经过大海洗礼的迈克尔，终于脱离了卡拉的组织，本认为可以做回一个普通的迈阿密市民，然而却因为缺少身份证明而锒铛入狱。早先被卡拉组织所屏蔽的有关迈克尔的消息又出现在各警用信息系统中，迈克尔又重新受到了国内外间谍组织的关注。

老朋友哈兰设法帮迈克尔出了狱，并求迈克尔帮他一个忙，哈兰的女朋友玛尔塔家的农场被一个名叫鲁菲诺的恶棍强行抢走，卖给了别人，鲁菲诺还贿赂当地法官，使玛尔塔的父亲被逮捕。出于正义，迈克尔答应帮忙，可就当迈克尔成功抓到鲁菲诺时，哈兰突然露出了真面目，原来是鲁菲诺的同伙怕联邦调查局抓到鲁菲诺而牵连到自己，派哈兰杀人灭口，而哈兰打算陷害迈克尔，让他承担杀人的罪名。

迈克尔机智地打败了哈兰，连往日最信任的兄弟都来陷害迈克尔，山姆不禁开始为迈克尔的境况而担心。

迈克尔此时没有了间谍组织的保护，警探帕克森前来调查迈克尔。同时，菲奥娜以前认识的逃犯介绍他的姐姐帕特里夏来找菲奥娜帮忙，帕特里夏和丈夫离婚了，可她的前夫霍华德已经3天没让帕特里夏见他们的儿子了。菲奥娜和迈克尔抓到了东躲西藏的霍华德，霍华德道出了难言之隐，他们的儿子布兰登被绑架了分享者电视，绑匪桑特拉要挟霍华德供出他所在的钻石批发公司的发货情况。

迈克尔和霍华德用逆向审问的方式诱导桑特拉说出了关押孩子的地点，成功地救出了布兰登，使霍华德一家重新团聚在一起。

昔日的仇敌布伦南软禁了迈克尔的弟弟奈特，要挟迈克尔为其偷盗一种高科技新型武器生物锁，迈克尔一边完成布伦南一桩又一桩的任务，一边在山姆、巴里还有菲奥娜的帮助下，收集有关布伦南的各种信息。观察细致入黑名单第二部微的迈克尔从布伦南身上的一个饰品胸针上终于找到了他的软肋，用其女儿来威胁布伦南放弃罪恶的行为，布伦南只能就范。

但奈特却受了伤，迈克尔认为是自己连累了弟弟。同时，为了报复总盯着迈克尔的警探帕克森，巴里帮迈克尔和市长助理假造了联合账户。警探帕克森的同事洛佩斯因调查市长助理而遭到停职，帕克森给迈克尔放下狠话，要陪迈克尔玩到最后。

警探帕克森派警察24小时监视迈克尔等人的一举一动，失去自由的迈克尔和帕克森摊牌，表明自己和警察的立场是一致的，帕克森让迈克尔用实际行动来证明一切。山姆经过对帕克。森的调查，发现帕克森正被另一件案子所困扰，以抢劫毒贩为生的人民公敌马西森，无恶不作，残害无辜，却连警察都抓不到他。

迈克尔等人打人马西森团伙内部，破坏了马西森的行动，致使马西森自投罗网，为人民除掉一害，也为帕克森解决了麻烦。帕克森清楚迈克尔的用意，撤掉了24小时监控，但表明他还会关注迈克尔。迈克尔摆脱了陷害自己的人，摆脱了警察，可谁知道盯上他的下一个人会是谁呢?

多次被送进精神病院的电脑天才斯宾塞找到了迈克尔，告诉迈克尔他的朋友被谋杀，请求迈克尔帮他抓住那些他认为是外星人的坏蛋。迈克尔从斯宾塞的胡言乱语中发现了事情的关联性，原来斯宾塞的朋友曾供职于一家为政府提供加密通信的公司，而负责加密项目的主管香农? 帕克私自留下了密码的副本，并出售政府间谍名单以谋取私利，致使多名政府司谍被谋杀。

一次斯宾塞用朋友的电脑侵入了香农的系统，被香农误认为有人在调查此事，于是斯宾塞的朋友惨遭毒手。迈克尔设了圈套使香农?帕克自投罗网，通过这件事，迈克尔更加坚定了自己找回原来工作的决心，因为他清楚那份工作会给他保护国家的机会分享者电视。

通过不懈的努力，迈克尔终于找到了外勤间谍迪亚戈，并通过他向政府表达了自己希望重回工作岗位的愿望。

间谍经纪人汤姆?斯特里克勒找到迈克尔，告诉他曾经的旧敌马上就要来迈阿密找迈克尔寻仇，汤姆则是受这个旧敌的敌人雇佣想借迈克尔的手搞定迈克尔的旧敌。仇人太多的迈克尔一时想不到这个人是谁，菲奥娜建议迈克尔去找生意人贝克帮忙寻找一些信息。

正当迈克尔试图和贝克接触之时，一伙儿暴徒绑架了迈克尔和贝克，这伙儿歹徒正是迈克尔的旧敌谢希克的手下。迈克尔和贝克在押运过程中逃跑，在丛林中和敌人打起了迂回战。菲奥娜和山姆通过迈克尔手机发过来的歹徒照片查询线索，并及时赶到迈克尔躲藏的丛林，大家一起制伏了谢希克。

迈克尔拒绝了汤姆的合作邀请，汤姆给迈克尔提出了一个问题，他到底想要的是什么?

间谍经纪人斯特里克勒以帮助迈克尔恢复工作为诱饵，让迈克尔帮他跟踪一起武器失窃案中犯罪组织的清道夫，迈克尔在朋友们和母亲玛德琳的协助下，终于拍摄到了他们转运赃物时的照片。菲奥娜怀疑斯特里克勒在利用迈克尔从事非法勾当，迈克尔表示自己只是帮忙拍照，不会出手伤人。

同时，曾多次帮助迈克尔的巴里的一本秘密账本被人偷走，并被勒索500万。由于账本内涉及巴里的众多有权有势的客户，为了保命，巴里向迈克尔求助。迈克尔通过对巴里的新女朋友艾米的调查，抓到了胁迫艾米偷账本的前特工米洛万，同时还抓了也被米洛万胁迫的房产中介娜塔莉，但是巴里的账本依然没有下落。

迈克尔在与米洛万较量的过程中意外发现真正的主谋其实是身为杀手的娜塔莉，米洛万也是因为孩子的生命受到威胁而被迫成为娜塔莉的挡箭牌。迈克尔等人将计就计，假装杀掉米洛万，放走了娜塔莉，并跟踪追击，终于在娜塔莉出卖账本时成功抢回了账本，但娜塔莉利用菲奥娜的善良混在无辜的孩子中逃走了。

斯特里克勒通过关系，为迈克尔带来了重新调查黑名单事件的机会，迈克尔的新联系人迪亚戈对此不以为然。菲奥娜也因为迈克尔坚持与斯特里克勒合作而心灰意冷，准备收拾东西回爱尔兰，随后却意外地见到了带来坏消息的哥哥肖恩。

当年迈克尔伪装成爱尔兰人执行任务时遇到了肖恩和菲奥娜兄妹，肖恩一直坚信迈克尔与自己是同一战线的战友。此次肖恩听说菲奥娜在爱尔兰的仇敌——臭名昭著的炸弹狂人奥尼尔重出江湖，想通过绑架菲奥娜提升自己的威望。

肖恩请迈克尔帮忙一起保护妹妹，迈克尔只好一边继续装出一副爱尔兰口音安抚冲动又爱惹事的肖恩，一边布下陷阱准备诱捕奥尼尔。斯特里克勒得知此事之后，为达到长期控制迈克尔的目的，故意将菲奥娜的藏身之处泄露给奥尼尔，希望除掉菲奥娜、断绝迈克尔的牵挂。

迈克尔一怒之下开枪打死了斯特里克勒，随后带领山姆抢回了被奥尼尔绑架走的菲奥娜。奥尼尔一伙儿落入警察的手中。经过此番出生入死的洗礼，肖恩终于知道了迈克尔间谍的身份，并谅解了他，菲奥娜也无法再回爱尔兰了，对迈克尔来说这也未尝不是一件好事。

与此同时，斯特里克勒的死牵扯出了他做过的很多坏事，神秘组织派出了杀手来清理后事，迪亚戈被杀，迈克尔恢复名誉的事情再一次搁浅。

杀害迪亚戈的杀手在迈克尔面前重现酒店燃烧案、体育场枪击案等多年前的老案子，令迈克尔对他的真实意图一度迷惑不解，但总算是查出了吉尔罗伊这个名字。同时，在上一次绑架案中受伤的菲奥娜让迈克尔帮忙去见一个委托人卡利亚。

卡利亚的丈夫被保险诈骗犯瑞安利用去骗保，结果在车祸中失去了生命。瑞安一伙儿还胁迫卡利亚向政府申请死亡赔偿。迈克尔经过调查发现瑞安与父亲康纳专门雇人利用假车祸骗取保险金和死亡赔偿金。迈克尔伪装成飞车手，以汽车同火车相撞骗保的点子与瑞安父子合作，没想到急于表现的瑞安擅自行动，背着父亲和迈克尔雇人开车撞火车。

情急之下，迈克尔冒着暴露的危险破坏了这次行动，随后调整策略，利用母亲威胁档案馆办事员蒂娜，搞到了瑞安一伙儿的犯罪证据，并伪造了一起以瑞安为主角的车祸，让警察人赃俱获，一举摧毁了这个诈骗团伙。

山姆在海豹突击队时的战友马克退役后在警察局负责儿童绑架案，他长期跟踪绑匪林康，林康在炸死了马克的几名手下之后，隐藏到了西班牙人聚集区，被上司认为失职的马克面临免职的境遇。为了不让林康和其他案子中的罪犯逃脱法律制裁，马克来找山姆帮忙。

山姆和菲奥娜在深入该社区抓捕林康失败后，迈克尔意识到只能依靠当地黑帮老大奥马尔才能做成这件事。迈克尔打扮成西装革履的神秘人，利用奥马尔与另一个黑帮老大维加的矛盾成功胁迫奥马尔为自己工作。维加一直想吞并奥马尔的地盘，同时他也是林康的保护伞。

迈克尔与奥马尔合作，既帮马克抓回了林康，也消灭了心狠手辣的维加黑帮，同时在精神变态的自由职业者吉尔罗伊面前展现出了自己的强大实力。

迈克尔意识到吉尔罗伊在策划一个极其危险的计划，为摧毁这个计划，为自己赢得回归组织的筹码，迈克尔决定假装与吉尔罗伊合作，摸清计划的具体内容。同时，曾经住在迈克尔公寓楼下，被迈克尔赶走的毒贩“酥糖”请迈克尔帮忙拯救自己的智障表兄道吉，原因是抢劫团伙的林奇最近纠缠上了在花卉市场工作的道吉。

迈克尔经过调查认为林奇想利用市场的送货车抢劫艺术品拍卖会，谁知判断失误，真正的抢劫对象是来花卉市场顺路取货的装满现金的运钞车。短短两个小时的准备时间，迈克尔等人成功利用林奇一伙儿的作案工具让他们作茧自缚，把林奇和他的手下关在了毒气弥漫的货场中。

道吉认清了林奇的真面目，并在关键时刻与山姆一起逃了出来。吉尔罗伊让迈克尔配合国际窃贼克劳德窃取文件，得知克劳德打算通过徒手攀爬外墙进入3楼目标房间之后，迈克尔略施小计，在墙上的横栏处滴上了润滑油，使克劳德失手跌落，摔断了脚，神不知鬼不觉地破坏了这次任务。

吉尔罗伊残忍地干掉了克劳德，并决定以后的任务只交给迈克尔一个人完成。

吉尔罗伊要求迈克尔为他找6个月内的本地私人航班信息，山姆通过关系找到了这些信息，并从中发现了吉尔罗伊真正感兴趣的一架经政府特别授权的飞往波兰的隐形航班。对于飞机到底在运送什么，吉尔罗伊却讳莫如深。同时，曾经被迈克尔放过一马的前特工拉瑞突然出现在迈克尔的公寓，同时出现的还有一具刺客联盟成员的尸体。

原来拉瑞雇佣了一个叫杰克的魔术师，杰克假扮迈克尔抢劫了刺客联盟的金库，掠走了200万美元，为迈克尔招来了以卡洛斯为首的刺客联盟的追杀。拉瑞希望借迈克尔之手除掉卡洛斯，并顺势将迈克尔招入麾下，成为自己的犯罪帮凶。

迈克尔一面要保护杰克和自己免受杀手的追杀，同时还要抵御拉瑞的威逼利诱和挑拨离间。期间菲奥娜和山姆一度因拉瑞的诡计而远离迈克尔，最终3个搭档重新聚在一起，设计令卡洛斯一伙儿和拉瑞同时落入警察的手中，3个人的友谊经过考验更加深厚。

为调查那架飞往波兰的航班上究竟隐藏了什么秘密，迈克尔与菲奥娜巧妙配合，从间谍康拉德手中拿到了所需的情报，确认飞机运送的是一名罪大恶极的囚犯。同时，时装店女老板伊莎贝拉怀疑自己的副手蒂姆窃取公司钱财，委托山姆和迈克尔调查。

随后伊莎贝拉被人枪杀在寓所的游泳池中，警方的调查焦点集中在了蒂姆身上，迈克尔却知道盗窃、杀人以及嫁祸蒂姆的真正主谋正是公司的设计师达蒙。苦于没有证据，迈克尔只好伪装成毒品走私巨头，以巨额利益引诱达蒙向蒂姆下毒手，希望警方现场捉住达蒙。

由于蒂姆的胆怯，计划失败，蒂姆被警方捉拿归案。眼看达蒙一伙儿人就要逍遥法外，迈克尔铤而走险，挑拨达蒙和搭档里克内讧，终于成功引来警方调查，还蒂姆以清白。

吉尔罗伊要迈克尔帮他解救隐形航班上的神秘罪犯，并偷来了一架威力巨大的机枪。联邦调查局以证据不足为由，拒绝了迈克尔提出的调查和拘捕吉尔罗伊的请求，迈克尔只好继续与吉尔罗伊周旋。同时，绑架团伙老板加百列原是一位医生，家乡遭到美国芯片生产企业的污染，包括女儿在内的众多儿童受害身亡。

加百列一怒之下化身为复仇使者，绑架了该公司科研人员艾伦?金，希望能关闭工厂，拯救民众。菲奥娜应朋友之邀与加百列见面，为救出人质假意与加百列同流合污，并在山姆和迈克尔的配合下通过了加百列的数次考验。最终3个人救出人质艾伦?金，抓获了加百列，艾伦?金决定向媒体揭露工厂化学污染的罪行。

在吉尔罗伊的策划下，隐形航班平稳降落在郊外，然而当迈克尔来到指定接头地点时，却发现吉尔罗伊身中数枪，仅仅留下几句遗言后就被炸弹炸成了碎片。

隐形航班中的神秘囚犯名叫西蒙，原是神秘组织管理者手下的得力干将，由于生性不服管教，被组织关押起来。迈克尔作为组织认定的西蒙的继任者，不仅档案中被加上了西蒙所犯的种种恶行，同时被列入黑名单，蒙受着不白之冤。

此次西蒙花大价钱越狱出来，以炸毁酒店为威胁，希望用迈克尔做诱饵，诱捕管理者，找回自己过去的生活。迈克尔联系到管理者之后，表示希望共同抓捕西蒙归案。然而管理者对西蒙的轻视使自己落入了西蒙手中，迈克尔不惜驾车与西蒙相撞，并在管理者再次表示接纳自己入伙的时候手下留情，没有杀死坑害自己的西蒙，希望借此打入神秘组织内部。

同时，联邦调查局警探为抓捕迈克尔，对其母玛德琳威逼利诱，并最终在街头将迈克尔和西蒙捕获。然而不久之后，几个神秘人物将迈克尔领走，联邦调查局也对此无能为力。迈克尔经过几番周折，最终摘下头套时，发现自己坐在一个陌生的房间内，不知道自己将面对的是什么样的未来。

（第三季完）