斜病是医术里传说的事，许浚偏偏要尝试。由于诊治的是恭嫔娘娘的病患，苏燕和睿珍被安排到宫里帮许浚的忙却遭到宫里医女的刁难。而许浚面对的难题不是传说中的处方而是国舅这个超级傲慢不配合的病患。幸而许浚即便脚被他砸伤也依旧坚持自己的治疗方法。

英达等人才出了判官大人许石和许浚的关系并在暗地里告知良太，许石迟早会对付许浚的。宫外的具一书和五根等人不知许浚的艰难只知道他能在宫里有多风光。另一边的宫内，在许浚的坚持下国舅终于肯喝药，只是病情并没有很快好转。道知从许浚的药方中了解到国舅并不是简单的口歪眼斜病而是反胃之症。

许浚在为恭嫔娘娘哥哥治疗时所怒吼的肺腑之言被前来探望的皇上听到，圣上被许浚的高超艺术和尽职尽责折服，亲自目睹了许浚为国舅治疗的全过程。事后在圣上极力地夸赞了许浚后，许浚告诉圣上国舅患的是可能随时丧命的反胃之症，而非常的不幸，唯一能治疗此疾病的自己的师傅柳义泰已经去世了。

几乎所有人都认为许浚会因不能在五天内治好反胃而被砍手。看到许浚面临危机柳夫人整日喜笑颜开筹备着大摆喜宴，甚至还要叫上多喜和咸安嫂等人准备。国舅的脸只有在针灸的时候才正常，拔出针后又会歪回去，这种糟糕的状况甚和御医杨大人的心意。最后一天之际国舅突然吐血便血，全内医院上下都在议论如何处罚许浚。

眼看许浚的承诺没有兑现，恭嫔将许浚交予内医院处理，睿珍和苏燕也被连累。在临刑之际无数人的求情都没有用，即便许浚拿出病人反胃好转的证据也不能令人信服。最终无奈之下许浚只好说出自己为了完成师傅遗愿亲手解剖柳义泰亲眼见过胃的事。一番沉默之后突然有太监来报，恭嫔娘娘哥哥的病痊愈了。

许浚大难不死后福焉至，五根回乡后形象生动的为大家演义了当时的危机状况，之后许昌奉的名声大噪。回到惠民社的许浚见到了来此当捣药师和医女的尚华和秀贤，三敌大师交待他们跟许浚学习医术。多喜和孙氏穿着御赐布料制作的衣服向恭嫔娘娘请安，恭嫔赐予他们一栋新宅子。然而许浚并没有接受皇帝的升职坚持留在惠民社。

良太将许石的事告诉了许浚，许浚只劝他顺其自然不必过分担忧，而他眼前着手要忙的是带着乡人举家乔迁。因为醉后和医女私通的事道知不胜其烦，可就在他打发医女不要再来纠缠时被宫里的医女偷听到。由于惠民社病患越来越多，一次危急之下苏燕施针救活了一位病患，可由于医女无权行诊她应该要受到重罚。

道知的同僚奉事本来想随便寻了一个罪名让这个医女对道知的事保密，怎料这医女性子刚烈，再加之有人有意陷害，柳主薄和医女私通的事很快就在内医院内传开了。闲言闲语传到御医大人的耳朵里，在这种状况下，许浚一下子被越级晋升为正七品直长官，道知被差去当了出使明朝的随行医官。

五根整日哀嚎自己要死了，许浚诊断之后他才说自己是害了相思无药可医，于是五根倾慕红春喜的事全惠民社都知道了。虽说许浚并不是八卦的人，饶是红春喜医女再淡定也架不住许浚在她面前笑称五根大哥是好人。本来柳夫人为道知能出使明朝而开心，而道知夫人回了娘家才知道，道知是被降职的。多喜生了个儿子，取名许谦。

尽管柳夫人总是以最坏的方式揣度自己，可许浚仍然医者父母心的为其诊治。柳夫人患的是血崩，如果她再常常发火生气随时会有生命危险。许浚不好亲自出面，只能让道知妻子熬药送予柳夫人。明朝使臣一行人将要莅临，满朝戒备森严。为了不让使臣抓住殿下的把柄，内医院派较有学识的医女们充当侍女去侍奉明朝使臣。

为了让柳夫人有胃口吃饭多喜起了大早为她熬粥，只是这一切柳夫人并不知道。红春喜医女在柳夫人家尽心照顾。只是偶尔会被河东家的恶意刁难。一日，柳夫人起夜时看到在自家院子熬药的许浚，满腔的恨意顿时全线崩溃病情复发。许浚在院子外站了一夜，柳夫人终于同意他为自己施诊。

由于宫里的医女作梗，苏燕和睿珍要在使臣来时去陪侍，许浚直接找御医大人去理论。咸安嫂知道了不免对多喜说三道四。然命不可违，睿珍最后写了一封信托宫女交给许浚，许浚因睿珍的事夜不能寐，多喜全都看在眼里。第二天一早苏燕来找睿珍时，发现她已经自尽了，只尚留一丝气息，宫女发现形势不对就立刻把睿珍的信交给了尚宫娘娘。

使臣突发疾病腹痛难忍，睿珍斟酌再三把本来留给自己以免去陪侍的嗜睡药给使臣服用，因它能同时能治疗腹痛的药。同行的使臣见大人情况转好便告诉赞扬了睿珍的聪明睿智，苏燕和睿珍不仅免过一劫还被赏赐，惠民社一片欢欣。许浚被杜大人叫去随行皇帝的围猎，所以像皇帝突然坠马这种突发状况医术高超如许浚一定能顺利解决。

白天秀在酒宴上直言许浚并不陌生，许浚担心自己的身世被看穿紧张的说不出话，幸而金大人笑称许浚这个山阴来的金凤凰定会前途无量，此事才一笔带过。然事后白天秀还是记起许浚就是龙川郡守的儿子许浚，为了解决心中的疑问他特意去找了许石。许浚知道自己的黑历史被白天秀知道了，而现在的他只想好好赎罪。

许浚把自己的事全部告诉了金奉事，金奉事为了保护现在竭尽全力治病救人的许浚，向白天秀求情为许浚遮掩过去，可铁面无私的白天秀并不买账。本来还在为后宫个嫔中周旋的皇帝突然接到黄义道瘟疫肆行的消息，外面百姓人心惶惶。当白天秀赶到惠民社捉人时许浚已经被内医院派往疫区。

朝廷派了李判大人前来支援疫区，白天秀随行其中。许浚单独找到白天秀并答应他只要控制住疫情自己就会和他回去任凭处置，白天秀怒斥他不仅要治他多年前畏罪潜逃的罪还要判他强娶官宦之女之罪，然白天秀还是理智战胜愤怒答应了许浚。瘟疫传播愈发严重，内医院迅速封锁了消息。另一边，柳夫人答应了良太和柳月的婚事。

许浚在疫区意外碰到了镇川的头石并在监狱里发现了许多感染疫情的犯人。为了救人许浚为犯人们再三求情都未有成效，反而是白天秀的处处帮忙让许浚顺利救治了病人。经过数十天的努力，个州疫情都有了好转。在医女们面前无比严肃的红春每次见到五根都不知该作何表情，又囧又细心的五根确实有那么一些打动人。

几个病人突然死亡，医女崔善也跟着病倒在悲伤中死去，疫区的气氛一片沉重。道知出使明朝归来，知道了许浚即使救了自己的母亲的事，从此道知心事更为复杂。在许浚对病疫毫无头绪之时意外从头石那里得知他是吃了梅实才没被传染病症的，大面积的实施梅实汤后，病情果然得到了控制。

皇帝龙颜大悦高度赞扬了治疗病疫有功的许浚，从此许浚在内医院平步青云。道知与内医院那些趋炎附势的小人断了往来，偶然的情况下道知在为一位高官治愈了旧疾后结识了仁嫔娘娘的哥哥内需司别坐金孔良大人。二人立即投机，金孔良希望道知帮助仁嫔怀上龙子，道知也需要借仁嫔之力继续高升。

许浚逃不开自己良心的谴责主动去找白天秀自首。白天秀看许浚并不为仕途而是真心为行医救人大为感动起初并没为难他，只是许浚的事已经传到杜大人和御医大人的耳朵里，白天秀不得不逮捕了许浚。苏燕看到多喜也被巡捕厅带走知道出了大事，于是偷偷通知了恭嫔。同时，五根按许浚的吩咐到监狱保释了头石并收留了他。

许浚作为重犯任何人禁止探视。恭嫔为其才华惋惜欲向皇帝禀报救出许浚，奈何皇帝近来专宠仁嫔，恭嫔碰了些钉子才得以面圣。皇帝爱惜许浚高超的医术赦免了他的罪，孙氏担心的一直卧病在床，作为回报柳夫人前来探望。但此时内医院以及朝内群臣对许浚的态度分成两派，一些老臣极力反对皇帝包庇许浚。

作为恭嫔的宿敌仁嫔当然会觉得许浚罪无可赦，即使是宠信的医官道知为许浚求情仁嫔的态度也没有丝毫转变。或许是因为宿敌的惺惺相惜道知去看望了许浚并为其治伤，听到许浚肯能要被免职的消息道知不知该不该高兴。恭嫔的病恶化了，杨大人诊断出她患的是只能听天由命的恶疾真心通，无奈之下皇帝从牢里召来了许浚。

御医大人和许浚一起照料恭嫔，多喜还在牢里等待消息，许浚的事皇帝并未下判决只是让他安心瞧病。数天后恭嫔苏醒，许浚又陷入危机，群臣进谏为了一个小小的医官再折腾下去确实小题大做不成体统，于是许浚又被关进监狱。恭嫔趁病再次求情，皇帝思虑再三一锤定音赦免许浚。

许浚被无罪释放，许家一片欢心。咸安嫂知道了多喜的身份后总是恭恭敬敬，看到多喜像从前一样的态度和他们相处咸安嫂才放下心来。许浚回到惠民社立刻给红春诊病，结果只是阴阳不调，方子里最重要的药引还是五根。许浚从惠民社调职成为恭嫔的宫医，同时仁嫔怀孕，道知终于获得良机。

贪心是人类永远都改不掉的本性，仁嫔怀孕后金孔良又告知道知仁嫔这一胎是且必须是男孩。而恭嫔这边，许浚深知比起身体上的病恭嫔的心病才是症结所在。五根向红春求婚成功，具一书博被老婆抓住，咸安嫂当街施家暴。具一书真心奉劝五根一定要保持清醒远离婚姻，遂被揍，第二次。

苏燕为恭嫔娘娘送来汤药，恭嫔娘娘很感激她每次都尽心尽力地准备汤药。苏燕从恭嫔娘娘处出来遇到许浚，并向他说明了恭嫔娘娘的状况。

许浚为了寻找治疗恭嫔娘娘病症的药材前往了江原道，柳道知趁许浚不在锦绣宫的空当，给恭嫔娘娘开了处方。红春跟着咸安嫂寻找巫婆，在那里遇到了仁庆宫的尚宫。

五根告诉许浚，红春在巫婆家里看到了仁庆宫的尚宫。恭嫔娘娘得知仁嫔娘娘暗害自己的事情之后，前往仁庆宫对质，最后为了修养前往山间的寺庙。

许石找到许浚想要解释二人之间积累多年的误会，许浚在得知恭嫔娘娘病情危重的消息后急忙赶往锦绣宫。许谦向多喜和许浚表示自己决定要考大科。

许浚听说光海君病重的消息急忙赶去。柳道知叮嘱苏燕等人不要把信诚君的病情加重的事情告诉任何人，并别有用心的提出将信诚君的唤喻交由许浚负责。

许浚看到信诚君的症状后，对其严重程度感到大为吃惊。柳道知在仁嫔面前将信诚君病情恶化的责任全部推到了许浚身上。红春对医女在汤药房遭到调戏一事感到非常愤怒。

许浚对石头私自开诊所感到很愤怒，但石头却将自己独特的治疗方法告诉了许浚。仁嫔在看到许浚治疗的时候大惊失色，要马上制止许浚。

皇上提拔许浚为堂上官，并任命其为内医院御医。而光海君却因为得不到皇上的关心而伤心。

得知外寇很快就要打到汉阳的消息，所有人都准备逃难。许浚不顾其他内医院医生的反对，决定留下来保护珍贵的医书。许浚在回家的路上遇到了逃命的百姓们。

许谦对于许浚不和家人一起离开汉阳感到难以抑制的失望，而许浚却在空无一人的家中看到了多喜留下的书信。为了保护皇帝，白天秀将百姓逃亡要坐的船全部烧毁……

和具一书吵架后独自离开的咸安嫂遇到了个奇怪的年轻人，被告知有船可以帮助他们逃亡。御医杨义秀因身体不适，命柳道知代替许浚照顾皇帝身体。而柳道知则在皇帝和仁嫔询问时，诬陷许浚独自逃跑。

上了船的许浚看到了为了保护孩子而挺身而出引开外寇的尚华，却眼睁睁看着他死去。光海君向皇帝表示，无论如何都要死守护住平壤城。多喜从柳道知处得知，许浚在皇帝逃亡过程中始终都没有出现。

五根把孤儿交给红春当做养子。许浚在难民中找到了自己的家人。皇帝命柳道知跟随自己，而命许浚留在平壤城跟随光海君。

信诚君的病情恶化，柳道知在寻找医书的时候却发觉所有书籍都被留在了平壤城。白天秀背来给许浚救治的受伤年轻人居然是尚华！

信诚君君不治而亡，皇帝和仁嫔悲痛万分。许浚动身前往义州救治皇帝，与受枪伤的许谦以及家人告别，心情错综复杂。到达义州的许浚为了治疗皇帝的病，说服众人让柳道知来为皇帝施针。

许浚请求皇帝不要再向柳道知追究信诚君身亡的责任，皇帝最终答应了他的请求。许浚开始和内医院的医官们编纂最新的医书。

皇帝升许浚为正一品辅国崇禄大夫，但两司的大官们却在寻找机会弹劾他。这时，有关睿珍和许浚的传闻却在宫中流传开来。

睿珍向殿下坦诚她确实是敬仰许浚，但是并不想要破坏他和妻子的感情，自己只要和他同在一片蓝天下、能够帮助他就知足了。

许谦告诉家人想要和恩妍成婚。许浚无意中看到了龚良和柳道知私下对话的场面。

许浚为了编纂医书暂时离开了皇宫，柳道知在看到怀孕的皇后娘娘身上起的脓疮时大惊失色，这时金大人建议让明朝的太医来为皇后诊治。

柳道知求金大人劝说皇帝让他来为皇后诊治，咸安嫂对于恩妍突然开始讨厌李谦的态度只有郁闷的份。从明朝回来的许浚告诉柳道知他怀疑皇后并不是怀孕。

许浚安慰皇后，只要接受伪胎的事实放宽心，以后随时都可以怀孕的。具一书看到恩妍脸上的伤痕愤怒的去找了万德。

名杰大人责怪许浚怠慢了光海君的病症。许浚拒绝了加入朝中党派之争，并对柳道知说，自己有点不想当御医了。

许浚听说光海君病情危重，急忙赶往东宫。名杰大人怀疑许浚为光海君准备的汤药里面有毒。万德找到具一书，说只要许浚推荐，自己也可以成为内医院医官。

柳道知得知光海君病情加重后非常担忧，许浚则坚持为光海君准备汤药，并对金大人等人的计划表示非常愤怒。苏燕被胁迫向光海君的汤药中下毒。

许浚为了知道到底是谁在胁迫苏燕找到了白天秀，并在得知皇帝病重的消息后火速赶回宫中。金大人等人不顾许浚的反对强行进入了皇帝的房中。

皇帝表示要立永昌大君为世子，多喜发现孙氏的行动变得奇怪。许浚在听了张成必大人和金龚良大人的话后非常愤怒。

柳道知虽然试图劝说许浚，但许浚还是坚持承担自己作为御医的责任。皇帝病危，却没能说完对光海君的遗言。许浚终于下定决心，去见了仁哲。

许浚问起小玉的身世，小玉说自己的父亲曾经是医官，后来因医治敌军战士被冤枉致死，母亲也去世。许浚十分同情这个小姑娘，让她随意翻看医书。

虽然由于很多急症病人来求助于刚被流放的许浚，但他的罪人之躯却不能光明正大的为他人治病。

许浚感叹恩玉做出的贤明对策。柳道知在内医院看到许浚留下的编纂医书材料，才感受到许浚留下的巨大空缺，决定将编纂医书的材料送到许浚的流放地，交给许浚编纂结尾。而此时，许浚却在见到来到自己面前的人大吃一惊。

许浚结束编辑医书，在封面上写下了东医宝鉴的字样，光海君在看到许浚题写的书名，感慨万分。此时，许浚在多喜处得知了孙氏病重的消息。

许浚病情加重，具一书来到因为战胜疾病而变得热闹的村庄，而就在此时，许浚倒下了。

许浚看着日渐病重的孙氏，心情错综复杂。苏燕告诉柳道知自己看到一名捣药使令在汤药房行动奇怪。而此时，很多病人拥进惠民所，称东医宝鉴的处方有问题。