清朝光绪初年，岭南庆州一带瘟疫流行，一时间，赤地千里，白日鬼唱，死者不计其数，朝廷赈灾的银两一拨再拨，灾情却毫不见起色。两宫太后召集各位大臣商议对策。户部大臣、太医出身的吴一铭主动请缨，愿为钦差，视察疫情，寻找良医，平瘟赈灾。

岭南知府孙子玉因有朝内神秘“主公”撑腰，勾结当地药霸贺天章，贪污朝廷赈灾银两，大发国难财。孙知府因被瘟疫所染，请神医老吉(谢钢 饰)救治。老吉开出天价，让知府免费供药，救治病人。孙知府为保命，只好忍痛割肉。侠女赖红姑(杨丽菁 饰)为了让父亲十八年前蒙受的冤屈大白于天下，只身深入岭南，途中，遇到一伙蒙面杀手与押镖的镖队人马厮杀，赖红姑拔刀相助，但为时已晚，镖首一字未吐，便气绝身亡。

赖红姑打开所押物品，发现草药下面，装的竟全是珍奇珠宝，而所有的麻包上都写有一个醒目的“吉”字，她不由得疑窦顿生。

赖红姑(杨丽菁 饰)误以为老吉(谢钢 饰)与押解药材的镖车有关，把老吉捉入山洞，质问其事，老吉为了通知徒弟来救自己，开了一服藏头药方，药方内容驴唇不对马嘴，孔笙看得一头雾水。吴钦差一路南下，越接近岭南，拦路告状的百姓越多，逃难病死者满目皆是，吴钦差忧心渐重，决定微服私访。

吴钦差查访到老吉处，看出了那张药方的奥妙，带人赶到山洞，解救了老吉。老吉与吴一铭一番长谈，甚是投机。孙知府得知镖车被劫气急败坏，恰恰赶上钦差大人驾到，一时弄得焦头烂额。孙知府大摆排场，安排人马恭迎钦差。

不料，接到的只是钦差的随从牛师爷。贺天章因开仓放药吃了亏，找茬到老吉药铺索帐，刁蛮无理，撒泼耍赖，激怒了钦差吴一铭。

吴一铭在府衙亮出真实身份，孙知府、贺天章、老吉(谢钢 饰)都大吃一惊。吴一铭下令将贺天章责打三十大板，百姓拍手称快。赖红姑(杨丽菁 饰)见很多穷人无钱看病，生命垂危，为拯救病中百姓，将镖车中的部分珠宝在钱庄兑换成银子。此事被报与孙知府，引起了孙知府的恐慌。

他暗中派出杀手，去劫杀这一神秘女子，未果。于是，贺天章又为其出谋划策，继续制造了一起镖车出动的假案，赖红姑果真尾随镖车前行，被诱入圈套。杀手步步紧逼，赖红姑奋力激战，被箭击伤，包围圈越缩越小，眼看就要被生擒活捉，危急之时，赖红姑骑上一匹快马，杀开一条血路。

采药归来的老吉邂逅被颠下马来的赖红姑。急将赖红姑抱进草丛，躲过杀手的追赶。老吉将赖红姑背入山洞，赖红姑渐渐苏醒，吐露暗害她的人是贺天章。老吉找到吴钦差，希望他下令捉拿杀手贺天章，吴钦差和老吉再回山洞时，赖红姑已踪影全无。

吴钦差和老吉在不断的交往中，建立了莫逆之交，他听取老吉的意见，治瘟大见起色，受到宫廷嘉奖。孙知府十分妒嫉。京城“主公”再次追问贡品迟迟不到的原因，孙知府既抓不到传说中的神秘女子，又找不到那批丢失的珠宝，决定孤注一掷，他专门设宴，请吴钦差和老吉出席，暗地里让人在老吉带的药茶中下了毒，想借老吉之手杀掉吴钦差。

吴钦差自赴宴之后，便称病不起，孙知府以为吴钦差真的毒性发作，大喜过望。老吉(谢钢 饰)得知吴钦差生病，特地前来探病，不料吃了闭门羹。赖红姑(杨丽菁 饰)继续寻找杀父仇人，终于了解到，父亲最终是被“阴阳夺命散”毒死的。赖红姑找老吉了解“阴阳夺命散”的情况，老吉告之，这是一种十分罕见、毒性极强的剧毒药，中毒者最明显的症状是七窍出血。

孙知府得知吴钦差已掌握了他贪污赈银的罪证，为保全性命不得已向吴钦差告发了主公，结果当晚便被人所害。孙知府的突然毙命，引起一场轩然大波，贺天章诬陷孙知府是被老吉所害。因为老吉是第一个看到孙知府死的人，老吉由此被被押入大牢。

百姓闻讯，纷纷到钦差府前跪谏，要求释放老吉，让老吉继续救灾平疫。吴钦差体恤民意，允许老吉回到药铺戴罪立功，但条件是，不准离开药铺半步。赖红姑设计救走了老吉，追问其“阴阳夺命散”和“济世堂”之事，老吉如坠五里云雾。

孔笙为寻师傅，找到老吉(谢钢 饰)和赖红姑(杨丽菁 饰)躲藏的破庙，尾随其后的官兵也把破庙团团围住。赖红姑与官兵一场打斗。老吉不会武功，急中生智，烧着了庙里的蒲团，浓烟熏得官兵睁不开眼。乘乱之际，他领着赖红姑和孔笙，从后山小路溜下了山。

为缉拿老吉，所有的要塞关口都张贴着捉拿文告。赖红姑让老吉装成病尸，用小车把老吉推到乡下。老吉惦念饱受瘟疫折腾的乡亲，忧心忡忡。孔笙外出打探消息时，背回来一个奄奄一息的假小子。假小子醒来之后，满口胡言乱语，可笑之极。

老吉将其收为义女，取名木蝴蝶。一度平息的瘟疫再次卷土重来，吴钦差四处寻找老吉，始终没有消息。贺天章想出一条诡计，打着老吉的旗号，到处卖假药骗人，被害群众将火发泄到到真老吉头上，老吉终于浮出水面，一对冤家重新聚头。

老吉(谢钢 饰)从贺天章的嘴里得知瘟疫复发的消息，万分焦急，要连夜赶回庆州为百姓治病。赖红姑(杨丽菁 饰)为弄清济世堂和阴阳夺命散的内幕，决定北上京城。吴钦差以热烈的仪式欢迎老吉到来，使老吉受宠若惊。赖红姑来到京城，暗访“济世堂”，所见所闻，使她意识到“济世堂”中必有硕鼠。

于是，击鼓告御状，蓝御史和顺亲王决定将计就计，利用赖红姑除掉异己。老吉因救治大批疫民，药材告罄，吴钦差下令让各药商捐赠药材，贺天章恨得咬牙切齿。就在这时，他突然收到了一封“主公”的密信，信中告之，“济世堂”特使将来访。

贺天章上下张罗，请来庆州府各界名流，隆重迎接“济世堂”特使的光临。谁知，轿里走出来的竟是乔装打扮的赖红姑。老吉顿时目瞪口呆。

吴钦差得知京城“济世堂”特使来临，觉得十分蹊跷，他特地为京城的“曲小姐”设宴洗尘，并请老吉(谢钢 饰)、贺天章等人作陪。宴席上，吴钦差不动声色，与“曲小姐”频频举杯，仿佛跟“济世堂”的老板是故交。老吉只顾低头吃菜，只有贺天章得意洋洋，钦差大人居然也要和这位“曲小姐”攀关系。

宴席接近尾声，吴钦差手拿杯子站起来，正准备按约定暗号动手，忽听一阵脚步声，来人是“曲小姐”的部下，告之丢失的贡品已经找到，众人皆惊。“曲小姐”率人来到山洞，起出了数箱珠宝。正准备离开时，一队人马奔过来，将其团团围住，而带头人正是吴钦差。

吴钦差哈哈大笑，说没想到冒名的“曲小姐”，竟然给真正的老板立下了大功。贺天章愕然。赖红姑(杨丽菁 饰)揭穿了钦差贪污赈灾银两、杀知府灭口的真面目，原来吴钦差就是神秘的“主公”。正当钦差准备动手时，红姑拿出一面小镜子。

镜子的光芒照到山上，四周人影耸动，整座山均被官兵包围起来。吴钦差束手就擒，被押入大牢。赖红姑再次出现在吴钦差面前。吴钦差承认十八年前是他毒死了赖红姑的父亲，但他也是奉一位姓万的道台之命。这位道台干完这件事之后，不知是因为良心受到谴责，还是担心全家被灭口，挂印弃官而去，至今下落不明。

老吉(谢钢 饰)因平疫有功，受到朝廷嘉奖，朝廷派人专程为老吉送来了“岭南药侠”的金匾。老吉一时间成为庆州地界家喻户晓的英雄。说媒者也蜂拥而至，面对一个个如花似玉的小姐，老吉心里想的却是赖红姑(杨丽菁 饰)。赖红姑为继续寻找杀父仇人万道台，在小镇上开了一家古董字画店，并收购到了当年万道台的一副字，寻根溯源，找到了当年万道台的幕僚、隐居在乡间的陆师爷。

海归派顾西来在老吉药店的对面开了一家西医诊所。他用人们从来未见过的西医治病，吸引了不少病人。赖红姑对西医充满好奇，她在与顾西来的接触中，颇得顾西来的青睐。老吉因吃醋而妒嫉顾西来，从而对西医生发出一种莫名的抵触。

贺天章了解到老吉(谢钢 饰)对中医存有戒备和抵触的心理，决定在庆州成立一个中医联合会，请老吉出任会长，把西医赶出庆州地面，老吉思虑再三，没有同意出任这个会长。紧接着，便出现了一系列怪事，先是老吉药铺被烧，相继，三三两两的孩子失踪。

传言，是顾西来把这些孩子捉去，用他们的心肝做药了，一时搞得小镇上人心惶惶。孔笙和木蝴蝶为了探明究竟，趁着夜色悄悄爬进顾西来的诊所。结果被顾西来抓了个正着。他恐吓木蝴蝶和孔笙，要把他们的心肝挖出来做药。老吉对赖红姑(杨丽菁 饰)情有独钟，有事没事便跑到赖红姑的古董店去看她，可赖红姑对老吉一直不冷不热，使老吉的情感屡屡受挫。

南洋富商佟鹤龄到庆州经商，逛到赖红姑的古玩字画店，对挂在店里的那副万道台的字发生了兴趣。赖红姑也对佟鹤龄这个人引起关注。

贺天章召集中医聚会，强迫老吉(谢钢 饰)凉茶捆绑众家药品一起销售，被老吉一口回绝。贺天章见说服不了老吉，便联合众中医，背着老吉，制造了大量假冒的“老吉药茶”，减价销售，病家上当受骗后，登门来找老吉讨说法，使老吉有口难辩，声名扫地。

老吉把贺天章告到官府，想不到贺天章早已把衙门买通，老吉有苦难言。老吉去找赖红姑(杨丽菁 饰)，请她帮着出主意。赖红姑提出，要想打假，必须以正压邪，建议老吉免费赠送正宗药茶。老吉免费赠送药茶之举，非旦没有控制住假药茶的泛滥，反而让贺天章钻了空子。

贺天章网络了一批药托，装扮成病人，轮流到老吉处领取药茶。贺天章又将这些正宗的“老吉药茶”改换包装，转送给知府，讨了一个大大的人情。老吉药尽财空，终于支持不下去了，木蝴蝶主动提出给干爹找药资，她收罗了一些破盆烂碗，到赖红姑店里去卖古董，被赖红姑识破，最后只好用身上的玉佩做抵押，换回了五十两银子。

佟鹤龄看到了赖红姑身上悬挂的玉佩，引起他的好奇，追根溯源，才知道玉佩是木蝴蝶的。他又亲耳听到木蝴蝶唱的一支小曲，更使他联想起一些支离破碎的往事。

老吉(谢钢 饰)免费送药的营生实在做不下去了，于是，想到了一个以恶制恶的绝招，他带着徒弟二人上街收购假药，此举使孔笙颇为不解。知府夫人喝了贺天章进贡的“老吉药茶”，十分高兴，让贺天章继续供药。贺天章只好求到老吉门下，花高价购买，老吉慨然应允。

然而，他卖给贺天章的“老吉药茶”，却是从街上收来的假药。贺天章将此药奉送给知府，喝得知府夫人上吐下泻。知府大怒，抓来贺天章问罪。贺天章招供，药茶来自老吉处。知府又将老吉带入大堂，老吉坦言，这些药茶都是他从街上花低价买来的。

于是，一个以贺天章为首的制造假药的黑窝点被揭开，所有假药被当众焚毁。贺天章不但挨了板子，而且药去财空。知府为了惩罚老吉知假售假，决定将其药铺查封。老吉借机来到赖红姑(杨丽菁 饰)的古董店，做了一名打工伙计。老吉在赖红姑的古董店里笨手笨脚，惹出一系列的麻烦，先是把瘾君子陆师爷送来抵押的瓷瓶打碎，又擅自把万道台的字作为赔偿送给了陆师爷，惹得赖红姑大怒，一定要把老吉赶出古董店。

佟鹤龄得知老吉药铺被封，出资为老吉赎回了药铺。木蝴蝶趁着干爹不在，自作主张把药铺装修得不伦不类，还洋洋得意地做起了女老板，差点没把孔笙的鼻子气歪。

佟鹤龄在庆州表面上是做生意，暗地里却和洋人神甫相勾结，建教堂，开烟馆。神甫为了扩大烟馆，看中了老吉(谢钢 饰)的药铺，为了达到目的，让贺天章去勾引孔笙吸鸦片，孔笙真的中了圈套，木蝴蝶又气又恨。孔笙吸鸦片上了瘾，虽内心悔恨却不能自拔。

老吉请教顾西来，西医有无戒毒良药。顾西来告之，英国人自己从来不吸鸦片，全把鸦片运到殖民地去了。他希望老吉能用中医的方法研究出一条戒毒的路子。赖红姑(杨丽菁 饰)愈发对佟鹤龄产生了怀疑，她登门去找佟鹤龄对质，却碰了一个不软不硬的钉子。

赖红姑在回来的路上遇到陆师爷，得知万道台那副字是陆师爷做圈套骗走的，她这才发现是自己误会了老吉，对老吉生出一种愧疚和思恋。

佟鹤龄通过玉佩的线索终于查明，木蝴蝶就是他的亲生女儿，当他拿着另外半块玉佩准备和木蝴蝶相认时，玉佩不慎失落，被孔笙捡到，将玉佩押在赖红姑(杨丽菁 饰)处，换钱吸了大烟。赖红姑发现那半块玉佩不是木蝴蝶的心生蹊跷，她主动找木蝴蝶打探木蝴蝶的家事，木蝴蝶一阵胡吹乱侃。

老吉(谢钢 饰)冥思苦想地研究戒毒，收效甚微。神甫从贺天章处得知老吉在研究戒毒，想让老吉放弃这种做法，特地请老吉吃西餐，老吉也将计就计，让神甫给他送烟膏。这件事被贺天章透露给赖红姑，赖红姑以为老吉真的堕落了，一怒之下，将老吉研究戒毒的十几个药罐砸个稀烂。

孔笙半夜犯了烟瘾，去找老吉藏匿的烟膏，被老吉发现，无处躲藏，只好跳进了浴缸。木蝴蝶为了给孔笙打掩护，将被赖红姑打翻的各种药渣药汤通通倒进浴缸，结果，阴差阳错，竟然把孔笙的烟瘾戒掉了。瘾君子陆师爷无意中认出佟鹤龄就是当年的万道台。

他为了敲诈佟鹤龄，写下一封匿名信，让他出一百两银子，装在药罐里，放在树下。谁知，这银子竟被木蝴蝶拿了去，使佟鹤龄百思不得其解。当佟鹤龄意识到，陆师爷将给他带来麻烦、决定干掉陆师爷时，赖红姑已提前一步将陆师爷救下。

老吉(谢钢 饰)为了捉弄神甫，也请神甫吃了一顿美味佳肴，谁知，神甫回去便上吐下泻。神甫把状告到知府，说老吉害他，但食物中却查不出半点有毒物质，原来，老吉是利用食物相克的原理，故意给神甫一点厉害尝尝。赖红姑(杨丽菁 饰)经过一番艰难的排查，终于弄清，佟鹤龄便是当年杀害父亲的万道台。

红姑提剑前往佟鹤龄住处，决定报仇雪恨，不料，正碰上木蝴蝶与佟鹤龄相认。赖红姑一剑刺去，被木蝴蝶挡住。赖红姑被他们的父女亲情所感动，抽剑走开了。老吉几经试验，终于摸索到戒毒良方，成立了戒烟馆。佟鹤龄良心发现，愧悔交加，让神甫归还了所有烟民的房契、地契，决定带着女儿木蝴蝶远离庆州。

但木蝴蝶却舍不得老吉和药铺。佟鹤龄答应木蝴蝶留下，他也打算把南洋的产业搬到庆州来，叶落归根，安度晚年。

老吉(谢钢 饰)突然接到懿旨，让其顶替太医刘洪到紫禁城做御医。老吉摸不清底细，托病敷衍。赖红姑(杨丽菁 饰)得知后，答应陪同老吉一同前往。因为她调查清楚万道台也是受人指使，她要把杀父的真正元凶查出来。老吉得知太医刘洪是因老母病逝回家奔丧，路经刘洪府时，便约了赖红姑一起去府上吊孝，谁知刘洪老母精神矍铄，老吉被棍棒哄赶出来。

老吉愈发觉得事情蹊跷。到了京城，老吉一行被安置在皇城根的一个四合院里，等待太后召见。老吉带着两个徒弟上街，看到什么都觉得新鲜。孔笙在路上碰到一个绝色女子，要为其诊病，却换了一顿臭骂，他万万没想到，这位绝色女子便是从宫中跑出来幽会情人的七格格

老吉(谢钢 饰)一行被太后宣召进宫，正赶上两宫太后在戏楼看戏。慈安对慈禧召土郎中老吉进京颇为不解，她从骨子里看不起这个乡下土郎中。慈禧决定当场考考老吉。她先让老吉对一副用九味中草药药名串成的长联，老吉对得十分工整，慈禧暗中叹服。

慈禧又让老吉为自己和慈安悬丝诊脉。慈安让七格格替她躺入账中，老吉摸着摸着，竟虚脱晕倒。原来，老吉在诊脉时发现了喜脉，他惊恐难言，只好耍了个花招。这件事引得慈安一阵嘲笑。顺亲王却从中看出破绽，把老吉接到府上了解情况，老吉不敢直言，恳求顺亲王放他回岭南，顺亲王没有答应。

格格陪慈禧在园中散步，慈禧想把七格格许给顺亲王的四贝勒，七格格却喜欢京剧武生杨小云。慈禧发现七格格有反胃呕吐症状，宣老吉(谢钢 饰)进宫为七格格诊脉，老吉再次被吓个半死，原来七格格也是喜脉。赖红姑(杨丽菁 饰)替老吉去给七格格送药，从七格格嘴里得知，她那天为慈安当替身的事，老吉这才弄明白，原来怀孕的只是七格格一人。

七格格恳请老吉救她，否则，就一死了之。老吉给七格格开一服打胎药，也请七格格在太后面前说情话，放他们回岭南。慈禧考虑到慈安对老吉的反感，决定放老吉回去，临走前让老吉开一些养颜美容的药方，赖红姑利用这个机会，写了一张特殊的“药方”，引发了慈禧的兴趣。

慈禧宣老吉、赖红姑进见。老吉不知何故，赖红姑却十分坦然，当着慈禧的面对那张特殊的药方侃侃而谈，慈禧对赖红姑十分喜欢，故而决定把老吉等人重新留下。老吉责怪赖红姑害了他。

慈安太后突然病了，且病势越来越重，请了几拨太医医治，均不见效。慈禧宣老吉(谢钢 饰)为慈安看病，老吉开出一张虎狼药方，太医院的人不敢依方抓药，擅自减了药量，结果，慈安的病非旦没有好转，反而危在旦夕。老吉因此被绑，就在准备行刑时，赖红姑(杨丽菁 饰)闯入宫中，弄清了事情真相，救了老吉。

慈安因殆误时机，已病入膏肓。老吉提出，要救慈安，必须用“凤脂”做药引子，所谓“凤脂”便是西太后慈禧的血，慈禧慨然允之。慈安转危为安，了解详情后十分感动，当着慈禧的面，烧毁了先帝留下的秘诏。两宫太后决定褒奖老吉救驾之功，老吉提出，既不要官，也不要钱，只求太后准许他回岭南，两宫太后驳回了他的请求。

老吉被御封为太医院院长，官至五品。两宫太后同时赐与红姑一枚进宫腰牌，可随时到后宫行走。

老吉(谢钢 饰)半夜穿上官服起来臭美，被赖红姑(杨丽菁 饰)看到，奚落一番。老吉到太医院去上班，和那些照本宣科的老夫子太医格格不入。贺天章听说老吉在京城当了官，千里迢迢从岭南赶来，希望借助老吉的外力发大财。老吉在请贺天章吃饭时，偶遇李莲英。

善于投机钻营的贺天章靠吹牛拍马，送礼行贿等手段，讨得李公公欢喜。贺天章仗着李公公的关系，盘下了专门为太医院供药的“济世堂”大药房，更名为“济生堂”，并举行了隆重的揭幕仪式。

老吉(谢钢 饰)街上邂逅刘洪，刘洪开始说老吉认错了人，以后又遮遮掩掩，似有难言之隐。刘洪暗示老吉当晚后海湖边说话，老吉如期而至，刘洪已被人灭口。顺亲王再次安排杨小云所有的戏班子进宫为两宫太后唱堂会。戏演了一半，扮做戏子的杀手突然向慈禧射出毒箭，幸亏杨小云及时用枪挑开，避免了一场血案。

慈禧震怒之极，传旨将凶手五马分尸，赖红姑(杨丽菁 饰)由此看到了慈禧凶残的一面。赖红姑由此断定，当年下旨杀她父亲的就是慈禧。一时千仇万恨涌上心头，正当她准备用暗器袭击慈禧时，被老吉制止。戏班子所有的人都因谋杀之事被打入死牢。

戏班班主屈打成招，承认杀手是九门提督派来的，九门提督因此被斩首，换上了顺亲王的人。顺亲王也准备送杨小云上西天。。老吉怕赖红姑惹出杀身之祸，用迷药将她麻倒。杨小云临刑前，被李莲英拿着慈禧的懿旨救下，杨小云感激慈禧救命之恩，愿为慈禧收集顺亲王篡权谋反的证据。

老吉被顺亲王宣进府里看病，孔笙发现了被老吉绑起来的赖红姑，以为老吉非礼赖红姑，由此对师傅心生蔑视。

顺亲王决定利用赖红姑(杨丽菁 饰)的复仇心理，将赖红姑接进王府，故意制造出一些假相，使赖红姑愈发坚信，当年杀害父亲的祸首就是慈禧。孔笙做梦也没有想到，一顶五品的官帽子竟从天而降。他告别了老吉(谢钢 饰)，决心在官场上干出一番轰轰烈烈的大事业。

顺亲王为两宫太后进献了一张民间祖传的延年益寿药方，李莲英将药方交给老吉，让他亲自熬制，直接送给两宫太后服用。孔笙做了九门提督副都统后，秉公执法，断案如神，深得市民的赞颂，被称为“孔青天”，也让木蝴蝶刮目相看。

贺天章因不断地向李莲英行贿，深得李莲英的赏识。贺天章想过一把官瘾，李公公专门为他借来了二品官服官轿，正当贺天章忘乎所以，招摇过市时，被孔笙撞见捉拿归案。孔笙得知始作俑者是李莲英，也将李莲英捉起来，与贺天章一起在城门示众。

顺亲王将此事报告两宫太后，慈禧虽恨得咬牙切齿，但也不便发作，小皇上为褒奖孔笙，将唱戏用的金锏奖给孔笙。孔笙拿着小皇上奖励的金锏去向老吉(谢钢 饰)和木蝴蝶炫耀，老吉告诫孔笙，官场险恶，让他不要太张扬，要谨慎从事，遇到孔笙的讥笑。

赖红姑(杨丽菁 饰)在顺亲王的书房发现了一个暗室，从暗室中看到了当年慈禧下令诛杀父亲的文书。她回到老吉住处，想寻找进宫腰牌，老吉怕她惹来杀身之祸，不肯给她。

慈安太后在没有任何疾患的情况下突然暴毙，在宫内引起恐慌。顺亲王令老吉(谢钢 饰)查找慈安的死因，并诱导老吉把陷害慈安的罪名扣在慈禧头上，老吉不从。慈禧自慈安暴毙后，卧床称病。顺亲王眼看皇权炙手可得，让贺天章在慈禧的药里下毒，此事被杨小云发现，将下毒的药液打翻，并一路追杀贺天章。

贺天章走投无路，躲进了老吉的宅院。谁知，老吉的宅院也不安全，老吉为他出主意，到格格府上躲一躲。木蝴蝶带着贺天章刚到格格府，就碰到杨小云，吓得贺天章落荒而逃。顺亲王对老吉软硬兼施，希望老吉做伪证。老吉不肯，顺亲王恼羞成怒，决定让孔笙把老吉打入天牢。

孔笙不敢违命，只好昧着良心把师傅抓走，同时把贺天章也捎了进去。

赖红姑(杨丽菁 饰)得知老吉(谢钢 饰)被抓进大牢，恳求顺亲王网开一面，顺亲王装出一副为难的样子，把责任全部推到慈禧身上，愈发激起了赖红姑内心的仇恨。慈禧一方面称病，同时也部署亲信为顺亲王挖下陷阱。老吉在狱中，虽受酷刑，但仍不从。

老吉用药使贺天章诈死，侥幸逃命。赖红姑去大牢看望老吉，第一次向老吉倾吐了爱慕之情。老吉劝赖红姑一定要谨慎从事，不要被人利用。赖红姑听不进去，当晚便进宫去刺杀慈禧。谁知，慈禧早有预料，反将赖红姑擒获，慈禧告诉赖红姑，真正杀她父亲的祸首就是顺亲王。

慈禧亲笔写下手谕，让李公公到天牢里以为慈禧治病为名，解救出老吉(谢钢 饰)，并让老吉将计就计，把顺亲王骗进宫来。顺亲王以为慈禧真的被赖红姑(杨丽菁 饰)刺伤，准备进宫去收拾残局，不料，却中了慈禧的圈套。赖红姑、杨小云与顺亲王一番厮杀，顺亲王当场毙命。

顺亲王的亲信党羽一夜之间被剿灭，孔笙也因此被抓入大牢，幸得老吉求情，免于一死。慈禧要奖赏老吉，老吉坚决要求回岭南，被慈禧获准，赖红姑则被慈禧封为红格格。赖红姑为老吉送行，正好碰到落魄的孔笙，孔笙求老吉原谅他的过错，继续收他为徒。

老吉坚决不允，孔笙悲痛万分，喝下了赖红姑调制的“毒药”。（实为安眠药）老吉、孔笙、木蝴蝶从此结束了宫廷的荣华富贵和惊心动魄，离开了京城。老吉一行回到岭南，一路上看到不少怪现象，求神拜佛的，有病不治的，跳崖自杀的，老吉心惊肉跳。

老吉带着木蝴蝶和孔笙回到自己的药铺，想不到药铺早已被贺天章变卖，变成了足浴按摩房，那块“药侠”的金匾也成了足浴房的招牌。

老吉(谢钢 饰)要找贺天章算帐，到了贺天章药店，发现这里已变成黑莲教讲经说法的讲坛，一群无知百姓跪地听讲，贺天章俨然一个小头目模样，正端着铜盆为教徒洒点圣水，见到老吉来，将整整一盆水全泼到了老吉的身上。贺天章临时将老吉一行安排到一处小竹屋，并找来一个哑巴做仆人。

佟鹤龄从南洋再次归来，住进了望海楼客栈，佟鹤龄寻访老吉不遇，却遇到贺天章。贺天章套出佟鹤龄归来的目的，原来，他一方面要与木蝴蝶同享天伦，一方面带了大笔资金准备投资老吉药茶，扩大市场。贺天章想打这笔钱的主意，故意骗佟鹤龄，说老吉生死不明，让佟鹤龄与自己合作，佟鹤龄不允。

木蝴蝶带着药茶到城里来推销，在望海楼门口，教徒们都不喝药茶，让木蝴蝶气恼不已。吵闹之声惊动了佟鹤龄，使木蝴蝶与父亲意外相逢。木蝴蝶在一个偶然的机会，见到了黑莲教教主，顿时一见倾心。佟鹤龄带着木蝴蝶上街买东西，木蝴蝶买下一个价格不菲的玉莲花，准备找机会献给黑莲教教主。

赖红姑(杨丽菁 饰)奉旨回岭南查邪教。看到老吉的药铺变成了足浴中心，女老板告之旧东家病死了。赖红姑误以为说的是老吉，十分悲痛。

赖红姑(杨丽菁 饰)恍恍惚惚走在街上，突然看到老吉(谢钢 饰)和贺天章大摇大摆进了一家妓院。一身男装的赖红姑，在老吉隔壁厢房坐定，只听老吉跟姑娘们打情骂俏。赖红姑越听越恼，拍案而起，一场混战把妓院搅得七零八落。黑莲教教主得知赖红姑是朝廷新封的红格格，主动登门求见，并恭请赖红姑入教。

赖红姑为打入黑莲教内部，慷然应允。贺天章利用赖红姑为教会造势，特设莲花宝座，大张旗鼓迎接赖红姑入坛。木蝴蝶在教民中听说京城来了个格格，又亲眼看到贺天章把赖红姑请上教会神坛，简直不敢相信自己的眼睛。木蝴蝶告之老吉赖红姑回来了。

老吉随木蝴蝶赶到现场，教主当众封赖红姑为黑莲教圣姑。赖红姑走下神坛为每个教民滴水赐福，走到老吉身边，老吉迫不及待地拦住赖红姑，赖红姑却不理不睬。老吉气急高声叫嚷，被教主冠以亵渎圣姑之罪，抬起来扔了出去。

老吉以为赖红姑变了心，心里愤愤不平，却不知这盐打哪咸，醋打哪酸。黑莲教五名教徒集体自杀，事件惊动官府，官府派兵前去制止，但来迟一步，只有一个教徒被救下，其余全部身亡。老吉耳闻目睹，愈发觉得事态严重，认定黑莲教是一个杀人的魔教，老吉担心赖红姑，劝赖红姑不要上当。

赖红姑故意说反话，气跑老吉。木蝴蝶迷上了黑莲教教主，不顾父亲和老吉的反对，执意加入黑莲教。父亲一气之下，将她反锁在屋中，木蝴蝶又急又气，无奈中，忽然发现窗户纸捅破了一个窟窿，有人为她送来了锯条。

木蝴蝶逃出客栈，一心去找黑莲教主，路遇两个流氓，危急时刻，一侠客从天而降，将木蝴蝶解救出来。木蝴蝶愈发坚信，是教主在保佑她。木蝴蝶找到教主所在地，教主打开一个暗门，里面别有洞天，香雾缭绕，木蝴蝶很快中了迷药。

教主露出真面目，欲行不轨。幸亏孔笙及时赶到，拿起香炉朝教主砸过去，教主却用木蝴蝶做挡箭牌，木蝴蝶被砸伤。教民们纷纷赶来，要和孔笙拼命。老吉(谢钢 饰)和佟鹤龄带着官兵赶到。一群人全部被扭送到官府。公堂之上，知府主审孔笙，老吉义愤填膺，慷慨激昂揭露邪教，捎带连赖红姑(杨丽菁 饰)一块痛骂。

在衙门后面偷听的赖红姑，忍不住站了出来，端出了老吉去妓院的丑事。孔笙为老吉澄清了不白之冤。赖红姑觉得错怪了老吉，心中过意不去，派人给老吉送来了陶埙。木蝴蝶从昏迷中醒来，责怪孔笙坏了她的好事，对孔笙又打又骂，佟鹤龄怕木蝴蝶出事，特地买了一所大宅院，把木蝴蝶软禁起来。

木蝴蝶心中仍然思念教主，只好让教会姑娘阿兰为她传递信息。赖红姑和老吉重归于好，老吉苦心劝赖红姑离开黑莲教，赖红姑也不便说明真相，只是一味敷衍，老吉很失望，下决心揭穿黑莲教的小把戏。黑莲教教主雇了一帮托儿冒充从朝圣地回来，把圣地吹得天花乱坠。

阿兰没钱交报名费，被撵了出来，正好被教主撞见，教主见其年轻美貌，破格给了她一个名额。阿兰喜出望外。赖红姑一旁冷眼旁观。

阿兰给木蝴蝶送来一封教主的亲笔信。信中劝木蝴蝶前往圣地，功德圆满后便会成为莲花使者。看得木蝴蝶心潮澎湃。孔笙看到这一幕，质问木蝴蝶，并抢过书信，收缴了教主送给木蝴蝶的天梯。佟鹤龄回到家中，发现木蝴蝶不见了踪影。

他去找贺天章询问，正好碰到阿兰奶奶，得知木蝴蝶和阿兰准备一块去朝圣，并从贺天章嘴里得知朝圣的人无一归还。木蝴蝶中途被孔笙救下。木蝴蝶对孔笙又抓又咬，孔笙无奈，只好将其打晕，孔笙把木蝴蝶背回老吉(谢钢 饰)住的小院。

次日，老吉去找佟鹤龄，赫然发现佟鹤龄已死，身边留有遗书一封。赖红姑(杨丽菁 饰)发现了遗书上的疑点，指示知府详查，并派孔笙追查佟鹤龄生前接触过的所有人。同时指令老吉为佟鹤龄验尸。老吉证实佟鹤龄为他杀，确切的死亡时间在傍晚时分。

贺天章为择清自己，把从佟府上偷来的西洋座钟抱到教会暗室，正好碰到黑莲教教主，便假心假意地把座钟送给了教主。孔笙带人到贺天章家搜查，不料，贺天章刚刚送出去的那个西洋座钟又意外地回到了他的桌上。被孔笙抓了个正着。

贺天章作为疑犯被押入大堂，他承认当天晚上他确实去过佟府，但并没有见到佟鹤龄。众人对贺天章的招供将信将疑，赖红姑却建议放人。

贺天章回到家中，辗转难眠，突然有个黑衣人上门行刺。赖红姑(杨丽菁 饰)及时出手相救，蒙面人逃脱。贺天章心惊胆战，一大早来到府衙击鼓，承认自己就是谋害佟鹤龄的凶手！目的是为了住进牢房，图个平安。木蝴蝶为父亲守灵，黑莲教教主亲自登门作法，助佟鹤龄升天，木蝴蝶十分感动。

木蝴蝶为报答黑莲教教主，决定将父亲遗留的十万银票，全部兑换成银子，送给黑莲教。木蝴蝶去钱庄兑银时，正碰上赖红姑和一些乔装打扮的精兵。正当赖红姑与木蝴蝶纠缠之际，赖红姑突然意识到这是声东击西之计，待她返回到钱庄，钱庄老板已遇害，银两不翼而飞。

赖红姑把木蝴蝶押上大堂，木蝴蝶却骂赖红姑公报私仇，孔笙和老吉(谢钢 饰)都为木蝴蝶的执迷不悟而忧心。阿兰的奶奶意外身亡，贺天章终于供出了教主，木蝴蝶如梦初醒。赖红姑连夜审讯黑莲教教主，教主对杀害佟鹤龄供认不讳，但赖红姑却觉得事情并不像这么简单。