1910年，沙皇俄国境内，两个猎人躲避黑熊的追击，躲进树林中的窝棚里，惊讶地发现一个惨死的尸体，惊慌逃出报警。经检查发现死者是得鼠疫而死。为防止鼠疫在俄国境内蔓延，沙俄当局下令将在俄国境内的中国劳工驱赶回国……

内蒙古大草原，为皇宫扑捉旱獭的劳工收留了两个被沙俄驱赶回国的老乡，瞒着差官姜达明偷偷为饥肠辘辘、疲惫不堪俩劳工煮吃了禁食的病獭肉，第二天，接触过俩劳工和吃了獭肉的人纷纷病倒、死亡。疫情 开始蔓延……

医学院学生、俄裔女孩丽达到天津码头迎接父亲，遇到船上俄国水手受伤垂危，立即把水手送到天津陆军医学堂抢救。正在讲学的帮办伍连德教授闻讯相助，安排医学院最好的法国医生麦斯尼教授给水手做手术。傲慢的麦斯尼不屑一顾，结果手术失败。危机时刻，伍连德出手相救，挽回了水手的生命。丽达由衷地敬佩伍连德的医术和医德……

被俄国驱赶回国的中国劳工，被安排在哈尔滨傅家甸的百姓家，能算计的李二也领回家一个看似身强力壮的小伙子，晚上同媳妇商量不能让这个人白吃白住，得让他干活。第二天李二起早到小棚子里叫人，发现那人已经吐血而亡！鼠疫开始在哈尔滨傅家甸蔓延……

草原上扑捉旱獭的劳工不断病亡，差官姜达明把仅有的银两分给大家，遣散回家。

姜达明独自来到满洲里交差，但没想到和同差兄弟郭尔丹一起被俄国人当鼠疫病人抓去隔离。巧遇同差老嘎爷，得知知事姚仲亭与俄国人勾结私卖獭皮，三大盟誓“不论谁活着，一定要告倒姚仲亭这个贪官”。姜达明和郭尔丹佯装死尸逃出俄国人的隔离区，躲进一蒙古包，郭尔丹托付姜达明把多年的积蓄交给年迈的父母。

第二天早晨姜达明叫郭尔丹起床赶路，发现郭尔丹已经死了。姜达明在万分痛苦之中送别了郭尔丹，继续往哈尔滨逃亡。

防疫大臣施肇基向摄政王禀报，满洲爆发鼠疫，福亲王则呲之以鼻，不相信祖宗的祥盛之地会发生瘟疫。沙俄驻哈尔滨领事和海关关长尤里金则想借鼠疫爆发促使沙俄军队进入哈尔滨，以达到占领北满的目的。日本人也在利用鼠疫爆发蠢蠢欲动……

哈尔滨商会会长沈天明与修德堂药店老板修起是世交，早年两家定了娃娃亲，想借在医学院读书的女儿沈秀莲回哈尔滨度假之际，为俩孩子定亲。在沈家的定亲宴会上，沈秀莲决然离去，两家不欢而散。

哈尔滨的鼠疫传染迅速，已经波及到整个满洲。朝廷腐败无法派出医护人员前往救灾，施肇基焦急万分，无计可施，万千民众将遭灭顶之灾！万般无奈之下，他突然想起留学英国的医学博士伍连德，于是他前去天津聘请伍教授……

留学英国剑桥大学医学院的伍连德博士在英文报刊上得知满洲发生鼠疫，主动请缨前往满洲制止瘟疫蔓延。一筹莫展的施肇基大喜过望，立即赶赴天津陆军医学院聘请伍连德为“大清满洲防疫总医官”。亲自把伍连德送上火车，跪拜不起……

姜达明一路奔波来到了哈尔滨，找到郭尔丹的父母，告诉郭尔丹已死，盼子心焦的两位老人悲痛万分，姜达明跪地请求当他们的儿子，为他们养老送终。修起老郎中感动其中，收留姜达明在修德堂药店做工。

姚仲亭怀揣私贩獭皮得到的巨款逃到哈尔滨，投靠到哈尔滨那道台门下，当上了哈尔滨傅家甸县令。欺骗朝廷，把用于掩埋尸体的防疫款中饱私囊，部署下属把带有瘟疫的尸体推入松花江中。

伍连德和助手林家伟乘货车连夜赶到哈尔滨，这让尹道台和姚仲亭慌了手脚。急忙派警察署长慕德惠前往火车站敷衍伍连德，请吃饭、逛j院，尽情招待，就是不提疫情的事。伍连德心急如焚，怒火中烧。此时，姚仲亭正准备焚烧疫情重灾区傅家甸，掩盖疫情真相。危急时刻伍连德及时赶到，制止了这场灭绝人性的大火，挽救了傅家甸百姓的生命。

沈会长的夫人出现咳嗽症状，女儿沈秀莲急忙到修德堂药店取药，正遇见姜达明第一天上柜台，业务不熟，手忙脚乱，遭到心急如火的沈秀莲的讥讽，二人争吵起来。

伍连德的突然出现，打乱了姚仲亭和那道台的阴谋计划，他们怀疑有“内鬼”，否则，伍连德不可能突然出现在傅家甸，这个“内鬼”就是警察署长穆德惠。一定要除掉他！

慕德惠带伍连德到傅家甸探访疫情，看到到处都是头扎黄丝带“辟邪”的人，还有贩卖“神水”的，烧纸“求神”的，深感封建邪术害人至深，应大力倡导科学防疫。当看到修德堂药店门前支着两口冒着热气的大锅，人们排着长队免费领取一种叫“保肺汤”的中药水，十分好奇，就走进修德堂向修老板询问。话不投机，被修老板轰出。

慕德惠抓了个行骗的“一贯道”叫索利家，却不知此人是那道台的亲戚，结果引火烧身。姚仲亭利用手中县太爷的权利毒死索利家，嫁祸于慕德惠，慕德惠含冤入狱被判死刑。伍连德怀疑其中有诈，积极相救，姚仲亭和那道台百般刁难。伍连德利用各种关系挖出索利家尸首，经过化验，索利家确实是中毒身亡。行刑之际，慕德惠得救。慕德惠发誓跟定伍连德！

为探明传染源，确定瘟疫性质，伍连德拜访俄国医院院长普里诺夫和日本医院柴田医生，在医院门口同在医院实习的丽达擦肩而过。丽达感到这熟悉的身影好像是她心灵深处敬重的伍连德教授，急忙追出门外，伍连德已经远去……俄国医院院长普里诺夫号称“疫病专家”，他欣赏丽达的清纯美丽，不断纠缠丽达，向她示爱，都被丽达婉言拒绝。

伍连德对中医中药的探究获得了修德堂老郎中修起的理解和信任。郭尔丹的父亲乌吉老爹在修德堂管事，修起待他亲如兄弟。此时，老乌吉咳嗽不止，喝了“保肺汤”仍不见好转，修起请伍连德给乌吉看看，伍连德初步诊断乌吉得了“鼠疫”，必须隔离。

姜达明在修德堂门前发放保肺汤，猛然发现已经当上县令的仇人姚仲亭，正欲冲上前去找姚仲亭报仇，突然看到土匪过江龙挡住了姚仲亭的去路，打斗中姚仲亭趁乱逃脱，从此姜达明同土匪过江龙结下了不解之缘。

终于找到了贪官姚仲亭，姜达明要兑现对郭尔丹的承诺“告倒姚仲亭”。修起告诫他要“小心行事”！带着他求上洋学堂的沈家大小姐沈秀莲写状纸，沈大小姐的冷嘲热讽激怒了倔强的姜达明，两人争执起来，不慌而散。

防疫款被那道台扣留，伍连德无法开展工作，心急如焚，前去道台府问个明白，结果看到那道台和姚仲亭至疫情不顾，正花天酒地地享乐。伍连德怒斥二庸官，扬长而去。急电施肇基请求支援，以解燃眉之急。

伍连德为了弄清鼠疫的源头，让警察巡长慕德惠寻找疫病尸体，进行解剖。“入土为安”是祖上的规矩，给死人“开肠破肚”更是闻所未闻。这种破坏祖宗习俗、大逆不道的做法，震惊了身边所有的人，遭到一致的反对。为解疫情源头之惑，伍连德坚持必须解剖尸体。因伍连德对慕德惠有救命之恩，慕德惠只好铤而走险。

此时，老中医修起的儿子修暮良急匆匆跑来告诉伍连德老乌吉去世了，修起让伍大人赶紧去。伍连德到了修德堂开始解剖乌吉，恰巧被老乌吉的养子姜达明看到，他惊恐地跑回家告诉额娘，惨死的老头子又被开膛破肚，如同雪上加霜，令旗人郭佳氏悲痛欲绝昏倒在地！ 

伍连德虽然深感内疚，但他终于在老乌吉肺子中得到了重大发现，找到了鼠疫杆菌，并且发现这种病菌是可以通过呼吸传染的。伍连德决定告诉所有的外国医院和医生，让大家引起注意，同时让哈尔滨所有人都戴口罩预防传染。

沈会长代表商会用民间捐助的一部分防疫款为伍连德租了一处洋房，供伍连德做实验室和办公。已暴露贪污防疫款的沈家李账房，得知此事跑到j院找情人，商量对策，j女为他出主意，要李账房先发制人，利用这件事告沈会长贪污防疫款。

沈会长得病，姜达明照顾入微，使沈秀莲对姜达明产生好感。她送给姜达明一个围脖御寒，二人的爱情火花冉冉升起。

姜达明从小被俄国人家收养，会说俄语，因此穆德惠让他到防疫站工作，给伍连德当俄语翻译。伍连德同姜达明到沙俄医院找院长普里诺夫，姜达明见到普里诺夫，惊恐地躲躲闪闪，被穆德惠看见，穆德惠询问姜达明后得知：因为姜达明血型特殊，童年在俄国时普里诺夫曾经抽过他的血做实验。穆德惠告诉姜达明挺起腰杆别怕，你现在是大清国总医官的翻译。伍连德让姜达明告诉普里诺夫鼠疫传播的源头已经找到，傲慢的普里诺夫根本不相信中国人能查出鼠疫源头。

丽达终于见到她心仪已久的伍连德教授，爱慕的心灵闪现在美丽的眼中。普里诺夫不断地纠缠让丽达痛苦不堪，丽达提出要去防疫总站工作，被伍连德婉言谢绝……

伍连德随修起到郭佳氏家诚恳道歉，被悲伤欲绝的郭佳氏拒之门外。伍连德让防疫总站制作了大量的口罩，请修德堂熬制中药保肺汤免费分发给百姓，预防传染鼠疫。在此防疫的关键时刻，熬制保肺汤的药材遭土匪抢劫。

俄领事和海关关长尤里金沙拜访伍连德，意在借防疫为名，派兵进驻哈尔滨。此事涉及国家主权，遭到伍连德坚决拒绝。

沈家李账房知道自己贪污的事情败露，急忙去j院行贿姚仲亭，求助于姚。姚仲亭对如花似玉的沈家女儿沈秀莲早有色心，见有机可乘，立即前往沈家要挟沈秀莲，遭沈秀莲怒斥，姚仲亭怀恨在心。

懊恼的姚仲亭在路上突然看到了姜达明，立刻下骄拦住，下令搜姜大明的身，搜出了沈秀莲代写告他姚仲亭的状纸。姚仲亭大怒，命兵丁抓人，被激怒的姜达明三拳两脚打倒兵丁，夺刀逼住姚仲亭，将其押往道台府告官。滨州道台那道台与姚仲亭狼狈为奸，姜达明误将自己送入虎口，被押进大牢。

警察巡长慕德惠接到姜达明失踪的报案，立即派人寻找，同时，贴出告示。伍连德的助手林家伟认为姜达明的失踪于他的特殊血型有关，怀疑是沙俄医院院长普里诺夫所为。伍连德和林家伟立即赶到沙俄国医院找到普里诺夫，询问姜达明的下落，遭到普里诺夫的讥讽。丽达医生不顾普里诺夫的阻拦带领伍连德到医院秘密地下室，仍没找到姜达明，丽达也不能再在医院工作了。

姚仲亭借沈家账房告沈会长贪污防疫款之名假公济私，把沈会长一家抓进大牢，在牢房中当着姜达明欺辱沈秀莲，姜达明眼见所爱之人受辱而无能相救，激愤地把头撞出了血。

慕德惠接到市民举报，得知姜达明被姚仲亭抓去关进大牢，立即通知伍连德，伍连德赶往道台府解救姜达明。姚仲亭百般狡辩之时，新任滨江道李道台的出现，彻底粉碎了姚仲亭的诡计。新任李道台宣布上方旨意，免去姚仲亭和那道台的职务，听候处理。姜达明和沈家一起得救，而狡猾的姚仲亭借交官印之机潜逃。 

新任傅家甸县令兼警察局长穆德惠在全城告示通缉姚仲亭，姚仲亭无处躲藏，跑到沙俄驻哈尔滨领事馆投靠了尤里金，当上了沙俄东清铁路巡警队中国班队长，开始为俄国人卖命。

日本住哈尔滨领事为了抗衡沙俄，在防疫中捞取好处，让日本医生柴田宣布东北大豆已经被感染鼠疫。这消息导致外商纷纷退货，哈尔滨的中国商人损失惨重。在沈会长的带领下求助伍连德。伍连德借助留学英国剑桥医学院和医学博士在英国报刊上发表文章，阐述鼠疫杆菌在植物上无法存活的理论，在国际上产生极大的反响，挽救了中国东北的大豆市场。

沙俄医院院长普里诺夫在研究鼠疫防治上没有任何进展，至使沙俄借鼠疫扩散之势出兵哈尔滨的阴谋无法实现。心急火燎沙俄领事和尤里金意识到只要伍连德把持大清总医官的职位，俄国的入侵计划就无法完成。于是再次拜访新任道台李道台，提出派兵进入哈尔滨 “防疫”的要求，遭到新任县令穆德惠的驳斥，尤里金恼凶成怒同穆德惠争执起来。

姜达明接触众多鼠疫病人和死人而没有被传染上鼠疫，令所有人惊奇不已，这得益于他的特殊血型，普里诺夫因此一直觊觎于姜达明的血液实验。已经到防疫总站工作的丽达医生点醒了姜达明，姜达明恍然大悟。丽达为了支持伍连德早日研究出治疗鼠疫的疫苗，请姜达明让伍连德化验他的血，或许可以救治好多病人，姜达明高兴地去找伍连德。

防疫工作在紧张进行，分区隔离，搜查病人等，姜达明和沈秀莲在街上张贴防疫布告时被姚仲亭派来假冒百姓的大手围攻毒打，为保护沈秀莲，姜达明奋勇反击。

为防止疫情扩散，穆德惠下令在傅家甸挨户搜查染病和疑似染病的人，长老黄老仙也被误抓。黄老仙不服，引发群众和警察冲突，为制止混乱警察开枪警告，不想一个村民中弹而死，引起众怒，事情一发而不可收拾了。

事件经沙俄报纸渲染传到朝廷，再加上外国公使馆的压力，朝廷的对伍连德产生信任危机。

俄国公使到府上福亲王，投其所好送上古玩，趁机游说福亲王向摄政王进言撤换伍连德大清总医官之职，让法国教授麦斯尼接任总医官之职。刚愎自用的福亲王，置国家主权于不顾，训斥外务大臣兼防疫大臣施肇基袒护伍连德，终于说服了摇摆不定的摄政王，决定派麦斯尼前去哈尔滨任副总医官之职，协助伍连德开展防疫事务。

麦斯尼踌躇满志地踏上去哈尔滨的火车，在火车上受到沙俄国间谍的恐吓，让其选择金钱、美女，还是子弹。

麦斯尼在哈尔滨火车站受到沙俄人隆重的欢迎，尤里金专程到宾馆看望麦斯尼，称赞他他的医术，寓言不久的将来让麦斯尼取代伍连德成为总医官。伍连德听说麦斯尼来到哈尔滨，高兴地去宾馆看望麦斯尼，受到高傲的麦斯尼无礼的冷嘲热讽，话不投机，不欢而散。

尤里金在欢迎麦斯尼的舞会上设计了一场暗杀麦斯尼的阴谋，枪手当场交代是受伍连德指使，麦斯尼异常气愤。枪手在押送途中逃跑被枪毙。俄文报纸借此大造舆论，消息传入朝廷，摄政王震怒。法国公使馆也派人向朝廷施压，要求召回伍连德，让麦斯尼接任大清总医官。

麦斯尼在沙俄士兵的护卫下愤然冲进养病院，抗议伍连德的“卑鄙暗杀”行为，逼迫伍连德让出总医官的职位。伍连德解释无效，为国家主权据理力争。丽达看到伍连德被冤枉既难过又焦急，不顾危险找到在沙俄医院时的患者沙俄士兵安德烈，探视“枪杀事件”是俄国人自导自演的一场阴谋。

深夜，哈尔滨的市民和商人聚集在防疫总站，恳求伍连德不要丢下深受鼠疫灾害的百姓，不要离开哈尔滨。伍连德被疫区百姓的真挚情感打动，表示“鼠疫不灭，绝不离开！”。

姜达明和林家伟对麦斯尼的行为非常气氛，趁夜深人静埋伏在麦斯尼下榻的马迪尔旅馆，将扶着洋女人醉酒而归的麦斯尼暴打一顿，在沙俄士兵追捕时被帽儿山响马过江龙相救。

尤里金再次利用此事大做文章，请沙俄驻京城总领事向清朝廷施压，自己跑到宾州府，再次向李道台提出撤换伍连德的无理要求，被李道台和慕德惠一口回绝。京城福亲王却借此事件通知奉天总督锡良调伍连德回京述职。

日本人不甘心哈尔滨落入俄国人的掌控中，武官川崎决定暗杀麦斯尼，把总医官的位置抢到日本手中。

麦斯尼胜券在握，趾高气扬地视察沙俄国医院，亲自为患鼠疫的传染病人诊病，普里诺夫让他戴口罩，他置之不理，蔑视伍连德发明的口罩，认为鼠疫不可能通过空气传染。

伍连德接到回京述职的电报，愤恨无奈地准备行装，突然接到丽达电话，说麦斯尼感染鼠疫，已经病危，要求见他，伍连德立刻赶往医院。气息奄奄躺在病床上的麦斯尼，绝望地看着伍连德，忏悔自己的所作所为，吐血而亡。

尤里金急匆匆来到领事馆，告诉领事他们精心培植的代理总医官麦斯尼死了，临死也没在“同意沙俄出兵哈尔滨”的文书上签字，至使沙俄吞噬哈尔滨的计划全盘落空。于是，决定派人绑架伍连德。

绑架伍连德必须调开保护伍连德的监察，，尤里金以俄国商船经常被帽儿山土匪劫持为由，要求官府派警察局长穆德惠带兵进山剿匪。

帽儿山响马上寨发现了鼠疫感染者，大当家过江龙让老二冯海带人速下山请郎中（医生），经内线指点，跟踪伍连德。途中伍连德被另一伙人绑架，冯海打散绑匪救了伍连德，带他进山为土匪们治病。在山林中遇上穆德惠率领进山剿匪的警察，双方交火。伍连德认出穆德惠，急忙出面解围。

伍连德失踪，众人焦急万分，林家伟、丽达、姜达明一起寻找伍连德。在山上同伍连德、穆德惠、过江龙相会，解除误会后一同进山寨为染病的土匪治病。慕德惠和伍连德劝说以杀富济贫、专门对付沙俄为宗旨的匪首过江龙接受招安，被婉言谢绝。

麦斯尼受传染死亡，令朝廷十分震惊，也有了应付洋人的托词，让伍连德继续担任总医官，喜讯传来大家万分高兴，防疫大臣施肇基亲自带来一批军医医学院学生，支援伍连德防疫救灾。伍连德召开全哈尔滨防疫大会，安排全市防疫工作。

帽儿山土匪解救了伍连德，打乱了俄国人的全盘计划，令尤里金恨之入骨，决心报复帽儿山土匪。

姚仲亭要为沙俄主子建功，带人杀了帽儿山土匪设在城中据点王老三全家，胁迫其家丁带路，带领大批沙俄士兵突袭帽儿山山寨。遭遇突袭的过江龙、冯海抵挡不过沙俄士兵的攻击，无奈之中弃寨而逃。

为了挽回败势，尤里金命令姚仲亭协助普里诺夫抓住姜达明做试验，在疫苗研究上压过伍连德，争夺防疫的主动权。姚仲亭收买日本武士，去隔离区抓捕姜达明，栽赃于日本人。

姜达明在回养病院的路上被日本武士围堵，打斗中寡不敌众。流落城中的过江龙、冯海恰逢此景，出手相助，警察赶到将日本武士被抓获。慕德惠收留了二人当警察，为国效力。

虽然采取了各种措施，死亡人数仍不断攀升，伍连德非常苦恼。调查发现，俄国教堂内有很多传染鼠疫的教民，从来没有看到他们如何处理尸体。此事引起了伍连德的警觉。

过度劳累使伍连德咳嗽起来，大家劝他检查并休息，他不以为然，仍然坚持工作。助手林家伟强行为他检查，结果，伍连德被传染上了鼠疫。

伍连德被传染鼠疫的消息传遍哈尔滨，民众对控制鼠疫的传播产生了怀疑，姚仲亭派手下人混入百姓中到防疫总站闹事，制造事端。此时，俄文报纸发布普里诺夫研制出鼠疫疫苗的消息。

日本人担心俄国人在防疫上抢控局势，派人砸毁了俄国医院的实验室。尤里金怒不可遏，派兵包围了日本领事馆。

有特殊血型能抵抗鼠疫传染的姜达明日夜照料着患病的伍连德，每天熬制保肺汤时偷偷放入自己的鲜血，希望伍连德增强免疫力，尽快康复。

姚仲亭为向尤里金献媚将丽达绑架到俄国宾馆交给普里诺夫，普里诺夫劝她离开伍连德，被丽达痛斥一番。

丽达失踪的消息让奇迹病愈的伍连德焦急万分，命令慕德惠等人尽快寻找。慕德惠带人强行闯入俄国宾馆搜查。尤里金立即让姚仲亭转移了丽达，为了报复伍连德，姚仲亭残忍地将丽达关入堆放传染鼠疫死亡尸的俄国教堂地下室。

姜达明闯入普里诺夫医院办公室，他用枪逼迫普里诺夫立即放了丽达，用自己的身体作为交换条件。普里诺夫电话告诉尤里金姜达明已经在他手中，可以放了丽达。

丽达回到隔离区。知道自己可能染上鼠疫，于是自行隔离。伍连德得知丽达回来了，急忙前去看望，丽达不见，一个门里一个门外，痛苦万分。

沈秀莲得知姜达明姜达明又被做了普里诺夫的实验品，一人偷偷潜入俄国医院，企图救出姜达明，被守护发现。危急时刻一当上警察的江龙和冯海赶到相救，在枪战中冯海中弹身亡。

沙俄公使朝廷抗议，告伍连德派人闯入俄国医院，打死俄国士兵。事有蹊跷，施肇基主动请求到哈尔滨调查此事，施肇基看望被染上鼠疫的丽达，还有受枪伤的姜达明。在病中丽达，召开记者会，揭穿了俄国的这次阴谋。

姚仲亭又要被卸磨杀驴，尤里金要杀他灭口。姚仲亭仓惶逃串，半路被日本武官川崎营救收留。

李二染病被关在重病隔离区，李二媳妇和一些百姓去隔离区看望亲人，遭遇警察阻拦发生口角，引发冲突，部分鼠疫病人趁乱冲出隔离区。

事态紧迫，伍连德、慕德惠急忙前来解围。群情激愤之时，丽达在众人的注目下，主动走进重病隔离区。

伍连德终于发现疫情居高不下的传染源是因俄国教堂没进行处理的尸体引起，于是下令将俄国医院、教堂等地进行搜查，清理尸体，割断传染源，引起俄国人的抵制。

伍连德带全体官员查看俄国人的墓地和中国的坟场，看到漫山遍野停放着没有入土的死尸，触目惊心！伍连德马上意识到这是最大的鼠疫传染源，立即调兵看管，不让人接近。

姚仲亭投靠川崎后替日本人效力，川崎命令他抓些中国人做鼠疫试验。一个夜晚带人闯入修德堂抓走了老中医修起的儿子修暮良，把他带到日本的一个秘密实验室。

联想到最近傅家甸常常有人失踪，慕德惠怀疑 是日本人所为，布置警力查找。夜黑人静，被日本人注射了鼠疫病毒的修暮良被仍在了修德堂门前，听到呼救声的店伙计急忙出来营救，被修慕良阻止，告诉他自己被传上了鼠疫，修起急忙把他送往隔离区。经伍连德检查确认修暮良感染力鼠疫。修起悲痛万分，恨透了姚仲亭和日本人。慕德惠布置警力抓捕姚仲亭，亲自到日本领事馆调查。日本人拒不承认姚仲亭在为他们干事，慕德惠向日本人提出警告。

丽达病情不断加重，在病房中仍然坚持纪录病情变化，为伍连德的防疫研究提供第一手材料，伍连德既感动又心疼，为治好丽达而心焦。

伍连德接到电报，得知派林家伟和田医官前去检查，结果到了那他们没有发现任何病情，只好返回。伍连德觉得此事有蹊跷，决定亲自去卜奎县调查……

卜奎县发生新的鼠疫，伍连德、田医官、林家伟急赴卜奎县，发现疫情严重。县令隐瞒事实逃跑。伍连德立即采取措施，病人隔离，让林家伟留守指挥防疫。

姜达明与沈秀莲去卜奎县给林家伟送急需的熬制中药保肺汤的药材，二人一路艰辛一路欢笑，艰难困苦中享受着爱情的甜蜜。

武官川崎胁迫日本医生柴田约伍连德到咖啡馆相聚，阴谋刺杀伍连德。穆德惠特意安排一身武功的过江龙作为伍连德的贴身护卫一同前往，川崎预先在咖啡馆布置了杀手，当过土匪的过江龙一进咖啡馆就识破了这一切，不动声色就解决了伪装成侍者、调酒员、食客的杀手。惊得日本医生柴田目瞪口呆。

姜达明和沈秀莲把药送到卜奎县，沈秀莲借机到白云庵秘密会见神秘人物冬姐，被姜达明看见。

由于叛徒告密，警察局长慕德惠接到上峰指令，在哈尔滨清剿革命党。立即布置手下设卡、贴告示，抓捕革命党冬姐和奉天总督的通译谢文凯。

沈秀莲告诉姜达明她自己就是革命党，令姜达明十分震惊，为爱情他愿意跟沈秀莲共赴国难。这一切都被沈会长听到……

受到通缉的冬姐逃到哈尔滨找到沈秀莲，沈秀莲让姜达明把冬姐安排在隔离病院郭佳士处暂避一时。谢文凯到哈尔滨接应冬姐，被警察发现击伤。

寒冬腊月，冻土如冰。患鼠疫死亡的尸体不能入土，是不能遏制传染和再爆发的巨大隐患，令伍连德寝食不安，重病中的丽达向伍连德提出焚尸的想法。助手林家伟从卜奎县回来报告，那里的疫情得到控制，解决的办法就是焚尸。事关重大，此事涉及满族人的习俗和中国百姓的传统观念：“死者为大，入土为安。”。伍连德立即发电报请求朝廷恩准，一连几封电报均杳无音信。

无奈之中，伍连德只好到俄国医院请求普里诺夫协助焚烧俄国人的尸体，遭到普里诺夫冰冷地拒绝。

伍连德身心疲惫，心灰意冷。回来的路上，被替日本人卖命的姚仲亭带杀手截杀。姚仲亭诱走了伍连德贴身护卫过江龙，绰号花脸豹的土匪冲向伍连德，姜达明为救伍连德身负重伤。

为了支持伍连德的防疫事业，丽达临终前留下遗言焚烧自己的尸体以示世人。望着熊熊烈火中的丽达，伍连德心中的圣女升腾！

为了争取防疫主动，俄国人终于同意焚尸。伍连德赶到俄国人墓地，望着忙碌的沙俄士兵，伍连德向普里诺夫表示敬意。普里诺夫惭愧地表示悔过，特别是面对丽达这样的圣女。

俄国人焚尸震撼了朝廷，施肇基借此请求摄政王同意焚尸，福亲王狂呼“大逆不道”，同施肇基舌枪唇剑，互不相让。摄政王以“违反祖制，异想天开，易引发民乱”为由，一口回绝。

日本武官川崎多次阴谋失败，受到上峰的训斥，恼羞成怒的川崎亲自出马刺杀伍连德。过江龙为保护伍连德和川崎殊死搏斗，同归于尽。

沈秀莲从穆德惠手中骗得一张特别通行证，送谢文凯和冬姐出城，结果落入穆德惠设的圈套中，双双被抓。沈会长一家也因私通革命党而被抓入狱。 

老郎中修起急忙告知伍连德沈家一家被抓入狱，伍连德立刻找慕德惠放人，慕德惠托词“身为朝廷命官，理应为朝廷效力，爱莫能助。请伍大人见谅！”

伍连德和助手林家伟前往监狱为沈家送行，监狱里空无一人，一问才得知，他们已经被提前押往京城。

日本人害怕姚仲亭暴露他们所做的一系列阴谋，给他注射了鼠疫病毒。押送途中，姚仲亭寻机打死日本看守逃跑，病毒发作死在树林中。

防疫关键时刻，成败在此焚尸一举，仍然不见朝廷回复，伍连德心急如焚，决定孤注一掷，行驶总医官的权利下令焚尸。百姓闻讯包围坟场，阻止焚尸。为彻底消灭鼠疫，伍连德当众发誓，要把自己和百姓们亲人的尸体一起焚烧。他举起油桶浇在身上，此举，震动了所有在场的官员和百姓，大家一起跪下……大火熊熊，上万具尸体在火中焚烧……

庆功宴中一道圣旨传来：滨州道台抓革命党不利，摘去顶戴花翎，傅家甸县令、警察局长慕德惠私放乱党重罪不赦，押送京城问斩。

除夕夜，疫情解除，百姓们燃放鞭炮庆祝节日，欢庆新生。将口罩抛向夜空……