凯恩和雷丁顿遭到柏林的追踪，雷丁顿找到了柏林雇佣的赏金猎人巴尔的摩伯爵。FBI破解了巴尔的摩伯寻找目标的数据分析法，并由此发现伯爵真正要找的目标是雷丁顿的妻子内奥米。凯恩立刻赶去内奥米的住处，却没能阻止她被伯爵掳走。

凯恩逮捕了伯爵诺拉，而诺拉因曾杀死了自己的胞姐罗文患上精神分裂。凯恩与汤姆的婚姻宣布无效，她剪短了头发重新开始，受伤的哈罗德终于重回岗位。

为犯罪分子秘密洗钱的君主银行华沙分行遇袭，凯恩通过雷丁顿得知后立刻与莱斯勒前往波兰。凯恩认为银行会计卡娅在袭击中被绑架，却在之后的审讯过程中发现卡娅因患超忆症而掌握着所有的洗钱罪证。安全屋遭遇多重袭击，卡娅不慎中枪身陷险境。

雷丁顿带走了卡娅，他转移了柏林的全部资产作为要挟以救回被绑架的前妻。凯恩帮助他解冻资产成功救人，柏林却再次逃脱。

曾受尊敬的卡温顿医生卷入一起医疗纠纷后消失，FBI对他进行非法器官租赁一案展开调查。保罗因无法支付心脏租金惨遭剜心，凯恩通过检查其他受害人的尸体找到了卡温顿的供应商艾碧医生。凯恩伪造捐赠人信息引蛇出洞，嫌犯却在逃亡时死于车祸断了线索。

尼科背叛了雷丁顿倒戈柏林，瓦尔加斯假意与他串通帮除掉了叛徒。FBI通过电话追踪找到了卡温顿，凯恩坚持让他完成了移植手术救活一名男孩。

雷丁顿透露政府在对有战士基因的人进行精神控制实验，他拜托哈斯凯尔帮助凯恩确定了这个黑色预算项目七号实验者的身份。内奥米和丈夫弗兰克拒绝留下，雷丁顿以揭发弗兰克的婚外情威胁他接受保护。凯恩化名并以病人的身份接近克里尔医生，她趁其不备偷取电脑密码找到了医生的下一个操纵目标，克里尔最终遭射杀身亡。

凯恩希望内奥米能帮自己解开关于过去的疑问，两人的对话却被雷丁顿打断。

前线组织领袖贝克为了拿到与鼠疫病毒有关的地图不惜杀死妻子，专家莉莲透露埋葬病毒的地点就在斯塔顿岛。贝克在FBI之前找到了移放尸骸的教堂，他的同伙打伤了凯恩将病毒带走。感染肺炎性鼠疫的首位受害者死亡，贝克怂恿众人吸入赌气导致变异的病毒开始蔓延。

FBI立即赶往机场拦截病毒携带者，萨玛在追捕中不幸感染病毒。疾病中心研制出了解药，隔离人员和乘客都已得到治疗。

蒙巴萨接团垄断非法野兽动物买卖，凯恩以记者艾尔莎的身份与专家杰夫见面获取情报。被剥皮的受害者尸体频繁出现，证人张被动物保护组织的露丝母子绑架。前去锡特卡调查的莱斯勒也不慎遇袭，两人被放在森林中当成猎物追杀。

莱斯勒犯了毒瘾双手发抖，他在近身搏斗时刺伤猎人马修惊险脱身。FBI赶去林中小屋，露丝母子自杀逃脱法律制裁，凯恩惊讶发现了莱斯勒的药物依赖问题。

凯恩与好友就惩治汤姆的问题起了争执，凯恩虽然很恨汤姆但她却无法杀掉汤姆。米洛斯一直以为是雷丁顿害死了自己的女儿，谁知这一切都是“十二月党”的猫腻。米洛斯与雷丁顿一起前往莫斯科寻找“十二月党”，他们杀死了财政部部长才得知了艾伦菲奇的消息。

警方成功抓获了艾伦菲奇，不料他的脖子上竟盘炸弹，雷丁顿怒杀了米洛斯。凯恩告诉雷丁顿自己对汤姆的感情，雷丁顿让汤姆不要再见凯恩。

雷丁顿被抓入秘密监狱，凯恩等人奉命去秘密监狱。罪犯布拉克斯顿成功越狱，他打伤了萨马等人，而凯恩机智逃走。布拉克斯顿想得到监狱的密码，但此秘密涉及到国家机密，库伯只好舍弃同事的性命来保全大局。凯恩联合雷丁顿欲救出萨马等人，雷丁顿找来的帮手不愿帮助他们，关键时刻他们只能赌上自己的性命。

正在生死攸关的时刻，雷丁顿牺牲自己来保全凯恩。

秘密监狱被轰炸，凯恩被卢瑟劫走。卢瑟受人之托打听支点的消息，而凯恩作为知情者却遗忘了这一段记忆。卢瑟绑架了医生奥查德，他需要奥查德找回凯恩遗忘的记忆。雷丁顿从秘密监狱逃生，他行为强势迅速抓住卢瑟并找到了凯恩。

凯恩在奥查德的指引下回忆起父亲死亡当天的情景，她在记忆中看见了雷丁顿。凯恩的记忆被人刻意抹去，她在自己的毛绒玩具中发现了秘密。

中情局探员被恐怖分子鲁斯兰绑架，凯恩和莱斯勒前往乌兹别克斯坦展开营救。凯恩看到人质汉诺威饱受折磨，更让她惊讶的是雷丁顿竟成了鲁斯兰的谈判代表。鲁斯兰的营地遭遇中情局袭击，他损失多名兄弟欲枪杀人质泄愤。雷丁顿从中调停并帮鲁斯兰找到了导致输油管泄露的元凶前部长扎彬，他出面谈判成功使得安尼卡石油公司妥协放弃泄露的管道。

多配偶论者邪教与幌子教堂的领头人肯扬失踪，他的住宅下埋着大批危险走私品。雷丁顿将此事告诉了凯恩，FBI立刻展开调查，与此同时雷丁顿开始寻找线人芬奇的秘密保险箱。失窃货车爆炸牵扯出了一起部落袭击案，FBI循着这条线索发现了一个布满尸体的教堂。

凯恩和莱斯勒解救了一名小女孩，警车却在半路遭到部落袭击。哈罗德即将参与一场临床试验，而雷丁顿获得了一个关于保险箱的神秘号码。

证人告诉警察凯恩与一起杀人案件有关，警察致电凯恩询问究竟，凯恩不知该如何摆平麻烦。连环杀手不断的杀人，警局对此事没有一点线索，雷丁顿愿意帮凯恩破案，但凯恩必须说出“支点”的事。雷丁顿开出条件将证人收买，最终警察失去抓凯恩的理由。

莱斯勒与凯恩一起查案，凯恩被凶手掳走，凯恩想起丈夫汤姆险些杀了凶手。凯恩不愿说出“支点”，她害怕失去雷丁顿。

衰落王朝后裔厄尔家族靠非法拍卖壮大势力，玛德琳设计了一场假的绑架案，雷丁顿中计并被迫参与了一场危险的拍卖会。凯恩伪装身份混入拍卖会，她试图解救其他人质却因势单力薄只带走一名男孩。汤姆以卧底的身份重新回归，他开始从事一项新的任务。

雷丁顿为了帮凯恩陷入危险，凯恩送走男孩后返回解救雷丁顿，最终非法势力被FBI剿除。

凯恩因涉嫌前港务长的谋杀案而出庭接受审讯，此案是否应该公开审理引起争论。雷丁顿要求库珀绑架外交官部长以寻找黑名单上的危险成员校长，而校长正是能解救凯恩的关键。凯恩与雷丁顿的特殊关系引起法官质疑，同时特别调查组也接受了审查。

凯恩称自己与港务长见面是因公务之由，库珀竟选择为她作证。一颗带血迹的子弹成为证物，警方根据证物所指认为凯恩在撒谎。

雷丁顿和莱斯勒决定找到真正的凶手汤姆以帮凯恩脱罪，莱斯勒在慕尼黑查获贝克尔的走私军火以此威胁汤姆使他陷入危机。哈罗德为做伪证一事与凯恩争吵却突然昏倒，凯恩得知了他患有恶性肿瘤的病情。港务长谋杀案再次开庭审理，汤姆突然现身庭审现场并自认罪名。

康诺利以涉及国家安全之名压制法官，法官不得已停止调查。马蒂警官当庭抗议表达不满，凯恩面对死者的家属感到不安与愧疚。

长生不老行者组织利用无辜者进行人体实验一事浮出水面，医药代表芒罗向FBI供出一名叫做鲍威尔的医生。哈罗德病情开始好转，他却突然接到医生的通知实验或将出现变动。汤姆被人劫持施暴，他不顾危险坚持保护凯恩的人身安全。

鲍威尔的未婚妻曾因车祸导致大脑损伤，他希望能通过实验找出治疗方法。雷丁顿偷偷将鲍威尔带走试图得到他的实验结果，鲍威尔却因实验失败最终开枪自尽。

瓦内萨陷害多名富商入狱甚至死亡，她转移了这些企业家的巨额资产后消失并持续作案。瓦内萨使用架子公司转移资金，凯恩向汤姆求助成功找到了交易人的地址，凯恩作为回报帮汤姆取回了他的护照。莱斯勒查出瓦内萨的丈夫克鲁兹遭到陷害死亡，而瓦内萨则是用相同的手段帮丈夫复仇，她再次犯案并栽赃给自己的情人得以脱身。

雷丁顿承认是他雇佣了汤姆，凯恩愤怒不已，此时雷丁顿突然遭遇枪击……

雷丁顿的紧急移动救援队立刻对他施以手术，雷丁顿嘱托凯恩找到伦纳德。雷丁顿所在的秘密仓库遭到袭击，凯恩不得不将他转移到基地却意外遇到汤姆。邓比让凯恩到雷丁顿的公寓寻找装有支点的盒子交给伦纳德，伦纳德启动了支点，凯恩看到其中的奥秘惊讶不已。

基地遭到包围，汤姆主动请求加入战斗。凯恩闯入中情局要求幕后者停止袭击，雷丁顿终于脱离危险。

伊丽莎白已经知道照片里的女孩就是她自己，而她的母亲是一个传奇般的俄罗斯女间谍。伊丽莎白被诬陷破坏国家情报机构及用生化病毒谋杀参议员霍金斯，诬陷她的正是利益集团组成的“秘社”。

现在伊丽莎白的办公室正被搜查，电话里，雷丁顿告诉伊丽莎白，她现在已经完全被秘社掌控，有理也说不清，想留下来证明清白只会是徒劳的，唯一的办法就是逃出FBI再想法收集证据。伊丽莎白还是寄希望于库珀能保护自己，但在库珀办公室外，她偷听到库珀与康诺利的对话。

康诺利那套伊丽莎白是俄罗斯间谍女儿，与雷丁顿合作扩大犯罪帝国的说辞，让库珀完全无法反驳。知道库珀对自己的事也无能为力，伊丽莎白还是听从了雷丁顿的建议。办公室里，康诺利还有曾做伪证、泄密及库珀的妻子，甚至用脑瘤试验威逼库珀配合调查伊丽莎白。

伊丽莎白找到住在游艇里的汤姆，请他帮忙寻找安德罗波。在安东所说的安全屋里，两人没来得及阻止安德罗波逃跑。经过一场马路追逐后，安德罗波在撤离点被自己人灭口，最后一个能证明伊丽莎白清白的人也死了。所幸伊丽莎白在安全屋里找到一个U盘，里面竟然是库珀的病历资料。

得知自己的主治医生莱温居然是为秘社服务，愤怒的库珀冲进莱温的办公室，掐着他的脖子质问他所谓的试验是不是根本就不存在。莱温只能交待库珀完全健康，病历都是伪造的，疾病反应都是药物作用，感觉好转只是减轻药量而已。

这些都是安德罗波设计的。雷丁顿的另一场战斗开始了，他劫持了世界上最优秀的十几名调查记者，向他们展示了支点里，几十年来那些有权有势的权贵们所参与的阴谋，这些权贵形成的组织被称为“秘社”。雷丁顿希望他们能调查、挖掘这些真相并向世人公开，但也警告他们期间巨大的风险是不可避免的。

库珀掌握了康诺利威胁莱温医生伪造病例的证据，立刻与伊丽莎白一起找到康诺利，要他停止现在所做的一切，还伊丽莎白清白，解除对沙琳的指控，恢复库珀的职务，叫“主任”不要再去动雷丁顿，否则就将证据提交给FBI。

康诺利不屑一顾的嘲笑两人。他现在已经被任命为司法部长，整个司法部门都在他的掌握之下，根本不惧任何威胁，甚至可以轻而易举的让行动小组成员全部入狱。忍无可忍的伊丽莎白开枪打死了这个伪君子。在康诺利倒下的瞬间，伊丽莎白想起火灾当晚发生过同样的情形，那天是自己开枪杀死了在伤害母亲的人——自己的父亲。

随后伊丽莎白就像当年一样，惊慌的逃离。在指定地点，雷丁顿找到伊丽莎白。伊丽莎白知道雷丁顿封闭她的记忆并不肯说出真相，都是为了保护她不受这段痛苦记忆的折磨。雷丁顿像父亲般安慰伊丽莎白，希望她不要被痛苦折磨，变成像他一样的人。

随后雷丁顿带着伊丽莎白开始逃亡。而伊丽莎白也被FBI列为首要逃犯，被全球通缉。库珀交出证件接受调查。“主任”翻开报纸即看到头版上有关秘社阴谋的报导。汤姆开着游艇离开码头。莱斯勒、纳瓦比和阿兰姆则要开始对伊丽莎白进行调查。