1937年8月，淞沪会战开始，中日战争全面爆发。中日双方投入重兵，激战一个月后，双方均伤亡惨重，战事呈胶着状态，日本“三月亡华”的计划落空了。 为了快速解决战斗，日军参谋本部决定，增派三个师团与海军协同作战，在杭州湾北岸登陆，从后面包围中国军队。作战命令以最新设计出的顶级军事密码发给了上海派遣军松井石根大将，同时派遣特务侦察登陆地点中国军队的防务，做好登陆的先期准备。 但此时杭州湾北岸已成军事禁区，几批日本特务都无法靠近。日本情报部紧急调来刚刚从间谍学校毕业的王牌间谍山本芳子和山本惠子，准备将这对姐妹花空投战区。姐妹二人正是日军军事密码的研制者――东京帝国大学数学系教授山本康夫的女儿。 一心只想成为伟大数学家的山本康夫，为了保护因反战而被囚禁的妻子青田秀的安全，不得不与日本军方合作，用他的数学天赋为军方制订一套全新的密码系统。参谋本部内，小川将军在布置作战任务，惠子认真地听着，心事重重的芳子却溜了出去给母亲青田秀打去了电话。突如其来的打击使山本夫妇陷入了痛苦，这天正好是女儿们的18岁生日，但她改变不了女儿的命运，只能在后方为她们祈祷…… 与此同时，在南京成立不久的密电所内，所长文为均与学生黄永青正在破译刚截获的日方密电。面前有如天书的密电使二人遇到了前所未有的难题，最后在文为均的提示下黄永青最终破解了密码，电文内容正是日军登陆杭州湾作战的详细计划。事态紧急，两人急速将结果紧急送往军委会。 军委会最高长官张诚将军对此非常重视，立刻召开军事会议，但对于这份情报的真伪却难下定论。面对军方的犹豫不决，文为均和黄永青愤然离去。而此时张将军所考虑的是，如果情报属实，国民政府也面临着无兵可调的局面，只有35师驻扎在杭州湾附近。于是他向35师师长林忠强发出了批示，命令林忠强密切关注日军动向，一旦有变，火速驰援杭州湾。同时，军委会调查局行动处副处长王浦江也奉命带领搜索队火速赶往杭州湾搜索日军间谍。 林忠强和文为均是在美留学时的老友，对于他提供的信息，林忠强更是深信不疑，全师处于一级战备状态。此时，惠子和芳子已成功登陆杭州湾附近，她们扮成中国农家姑娘，操着熟练的汉语，顺利通过几道警戒线，来到杭州湾岸边。她们潜入当地守军的指挥部，通过获取的资料掌握了中国军队的数量和防务地点，他们正准备离开，被刚刚赶到的王浦江发现，双方展开了激烈的交火。

危急时刻，惠子以精准的枪法掩护芳子离去。孤军奋战的惠子准备与王浦江做鱼死网破的最后一搏，正当她准备举枪自尽时，芳子率接应的日军间谍赶到。被惠子打伤的王浦江只能眼睁睁看着惠子被同伙抢走。 根据惠子和芳子的情报，日军参谋本部决定了具体的登陆地点。但同时他们也意识到，中国方面已经破译了已方密码，进攻时间必须提前。 日本东京，日军情报部密码所。密码所所长高桥大佐找到密码专家山本康夫，命令他在一天之内研制出新型的密码。女儿生死未卜，沉浸在痛苦中的山本康夫断然拒绝。高桥警告他，正是因为他的疏忽才使中方顺利的破译了密码，如果不能有新的密码代替，他将被送上军事法庭，而他的妻子――因坚持反战立场而被监禁的青田秀的后果更会不堪设想。为了妻子的安全，处于矛盾的他被迫接受了任务，并在第一时间研制出了新的密码。 同一时间，中方的密电所也截获了日军用新型密码发出的电报，黄永青找来了自己最好的学生郭忠良加入了破译，所长文为均在密码中找到了某种似曾相识的感觉，他很快意识到，日军的新型密码正是自己的大学同学和挚友山本康夫的杰作。凭着他对山本康夫的了解，三人很快地破译了电文中的内容――日军将在十一月十日凌晨在杭州湾登陆！ 这次张诚将军已经确信无疑，他通知林忠强的部队迅速赶往杭州湾救援，并排派遣三个师火速赶往登陆地点。 为了保证登陆计划的顺利实施，日军提前动作，中方的驰援部队却没有及时赶到，致使登陆日军的数量越来越多，两天以后，终于对松沪一带的中国军队形成了战略包围。 与此同时，日军参谋本部决定，将上海派遣军与新编第十军组合为华中方面军，共30万人，松井石根大将为司令官，力图围歼集结在松沪地区的中国军队。腹背受敌的中国军队开始大规模撤退，11月11日，上海沦陷，南京局势告急。 此时的林忠强已是寡不敌众，杭州湾所有阵地都告失守，守军已全面撤退，上级命令35师，立刻撤出战斗，火速赶往南京城外，保卫南京城！ 恰在此时，山本康夫随同表兄山本五十六来到中国参加两个女儿的授勋典礼，看着两个被军国主义情绪感染的女儿，山本康夫心情复杂，日军情报本部决定将她二人留在中国继续下一步的军事行动，此时，山本康夫的思绪已飘回二十年前…… 1917年，第一次世界大战席卷欧洲，而此时的美国本土却是一片祥和。 来自日本的留学生山本康夫和来自中国留学生文为均是美国普林斯顿大学数学系的高材生，同窗四年，情同手足，但两人却同时喜欢上了出身日本贵族世家的文学系才女青田秀。微妙的关系让三人陷入了痛苦的抉择。此时导师兰斯教授提出数学难题，山本康夫以青田秀为赌注，如果他赢了，文为均就不能再见青田秀。面对挑战，文为均被迫答应，谁知青田秀的突然来访。原来，山本康夫将向青田求婚，文为均面前，青田秀将自己对他的情感袒露无疑。一边是同窗挚友，一边是心爱的女人，文为均没能给青田秀答复，他陷入痛苦的抉择中。

青天秀的来访打拢了文为均的演算，最终输给了山本康夫，这也意味着他必须履行诺言。 晚上，在山本康夫和青田秀约定的玫瑰餐厅，山本康夫带着玫瑰花和求婚戒指赶到，当着众人的面跪倒向青田秀求婚。事发突然，面对众人的眼光，不知所措的青田秀无奈地接受了戒指，此时站在窗外的文为均黯然神伤。 内心痛苦的青田秀一直灌酒，临走把戒指忘在桌上，这使得山本康夫意识到她并不愿意嫁给自己。山本康夫将喝得烂醉的青田秀交给文为均后黯然离去。同时失去了爱人和挚友的山本康夫回到宿舍写好遗书，决心用短刀象日本武士那样切腹自杀。文为均放心不下，四处寻找山本康夫，发现山本康夫时他已倒在血泊中…… 文为均将山本康夫送到医院抢救。内疚自责的青田秀看到山本康夫留给自己的遗书后大为感动，终于决定接受山本康夫的求婚。青田秀将自己的决定告诉了文为均，为了朋友和自己心爱的女人，文为均痛苦地选择了放弃，二人含泪告别。 失去挚友和挚爱的山本康夫心灰意懒，由于承受不起高额的医疗费用他决心出院。正在此时他的表哥，日本海军军官山本五十六突然到访，他对表弟的鲁莽感到愤怒，并要求他成为国家派遣的留学生和文为均一起学习密码专业，学成以后为大日本帝国服务。但山本康夫痴猜于数学，对密码专业豪无兴趣，而青田秀对自己“虚伪”的感情也让他心如死灰。山本五十六告诉他，只有功成名就之后，才能有资格名正言顺地和青田家族联姻，山本康夫心为所动。他找到文为均，得知他和青田秀确已彼此放弃，山本康夫大为感动，终于在文为均的劝说下与他共同加入了兰斯教授的密码研究小组。 很快，山本康夫和青田秀举行了婚礼，一年以后有了一对双胞胎女儿，惠子和芳子，文为均则成了她们最好的教父。 两年后，美国海军情报部的钱德勒中尉通过兰斯教授找到文为均和山本康夫，希望他们为美国军方服务，并承诺可以保留本国国籍。一心热衷于密码研究的文为均欣然应允，而一心只想成为数学家的山本康夫却迟迟没有做出决定，面临选择的山本康夫收到了表哥的来信，催他回国去到海军情报部报到。陷入苦思的山本康夫找文为均出谋划策，文为均则建议他接受兰斯教授的提议，边参加研究室工作边攻读数学学位，待拿到数学博士学位后留在大学任教，他的表哥也就没办法了！同时文为均又帮他说服了倔强的青田秀，文为均的至情至意令山本康夫感激不已。 三年过后，山本康夫拿到学位，而文为均所在的密码研究室则因经费原因要从大学分离出去，与美国陆军情报部的密码所合并，意味着他必须加入美国国籍。陷入困境的文为均在咖啡厅遇见了西点军校四年级的中国留学生林忠强和毛祖和，以及医学博士陈克。三人都是热血青年，邀请文为均共同回国效力，文为均被三人的爱国热情打动，决定考虑。三人随文为均来到山本康夫的家中做客，遇到同来的驻美国军事武官山本五十六，双方就日本和中国的问题产生了激烈争执，爱国之心更加深切。 山本五十六找到文为均，希望他劝说反战的青田秀让山本康夫回国，因为青田秀的父亲青田直的反战言论早已经使他身陷险境。为了青田秀，文为均勉强答应了他的要求。次日，他给文为均带来了东京帝国大学的邀请信，为了青田秀，文为均欣然接受。三人收拾行李，准备启程。 到达日本后，山本五十六带文为均和山本康夫参观日本海军和秘电室。日本的强大远远越出自己的想象，文为均心情极为沉闷，更加坚定了回国效力的决心。但密电室主任高桥大佐却希望文为均和山本康夫能够加入，却遭到二人的严厉拒绝。

山本康夫如愿以偿地成为东京帝国大学的数学系教授，而应邀而来的文为均却没得到任何的音信，这让青田秀产生了怀疑。文为均将事情的始末和盘托出。聪明的青田秀立刻意识到了这是个陷阱，为了文为均她决心不惜一切帮文为均离开日本。 果然，高桥大佐以接触日军最高秘密为名把文为均扣在了日本，除非他同意为日本军方服务。青田秀苦求父亲青田直各路疏通却没有结果，青田直看出女儿的心事，为了让让女儿安心地相夫教子，他豁出面子，找到因政见不同而断绝来往的首相加腾，求得了特赦令，才使文为均得以离开日本。码头，山本康夫一家前来送行，想到这也可能是与挚友和爱人的最后诀别，文为均怅然若失地登上回国的旅途。 回到国内的文为均发现此时的中国已是风云变幻，军国主义日本虎视眈眈、北伐战争如火如荼、国共合作前途叵测，陈克成了职业革命者，国民军战将林忠强、毛祖和成为了北伐名将。此时的文家早已物是人非，母亲赫然长逝，父亲也是灯干油尽的最后一搏，而一直照料家务的正是他指腹为婚的未婚妻18岁的徐雅兰。病蹋前，文父要儿子和父母双亡的徐雅兰完婚，以报徐雅兰多年照料之恩。而文为均心中却放不下青田秀，婉言拒绝。文父诉令他忘记过去，年内与徐雅兰完婚，心情复杂的文为均离开了家前往上海谋生。 来到上海的文为均却一无所获，由于国内没有学校开设密码学课程，怀才不遇的文为均在上海潦倒度日每况愈下。父亲病重，家产荡尽，收入微薄，甚至面临交不起房租的窘境。穷困交加之际，山本康夫也寄来了最新发表的学术论着，不甘沉沦的文为均决定接受重回美国发展。 就在这时，从家乡赶来的徐雅兰带来了文父病危的噩耗，当心急如焚的文为均匆匆赶回家乡时，文父寿终正寝，魂归西天。文为均对着父母的牌位起誓一定把兰儿找回来。 徐雅兰为了不拖累文为均，悄悄前往南京投奔舅舅。 文为均来到南京寻找徐雅兰的下落，而徐雅兰的舅舅却没能收留她，文为均只得登报寻人，带着遗憾又回到了上海。在上海，文为均遇到了多年不见老朋友陈克，得知文为均的近况，陈克介绍他到南京的国立东南大学任教，在陈克的引见下前往南京东南大学。 1927年“四一二”政变爆发。 毛祖和奉命追捕在上海的共产党员，陈克等地下党员所在的诊所被团团围住，情况万分危急。千钧一发之际林忠强率领部队前来借上峰的命令前来解围。毛祖和立刻对林忠强产生了怀疑，情急之下，林忠强告诉毛祖和陈克也在里面。出于深厚的友情，毛祖和毅然决定率部撤离，使得陈克及其它几名同志全身而退。

1928年，国立东南大学改名为国立中央大学。 文为均受毛祖和的邀请前往国民党军事委员会，此时委员长已经同意在中央大学数学系设立密码专业，张诚将军亲点文为均为系主任。得以施展的文为均很快在校内成立了密码学专业，桀骜不驯的年轻的数学博士黄永青成为了他的学生。 三年以后，1931年7月，第一届密码学专业圆满结业，文为均将最得意的弟子黄永青留在身边，黄永青成为了中央大学最年轻的副教授。 一直寻找徐雅兰未果的文为均从徐雅兰舅舅那里得到了她的消息。原来徐雅兰已从师大毕业，现在成了一名小学教员。心急如焚的文为均驱车赶往学校找人，却扑了个空。 回到南京的文为均继续寻找徐雅兰，而徐雅兰却参加了教育部组织的教师培训，离开了学校。据文为均了解，参加这次教师培训的名单里根本没有徐雅兰的名字。文为均只当徐雅兰不肯原谅自己，黯然离去。 南京，一心剿共的国民政府消极抵抗，日军气势更焰。林忠强因看不惯政府“攘外必先安内”的决策拒绝执行剿共命令，被停职反省。这时，老友陈克的到来给他带来了希望。在对国民党失望至极并看过共产党的公开宣言后，林忠强秘密加入了中国共产党。 日本，青田直为女儿全家办好了去美国的护照，自己则留在国内为反战做拼死一搏，不惜背负“叛徒”之名阻止日军进一步的军事行动。 青田直最终因不顾日本军部的威胁警告而被暗杀身亡，倔强的青田秀坚决决定接替父亲，出任《远东经济时报》社长，并要将反战进行到底。 在学校里被侮辱为日本的叛徒，以母亲为耻的惠子决心带妹妹芳子加入间谍学校陆军中野学校来洗清母亲给家庭带来的耻辱。

惠子和芳子为了能加入陆军中野学校擅自偷出山本康夫的印章，在家长同意书上盖了章，参加了中野学校的考试。经历了一道道近乎非人的残酷测试后，惠子和芳子两姐妹都被中野学校录取了。 青田秀的“过激”言论终于惹怒了日本军部势力，被日本宪军逮捕。突如其来的厄运使山本康夫忧心如焚，他向已是日本航空部部长的海军中将山本五十六求助，而迫于军部的压力和举国狂热的战争情绪，山本五十六也爱莫能助，青田秀已经进入陆军部的黑名单，除非她停止一切反战活动，否则后果不堪设想。 面对妻子的无故被逮捕，山本康夫仍然幼稚地想通过法律手段解救妻子，但看透时局的青田秀却不抱任何希望，不顾一切地坚持反战观点。 山本康夫自己的两个女儿要参军的消息非常震惊，面对被军国主义洗脑的女儿，山本康夫感到了迷茫和困惑。 1935年，国民党军事委员会副秘书长张诚将军向文为均发出了蒋委员长的指示，由他出任即将成立的军委会密电检译所中将所长。身为文人的文为均愿意为国效劳却不愿当官，但中日一战难以避免，在毛祖和的一番恳谈之后为了国家利益他最终决定弃笔从戎。 南京中央大学。林忠强的两个女儿都在这里上学，姐姐林平参加了抗日剧团的演出，每天都在紧张的排演各种抗日剧目。妹妹林琴刚刚考上大学政治系，开学第一天便认识了风流倜傥的年轻教授黄永青，并对他一见钟情，而心怀师道尊严的黄永青却拒林琴于千里。 姐姐林平则在剧场认识了打入调查局的地下党员王浦江，并在随后的交往中渐渐产生了感情。 为了保证密电所的决对安全，调查局局长厉峰欲以最稳妥的方式在文为均身边安插眼线，他手中拿着一名特工的档案，姓名一栏清楚地写着徐雅兰……

文为均再次出现在中央大学已是一身戎装，成为了军委会密电所所长，中将军衔。他的任务是二十四小时监听日军情报，尽最大努力，力求全面准备掌握日方所有信息，张诚将军为他提供了一切便利。为寻找合适的搭档，文为均找到黄永青，希望他能加入密电所，但独来独往的黄永青却一心留在学校里任教，拒绝了他的要求。 消失多年的徐雅兰再次出现，29岁的她已经成为一名小学教师，而她的另一个身分却是调查局特务。厉峰单独约见了她，要求她回到文为均身边，监视他的行动。她的身分已被调查局重新安排，为了绝除隐患，调查局特务将她的舅舅和舅妈杀害…… 为了救妻子，山本康夫找来了日本最好的律师，但被军国主义情绪笼罩的日本却没有一个人愿意站出来为青田秀辩护。山本康夫焦头烂额，芳子将报考中野学校的事告诉了父亲，得知了女儿报名军校的事山本康夫万分震惊，他带着女儿来到中野学校了解情况，得知中野学校原来是培养高级间谍的专业军事院校，山本康夫呆若木鸡，山本康夫无法理解她们的举动，看着惠子坚决的表情，他举起了手却迟迟没有落下…… 心急如焚的山本康夫恳求校长小川将军放过两个女儿，小川将军告诉他，他有权力带走自己的女儿，但他的两个女儿，特别是惠子是难得的人才，如果能留下将来一定会成为一名优秀的间谍，而最重要的青田秀也能因此获救。 原来小川将军早已与情报本部联系过，这次谈话也是情报本部的授意。小川将军告诉他，如果法院开庭，青田秀必定以叛国论处，必死无疑。一边是女儿的前途，一边是妻子的命运，山本康夫陷入了沉思…… 无奈的山本康夫带两个女儿来到了监狱，不及开口，惠子就将一切和盘托出，她告诉青田秀，父亲已和军方做了交易，用她们的加入来换取母亲的平安。面对这样的事实，青田秀大惊失色，无论山本康夫如何解释都无法说服妻子，悲痛欲绝的青田秀提出了离婚，在她看来只有这样才能消除自己带给女儿的“耻辱”，这样她们就能正常的生活。她告诉山本康夫，自己根本就没有爱过他，自己早已心一直是属于那个人的。妻子的话让山本康夫想起了文为均，他面无表情盯着青田秀，突然转身走向房门。 对青田秀的审判还没有开始，小川将军拿着判决书找到山本康夫，青田秀被判终身监禁。原来，法院已受军方的授意，审判结果只是照本宣科而已。小川向山本康夫提出了条件：如果他能为日方研制新型密码，那他就可以把妻子带回家看管。为了妻子的安全，山本康夫不得不点头默许，而他的两个女儿却无可避免地走上了间谍之路……

青田秀被山本康夫接出了监狱，日本军国主义势力的无可逆转，甚至连自己女儿的命运也改变不了，丈夫也被一只无形的手拽着，逐渐走向战争，她已心如死灰。 在厉峰的安排下，徐雅兰终于“偶遇”文为均。早已经被军新统“洗心革面”的徐雅兰，成为了一名年少的寡妇。在调查局的安排下，文为均的佣人被调查局支开，徐雅兰再三要求，一直对她心存愧疚的文为均把她留在身边，但却拒绝以主仆相称。 林平和王浦江感情日臻，林平要带王浦江见父亲，王浦江心向往之，他也将此事报告了直接领导陈克。他告诉陈克自己对林平的感情，并打算将林平发展成党员，本以为陈克会支持自己的决定，却没想到通情达理的陈克这次却没有理由的一口回绝，并要他告诉林平，自己“调查局特务”的身分，彻底断绝和林平的关系。王浦江强忍心中的悲痛，服从了组织的安排。 陈克心里很清楚，他们的一切行动都是为了保护核心秘密党员林忠强，不能因为个人的情感破坏全局，这种选择也是无奈的。他找到林忠强，把事情告诉了他，原本对王浦江十分欣赏的林忠强此时也不得不痛下决心，断绝女儿的“幸福”。

一场“负心”行动开始了。林平再见到王浦江的时候，他已是一身戎装，面对林平吃惊的眼神，他把将自己调查局特务的身分“如实相告”。他告诉林琴，自己从未动过真情，和她交往只不过是逢场作戏，真正的目的是为了调查她身边是否存在地下党员。听到这里，林琴几近崩溃，同样痛苦的王浦江却无法表达心中的悲冤，转身含泪离去…… 满怀忧愤的王浦江接到了厉峰的命令，带领手下端掉了日本特工的据点。忧愤交加的王浦江将怒火喷泄欲出，连夜对俘的日本特务严刑逼供，面对王浦江的残忍，惊恐的日军特务终于开口…… 这一切早已被密室中的厉峰看得一清二楚，他对这个出手狠辣的年轻人大加赞赏，奠定了王浦江在调查局中的位置。 徐雅兰对文为均仍然怀有感情，她对自己欺骗了文为均的感情感到自责，她向厉峰提出想要退出此次行动，却遭拒绝。 文为均带黄永青参观军委会密电所，黄永青看到军委会灯火通明，正是在做大战前的准备。黄永青受到感召，欣然接受了文为均的邀请，成为了密电所二处处长，少将军衔。 1936年12月，西安事变爆发，在中国共产党的积极努力下，蒋介石被迫同意停止内战，联合抗日。 西安事变七个月后，七七事变爆发，日军开始全面侵华战争，历时八年的抗日战争由此开始。 时间回到1937年11月，此时的文为均在“黑室”中与黄永青把酒浇愁。黄永青坚信自己所破译情报的价值，他认为正是军方的犹豫不决才导致了今天的败局，义愤填膺的黄永青毅然离开密电所，文为均苦留不住，只得任他离去。 江宁镇防区，林忠强正在视察阵地，毛祖和突然来访，已经是军委会机要室主任的他想为林忠强请一道委员长密令，让林忠强的部队撤到江北，一方面，为了林忠强的个人安危，一方面，也是蒋介石的授意。林忠强感谢毛祖和的好意，但作为一名军人，此时此刻更应战死沙场以明其志。 傍晚，陈克找到林忠强，代表党组织找他谈话，同样是要求他安全撤离阵地，但林忠强亦然拒绝，他告诉陈克，自己虽然是一名中共地下党员，但他更是一名中国军人，国家危难之际，誓与阵地共存亡。离别之际，林忠强将两个女儿托付给了陈克。 南京郊外，惠子和芳子又换上了中国姑娘的装束，惠子和芳子跟随特工队，混入中国难民中，提前进入南京城。小川将军邀请山本康夫怀一同观看战争的“盛况”，希望以此激发出山本康夫的爱国热情，面对即将出发的女儿，山本康夫陷入了沉思。

山本五十六与山本康夫深谈，告訴他只有靠戰爭才能让大日本帝国变得强大，而他的才智只有在这場戰爭中才能得到最大的發揮，做为一个日本人，这也是他應該做的，听到这里山本康夫陷入了思考。 林忠强深夜赶回家和女儿作最后的诀别，父女三人刚刚见面，远方传来了炮声，林忠强告诉女儿，到时他的朋友陈克和王浦江会来接她们，说完纵身跳上吉普车赶往前线，两姐妹含泪目送父亲的吉普车远去。 大战将临，林忠强的老同学蒋介石的亲戚毛祖和也赶到阵地，传达委员长秘密指令，要他将阵地交给友邻部队，立刻率部转移，林忠强拒绝，防守南京的部队均为溃败之师，军心已乱，自己一撤，势必引发混乱，南京将立刻陷落。几乎就在此时，日军开始进攻，林忠强立刻冲上阵地，南京保卫战开始了。 陈克与王浦江赶到林忠强家，寻找林忠强的两个女儿林平和林琴。林平和王浦江这两个曾经的恋人无言对视，林平拒绝与王浦江同行。在陈克的劝说下，林平找妹妹商量，可林琴却不知所踪，林平心急之余想到了黄永青，林琴一定是去找他了，二人乘车四下寻找。在炮火声中。日军的炮弹落下，王浦江不顾危险，保护林平。 密电所紧急撤离，但飞机座位有限，文为均让徐雅兰马上出城，约定在武汉汇合。 林琴赶到密电所找黄永青，从文为均那里得知黄永青已离开，正好遇到赶去寻找黄永青的郭忠良，二人赴中央大学找人。 途中，二人被毛祖和无意中发现，林琴拒绝离开，她要寻找黄永青。

南京城外，守军正浴血奋战，但双方力量悬殊，各条防线相继告破。林忠强亲自冲上阵地，率队与日军搏杀。但大批日军已涌入城门。 林忠强终于战死在阵地上，南京城陷落了。 惠子和芳子带领先遣部队入城，开始向逃难的人群射击，正好被逃难的黄永青撞见，千钧一发之际，郭忠良和林琴赶到将他救下，三人躲进一处居民楼内。惠子命令向居民楼内开枪，林琴保为护黄永青而负伤。正在千钧一发之际，大批日军开始进城，惠子放弃了追赶，带队向城里开进。 日军全面攻陷南京，在小川将军的陪同下，山本康夫观摩了战争的“壮景”，终于，他穿上了早已为他准备好的日军军服…… 寻找林琴未果，王浦江、林平二人按陈克部署的路线撤离。二人独处，林平似乎找回了恋爱时的温存，当问到黄浦江为何弃她而去时，王浦江只得忍痛再次伤害了林平。林平并不知道他内心的苦衷，神情恢复了冷漠。 王浦江把林平送上事先安排好的渔船上，看到黄浦江并未随自己一同上船，林平又气又急，而王浦江的身影却渐渐消失在夜幕中。 进城的日军开始了举世震惊的大屠杀。在黄永青建议去南京大学英文系教授怀特家避难，三人在撤退中被日军发现，为掩护二人撤退，林平不顾安危冲出了巷子引开了敌人的视线。在怀特教授的保护下，黄、郭二人借英国政府之名逃出魔掌前往重庆，林琴却生死未卜。 芳子随父亲回国供职，惠子却接受了新的任务，参谋本部命令她化妆成中国难民悄悄潜入重庆，长期潜伏。

1940年，随着作战地区的不断扩大，日军侵华战争陷入持久作战的泥潭。同时也激化了与英美的矛盾，重要战略物资的进口受到限制，日本国内经济受到严重影响。 1940年9月，日本与德国、意大利三国同盟条约在柏林签字。 日本，山本康夫家。山本康夫将新研制成功的“紫光一号”密码交给山本五十六，并告诉他接下来的二号、三号也在酝酿当中。山本五十六对山本康夫的努力大加赞赏，并要求他在一年必需将最高级的“紫光三号”研制出来提供日本联合舰队使用。恰在此时，回到中野学校从事文职工作的芳子带恋人小野平突然来访，青田秀对这个诚实正直的小伙子很有好感，但想到身处前线的惠子和战争带来的无尽杀戮，青田秀犹豫了。 深夜，芳子来到了父亲的房间，山本康夫一眼就看出了女儿的想法，为了女儿的将来他拒绝女儿和小野平来往，他深知作为一个特工，必定会身处险境，小野平不可能像芳子一样留在后，。女儿和小野平的真爱终于打动了青田秀，她和女儿一起跪在地上说服丈夫把小野平留在后方，处于矛盾的山本康夫答应试一试。 新研制的“紫光一号”立刻为日军驻汉口的航空兵使用，而为轰炸机导航的正是潜伏在重庆，化身青山茶馆老板娘的惠子。 黄永青、郭忠良一行人等顺利抵达重庆，徐雅兰也回到了文为均身边，此时的她已经对文为均有了感情，文为均对她却只有愧疚之情丝毫没有爱慕之意，而黄永青此时满脑子想得却是生死未卜的林琴，她对林琴已悄然生情，对于郭忠良新截获的日军密码却无心破译。 日军轰炸机对重庆展开了毁灭性的轰炸，连最高军事统帅蒋介石的安全也受到了威胁。已是军委会调查局行动处处长的王浦江临危受命，对潜伏在重庆的日军间谍展开全面搜捕，而为飞机导航的却是被日本间谍雇佣的不明真相的当地儿童，而真正的幕后主使却迟迟没有浮出水面，调查局对此一筹莫展。

军委会张诚将军对于日军的轰炸极为震怒，他意识到密码的破译工作越来越重要，因此他以军委会的名义发出了命令，将国民政府所有的密电机构统一合并进军委会密电所，文为均任所长，黄永青任秘书长兼破译组组长，郭忠良则成为了破译组副组长。密电所重新组建，各方势力也派出了自己的亲信，毛祖合作为委员长的亲信出任第一副所长，而调查局厉主任也派出自己的亲信，汪伪叛将韦国平进入，成为了密电所副所长，此时的文为均已经意识到，他只不过是个“空壳”，他已被毛祖和与韦国平架空。 文为均几次为徐亚兰介绍军内的少壮派军官都被拒绝，面对感情，二人再度陷入尴尬。厉峰约见徐雅兰，告诉她计划改变，要她努力让文为均爱上自己，并成为文太太。厉峰威胁徐雅兰，如果她不这么做，他就将她的身份告诉文为均。想到让文为均会因为此事终生鄙视自己，百感交集的徐雅心绪难平。 毛祖和带来了消失已久的林平，她成为了黄永青的机要秘书。黄永青对这个救命恩人早已有了好感，但此时的林琴却一反常态，对黄永青越发冷淡，对于她的反常，百思不解的黄永青陷入了痛苦，对她的感情更加执着。 原来，南京失守后，毛祖和几经寻找，终于找到了失踪已久的林琴，并把她送入长沙军事学校接受特殊训练。现在已经是中尉军衔的她早已成为毛祖和的亲信被安插到密电所中。特殊的身分已使她身不由己，对黄永青的感情只能深埋心中。 密电所的人员设施已配备齐全，文为均携黄永青带毛祖和与林琴进行参观，面对冷漠的林琴，黄永青似乎心不在焉。毛祖和办公室内，毛祖和与文为均相对而坐，毛祖和将密电室的“内幕”和盘托出：密电所几方势力云集，而文为均却不受影响，所以才让他出任所长，他同时提醒文为均，调查局特务无处不在，不要让他们抓住把柄，更重要的是，虽然抗战期间一致对外，但共产党才是心腹大患。

根据毛祖和提供的情报，密码破译已有了突破性进展。破译工作迫在眉睫，在黄永青的提议下，军委会成立了专项小组，黄永青任组长，郭忠良任副组长，全力破译密电。为了配合破译，调查局也加紧了对日军潜伏间谍的搜捕。 1941年初，延安。被陈克救回的林平已从鲁艺毕业，成为了一名八路军战士。陈克要将她派往重庆的八路军办事处。得知妹妹林琴也在重庆，她欣喜万分，但为了任务她却暂时不能和林琴相认，更痛苦的是她还要面对至今还留有感情的王浦江…… 此时的山本康夫已成为紫码情报中心主任，女儿芳子也成为了紫码中心的一员。芳子接到了间谍“豌豆尖”的密报，中方已经掌握了紫光密码的名称，密电所的所正式是文为均，山本康夫脸上的笑容顿消，他明白将来的“战争”将是棋逢对手。 芳子肯求父亲能把小野平留在日本，并加入紫码中心，已是日本军人的山本康夫同意了女儿的请求，但这并不意味着小野平会留在后方，他只能加入行动科接受更为危险的任务。在他看来，一个日本男人最好的归宿只有战场…… 晚上，山本康夫回到家，把一张当年二人和文为均的照片递到妻子手中，青田秀一下明白了。妻子顽固的反战立场和对文为均不变的情谊让本康夫怒火难平，他在青田秀面前发下毒誓：不惜一切代价，彻底消灭对手……一生的对手，这就是生死对手！

密电所的破译又有新的进展，林琴有了文为均颁发的特别通行证，可以随时出入密电所的核心---黑室，这也让密电所的关系更加微妙。惠子接到了新的任务，日军情报本部要求他们掌握密电所的情况和地点，而对于紫码中心掌握的情况看，他们也意识到有着比他们保密级别更高的潜伏特务在重庆，就在给紫码中心每天例行发报的过程中，王浦江的特工小组也越来越近了…… 王浦江带队继续寻找日军间谍，通过最新型的监听车，终于索定了青山茶馆。王浦江走进茶馆打探消息，惠子隐入后堂，后堂中的日军特务荷枪实弹，情况危机，一触即发。惠子的助手川岛化身茶博士上前招呼王浦江，用地道的四川方言跟王浦江周旋。王浦江心生疑窦但却无实据，转身离开了茶馆。 惠子自知此地已不再安全，连夜撤离，更换了指挥部，并向山本康夫发去了电报…… 对于惠子发来电报转移的消息，山本康夫大为疑惑，但在一个月内破译紫光密码却是不可能的。情况危机，小川将军决定启用最核心的王牌---潜伏在重庆的豌豆尖。此事山本康夫已经意识到潜伏在重庆的“郁金香”就是自己的长女惠子…… 深夜，山本康夫被噩梦惊醒，细心的青田秀也意识到这与惠子有关。山本康夫将一切告诉了妻子，但紫光一号已到了关键时刻，作为间谍惠子已经没有了回头路。夫妻而然促膝长谈，青田秀告诉丈夫，现在的日本已是穷途末路，这也是当初自己和父亲极力反对战争的原因。虽然坚信日本最终会胜利，但山本康夫并非不担心女儿的安全，但现在他所能做的只有默默为她祝福。 王浦江于次日带队来到青山茶馆时，茶馆已经人去屋空。王浦江进行搜查，发现日本间谍留下的证据。

川岛和惠子也在看热闹的人群中，他对惠子的警觉与果断极为钦佩，并袒露了自己对她的爱意，但惠子却冷静的告诉他，他还不如自己手里的一支手枪。就在二人撤退时，被警觉的王浦江发现，惠子掩护川岛撤退，随后而来的调查局特工将惠子团团围住，一场激战在乡间小路上展开…… 千钧千钧一发之际，川岛带日本特工前来解围，使得惠子成功脱险。这时王浦江感觉到自己的对手是无比的强悍。 韦国平到密电所报到，厉峰再三催促文为均给韦国平颁发特殊通行证，让韦国平正式进入工作，这就意味着调查局的一条腿已经插了进来。文为均左右为难之际，又发现徐雅兰不辞而别，四处寻找全无消息。文为均这才意识到，他的生活中不能没有徐雅兰。 厉峰同样不知道徐雅兰的下落，下令秘密搜寻，但一连几天均无结果。 此时徐雅兰已经离开重庆，在偏僻的乡下小学开始教书。 文为均与黄永青把酒浇愁，二人在同病相怜中，从对方身上得知启示，他们都爱上了自己曾经忽视的女人。 为了阻止韦国平进入黑室，黄永青想出办法，取消了特别通行证进入黑室的特权，就连林琴也不能例外。但为了让林琴留在身边，他决心向文为均建议让林琴加入破译工作。让林琴加入黑室并非单纯地出于个人感情，更重要的是，比起厉峰毛祖和更为光明磊落，这样也可以利用毛祖和的力量牵制调查局。 林琴的冷漠与神秘，激发了黄永青的好胜之心，仿佛又回到了大学校园，他又重新焕发出往日的机智与工作热情。 林琴此时也陷于痛苦之中，她当然感受到黄永青的变化，她也一直深爱着黄永青，但她肩负的秘密工作，使她必须控制住自己的感情。毛祖和也意识到了林琴对黄永青的感情，但调查局的人无处不在，他提醒林琴不要留给厉峰任何的口实，和文为均、黄永青联合抵制调查局无疑是最好的选择。

身为密电室副主任，韦国平却没有进入黑室的权力，这也让他大为光火，他单独约见林琴，提出和调查局合作，但于公于私林琴都无法接受，她委婉地拒绝了。虽然软硬兼施，但始终没能让林琴就范，韦国平开始暗自对林琴下手。 黄永青状态恢复，在他的指导下，郭忠良破译速度大大加快，他们一连几天，吃住都在黑室里，在此期间，林琴密切关注黑室的一切，并主动照顾他们的生活。 紫光一号终于被成功破译，兴奋的林琴情不自禁地拥抱了黄永青，二人的关系似乎拉近了很多。 密电所根据破译的密码，掌握了日军汉口机场的行动规律。同时也掌握了郁金香间谍小组和紫码情报中心的大量线索。 张诚将军要求将破译“紫光密码”的消息全面封锁，为了不节外生枝，就对连厉峰都要严格保密。根据情报，张诚将军亲自布置，以优势兵力，准确拦截轰炸重庆的日军飞机，击落多架。 张诚将军为密电所庆功，特别嘉奖了黄永青和郭忠良，除了“郁金香”，密电所还掌握了“豌豆尖”的名字……前方战报传来，此时的厉主任却已意识到紫光一号已经成功破译。作为情报部门的首脑，他对于“紫光密码”破译一事却毫不知情，厉峰大为恼火。 为了破获重庆的日军间谍网，张诚将军决定密电所与调查局组成联合行动小组，由郭忠良与王浦江负责。王浦江周密布置，这一次，他绝不会再让郁金香逃脱。 密电所截获到郁金香与紫码情报中心的往来密电，预先掌握了郁金香的行动计划。 王浦江报告：根据刚刚截获的三份电文，初步可以确定：第一，密电所就是郁金香的目标；第二，对方将在明天对密电所采取行动；第三，行动的内容可能是监视，也可能是武力袭击，密电中还透露出了一个新的名字――“豌豆尖”，而这个豌豆尖可能就在密电所中…… 厉峰找来韦国平，告诉他代号“豌豆尖”的潜伏间谍可能就藏在密电所，并要求他严密监视所有可能涉密人员的动向，而韦国平的表情却显得很不自然。

深夜，韦国平家。韦国平与妻子胡茵梅乔装而出，来到了一间密室。韦国平让妻子以郁金香的名义发出了一份电报――“下雨了，换把伞”。 日本紫码中心接到了郁金香的来电，但其中的暗语却没从来没被使用过，山本康夫大为震惊，迅速向情报本部报告，各方面的证据表明，只有一种可能：发报人就是“豌豆尖”，而密电所已经破译了紫码一号，郁金香处境危险。 深夜，郭忠良送来了刚破译的电报，电文内容正是韦国平发出的“下雨了，换把伞”。此时文为均已经意识到，破译密码的消息已经走漏。深夜的密电所警笛大作，灯火通明，王浦江带着警卫对密电所所有可能涉密的人进行了调查，韦国平成为了最可疑的对象。厉峰得知了这个消息大为光火，但他并没有怀疑最信任的韦国平，但调查无果而终，他希望韦国平能尽快查清真相，洗脱对调查局的嫌疑。 日本紫码中心，已经是联合舰队司令的山本五十六大将对紫码一号的被破十分恼火，他告诉山本康夫，日美一战无可避免，联合舰队已做好了先发治人的准备，紫码一号的破译无疑摇了即将进行的重大军事行动的决心，紫光二号的启动时间也就此提前。他要求山本康夫在“紫光二号”之后研制出供日本海军使用的绝密顶级密码“紫光三号”，而此时的山本康夫也几尽疯狂，将全部精力投入到密码研制中。 几方紧急商议对策：提前启用“紫光二号”密码，为了确保供郁金香小组和豌豆尖的绝对安全，山本康夫要求派遣间谍空投到重庆，为郁金香小组和豌豆尖送去紫码二号密码本。出于种种原因，他选择了小野平。 芳子与小野平的感情日趋稳定，青田秀也很喜欢这个沉默正直的年轻人。 但小野平也有苦恼，他明确芳子的苦心，但身为日本男人和中野学校毕业生，他别无选择，不能靠女人的关系苟且偷生。 晚上，山本康夫举行加宴邀请小野平。对于父亲的一反常态，芳子既高兴又担心。餐桌上，山本康夫将小野平空投重庆的任务和盘托出，他已经将小野平当成了山本家的男人。 芳子与青田秀试图阻止，但山本康夫和小野平慷慨激昂态度坚决。 小野平连夜从日本起飞，于次日夜间，被空投到重庆。 但如何通知郁金香和豌豆尖与小野平接头，山本康夫大费周章。他通过电台使用大量暗语与接应的郁金香小组发出接头地点和时间。

郭忠良虽然监听到了广播的内容，但对这些暗语一筹莫展。 文为均对山本康夫和日本文化非常熟悉，终于，黄永青在文为均的提示下从暗语中猜出了对方的接头地点，但离接头时间已所剩无几。十万火急，王浦江与郭忠良立即率队赶往接头地点。 王浦江赶到时，小野平已于先到的“豌豆尖”韦国平完成了交接。韦国平掩护小野平撤退，王浦江看自知已经扑空，立刻率队赶往第二个接头地点。 王浦江与郭忠良乔装来到第二个接头地点，这是一家乡间的茶馆，坐在里面的小野平立刻引起了二人的注意，随后赶到的大部队立刻将茶馆包围，大群特工向小野平围了过来。危机时刻，前来接应的惠子提前出手，川岛率间谍增援，惠子和小野平成功脱身。 为了成功保护小野平出城，惠子躲进了一间民屋，假扮民妇，成功地骗过了追兵，但屋子的主人和孩子却被她手下的特务无情地杀害…… 看到惠子的暴行，小野平受到了前所未有的震撼，他发现同是一母所生的姐妹，惠子远没有芳子那幺善良，他对惠子的态度也发生了改变。而惠子也有自己的初衷，她要让小野平平安地回到妹妹身边。

一个月之后，历经艰辛的小野平终于又回到了日本，芳子百感交集，紧紧抱住了失而复得的爱人，而小野平却表现出了冷漠，芳子和姐姐长得太像了，每当看到芳子，他都会想起惠子的残忍，而作为一个日本男人，自己在战场上表现出的懦弱，又使他的自尊受到了打击，面对双重的煎熬，他终于向芳子提出了分手。面对突如其来的打击，芳子的心情彻底跌到了谷底…… 陈克带林平来到重庆，为她重新编织了一套全新的履历——当初在南京与妹妹失散后，林平几经波折，始终没能冲出日本人的占领区。几年来，一直留在沦陷区艰难度日，直到最近，才终于历尽艰辛，来到重庆。 在陈克的安排下，林平并没有马上与林琴见面，她在国立图书馆找到了工作，这当然也是组织上的安排。 陈克与郭忠良秘密接头，要求郭忠良将密电所破译的日军密码尽可能及时全面地交给地下党，并向他介绍了单线联系人林平。 郭忠良向陈克报告，密电所现在每天都破译大量日军密码，但由于严格的管理制度，自己无法将所有破译内容记住并带出密电所。唯一的办法是，郭忠良利用职务之便，将上报文为均的全套记录在下班偷偷带出，连夜抄写完毕后，于第二天上班时，再交给文为均。 为了避免嫌疑，陈克让林平与郭忠良假扮夫妻。只要在开始阶段瞒过林琴，林琴的特殊身份，将成为林平的保护伞。更重要的是，毛祖和是蒋介石的心腹大将，地下党极需要通过林平和林琴，尽可能多地掌握国民党核心情况。 陈克秘密约见王浦江，告诉她林平已经来到重庆，听到这个消息，王浦江非常激动。但陈克告诉他，在这种环境下更要控制自己的感情，现在她与郭忠良是假扮的夫妻，而王浦江的任务是暗中保护二人顺利完成工作。面对昔日的恋人，王浦江的身份变得很微妙，既要保护昔日的恋人，又不能暴露身分，他痛苦地克制着自己的感情。 韦国平虽然是密电所的副主任，但却始终无法打入密码破译的核心环节，这也让厉峰如坐针毡。深夜，厉峰召见韦国平共商此事。 韦国平建议，如果想打入密电所，就要从两个人下手，一个是文为均，一个则是林琴。而文为均是密电所的核心，对他下手自然不是最好的选择，林琴自然成了他们的目标。厉主任手中已经掌握了她在长沙军校时的档案，而在她失踪那几年的事却无人知晓，韦国平受命利用在南京汪伪政府的关系追查此事。 黄永青约林琴共进晚餐，黄永青吐露了她对林琴的感情，可能是因为喝过酒的缘故，林琴再也控制不了心中的感情，两个人终于相拥在一起，但很快地，她又恢复了理智，这不仅仅因为她身份的特殊，而更重要的是她失踪几年里那段不堪回首的记忆……

林琴发现，密电所中存在很重大的安全隐患，每天收集的密码由郭忠良保管，第二天才送到文为均和黄永青手中，林琴将此事告诉了毛祖和，虽然还没有什幺疑点，但此人没有任何污点与破绽，甚至连感情流露都极为罕见。他工作非常努力，和所有人都保持良好关系——这样近乎完美的人，是不正常的，林琴直觉告诉她，郭忠良应该有秘密。 林琴来找黄永青，黄永青对昨天的事向林琴道歉，而林琴却表现得异常冷静，这让黄永青感到很不舒服。林琴告诉黄永青自己怀疑郭忠良将当天破译的电报带出，黄永青对林琴的说法十分反感，为了证明郭忠良的清白，黄永青打开了郭忠良的文件柜，结果装电报的卷宗还在，林琴欲打开检查，却被黄永青阻止，这是他最后的底线，林琴看到黄永青态度坚决，只好作罢。毛祖和还是让林琴密切关注郭忠良的动向，如果真的有问题，一定要先下手为强，不能让厉主任抢先一步。 长年的地下工作经验，也使郭忠良敏锐地觉察到，林琴对自己有了疑心，尽管他并未露出任何破绽，他向陈克报告了林琴对自己的怀疑。 为了任务的顺利进行，于是，一场经过精心编排的姐妹重逢开始了。

紫光一号的成功破译，使调查局加快了控制密电所的步伐与力度。 厉主任催问“紫光二号”的破译时间，并对密电所的破译水平提出了置疑，并把聘请外国专家的事宜提到日程上来，这使文为均君和黄永青大为恼火。厉峰的提议表面上是为了加快密码的破译，其实更深的意味是，外国专家的到来意味着调查局将会直接接触密码的破译工作。毛祖和意识到这是厉峰的一个圈套，如果美国专家破译了紫光二号，那幺调查局就功不可没，而自己和文为均就会被边缘化，但密码破译刻不容缓，毛祖和只得默许。 郭忠良与林平的会面，林琴暗中跟踪郭忠良，警觉的郭忠良早有察觉，他停下车来到林琴的车前理论，这是林平从郭忠良的车上走了出来…… 姐妹相逢，分外喜悦。林琴对姐姐的经历并不怀疑，她自认最了解姐姐，更重要的是，她现在极度喜悦和兴奋，林平的突然出现，使她终于有了亲人。 林平带林琴回到她与郭忠良的家。她告诉妹妹，自己和郭忠良是在图书馆相识，二人很快产生了好感，而林琴却怀疑姐姐对郭忠良的感情，毕竟王浦江是她的初恋。但对于王浦江，林平总是闭口不谈，这让林琴产生了怀疑。在南京逃亡时，王浦江对林平的关心也让林琴看在眼里，她不相信王浦江真的忘记了林平。 学校派徐雅兰到重庆购买教材和文具，徐雅兰控制不住自己，来到文为均家门外，长久凝视。而她却不知厉峰在四处寻找她的下落，一直派人严密监视文为均的住处。当她离开时，已被调查局特工秘密跟踪。

对于林平的再次出现，毛祖和也很高兴，林忠强的两个女儿终于都平安了。他举行家宴庆祝林平的归来，文为均、黄永青带郭忠良前来祝贺。饭后，毛祖和与文为均促膝长谈，告诉他调查局将聘请美国专家的事，而他没想到的是，心存坦荡的文为均欣然接受。 徐雅兰回到乡村学校后，厉峰突然出现在她面前。徐雅兰虽感惊讶，但并未露出害怕之色，她早已预感到会有今天。徐雅兰告诉厉峰，她对自己所做的一切已经厌倦了，她不想欺骗文为均，也不想再和不爱自己的人继续在一起。 厉峰并没有动怒，只是提醒徐雅兰，根据她失踪后文为均的表现，可以断定，文为均已经离不开她了，或者可以说，已经爱上她了。徐雅兰为之所动，长久沉默。 厉峰告诉徐雅兰，自己不会勉强她。他将把徐雅兰的地址告诉文为均，如果文为均亲自来接她，说明自己的判断是正确的，如果徐雅兰不想见文为均，可以再次失踪，自己绝不会阻拦。徐雅兰度过了一个不眠之夜。 厉峰深夜造访文为均，将徐雅兰的下落告诉了他。文为均也同样度过了一个思绪繁杂的夜晚，经过一夜思考，终于决定，亲自去接徐雅兰。而徐雅兰也终于决定，要见文为均一面后再决定去留。当然，她不会知道，厉峰早已下令，如果徐雅兰提前出走，调查局特工会将她就地处决。 文为均与徐雅兰终于在乡村重逢，久别重逢感慨万千，二心中的感情呼之欲出。文为均恳切请徐雅兰回家，并郑重表示，要娶她为妻。徐雅兰终于含泪同意。 徐雅兰苦尽甘来，沉浸在幸福之中。而此时厉峰才告诉她，她的任务要继续进行，否则要将真相告诉文为均。徐雅兰过去并不害怕这一要挟，但此时，这却成了致命的威胁。 陈诚将军召见文为均，希望由文为均出面到香港正式邀请钱德勒到中国。文为均与钱德勒当年有过交往，作为美国军方密码界的创始人，他有过辉煌成绩。但后来与军界高层发生矛盾，刚四十多岁就一怒之下退役了。文为均对钱德勒印象很好，也一直在关注此人动向。美国军方的密码破译水准总体高于中国，但钱德勒已经退役，离开军方的资源，钱德勒的能力将大受影响。张诚将军告诉文为均，此次让文为均前去香港的目的正式要让他考察钱德勒的水平，而他之所以批准厉峰的建议，并不是怀疑密电所的能力，只是借此试探美国军方的底细。美国人的注视力似乎全在欧洲战场，对日本的步步紧逼一直持模糊态度。而国民党要想取得抗战胜利，必须得到美国的全力支持。 与此同时，豌豆尖将此情报通知了山本康夫。

山本康夫决定，亲自前往香港，会一会文为均和钱德勒两个老朋友，如有机会，他会劝说二人为日本服务，否则文为均只有死路一条。临时前，山本康夫心情复杂，他突然决定带青田秀一同前往。 文为均终于在内心里接受了徐雅兰，对于青田秀的感情已深藏心底，徐雅兰也深爱文为均，正是因为对文为均的爱才受到厉峰的控制。她提出要和文为均前往香港，这正是厉峰的授意，而文为均却心存愧疚，一心想要补偿徐雅兰一个甜蜜的假期。 林平和郭忠良住在一起，郭忠良带回大批电报，林平连夜抄写，郭忠良一直陪在旁边帮忙和讲解，一直单身的郭忠良似乎找到了家的感觉，而林平却显得心事重重。林琴对这个准姐夫还是心存怀疑，她最担心的是姐姐林平，她对郭忠良直言相告，自己对他的怀疑只是直觉，没有真正的证据，希望郭忠良没有问题，否则她也绝不会手下留情。 文为均马上要启程前往香港，密电所的控制权成为了几方争夺的焦点。厉峰找来韦国平秘谈，文为均的走给了调查局一个千载难逢的机会。他要韦国平立刻接手“黑室”的破译工作。黄永青找来林琴，希望能够和毛祖和联合抵制调查局插手密电所事务。林琴给出黄永青选择：要求文为均临行前召开会议，将权力转交给黄永青，毛祖和会支持文为均的决定，但这也意味这密电所必须与毛祖和合作，出于对林琴的信任，黄永青同意了。

林平在密电所门口等郭忠良下班，正赶上出来的王浦江，一对昔日的恋人终于相遇。两个曾经的恋人长久无言对视。王浦江知道林平的真实身份，他的任务之一正是要保护她和郭忠良的安全。林平对王浦江的感情非常复杂，既有失恋的伤痛，也有被救的感激与困惑。 王浦江与林平都有千言万语要说，但地下工作的纪律，使他们什幺也不能说出口。林琴带郭忠良、林平、郭忠良来到毛祖和家吃晚饭。饭桌上毛祖和催促郭忠良和林平尽早结婚，他也希望黄永青和林琴也最终能走到一起。对于林琴的冷漠，黄永青决定放弃，他当众告诉林琴，自己将不会再纠缠她了。这让在座的人都十分惊讶，不解其中道理。 饭后，按事先约定，黄永青向毛祖和摊牌，他要与毛祖和做一笔交易，如果毛祖和支持自己接手密电所，他将加大林平的权限，使毛祖和间接地掌握了密电所的工作情况。毛祖和考虑再三答应了黄永青。 按既定的计划，文为均召开会议，在毛祖和的支持下黄永青临时接管了密电所，作为毛祖和的亲信，林平的权限也加大了，韦国平再次被架空，厉峰终于要对林琴下手了。 韦国平冒险向日本紫中心发去电报，索要林琴的资料，却被调查局的监听车索定，王浦江闻讯赶到，对发报地区展开了搜索。 山本康夫得到“豌豆尖”的来报，并将此消息通知了小川将军。在高桥奉命调查，终于查到了林琴当年的档案。原来，林琴在南京失踪后被日军俘虏，在战俘营中她受尽了凌辱，这些资料掌握在日本人手中。 韦国平成功撤离，但电台却没有转移，这是他与紫码中心唯一的联络途径。韦国平决定昌死抢回电台，韦国平的身份很可能暴露，妻子胡茵梅十分担心，她决定与丈夫同往。胡茵梅知道丈夫这幺做并不是为了日本人，而是为了当年汪精卫的知遇之恩，但她也担心，日本人一旦失败，丈夫会留下千古骂名。但对于韦国平来说已没有了退路，只有在这条路上越走越远。

文为均与钱德勒单独会面，钱德勒答应与文为均一同前往中国。文为均截获的将紫光二号的资料交给钱德勒，钱德勒很清楚，这是文为均对自己的测试，他拿到这些资料，开始研究。 文为均等待钱德勒的结果，他决定带徐雅兰出去走走同，这时，山本康夫带青田秀在大队特工的保护下刚好入住酒店。酒店大堂内，两队人马狭路相逢。三个人回忆过去，不胜感慨。文为均和山本康夫都知道对方此行的目的，但均没有说破。文为均和青田秀、青田秀和徐雅兰，所有人的心情均非常复杂。 文为均带徐雅兰在酒店花园散步，徐雅兰看出文为均心中还想着青田秀，文为均告诉徐雅兰，青田秀已经是自己的回忆，而自己的妻子注定会是她。 芳子也被安排秘密潜入香港，但山本夫妇和小野平却并不知此事。高桥秘密约见芳子，告诉她此行的任务是让她成功接近钱德勒，获取情报。 在中国，韦国平与汪伪特务秘密接头，他得到了林琴被俘时的详细的资料。一张照片上，林琴穿着日式和服，但衣衫不整，坐在一个日本军官的怀里，面露微笑，但笑容明显僵硬，另一张照片上，林琴穿着日本军官，拄着一把日本军刀，同样面露极为勉强的微笑，另一份资料则是她签字画押的审讯记录…… 厉峰从韦国平手中得到这些资料，老辣的厉峰一眼就看出来这些照片和供词都是日本人假造的，根本经不起推敲，他更不想正面与毛祖和冲突，公幵逮捕并不是最好的做法。唯一的办法就是通过这些证据以此控制林琴，让林琴与调查局合作，而他们也可以利用黄永青对林琴的感情控制黄永青。

酒店包房内，山本康夫告诉青田秀，他并没有希望文为均能背叛自己的祖国，他们正在完成一个不可能完成的任务。但如果文为均不肯就犯，那他只有死路一条。青田秀求山本康夫保护文为均的安全，山本康夫心情复杂，为了青田秀和自己的好友，山本康夫保证一定会让文为均平安离开香港，而他只想在智力上打败对手。 山本康夫约文为均共进晚餐，两方都派大队特工保护。山本康夫权文为均为日本服务，但和他预计的一样，文为均坚决地拒绝了。就在此时，芳子得到高桥的情报，钱德勒刚刚离开房间，芳子授命潜入他的房间获取情报。 芳子成功潜入钱德勒的房间，搜查中，他发现了紫光二号的破译资料和钱德勒的破译笔记，正当她取得数据准备离开时，与奉命潜入的英国远东舰队情报处特工杜克上尉狭路相逢，此时大队日本特工的赶到，双方展开激烈的枪战，杜克击毙了一名日本特工，跳窗逃脱，芳子也带着资料随特工撤退。此时王浦江也带大队特工赶到，但已是人去楼空。 山本康夫与文为均话不投机，晚餐不观而散。饭后，青田秀找徐雅兰单谈。两个女人袒露心声，徐雅兰也看出了青田秀对文为均的感情，青田秀告诉徐雅兰，她已不会跟文为均在一起了，她希望徐雅兰能够和文为均幸福的生活，这次来，她只是想给自己的感情一个交代。 杜克回到远东舰队情报处，将今天的情况报告格兰特上校。英国在欧洲战场与德国作战，已无暇东顾，但他们同样对日本的密码深感兴趣，格兰特上校命令助手杜克上尉密切监视钱德勒。 通过芳子得到的情报，日军了解到中方正在破译紫光二号。高桥大佐找来山本康夫，告诉他，如果他的计划不能实现，特务将会对文为均实施绝杀。 高桥将芳子盗取的紫光二号的破译资料放在了山本康夫桌子上，他告诉山本康夫，如果他不能劝说钱德勒和文为均为日本工作，等待他们的只有死。山本康夫情绪激动，他告诉高桥，他要直接与小川将军联系，在此之前他命令高桥不得擅自行动。山本康夫态度坚决，高桥只得默许。

这一些被屋内的青田秀听到，她找出了山本康夫的日记，看见里面夹着当年在美国三人的合影，青田秀心情复杂，她决定把这本日记交给文为均，希望他能在其中找到破译思路，同时也对自己的爱情做最后的终结。 厉峰找到林琴，把那些资料放在她的面前，逼她与调查局合作，为了毛祖和，更是为了黄永青，林琴拒绝了。林琴知道厉峰不会就此作罢，她已经做好了最坏的准备。回到家中，林琴心情沉重，毛祖和看出她心中有事，前来询问。面对父亲一般的毛叔叔，林琴将今天发生的事合盘托出。原来，林琴在日本战俘营中受尽凌辱，最终被共产党游击队所救，最终于回到毛祖和身边。 毛祖和听到这些心情沉重，他知道这一切对林琴意味着什幺，而他最担心的是，林琴在言语当中流露出对共产党的好感，这种情绪才是最危险的。他告诉林琴，和共产党接触的事一定不能告诉厉峰，他会尽自己所能从中周旋，保护林琴。 厉峰找到黄永青，把林琴的事告诉了他，要他解除林琴的职务。黄永青非常镇静转而变得愤怒，他怒斥厉峰捏造事实。正在这时，林琴走了进来，平静了黄永青的情绪，与此同时，林琴也平静地被厉峰带走。手走无措的黄永青无心于密码破译，他找到毛祖和，想请他出面救出林琴，而面对如山的铁证，毛祖和也豪无办法，毕竟这是调查局的职责所在。他告诉黄永青，厉峰正是想通过林琴的事把他们两个拉下水。痛心欲绝的黄永青决心离开密电所，没有了林琴，心灰意冷的他只想死在战场。毛祖和怒斥他不能因为一个女人而坏了国家大事，与此同时他也庆幸林琴找到了一个血性的男人。 黄永青找到张诚将军，说明原委，张将军告诉他，如果自己现在退出，无疑是留给了调查局口实，只有尽快破译了紫光二号才是搭救林琴的最好办法，而他会给厉峰施加压力，督促调查局尽快查明真相。

黄永青心情悲痛地回到了密电所，继续破译，这是他现在唯一能做的。 在香港的文为均对国内发生的事一无所知，他在给钱德勒做最后的测试。钱德勒直言不讳，如果自己破译了紫光密码，文为均的地位将会动摇，因此他认为文为均不会欢迎自己的到来。但文为均也告诉他，自己并没有那种想法，如果钱德勒真的能通过测试，自己将会与他真诚合作。 房间内，山本康夫心情复杂，青田秀告诉他自己听到了他与高桥的谈话，她肯求山本康夫一定要保护文为均的安全。山本康夫告诉青田秀，他要去日本领事馆打电话给小川，要让他停止暗杀文为均的行动。青田秀面对丈夫的真诚，青田秀也袒露了心声，她告诉丈夫，如果不是战争，她们一家人将会幸福地生活。 山本康夫在高桥的带领下前往日本领事馆，青田秀称病留在酒店，她终于找到和文为均单独见面的机会。他给文为均的房间打通了电话，声称有东西要交给他，而他们的电话却被负责监视的小野平监听。小野平打电话给高桥汇报情况，高桥一方面让小野平阻止他们的见面，一方面火速从领事錧赶回酒店。 文为均来到青田秀的房间，小野平奉命不准二人单独见面，但青田秀态度坚决，小野平被关在了门外。房间内，二人长久无言对视。但时间不多，她告诉文为均此次约他前来，是想完成一个宿命……她将一本日记交给文为均，这是山本康夫早年的工作日记，虽然没有直接涉及密码的内容，却记载了山本康夫的设计思路，希望能对文为均有所帮助，这是为了自己也是为了因反战而被暗杀的父亲。 文为均无限感慨，他深知青田秀此举的多重意义。二人相见，分外感慨，青田秀将山本日记交给了文为均，她告诉文为均就在此时，小野平奉命打幵了房门，时间紧迫，文为均和青田秀依依惜别。 此时，高桥携山本康夫回到酒店。高桥对此大为恼火，他怀疑青田秀把重要资料交给了文为均，并要亲自己审问。为了保护妻子，山本康夫与高桥发生了争执，面对山本的坚决，高桥只好作罢。

韦国平来到黄永青的办公室，谼接手林平的工作，但黄永青表现得非常镇定，平静地拒绝了韦国平的要求，搞得韦国平灰头土脸。黄永青突然变得睿智，这让厉峰意识到这是毛祖和在背后指使，无奈之下，韦国平建议对林琴用刑…… 审讯室中，厉峰告诉林琴，他并不相信林忠强的女儿会是日军间谍，只要她能与调查局合作，一切都不是问题。为了密电所和黄永青，林琴再一次拒绝了生活厉峰的要求，愤怒的厉峰开始动用酷刑…… 林平知道了妹妹的事，心情沉重，但她还是强忍心中的痛苦坚持工作。这一切被郭忠良看在了眼里。 郭忠良的行踪早已被惠子摸清。在密电所里，其它要员都有保卫随行，只有郭忠良是自己幵车上下班，惠子决定对郭忠良下手…… 香港总督举办酒会欢迎文为均、山本康夫的到来。酒会自然充斥着音乐、美女与美酒，但此时英国在欧洲战场节节败退，众人无心取乐，纷纷商谈时局。 总督心情压抑，英日一旦开战，香港断难守住，现在唯一的希望就是美国尽快投入战争。但他也很清楚，美国奉行孤立的保守主义，就算总统想打仗，国会也不会批准。 文为均、山本康夫、钱德勒三个老友终于再次会面。山本康夫邀请钱德勒为日本服务，虽然钱德勒已退出军界，但作为一个美国人，他深知日本才是美国最大的敌人，这次他当面拒绝了山本的请求，临走时他留给了文为均一张纸条。

面对文为均――自己的好友、情敌，山本康夫心情复杂，他冷漠地告诉文为均。希望他退出密码破译以保全性命，他不希望自己最好的朋友被暗杀。文为均为山本康夫如此的情谊所感动，但自己的祖国，他拒绝了山本康夫的好意。文为均叫来了站在一边的青田秀，为了青田秀，文为均当面将日记本还给了二人。山本康夫十分惊讶，他不相信文为均没有留有副本，斥责文为均不应该利用女人赢得最后的胜利，但青田秀却坚信文为均的为人。山本康夫自知已经无法说通文为均，二人互道珍重，决意在密码上一决高低。 芳子也受命来到现场，化身南洋华侨叶小兰，她的任务是与钱德勒相识，让他对自己产生好感。很快，钱德勒就被芳子的魅力所折服。 山本康夫没成按计划说明文为均和钱德勒，高桥决定实施暗杀。山本康夫警告他，此时暗杀钱德勒势必将惊动美国政府，这也是自己的表兄山本五十六大将最不愿意看到的事，而他也会将此事汇报给小川，高桥不敢擅做主张，只要放弃暗杀计划。 芳子已成功地接近了钱德勒，这一切小野平看在眼里。他已经明白了芳子的任务，他找机会与芳子独处，他对芳子的行为非常愤怒，正在此时，高桥出现在他们的面前。面对小野平的失职，高桥对他进行了严厉的惩罚。高桥告诉芳子，如果不想小野平死的话，那最好的方式就是将他忘记，完成自己的任务。此时两个人已经意识到，他们已经是身不由己…… 深夜，黄永青深夜接到毛祖和的电话，他意识到这一定与林琴有关。黄永青赶到毛祖和家，二人对坐相谈。毛祖和告诉毛祖和，自己已经与蒋夫人联系，但蒋夫人不能直接命令调查局放人，但她已给厉峰打过电话，亲自过问此事。但他也告诉黄永青，调查局已对林琴动刑。听到这里，黄永青一下子激动起来，他再也控制不住了。毛祖和早已料到黄永青的表现，他告诉黄永青，此时更不能去见林琴，这正是调查局所愿意看到的。

舞会结束，芳子陪钱德勒回到了房间。 小野平再也抑制不住内心的感情，他将高桥的给芳子的任务告诉了山本康夫和青田秀。听到这个消息，但此时山本夫妇大为震惊，但此时已经无法接近芳子。情急之下，小野平想出计策，由他支幵门口的特工，让山本夫妇去钱德勒的房间，将他们与芳子的照片交给钱德勒，钱德勒一切就都明白了。 按照计划，小野平支幵了门口的特工，山本夫妇成功来到了钱德勒的门口。青田秀窍门，芳子听出了是母亲。钱德勒去开门。芳子知道，如果开门，自己的身份就会暴露，而小野平的性命将会受到威胁。她来到卫生间装吐，引开钱德勒的注意。就在此时，高桥问讯赶来。 高桥派特工将近乎疯狂的青田秀拉开，任凭青田秀如何呼喊房门依然是紧闭不开。这里高桥的枪已顶在了小野平的头上，他警告山本夫妇，如果再不回自己的房间，小野平就会被枪毙…… 在高桥和众多特工的押解下，山本夫妇回到了自己的房间。 此时，王浦江问讯赶到，告诉钱德勒山本夫妇刚才来找过他。钱德勒给山本康夫房间打去电话，身边的高桥以芳子和小野平的性命相逼，山本康夫却无法将实情说出…… 深夜，高桥离去。包房内山本康夫打开了钱德勒交给自己的纸条，是邀请山本夫妇去华盛顿的信。山本康夫痛苦地做出了决定，他希望妻子能去美国，自己和女儿已经陷得太深，无法自拔，只有她能够离开，在美国平平安安地生活，这也是他仅仅能够做到的。 青田秀也告诉了丈夫自己的想法，父亲被害，两个女儿变成了战争的机器，而山本康夫成了自己唯一的亲人，她决定留在丈夫身边。山本康夫感动地抱住妻子，他已下了决心，青田秀必须离开，只有她活着才是自己最大的希望，夫妻二人做了最后的诀别。

第二天在机场，山本康夫假装腹痛，支开高桥，青田秀顺利地买了去美国的机票，但还是被警觉的高桥发现，他派出特工在机场搜寻青田秀。青田秀一直躲在机场的警察局内，但中日并未开战，香港警察也艾莫能助，无助的青田秀拨通了文为均的电话。 去美国的飞机就要起飞，青田秀只能离开警察局，前往登机口，但此时登机口已被日本特工团团围住。 高桥已经发现了青田秀的行踪，带大队特工前来，千钧一发之际，文为均带领王浦江和香港警察赶到。青田秀顺利地进入了登机口，临别之际，青田秀与文为均长久相视，二人想到可能是最后一次见面，无限感慨，挥手告别之间留下了无限的感动。 文为均率队离开，正遇到被押解的山本康夫。二人相对无言，此时的山本康夫心中充满了感激，一切都在不言中，他对文为均深深地鞠了一躬，文为均则还以了一个庄严的军礼。 长久的夫妻生活使郭忠良已经以林平产生了感情，看着林平为林琴的事日渐憔悴，他终于坐不住了。郭忠良违反组织规定，去见陈克，没想到途中却被惠子的郁金香小组跟踪。本想就此除掉郭忠良的惠子却有了新的发现…… 川岛跟踪郭忠良来到了他与陈克接头的杂货店，郭忠良进入后厅与陈克密谈，告诉他林琴的事。陈克表示，林琴虽然不是自己的同志，但为了保证密电所的正常工作，他会尽力去搭救林琴。陈克批评了郭忠良这种冒险与自己见面的方式，这个联络点也不能再用了。他也看出了郭忠良对林平的感情，他提醒郭忠良不能因为感情的事破坏了组织纪律。

文为均决定提前返回重庆，预计在今晚到达。这打乱了厉峰的计划，他们必须提前下手，掌握密电所。 厉峰找来了黄永青探望林琴，希望他能够说服林琴。厉峰的计策果然奏效，看到遍体鳞伤的林琴，黄永青心软了。 在韦国平的安排下，黄永青与林琴独处。看到遍体鳞伤的林琴，黄永青再也无法忍受这种痛苦，他知道林琴和毛祖和有感恩之情，不可能背叛他，只有自己和调查局合作才能救出林琴。林琴知道黄永青的感受，但为了密电所的前途，她让黄永青打消念头。 在林琴的劝说下，黄永青坚持不与调查局合作，掉头离开。面对这样的局面，厉峰陷入了两难。审讯无果而终，如果就这样放了林琴，无疑给毛祖和留下了口实。韦国平使出毒计，建议厉峰除掉林琴，制造出自杀的假象，厉峰犹豫了。 就在此时，黄永青突然出现，他已预料到了调查局将会对林琴下手。 为了灭口，韦国平没有经过厉峰，提前对林琴下手……

调查局内气愤紧张，黄永青寸步不让，厉峰态度坚决，谈判陷入了胶着，而韦国平的手下已经用床单勒住了林琴的脖子。林琴命在旦夕之时，厉峰接到了蒋委员长的电话打来了电话，下令要求厉峰释放林琴。终于，将死的林琴逃过一劫。 原来，国民党内要员、军内要员联名上军，要求调查局释放林琴，因此惊动了委员长，并亲自过问此事。而厉峰也不明白究竟是谁有这幺大的力量，促成此事，而如果再晚一步，他见到的将是林琴的尸体。想到这里，他不禁胆寒。他质问韦国平为何没有经过自己的命令就下手，他告诉厉峰，自己作为密电所的副所长一直以来毫无作为，甚至控制不了林琴这个小小的机要秘书，他这幺做也是为了表示对厉峰的忠诚。他是厉峰最信任的下属，厉峰没有处罚他。 文为均回到了重庆，钱德勒即将到来，这使密电所的局势更加微妙。组织会议，文为均顾全大局，主动提出紫码二号的破译以钱德勒为主，密电所有人员会尽全力配合他的工作。文为均的决定也让张诚将军十分赞许。 出狱的林琴不想给毛祖和再添麻烦，住到了姐姐和郭忠良的家，这也给了姐妹二人独处的机会。 经过惠子的判断，郭忠良所进的店铺旁边就是八路军驻重庆办事处，由此惠子怀疑郭忠良可能是共产党，但还需要进一步的证据，惠子也将这个情况报告了总部。

回到日本的山本康夫被监禁，他以绝食的方式做最后的抗争。此时的山本康夫已心灰意懒，一心求死，面对高桥的威逼，小川的利诱都没法让他继续工作，更没有告诉他们青田秀交给文为均的东西是什么。痛苦中的山本康夫唯一想见的人只有自己的表兄山本五十六。 厉峰再次找到徐雅兰，要她配合搞到文为均手中的山本日记。徐雅兰告诉厉峰，文为均已将日记还给山本，请求厉峰放过自己。但这一切都逃不出厉峰的法眼，他判断文为均一定留下了附本，而把原本还给山本康夫只是为了青田秀的安全。他威胁徐雅兰，如果想和文为均快乐地生活，那就要服从他的安排，徐雅兰陷入了踌躇…… 钱德勒准备从香港乘机飞往重庆，没想到在机场“巧遇”化身叶小兰的芳子。芳子告诉他自己也乘同一班飞机同往重庆，这令钱德勒分外欣喜。 钱德勒到达重庆，受到张诚将军和厉峰的隆重接待。厉峰愿竭尽所能，帮助钱德勒破译紫光密码。文为均带钱德勒参观密电所，总将所有的破译成里交给了钱德勒调阅，对于文为均的真诚配合，钱德勒十分感激。 惠子接到上级的命令，继续监视郭忠良。她来到上次郭忠良和陈克的接头地点，却没想店铺的老板却已换了别人，她意识到这个接头地点已经被放弃。她开始对郭忠良进行定全方位的跟踪。 芳子到达重庆，与惠子相见。见到久违的姐姐，芳子满心欢喜，而惠子却态度冷漠。惠子帮芳子安排了住所，她成了芳子的仆人。 多年的地下工作使郭忠良很快意识到自己被跟踪，他单独约见陈克，将这个情报报告给他。陈克告诉郭忠良，现在风头很紧，抄送工作可以随时停止。通过交谈，郭忠良意识到是陈克都过各路疏通搭救了林琴。他认为应该把这件事告诉林琴，做她的工作。这被陈克严厉阻止，陈克告诉他，他现在最重要的工作就是破译紫光密码，林琴的事组织会考虑的。 高桥认为山本康夫已经没有了利用价值，应该立刻受到最严厉的处罚。但小川却不这么看，他请来山本五十六来见山本康夫，作为给他最后的机会。

山本五十六如约而至，面对极度消沉的表弟，山本五十六面沉似水。面对自己现在唯一的亲人，山本康夫将青田秀将香港发生的一切告诉了表兄。山本五十六虽然很愤怒，但他知道，此时的表弟已经心如死灰，抬起的手渐渐收了回去。他与山本康夫促膝长谈，回忆起了儿时的生活。表兄是山本康夫最敬佩的人，在他的劝导下，山本康夫决心开始工作，用自己的智能帮助表兄完成他宏伟计划。此时的山本五十六已经意识到，紫码二号的破译只是时间问题，此时只能牺牲紫码二号，但紫码三号一定不能再有问题，山本康夫对表兄下了保证。他们的对话也被高桥监听。 芳子自幼深受母亲影响，对西方的观念非常熟悉，与钱德勒一见如故。 芳子此时依然深爱小野平，但惠子要他不择一切手段，取得钱德勒的信任。芳子极为反感和伤心，但责任在身，只得服从。 青田秀顺利地到达了美国，钱德勒的好友史密思上校帮她安排了住处。为了保护女儿，青田秀想尽一切办法联系钱德勒。而这一点，小川将军也早有预料，他判断青田秀会写信通知钱德勒，但这需要一个月的时间，如果一个月内芳子不能得到所要的情报，只有除掉钱德勒。 文为均向徐雅兰求婚，面对文为均的情真意切，徐雅兰百感交集，她深爱着这个男人，但她很怕她的身分一旦暴露，一切都将化为泡影。 钱德勒继续约会芳子，这个女人已经走进了他的生活。 芳子被钱德勒带到了自己的住处。钱德勒虽然表面很狂放不羁，但却事事谨慎，对于自己的工作闭口不提。深夜，芳子趁钱德勒睡下，偷偷来到他的密室盗取情报，拍下了一些情报。这时钱德勒从床上爬起来，四处寻找芳子，打断了她的行动。而外面负责保卫的王浦江也发现了钱德勒密室深夜突然亮起了灯光，对于这个女人更加怀疑了。王浦江奉钱德勒委托开车送芳子回家，路上王浦工与芳子攀谈，却没有发现什幺端倪。

厉峰约见钱德勒，询问紫光二号的破译情况。钱德勒告诉厉峰，钱德勒告诉厉峰，破译进程很顺利，这些都得益于文为均提供的协助，特别是郭忠良的努力，但对破译的细节钱德勒却闭口不谈，而且他也无法给出具体的破译时间。 陈克再次约见郭忠良，陈克告诉他，当今国际局势紧张，德国突然进攻苏联，美国对日本的态度也开始转变，他要求郭忠良恢复密电抄送，但为了安全，他必须想办法让林琴搬走。暗中，日本特工拍下了二人接头的照片。 惠子无法确定陈克的身份，她向总部发去了电报，要求“豌豆尖”配合确定陈克的身份。 在美国，青田秀通过史密斯上校与钱德勒取得了联系，在指定的时间，青田秀通过美国军方，在指定的时间给钱德勒去了电报请求帮助，但当要涉及到具体内容的时候，青田秀拿出了一组数字。负责发报的史密斯上校不解其意，他告诉青田秀，如果不直方言相告的话，他将无能无力。 郭忠良向林平传达了陈克的指示，林平心中挂念妹妹，心情沉重，但她还是决定服从组织的安排。林琴在门外听到了他们的谈话。 山本康夫已经恢复了工作，通过芳子得到了资料，山本康夫判断，钱德勒已经走入了破译的误区，按这种思路，他们是不可能破译紫光二号的。与此同时，小川收到惠子的来电，他发报命令惠子直接联系“豌豆尖”确认照片上人的身份。

在美国，史密斯上校派特工跟踪青田秀，发现在书店中，青田秀曾经翻阅过《简爱》，他命令手下的特工拿来了这本书，把青田秀要发给钱德的数字与书中页码一一对照，却没有发现任何线索，他终于决定帮青田秀发报给钱德勒。 第二天，林平心情忐忑，不知道如何叫妹妹离开。但出乎意料的是，林琴主动提出离开，这使林平越发伤心了。郭忠良对林平的感情却不受控制地发展着，郭忠良对林平表白自己的情感，林平受感动，但她心里始终忘不了王浦江，她不能接受郭忠良的情感，郭忠良的对林平的这份感情同样经受着煎熬。 钱德勒日夜与郭忠良破译紫光二号，他对郭忠良的才智十分敬佩，二人成为了最佳的搭档。 张诚将军找来毛祖和，告诉他自己已经有了新的任务。委员长让他负责武汉战区，毛祖和则官升中将，成为了军委会的副秘书长，他的权力加大了。张诚将军临行先向文为均道别，他告诉文为均，毛祖和已经全面接手自己的工作，接下来文为均要直接听从毛祖和的安排，他提醒文为均，在和他的交往中要处处谨慎。毛祖和的上任同样给厉峰带来了压力，对于林琴的事，毛祖合必定会报复，厉峰也做好了应对的准备。 钱德勒在破译紫码二号的过程中遇到了前所未有的难题，他开始变得烦躁起来。这时芳子打来电话，约他吃晚饭，但钱德勒却全无心情，她告诉芳子，最多三天，他的工作就会完成，到时他会打电话约她。 惠子判断，钱德勒肯定在加紧破译紫码二号，而且破译的时间就在三四天内。惠子与芳子开始行动，她们潜入钱德勒的住所，从保险箱中盗取了破译资料。正在这里，窗外枪突然响起了枪声，王浦江带队杀到，川岛也带日本特务前来接应。 情况紧急，惠子命令芳子对钱德勒执行绝杀，芳子早已习惯日本人的大男子主义，钱德勒的尊重和体贴，以及他对许多事情的看法渐渐打动了芳子。面对熟睡中的钱德勒，芳子始终无法下手，最后时刻，芳子准备跳窗而逃，她回身看了看躺在床上的钱德勒，钱德勒原来根本没有入睡，他深情目送芳子离去。 王浦江抓获了刚才开枪的黑衣人，原来是受命监视钱德勒的英国情报间谍杜克上尉。王浦江通过对杜克的审问得知，原来自杀钱德勒的刺客正是化身叶小兰的芳子。 次日，王浦江带队来到芳子的住处搜查，但此时早已是人去楼空，这一切被躲在外围的川岛监视着。 钱德勒接到了青田秀的来电，他想起多年前在美国，他将一本《简爱》作为礼物送给了钱德勒。为了搞清青田秀电报中的秘密，他来到了图书馆。最终他破译了青田秀电报中的秘密，他给青田秀发去了回报：所托之事已明白，请等待时机。

毛祖和新官上任，第一个召见的就是厉峰。厉峰心里很清楚，毛祖和为林琴的事早已把自己当成了眼中钉，他表面向毛祖和谢罪，其实却是在告诉毛祖和，如果他刚刚上任的第一把火就烧到调查局头上，别人会说他公报私仇。毛祖和也很清楚厉峰的如意算盘，他直言不讳的告诉厉峰，他并不是不敢拿调查局开刀，只是因为他很清楚，厉峰对党国是忠诚的，而对待日本人的态度上也绝不含糊，不然他早就会把所有的怒火发泄在他的身上。 惠子将从钱德勒处获取的资料传给了紫码中心，山本康夫看了以后大为惊讶，钱德勒已经找到了破译紫码二号的密钥，破译只是时间问题。山本康夫深知，文为均和钱德勒联手必定会破译自己的紫码二号，但他却没有想到破译的进度居然如此之快。小川将军听到这个消息大为光火，他电令惠子想尽一切办法干掉钱德，并让“豌豆尖”严密监视密电所的动向。 韦国平接到命令会见“郁金香”惠子。韦国平在日本特务的安排下见到了惠子。惠子给“豌豆尖”韦国平下达了指令，一是辨认郭忠良的身份，二是要让他配合暗杀钱德勒。 钱德勒告诉文为均，自己已经找到了破解紫码二号的密钥，文为均和郭忠良大为欣喜，但这同时意味着接下来要有非常庞大的演算，郭忠良奉命带领全处人马加班加点进行演算。 钱德勒找文为均单谈，他告诉文为均，青田秀给自己发来密报，叶小兰就是芳子。文为均大为惊讶。钱德勒告诉文为均自己已经深深的爱上了芳子，而昨晚芳子并没有对他开枪，他相信芳子对自己也有着同样的感情。他昨夜并没有将芳子的真实身份事告诉王浦江，他认为芳子还会来找自己，到时候他会劝说她放弃任务。 韦国平查阅了大量的档案，终于发现了陈克的真实身份。他以匿名信的方式将陈克与郭忠良会面的照片转交了厉峰。厉峰一眼便认出了照片中的陈克。 厉峰将这个消息报告了毛祖和，他断定郭忠良就是共产党，林平也难逃干系。厉峰一石二之计让毛祖和无话可说，只能默许。 厉峰得到了毛祖和的首肯，派出手下立刻逮捕郭忠良和林平。王浦江得到消息，此时郭忠良正在加紧破译，联系不上。时间紧迫，王浦江来到林平家搭救林平，此时林平终于知道了王浦江的真实身份，了解到当年离开她也是组织的安排，林琴终于了解了王浦江的苦衷，泪如雨下。 王浦江带人到密电所抓捕郭忠良，却被黄永青拦在门外，他告诉王浦江，破译已经到了最后阶段，任何人不得干扰。 毛祖和、厉峰、钱德勒在“黑室”门外齐聚一堂。钱德勒告诉毛祖和，自己对政治不感兴趣，但如果没有郭忠良，紫码二号将无法破译。毛祖和决定，暂时让郭忠良完成破译。厉峰帕特工将“黑室”团团围住，待郭忠良完成破译之后立即抓捕。 陈克告诉林平，郭忠良暂时没有危险，他与郭忠良的照片并不足以证明自己和他接头，陈克要林平冒险去找毛祖和见面。

夜晚，林平来到毛祖和家，但他还没有下班。林平和林琴深谈，她告诉姐姐自己知道他和郭忠良的身份，但现在的毛祖和已不比从前，不一定能保护她。此时，毛祖和正好回来，她知道林平就在林琴房里，林琴告诉他林平不是共产党，但毛祖和却让林平去调查局接受审查。 情急之下，林平拿出了陈克给毛祖和的信，毛祖和看后半晌无言，林琴看了信，上面清楚地写着他们父亲林忠强的身份—中国共产党员。林琴也愣住了。毛祖和犹豫之际，林平见缝插针，让毛祖和去见一见陈克，毛祖和陷入了思考。 在韦国平的安排下，厉峰代表调查局请钱德勒吃饭，这正是他的一个阴谋，郁金香小组已经全副武装，等待时机对钱德勒下手。 芳子化妆店小二潜入饭店，趁钱德勒外出洗手间的时候拿枪把他堵住。钱德勒一眼就认为了芳子，钱德勒告诉芳子，她的母亲青田秀现在已经平安到了美国，正是她的母亲发来密报委托自己保护她的。钱德勒劝她放弃任务和自己去美国，他们可以不必死，一起到美国和母亲团聚，过幸福的日子，芳子的心灵受到了震撼。 这时王浦江突然出现，将芳子活捉。这时，惠子带队杀到，双方激战，芳子为了救钱德勒，死于惠子的枪下。 王浦江报告厉峰，怀疑韦国平有问题，而日本人的行动如此严密必定有人事先通气，而饭店正是他推荐的。厉峰也对韦国平产生了怀疑，但他却没有证据，他命令王浦江严密监视他的动向。 陈克与毛祖和相约见面，二人不胜感慨。陈克向毛祖和说清利害，林平和郭忠良如果有事，他也难逃干系，他现在虽然官至中将，但他却毫无建树，如果不能保证紫码二号的破译，那他必定也不会坐稳这个位置。而且最重要的是他与林忠强的关系世人皆知，与林平和林琴亲如一家，如果林家的身份暴露，他将无面再见蒋委员长。 毛祖和别无选择，只得孤注一掷，尽全力保护林平。

山本康夫得到女儿芳子阵亡的消息无比悲痛，小川将军谎称芳子是被中国军队残忍杀害的，想以此来激起他的斗志，但山本康夫早已心如死灰，他现在唯一剩下的只有惠子了。 山本五十六突然驾临，他对芳子的殉国同样痛心。此时紫光二号的情况极其危急，山本五十六十分恼火，如果紫光二号被破，只有提前启用紫光三号。山本五十六要小川拿出对策，小川决定空投间谍，栽赃文为均，内部瓦解密电所。出于种种考虑，他选择了小野平。 临行，山本康夫约见了小野平，他已得知了芳子的死讯，此时他已心灰意冷，做好了必死的打算。看到小野平，山本康夫不禁想起了芳子，他情绪激动地抓住小野平，要他一定活着回来。 紫码二号的破译已经进入了最后阶段，“黑室”中文为均主持四人完成最后的比对工作，而钱德勒却要提前回国，他在这里失去了最爱的女人，同时也没有完成青田秀的嘱托，他将回美国与青田秀见面，告诉她发生的一切。听到此处，文为均也不禁动情，青田秀已经失去了太多东西。 就在此时，厉峰也得到了消息问讯赶到，做好抓人的准备。毛祖和带来了委员长的命令：郭忠良可以抓，但他是破译组的重要成员，要谨慎处置。但林平是忠良之后，不是共产党，不能抓。 钱德勒就要起身回国，文为均将一本自己的日记交给钱德勒让他转交给青国秀。钱德勒告诉他，如果要联系青田秀，他将会尽其所能。 “黑室”内，黄永青与郭忠良交谈，师生二人开诚布公，通过交谈，黄永青了解到郭忠良的真实身份，郭忠良也希望黄永青能了解一下共产党的主张，正在此时，厉峰冲进“黑室”强行逮捕了郭忠良。 调查局内，厉峰对郭忠良采用了最严酷的刑法，但却没有让郭忠良就犯。 厉峰找来徐雅兰，拿出了一组照片，里面是文为均当年在日本参观海军部和密电所的照片。徐雅兰将这些照片藏了起来，没想到还是被厉峰的手下得到。厉峰威胁她，如果不继续与他合作，他就将这些照片交给文为均，然后将罪名推给徐雅兰。 面对文为均，徐雅兰再也无法掩饰，她将自己的身份告诉了文为均，但她却没有想到，文为均早已经知道她的身份，他早已深深爱这了这个女人，但徐雅兰却无法面对自己的良心和情感，终于，她跑进屋里，举枪自尽。

小野平成功抵达重庆，这回还是由惠子接应。小野平这回的计划是诬陷文为均，按照计划，他来到文为均家与文为均联络，将山本康夫写的劝降信交给文为均，还有当年文为均在日本的照片。文为均看出了他的来意，他找来特工将小野平带走。 钱德勒回到了美国与青田秀见面，他将芳子的事告诉了青田秀。本以为钱德勒能带回自己的女儿，却没想到芳子惨遭厄运。 毛祖和拜访文为均，她告诉文为均，虽然调查局不会相信小野平的话，但介于文为均的特殊身份，不得不引起别人的注意。文为均看出了毛祖和的想法，夹杂在几方势力之中，文为均早已厌倦，他终于决定辞职。 调查局对郭忠良的审讯毫无进展，只能按期放人。黄永青和林琴的情感发展也很顺利，二人相约破译紫码二号后确定关系。 文为均决定去美国，临行前他来向黄永青和郭忠良道别。黄永青和郭忠良依依不舍。文为均告诉他们，他的老师兰丝教授告诉他，通过可靠情报，日本将在紫码二号被破后启用紫码三号。 厉峰故意设下圈套，告诉韦国平紫码二号将于今晚被破。韦国平信以为真，将这个消息传给了紫码中心，小川命令惠子今晚行动，并派汉口空军支持，不惜一切代清洗密电所。 这次，韦国平再也插翅难飞，厉峰亲自出马，王浦江的特工将韦国平和胡蒽梅。韦国平自知已无活路，他将一颗子弹留给了妻子，另一颗留给了自己。 根据情报，日本特务将会在今晚袭击密电所，王浦江奉厉峰之命，事先做好了准备。不出所料，惠子带领所有精锐特工倾巢出动，夜袭密电所。王浦江带特工与日本特工展开了激烈的枪战，此时厉峰也带领大队人马赶到。 王浦江掩护密电所成员撤离，为了掩护林琴，黄永青中弹倒下。

林琴和郭忠良将黄永青扶进屋，林琴终于可以和他在一起了，但此时的黄永青却已经没有了呼吸。 日本特工的人数越来越少，惠子并没有像以往一样撤离，这次她抱定了必死的决心，最终，她还是倒在了老对手王浦江的枪下。 所有日本特工都已经被击毙，但厉峰不会放过郭忠良。他要让郭忠良像黄永青一样牺牲在今天的行动中，就在此时，王浦江的枪口突然对准了他。厉峰万万没有想到，身为调查局主任，他最的左膀右臂，一个是汪伪特务，一个是中共地下党员，而郭忠良也没有想到，原来王浦江也是自己的同志。王浦江让郭忠良带着破译的紫码二号先走，自己来处理厉峰。 王浦江在与厉峰对质，装死的惠子突然出去，向二人开火，厉峰中枪倒下，惠子也被王浦江击中，这回她再也站不起来了。王浦江拿枪指着受伤的厉峰，却迟迟没有扣动扳机，就在这时，大队宪兵赶到，王浦江没有了下手的机会。但出乎他的意料，气息奄奄的厉峰并没有揭穿他的身份，大势已去地闭上了眼睛。 陈克再次与毛祖和见面，而这次是在重庆八路军联络站。陈克将郭忠良带回的紫码二号交到他的手中。 紫码二号被破，紫码三号只能提前启动。山本康夫告诉他，如果破译自己的紫码三号，只有依靠密码机，但中国人对密码机的研究几乎为零。而且就算有了密码机，也是不可能破译的，因为他对这组密码加入了两把密钥，而这两把密钥已深藏在自己心中，无论是多伟大的数学家都不可能破译。 高桥拿来了一本杂志，上面有青田秀发表的文章，高桥告诉他可以通过读者来信的方式和她沟通，当然不可以用真实的姓名。 文为均来到美国，在兰斯教授的帮助下破译紫码三号。通过兰斯教授提供的密码机很快找到了第一把密钥，但第二把密钥却迟迟没有进展。据文为均判断，它将可能是几个字母或名字的缩写，他试过青田秀、山本康夫、芳子和惠子的名字，但都不成功，兰斯教授提醒他把自己的名字加上，因为他是山本康夫一生的朋友、对手，他早已经埋藏在山本康夫的内心深处。 文为均加上了自己的名字果然成功了，第二把密钥正是他们五个人名字的缩写，这也意味着文为均破译了紫光在号。 毛祖和和黄永青约见美国驻华武官，通过破译的电报，日本人将于1941年12月7日袭击珍珠港，对方虽然很客气，也表示了感谢，但美国人显然对中国的破译能力表示怀疑。 美国武官与克来因上尉商议后，决定按照程序将中方的通报发往美国。但此时的美国情报机关面对来自各方的情报，已经焦头烂额，无法判断真伪。 终于，1941年12月7日，日本开始袭击珍珠港，并取得重大胜利。这也证实了文为均的判断。 1943年4月18日，山本五十六大将为了鼓舞士气，乘飞机前往前线视察，由于提前破译了密码，美国空军准确进行拦截，山本五十六机毁人亡。日本政府举行隆重的国葬。 第二天，山本康夫回到家乡，在家人的灵位前，这一次，他终于成功地挥刀自尽。 青田秀最终没有跟文为均在一起，他决定一生一世都不离开丈夫，而现在她能面对的只有亲人们的灵位。 1956年，文为均回到中国，郭忠良、陈克、林琴、王浦江等人在机场迎候，他们共同成为新中国密码事业的奠基人。 全剧终