小燕子(李晟 饰)拿到凝香丸匆忙赶回，愉妃(庄庆宁 饰)终于得救。愉妃开口第一句话就是让永琪娶欣荣(阚清子 饰)，永琪愧疚只得答应。小燕子听到永琪的回答后失魂落魄，无论谁劝慰都没有用。班杰明(潘杰明 饰)等人用尽方法只为博小燕子一笑，小燕子深受感动。容嬷嬷(方青卓 饰)故意到漱芳斋张灯结彩庆祝永琪大婚，小燕子等人教训了容嬷嬷。

永琪写下了许多道歉绣球向小燕子表明自己心意，小燕子动容。

永琪与小燕子(李晟 饰)互诉衷肠，永琪保证今生今世只会属于她一人。皇上(邱心志 饰)到漱芳斋探望，却看到了满眼永琪制作的道歉绣球，只得安慰小燕子。永琪大婚，众人心情都沉重而无奈，含香(麦迪娜 饰)却给小燕子紫薇送来回部服装，三人载歌载舞暂时忘却了烦恼。

漱芳斋众人献上为含香麦尔丹(张丹峰 饰)做的曲子，恰巧被婚礼路上的永琪听到，勾起思念无限。永琪完全无视欣荣(阚清子 饰)，不肯和她圆房。

含香(麦迪娜 饰)回宝月楼却发现皇上(邱心志 饰)已在坐等。皇上决定占有含香，含香被逼无奈用匕首刺伤了皇上，皇上为保护她决定对外隐瞒此事。永琪赶到漱芳斋看望小燕子(李晟 饰)，并倾吐心中的思念与歉意。箫剑(高梓淇 饰)对出宫的永琪大打出手，众人不解其为何如此激动。

皇后(邓萃雯 饰)从容嬷嬷(方青卓 饰)处得知皇上受伤，便给太后报信。太后至宝月楼兴师问罪，皇上极力掩护未成，皇后向太后煽风点火想置含香于死地。

太后为欣荣(阚清子 饰)做主命令永琪和欣荣圆房，欣荣在桂嬷嬷(李小燕 饰)指点下用尽百般手段，可永琪却不为所动，并说她是咎由自取。小燕子(李晟 饰)和欣荣狭路相逢，欣荣口出不逊。小燕子想让班杰明(潘杰明 饰)带自己离开皇宫，可班杰明却让她再好好考虑。含香(麦迪娜 饰)自知在皇宫处境越来越危险，于是答应了“大计划”。

正当小燕子等人在会宾楼商议时，香妃被带往慈宁宫。太后追究皇上(邱心志 饰)受伤之事，并赐死香妃。

晴儿(赵丽颖 饰)哭诉含香(麦迪娜 饰)已服鹤顶红，回宫的众人奔至宝月楼。皇上(邱心志 饰)赶到，为含香服下凝香丸，小燕子(李晟 饰)亲口吹送。蝴蝶群飞而来，紫薇认为是在为含香送行。麦尔丹(张丹峰 饰)突见蝴蝶，不顾一切欲进宫被柳青(王今铎 饰)等阻拦，只得大声呼唤含香；含香醒了！其香味就此消失。

三大护卫在永和宫商议“计划”，欣荣(阚清子 饰)突然进门。皇上正告太后，香妃如有不测他将问罪。太后要永琪和欣荣在花园挽臂而行。

小燕子(李晟 饰)正好路过，欣荣(阚清子 饰)故意挽住永琪并言语亲昵。小燕子气愤而归，班杰明(潘杰明 饰)送上了意大利饺子，并解说昨晚亲见永琪之困境。永琪来到漱芳斋，小燕子亲手喂他意大利饺子。众人终于在永琪婚后的八旗家宴时趁乱施行了“大计划”。

欣荣称要交差白喜帕，永琪划伤手指将其染红。宫中发现香妃失踪，皇上(邱心志 饰)看完香妃所留书信，独自静坐两个时辰后传召两个格格……

紫薇在皇上(邱心志 饰)质问下招认，并真情解说个中缘由，皇上震怒之下将二人押入监牢。傅恒等暗访追查香妃未果，皇上宣布香妃病逝。蒲公公回宫，带回了紫薇的舅公舅婆和接生婆，他们指称紫薇生于乾隆离开济南的两年后。皇上由此认为这是谋划多年的大骗局，太后劝尔康醒悟，尔康誓要紫薇。

三大护卫准备救出人后亡命天涯。皇上宣判问斩小燕子(李晟 饰)和紫薇，金琐(孙耀琦 饰)流放充军。

永琪最后嘱托欣荣(阚清子 饰)和愉妃(庄庆宁 饰)，班杰明(潘杰明 饰)向郎世宁(徐亚洲 饰)动情告白，尔康也拜别父母。箫剑(高梓淇 饰)等众人决定劫法场。令妃(刘晓晔 饰)与晴儿(赵丽颖 饰)买通狱卒正安排小燕子(李晟 饰)紫薇逃离，皇后(邓萃雯 饰)却突然探监，小燕子当场暴打皇后。行刑当日百姓求情堵塞道路，太后同意免于死罪，皇上(邱心志 饰)向傅恒口传密旨，但刑场接到的圣旨仍是杀无赦。

麦尔丹(张丹峰 饰)意外现身，七人成功劫囚，箫剑将晴儿一同带走。才子美女跪送几人离去。

劫法场后几人飞奔至林中，柳青(王今铎 饰)柳红(周放 饰)去追金琐(孙耀琦 饰)就此分道。原来傅恒本受命带去免死金牌，斩首并非定数。皇后(邓萃雯 饰)借机先说福伦(雷镇语 饰)定知内情，又结合历次事件称紫薇等是图谋江山的乱党。皇上(邱心志 饰)下令活捉众人回来亲审。曾受箫剑(高梓淇 饰)救命之恩的老欧将众人带至家中，含香(麦迪娜 饰)竟然在此。

小燕子(李晟 饰)帮欧嫂洗碗意外打碎了所有盘子，她与永琪班杰明(潘杰明 饰)上北京郊外买盘子却遇官兵，班杰明掩护另二人逃脱。

原来用班杰明(潘杰明 饰)引开追兵是一套方案，班杰明成功突围归来。为逃亡的安全起见，大家决定让麦尔丹(张丹峰 饰)和含香(麦迪娜 饰)单独而行，众人与二人就此告别。金琐(孙耀琦 饰)在发配途中饱受鞭笞，眼看将被欺辱，柳青(王今铎 饰)柳红(周放 饰)及时赶到将其解救。皇上(邱心志 饰)下令在京城挨家搜查，官兵突至欧家门外。

众人从后门溜走，分三路巧妙躲过官兵后重聚。众人决定逃往大理，小燕子(李晟 饰)讲起儿时苦难，箫剑(高梓淇 饰)十分关切。

柳青(王今铎 饰)柳红(周放 饰)带着金琐(孙耀琦 饰)成功归队。皇上(邱心志 饰)质问令妃(刘晓晔 饰)是否知情，令妃阐明不知又加劝说。皇后(邓萃雯 饰)却决定趁机斩草除根。众人告别老欧出发，前往六河沟时，箫剑(高梓淇 饰)、柳青、柳红垫后打败追兵，柳青却挨了一刀。来至城中，班杰明(潘杰明 饰)随小燕子(李晟 饰)独自跑开去斗鸡。

永琪小发醋意，班杰明小有失落。皇上来至漱芳斋，回忆起小燕子的点滴，此时大臣回报六河沟的线索，皇上要求追捕中毫发无伤。

小燕子(李晟 饰)抱着赢来的斗鸡“斑点”同行，与班杰明(潘杰明 饰)共乘一骑，永琪小有不悦。众人路上与一群官差交手，却发现是个误会。此间斑点不见了，小燕子十分伤心，联想起自己儿时的苦难。箫剑(高梓淇 饰)给小燕子传授武功，永琪看在眼中内心复杂。

小燕子方便时被埋伏的追兵捕获，马车里的晴儿(赵丽颖 饰)、紫薇被劫持。晴儿被掠走，箫剑紧追。紫薇摔下马车受伤严重，金琐(孙耀琦 饰)跌落悬崖。几路人相继被分散。

晴儿(赵丽颖 饰)箫剑(高梓淇 饰)水上遇袭，箫剑竭力相救气息奄奄的晴儿，并毅然用针线为其缝合伤口。金琐(孙耀琦 饰)伤重难行，柳青(王今铎 饰)柳红(周放 饰)伴随照料。尔康在客栈悉心照料紫薇，并请了大夫。小燕子(李晟 饰)被黎大人看管，百般闹喊也无济于事。箫剑照顾晴儿，谈及小燕子欲言又止。

紫薇噩梦惊醒，尔康安慰之间却发现残酷现实：紫薇失明，内心恐惧而崩溃，尔康见此更是伤痛。永琪和班杰明(潘杰明 饰)策划调虎离山之计，准备营救小燕子。

班杰明(潘杰明 饰)永琪成功救出了小燕子(李晟 饰)。柳青(王今铎 饰)在与柳红(周放 饰)的对话中流露了对金琐(孙耀琦 饰)的情意，躺在床上的金琐暗暗听到。大夫对紫薇的眼睛束手无策，紫薇得知自己可能永久失明大受刺激，不让尔康接近，甚至提出要与他分手。小燕子三人再与官兵相遇，又是一番缠斗，班杰明还扮作了稻草人。

尔康费尽心思开解紫薇，可紫薇却将自己封闭。小燕子等找到紫薇，众人决定前往洛阳寻找高明的大夫。

柳青(王今铎 饰)照顾金琐(孙耀琦 饰)期间，两人产生微妙情愫，彼此明白了对方心意。箫剑(高梓淇 饰)、晴儿(赵丽颖 饰)也决定离开客栈寻找失散的同伴。皇上(邱心志 饰)、太后闻听追捕中有人受伤，大为关切，皇上重新要求只暗访不追捕。箫剑让晴儿扮作孕妇，躲过了一次盘查。走出药店的晴儿箫剑恰遇正为紫薇寻大夫的小燕子(李晟 饰)永琪，几人相会。

小燕子等去买马，引出不少波折和笑话。尔康的诚意终于打动紫薇，令她感动不已。

尔康带紫薇遍访洛阳名医，未有成效。众人去往均县途中又遇黑衣人，这些人手持长刀，声称奉旨格杀勿论，交斗中尔康、永琪都被砍伤。箫剑(高梓淇 饰)尔康等人随即拿出全力抵抗，亦开杀戒，终把黑衣人群打退。众人折回洛阳，尔康重伤流血不止，紫薇无比着急，箫剑又为其缝合。

皇上(邱心志 饰)与郎世宁(徐亚洲 饰)交谈后，表示出对几个孩子的想念与原谅。众人突然发现紫薇行动自如，眼睛已复明。

小燕子(李晟 饰)为庆祝紫薇复明，亲手做了红烧肉，口味让大家很“震撼”。小燕子永琪班杰明(潘杰明 饰)到箫剑(高梓淇 饰)朋友的牧场挤奶挣钱，箫剑手把手教小燕子，永琪看不下去。将奶送至卖油纸伞的白员外，小燕子又决定帮他卖伞。暗访的黎大人见众人这般落魄十分惊讶。

此时有人前来砸场伤人，黎大人派人上前保护，尔康等见后却立即逃跑。途中小燕子发现落了鞭子，永琪与箫剑为此又发冲突。

箫剑(高梓淇 饰)带晴儿(赵丽颖 饰)离开，但经晴儿劝说又复归队。黎大人回京报告几人伤势，呈上在四合院发现的药方和诗，并询问皇上(邱心志 饰)派有几路人马。箫剑带众人来到贺家，永琪见正在练武的箫剑和小燕子(李晟 饰)亲密接触，醋意引发冲突升级。箫剑情急之下，竟坦白小燕子是其亲生妹妹，并述说他们本姓萧，父亲被人追杀，母亲殉情。

皇上将紫薇舅公舅婆带至慈宁宫，他们当面招认曾受蒲公公指使作伪。

原来皇上(邱心志 饰)从十二阿哥处已获知皇后(邓萃雯 饰)举动，认为是她在派人追杀小燕子(李晟 饰)等。皇后默口难辩，皇上声称将会算账，太后亦后悔伤心。小燕子问起仇人之事，箫剑(高梓淇 饰)淡然回避。班杰明(潘杰明 饰)借用白鹅展开别样表演，庆祝兄妹团圆。晴儿(赵丽颖 饰)认为“杀父仇人”和大家有关，并猜到了一个答案。

众人为生计又开起面馆，小燕子正为食客表演，柳青(王今铎 饰)柳红(周放 饰)金琐(孙耀琦 饰)突然在人群中捧场。“十全十美”全员到齐。

班杰明(潘杰明 饰)对众人出双入对感到失落，小燕子(李晟 饰)见状，编造事由安排班杰明和柳红(周放 饰)在山上谋面，竟想要撮合他们。二人在山头发觉被骗，揪出了躲在一旁的小燕子。小燕子却误以为班杰明害羞，继续谋划，又将二人关进一间屋中，这次惹怒了二人。

班杰明冲小燕子浇了一桶水，阐明当前心声。柳红发表了一场“不靠男人”的演说，一位食客闻听大声叫好。原来此人是高亮双胞胎弟弟高明。

正当众人在面馆门口卖艺时，福伦(雷镇语 饰)率领一群便衣侍卫终于找到了尔康等人，福伦转达了皇上(邱心志 饰)的赦免之意，并要求众人回宫，但是却被婉拒。而另一方面，众人也不禁怀疑那一批下手狠毒的杀手或许是皇后(邓萃雯 饰)所派。乾隆得知尔康等人意志坚决不肯回宫后，忧心不已。

“罗员外”包了面馆，小燕子(李晟 饰)为了给“罗员外”惊喜，借来大头面具为“罗员外”表演了一场精彩的节目。原来“罗员外”竟是微服出宫亲自来到南阳的乾隆！

父子们经过惊滔骇浪的冲击后想不到尚有机会相见，尤其地位卓伟的一国之君竟会为挽回子女们真挚的亲情之爱而亲临外地，这对众人而言都是极大的震撼！四大才子与两大美女的到来让众人惊喜不已，郎世宁(徐亚洲 饰)和常寿(刘昌伟 饰)也赶来与众人见面。

此时唯有箫剑(高梓淇 饰)的心情与众人不同。乾隆皇下了一番工夫欲迎回小燕子(李晟 饰)等人回宫，可惜众人对皇宫里的倾轧迫害仍是余悸犹存。他们执意去大理开创一个全新的生活。

永琪看过信后矛盾不已，小燕子(李晟 饰)很想帮他分担。小燕子带箫剑(高梓淇 饰)见皇上(邱心志 饰)，箫剑却冷眼以对，并拒绝受官和回京结婚。皇上安排才子美女倾情献唱劝几人回宫，箫剑十分气愤，并和永琪在相互不解中又发冲突。临别前皇上赠予紫薇小燕子“金牌令箭”，紫薇终于决定暂时放弃南下而回宫。

箫剑冲上前将小燕子带至郊外，宣称乾隆即是杀父仇人，并称当年抄家前夜母亲曾告诉他妹妹的胎记。

紫薇证实了小燕子(李晟 饰)的胎记。小燕子在重创之下推开永琪紫薇，称是仇家。她飞马奔回，竟挥着鞭子攻击皇上(邱心志 饰)，箫剑(高梓淇 饰)出面阻拦。箫剑直言父亲系被诬为青龙帮而斩首，皇上与福伦(雷镇语 饰)均不记得此事。皇上要查明真相，刑部、大理寺却均无当年“乱党”事件记录。

小燕子整日不言不语却不停地干活，终于倒下。皇上来看望小燕子，表示无论案情如何也绝不会牵连于她，并又喂她喝药。

皇上(邱心志 饰)的诚意打动了小燕子(李晟 饰)，她终于恢复正常。福伦(雷镇语 饰)、傅恒调查案件获得突破，原来当年的浙江巡抚玛钰为报私仇，以虚名擅自处决了萧之航。皇上在南阳提审玛钰，将其就地正法。大仇得报，箫剑(高梓淇 饰)前嫌尽释。永琪提出要小燕子与他一同回宫，但小燕子却仍在考虑，她怕面对欣荣(阚清子 饰)、愉妃(庄庆宁 饰)和太后。

晴儿(赵丽颖 饰)坚持去往大理，而柳青(王今铎 饰)决定回京。众人在行前为金琐(孙耀琦 饰)、柳青举行了婚礼，皇上等均出席。

小燕子(李晟 饰)对是否回宫十分矛盾。柳红(周放 饰)留恋面馆之际，高明突然进门，称柳红前次的语出惊人令其难忘，并询问了柳红的姓名。永琪反复回想信中内容，小燕子也希望他承担责任，二人在痛苦的两难抉择中定下两年之约，暂时分离。班杰明(潘杰明 饰)愿意赴大理，永琪托付其照顾小燕子。

小燕子与皇上(邱心志 饰)泛舟游湖，作以告别。夜晚的“十全十美”面宴上，小燕子给面条起了各式名字，众人感叹难聚首。

永琪写出七百三十封信，让小燕子(李晟 饰)每天打开一封。两路人马相别，小燕子却不肯出现，躲着泪送众人离去。突然，她骑马奔至山头，远望离去的车马。而行进中的柳红(周放 饰)突闻身后呼叫，原是高明飞马而来，二人并进。皇上(邱心志 饰)等人回宫，太后表示将尽快定下紫薇名分并完婚。

永琪欲留孩子给愉妃(庄庆宁 饰)欣荣(阚清子 饰)，但想到小燕子便无法实现。他来至漱芳斋睹物思人，并将燕子钟、“出气球”带回永和宫。

小燕子(李晟 饰)等终于来至大理，并见过了萧家叔婶。当地众人载歌载舞，小燕子却始终抱着永琪留下的信篮子。尔康、永琪突遇曾追杀自己的太监，当即将其拿下。此人供称追杀正是奉皇后(邓萃雯 饰)之命，皇上(邱心志 饰)震怒下欲斩皇后和容嬷嬷(方青卓 饰)。紫薇在关键时刻拿出金牌求免二人死罪，并用一首“不打诗”中止了对容嬷嬷的杖刑。

皇上令皇后不得跨出景仁宫一步。小燕子决定看完所有的信，乐得她合不拢嘴。

晴儿(赵丽颖 饰)和箫剑(高梓淇 饰)在洱海以白族风俗举行了婚礼，小燕子(李晟 饰)班杰明(潘杰明 饰)现场献唱。桂嬷嬷(李小燕 饰)给欣荣(阚清子 饰)出主意，让永琪睡前喝下药酒。永琪在意识迷乱中，将欣荣当作小燕子，欣荣接受。小燕子开始练字，给永琪写信。皇上(邱心志 饰)封紫薇为“明珠格格”，并指婚予尔康；太后送来新衣，并送回了福家玉佩。

小燕子在放羊时想念永琪，班杰明教她拉小提琴曲“四季”。紫薇跪拜告别皇上、太后等，行将出嫁。

紫薇向令妃(刘晓晔 饰)磕头，感谢她多年的照顾。才子美女再次“气儿力顶”，送别紫薇。洞房中，紫薇与尔康以身上的疤痕为引，展开一番追忆与告白。一只山羊离群，小燕子(李晟 饰)追至山林而迷路。突降大雨，小燕子躲至山洞，又冷又饿又怕。

班杰明(潘杰明 饰)冒雨赶来，二人顿时相拥。班杰明脱下衣服给小燕子穿，自己着了凉，回家后咳嗽一夜并发烧，小燕子尽心照顾他。欣荣(阚清子 饰)有喜，愉妃(庄庆宁 饰)十分高兴。

永琪认为任务已完成一半，孩子将是他留给额娘的希望。班杰明(潘杰明 饰)醒来，将趴在床边睡着的小燕子(李晟 饰)画下。欣荣(阚清子 饰)生下儿子，永琪即向皇上(邱心志 饰)辞行。皇上尊重其选择，并称若他三年未归，将宣告其去世。永琪带着新写的信和燕子钟，在孩子满月之时孤身骑马出宫，尔康和已有身孕的紫薇在半路等候相送。

小燕子和永琪在早已超过约定期限的某日终于再相会。班杰明告别箫剑(高梓淇 饰)，一人策马离去。（大结局）