年方25岁的达芬奇已经是佛罗伦萨共和国小有名气的艺术家，控制着这个国家的美蒂奇家族（Medicis）决定雇佣他为即将到来的复活节奉献一场壮观的表演。与此同时，他们命令达芬奇发明新的战争机器。一个神秘的土耳其人吸引了达芬奇的注意。

列奥纳多・达芬奇继续寻找《叶之书》（Book of Leaves）的秘密；教皇的侄子抵达佛罗伦萨后立即与一个间谍会面，其真实动机十分可疑；达芬奇设计的战争机器不能令梅迪契家族满意，令双方之间产生裂痕；教皇得知达芬奇拥有非凡的才能。

罗马城一座修女院突然爆发「恶魔附身」事件，众人纷纷将其归罪于梅迪契家族的「不虔诚」。达芬奇当然不信鬼神之说，他决定用科学来进行合理的解释。与此同时，寻找梅迪契间谍的行动扩大。瑞阿里奥与教皇及一个神秘的囚徒讨论自己的失败。

Lorenzo明白那些针对列奥纳多·达芬奇的指控是罗马人制造的阴谋，于是命令达芬奇的父亲Piero da Vinci在法庭上为儿子辩护（尽管父子俩的关系非常疏远）。聪明的达芬奇试图将矛头转向腐败的法官，从而为自己赢得获胜的机会。

在为来访的王室成员表演的时候，达芬奇的行为让那个法官始料未及。Turk突然出现达芬奇的工作室里，给他带来一个「惊喜」。

Turk提供的一条关于《Book of Leaves》的线索引领达芬奇来到瓦拉几亚（Wallachia，原东南欧的一个公国，位于多瑙河和特兰西瓦尼亚山脉之间，1861年与摩尔达维亚联合组成罗马尼亚），他在那里遇到神秘的弗拉德·德古拉（Vlad Dracula，即传说中的吸血鬼之王）。

Lorenzo和Piero与乌尔比诺公爵（Duke of Urbino）会面。佛罗伦萨城对间谍的搜查仍在继续。

达芬奇打造出一种新型潜水服，通过下水道顺利潜入梵蒂冈。他将在那里与教皇和神秘的「囚徒」正面接触。与此同时，Giuliano揭开了罗马城间谍的真实身份。

Pazzi家族计划在复活节杀死Lorenzo和Giuliano（Giuliano在上一集中已经被Lucrezia杀死）。Turk将《Book of Leaves》的具体位置告诉了达芬奇。晚些时候，达芬奇准备尽力营救梅迪契家族，但Lucrezia向他透露了一个惊人的秘密。