由于收到紧急通知，于是新人刑警大门凛子与同伴一起到现场拯救工人，但她们在看见的，竟然是前所未见的怪物……手鎗对他完全没有作用，就在她们束手无策的时候，一位青年驾驶电单车赶到。这位自称为操真晴人的魔法师，在火焰中变身成「幪面超人WIZARD」，利用银色的鎗和刀与怪物们战斗……

一位青年企图拯救被怪人袭击的小孩，他的名字叫奈良瞬平。后来晴人赶到，并且展露了魔法。瞬平对WIZARD的魔法很感兴趣，并要求晴人收他为徒弟。另一方面，被晴人所救的大门凛子刑警，接受国家安全局的查问关于魔法师的事，难道他们就是主张中止调查的人吗……

原来被怪人袭击的，是想成为魔法师的奈良瞬平。虽然晴人把怪人击败了，但在瞬平身上却发生不可思议的事，原来他在被袭击的时候，隐藏在体内的能力醒觉了，令他可以使用魔法。后来他更被安排在电视节目中演出。可是，晴人不相信他可以那麽轻易就能使用魔法……

WIZARD的腰带响出不稳定的声音，令他不能使用魔法，于是怪人侯趁机逃走，而WIZARD也耗尽了魔法，看来原因是晴人拯救了被美杜莎怪人打败的曆美。另一方面，钢琴家高木荣作表现出被猫妖怪人袭击也不在乎的态度，这样下去，晴人还可以保护他吗？

冬甩店的店员、面影堂的轮岛先生和瞬平，居然同时迷上了一名女子。这位叫名爱美的女子，当她在公园的露天茶座出现，都受到男性们的注视。这一天，她和一位名叫山形的男子约会，但这时候两人居然受到怪人的袭击，难道她们其中一人是基特人？另一方面，这次对晴人来说，是不是新的邂逅呢？

原来川崎爱美一直为了金钱而欺骗男人，瞬平等人知道这个事实也感到很悲伤。但某程度上，最大的受害者是山形先生，但他却出乎意料地表现得很冷静。而且，当他被怪人袭击的时候，爱美更保护了他。到底在爱美的背后有甚麽内情呢？她为甚麽要欺骗金钱呢？原来她需要用一笔巨款买回自己的回忆……

一位名叫洋树的少年在回家的途中被食尸鬼袭击，虽然晴人赶到救他，但这少年居然说晴人是绑架犯……另一方面，由于WIZARD的出现，令PHANTOM的数量减少了，一直在监视不死鸟PHANTOM终于到了忍耐的极限。他得到贤者的批准后，开始进行攻击……

晴人重遇老朋友美纪子，而且保护了她的儿子，他就是身为Gate的伊藤洋树，但是Phantom不死鸟的下一个目标，不是洋树，而是他的妈妈美纪子…

国家公安局零科的木崎警察，趁晴人离开面影堂后出现，并把轮岛先生带走了。木崎持有绿色的魔宝石，企图让轮岛先生把它加工成为戒指。到底他的真正目的是甚麽？另一方面，晴人遇上一名被食尸鬼袭击的少年?直己，晴人为了保护他，决定和他一起行动……

为了追查父亲死亡的真相的高中生?直己来到东京。原来他就是GATE。国安零科的木崎强行地从面影堂把直己带走，到底他有能力保护直己吗？敌方今次派来的是鎗击完全无效的PHANTOM，再加上可以再生的不死鸟PHANTOM参战，到底战况会变成怎样…？

瞬平看见晴人不断提升力量，觉得自己作为助手也应该提高水平，于是便努力在街上寻找PHANTOM的踪影，可是……另一方面，在日式甜品店「松木庵」当见习生的青年?彻也，在运送日式甜品给客户的中途被PHANTOM袭击，难道彻也就是GATE…？

虽然晴人他们以为瞬平的前辈彻也是GATE，于是保护他，但其实彻也的师傅松木才是GATE。可是，受到晴人保护的松木表示必须要去一个地方，那地方到底是……后来，PHANTOM终于找到松木的心灵支柱，这时候美杜莎PHANTOM在晴人面前出现，并展开了一场决斗……

曆美与晴人出外购物时，发现了使魔.三头犬（地狱犬），曆美追踪着它，后来居然到达一个神秘的地方……另一方面，面影堂来了一位稀客真中千鹤，据说她曾经参加一齣自主电影的演出，但由于这齣自主电影的导演失踪了，所以电影未能完成……

原来晴人一直保护的石井悟史不是GATE，是PHANTOM。其实真正的GATE是真中千鹤。于是美杜莎改变了与蜥蜴人PHANTOM的交易条件，那就是要令真中千鹤绝望。到底晴人能否阻止他们的阴谋呢？

今次被PHANTOM盯上的GATE，是一名金髮的不良青年达郎。他在被食尸鬼的时候，晴人拯救了他，但他依然态度恶劣，还想马上用武力解决。看来今次的GATE是个十分棘手的人，虽然如此，但达郎视平安夜为希望的日子，看来有某些理由……

一名男子在吃饭时被PHANTOM袭击，虽然晴人及时救了他，但后来却被指阻碍他吃饭；另一方面，WIZARD与PHANTOM战斗。PHANTOM向魔力提升后进化了的WIZARD称，战斗不是单靠魔力的大小的，后来趁机会在WIZARD身上注入了毒，令WIZARD在一瞬间陷入危机……

在晴人等人面前出现的另一位魔法师BEAST，又叫蛋黄酱男人，又叫仁藤攻介。虽然他的实力是名副其实的，但他的性格却……这时候，一名是GATE男子被PHANTOM袭击，虽然晴人及时赶到拯救了他，但最重要的GATE却失去踪影。

仁藤被美杜莎轻易地欺骗之后，与晴人处于对立状态。于是晴人、仁藤和PHANTOM为了争夺GATE而展开三角溷战。晴人首先调查GATE的身分，原来他是个很有名的画家；另一方面，由于仁藤在没办法之下，决定住在GATE的家……

今次的GATE志保小姐是一个不和其他人联繫便不行的女子。当她的丈夫出外工作的时候，她便会用电话和电邮联络朋友。由于她完全不听他人的话，所以连晴人也感到烦躁。某天，志保小姐终于被PHANTOM袭击，虽然晴人叫她逃走，但志保小姐认为，把丢下的手机拾回，比逃走更重要……

由于今次的PHANTOM可以操纵空间，所以WIZARD使用可以连繫空间的CONNECT戒指与他对抗。另一方面，凛子一直怀疑雄吾是PHANTOM，于是进入他的房间调查，原来雄吾正在房间等候她……此外，志保小姐被身边的人漠视而变得意志消沉……

虽然凛子企图改变雄吾的想法，但雄吾想做的事就是尽情地捣乱。于是不死鸟从贤者的掣肘中解放出来，展开破坏行动。美杜莎为了不让贵重的GATE减少，于是企图阻止失控的不死鸟。另一方面，泷川空要瞬平把染血的警察手帐交给晴人，看到他们惊讶表情，令泷川空忍不住嘲笑他们……

虽然晴人总算拯救了凛子，但她还未恢复意识。晴人认为这是自己的责任而感到沮丧，这时候，国安零科的木崎对他说了严厉的话……另一方面，仁藤为了让晴人留在凛子身边，于是单人匹马与不死鸟战斗，但不死鸟的目标始终是WIZARD……

为了寻找仁藤而来到东京的老婆婆，居然是仁藤的祖母。因为她是GATE，所以受到PHANTOM袭击。由于仁藤不能向这位严格的祖母解释现在的状况，所以在变身时显得很踌躇……另一方面，身为PHANTOM的干部之一的泷川空也察觉到这位婆婆就是GATE……

虽然仁藤变身为BEAST，防止了祖母受到PHANTOM的袭击，但相反地令瞬平被捕捉了，于是泷川空提出交换人质的要求。为了拯救瞬平，仁藤的祖母愿意牺牲自己，原来这是因为当她绝望而诞生PHANTOM之后，就可以成为仁藤的食物，仁藤听到这意想不到的话而感到冲击……

仁藤在街上遇到一位可爱的女孩子，他好像对这女孩子有点印象……后来他听到悲鸣声，原来就读同一学校的学生被美杜莎袭击。原来今次的GATE是女高中生，而且由强敌PHANTOM美杜莎亲自出马。这时候，晴人和瞬平改变装扮潜入学校，他们一直监视一位女孩真由，后来他们发现一件出乎意料的事……。

晴人他们找到与美杜莎很相似的女高中生真由。原来真由和美纱（美杜莎）是孪生姊妹。另一方面，由于妹妹的出现，令美杜莎失去干劲，于是令GATE绝望的工作，就委託PHANTOM小魔怪去办，到底美纱有甚麽企图？这两姊妹的命运会如何？。

研究考古学的中本先生发现了神秘的出土文物，其中一个是有狮子面孔的东西。仁藤认为是与基米拉相同，于是打算去见他。由于仁藤与中本都是研究考古学的人，所以双方同意一起调查腰带和戒指，但当仁藤睡醒时，腰带和戒指却失去了，听说是被PHANTOM偷去……

因为腰带被偷走，所以不能吃PHANTOM的魔力，仁藤陷入极大的危机，但仁藤依然拒绝从晴人身上吸取魔力维持生命。另一方面，凛子向中本先生调查发掘文物被盗的事时，发觉中本先生有可疑的地方，难道……

泷川空从牢狱中把PHANTOM黑暗天使解放出来，后来他随着自己的欲望开始袭击人类……另一方面，贤者在泷川空的面前出现，一直以来，他为了知道一切，不论是同伴和敌人也玩弄，今次他总算达成愿望……但贤者可会认同他以往的所为？