明朝末年，皇帝朱常洛寝宫接报郑贵妃生一龙子，起名朱由校。因册封太子之争，此事引起皇长子朱由桤与皇嫡子朱由检强烈不安。郑贵妃亦怕身遭不测，皇帝逐命锦衣卫校尉杨天石进宫侍卫。杨在庙中获密报知刺客已进宫；巧遇和郑贵妃长相酷似的客印月，又痛揍其夫盗贼李进忠。森严的锦衣卫白虎堂，朱由桤与太监魏公公贿赂锦衣卫指挥钱仕达，钱回赠朱由桤一名江南女厨。朱常洛征求国辅杨涟意见立谁为太子？

杨涟直言，反对立三皇子朱由校为太子，皇帝气愤而走。郑贵妃被刺身亡，杨天石血泊中救出朱由校，追杀刺客萧云天，萧服毒自尽。刺客与奶娘死前皆供是受皇后指派，皇帝欲杀皇后。朱由检听后，连夜急求杨涟救母后。朱由桤逼杨天石向皇帝奏刺客假口供。皇帝命杨天石、钱宁（锦衣卫指挥钱仕达之子）鸠杀皇后.

锦衣卫九宫门禁，杨裢拼死面圣救皇后，被皇帝贬原籍养老。皇后哀求天石带她面圣申冤，但杨天石迫于圣旨违心地毒死皇后。杨天石挥泪葬皇后，又到庙中测命，住持说他一生命运都系在三个女人身上。钱仕达夜访宗仁府，把皇后已死，杨涟被逐的消息告诉被关押的朱由检，劝其和朱由桤联手对付还是婴儿的三皇子朱由校。朱由桤替三弟找来一位奶娘，父皇不仅不要还把他贬出宫门，藩邸江南。

钱仕达和魏公公因找奶娘事失职被皇帝挺打。钱宁赴蟠龙镇找奶娘，在du场遇客印月丈夫李进忠，双方为du开打。皇帝出于信任，仍派杨天石去蟠龙镇重新寻找奶娘。杨天石蟠龙镇两飞刀救出被绑票的客印月母子，上马飞驰而去，钱宁穷追无果，抓了李进忠回衙。山林中杨天石与客印月互表爱慕之情，天石因已婚颇感为难，便将客印月母子暂安顿在熟人金充及家。金夫人为感谢客印月对自己临产的照顾，收留了客印月母子（与李进忠生的小孩）。

杨天石与客印月山林间吟诵《牡丹亭》，决心做一对重情义的夫妻。魏公公为消除皇帝对自己和钱仕达的怀疑，唆使钱宁找长相酷似郑贵妃的客印月入宫为三皇子做奶娘。 钱宁逼天石，以客印月做三皇子奶娘为条件释放李进忠，二人谈崩。矛盾中的钱宁请魏公公免选客印月，魏为固圣宠坚决不允。杨天石告诉客印月，因李进忠杀了锦衣卫的人实难解救。钱宁收买了天石的线人后，用鸽子引路查出天石住处，设计骗出客印月至县衙，魏公公软硬兼施逼客印月入宫侍侯皇上和为三皇子做奶娘。

杨天石为此事与钱宁翻脸后决斗。客印月县衙内再三求魏公公一定要免了自己男人李进忠的死罪。客印月为救李进忠活命，答应魏公公入宫的条件。杨天石识破刺杀三皇子、陷害皇后和二皇子朱由检，均为大皇子朱由桤策划，因无证据暂作罢。天石赠客印滦鸥胛椋ニ呦嗨肌；实鄯饪陀≡挛钍シ蛉耍钐焓钍ソ?6年后，皇宫五殿俱焚，皇帝大赦天下。在牢中整日雕刻客印月木雕像的李进忠也被赦回家。皇帝重召杨涟、朱由桤返京。

16年前客印月寄养在金充及家的儿子布衣，来到蟠龙镇卖书，遇到他不认识生父李进忠向客员外打听客印月的消息。

客员外百两白银买下布衣的《金刚经》。天石知道布衣为自己和其母过生日要颇为花费时十分感动。布衣追问义父天石自己生母是谁，杨说死了。朱由桤藩邸江南16年重返京城夜访钱仕达，言要弑君夺权。

钱仕达命钱宁找隐秘地方藏他从江南贪污的金砖。杨天石接客印月从宫中派信鸽送来"杨父归途凶险"消息，立即上马去找父亲。与杨天石一路同行的布衣路遇一姓"黄"（谐音皇）的青年，因都有幼年失母之痛，故结拜为兄弟。 那位黄姓青年，原是三皇子朱由校，他亲展圣谕，"杨涟官复原职。"朱由校与布衣两结拜兄弟，发誓一生患难与共。

锦衣卫衙白虎堂，朱由桤密令魏公公、钱仕达，赶在皇帝立太子前派人刺杀朱由校。钱仕达将刺杀事派给16年前，曾刺杀郑贵妃后被他隐藏的萧云天。皇帝突访杨涟府，又为立谁为太子事让杨涟表态，结果不欢而散。杨天石因自己心爱的客印月被封为皇妃而异常痛苦。

杨府内，朱由校为笼络人心假意坦言让朱由检为储君。杨天石夜闯宫禁，被朱由校以客印月的困境要挟，逼杨入伙夺权。朱由桤用寿字展和演出《牡丹亭》为父皇贺寿，客印月看着演出想起她与杨天石当年吟诵《牡丹亭》情景，泪如雨下。皇帝下旨重组内阁：杨涟、朱由桤、朱由检俱为阁臣；钱仕达御任，参与阁事；杨天石升任锦衣卫指挥使；三皇子朱由校任内阁首辅，统领内阁。朱由校要求杨天石加强对军政大权人事变动的情况反映。

朱由桤眼看自己立储无望密谋杀害杨天石。杨天石赴锦衣卫上任，钱宁不满。16年前曾刺杀郑贵妃的箫云天在钱仕达的庇护下潜回锦衣卫做杂役。龙辇在宫外木匠坊加工，雕刻龙凤的恰是李进忠；李欲入宫不能，发怒离开木匠坊去喝酒，被布衣等青年寻衅痛打后押回衙门。而布衣根本不知道李进忠就是自己的生父，一伙人险些将李打死，幸遇杨天石发现，李获救治。

杨天石欲让李进忠与布衣父子相认，钱宁不允。钱宁密令锦衣卫去荒野闷死李进忠。李进忠从锦衣卫手中侥幸逃命回家，对着客印月木雕像诉说布衣不认他为父的委屈；李进忠为能进宫谋差含泪做了阉术。布衣与义妹金枝被箫云天劫持到黑龙口洞牢，以次要挟天石给他帮忙。杨天石深夜见李进忠家四处血迹，急命锦衣卫齐大人监视钱府。突然，辽宁总兵熊廷弼押着后金俘虏进京，向杨涟报告边关已失锦州等七城，请速奏陛下快征宁远以保京城。

陛下听杨涟奏金兵已攻陷七城口吐鲜血。箫云天以布衣被绑架要挟杨天石刺杀朱由校，杨坚决不允。皇帝经考虑决定，皇家三弟兄分别以后金俘虏比武（称"观虏典兵"），胜以代朕出征，即位储君有望。朱由桤命钱仕达挑选锦衣卫精兵强将，杨涟希朱由检胜出，熊廷弼认为三位公子谁也胜不了。朱由校以会见客印月诱逼杨天石率观虏比武时佯败。

刘公公奉朱由校之命在宫外找雕刻匠，寻到李进忠家猛看见客印月的木雕像躺在床上，顿时惊呆！朱由校让天石与客印月在木工房相见，两人旧情依然，决心终生相爱。印月不许布衣认李进忠。刘公公把客印月的木雕像交给了朱由校。箫云天让杨天石刺三皇子。

朱由校拉拢客印月言他和布衣是义兄，定让她母子相聚，与天石团圆。布衣与金枝逃出洞牢去见杨天石。李进忠做阉术后被召入宫，对魏公公大表忠心，被魏收为干儿，更名魏忠贤。杨天石夫人顾瑾书让天石把布衣带回家。布衣金枝趁不防砸昏了箫云天。皇帝朱常洛观虏典兵，朱由桤虽求胜心切但技不如人被虏兵杀败，连自己也险丢性命；朱由检出奇兵，用查没洋夷的走私火炮将虏兵全歼；朱由校被天石短刀刺入心脏，全场惊愕，杨被锦衣卫押下。

比武完毕，皇帝特谕"朱由检代朕出征"，朱由桤不服。杨涟急忙入宫求皇帝救儿子天石。钱宁审杨天石，天石说箫云天是受钱仕达指派并有幕后。刘公公安排客印月母子相见。朱由桤命钱仕达谋杀朱由检，钱不但不答应，还反求朱由检将来得势后照顾儿子钱宁。朱由检杀虏得胜全系杨涟策划。三堂会审杨天石时，天石揭发朱由桤用江南女厨师做的毒菜谋害他。

朱由校未死，对客印月起了邪念；说天石刺他是自己安排，用的是刀刃能落回刀柄的弹簧刀。魏公公命干儿魏忠贤侍机刺杀朱由校。 杨涟埋怨天石不事先告诉他伪刺由校原委。朱由校得知魏忠贤就是李进忠，亦是布衣亲父、客印月之夫，便借切磋木工手艺拉拢魏忠贤。朱由校代父皇向朱由检授上方宝剑和抚远大将军队旗，壮酒送行。

前方捷报努尔哈赤被炸死，皇帝大喜，命百官中秋共赏月，朱由检也立刻回京。萧云天密谋半路上截杀朱由检，杨天石奉父命火速前往营救，决不能让朱由桤先夺嫡后逼宫阴谋实现。杨天石危急中将侍卫重任交齐大人。魏忠贤进宫高举木梃，向床上朱由校砸去。

不料魏忠贤黑暗中砍掉的竟是客印月木雕头像，魏当场被布衣活捉。客印月为魏忠贤求饶，朱由校应允后，命魏忠贤重刻客印月雕像。客印月因布衣不认她为母悲痛欲绝。朱由桤将魏忠贤押入密室。朱由校听父皇说拟传位给由检，便兽性大发借拥抱父皇之机，捂死了父皇。朱由检回京路上险被箫云天等刺死，多亏天石赶到救下性命，钱宁为给自己留条后路也主动策马赶来营救，于是三人飞马进京。

魏忠贤带朱由桤钱仕达丛密道入宫。朱由校Y乱了客印月，又命刘公公软禁朱由桤，并栽脏朱由桤欲弑君，让布衣伪装父皇声音宣旨："将朱由桤钱仕达打入诏狱；封朱由检为信王藩镇江南；立朱由校为太子。’朱由检、杨天石、钱宁三人晚到京一步，朱由校已宣布皇帝驾崩，朱由校登基，国号天启，时为公元1621年。朱由校耀升布为锦衣卫指挥使、命魏忠贤组建东场（宫廷内卫）。

钱宁探监，钱仕达让其带大量黄金投靠朱由检。朱由检看到朱由桤、钱仕达二人"新皇弑君"血书，十分震惊！

杨涟认为朱钱两人血书是假，朱由检决心再找新皇弑君证据。杨涟看出新皇对客印月图谋不轨，嘱天石善待瑾书。朱由检借钱宁策划的假太后说历史原委，决心重夺皇权。杨涟劝天石对朱由检夺权谨慎应对。朱由校答应朱由检为太后平反。刘公公为灭口命魏忠贤杀天石与钱宁，然后去寻找客印月。

客印月随戏班流落无锡，吟唱《牡丹亭》。在班主汤显祖怕被皇室追究而不敢收留客印月时，客印月反被箫天云绑架。杨天石与东厂太监分别来到无锡寻找客印月，客已被箫云天绑架。杨天石在戏班寄情《牡丹亭》彩排。杨涟的老师顾宪成初访信王府，鼓励信王梳理多年积习再建功勋。江南总督李三才怒斥东厂在江南横征暴敛和派密探监视信王。

箫云天告诉客印月他受钱仕达之命追杀杨天石，但不忍下手才故意躲着天石。东厂太监和锦衣卫从一个曾是箫云天人口中得出情报，一路追来欲接回客印月，活捉箫云天。箫云天一家和客印月在山路上逃命。魏忠贤和刘公公打开了原魏公公的密室发现贪污的大量金砖。

金枝应召陪朱由校玩耍，布衣嫉妒，刘公公出招让布衣叫金枝出了宫门。在无锡一庙中，自称半个出家人的李贽告诉杨天石，说杨的命数现系在魏忠贤的身上。无锡城百姓造反，县衙官兵和东林书生们性命交关，多亏杨天石夺过反民长枪救下众人。箫云天为救妻胁迫反民头目交出郎中。箫云天挟郎中而走。无锡百姓因官宦勾结横征暴敛而造反，东林首领顾宪成让天石去请信王来接见百姓。

钱宁告诉信王，牡丹亭下有朱由桤当年曾贪污的大量金砖。反民在书院烧书取暖，顾宪成十分心痛。客栈里，钱宁帮天石救走客印月。但客印月因受新皇宠幸不愿回宫，在东厂太监追逐中被箫云天与钱宁接到信王府。信王对箫云天既往不咎。信王在天石、钱宁、箫云天三人护卫下去接见造反百姓。

信王恩威并用将县官交反民治罪；将反民头目斩首示众，杀一警百；免去百姓一年税赋，深获民心。又托杨涟速递奏折草除税制弊端。信王命锦衣卫打擂征兵扩充实力。传教士汤若望以卖廉价军火为由托天石引见信王。魏公公从京师赶到无锡信王府，要求客印月随他回京，信王巧妙应对，客印月暂住信王府南院。为此事信王说他和天石、钱宁得罪了陛下和魏公公已身处险境。李贽在信王府彩排惊天地，泣鬼神，千古绝唱的《牡丹亭》。

杨天石不忍心客印月醉歌《牡丹亭》，客印月她是因被新皇奸污，放声痛哭。信王决计不再让客印月回宫奉圣，天石十分感激。信王命箫云天把锦衣卫新兵训练成效忠王爷的勇猛死士。布衣给金枝说他的亲娘就是奉圣夫人。新皇朱由校知客印月被留在信王府十分气怒。蟠龙县令赵琪出主意，让客印月的寡妇姐姐客栖月，顶替长相酷似的妹妹充当奉圣夫人，以博新皇欢心，魏忠贤听后决定明天就去蟠龙镇见客栖月。

魏忠贤来到蟠龙镇客栖月家宣旨，召客栖月进宫面圣。烈妇客栖月不愿去而自尽未遂，被迫于皇命进宫。朱由校一见客栖月惊愕万状，当作奉圣夫人拥抱亲热不能自己。为此，皇帝嘉奖魏忠贤，赐布衣姓魏、赐布衣与金枝完婚并御驾亲临。刘公公又细说魏忠贤17年来的委屈与磨难，感动得布衣一声爹叫得魏忠贤泪如雨下。顾瑾书顺道来无锡看望杨天石，却见丈夫与客印月在一起。痛诉天石17年来对她的冷酷和委屈后自尽身亡。天石为发泄与钱宁、云天格斗。

天石等三人拟回京城给瑾书超度。李贽把戏班交印月后进京为《牡丹亭》平反奔走。天石感叹自己在爱情上低能，印月大胆拥抱他后说，只有真正理解女人的情，才能爱得安然。魏忠贤为布衣设婚宴，边将孙某上门巴结密报熊廷弼已到杨涟家。金枝不嫁布衣，布衣愤然回府，魏忠贤移怒《牡丹亭》，把李贽押入东厂大牢。李贽情人，《牡丹亭》主演美妇甘愿李贽同行。

李贽在东厂大牢刎颈身亡。杨涟王府中与熊廷弼研讨抗金战事，魏忠贤造访，威逼杨涟让金枝嫁布衣。杨涟偶然听到布衣能模仿先皇声音，惊恐异常。杨涟因新皇朝政不举，任用奸佞，弹劾魏忠贤24大罪，率东林党官员集体面圣，东林诸贤也上《劾魏忠贤折》。朱由校赐魏忠贤上方宝剑，对杨涟等可先斩后奏。东林首善书院被纵火。信王对汤若望的新式火炮信加赞赏，让汤死岛上为他造炮500门。假奉圣夫人怀孕，信王派箫云天进京暗杀未出世的皇子。

萧云天不听天石劝阻仍赴京行刺。信王劝天石丢掉幻想认清形势紧跟自己，派钱宁回京骗陛下江南巡幸。杨涟在京城书院废墟上为民请命，魏忠贤来栽赃熊廷弼受贿，把熊关进囚车。杨涟为能面圣救熊大人，只得在魏忠贤的威逼下，揽辔上肩驾起囚车，艰难前行。正在宫门侍卫的布衣直奔杨涟身旁，问明原委后大骂魏忠贤。杨涟口吐鲜血哀叹老迈，已接不动大明朝这辆破车！杨涟回家后，又听到刚回来的天石说瑾书已死埋在江南时，怒斥天石对不起瑾书。

朱由校率大军南下巡幸，胁迫杨天石护驾。朱由检在无锡城郊四处埋雷设伏，逼客印月奉驾陛下驻跸信王府。客印月虽不愿当信王弑弟夺位诱饵，但在信王劝说无效，摆出四周埋伏真权下，于无奈中顺从。钱宁再次郊外迎驾，陈述信王迎驾诚心。朱由校应允先住东林书院，又在奉圣夫人已在信王府奉驾诱惑下，被骗至信王府，成为瓮中之鳖。钱宁也赶到信王府欲救天石。此时，信王府在红夷大炮的轰炸声中成为一片废墟，府内全部人马无一生还！顾宪成率东林官员齐呼朱由检万岁。公元1628年信王登基，是为崇祯皇帝。