一处准备找出秘密集会的恐怖分子们，情报显示这帮恐怖分子以Graff和Alain为首。Nikita为了展示自己领导一处的能力，打算给所有的组员更多的自由，并树立一个样板，Jasmine，Michael训练的最后一个组员被Nikita选中作为样板，但很不幸，Jasmine第一次独立执行任务就失败了。

而且在第二次任务中，Jasmine中了一个很低级的圈套导致行动小组伤亡惨重而且没能到达目的地。另一方面，Quinn回到一处后为头制造了Madeline的幻象，以让头感到Madeline依旧存在，但是头对Quinn制造的Madeline还不满意，他希望这个Madeline更加人性化，更有女人味，Nikita不喜欢这个Madeline，很快头就发现假人无法取代Madeline的位置就删除了这个程序，并在Quinn的帮助下，把与Madeline相关的记忆删除了，因为这些，头把Quinn的等级提高到三级。

期间，Walter回到了一处，Nikita想要知道为什么她会被带回一处，Walter给她一个Birkoff为她制作的程序，Nikita发现她在一处可能还有一个亲属而且可能就是她父亲，这个人在一处的代号是Flavius。

Nikita还找到一个地址，但她按图索骥找到那个地方发现房子里有一双青铜色的儿童鞋，一个磁盘，还被安装了炸弹，正在她疑惑之际，听到外面有摩托车发动的声音，随即炸弹被引爆了，幸好，Nikita及时逃出。

因为George死了，委员会另外派人取代了他的位置，这个人对头的工作效率极为不满，对上一次的行动失败更为恼火，但是一次意外中，一个囚犯把这个人当作了人质，头很利落的解决了这次事件，让这个人有火发不出。但他仍旧认为一处现在已经处于崩溃的边缘。

Nikita，OBrien和Jasmine仍旧在执行任务，但是Nikita在任务重突然发病差点导致任务失败，看来Gelman程序对她的影响仍旧存在。在Nikita从上次那所爆炸的房子中取回的磁碟中，Jason发现一些线索，Nikita循着线索前往，发现那个地方就是以前Michael隐匿Adrian的地方，而Adrian曾经也受制于Gelman程序，Nikita发现了她的尸体和PF3发报器，而Walter从Adrian的尸体上提炼的DNA样本能治愈Nikita，O’Brien掩护了Nikita，但是头并不相信O’Brien的汇报，他警告O’Brien，Nikita能毁了Michael，她也能毁了O’Brien。

在下一次任务中，PF3发报器将帮助Nikita完成任务。

Nikita加班加得很晚，尽管当天由Quinn值勤，但她觉得筋疲力尽决定回办公室休息一下，却在办公室碰到一个带面具的人，面具人飞快地逃走Nikit试图跟踪却被这个人溜了。Nikita怀疑这个人是Quinn但是Quinn否认了，Nikita又试图从头那里得到信息，但是一无所获，因此她决定用工具监视头。

Nikita决定和Jones先生在中心外面见面，为此她安排了一次任务抓捕Massima Valenti，一个为恐怖组织服务的军火商，要求Mick Schtoppel（Jones先生的替身）协助行动。Mich和Nikita去了Massima的酒吧并俘虏了他，在回一处的路上，Mick和Nikita做了交易。

Nikita见到了Jones先生，她要求知道自己的父亲是谁，还有她为什么会被带往一处，但这个Jones先生说他什么都不知道，因为他不是真正的Jones也不是Mick，他只是个叫做Martin的演员，被人雇佣到这里扮演角色。

等Nikita再次寻找Jones先生的时候，却发现Martin被Nikita信任的助手Michele干掉了。Nikita只有另辟蹊径，她跟踪Jones的一个属下来到一座公寓，发现Michele在这里，而角落里可能就是她的父亲。

Nikita终于知道Jones就是她的父亲，紧接着Jones准备安排她到贝尔格莱德执行任务。任务中，Nikita在OBrien的帮助下传送了一份加密的文件给Jones（Jones急需），但是文件落入恐怖组织之手，Nikita和Jones认为处里除了内奸，他们怀疑头和OBrien俩个人，Nikita必须查处内奸到底是哪一个。

但Nikita想知道为什么她会被带到一处，Jones到底想对她安排什么？Jones告诉她，她和一处密不可分，她属于这里，也许她并不情愿但她迟早都会明白这一切。在恐怖组织内，Graff和Alain正为如何利用这份资料重创一处而争论，现在由Graff掌权。

而Nikita诱惑OBrien去了他的公寓却发现他只不过瞒着组织寄钱给自己的母亲，她并不是内奸，因此只有可能是头干的。为了证实这些，Jones去处里见了头，而且他们瞒着头改变了赫尔辛基的任务，如果头是内奸，任务就不会被泄漏，但是情报依然被泄漏了，O’Brien为了拯救小组里其他的人牺牲了。

另一方面，在恐怖组织里，我们会发现真正的内奸是MichaelMichael的发型是糟糕的，他要Nikita以外的一处毁灭。

Jones和Nikita仍旧在寻找内奸，Veytoss，处里新的网管，非常能干对任务的预计非常精确，他认为Michael就是内奸但Nikita坚持Michael已经再上一次任务中死去了。另一方面，头和Nikita势成水火，头让Jones把Nikita带走未果就在Nikita执行任务的时候撤走后备试图让Nikita死在任务里。

两人为了这件事彻底反目，都要求不是他死就是我活，两个里只能活一个。头告诉Jones是Nikita在Michael的任务中救了他，Nikita干脆承认了，但她认为Michael做这些只不过是为了重回一处，这样他就能找回自己的儿子Adam了。

Jones烦不胜烦终于决定送头上西天，他在头做的飞机上动了手脚，但是头还是从坠毁事故中幸存下来等到了Nikita的救援。头发现Quinn在他的电脑里设置的bug，认为Quinn就是内奸，但是Quinn不是恐怖组织派来的内奸而是Jones和中心设下的暗桩。

而在恐怖组织这边，他们不知从哪里得到情报获悉Michael有一个儿子，他们决心找出这个孩子来制约Michael。

Nikita完成任务后觉得非常疲惫，她回到自己办公室突然发现自己的监控器出现了Michael的影像，Michael让Nikita设法让他返回一处，Nikita在一所教堂开车接走了Michael，两人的非常亲密。

Michael回到一处，照例向头汇报，头告诉他Jones先生就是Nikita的父亲而且让Michael滚蛋因为他不再有任何权利。Jones对Nikita和Michael的关系很恼火，嘲笑她“你非常聪明，聪明到和你的老板上床，亲爱的女儿”。

Michael 转而和Jones谈条件，他愿意提供信息以阻止恐怖组织的暗杀行为，随后他和Nikita阻止了恐怖组织的计划，但是Michael也暴露了。Michael以此次成功行动作为条件向Jones交换儿子Adam和Nikita，Jones告诉他，他的“前妻”Elena在一次车祸中去世，而且他绝不可能拥有Nikita。

Michael和Nikita在一家餐馆计划他们究竟该怎么做，Michael要求Nikita跟他走，Nikita也在幻想以后和Michael在一起的生活，白色的篱笆、狗和孩子在周围跑来跑去，那些他们一直希望能够拥有却始终处摸不到的东西。

回到一处后，他们发现Adam被恐怖组织绑架了，他们要求Michael回到恐怖组织总部，并把Jones带过来。头试图救会Adam，但是不知怎么的，他既没有带上后备的队伍也忘穿了防弹背心，就这样被枪杀了，不管怎样头总算和Madeline碰头了。

头去世了，Nikita拒绝接受他的职位，这样有两个候选人Myra Monk和Kelly，这两个人正竞争上岗。Jason喜欢Myra，但是Walter却特别恨这个女人，他知道这个女人底细。Walter叫Jason挖出Myra的底细让她做不了一处的新头，Jason照办了，但这并没有组织两个人的竞争。

另一方面，Michael为了救回Adam，正找办法接近Jones伺机绑架他以换回Adam，为此他瞒住了Nikita骗她已经救回了Adam。Michael私下会见了Alain，和他做了交易，他帮Alain除掉Graff，让Alain替代Graff的位置，Alain则许诺他只要事情成功就放回Adam。

行动成功，Michael成功地除掉了Graff，但是却发现Alain也死掉了，他依旧没有筹码换回Adam。所有能走的路都已经堵死了，Michael不得不求助于Jones，Jones答应他去换回Adam，条件是Nikita留下做一处的新领导。

两个人都许诺了，Jones和Michael去了恐怖组织的总部，Jones死了，Adam回来了。Nikita送Michael父子到火车站，Nikita留下以确保他们的安全，Michael允诺只要Adam能照顾好自己，Nikita还需要他，他就回到她的身边，在走之前Michael终于对Nikita说了“I Love You”，Nikita泪盈于睫。

最后的镜头，我们可以看到Nikita成功地，却孤独地领导着一处；一切似乎都结束了，一切似乎又重新开始。