才藏与佐助两人因被钱迷惑、受人利用，不慎将关有妖怪力量的封印之门误开。但也因此展开两人驱除妖道，拯救世界的使命。两人在三太夫的指引下，与白衣忍者鹤姬相会，并在接受了先人的变身令牌後，成为影子神兵的一员。

才藏与佐助奉鹤姬命，寻找同伴晴海。而正遭河童夫妇追杀的晴海，因此解围，并在鹤姬等人引领下正式加入忍者战队。但河童与长颈女妖施展妖术，令鹤姬等束手无策，幸好得到忍术秘笈的佐助赶到，与众人携手将妖孽消灭。

当佐助、鹤姬等人欲消灭妖怪时，突然一男子出面相助，原来他就是夥伴之一自来也。自来也一族早期为寻找忍术秘笈，移居海外。因知秘笈在妖怪之手，便潜入敌营。殊不知被识破身分生命垂危，幸好佐助等人相救化解了危机。

由于晴海被妖怪化身的警察逮捕，鹤姬等人不顾佐助的劝阻，欲前往搭救，但也掉进了妖怪设下的陷阱。佐助为救出夥伴，假扮妖怪潜入敌营。虽身份被识破，但在众人的协力下，仍将妖怪一举歼灭、继续朝著下个目标前进。

才藏与小弟弟洋一因被妖怪操弄，掉进了妖怪设下的迷宫。原来这迷宫是多眼怪与涂壁怪残害人类的一种赌博游戏。逃脱出的才藏为救出陷入危险中的洋一，奋不顾身与敌人单打独斗幸好佐助等人即时赶到，才化解了这场危机。

涂壁怪为一雪前耻，决定与多眼怪对影子神兵的首领鹤姬下手。假冒王子的多眼怪利用妖术让鹤姬误以为白马王子出现。虽然被骗的鹤姬发现了王子的真面目，但因身陷敌营无计可施正当紧要关头时，佐助等人出现，化解了危机。

晴海的食量突然变的奇大无比，只要是能吃的东西，他一概不会放过，这到底是怎么回事呢，原来饿鬼妖怪跑进晴海肚子裏去了，为了诱出那讨厌的饿鬼妖怪，鹤姬决定以自己为诱饵，将晴海肚子裏的妖怪诱出来，他们的计划能够成功吗？

一群孩子突然间消失的无影无踪，孩童们消失的同时忍者战队们亦是不见人影，後来发现是妖猫在做怪，忍者战队去救回孩童，而这当中由於猫丸的帮助，忍者战队终救回孩童，又解决又一场的伤害。

经常会不由自主的将自己误以为是电视裏的主角，在妖界中有个丑男也是标准的电视迷，为了想上电视无所不用其极，这两个男人碰在一起，又会发生什麼事呢？

子泣爷出现了，他看到大家都有自己的家族，觉得非常的羡慕，因此决定付予娃娃生命，让娃娃们成为自己的家族，他会用什麼样的方法呢？

晴海被可爱的桩所吸引，因此偷偷带著佐助等人的衣服来到了跳蚤市场，此时在场中却出现了一位不速之客破烂妖怪稀落无，他会带来什麼样的风波呢？

之前被影子神兵所打倒的妖怪们，居然又再度复活了！而且，在歪博士的改造下，他们变得比以前更强壮了，影子神兵会如何应付这些妖怪呢？

小浩家莫名其妙的发生了一连串不幸的事件，先是小浩的爸爸，无缘无故的一睡不起，接下来是原本生意兴隆的面包店却被金灵给破坏的无法继续营业，小浩与母亲只好借用猫丸禇贩售糕点，接下来，又会发生什麼事情呢？

妖怪世界裏出现了一位贵公子，这位贵公子的真正身分并没有人知道，只知道他很有权力，不仅如此，他还千方百计的想消灭忍者战队，透过歪博士的协助，他的奸计能够得逞吗？

贵公子二世为了打倒忍者战队，不择手段特地到妖怪监狱里，将令妖怪也害怕的恐怖妖怪|酒吞童子放出，要他们去对付忍者战队，并安排花之句一组协助酒吞童子兄弟，于是忍者战队被一一击败，陷入前所未有的危机当中。

忍者战队因中了酒吞童子及花之句一组的计，以致四人被补，只有佐助侥幸逃脱，身受重伤的佐助找到酒吞童子兄弟藏身之处，用计将四人救出，并破了酒吞童子兄弟的一体剑，佐助在无意中得知在妖怪背後操纵的是贵公子二世。

才藏刚拿到新车、想载美女兜风巧遇一女、将他的新车砍烂、经查证该女是个木网女妖在一名为小彻的小男孩的帮助下、五位忍者想透过照片分析破解魔剑之法无效....。

忍者战队一次发现座垫童子这个小孩身手灵活﹑是个专门给小孩带来喜乐的善良妖怪﹑谁知朱尼亚硬要得到他﹑将他恶化﹑四处破坏；最後虽以诚心感动了他﹑座垫童子却为了朱尼亚力拼丧命。

小悟发现土蜘蛛的恶行报告忍者战队，众队友前去查访，发现多人行踪不明，被土蜘蛛做成人肉腊肠，鹤姬三人不听佐助之劝，误入陷阱，还好最后终于脱逃。

花之第一组这次专程来对付佐助，想一一击破打倒忍者战队，一个叫真一的小男孩无辜受害，成了佐助的包袱，佐助陷於困境，幸有队友及时赶到，齐心退敌。

才藏在一次巧遇当中，看到一间霞流道馆的困难，而帮助他们，然而却不知其实是猴神伪装，而被耍骗的很惨，而后发觉一定得耍回猴神才会消心头之气，问题是要如何耍回猴神呢？

现代社会大家使用汽车代步，却大量排放废气，产生可怕的烟尘妖怪，到处吸取废气吸收成能量恣意破坏，麻衣子与其弟研究太阳能汽车遭遇挫折，碰上晴海，忍者战队。因有麻衣子的发明得以对抗烟尘妖怪。

朱尼亚少爷为了让妖界大魔王复活，找了海之子拐了十五名小孩变成石头，制造妖怪骷髅在里面进行祈祷，听到他的歌声的孩子一一变成石头，封印之门也出现了，危急之际一只白鸟|神翼号出现，它的身份为何？大魔王真会出现吗？

佐助等人不顾三太夫的劝阻仍要与战士骷髅对抗，竟然真的不敌，在三太夫的解释下得知他们必须找到忍术秘笈，练成终极忍术才有办法对抗妖界大魔王，便就此踏上寻笈之旅。

忍术秘笈为了帮助佐助尽早找到它，便托蝴蝶变成的丽花去助佐助一臂之力，变成人形的她难掩兴奋，一个劲的玩却被朱尼亚少爷派去的一段绸缎妖怪狙击，丢了性命，佐助终於拿到秘笈，变成战士打败妖怪。

鹤姬要去寻找忍术秘笈却碰上伞妖阻挠，三太夫及时把鹤姬带回家去，告诉她自己身负的领队使命，并用其他四位忍者战士的假人来帮她，还好鹤姬并未为了忍术秘笈弃其他队友於不顾，的确具备了队长的资格。

晴海与才藏为了找寻忍术秘笈一起行动，谁知却碰上自称大魔王使者的妖怪战士努艾为抢功出面阻挠，将两人变成了河怪，要胁两人自相残杀，幸好两人得到无敌将军与忍术秘笈的帮助，打退敌人。

努艾在阻挠才藏和晴海受挫之後，又想打击儿雷也找寻忍术秘笈的企图，但儿雷也碰到的却是他在美国丧父之後，教他武术并待他如子的卡里师父，最後发现当年父亲竟是死於师父之手，愤怒之馀决心为父报仇。

儿雷也得知父亲即为卡里师父所杀，气愤难当，终於将师父打倒，师父才道出自己受到妖怪努艾要胁杀人才肯救其女的过去，儿雷也为此不再怪罪於他，与众忍者齐心打倒努艾。

眼看著妖界大魔王复活的日子迫近，忍者战队要阻止大魔王复活只有破坏封印之门，却碰上鹤姬十年前为阻止魔王复活被掳而成为妖界一员的父亲：军师白面郎的阻挠，鹤姬会如何渡过这个考验呢？

在三太夫和白面郎的安排下，演出一场成功的戏剧，但却被朱尼亚识破，朱尼亚将三太夫打成重伤，忍者战队亦在忍无可忍与神翼号的帮助下变成超级隐流大将军，打败了朱尼亚，三太夫却因此而死，大魔王也复活了。

到处发生有人的脸被大嘴妖怪吃掉的事情，忍者战队在晚上苦苦等候，竟发现小春愿意让它吃掉五官，为了保护她害得才藏的脸也被吃了，最後才藏体会到要救大家，只有打倒妖怪，最後终於让大家找回了自己的脸。

佐助一行人到山上采松菇，却遇上了很奇怪的现象，村裏的居民变得爱恶作剧，原来村裏出现天邪鬼来捣蛋，天邪鬼假冒寺庙的住持，村人吃下魔菇。佐助等人挽救村人和天邪鬼展开一场大战。

洒砂姥姥出现了，弄得所有的食物都变成一堆砂，简直就是砂地狱，这样下去，世上的人类将面临饿死的危机，忍者战队为解救人类，想办法找出洒砂姥姥的弱点。

大魔王派出鼬鼠妖怪进行人类妖怪化计画，渗透到花代就读的小学，小孩子全都变成了妖怪，鹤姬巧遇过去正义三姐妹的另外两个姐姐，这次终於又能一起合作，破坏了大魔王的计画。

忍侠是三神将在一千年前的弟子，上了大魔王的当，曾经伤害过无数的人类，因此被关在神壶里面飘汤在宇宙空间，事隔一千年终於回返地球，在鹤姬帮助下从壶里出来，双方一起大战大魔王派遣的妖怪。

雨伞女妖利用小孩引忍者战队上当，希望将五人引去为大魔王庆生，佐助与鹤姬未上当在忍侠的帮助下终於赶到妖怪庆生地点，将才藏与晴海救出。

牛角妖怪持著来福枪到处射击，因子弹里有它的遗传基因，被射中的人都变成了牛鬼妖怪到处抢夺；为的是达成设立鬼之岛的目的，忍侠急功好义，但却失於莽撞，处处得罪人，终於将功赎罪，赢得大家的信任。

旁白这次带著大家，认识有关忍者战队与妖怪们不为人知的一面大魔王这次派出无脸妖怪来对付忍者战队，给了它许多武器，但是仍然不敌忍者战队和忍侠的合力对抗，虽然有不死之身，在重组之後却因少了一块肚皮被消灭。

九尾狐貍妖在人世间到处绑架小孩向父母索取赎金却不把小孩归还，原来目的是要收集金钱购入大厦以供未来人界变成妖界的时候妖怪栖息之用，并设计抓住了鹤姬，谁知鹤姬是故意被抓，目的是为揭穿九尾狐貍妖并救出小孩。

诚一郎不放心自己胆小的孙子，在灯笼妖怪为了让人世变成地狱的计画挑选五个鬼魂来到人世复活时，也跟著来了，但却欣慰的看到孙子进也已经具有自己活下去的勇气，便放心离去。

妖界大魔王想到利用忍侠这个三神将的弟子来引三神将和忍者战队出面好一举打败他们，它利用自己唾液制造出来的分身，将忍侠的能量吸光，又计画把三神将和忍者战队的能量吸光，三神将顾及忍侠眼看不敌，结果如何呢？

忍者战队对唾液妖怪的任何攻击只会转嫁到忍侠身上；三神将劝忍者战队去找白面郎带他们去找忍侠，众人在小普带路下来到他与白面郎见面老地方，却遭花之组第一组的埋伏，四人被补，三神将终於被迫出面。

佐助被花之组第一组追杀，在最危急的时候鹤姬从前视为哥哥的太郎与次郎出面相救，并将白面郎破解唾液妖怪的秘诀交给佐助，佐助找到大魔王加以攻击，果然破解法力，鹤姬等人都恢复能力，情势因而逆转。

一年一度的圣诞节即将来临，小朋友们所期待的圣诞礼物，也已经装好了，圣诞老人们等著时间一到，便要开始分发礼物，但是....大事不好了，圣诞礼物全变成了一只只有毒的蜈蚣，影子神兵们能适时阻止礼物分送出去吗？

新的一年开始，才藏就抽了张下下签，大过年的真是不吉利，更糟糕的是，漫画所画的事件却一一应验在才藏及忍者战队的其他成员身上，影子神兵们能否度过此次难关呢？

唐津银次郎是日本著名的烟火制造专家，与儿子、媳妇及小孙女一家四口一起生活，原本和乐融融的家庭却在一次大火中天人永隔，只剩下祖孙俩相依为命的过活。但是妖怪火车找上了爷爷，并将他带走....小孙女能顺利救出爷爷吗？

镇上失踪了好几个年轻人，据说他们都被雪女变成了雪人。村田警官想把这个案子查个水落石出，却也反遭雪女变成雪人。而且雪女还妄想将全世界变成冰天雪地，忍者战队当然不会让大魔王的奸计得逞，于是双方展开一场激烈的战斗....。

影子神兵在山里迷了路，後来他们发现一家旅馆并投宿在那里。事实上那间旅馆是妖怪开的，而且那二个妖怪大太法师与山姥还是大魔王的弟弟与妹妹。最後在忍者超人的帮助下他们打倒了大太法师，但也勾起了山姥的强烈恨意，誓死要报仇，於是影子神兵与大魔王的最终决斗也将展开....。

控制了白面郎的大魔王，为增加妖界的能量，不但利用白面郎制造人类的仇恨，也让在亲情与正义间徘徊的鹤姬不知如何是好。大魔王为使影子神兵四分五裂，特命女魔头施计，让鹤姬手刃亲父白面郎，但鹤姬却迟迟下不了手....。

由於佐助等人受到三神将的指点迷津，众人重拾信心，再度联手将女魔头铲除。另外，因太郎与次郎的牺牲，使得受到大魔王控制的白面郎终於脱离了魔掌，得以与鹤姬团圆。但这时大魔王突然现身，准备与影子神兵一决胜负。

忍者战队正要将大魔王杀死时，三神将出现点明爱，勇气，希望与仇恨愤怒其实都是一线之隔，人类只有将仇恨锁在内心的封印之门里，人世才有和平的一天，忍者战队在了解到这点之後终於成功的将大魔王封在封印之门内。