一年前，里德带全家人去保龄球馆打球，大家都很开心，而且安迪还打出了全场最高分。劳伦见此不肯示弱，她偷偷利用超能力也打出了跟安迪一样的分数。这时旁边传来一阵嘲笑声，原来是一群小混混在嘲笑一个打保龄球的变种小姑娘。

小姑娘的父亲愤怒地与小混混们争吵，这时小姑娘终于爆发了，她利用超能力吓退了这群小混混，但这一行为是违法的。里德好心上前劝变种人和她爸爸赶快离开，可劳伦对父亲的做法却不认同。现在，约翰在克拉丽斯的帮助下，顺利带大家穿越回了变种人总部。

但这样对克拉丽斯造成了极大的伤害，她几乎耗尽了身上所有的能量，身体状况十分糟糕。不仅如此，克拉丽斯还会时常无意识地打开时空穿梭门，其他地方的人和物随时都能闯入变种人总部。凯特琳是一名护士，她曾学习过变种人相关的医疗知识，她认为克拉丽斯情况十分糟糕，必须尽快接受治疗。

约翰听后立即作出决定，他派马克斯与凯特琳到附近的变种人医院偷取药物，而剩余的人留下来照顾克拉丽斯，顺便应对突然出现的传送门。马克斯与凯特琳走后，传送门果然再次打开了，而对面的地点竟然和上次是同一条街道。

街道上的人们发现变种人后急忙报了警，警察准备朝他们开枪。关键时刻劳伦挺身而出，她利用超能力强制关闭了传送门，大家才勉强躲过一劫。但约翰读出人类的心声，人类准备调来特种兵在此等候，等传送门再次打开，变种人基地将会面对全军覆没的后果。

洛娜被警方关进了监狱，她准备利用超能力掰弯铁栏，怎料头却一阵剧痛。原来警方为了预防变种人越狱，他们给变种人脖子上都带了一个项圈，这个项圈的作用就是遏制变种人使用超能力。洛娜面对这样的处境渐渐低落下来，她不但要受到警方的压制，还有受到牢里其他人的欺负。

洛娜试图与另一个被孤立的变种人团结起来，可对方却不肯合作。最终洛娜被人类狠狠地教训了一顿，并且被警察关了禁闭。联合国组织的警官杰西与里德谈话，他希望里德可以与警方合作，一起找到变种人总部的位置，并将他们一网打尽。

可里德为了孩子们不肯妥协，而且他也猜到杰西之所以要与他私下见面，也是因为杰西现在处于被动状态。于是里德决定与杰西谈条件，他要求杰西承诺如果他帮助警方，将来警方要放过他的家人，杰西听后没有立刻作答。马克斯与凯特琳假装情侣混入了变种人医院，在医生为马克斯缝合伤口时，他发现凯特琳也受伤了。

医生怀疑凯特琳受到了家暴，于是悄悄报了警。而此时凯特琳假扮医生已经成功拿到了药品，于是凯特琳与马克斯急忙逃离了医院。当他们赶回总部时，克拉丽斯的病情已经十分严重了，总部四处布满了不稳定的传送门。凯特琳见此急忙为克拉丽斯注射了药物，最终将她从死亡边缘拉了回来，而变种人总部也恢复了平静。

苏醒的克拉丽斯向约翰道歉，约翰安慰她不要在意。中央实验室内，坎贝尔教授让手下的医务人员调取变种人的所有资料，结果他发现了60年前里约发生的变种人恐怖袭击资料。他灵光一闪，于是决定找杰西警官聊聊。

洛娜孤身一人在监狱的禁闭室里回忆着与马克斯初识的那段时光，当时马克斯对自己变种人的身份还很排斥，幸好洛娜在身边开导他。而且两人在相处时还互相产生了好感，最终确立了恋人身份。正当洛娜沉浸在回忆中时，杰西开门走了进来，他劝洛娜与他合作。

而且杰西还拿马克斯的安危威胁洛娜，可洛娜并没有动摇。随后杰西告诉洛娜，如果她肯合作，杰西会送她去另一个监狱，并保证将来孩子出生可以见到爸爸妈妈。洛娜深信马克斯会来救她，所以对于出卖同伴的想法，她毫不动心。

约翰与马克斯在变种人地下组织跟大家开会商讨营救洛娜的行动。马克斯还是想依赖克拉丽斯的超能力，穿越时空将洛娜救出。毕竟洛娜是因为救克拉丽斯而被抓的，他相信克拉丽斯会帮忙。但克拉丽斯自从上次大病后，她完全无法控制自己的能力。

马克斯听后情绪很激动，他让约翰训练克拉丽斯，可约翰也无从下手，毕竟时间有限，其他小伙伴也感到十分焦急。凯特琳在一旁听完大家的讨论后觉得太暴力了，他提议求助律师，他相信社会还是有法律约束的。可此话一出，遭到了现场所有变种人的反对，包括安迪和劳伦。

尽管如此，凯特琳依旧一意孤行，她决定联系自己的弟弟丹尼，他在上流社会有不少人脉，凯特琳希望借此能帮助自己。为了能让克拉丽斯尽快恢复能量，约翰的女友索尼娅提出想将自己和约翰的记忆植入到克拉丽丝的脑海中，让克拉丽斯产生幻觉。

但约翰觉得这样做不妥，于是拒绝了索尼娅的提议。半夜，凯特琳悄悄来到孩子们的房间，她说自己要去找丹尼帮忙，让孩子们在这里呆着。安迪和劳伦听后执意要和母亲一起去，于是三人偷偷离开了变种人基地。凯特琳已经很久没见丹尼了，大家没有花费太多时间寒暄，便直入主题。

丹尼通过网络已经知道了凯特琳一家的遭遇，他不想惹祸上身，于是拒绝了凯特琳的恳求。同一时刻，约翰在训练克拉丽斯时，感应到了凯特琳一家昨晚偷偷离开的事情，于是他开始担心起来。里德为了履行之前与杰西谈好的合作，他假装从监狱逃跑了，然后来到马可斯之前带他进行接头的酒吧找变种人酒保帮忙。

酒保对里德还是有防戒心的，但在里德情真意切地恳求下，酒保最终选择相信了他。酒保准备趁天黑将里德和另外一对变种人母女带到组织交接点，将他们转移到安全区域。通过与那对变种人母女的接触，里德逐渐被她们的善良和纯真打动。

他渐渐发现可怕的并不是变种人，而是普通的人类。但里德身上已经被杰西安装了追踪器，他不想当杰西的帮凶，于是在前往交接点的路上，里德故意从酒保的车子上跳了下来，杰西的追踪计划就这样泡汤了。当凯特琳和丹尼聊天时，孩子们被丹尼轰到房间里打游戏了。

劳拉在浏览网页时发现社交媒体上，有些恶霸同学在安迪家门口写了侮辱性的词汇，甚至还拍了照片。安迪看后十分愤怒，他按捺不住自己的情绪，能力随即爆发，结果弄坏了桌子上的铁像。约翰和马克斯根据线索追到了丹尼家，他们将熟睡的凯特琳叫醒并劝他离开，这时丹尼发现了他们，双方发生了口角。

正当大家争执不下时，邻居包围了丹尼的家。原来安迪的表亲把安迪释放能力后弄坏的雕像拍照发了上网，结果大家便知道了他们的行踪。事已至此，约翰带领大家急忙撤退，虽然变种人不想伤害人类，但邻居们却开枪想打死他们。

顿时场面一片混乱，大家上车准备逃跑，可人类却开枪紧追不舍。正巧这时索尼娅打电话给约翰询问情况，她发现约翰等人身处险境。现在唯一能救约翰等人的只有克拉丽斯的空间转移了，索尼娅为了让克拉丽斯尽快恢复超能力，她便把自己和约翰的记忆植入到克拉丽斯的脑海中。

克拉丽斯为了救“男朋友约翰”，超能力瞬间被激发，大伙终于逃脱出来。克拉丽斯见约翰安然无恙后，她激动地拥抱了约翰，约翰从中感到了不正常，于是他便猜到这一切都是索尼娅在搞鬼。坎贝尔博士主动打电话与杰西联系，他提出想与杰西合作，并让杰西安排他与里德见面，可杰西拒绝了坎贝尔的要求。

两年前，约翰和他的好朋友古斯一起前往变种人安置基地救人，但由于军方守卫森严，而且他们还安置了红外线自动射击武器，约翰等人很快便被发现了。为了掩护大家撤退，具备电磁干扰能力的古斯留下来善后，结果他不幸被军方人员击中，当场毙命。

现在……洛娜被杰西带到了另一处监禁室关着，怎料她在那里遇到了里德，杰西准备把他俩转移到另外的监狱。洛娜看到里德后对他十分厌恶，毕竟当场正是里德威胁洛娜与警方合作的。可洛娜并不知里德现在和她是一个战线的盟友，因此无论里德怎样恳求洛娜信任自己，洛娜都对他不予理睬。

约翰在总部与大家协商如何救出洛娜和里德，因为此次行动危险性很大，他让大家自愿参与，结果最终只有6个人愿意帮忙，其中就包括马克斯，克拉丽斯，凯特琳。大家思前想后还是决定偷偷潜入监狱救人，可难度很大。这时，凯特琳回想起了里德给她的讯息，她说杰西可能要将洛娜和里德转移到别的监狱，他们可以在转移途中将洛娜和里德救出，马克斯听后认为这是个好主意。

大家分配了各自的任务，安迪和劳伦在说服了妈妈之后，负责搞坏运输车的轮胎，让车停下来，而马克思和隐形人哈利负责分散警方的注意力，而约翰和克拉丽斯负责利用传送门救人。一切安排妥当后，大家才发现他们并不知道具体的时间和警方的行车路径，为了得到讯息，马克思决定重回毒贩集团，求他们帮忙。

马克思以前曾效力于毒贩集团，而且毒贩集团老板的女儿卡门对马克思情有独钟，可马克思却为了洛娜甩了她，双方关系弄的很糟。但为了洛娜，马克斯愿意放下自尊去求卡门。卡门利用这次机会，她让马克斯用超能力威胁偷她毒品的小偷说出毒品的下落。

马克斯以前十分反对这样做，但为了拿到讯息，他只好妥协。最终他得知警方的车辆会在明天上午的10点经过格林大街，约翰等人决定过去提前布局。按照之前的计划，安迪和劳伦要在预定的地点让车胎坏掉，可关键时刻安迪的超能力却使不出来，劳伦急的用激将法激怒了安迪，两人才勉强完成了任务。

但随着车胎爆炸，杰西也察觉到了变种人的存在，他立刻让警察拉起警戒线。随后，哈利利用自己的隐身功能准备移动到装甲车附近，怎料走到一半，他的超能力突然消失了，警察发现他后立刻开枪射击，哈利被击倒在地。同一时刻，马克斯和约翰等人也发现自己的超能力不见了，马克斯不得已只好掏出手枪与警察展开了枪战。

混乱中，杰西担心囚犯被掳走，于是他命人将车内的洛娜和里德转移，于是洛娜在转移过程中脱下了钢圈。正在这时，约翰找到了阻止超能力发挥的源头，原来一切都是古斯搞的鬼，因为古斯被警方操控了。约翰不得已只好将古斯打晕，这样大家又重新获得了超能力。

洛娜获得超能力后，她利用里德腿里的钢钉杀死了守卫的警察，然后在马克斯和约翰的帮助下，大家顺利逃离了现场。面对这样的结果，杰西十分愤怒，他发誓要想尽一切办法将他们抓回来。

四年前，杰西和妻子带着女儿格蕾丝在公园野餐，他们正好赶上了变种人示威游行。杰西发现不妙后急忙呼喊女儿离开，但时间来不及了，女儿最终被变种人发出的强烈电波杀死了，因此杰西才会如此痛恨变种人。洛娜和里德被约翰等人救出后，杰西十分愤怒，他发誓要将他们重新抓回。

在逃跑过程中，军方的无人机还是锁定了约翰等人的位置。为了掩护约翰和里德等人撤退，洛娜和马克斯决定单独行动摧毁无人机。洛娜利用镜子的反射原理，让马克斯用激光击中了飞行的无人机。当约翰带着里德等人返回变种人总部时，他发现这里的人突然增多了，在询问莎吉以后才得知，原来军方正不断攻击各地的变种人总部，所以大家才逃亡到了此地。

里德与安迪、劳伦见面后激动地拥抱在了一起，他们一家人终于团圆了。这时变种人群中突然冲出一个人将里德推打在墙上，原来这个人当初就是里德送进监狱的。这个名为“隐形”的变种人将自己的遭遇告诉了大家，大家对里德这样的政府人员十分痛恨，因此大家反对里德在这里停留。

双方僵持不下时，一旁传来了求救声。原来哈利在救洛娜时被枪打中了，他现在急需凯特琳的救治。里德让凯特琳先去忙，他会自己处理好与变种人的问题的。凯特琳让克拉里斯准备所有可以用的药物，她准备给哈利做手术。杰西利用卫星定位大概锁定了洛娜和马克斯的逃跑方向，他准备利用警方所有的兵力抓捕两人。

变种人组织的莎吉从电波中察觉到了此事，她立刻叫来约翰分析情况。里德得知后也跟了过来，里德以前也曾参与过这种抓捕活动，他很快便猜出这时杰西的阴谋。于是里德提醒约翰警方要抓捕洛娜和马克斯，而且很快便会找到这里，所以他们必须立刻准备对策。

洛娜和马克斯开车返回变种人总部，在路上两人讨论未来与孩子的幸福生活，结果他们开进了杰西布置的陷阱中，并与杰西相遇了。可人类始终敌不过变种人，杰西很快便被洛娜控制了。洛娜将杰西带到一处偏僻的厂房审问，他们想从中得知“脉冲”为何会帮政府对抗变种人。

为了保护变种人总部，里德提出主动出面引开警方的注意力，让他们误以为变种人已经从这里转移。这个方法很好，但里德有可能会再次被抓，为了孩子和老婆，里德决定冒险一试。约翰派之前与里德有冲突的“隐形”与里德合作，毕竟“隐形”方便撤退。

两人相约等计划完成后，他们在3个街区外的路口汇合撤退，可里德赶到后却没见“隐形”的踪迹。于是里德急忙逃跑，幸好最终发现了“隐形”的车，两人才逃了回来。索尼娅见马克思迟迟不归便打电话询问情况，马克斯叫索尼娅也赶来，于是克拉里斯利用空间转移与索尼娅到了那里。

怎料他们刚到，警方便找到了那里，然后将他们包围了。情况紧急，洛娜急忙让索尼娅利用超能力进入杰西的大脑，寻找有关“脉冲”的信息。可警方不断往屋内扔催泪弹，洛娜等人不得已撤退，最终还是没有得到答案。哈利的情况越来越糟，凯特琳不得已硬着头皮为哈利做手术，取出子弹。

手术过程中，哈利出现了大出血的情况，劳伦立刻用超能力堵住了血管，而安迪在旁还用自己的血为哈利输血，最终在大家的努力下，哈利终于被救了回来。里德回到总部后与家人吃了一顿丰盛的晚餐，安迪提起全家逃到墨西哥的计划。

里德说他想留在这里帮其他变种人的忙，大家团结起来才是最重要的，最终一家人接受了这个决定。克拉里斯自从亲眼见到索尼娅催眠杰西后，她才意识到自己对约翰存在错误的记忆都是因为==在作怪，于是她找索尼娅对峙，索尼娅只好承认了一切。

杰西被拯救后返回了家，他的记忆受到了影响，他误以为女儿还活着。杰西的老婆得知后告诉了他真相，杰西听后悲痛欲绝，他再次承受了失去女儿的痛苦。

四年前，变种人游行示威结束后，约翰和朋友们在路边组织募捐活动。有几名人类对变种人十分痛恨，他们开车将雷管扔向了约翰所在的地方。约翰为了保护同胞，他将雷管捡起扔向了没有人员的地区，结果雷管和附近的车爆炸了。

现在……在里德的帮助下，约翰得知脉冲的改变可能跟位于东南部的联邦大楼有关系，他决定和马克斯商议赶到那里，寻找真相。约翰找到克拉丽斯，他希望克拉丽斯可以帮他们忙，可遭到了克拉丽斯的拒绝。克拉丽斯还在为之前索尼娅偷换她记忆的事情而生气，她质问约翰是否爱过自己，可约翰却一言难尽，克拉丽斯听后生气地离开了。

大家集结在一起讨论如何进入联邦大楼，可克拉丽斯走后情况并不乐观。这时路过的安迪突然提出他可以瞬间摧毁一堵墙，带大家进入大楼。里德听后想阻止儿子的加入，可安迪却说他有能力保护自己，他也想为组织做些事情。最终，约翰决定派里德，马克斯，安迪三人前往联邦大楼。

在前往联邦大楼的路上，里德试图与儿子安迪谈心，解开父子两的心结。怎料这时交警拦下了他们这辆车，躲在车里的安迪等人十分惊慌。在警察检查车厢时，马克斯利用自己的超能力使用了障眼法，勉强才躲过此劫。接下来的旅程中，马克斯与里德讨论起了如何做一名好父亲，里德也反省了很多事情。

凯特琳和劳伦留在大本营照顾伤员时，凯特琳发现洛娜正在训练变种人孩子们增强技能，迎接战斗。随后，劳伦也加入了其中，凯特琳很反对洛娜的做法，所以她将劳伦带走了。劳伦在大本营中认识了一个帅气小伙名叫韦斯，两人很聊的来，而且还能相互分享变种人的秘密。

为了哄劳伦开心，韦斯经常利用超能力给劳伦变出一些美景。杰西为了抓捕变种人，他不顾上司颁布的停职处罚，坚决要回办公室工作，而且他上班的第一件事便是联系坎贝尔博士。坎贝尔动用关系恢复了杰西的职务，而且还向杰西索要了变种人的资料。

里德一行三人来到联邦大楼的地下停车场，然后安迪利用超能力撕裂了墙，然后便回到了车内。里德和约翰闯进去撬开保险箱拿走了变种人的资料，然后他们还救出了部分被囚禁的变种人，约翰收到消息后命令莎吉赶紧腾出空间接纳同伴。

在撤回总部的路上，马克斯发现警车正悄悄尾随着他们，单并没鸣笛。里德急忙让约翰查看警方的公告，果然他们发现警方正封锁道路，准备瓮中捉鳖。劳伦听后立刻提议让韦斯过来帮忙，他可以制造假象，帮助马克斯等人逃脱。

于是洛娜带着劳伦和韦斯赶过去帮忙。洛娜让卡车司机无论发生什么事情都不要停止，然后劳伦利用超能力让卡车悬空，跨越警方的围堵，然后洛娜控制警方的子弹，韦斯制造假象让警方追踪了错误的卡车，最终大家成功脱险，返回了大本营。

杰西得知此事后更加动怒，他召开紧急会议，制定了新的变种人抓捕计划。半夜，正当马克斯和洛娜依偎着睡觉时，卡门突然打来了电话，卡门让马克斯立刻出现在她的面前，为她办事。

深夜，卡门打电话给马克斯，要求他第二天早晨必须到她的别墅报道。为了兑现之前的承诺，马克斯只好答应下来。第二天早晨，马克斯以取物资为由要求外出，洛娜想一同前往，可被马克斯拒绝了。马克斯临走前翻出之前在毒贩集团佩戴的项链，希望保佑自己平安。

自从洛娜与里德被救后，警方对变种人的搜查越来越严密，约翰担心在外流浪的克拉丽斯会被警察抓住，然后暴露了大本营的位置。于是约翰决定独自一人外出寻找克拉丽斯，将她带回来。约翰利用感应超能力，成功在一处偏僻的废屋找到了流浪的克拉丽斯。

克拉丽斯说她不想回去，她想寻找梦境中经常出现的那个街道，解开这个疑虑。约翰为了弥补之前犯下的错，他决定帮忙。约翰认为那个地方对克拉丽斯应该很重要，所以它才会经常出现。于是约翰提醒克拉丽斯回想小时候的事情，最终克拉丽斯想到了儿时的孤儿院。

约翰和克拉丽斯一同来到了郊区的孤儿院，当他们踏上草坪时，约翰感应到已经有政府人员来过。于是两人谨慎地搜查着房间，结果他们发现屋内的孩子们都遇害了，地上一滩血水。克拉丽斯看后十分伤心，通过此事，她深刻地意识到要与其他变种人团结，共同对抗政府，为她的弟妹们报仇。

于是克拉丽斯返回了变种人组织。韦斯与劳伦互有好感，两人在屋顶闲聊时越发的投缘。里德与哈利整理偷回来的变种人资料时，他发现韦斯曾经利用超能力犯过案，而且是被警方通缉的变种人。里德认为女儿不应该和这样的人交往，于是找到了劳伦，并把查到的一切告诉了劳伦。

劳伦听后无法接受真相，而且她认为父亲是故意拆散她与韦斯，于是气愤地跑了出去。事后，里德开始反思自己的行为，凯特琳也在旁开导着里德，劝他耐心解决此事。经过深思熟虑后，里德决定找韦斯谈谈，并让他向劳伦道歉并祈求原谅。

杰西复职后便与坎贝尔博士建立了合作关系，坎贝尔利用杰西想为女儿报仇的心态控制了杰西，提议让杰西同意他的项目。坎贝尔想训练一批变种人线人，打入变种人组织内部，从而消灭外面的变种人。政府安全部人员得知此事后来找杰西谈话，并召开了公开会议讨论此事，怎料会议上，政府安全人员突然一阵头疼晕倒了，而这一切都是坎贝尔让变种人偷偷干的。

马克斯与卡门见后，卡门为马克斯安排了任务。今天卡门准备带人摧毁对手的毒品仓库，她需要马克斯利用超能力点燃毒品。马克斯在行动前再三强调他不会杀人，卡门也同意了。半天过去了，洛娜发现马克斯迟迟不归有些担心，偏偏马克斯的电话又无人接听。

洛娜开始怀疑马克斯有可能去了卡门那里，为了调查真相，洛娜邀请索尼娅同她一同前往。通过读取卡门家守卫的思想，洛娜和索尼娅得知了马克斯的去向。赶到现场时，洛娜看到马克斯利用超能力点燃了仓库，现场爆炸声四起。

洛娜对马克斯十分失望，于是话也没说便与索尼娅离开了。晚上，马克斯假装什么都没发生一样返回了变种人总部。洛娜拆穿了马克斯的谎言，并质问他的所作所为。马克斯急忙解释他所作的一切都是为了大家好，可洛娜不听，两人吵了起来。

自从与里德谈完话后，韦斯决定向劳伦道歉并坦白自己的过去。劳伦听后被韦斯打动，她原谅了韦斯，然后大胆表达了自己的爱意，两人终于在一起了。

里德将调查出的政府与坎贝尔博士合作的事情告诉了妻儿，巧合的是，坎贝尔博士所在的公司是里德父亲曾工作的公司。里德认为查出真相的唯一捷径是从他父亲身上下手，约翰听后没有理会。刚接到消息佩里站的变种人基地刚刚沦陷，约翰、马克斯等人需要急忙开车过去接伤员和幸存者。

洛娜还在为卡门的事情与马克斯怄气，所以她不准备参加行动，于是约翰带着马克斯、克拉丽斯等人准备出发了。到了佩里站后，约翰与当地的教父接洽，在转移幸存者时，其中一名读心人说有一位幸存者状态不太对。于是约翰主动与那个嫌疑人克洛伊说话，怎料约翰发现她手腕处有哨兵所的刺青，此人发现身份暴露后，立刻动手袭击了约翰。

幸好在大家的共同合作下，克洛伊被成功制服，约翰将她带回了总部。针对这一情况，大家决定好好讨论商量对策。凯特琳为救回来的幸存者包扎伤口，而洛娜和索尼娅负责审问克洛伊。可由于克洛伊移动速度非常快，索尼娅根本无法读取她的想法。

洛娜准备用刀威胁克洛伊坦白，可马克斯不同意这么做，两人还再次争执起来，最终一无所获。正当马克斯与洛娜在牢房旁争吵时，马克斯发现里面的克洛伊表现很暴躁，就像毒瘾发作一样，于是他叫来了凯特琳。大家分析这个变种人可能吸食“基克”，“基克”是变种人的毒品，大量吸食后会出现幻觉，觉得自己很强。

安迪和劳伦合作控制了克洛伊，然后凯特琳为她注射了镇定剂，这样他们才将克洛伊控制住了。为了弄清哨兵所的阴谋，约翰和里德决定去隔壁小镇寻找失联多年的父亲奥托，询问关于坎贝尔博士公司的事情。奥托得知事情的经过后不肯吐露真相，于是里德好言相劝，并坦白此时关系到安迪和劳伦。

最终奥托心软了，他将里德叫到了楼上单独谈话。奥托向里德坦白，他们家从里德爷爷那辈开始就有了变种人基因，其实里德和奥托都是变种人。而且他们的祖先曾是变种人龙凤胎，他们家族的超能力强大无比。为了摆脱这个身份，奥托才进入了特拉斯克基因公司，可经过多年的研究，奥托一无所获。

他制作了一条半成品，并注射到了里德的体内，怎料实验竟然成功了，因此里德后来变成了正常人。里德听到父亲的解释后十分吃惊，他没想到这些年父亲所作的一切都是为了他好。奥托提醒里德，千万别让安迪与劳伦手牵手使用超能力，因为他们合体的超能力威力无比。

正当两人谈话时，约翰闯了进来，他说哨兵所的人和坎贝尔追了过来。坎贝尔让古斯屏蔽了附近的超能力，因此约翰和里德无法逃脱。在凯特琳的救治下，克洛伊逐渐恢复了意识，可她仍无法说话。为了弄清克洛伊想表达的意思，凯特琳找来了读心人埃斯梅。

埃斯梅从克洛伊的思想中得知了她的遭遇，而且克洛伊现在十分痛苦，她在临死之前向大家传达了特拉斯克公司的地点，和坎贝尔博士的阴谋。奥托为了里德决定下去谈判，可坎贝尔坚决要抽查房间，古斯的超能力无法屏蔽奥托的超能力，因此奥托用超能力袭击了坎贝尔等人。

最终在剧烈的爆炸下，古斯和奥托身亡了，而坎贝尔带人都逃走了，里德和约翰悲痛地将他们安葬，然后返回了变种人总部。

一年前，里德带着全家人出去郊游，安迪和劳伦在一旁练习操控滑板。怎料劳伦不小心失去了平衡，正当她要摔倒时，安迪伸手拉住了她。也正因为两人握了手，手中突然产生了巨大的光束，两人看后惊呆了，但他们并没有将此事告诉里德。

现在，里德躲在无人的房间里回想小时候发生的事情，这时凯特琳出现了，里德将自己知道的秘密告诉了凯特琳，凯特琳听后十分吃惊，凯特琳担心这个事情会毁掉他们的生活。埃斯梅股东约翰带领大家去公司解救那些被控制的变种人，可大家为了谨慎考虑，决定准备好一切再动手。

索尼娅认为埃斯梅是别有用心，大家应该冷静分析这次活动。可约翰此刻内心充满了内疚，他想要尽快将同类解救出来，挽救之前的过失。晚上，安迪和劳伦都没有睡，安迪透露他在图书馆了解到了他们家族的历史。劳伦看到他们的祖先是大魔头后无法接受，于是阻止弟弟接着讲下去，然后两人便睡觉去了。

另一间房内，洛娜做着恐怖的梦，她梦到马克斯等人被警方关了起来，而自己的孩子也被关了起来，于是洛娜在激动中惊醒，并催促马克斯尽快救那些被囚禁的同类。而此刻有人正站在门外，原来洛娜的梦正是埃斯梅造成的。经过莎吉的排查，她发现了一家特拉斯克基因公司员工经常去的酒吧，于是索尼娅和洛娜决定前去打探消息。

索尼娅通过读取一名保安的思想得知了特拉斯克基因公司的内部情况，然后与大家分享了信息。公司内部的警报系统十分严密，他们根本无法闯进去救人，这时莎吉注意到特拉斯克基因公司旁有个供电站，他认为大家可以从这里入手，进入囚禁变种人的监狱。

里德担心安迪和劳伦的超能力会产生毁灭性的能量，于是他让安迪和劳伦尝试拉手，看看会发生什么。第一次尝试后，两人之间什么都没有发生，里德和妻子看后渐渐放下了心。这是安迪提出再次尝试，他让劳伦和他一起用意念感应一下，怎料这次两人之间产生了巨大的力量，而一旁的里德发现不对后立刻将他俩分开了。

正当大家商量如何攻破供电站时，埃斯梅提议可以像上次那样，请安迪和劳伦帮忙，于是大家找来里德商量。在征得里德的同意后，安迪和劳伦加入了此次活动。大家准备让索尼娅带领安迪和劳伦破坏供电站，而莎吉在总部黑入特拉斯克基因公司的监控系统，让对方无法察觉，而约翰等人趁机进入。

活动当天，杰西像往常一样检查员工的工作情况，他发现其中一名保安突然请假了。杰西觉得事有蹊跷，于是让人查了这名保安的权限浏览信息，结果他发现了约翰等人的阴谋。他立刻组织了行动小组，然后秘密前往了供电站，准备抓捕索尼娅等人。

果然，正当安迪和劳伦跟随大家在供电站里寻找中心室时，杰西带着人和抓捕机器人赶了过来。索尼娅得知大家被包围后急忙带着大家逃跑，可追踪他们的机器人很快便确定了他们的位置。而且由于机器人获得了升级，它可以巧妙地避开安迪的超能力。

最终克拉丽斯与索尼娅为了保护安迪和劳伦，在途中被捕了。安迪和劳伦被逼到供电站的地下室内无路可逃，劳伦决定与安迪合力启用巨大的能量，将墙体摧毁逃出去。可安迪觉得这样做会使整个楼房倒塌，连累无辜的人，两人最终没有这样做。

杰西赶到后将他俩抓了起来，并为他们戴上了能控制超能力的项圈。

凯特琳和里德亲眼看着一对儿女被人活捉，别提多揪心了。劳拉、安迪，索尼娅和克拉丽丝被捉进特勤局的监狱后，变种人们纷纷为里德和凯特琳出谋划策，但组织中有些反对的声音，不想插手这家族的事情。热心的马可斯自然是救人行动的主力军，但洛娜怀着孩子，她不想马可斯因为救人而把自己搭进去，无论是为了她自己好，还是为了腹中孩子好。

刚刚被组织救回基地的读心术女孩埃斯梅，看见特拉斯克的负责人坎贝尔博士似乎想对安迪他们出手，正派人前往特勤局。埃斯梅知道安迪他们去到特拉斯克便会被当成白老鼠般的实验对象，但凯特琳和里德在埃斯梅的劝说下，试着去求助特纳。

特纳虽然是特勤局的人，现在也因丧女之痛而对变种人怀有私仇，但在里德心目中他是目前唯一靠得住，能合作的人。在捉回来的变种人中，特纳尤其讨厌索妮亚，因为她夺走了自己关于女儿离世前的记忆。就在特纳打算寻求方法逼索妮亚把记忆还给自己时，坎贝尔博士的人便来到特勤局，把几名变种人带走了。

安迪等人来到特拉斯克公司，他和姐姐劳拉便被关在一个奇怪的实验室，而索妮亚和克拉丽丝则被关在另一个地方。坎贝尔博士知道这对姐弟的能力，对他们十分感兴趣，加上他们家族的基因，因此要对他俩进行特殊的实验，要求他们在封闭的实验室中重现芬里斯双子的能力。

安迪和克拉丽丝起初想反抗，但道高一尺魔高一丈，坎贝尔博士透过屏幕，在他们面前开枪打死了索妮亚。姐弟俩忍无可忍，终于牵了手。一瞬间，被设计得毫无破绽的实验室被扭开了一大块，而外面的办公室也遭到了损毁。虽然两人还未能破坏实验室，但他们的能力足以让坎贝尔叹为观止。

凯特琳和里德劝服了特纳帮忙，特纳派了一队特勤局的人员，以非法实验的名义，把安迪他们带走了。洛娜见状，也不说什么，于是让马可斯按自己的想法行事。变种人组织主动了一队人马，埃斯梅也跟着前去。凯特琳和里德在组织中和后援人员聊天时，发现了埃斯梅的谎言。

大伙儿一直以为凯特琳和里德去找特纳帮忙是自己的想法，没想到是埃斯梅的提议。与此同时，在特勤局押送犯人的行车路线中进行埋伏，也是埃斯梅的提议。原来埃斯梅并不是真心想帮马可斯他们，因为她自己有想救的人。她要救的人，是自己的另外两位姐妹。

三人的力量，不仅仅是读心术，还能控制别人的思维。三人聚在一齐，立即控制了特勤局的特工们，让他们自相残杀。在囚车中的变种人们，包括劳拉、安迪，看见眼前景象后都傻了眼。埃斯梅杀了许多的普通人，连坎贝尔也不例外。

在埃斯梅的介入之下，变种人们摆脱了特勤局的控制。尽管他们重获自由，但对埃斯梅三胞胎并无太多感激之情。因为她们造成的伤亡太惨重了，哪怕那些是敌人，但他们很多也只是为了工作，罪不至死。这次的事件，让里德好不容易争取回来特纳的信任，再次瓦解了。

特勤局方面，在特纳的主持下，给命丧埃斯梅只手的特工们都给予了厚葬。变种人基地的成员也陷入了一片愁云惨雾，自从世界大规模地屠杀变种人后，他们的成员便一直在减少，每天都在提心吊胆地活着。这次的事件，索尼娅牺牲了，约翰在人前强忍悲痛，自己独处时，悲伤一发不可收拾，男儿泪流之不尽。

克拉丽丝看在眼里，为他感到难过和惋惜。这次的袭击，埃斯梅三胞胎早有预谋。她们回到自己的组织，地狱火俱乐部，和接头人会面。地狱火俱乐部是历史悠久的一个组织，成员都是一些有社会地位的变种人。作为变种人，地狱火俱乐部一直密谋着与普通人类进行对抗，但他们和地下基地的成员不一样，他们采取的方式，往往更凶残，更极端。

埃斯梅这次的任务，是拉拢历史上有名望的变种人家族与俱乐部结盟，比如劳拉和安迪。很多人都猜出了埃斯梅的心思，并知道她们背后有强大的势力。渐渐地，地下基地变产生了两个持有不同观点的派别。一方认为埃斯梅另有所图，另一方面则强烈要求与埃斯梅合作，保住基地。

地下基地人心各异，这次的事件，安迪和劳拉有不可推卸的责任，斯特拉克一家决定暂时离开基地，寻找其他自卫的方法。劳拉把家人带到费尔伯恩职业学院，她的男朋友韦斯在此处进行接应。劳拉与韦斯分隔多日，刚见面便如胶似漆。

里德看见女儿的脸上出现了久未绽放的笑容，也不再对韦斯有所偏见，认为只要女儿快乐，其他事都可以放在一旁。地狱火俱乐部的高层催促埃斯梅尽快完成拉拢重要盟友的事情，三胞胎别分别找到安迪和洛娜，劝说他们作为代表，加入自己的阵营。

洛娜对埃斯梅怀有戒心，但心底里却是希望寻找有实力的盟友，对抗特勤局和实验室的人。埃斯梅为了劝说洛娜，把她一直三缄其口的身世拿出来谈。原来洛娜的父亲是变种人名门，不仅是地狱火俱乐部的成员，还是一位出色的领军人物。

洛娜自从怀孕后，她的能力变越发地出众，她体内流着深厚的变种人基因血脉，维护变种人，是她的使命。特纳不知从哪里收到变种人基地的消息，带上一支拥有高科技和大量被驯化的变种人军团，一起攻打了变种人基地。大伙儿又得一边逃跑一边对抗，流离失所。

就在大伙儿被特勤局的人追杀时，安迪他们和马可斯汇合后，便一起逃跑，突然间，安迪听见了一个声音，随便让大家跟着他指去的方向逃跑。事已至此，大家被逼进末路，只好信任安迪。果然，埃斯梅早已控制了特勤局的人的思想，在路上挟持了车辆，带大家撤离。

大伙儿再一次欠了埃斯梅的人情，但他们不知道，这一切都是埃斯梅计划之内的事。

埃斯梅三姐妹再次介入特勤局和变种人基地之间的冲突，让基地的同伴们，产生了意见的分歧。有人意识到普通人类世界要把他们赶尽杀绝，他们必须奋起对抗才能生存。另一派的人却认为过激的反抗只会让双方的关系越演越烈，只有通过和平的解决方法，才能让双方在地球上和谐共存。

洛娜、安迪听了埃斯梅对地狱火俱乐部的介绍后，虽然对这三姐妹有所顾忌，但这个强大神秘的组织，对他们有着致命的吸引力。最近的几场冲突，在人类社会一石激起千层浪。在坎贝尔教授的推动下，夏洛特市即将举行一场名为“人类权益峰会”，实为探讨对变种人赶尽杀绝的集会。

会议上，众多政要、富豪都会出席，他们这次不分肤色、不分阶层，只为同一个目的，为了自己的种族而去灭绝另一个种族。基地的同伴们收到这个消息后，决定采取行动。他们认为里德的父亲奥托研究了抑制X基因的课题这么久，一定有一些具有价值的东西。

就在斯特拉克一家努力回想家里发生的事时，坎贝尔教授也跟他们想着一样的东西。里德的母亲被坎贝尔盯上了，大伙儿发现时，里德他们立即赶去。在向老母亲解释一番后，总算让老母亲了解清楚奥托的所作所为，还有里德、安迪和劳拉的真正身世。

然而特勤局并未仁慈地让这家人多享受一会儿天伦之乐，很快，他们便追到保险公司门口。自从索尼娅死后，安迪便恨透了特勤局，他觉得索尼娅的死是自己的错，如果那天他和劳拉施展能力，那么索尼娅就不用死。特勤局的人追来时，安迪对他们下了狠手，幸得劳拉及时阻止并拉走他，才没有让无辜的特勤局职员丧命。

另一边厢，洛娜和埃斯梅还有约翰、克拉丽丝他们结伴，先是利用超能力挟持了一名拥有参会资格但行动不便的富翁，让他以换保镖的方法，把洛娜和埃斯梅换走原来的保镖，让他们混进会场。这位目标富翁是曾经参与了折磨变种人的实验，埃斯梅对他恨之入骨，在达成目的后，打算痛下狠手，可是被克拉丽丝阻止了。

克拉丽丝看在眼里，觉得埃斯梅即使帮助变种人组织，但她跟大伙儿不是一路的。里德一家依依不舍地和老母亲分别，离别时，老母亲告诉了里德他们一个重要的消息，就是奥托曾经和一位叫玛德琳的旧同事经常联系，找到她可能会获取一些有用的资料。

洛娜他们混进会议后，在会场里制造了混乱。特勤局的人毫不留情，约翰在一片混乱中受了伤。变种人的闯入并未让坎贝尔受挫，反而让更多的政要富豪看见了变种人的残暴，让双方的关系更加紧张了。

对于安迪来说，索尼娅就如良师益友，但他本来有能力救走索尼娅，却眼白白地看着这位良师益友就此被打死。安迪心中压抑着太多的愤怒却无从发泄，渐渐地，他的心理产生了变化。之前的几次事件，劳拉和安迪也起了不少冲突，突然间，劳拉觉得弟弟越来越陌生，甚至有点可怕。

特纳这时调用了新的“猎犬”，两名擅长跟踪的变种人。特勤局局长这时也因为人类权益峰会遇袭一事，给特纳施压。幸好，两位“猎犬”并未让特纳失望，不一会儿，便通过情景再现和线索跟踪，找到了变种人基地目前的位置。

经历了许多事件后，洛娜几乎总是在九死一生的边缘上行走。自从怀孕后，她觉得自己的能力越来越强，加上埃斯梅老是在她身边吹耳边风，提起她的父亲，她的能力，还有人类以前对她的折磨。她爱着马可斯，爱着他们的孩子，也正因为如此，她意识到，只有反抗，才能让自己的孩子生存下去。

坎贝尔教授和华盛顿议员遇袭后，便转移地点，继续协商着扩展对抗变种人的项目计划。殊不知，他们的性命早已危在旦夕。马可斯和约翰发现洛娜不见了，他们质问了埃斯梅几句后，便瞬间明白了。洛娜和埃斯梅的另外两个姐妹已经在赶往机场的路上了。

特纳带着特勤局和“猎犬”对变种人基地发起了猛烈的进攻。大伙儿立即鸡飞狗走地东躲西藏，里德和凯特琳身为普通人类，却没有贪生怕死，而是积极地疏散大伙儿，还出谋划策，为大家寻找新的出口。变种人们能力各异，但只要他们通力合作，便很容易就创造出新的出口。

然而特勤局和“猎犬”也不是省油的灯，他们的速度慢慢赶上了基地的变种人，眼看就快要追上了。安迪和劳拉看着身后的追兵，他们作出了一个决定。里德、凯特琳和其他变种人尽快远离基地建筑物，安迪和劳拉在特勤局始料未及之时，牵着手，家族天赋帮他们毁灭了一整座建筑物。

被毁灭的除了建筑物，还有“猎犬”们，和特勤局的精英。马可斯他们好不容易追上洛娜，可是洛娜心意已决，她使尽全力，载着议员和坎贝尔的飞机在他们头顶炸开了。特纳失去了众多手足，但换来的却是局长的一阵谩骂，说他没有尽职尽责。

这么多特勤局职员的性命，抵不过权贵们的名誉和权术游戏。特纳恨着变种人，可是他累了。把证件在桌面上一搁，他就此离开自己一直坚守的岗位。洛娜回到了变种人基地，可是她没打算留下。她回来是为了召集和自己有共同想法的变种人，劳拉、克拉丽丝看着洛娜，都感到不可思议。

可是在组织中，有不少人走向了洛娜，决定追寻那种以暴制暴的生存方式。安迪在是其中之一，他以自己的能力，对家人说不。变种人和普通人类之间新一轮的战役，就此开启。（完）