因时常发作疯病而去职养老的京城神捕辛刑与爱女辛十三娘(刘蓓 饰)相依为命。为维持这个家的生汁，十三娘瞒着父亲从事了专门抓捕逃犯、领取赏金的赏金猎人这一行。十三娘与不打不相识的捕快狄无邪(邢岷山 饰)相约携手抓捕官府重金悬赏捉拿的神偷。

古董收藏家聂向清从扶桑请回玉佛掌的事早已在京城尽人皆知，神偷自然不会放过这罕见的宝物。就在众多赏金猎人严阵以待、只等神偷落网之际，神偷却早已混入猎手人群之中。

神偷王大友(何冰 饰)费尽心机偷来的玉佛掌竟是个不值钱的赝品，而聂向清又被人所杀，郎中宋杰被当做盗宝杀人的神偷抓了进来。辛刑深信好友宋杰是被冤枉的，于是想抓住真凶，怎奈力不从心。眼睁睁看着神偷从容逃脱。神偷王大友虽然被十三娘(刘蓓 饰)、狄无邪(邢岷山 饰)等人弄得狼狈不堪，但总算有惊无险。

一向以侠偷自居的王大友混进牢房，见到了宋郎中，而自己却遭到蒙面人追杀。十三娘和狄无邪赶来抓神偷。与封百川误打误撞，王大友侥幸逃脱。

四处躲藏的王大友(何冰 饰)巧遇宋杰之女宋君瑜(何美钿 饰)，并被其善良打动。十三娘(刘蓓 饰)从君瑜处抓住了大友，但又被蒙面人劫走。蒙面人要的正是那个不值钱的玉佛掌，其中藏着一个暗杀密令！然而，狄无邪(邢岷山 饰)从天而降，使得写有秘密的字条一分为二，狄无邪持一半，封百川持一半，大友再次死里逃生……

狄无邪(邢岷山 饰)和十三娘(刘蓓 饰)急于要找到王大友(何冰 饰)，一来可以救出宋郎中，二来为那密令上的内容，因为只有王大友看到了完整的密令。宋君瑜(何美钿 饰)在家中收治了重伤的王大友并瞒过了十三娘。十三娘遭人飞镖暗算，从装扮成武器行商的封百川处得知，飞镖的主人正是令父亲一直耿耿于怀的杀手封百川。

回到家中，父亲已被封百川掳去。在和王大友的接触中，宋君瑜发现神偷其实是一个非常善良的人。宋君瑜陷入了彷徨，要不要把大友交出去呢？王大友找到十三娘自首，但却对暗杀密令的内容无从回忆。

在宋君瑜(何美钿 饰)的帮助下，大友恢复了那段记忆。原来封百川要在祭天大典时刺杀李将军，只有抓住封百川，才能保护李将军，也才能救出辛刑。狄无邪(邢岷山 饰)被李将军任命负责大典的防卫工作，只有一个人认识封百川，就是那位负了伤的武器商。

祭天当日，众人还是中了封百川的调虎离山之计。最终封百川伏法，辛邢得释，王大友(何冰 饰)也因功罪相抵而免牢狱之灾。从此，十三娘(刘蓓 饰)、宋君瑜和王大友一同踏上了惩恶扬善的征程。

大学士柴清的侄儿柴大光被杀，十三娘(刘蓓 饰)等人受雇调查此案，见到了色艺双绝但郁郁寡欢、行事诡异的柴八夫人。杀死柴大光的是一根琵琶弦，且出自青楼，十三娘等人据此来到了妓院紫袖楼。紫袖楼花魁卉香竟与八夫人长得一模一样，十三娘和宋君瑜(何美钿 饰)假称京城名妓与卉香成了好朋友，而王大友(何冰 饰)只得勉为其难做了两位名妓的龟奴。

谁料此时。已是风光不再的前花魁吕仙儿竟揭发卉香就是哪个杀害柴大光的凶手。十三娘使巧计加上燕王的庇护解了卉香之围。而吕仙儿却畏罪潜逃了。

卉香在燕山处备受恩宠，十三娘(刘蓓 饰)从柴清处得知柴大光曾因非礼八夫人而被逐出家门。卉香的神秘和八夫人的怪异让十三娘疑惑不已。宋君瑜(何美钿 饰)于官府书办侯方玉处探听吕仙儿下落未果，留在紫袖楼的十三娘却被膘客们闹得手忙脚乱。

王大友(何冰 饰)因宋君瑜与侯方玉过往甚密大吃其醋，案子没什么进展，老鸨却对十三娘和宋君瑜的身份起了疑心。吕仙儿被杀，齐香又突然出现了。

胡二目睹了凶手行凶过程，他找到侯公子，欲助其破案，但条件是索银两千。案情刚有发展，胡二又被杀了。顺着胡二被害现场留下的血迹，十三娘(刘蓓 饰)等人来到了紫袖楼。十三娘等人的身份被老鸨揭穿，并被赶出了紫袖楼，幸好侯方玉将三人收留。

而此时出现的两只血鞋使众人的怀疑落在了老鸨的嫖客小哈身上。而由此也让十三娘醒悟是中了真凶的疑兵之计。经查实，杀柴大光用的弦确是卉香琵琶上的，而卉香此时却摇身变成了八夫人。从柴清口中，十三娘等人得知了八夫人许多鲜为人知的经历。

卉香得知杀父仇人焦阳已到宣府，于是决定开始行动。卉香欲借燕王之手除掉杀父仇人焦阳，并诱使焦阳写下了藏头反诗。谁知燕王和焦阳早已狼狈为奸，卉香失望之余。盗得二人谋反证据。

一心要帮助卉香讨还公道也令自己赎罪的柴清遭杀身之祸。无意中得知真凶下落的黄妈妈也在众目睽睽之下被杀了。一系列的杀戳终于使真凶——卉香暴露了出来。原来她被柴大光认出，为防止他破坏自已的计划，叶子卿(卉香)诱杀了他。

此后，为掩盖罪行。护花使者侯方玉才有了—连串的杀人灭口。而这—切的最终目的就是要杀焦阳，以报卉香的杀父之仇。最终。十三娘(刘蓓 饰)查出了真相，却没能阻止叶子卿……

城里一连发生数起少女被奸杀案。富商柳任申的女儿也被采花贼花蝶儿奸杀十三娘(刘蓓 饰)等人设计诱出了花蝶儿，但在送往柳任申府之前，花蝶儿却被人用飞刀射杀。杀人者是阎王判、柳任申这才知道二十多年的仇家寻仇来了，于是请十三娘等人调查阎王判。

六扇门也派出独无邪捉拿阎王判，可他杀的那些人又有哪个是不该杀的呢?杨老爹一生的愿望就是杀柳任申复仇，但柳任申何尝不是也苦苦赎了二十年的罪呢?知道事情原委后，十三娘(刘蓓 饰)想令二人化解过往仇怨。而狄无邪(邢岷山 饰)却一喂只知公事公办，要抓阎王判归案。

杨老爹的女儿不知内情，和柳任申成了忘年之交。得知杨老爹就是阎王判，狄无邪有心罢手，官府却限他三日内抓到阎王判。不得已，他只能与十三娘针锋相对了。然而，在真正对阵之际，狄无邪还是网开一面。

义子被杀，使杨老爹的复仇之心更炽，而柳任申的侄儿被杀，再次留下了阎王判的阎王令。柳任申遣散了家人，他不愿再有人被杀。杨、柳情仇也似乎到了最后了结的时刻。真相大白了，却是柳任申堂弟为得其家产，才利用杨、柳情仇导演了这出二虎相争的戏。

最终坏人被惩，而杨老爹也付出了惨痛代价。结案了，十三娘(刘蓓 饰)等人不无惆怅。知府老爷抓到了骗子刁万常，却惹了一身麻烦。原来，这神秘的刁万常知道一个巨大宝藏的秘密，黑白两道得知其人被抓，纷至沓来，十三娘等人也恰巧来此。

十三娘(刘蓓 饰)等受雇押解刁万常赴京师，为防万一，众人做了周密安排。但一路上并不太平，而貌似憨傻的刁万常似乎能掐会算，不但躲过了想劫持他的各路人马的暗算，还显示出了各种不同凡响的本事。而不明就里的十三娘等人也对刁万常越来越怀疑了。

在接下来的行程里，十三娘(刘蓓 饰)一行人不断遭到追杀。被宝藏诱惑而出动的，不仅有各江湖人士，甚至还有锦衣卫，他们费尽心机的目的都只有一个——得到刁万常。十三娘等人一路逃亡，但对个中原因却一无所知。一则英雄的故事使十三娘对刁万常肃然起敬。

刁万常骗得了了大家的信任，并使众人险些丧命，自己却逃之夭夭。幸亏曾出卖过刁万常的刘一毛出手，十三娘等人才再度捉到刁万常。

正在众人对刁万常恨之入骨之时，刁万常竞以自断脚筋为誓，并再度向众人讲述了一则凄婉的爱情故事。谁也不敢轻易相信刁万常的故事，王大友(何冰 饰)和宋君瑜(何美钿 饰)专程去找刁万常爱情故事中的女主角风娘，想要核实一下。经过调查，王大友和宋君瑜才知道又上了刁万常的当，而十三娘(刘蓓 饰)却渐渐被刁万常感动了。

刘一毛暗算，十三娘中计，刁万常被偷偷送到萧知府手中。为稳妥起见，刁万常被下狱，而且不久便要与太师的生辰纲一同押赴京师。

十三娘(刘蓓 饰)娘押解生辰纲和囚车的官兵，放走了刁万常。之后，才知上了当，而自己也成了江湖人士追杀的对象，好在经过一番周折总算在风娘家中抓到了刁万常。刘一毛竟成了六扇门狄无邪(邢岷山 饰)的手下，并在众目睽睽之下，将十三娘等人准备押解进京的刁万常就地正法。

刁万常真死了吗?太师的生辰纲还在吗?真相大白后，十三娘等人才明白了什么是真正的骗中高手。

盗王王大友(何冰 饰)老家临清出了个假盗王，专偷朝廷派来的矿监税使，临清百姓出气了，可矿监税使梁永及手下却对盗王恨之入骨，这可苦了偶经此地的真盗王王大友等人。为澄清事实，十三娘(刘蓓 饰)等人展开了调查，这才知道梁永一伙原来罪大恶极。

而盗王却是深得民心。经过一番周折后，他们还是抓到了哪个假盗王。假盗王竟是遭粱永陷害得前知县徐斗牛的女儿金燕子，而她和王大友那早已过世的师姐金凤凰是那么相像，为了解实情，王大友与金燕子联手偷了记录着梁永一伙罪行的账册，但却被一个蒙面人将帐册抢走了。

锦衣卫的追杀无处不在，可那仙女一般的大师姐的影子在大友心中却总也挥之不去。王大友(何冰 饰)向十三娘(刘蓓 饰)和君瑜讲述了自己与大师姐的相遇以及成为同门的经历，这其中，大师姐对自己的呵护，大师姐惨死在大帅兄毒蝎子手下的情形还历历在目，但种种迹象却令人不解的说明大师姐似乎还活着，金燕子身上一定还隐藏着更多的秘密。

可众人却没有在约定的地方等到金燕子。

梁永手下的于大人却被杀了，凶手似乎仍是假盗王。王大友(何冰 饰)等人的处境更危险了。而此时，狄无邪(邢岷山 饰)也奉命赶到了。王大友中计落入锦衣卫手中，幸得狄无邪接管了此案。才免遭被人灭口。梁永一伙也渐渐觉出不利，开始销毁罪证，但最重要的罪证——账册却早已被金燕子的母亲送到了巡抚大人手中，这徐夫人就是死而复生的金凤凰。

当年，金凤凰为徐斗牛挡了毒蝎子一刀，众人都以为她送命了。

为了嫁祸王大友(何冰 饰)，梁永派出了杀手去杀王大友，而杀手竟是王大友不共戴天的仇人毒蝎子。王大友从毒蝎子手中逃生，终于见到了大师姐。此时，皇上也已下旨查处梁永一伙的罪行，十三娘(刘蓓 饰)等和梁永—伙都明白，决斗的时候到了。

但是，被派去的杀手毒蝎子再一次失手，并与金凤凰同归于尽。梁永一伙也终于在确凿铁证面前伏法，一段情仇就此了结。

偏远的漠北县，当铺洪大掌柜夫妇双双遇害，十三娘(刘蓓 饰)等人来此接手了这起凶杀案。这其中，他们看到了凶手的残忍，也看到了铁骨柔情的好男人图玄悔，更见识了一位政绩斐然的青天知县罗中开。洪府的人提供的证据表明，洪大掌柜夫妇极有可能是被家仆路不平为霸占洪小姐而杀害的。

但路不平矢口否认。在县尉图玄悔的严刑下，路不平认罪了……逃跑的路不平被匪徒追杀，十三娘等人救下了他。

在十三娘(刘蓓 饰)等众人面前，路不平翻了供，十三娘决心重新调查此案。而此时，路不平却突然死在了牢里，凶手似乎是洪小姐。通过调查，洪小姐显然是被利用了，所有的疑案都落在了洪家另一家人木青光身上。木青光虽有证据为自己开脱杀人的罪责，却私下与土匪孔大刀一伙有联系。

狄无邪(邢岷山 饰)与罗县令将计就计围剿了这伙土匪。然而一夜之间，所有土匪却被县尉图玄悔杀了，他是在用自己的方式，为爱妻报仇。为表彰十三娘(刘蓓 饰)等人缉凶剿匪之功，罗县慷慨奖赏了他们，但也客气地下了逐客令。众人都觉得这赏赐来得蹊跷，而狄无邪更是提出了惊人的看法：罗县令是个冒牌的。

他的身后隐藏着不可告人的目的。十三娘等人偷愉返回，展开了调查。

十三娘(刘蓓 饰)等人将怀疑锁定在了落第秀才孟古丁身上。所谓的罗知县果然是孟古丁假冒的，而且县尉图玄悔似乎知道这一切底细，原本决定去职逃遁的孟古丁经不住权利的诱惑，铤而走险，重新戴上了县令的乌纱帽，他深知，不是鱼死就是网破，他决定再次派忠心耿耿的图玄悔为他杀人灭口。

图玄悔奉命诱杀狄无邪(邢岷山 饰)，而被迫杀的王大友(何冰 饰)和宋君瑜(何美钿 饰)却不明就里，竟躲到了图玄悔的家中。孟古丁精心设计了畏罪自杀的现场，并伙同图玄悔抓住了十三娘(刘蓓 饰)三人，原来一系列的凶杀案全是他为掩盖身份而派图玄悔干的。然而当图玄悔明白了孟古丁对自己下的毒手，决定不再为孟古丁卖命时，孟古丁却早已想到了更狠毒的斩尽杀绝的方法。

危急时刻，狄无邪(邢岷山 饰)竟从天而降，孟古丁抱着他的权利梦在人间蒸发了，而可怜又可恨的图玄悔和他的爱妻也双双毙命。一向乐善好施、喜参禅悟道的梅国真老爷寿诞之夜突然身亡于园中花木之下，祝寿宾客中有仙风道骨的冲散道人；家道中落、悬壶济世的辽王；放浪形骸的当代鸿儒老憨先生以及知府杨克。

这些人中会有杀人凶手吗？民间突然出没的打着替天行道旗号的黑衣人“司令”与梅老爷的死可有关系?十三娘(刘蓓 饰)等人对此一筹莫展。

自称司令的人果然在梅府出现了，经查证．梅府总管曹钦竟然与“司令”一伙早有勾结。但就在十三娘(刘蓓 饰)等人准备缉拿曹钦时，曹钦竟被人用铁钉钉死。老憨先生和辽王都认为曹钦贪财忘义，死有余辜。

根据知府杨克的调查，杀死梅老爷的疑凶很可能是他的侄女--寡居的梅姑。其师老憨先生则可能正是令人闻风丧胆的司令。然而，此师徒二人竟不分长幼、不避男女的我行我素，全无避嫌之意。君瑜遭黑衣人毒箭所伤，幸得辽王全力救治。

十三娘(刘蓓 饰)等索性搬入梅府居住，这才得知梅大老爷竟多次想对梅姑非礼。

仙风道骨的冲散道人溺死于水中，原来他竟是个谣言惑众的淫道，在他的衣服上赫然留有司令的名号。老憨先生被当作司令押入牢狱。他真是司令吗？这一系列的杀罚有什么深意吗？面对君瑜，辽王时有困惑之感，这其中又有什么原委呢？

在调查中十三娘(刘蓓 饰)听梅姑说起了辽王经历的一段断肠往事。

原来辽王妃在被公爹酒醉玷污后自刎，老辽王也因此自裁，辽王本人也落了个终身残疾，老憨先生知道梅姑一直爱慕心疼着辽王，多次撮合，但梅姑既没有勇气改嫁，而辽王也已发誓绝不再为人欲所奴役。府衙捕头便是假借司令之名的黑衣人首领，他也被烧死在辽王住处，司令终于浮出水面，是辽王，他在用自己的方式昭彰天理，灭绝人欲。

他最后要杀的人是君瑜。因为她美，因为欲望是罪恶的根源……千钧一发，十三娘(刘蓓 饰)福至心灵、恍然大悟，君瑜脱险了，梅姑也终于可以和辽王相随共赴黄泉。君瑜怅然。谁都没有料到，更大的危险在等待着他们，几个月后，十三娘等人因通倭罪即将被当众问斩！

原来十三娘(刘蓓 饰)等人追查勾结倭寇、为害一方的李光头来到甘州，救下了东林书生汪言，并护送他来到京城，一心要将兵部侍郎朱纨的通倭罪证交给督察院温纯，但温纯似乎无心伸张正义，只要明哲保身。更令人不解的是：狄无邪(邢岷山 饰)彻头彻尾的变成了一个声色犬马的小人，他不许十三娘插手朱纨事件。

此时，汪言遇害了，凶手必为罪证而来，是狄无邪做了这一切吗？十三娘等人无从追究，因为他们恰因杀人嫌疑被四处缉拿。

水越趟越混，十三娘(刘蓓 饰)上告无门，只得向兵部尚书萧大亨求助。狄无邪(邢岷山 饰)跟踪十三娘，要她无论何时何地都绝对相信自己的心上人。并允诺助她从温纯手中拿回罪证。午夜时分，十三娘等人潜入温府，偷回了罪证。等待着他们的竟是温纯的尸首。

此时狄无邪赶到了，他的目的是缉捕凶手十三娘一伙。十三娘发誓必手刃狄无邪而后快。

大友借来乞丐服饰，三人混出城来，欲投奔庞大娘而去，撞上了要为温纯报仇的侠士洪风，所谓不打不相识，十三娘(刘蓓 饰)等人这才明白了温纯和朱纨的为人，他们才是为国为民的好官，而萧大亨正是阉党走狗。十三娘再次冒险潜入烟花之地清风楼，却不知这里已经布置好了一张罪恶之网。

在妓女若若的帮助下，十三娘逃脱了，但朱纨却被狄无邪(邢岷山 饰)骗到了清风楼。奋力抗倭一生的朱纨被诬以通倭之罪，落入大狱。

法场之上，狄无邪(邢岷山 饰)满心焦虑，"刀下留人"的喊声石破天惊。原来狄无邪投靠阉党正是为了将他们一网打尽。为此温纯不惜假死，狄无邪不惜令十三娘(刘蓓 饰)误会。明白了真相的十三娘等人再次协助狄无邪，上演了一出请君入瓮的好戏。

王公公和萧大亨最终落入了法网。