Apollo 舰的突袭不但没有制 止复制人的侵略野心他们反而弄了个带星门有超空间发动机的卫星来到了Atlantis直 接攻击A城迫使A城只有逃命的份了。而A城舰起飞后却飞到了一个不知晓的区域能量 不足Weir博士被复制人光束击中以后生命垂危软泥把她身上残余的复制人纳米细胞激 活后得以生存。

SAM正在修理‘星门跳跃中转太空站’和代罗司号一起寻找失踪的A城。

斜坡和软泥驾驶 Jumper经过几次跳跃 来到复制人星球偷ZPM 利用Weir身上的纳米 复制人细胞连接到复 制人的系统中并修改 了底层代码计划让复 制人去对付幽灵。计划成功后刚好碰到地球战舰Daedalus被救回。

SAM接任Atlantis 的主管Ronon和Teyla 在一个星球上找到 Ronon的几个故友他 们想去Atlantis但被 SAM拒绝但SAM统一 斜坡小组协同他们去 破坏幽灵的试验基地。

斜坡在一个星球上接触了一种有思维的水晶体回来以后好几个人都在梦中梦见负面的 斜坡原来是那水晶生命附体美貌心理医生在这一集中挂了。

斜坡单独驾驶 Jumper穿越星门执行 任务时被不明武器击 中并被俘虏。对手是一 个PLMM她是飞马星系 的另一支未知人类队 伍带领突击队寻找可 供他们息存的古人飞 船。但因没有古人基因而无法试用就强迫斜坡为其开启古人战舰Wraith也赶来凑热闹 但斜坡巧妙的占了上风并从Wraith手中救了PLMM但斜坡以为得到PLMM的好感而吃了大 亏再次成了PLMM的俘虏

一场致命的传染病使 得亚特兰蒂斯的关键 成员失去了记忆要靠 Teyla和Ronon来寻找 治疗的方法。但一群士 兵在到处追赶所有人 却没人记得原因要一起团结合作治愈所有人难上加难。

拜访新New Athos期间, Teyla 和Keller发现自己被一个原始武士部落通缉并且Teyla 有了一个惊人的发现。

SGA小队遇到一个有非凡的预言能力的人他预测亚特兰蒂斯的未来很不妙。同时他们和一 个幽灵一起想要修复一种能停止复制者的病毒。

米勒的抉择 Jeanie McKay Miller和Rodney McKay博士被Henry Wallace绑架 Wallace认定只有McKay 用外星纳米技术才能拯救他女儿的命。

当一个神秘的探测器闯入亚特兰蒂斯城时SGA小队确信复制者已经找到了他们。

复制者为了消灭幽灵对飞马星系的人类居住的星球进行毁灭性的攻击亚特兰蒂斯方面同 他们所俘虏的幽灵科学家开始合作和幽灵以及飞马系的流浪部落绑架斜坡的PLMM结 成同盟共同致力于消灭复制者共同的敌人。

探险队获得了一艘幽灵母舰在定位装置上发现了幽灵的一个基地该基地 是幽灵得到ZMP后运行起来的‘幽灵复制系统’一旦复制成功飞马系将出现不可设想的后 果最后斜坡等用缴获的幽灵母舰和幽灵基地同归于尽小队乘JUMPER逃出。

亚特兰蒂斯城被严密地隔离封闭起来严重考验着A城里人与人之间的关系。Rodney发现 自己和他女友Katie Brown困在了植物学实验室里肉嫩和医生MM困在医务室SAM和radek

Sheppard和McKay总是热衷于帮助他们的盟友他们接受了由Harmony的姐姐提出的一个 要求要陪她进行一次苦行进入森林去寻找启示以代她的已逝母亲来成为女王。Harmony 会成为这个行星的女王吗还是有一个敌人将会暗杀她和她的护花使者

在一次外星球任务中 McKay, Carter, 和 Keller掉进了一个没 有出口的地下室。当地 的小孩发现了又怕大 人骂不敢救他们都是 顶级科学家的两女一男想尽办法都没法出来。后来MM医生不慎掉进地下室外的大坑时发 现另有出口

Carter上校邀请 Tealc来到亚特兰蒂 斯来帮助Ronon他将 受到I.O.A的复审当 他们到中转太空站等 待检疫时幽灵发现已 完全运作的中途太空 站并破解了登陆密码 大批幽灵通过中转站 到了地球SGC里的人全被弄晕了。

幽灵麦克研究了一种 病毒使部分人类能变 为一个新人种但另一 部分因不适应会死掉 SAM为此而发愁。Teyla 产生了一个幻象使得她坚信她孩子的父亲在尝试与她联系但找到后发现确实麦克捣的鬼 他想让泰勒的孩子生下来给他作变种人的试验。

前医生卡松也被麦克克隆了帮他作试验斜 坡在寻找泰勒族人的时候找到了他才知道麦克的这个秘密。麦克设计抓到了泰勒斜坡和 D舰想干掉麦克救泰勒时因麦克以泰勒为胁驾驶母舰跑掉了。

在完成了一次任务之 後Sheppard返回亚特 兰蒂斯城时因太阳耀 斑被送到48000年后 的亚城。这时的亚城已 被遗弃了所有系统全 部失效而且所在的地 方不是海洋泛眼望去全是漫漫荒沙。只有软泥的虚拟电脑人在这里向斜坡讲述当时的故事 泰勒生完孩子后被幽灵麦克杀死肉嫩为炸掉幽灵的复制基地和幽灵同归于尽SAM驾驶D 舰和幽灵母舰打游击时干掉三艘幽灵舰后牺牲MM医生和软泥回到地球结婚后得病死亡