三宝自幼跟着法华寺的大德和尚学得一身制药治病的本领，并练得一身高深武功。一天，三宝与大德和尚到镇上赶集卖药，与金陵回春堂大小姐杨翩翩和表哥齐总管在客栈邂逅。晚上，三宝无意中发现药农偷换回春堂的好药，三宝心中不安，于是将偷药一事揭发，药农们遭齐总管痛打，三宝前来帮众人医治，众人决定痛改前非。 因贝勒爷得了一种怪病，大德和尚、三宝及翩翩被带到提督府为贝勒爷治病，三宝与杨翩翩下的结论有差别，提督命二人一起治好贝勒爷的病，否则，拿二人是问。

三宝和翩翩治愈了贝勒爷的病，翩翩诚邀三宝师徒到金陵同行，大德以年事已高软拒，却答应改日让三宝将自己的医术心得送去。三宝师徒途经温家庄，遇到温柔，并与她结下不解之缘。三宝与师傅回到山中，大德明白自己行将就木，毅然赶三宝下山。在去往金陵的路上，三宝想去见温柔，却意外的在温家救了躲在木桶里的温柔，从她口中得知温家惨变，并帮她埋葬了家人。三宝为给温柔治病，花掉所有路费。温柔过意不去，于是将自己偷偷卖身于吉府，换来的钱给三宝做盘缠，三宝不明就里，独自上路。 温柔发现吉府夫妇乃不善之辈，欲逃离，被发现后遭到毒打，幸亏叶展鹏及时出现救走温柔，而温柔却处处警惕叶，叶故意让她逃离，自己则暗中保护。 三宝来到金陵，翩翩不在，齐汗青耍手段将三宝打发出回春堂。

金陵霸主独眼龙受到新霸主梁挺的威胁，两霸主争斗中，三宝救下受伤的独眼龙，将他送到回春堂救治。次日，三宝为化解独眼龙与梁挺之间的恩怨充当和事老，去找梁挺。梁得知三宝是回春堂的人，打听翩翩的事，并答应与独眼龙和解，但要独眼龙大摆酒席当众道歉。三宝归来，巧遇偷吃烧饼被追打的温柔，三宝惊喜。温柔将事情真相告诉三宝，三宝后悔丢下温柔，将她带到回春堂。翩翩可怜温柔的境遇，留下她，温柔巧舌如簧，惹得翩翩母梁静仪喜爱不已。 独眼龙向叶展鹏汇报温家血案，叶指示他让出金陵霸主的位置，退到幕后，更好地为组织服务。

独眼龙摆“和谈酒”，邀翩翩做见证人，在酒宴上，独眼龙与梁挺旧帐勾销，翩翩的豪气令梁挺更生爱意。此时齐汗青与提督大人正在楼上打牌，齐得知独眼龙是刑部的人。翩翩应梁挺之邀到龙王庙游玩，一票市井打闹，被官差通通带入衙门，齐汗青将翩翩领回，遭到梁静仪数落的翩翩则称梁挺为人义气，值得结交。 温柔在回春堂住下后，叶展鹏时常潜藏在回春堂的屋顶上暗中保护她。一夜，突然几个持刀蒙面人闯入温柔房间，叶展鹏出现打退杀手。叶告诉众人，自己是温柔爷爷的学生，他会不顾一切的保护温柔。

梁静仪得知昨晚的打斗事件后，对温柔的遭遇深表同情，但齐汗青对温柔和叶的来历持怀疑态度，叶展鹏登门拜访感谢回春堂对温柔的照顾，为安全起见，他要求带走温柔，但温柔不愿离开三宝，梁建议让温柔留下，叶展鹏不再强求，提出做温柔的老师。 三宝发现店内名贵药材都是假药，禀明梁静仪，梁大发雷霆责令齐汗青追查原由，齐将责任推到张长安身上。 齐汗青的师兄来到金陵，齐称有人挡他的路，要师兄助其除掉他。这天，三宝正在医治被齐师兄打得半死的独眼龙，齐偷偷地在药锅内到入毒药，喝了药的独眼龙抽搐而死。

三宝见独眼龙突然暴毙不知所措，在死证面前三宝百词莫辩，被清兵抓走。翩翩和叶展鹏研究三宝案件时，叶发现其中有疑点，阐明自己的看法。翩翩与齐汗青谈及此事，两人各执己见。翩翩拜托齐汗青营救三宝，齐假意答应。齐汗青偷偷面见提督大人，称只想达到将三宝赶出回春堂的目的。三宝被放出来，但仍然内疚自责。三宝向梁静仪辞行，决定上山找师傅解答疑惑，并委托他们代为照顾温柔。 三宝回到山中见到师傅，讲出这段日子来自己的经历，师傅鼓励三宝不要气馁，并建议他重回回春堂，不要错过机缘。

三宝师徒二人来到山洞，师傅拿出一个锦囊和一卷手稿交给三宝，让他写一本医书概全留给后人，自己即将往生，要三宝下山回回春堂医世救人，然后与世长辞。 温柔失踪了，翩翩要与叶展鹏去找她，被梁静仪阻止，母亲向她提起她与齐的事，才知翩翩喜欢的是叶展鹏。温柔跑到亲人坟前哭诉，叶展鹏赶来安慰她，二人决定去找三宝。三宝在温柔和叶展鹏的开导下，终于决定下山到张府治病。 梁挺上门求亲，却令回春堂惊慌不已，齐汗青回来，二人约定比武定输赢。处在两难中的翩翩称，此二人都不嫁。

三宝去医治张寡妇，他们在草屋内找到张，原来张染上怪病，大了肚子，遭到村里人的唾弃，三宝决定帮张开刀治疗。就在此时，温柔被绑架了。三宝为张开刀取出肿瘤后，不见温柔。叶展鹏一路寻找，终将温柔救回。 梁挺求亲不成，闷闷不乐，这时小兰送来一封信，信上要他备马两匹，明日桥头碰面。梁挺高兴地以为翩翩要与他私奔。原来翩翩是去找温柔，梁挺败下兴来，只好陪同前往。 三宝一行客栈投宿，叶展鹏突见轿内女子大惊，便跟踪而来，得知她是青楼的红角叫如烟。叶回到客栈，感觉店内异常。三人吃饭时，突然杀手冲进来抓温柔，杀手太多，叶要三宝带温柔先走，自己身中数刀。翩翩发现昏死的叶，把他带进药店，亲自治疗。梁挺去找三宝，在牌楼下三人相遇。忽见牌楼上吊着一个人，三宝执意将此人救下。

梁挺等人相聚，欣喜。三宝将所救之人背回，叶展鹏认出此人就是救他的人，并恳求三宝救活他。清兵要抓梁挺，指他拐骗翩翩。翩翩质问齐，齐称这是翩母的意思。翩翩向母亲解释，遭到责怪，在三宝和温柔的请求下，翩母答应留下所救之人。翩翩让齐汗青将梁挺放出来，齐汗青却买通官差，将梁挺毒打一顿，并威胁他好自为之。 三宝去找一尘道人，一尘却不在。赤松道人画了一张一尘道人的画像，三宝四处寻找，未果。此时因天津来的海老板大量收购草药，导致板蓝根紧俏，三宝来找海老板让一些药给回春堂，不料被其戏弄。瘟疫即将爆发，齐汗青与海老板勾结抬高草药价格，回春堂看病人数增多，邱大夫忙不过来，准备请一名新大夫……

邱仲景向梁静仪介绍京城仁济堂的主诊大夫何安（一尘道人），何安的目的是监视温柔等待时机下手，梁同意留下何安。翩翩与齐汗青来见海老板，一女子倒水时，翩翩见手帕上的诗似曾相识，认定此人是叶展鹏的未婚妻晴儿。翩翩找到晴儿，讲出叶对她的思念，晴儿称自己无脸再见叶。瘟疫迅速蔓延，叶展鹏抱着冬儿，要三宝救她，翩翩进来，叶告诉她冬儿是晴儿的妹妹，并讲了他与晴儿的事。这天，叶展鹏来找晴儿，要她跟自己走，晴儿拒绝，叶告诉她冬儿为找姐姐感染疫症。晴儿含泪要叶照顾冬儿，称自己不会跟他走，叶愤然离开。此时，冬儿醒来告诉叶家中的变故。 梁静仪感染疫症，齐汗青与何安怂恿，她决定向海老板买药。晚上梁挺带人抓走海老板和晴儿。

齐汗青得知海老板被绑架，与何安商量，海知道的太多，准备杀人灭口。此时梁挺让海老板签字低价卖出草药，叶展鹏赶来带走晴儿，梁挺让手下看好海老板，自己去提药，何安赶来杀了海老板，齐汗青潜入货仓点火烧药，并一口咬定梁挺放火，小四见事情蹊跷，忙拉梁挺逃离。 叶展鹏带晴儿来看冬儿，姐妹相间激动不已。一队清兵冲进来称海老板被杀，叶展鹏有嫌疑，将叶等人带走。翩翩为救叶展鹏，只身前往卢县找倪大人。

叶展鹏与晴儿被放出来了，二人感激翩翩为救自己吃了不少苦。叶展鹏与倪大人来见提督大人，倪向提督介绍叶为刑部主管，叶告诉倪大人，海老板和独眼龙都是死于大力鹰爪功，倪大人嘱咐他小心行事。 三宝在尝试自己研制的新药时中毒昏倒，翩翩急忙抢救，何安得到启发，新药研制成功。齐汗青在提督府发现回春堂的药，提督告诉他偷卖回春堂药的人是冯苏，梁静仪痛责他，冯苏离开回春堂。齐汗青告诉何安，叶展鹏是刑哺卧底今后行事要小心。何安找好高手在途中袭击三宝，三宝买药归来见四个大汉挑衅他勉强应战，众人不敌逃走。

三宝梁挺等人带药归来路上，见到一批感染瘟疫的难民，三宝决定留下为他们治疗。近来温柔喝了何安的药，总是迷迷糊糊，仿佛见到爷爷，叶展鹏听说此事后，查出有人扮鬼吓唬温柔。同时，叶展鹏见温柔与何安异常亲近，怀疑何安，冬儿飞鸽传书查出何安身份有问题，知道温柔有危险，叶展鹏急忙去找温柔而此时何安已将温柔带走，给温柔催眠，加紧逼问，温柔昏睡过去。崔浩出现让何安尽快查出信与名册下落。

齐汗青设下鸿门宴假意慰劳三宝，实则软硬兼施，让三宝不得不离开回春堂。齐汗青回来见桌上有一封神秘请柬，邀他去三清观，齐汗青应邀来到，崔浩出现，两人过招后，崔觉得齐是个可用之才，要齐听自己吩咐，并称可助他除去三宝和叶展鹏，双方达成共识。 三宝决心走出回春堂，梁静仪见三宝去意已决，不再强留。三宝带着田明，在街上看中一间店铺，把它买下来准备卖凉茶和师传大力丸。就在凉茶铺开业时，店铺的主人突然出现，责问三宝为何霸占他的店，三宝方知受骗，被迫还了房契搬走了。

三宝将自己所有的家当搬进梁挺的一间破屋里，准备在这里重开凉茶店和卖大力丸，得到大家的赞同。 叶展鹏跟踪颜汝章，后被发现，叶展鹏晓之以理，希望他讲出幕后真凶，但颜只向他透露，每次的接头地点是金陵成外的义庄。叶展鹏和冬儿按照颜提供的线索来到义庄，突然涌出众多杀手，冬儿身中毒砂，叶展鹏带冬儿来找三宝，翩翩挺身而出抢救冬儿，冬儿苏醒后不原接受翩翩的恩惠，倒在叶的肩膀上，正巧被翩翩撞见，叶对翩翩愧疚不已。 梁挺招回以前的兄弟开了一家搬运行，但被海沙帮强占了地盘，梁挺恳求三宝收他为徒，三宝禁不住他的软磨硬泡，答应改日传授他两招，在三宝指导下，梁挺与海杀帮老大陆大勇战成平肩。

他日，陆大勇带手下到搬运行挑衅，梁挺与其手下动手，终因寡不敌众惨败。梁挺请秦妙荷帮忙拜三宝为师。 深夜三宝饿急了，去厨房吃东西，不料被秦等人抓个正着。三宝尴尬，秦趁机要三宝收梁挺等人做徒弟，三宝不从，梁挺长跪不起，加上秦妙荷在旁和言相劝，三宝终于答应收他为徒。三宝医馆开馆，三宝终于达成师傅所愿。

梁挺正式拜师，翩翩前来表示祝贺，两人相约以后兄弟相称。这时陆大勇请冯苏从中撮合，消除他与梁挺之间的恩怨，在三宝的劝说下，他们坐在了一起陆介绍一赵姓药商做运货的生意，且此药商欲买大力丸，并称一旦买了药方，三宝医馆就不能再卖此药，三宝说，卖大力丸不为挣钱，只为服务民众，坚持只卖药不卖药方。 翩翩看见齐汗青和母亲商量什么事，怕齐汗青再逼婚，决定找叶展鹏商量对策。齐汗青借酒消愁，邱仲景进来建议他对翩翩下药，让生米煮成熟饭。

齐汗青拿着酒壶闯进了翩翩的房间，向她大诉苦衷，并请求她陪自己喝酒，不知情的翩翩喝下放了药的酒，就在齐欲对翩行不轨时，叶展鹏突然出现。落寞的翩翩见到叶展鹏，两人互相表明心意。 梁挺为扩大生意，找钱庄贷款，而钱庄贾老板要三宝为梁做担保，在荷姐鼓动下，三宝稀里糊涂按下了手印。 颜汝章见到崔浩声明自己不再为他卖命，遭到崔浩的杀害，当叶展鹏出现时，崔浩却神秘失踪了，冬儿替叶展鹏画出崔浩像，叶让温柔辨认，温柔认出此人便是追杀温家的杀手。叶决定回京调查此人，委托冬儿照顾温柔。

荷姐得知有人照顾母亲，以为是那暗恋她的人，心情舒畅，当荷姐向母亲打听那人长相时，明白了一切。荷姐气冲冲质问三宝：“为何对其母那么好”？温柔恍然：原来喜欢荷姐的人是三宝。在荷姐心里，自己是个不详的人，虽心里感激三宝，但表面愈加冷漠。 梁挺运货时去吃花酒，结果被人调包，赵老板指责他蓄意坑害，并让他两天内找回药材，钱庄贾老板也逼他即刻还钱，否则利息加倍，令梁挺陷入困苦之中。

实际上贾老板、赵老板、陆大勇暗中勾结，目的是叫三宝交出大力丸药方，并称只要交出药方旧帐一笔勾销。三宝不愿将药方交出，他们找到司马长青，为得到药方决定结盟并推司马为盟主。晚间秦妙荷为救梁挺只身来找司马，原来秦父是为救司马而死的……第二天，司马等人来到医馆，三宝无奈交出药方，司马写下契约，接过药方撕毁，带众人离去。秦妙荷帮三宝保住了药方，令三宝万分感激。众人看出三宝对秦的一片情意，决定帮三宝追求秦秒荷。 关玉堂所在戏班难以为继解散了，关玉堂决定留在金陵。此时梁静仪辗转难眠，来见翩翩向她讲述了自己和关玉堂的感情纠纷。

这天翩翩来找关玉堂，但他颓废的样子让翩翩非常失望。关问起梁静仪的近况时，遭到翩翩责备并说是他负了母亲，而关却说是杨家打伤了他。翩翩回来说已见过关，她让母忘了关玉堂，而梁静仪则称关玉堂才是她爹。三宝得知翩翩身世，劝她接受现实。翩翩建议母亲与关见面，说父母之间可能有误会。由于荷姐脾气刁蛮，众人齐向三宝施压，要赶秦妙荷离开医馆。

自从荷姐走后，冬儿成了帮厨众人感到饭菜的乏味，又想起荷姐的好处。三宝等人找荷姐道歉，好话说尽秦妙荷终于答应重回医馆。翩翩陪母亲来见关玉堂，两人对质一切明了。梁告诉关玉堂：“翩翩是他的骨肉”。 房内，齐汗青、扬二爷、邱大夫密谋帮齐汗青夺得回春堂。翩翩将关玉堂给他的香包拿出，交给母亲并鼓励她去找关玉堂，三宝匆忙赶来说关玉堂要走，梁静仪与翩翩赶到码头，极力挽留关玉堂，这时杨二爷带着族人前来，指责梁有伤风化，齐汗青假意出面调解。回春堂内，齐向梁交代帐目，讲出回春堂近日亏损连连……

齐汗青称回春堂已千疮百孔，并讲出自己想要作回春堂的主人，梁静仪想不到齐居然包藏祸心。第二天早晨，杨二爷带着族人找上门来，将翩翩母女赶出回春堂，此时关玉堂早等在门口，梁决定与关一同回乡，翩翩暂留在三宝医馆。 京城，叶展鹏查到崔浩过去是大内高手，三年前神秘失踪。倪大人告诉叶展鹏皇上有旨，温家血案要尽快结案，并称许大人或许能提供线索。然而许大人遭人陷害入了大狱，叶到牢房看望许大人，谁知许大人突然死去，死前说出白秀夫是唯一见证人。狱卒冲进来指叶展鹏杀人，叶突围逃离。破庙内，许大人管家交给叶一封信，是白秀夫写给许大人的，此时崔浩出现，叶展鹏逃离。

骆亲王带着崔浩微服来到金陵。路上得知三宝在民间声望极高，崔浩提起三宝和温柔的关系，骆亲王称此人一定要铲除。这天趁三宝出诊，崔浩找到温柔和冬儿，冬儿忙叫温柔快走，与凶手打成一团。秦妙荷听到外面的打闹声，冲出来，看见崔浩认出他就是杀死父亲的凶手，与冬儿连手打崔浩，反被崔打倒在地。梁挺赶到，与崔相搏，三宝赶回来，崔浩不敌逃走。秦回到家中，见母亲已被崔杀死，秦与崔浩打斗，三宝，梁挺赶来一起出手，秦妙荷杀了崔浩。

叶展鹏在京城被通缉，叫人捎来一封信，众人得知他在京城处境艰难，翩翩要上京与他共渡难关，冬儿也决定带温柔去找叶展鹏。三宝将温柔留下，并要冬儿与翩翩、小兰结伴同行，由冯苏送三人出金陵。在路上，翩翩一行遇到四名杀手，冬儿为救翩翩等人自己中剑而死。翩翩来京数日也没有叶展鹏的下落，最后在一郎中的指引下，他们在胡同中见到叶展鹏，叶听说冬儿去世，伤痛自责。

梁挺被人陷害收藏官银，冯苏赶来告诉三宝，清兵就要来封医馆，三宝要冯苏带温柔躲避。清兵冲进来，三宝冲出重围，通天老祖出现，三宝被老祖毒针所伤，此时。冯苏和温柔被齐汗青软禁在回春堂药库。齐去见骆亲王，称自己已抓到温柔，要挟骆亲王以官位相换，骆亲王和齐翻脸。骆告诉通天老祖，杀一尘的凶手是齐汗青，并要老祖将温柔抓来。此时，温柔和冯苏从老鼠洞爬出逃走。秦妙荷照顾三宝，忽见镇远镖局的镖旗，决定找司马帮忙。秦与田明推着三宝跟在压镖队伍后出城，被老祖徒弟认出，秦推着三宝先跑。三宝醒来追问田明下落，得知田明走丢了。田明流落青石镇，路过温府，觉得此地熟悉，脑中闪过许多画面，终于明白自己是谁！

秦妙荷与三宝在客栈住下，三宝怕自己连累秦，让她离开，其则表示会一直留在他身边。京城顾命大臣田继尧是骆亲王的死对头，叶展鹏决定向他禀明一切，第二天，叶展鹏挡住田继尧的官轿，讲出骆亲王是行刺皇上的主谋。骆亲王派清兵前来，称叶为朝廷的钦犯，叶被押走。就在叶展鹏要被处斩时，皇上的贴身太监传来圣旨：将叶展鹏带回田府，押候再审。叶被带进田府，见到田明。田明讲出，他爹就是田继尧，会接办此案，揭发骆亲王的罪证。 秦妙荷带三宝返回法华寺，三宝叫秦妙荷下山打点日常用品，自己则来到师傅圆寂的山洞……

梁挺一人赶上山来，巧遇采购归来的秦妙荷，冯苏称师傅可能有意支开荷姐，众人感到不妙，急忙上山，荷姐在房中看到三宝留的信，温柔说出三宝曾带她去过师傅圆寂的山洞，众人赶往，看到正在练功的三宝，得知他创出一套拳法，可将体内毒素排出。京城，田明提出先回金陵，看看三宝，或许会有意外收获。骆亲王吩咐跟踪叶等人，一旦找出白秀夫，就先杀之灭口。叶等人回到金陵，被通天老祖拦截。老祖将翩翩带走，为他治疗头痛。叶展鹏赶到法华寺，告诉三宝，通天老祖要以“麻黄散”交换翩翩，并提出与三宝决斗，三宝答应。齐汗青从众多卷宗中推测出白秀夫是青城派的人。齐汗青抓来三十个可疑的人，称只要抓住温柔就可指认白秀夫。夜，齐带人将温柔和秦掳走。秦被施以毒刑，温柔被逼开口，假意说曾和爷爷在茶寮里见过白秀夫，齐汗青带温柔、秦妙荷赶到茶寮却空无一人，就在齐要对秦动刑之际，三宝出现，齐汗青逃走。

通天老祖掳走小兰、温柔、翩翩和秦妙荷，三宝等人愤怒，决心迎战老祖。决战之日，众人联手，老祖毫无招架之力。提督府内正在审讯温府血案，温柔、叶展鹏、三宝前来求见，温柔从众人中认出白秀夫，白道出实情……，时，皇上手谕到：骆亲王与提督大人密谋造反，立即拿下……。白秀夫找出所有证据交给田明，并愿意作证，指证骆亲王。回春堂内，齐汗青要翩翩跟他远走高飞，翩翩斥骂其不知廉耻，叶展鹏进来，齐与叶展开决战，齐汗青被杀。 医馆重新开张，三宝与秦妙为翩翩和叶展鹏、小兰和梁挺两对新人做主婚人，冯苏讲出今天三喜临门，还差一喜！众人逼三宝向荷姐求婚，两人心照不宣，答应了。众人开心不已。