竹山县令杭铁生(苏有朋 饰)（苏有朋 饰）上任之初即受知府之命负责监斩死囚吴家保，却怪事连连，拉着囚车的马儿突然无故奔向城隍庙，并发生罕有的“天狗食日”。铁生因家保大喊冤枉而心生疑虑，决定重审此案，此举得到皇上（寇振海饰）的支持。

曲意奉迎的知府原想将家保之妻柳月华献给太子天龙(黄晓明 饰)（黄晓明饰），因陷害家保毒计遭阻求助于天龙……

铁生因东宫左卫武森(张衡平 饰)的恶行当街拦轿告状，混乱中天龙(黄晓明 饰)轿被马匹冲撞，铁生则救了饱受惊吓的妇人忘姑(姜黎黎 饰)（姜黎黎饰）。原来忘姑即是白衣女子凝香(王艳 饰)之母，铁生以忘姑心疾为由，将凝香母女安顿在县衙，由师爷陆彦青(赵毅 饰)（赵毅 饰）为忘姑诊治。

铁生对武森行凶一案决意追查到底，皇上又极为赏识初入仕途的小县令铁生，愤怒加上嫉妒使天龙将铁生视为眼中钉。

住进县衙的凝香(王艳 饰)与铁生情愫渐生，但两人皆未表明心意。天龙(黄晓明 饰)派雨珊（吴晓敏饰）以美人计诱惑铁生不成，反使雨珊受辱。凝香连夜赶回自小生长的白云观请来法师为孙老夫人超度，铁生深受感动，两人的感情更进一步。天龙暗中命知府向铁生行贿，彦青误会铁生被金钱所惑，决心离开县衙。

知府经天龙(黄晓明 饰)授意向铁生行贿，铁生反而手握证据向天龙检举。天龙将知府灭口并将尸体运至县衙，希望铁生就此结案。不料铁生以动用私刑为由要缉拿天龙，两人大打出手，忘姑(姜黎黎 饰)受到惊吓疯病又犯，抓住天龙直喊皇上，天龙脱身气愤回宫。

铁生审问武森(张衡平 饰)之时，武森胞弟武纲前来劫囚并在县衙纵火，众人忙着救火，铁生冲进熊熊大火中搜寻凝香(王艳 饰)身影，却不知凝香已逃出火场。

县衙失火，铁生与凝香(王艳 饰)在火场中寻找彼此踪影，两人再度真情流露。忘姑(姜黎黎 饰)看到眼前的大火，回想起当年身处火海的一幕，激动得昏了过去。天龙(黄晓明 饰)回到宫中急欲向皇上告铁生的状，却因皇上拜祭柔纪而受阻。当年皇后(鲁文 饰)（鲁文饰）用计陷害即将临盆的柔妃……

皇上读了铁生的奏折，痛心天龙(黄晓明 饰)的知法犯法，下令召铁生入宫。天龙与铁生当面对质，皇上不但没有处分铁生，反而赐给他尚方宝剑，要他依法行事，并下令杖责天龙。铁生以忘姑(姜黎黎 饰)病情向有乐探询柔妃之事，有乐反应不寻常，却也没透露什么。

有乐激动地向花蕊棺木倾诉柔妃尚在人间的消息，不料此事却被皇后(鲁文 饰)贴身亲信阿南（王之夏饰）所知。

一路尾随铁生来到京城的凝香(王艳 饰)趁着夜色探访铁生，却发现铁生与一名女子共浴，不知铁生实已被雨珊用药迷昏了，心痛得掉头离去。阿南惊见凝香与当年的柔妃极为相似，心生恶计，促皇后(鲁文 饰)利用天龙(黄晓明 饰)对付铁生等人。天龙假意向皇上仟悔，表明要重回竹山处理武森(张衡平 饰)闯祸的事……

铁生与有乐回到县衙才知凝香(王艳 饰)母女已不辞而别，众人扼腕。凝香母女二人返回白云观，凝香走火入魔，身中奇毒，幸有无尘师父为其解毒暂保幸命。又到竹山的天龙(黄晓明 饰)对武森(张衡平 饰)晓以大义并至孙家安抚，此举深得民心，之后又往白云观找寻凝香……

天龙(黄晓明 饰)与雨珊用计陷害慧心及凝香(王艳 饰)母女三人，把她们关进大牢。铁生不得已劫狱救出三人。天龙以众衙役性命要挟，最后仅铁生一人脱逃，快马进京面圣。彦青自被天龙毁容的雨珊口中得知，京里早埋伏杀手对付铁生，凝香与天龙谈好条件，如亲眼见铁生平安无事便一生跟从天龙……

皇上来到宫城查看，凝香(王艳 饰)飞身挡箭及时救了皇上，皇上见凝香面容惊讶不已。凝香向皇上控诉天龙(黄晓明 饰)与雨珊在竹山的恶行，皇上对凝香有莫名的亲切感。阿南因天龙欲以雨珊顶罪。遂和盘托出天龙身世，告知凝香才是真正的龙种……

凝香(王艳 饰)喂下有毒的汤药后，皇上立即痛苦不己，早等此刻的皇后(鲁文 饰)与阿南冲入抓拿铁生、有乐、凝香三人，将他们关入大牢。在天牢中，有乐终于对大家说出当年实情，雨珊也自姑妈阿南处得知真相。虽然彼此仇恨互相利用……

天龙(黄晓明 饰)以铁生等人的性命要挟凝香(王艳 饰)与其成亲，凝香要求天龙带忘姑(姜黎黎 饰)与有乐进宫。天龙受不了阿南的支配，一刀刺死了阿南，凝香阻止天龙再向雨珊下毒手。凝香母女终与皇上相认，可惜皇上口不能言。天龙命知府烧死铁生、慧心、彦青三人，危急之时无尘师父出现。

皇上胞弟庄贤王(曹秋根 饰)为缓和局势，自动向天龙辞官交出兵权。

雨珊易容小太监混入皇上寝宫表明愿意代众人向庄贤王(曹秋根 饰)求救，却被天龙(黄晓明 饰)抓住并严刑拷打，但雨珊拒不吐实。天龙下令把雨珊倒吊在城门上警示众人。乔装人城的铁生等人不忍雨珊受苦，趁夜救出奄奄一息的雨珊……

铁生潜进宫中，与天龙(黄晓明 饰)在角力场单打独斗决一胜负，实则替庄贤王(曹秋根 饰)争取时间好出兵救驾。无尘师父以冰蟾替皇上解毒，无尘的出现令有二心的众臣不敢造次。心存报复的雨珊也出现在角力场与天龙同归于尽。无尘师父带着凝香(王艳 饰)母女寻医去了……

竹山县发生—桩年轻少妇谋害亲夫的命案，县令铁生出马查案，师爷彦青因病不能到场验尸，给了年轻的件作阿祥一展长才的机会。阿祥带着年仅小他八岁的女儿喜鹊一同验尸，并提出“解剖验尸”这等惊世骇俗的主张，最后终逼凶手俯首认罪，助铁生漂亮破案。

喜鹊总称呼阿祥“小爹爹”，二人的关系引起铁生好奇，唯话题一旦触及喜鹊的身世……

热心的慧心积极拉病中的彦青前去求诊，果然见识了郑宽神奇高明的医术，不料中造喜鹊竟冒了出来，直指郑宽是个哗众取宠的骗子，并将彦青扭送官府。铁生跟着郑宽来到“董府”前面郑宽拿了一封帖子请关家转交给董老爷，铁生看了手上的帖子，上头写着“晚生前御医郑宽拜上”几字到底郑宽和董老爷之间有什么关联呢……

喜鹊为了家中被人破坏，跑去找阿东算帐，两人却都被铁生带回衙门。慧心和彦青拿着郑宽的药去化验得知有疗效的功能，铁生请了郑宽留下此时慧心和彦青来的一场表演，郑宽知有诈但出露了一手“隔高空抓药”铁生等人目瞪口呆，哑口无言。

铁生好奇的是——他与即将回竹山养老的董太师究竟有何牵连……

凝香(王艳 饰)套着阿祥说话想从这知道，为何看到郑宽都露出相当害怕的表情，但阿祥决心隐瞒下去不跟任何人说，只想好好保护喜鹊，之后铁生、凝香、彦青、慧心于花园里交谈推敲郑宽和董太师之间的关系。

喜鹊背着竹篓在山林间穿梭采药材，当在摘百年一株灵芝时刚好被郑宽摘走，喜鹊—气之下捉弄了郑宽之后拿着灵芝走人，就在这时阿祥已经在家里着急地等着喜鹊。董太师于朝中退休以后，依照计划回到竹山故里养老，铁生等人也都在城门迎接，突然间玉凤看到了郑宽冲出，却找不到郑宽人伤心之余昏倒在女俾小翠（张廷饰演）身上，彦青帮玉凤把脉发现竟是心脏有问题，董太师把大家打发之后管家拿了郑宽留下的信，便去“天独医”找郑宽。

喜鹊跟着铁生，跟着跟着就到了巷底的废墟，喜鹊进去后一幕幕熟悉的影像浮在他的脑海里，突然间神秘人白菏（方圆饰演）忍不住冲向前拉住喜鹊，喜鹊惊吓的尖叫，铁生突然想起引他到这个地方的即是这神秘人，这时喜鹊已昏倒在凝香(王艳 饰)怀里，喜鹊醒来后立刻问阿祥有关那废墟种种事件，但阿祥一字都不肯透露……

慧心带着郑宽往太师府帮玉凤看病，却被董太师阻挡在一阵混乱之中铁生带着捕头和衙役们把郑宽带走，董太师就和铁生及凝香(王艳 饰)慢慢说出和郑宽之间的渊源。老驴夫妇贪得无厌又跑去和郑宽要钱，阿东去会夫妇俩，老驴夫妇要胁阿东咪咪地模仿郑宽隔空取药的手法……

慧心不忍看到郑宽和玉凤那么痛苦便偷偷安排两人见面，等玉凤回来后却被童太师发现，一气之下就把玉凤关在房间里，第二天白荷去探望玉凤时玉凤却突然昏倒，所有大夫都没法子童太师只好让郑宽帮玉风医治，郑宽对其怀恨，要胁要与玉风成亲……

郑宽刚好遇到铁生拜托铁生帮他服喜鹊药灵芝救玉凤，铁生也和郑宽聊起刚到竹山时遇到的那对老夫妇。说老妇人陈尸在野外，也懂得“仙人摘豆”的把戏。凝香(王艳 饰)也拿老夫妇的画像到各乡，发现郑宽和夫妇俩那是串通骗人的，证实了死者与郑宽有着相当程度的利害关系，凝香为了铁生决定回宫里帮铁生找找是否有相关资料……

凝样回到宫里查到了年轻时的郑宽，医术深受董太师肯定，乃被推荐成为御医，并负起为皇太后治病的重任，董太师偶然在坊间得到一本有关医学的奇书“青囊经补述”，并转送郑宽，书中提及在当时简直不可能施行的所谓“器官移植”的概念，郑宽读罢被深深吸引，并且大胆运用在皇太后的身上，不料结果失败，竟活活医死了太后。

郑宽与董太师为图脱罪，乃将过失嫁祸给另一名御医，郑宽甚至进一步害死那对御医夫妇灭口。

阿东因命案被捕，乃以当年郑宽害死喜鹊父母的往事作为要胁，要郑宽帮助脱罪，郑宽被迫于探监的时候暗施毒手，杀害阿东灭口。白荷告诉了玉凤郑宽和童太师当年过失嫁祸给另一名御医，郑宽甚至进一步害死那对御医夫妇灭口，过程中将御医的妻子掷入井中毁尸灭迹。

董太师在得知郑宽手段凶残之后，于是推翻允诺，拒绝了他与爱女玉凤的婚事，甚至将郑宽打残，逐离。

郑宽终于知道阿祥就是当年在行凶过程中，携同死者女儿逃走的那名小男孩，于是设计加害，将其灭口，阿祥因此牺牲性命。喜鹊终也得知一切，燃起报仇念头，不料反被郑宽捉住幽禁……

一日，皇上私下带着宫廷太监总管包公公微服出巡，一行来到竹山县想借此之行顺道见见思念已久的女儿凝香(王艳 饰)。途中他们遇见打劫贡船的海盗。皇上见此，只身上船帮助官兵抗贼，未料反被押船官朱魁误伤落入水中。受伤的皇上被俞慧心(宋丹丹 饰)救起。

阴错阳差之中，皇上反被误认为水寇首领——混江龙(初星一 饰)……

因贡船于竹山县被劫，竹山县令杭铁生(苏有朋 饰)难辞其咎。密谋夺权的王爷(王岗 饰)封锁消息，企图置皇帝(寇振海 饰)于死地，遂指派太监崔洁押解铁生进京问罪。途中巧遇凝香(王艳 饰)，铁生方知原来凝香未死，且凝香亦表明愿陪同铁生一同入京……

因铁生失职之故，朝廷遂指派朱魁接替其职四处捉拿水寇。此时，被误认为水寇首领的皇上亦被朱魁擒获。而无意间发现皇上身份的崔公公，为助王爷(王岗 饰)夺权大计，便暗令不知情的朱魁欲除去皇上。铁生只得乔装打入水寇内部，并最终赢得首领混江龙(初星一 饰)的信任。

险遭朱魁诛杀的皇上跳河脱逃，幸运地被凝香(王艳 饰)救起。而寒星得知皇上乃杀父仇人后，侍机杀之。因皇上久未上朗，朝中大臣们议论纷纷。此时，朝中大臣严峰(佟瑞欣 饰)与王爷(王岗 饰)暗中起了无形的争斗。就在同时，乔装成水寇的铁生亦发现崔公公与混江龙(初星一 饰)私下有互通之嫌，案情逐渐明朗……

在此同时，凝香(王艳 饰)发现崔公公是叛徒，遂联合铁生用计逼得崔公公在朱魁面前道出了与混江龙(初星一 饰)勾结之事。就在事件逐渐明朗之际，大臣严峰(佟瑞欣 饰)得知皇上微服出巡身陷危难中，而这一连串不寻常的事件，乃是王爷(王岗 饰)为谋夺帝位所预先设好的陷阱……

心系皇上安危的严峰(佟瑞欣 饰)，连夜赶赴竹山县协助铁生办案，与此同时，一向诡计多端的王爷(王岗 饰)却发现了严峰与梅妃(林静 饰)两人之间微妙的关系。而同时，为报灭门血恨，寒星以皇上生命相要挟，逼迫凝香(王艳 饰)让出铁生。身处两难的凝香在其胁迫下，只好假传皇上旨意要求铁生迎娶寒星。

自皇上误遭朱魁所伤落水后，包公公为求自保只得乔装成水寇寻找皇上。在一次偶然机会中，他被寒星捉住，要其为皇上看病。寻得满身是伤的皇上后，包公公便暗中寻找俩人逃脱的机会。

因梅妃(林静 饰)暗中打探出崔公公等人的消息，并将其告知铁生，遂逼得崔公公在混江龙(初星一 饰)面前露出了狐狸尾巴。混江龙虽为水寇首领，却是正直之人，他气愤之余，遂与铁生联手寻求皇上下落。在此同时，洋洋得意的寒星在婚礼即将举行的前一刻，得知铁生与混江龙正打探着皇上下落，气愤之余，在众人面前举刀向皇上咽喉刺去……

复仇失败的寒星被活捉押解进京问斩。临刑前，皇上大义之词打动了寒星。寒星心生愧意，自刎于众人面前。而王爷(王岗 饰)见阴谋败露，用计逼迫崔公公服毒自尽以求自保。同时，他也知道了在梅妃(林静 饰)的身世之谜中，一个叫一枝梅(王斑 饰)的琴师，是了解梅妃与严峰(佟瑞欣 饰)的关键人物，于是进言皇上召此人进宫奏琴献艺，以便了解整个事件。

在皇宫庆贺皇上历尽劫难归来的大宴上，皇上龙心大悦赐梅妃(林静 饰)一颗世间罕有的夜明珠。正当大家观赏之际，突然灯火全灭，夜明珠被人盗走，而现场只遗留一朵梅花。皇上大怒，乃派包公公至竹山县追查一枝梅(王斑 饰)。暗地里，严峰(佟瑞欣 饰)深知王爷(王岗 饰)邀请一枝梅进宫一事乃为了查探出本身与梅妃之间不可告人之密，为怕东窗事发，决意除去一枝梅以绝后患。

在包公公严厉要求下，铁生只得按指示四处捉拿一枝梅(王斑 饰)归案。在公堂一番审问下，铁生深知其中案情复杂，一支梅并非盗贼，遂将其当场释放。包公公得知大怒，遂以圣上钦点钦差身份罢其县令之职，改为补头之衔，另指派师爷陆彦青(赵毅 饰)代为县令。

凝香(王艳 饰)得知另一“戏子一枝梅(王斑 饰)”手上握有失窃夜明珠，待其将夜明珠交付凝香之时，“戏子一枝梅”亦遭不明杀手杀害。而铁生等人赶至戏班子时，方知此一事件绝非单纯“失窃”那么简单，深觉一枝梅乃关键人物。无奈，无知的包公公邀功心切，切处处作梗。

铁生惟有暗中与凝香商议，前往一枝梅出入处——“赌坊”一探究竟。

为探案情而误入严峰(佟瑞欣 饰)心腹大将程万里陷阱的凝香(王艳 饰)，被程万里威胁要地交出一枝梅(王斑 饰)作为交换条件。铁生得知凝香生命危险，于是在押解一枝梅进京问罪途中，再次反抗包公公，并强行带走一枝梅以解救凝香……

经包大海(张双利 饰)之手夜明珠终物归原主，却也因一枝梅(王斑 饰)之死，牵连着铁生母子俩。皇上决意御审此案，另嘱王爷(王岗 饰)与严峰(佟瑞欣 饰)两人共同参与审问。此时，王爷因急于置铁生于死罪，遂向严峰、梅妃(林静 饰)两人表明真相，道出已知梅妃真实身份，要挟两人就范……

因一枝梅(王斑 饰)说出真相，逼得严峰(佟瑞欣 饰)不得不打算与其同归于尽以求梅妃(林静 饰)身世之谜不被揭开。万念俱灰的严峰听信梅妃之言，遂向王爷(王岗 饰)低头以求两人自保。王爷献计，打算将关进天牢的铁生、一枝梅同时炸死，进而夺取大宋江山。严峰正义感油然而生，只身进入大牢，将铁生、一枝梅救起。

因慧心一句无心之话，铁生茅塞顿开，暗中用计让慧心带琴入宫会见梅妃(林静 饰)，进而探出梅妃心思，得知梅妃与严峰(佟瑞欣 饰)有着一段不可告人的秘密。再由凝香(王艳 饰)安排，使得一枝梅(王斑 饰)与梅妃见面，梅妃见事情败露，缓密道出多年来埋藏心中的秘密……

金銮殿上，一枝梅(王斑 饰)为了保全梅妃(林静 饰)而乱言欺骗皇上，但仍蒙蔽不了皇上，事情最后真相大白。梅妃惭愧地自绝于皇上面前，而深明大义的严峰(佟瑞欣 饰)临死前，亦决意与王爷(王岗 饰)同归于尽。