Don坐在液晶显示屏前将Colby的审讯录像看了一遍又一遍，他不愿相信科比是叛国间谍但又不得不接受这样的事实。组里其他成员此时的心情也都不一样。此时Colby和律师在监禁室会面律师通过水杯巧妙地将钥匙传给科比，在Colby和Carter被转移监狱的途中，囚车路遇事先安排好的雇佣兵，他们乘乱逃出，潜逃中Colby给Don电话告知自己并非间谍，而是反间谍处安排他帮助卡特越狱以查明幕后的上层联络人身份，Don对此将信将疑……

好莱坞明星brett的豪宅里发现一具女尸，根据匿名录像带上的画面Charlie还原出死者身份是安德里亚，当Megan到其住处探访却发现她驾车逃离。在停尸房，另一个“安德里亚”已经死去三天，法医告诉FBI死者曾做过整容手术。

Colby又回到FBI做事。从整容医生处得知还有个被整成一样的Tracy存在着，而Tracy才是死者的真实身份，两人的整容手术费用都是由第三人-经营伴游公司的leslie?士支付，她的死也是迷雾一团.

一辆急速行驶的赛车闯入正在营业中的咖啡店，造成一死八伤，汽车是由三个州的失窃车件拼装而成，而驾驶员Kyle由于伤势严重一直昏迷未醒。医生告诉FBI，Kyle身上除了车祸造成的骨折外还有车祸后被人用靴子重踹的伤痕。

Kyle苏醒后告诉Megan当时弗兰克正是和厄尼赛车。厄尼告诉警方赛车是自己帮弗兰克改装。不久警方找到弗兰克的尸体，他脸上也出现神秘靴印，所有线索都指向同一人……Colby接到华盛顿的调令，但他并不想离开。

Charlie的书出版众人正在庆祝，Don接到电话一名股票分析师PeterGuzman被人发现死于废弃屋，而三星期前AndrewChang也在学校健身房被杀害。犯罪现场都留下关于信息与宗教有关。Charlie认为现场墙壁留下的是斐波纳奇序列，他将两起案件的数列进行比对，从中找出第二受害人和第三受害人的手机号码。

FBI判断凶手受过专业医学训练，有强烈的宗教意识，案件还会继续发生。

西太平洋银行的警报一直在响，警察和FBI赶到后看到一地下管道口盖打开，这里一直通往银行金库，有几个保险柜被盗，但未有人伤亡,而其中一名盗贼被抓，但他的口风很紧未透露出任何讯息。Charlie分析后知道哪些保险柜曾被打开过，但里缅噳是些不义之财，盗贼把这些都捐过了慈善机构，作风就像是位侠盗。

FBI掌握的线索越多，箭头就越指向西太平洋银行的行长，他似乎和这一切就莫大的联系。Coiby和David开始成为拍档，但总感觉有点不和拍，Don希望他俩通过一段时间调查能默契。

一位证人被杀害了，证人保护体系的Tricia警官认为是Don越界导致这一切的发生，原来Don五年来一直是她的联系人，但Charlie却并不相信，通过努力发现这一切和证人保护体系自身的官员有关。Liz认为事情远不是看到的这样简单，而Don却不肯多说，两人之间的分歧越来越大。

一位助理检察官在玩一款叫“王者”的游戏时，从楼顶摔落而死。此时一位自称是中西部斧头帮的成员名叫anthony来屋顶在金钥匙，死者则是游戏中中西部斧头帮的领袖网名叫Weyburn。“王者”的是多人在线游戏，真实模拟场景的一对一角色扮演游戏，游戏的终盘可获得100万美元，而他们已快接近到终点。

Amita从大学时代就一直在玩这款游戏，于是她决定要帮助FBI查出幕后凶手。

一位富豪的女儿被绑架了，大家都在为她的生命感到担心时却发现，她其实是这次案件的策划者，而Megan通过案件的发生又回想了自己以前的生活。Don和Liz平静的分手了。第9季在一个漫画展上一本价值200万美元的漫画书《终极世界》第一卷被抢，一名保安被杀。

FBI在现场调查时发现每位漫画迷手上都有一本《终极世界》。Seth也是一位漫画家，同时Charlie发现他也是赝品的伪造者，在拍?会上Charlie未让他的计划得以实现。而Seth只是想让书回到原作者Ross手上。

在一个漫画展上一本价值200万美元的漫画书《终极世界》第一卷被抢，一名保安被杀。FBI在现场调查时发现每位漫画迷手上都有一本《终极世界》。Seth也是一位漫画家，同时Charlie发现他也是赝品的伪造者，在拍卖会上Charlie未让他的计划得以实现。

而Seth只是想让书回到原作者Ross手上。

在一个漫画展上一本价值200万美元的漫画书《终极世界》第一卷被抢，一名保安被杀。FBI在现场调查时发现每位漫画迷手上都有一本《终极世界》。Seth也是一位漫画家，同时Charlie发现他也是赝品的伪造者，在拍卖会上Charlie未让他的计划得以实现。

而Seth只是想让书回到原作者Ross手上。

媒体在关注一位名叫Parks的记者失踪案件，Charlie在接受主持人采访时Don责怪他透露出过多信息，这样会引起高层不满，Charlie很生气他独自驾车出去，在路上一直有辆车跟着他，他很紧张。Parks一直从事危险事件的报道，所以树敌很多。

Coiby和David在她办公室发现两张写满数字的纸，在Charlie去联邦调查局的路上遭到车撞和枪击，Charlie凭机智自己摆脱了危险，Don和Amita都很担心?，想让他退出这件案子。Coiby发现追Charlie的那辆车与Parks失踪时后面跟着的一辆车相似，而这与一位房地产开发商有关联，也许正是Parks目前的调查对象。

Rena向FBI的网站举报说有一名洛杉矶警察强丨暴她，Megan去了解情况时她很激动，但拒绝合作，已销毁一切证据，可在她的体内的确找到迷丨奸药的痕迹。在洛杉矶警局找到几位疑似犯人但事件还在发生，Megan到投诉中心了解到这种投诉在去年已发生七起，但确没人在意.

FBI清扫一间冰毒加工点时，Don发觉有一男人lssac在外闲逛，正准备叫住问话时，lssac却心虚逃开，同时在他的车上有三把枪和一些胶带等，资料显示lssac已购买了15把枪，同时情部小组也发现他与一恐怖组织有联系，但一切都只是猜测，Megan认为并没有证据证明他有关联，但Don却决定追查到底，Coiby和David根据汽车的线索去监视lssac的同伙。

Don和Megan根据Larry的分析及提醒，发?他们是在做炸弹，lssac到冰毒加工厂其实是做交易，Don成功的制止了一次爆炸事件。

FBI接到报案，Porter的父亲和妹妹被绑架了，Porter是在六个月前两起案件的凶手，他的小妹妹当时在厨房躲过一劫，而且在哥哥的照片里曾看过那些凶手，都是海军陆战队的队友。Porter的父亲已被害，而FBI却毫无头绪。

Porter知道爸爸死了很伤心，他答应如能安全救出妹妹，他就会对自己所作所为有个交待。Don和Robin重修旧好.

patmos教会被政府列为危险教派，他们的宗旨是不允许医疗救援、不让医生看病，在周末集会时发生了集体中毒，里面有人打了报警电话，可警察到现场后信徒们却不让进入，Don直接带人闯进去救人。这种毒叫砒霜是被在咖啡里，这应该是内部人作案.

Hunter是一位绕舌歌手拥有几张白金唱片，在一场派对曾和Derek有过冲突，在回去时被枪杀。FBI怀疑他的死和毒品有关。在Derek的家里Hunter的妻子Nina在那里，他们三个人一直是很好的朋友，当Liz她们在了解情况时却受到枪击，Derek中弹。

根据Charlie的分析发现，这与唱片公司有关。此时Nina在Liz面前被炸死，因为她知道了一些不该知道的事。Amita的父母回来了，他们很喜欢Charlie?

Charlie一位巴基斯坦籍同事被怀疑是基地成员，因为他曾将自已研究的成果通过互联网发到巴基斯坦的几所大学用于改良农作物的生长，但联邦调查局却怀疑他是把生化武器制作说明进行泄密。同时在洛杉矶的一个慈善基金组织也被怀疑是恐怖组织，这个基金的两位成员被杀害，Charlie相信自己的同事是无罪，决定帮他把研究成果发送到巴基斯坦，这意味着他的忠诚调查取消，今后将无法帮助破案。

Megan辞职了，她将回到学校去进修博士，同时换一份工作。