在逃出行星波利斯之后的一个月，盘龙号与喜龙号于ZAP空间站的宇宙基地维修，幸存者则由飞船莫利舰先行带回地球。格斗仪出现异变，雷由于身份泄露而被拘。与此同时，宇宙中出现了一个专门捕杀雷奥尼克斯的奇异人物，炸毁基地，妄图杀死雷。

基地毁灭在即，BOSS独自断后进行起飞设置却命悬一线，雷挺身而出进行救援。众人能否从即将大爆炸的基地逃脱？雷和BOSS驾驶喜龙号逃生却被吸入虫洞……

在宇宙基地爆炸之后，所有的飞船都平安避难了，只有被虫洞吞噬的喜龙号下落不明；与此同时，坠落在陌生星球上的喜龙号及其上的两架急速号飞机均无法继续飞行，维修困难。被擒获的猎人利用盘龙号上的急速β号逃脱，盘龙号追击却遭遇对方伏击捕捉并强加改造。

究竟队员们生死如何？这时，猎人再次造访，其身份动机浮出水面。艾雷王面对来袭的多拉贡陷入苦战，恰好修好攻击系统的BOSS出手相助却在胜利后反遭精神几乎失控的雷怒斥。哥美斯卷土重来，哥莫拉陷入苦战。

在雷和BOSS乘坐的喜龙号坠落的哈马行星上，喜龙号的修复艰难进行着。而雷奥尼克斯之间的战斗正在愈演愈烈，雷的异变也开始逐渐加深，这使得他感到异常恐惧与不安。另一方面，盘龙号也在佩丹星人大流的指引下向哈马行星前进。

雷发现的巨大镖形物体带给他一些事件的断片。盘龙号上，大流与船员之间关系依旧保持高度的不信任，双方在处理与基鲁星人飞船相遇事件方式的问题上终于爆发冲突。

在雷因为暴走而去向不明后，BOSS多次联系未果转而亲自出发寻找他。盘龙号在大流的引导下终于到达哈马行星。雷由于雷奥尼克斯血统的暴走而失去自我，变得嗜血好战，不止是怪兽，甚至连其他的雷奥尼克斯也不放过。此时，他的内心也在做着激烈的内部斗争。

BOSS乘坐急速号外出寻找却被强电磁波吸引坠落，遇到了巴巴尔星人的雷奥尼克斯，却险遭对方毒手。关键时刻，哥莫拉出现，在苦战后再度变为凶暴形态哥莫拉将对手制服。

在雷的暴走被镖形物体结束后，所有人回到了盘龙号上。雷昏睡后，被软禁的大流从房间中逃出。雷为了避免再度伤害同伴而意欲离开，被其他船员劝阻。前次败在雷之手并被痛打的梅特隆星人找到盘龙号并向雷发出战书，众人驾驶盘龙号逃离却被其召唤出的强大超兽巴克西姆击中。

混乱之时，大流向雷发起攻击，险些波及隐岐，雷诱使大流与他一同降落。二人扭打之际，雷再次暴走，扔飞大流并召唤出凶暴形态哥莫拉与巴克西姆大战。

雷的暴走事件告一段落以后，船员们又重新回到了紧张忙碌的盘龙号修理之中。这时雷感觉到了一股前所未有强烈的雷奥尼克斯气息而十分不安，队员们与他立下了一起回到地球的约定。盘龙号的修理工作行将结束，但突然遭到逃走的大流驾驶佩丹星飞船的攻击而再度受创。

雷为了保护同伴乘坐利特拉离开，大流驾驶飞船紧追不舍，双方再次展开拳脚对抗。半路杀出的基路星人雷奥尼克斯作为最强的雷奥尼克斯召唤出怪兽泰兰特，向雷发出了挑战。

雷战败倒地之后，BOSS驾驶急速号前去救援，待他赶到雷身旁时，却发现雷早已死去。悲伤的众人决定即使是遗体也要将雷带回地球，驾驶盘龙号离开了哈马行星。离开哈马行星的盘龙号遭遇不明能量体，医疗室被侵入。被告知雷的生命被艾雷王临死时以切断连接相救而存在于格斗仪中的众人毅然返回哈马行星。

大家乘坐急速号兵分两路使用熊野制作的仪器进行搜索。躲过佩丹星飞船小队的BOSS和隐岐找到了雷于战斗中遗失的格斗仪，但是雷还是没有醒来。

以坑蒙拐骗为业的扎拉布星人在哈马行星上进行着从雷奥尼克斯处骗取格斗仪的行为。而此时，BOSS、榛名和雷三人正进行将喜龙号上与盘龙号相对应的未经过佩丹星人改装的部件拆卸并运回的工作。榛名将部件运回离开后，雷和BOSS意外发现她忘记了最重要的东西。

驾驶急速号运回部件的榛名在途中遭到扎拉布星人的“攻击”，苏醒时已被紧紧束缚。扎拉布星人变成榛名的样貌乘急速号返回盘龙号，妄图骗取格斗仪。

被帝国星人雷奥尼克斯打败并毁掉格斗仪的美菲拉斯星人雷奥尼克斯无助地漂泊着，突然发现了一把插于地上的纯黑色的剑，拔剑，穿上铠甲，他变成了暗黑美菲拉斯。另一方面，在初次见到镖形物体的时候已经疑心的隐岐终于确认那是赛文奥特曼的头镖，这一结果震惊了众人。

此时，头镖发出光芒呼唤雷。顺着呼唤的指引，盘龙号进发的途中遇到了暗黑美菲拉斯并被击落。

虽然赛文和暗黑铠甲的事件已经结束，但是哈马行星上的雷奥尼克斯之间的战斗尚未结束。正在某地PK的两名宇宙人雷奥尼克斯以及他们所召唤出来的泰莱斯通和德拉考突然遭到伤愈的佩丹星雷奥尼克斯猎人达伊尔和其所控制的黑色金古桥的消灭。

在佩丹星的司令母舰上，司令官哈兰不满于达伊尔未杀死雷的事实。对雷向达伊尔下了消灭的命令。此时，雷正在进行着初次使用米克拉斯的雷奥尼克斯战斗。

在达伊尔说出相信雷有能力改变未来之后，司令官哈兰要求达伊尔带雷前来见她一面。此时，哥莫拉与巴顿的战斗打响了。达伊尔传送到了雷的房间，向他说明了来意。雷出于对他的信任，一口答应了去见司令官的要求。而在二人离开后，听完隐岐说明的众人意欲跟随前往，却被佩丹星人绑架。

被挟持的盘龙号众人被佩丹人关进了电篱笆作为人质，而见到雷的哈兰司令官对雷和达伊尔说出了一个可怕的真相。

迎战铠甲美菲拉斯的哥莫拉陷入苦战，这时雷放出米克拉斯作为掩护共同战斗，不想收效甚微。困境中，被雷布拉德逼上梁山的雷爆发，使哥莫拉变为红色的雷奥尼克斯形态，最终战胜铠甲美菲拉斯。被打败的美菲拉斯摆脱了铠甲的束缚恢复了意识。

为了报恩，他帮助在通道的盘龙号脱离了能量障壁，向雷的所在地飞去。在雷的精神世界中，雷布拉德让他选择是否接受成为雷布拉德的继承者来统治宇宙，被他一口回绝。大怒的雷布拉德进入暗黑铠甲对他发起了进攻。在强大的暗黑铠甲面前，即使是红哥莫拉也节节败退。

正在危急，忽然雷德王撞向铠甲，原来是格兰德赶到，加入战团，与雷并肩作战！