台湾，1915年，妈祖诞辰日，台港城天后宫，数万民众在庆祝妈祖诞辰。人们撕毁了台湾总督的告示，并赶跑了前来阻止庆典的山田和日本警察，妈祖庙主持林崇德郑重委托陈宗汉在庆典结束后，将“妈祖金身”护送回福建泉州天后宫，陈宗汉跪立在妈祖神像前发下重誓：“命在妈祖金身在”，总督下令全城戒严，让山田再次率领警察抢回妈祖金身！

山田将护送计划交给总督，总督让山田马上行动。山田收拾行装，并向美登子道歉，并说此次执行任务危险万分，以求得美登子的同情。美登子去回春堂让林文轩别再做药丸，向林文轩说出了山田要执行任务去基隆港，林文轩得知后，便告诉陈宗汉，陈宗汉令杨海生派人盯住日本警察动向，并带人至丛林设伏。山田在丛林遭伏击，逃得一命，陈宗汉中弹负伤夺回妈祖金身，将妈祖金身藏匿于阵亡日军墓地，陈宗汉忍痛潜回城中。

子弹击穿了陈宗汉的肩胛骨，林文轩为陈宗汉施救，陈宗汉托林文轩寻找失散的杨海生和众弟兄。周光弟看见悬赏告示后，便将此事和陈宗汉联系起来，为了弄清真相，周光弟和阿翠在暗中注视着林文轩的一举一动。山田沿着陈宗汉逃跑的路线追踪，断定陈宗汉负了伤，并已潜入台港城，下令全城戒严，搜查所有医院和药铺。林文轩沉着应对日本警察搜查，而秀芝却忧心如焚，林文轩向家人隐瞒了一切，而周光弟却在悄悄查找林文轩密室。

山田在现场没找到妈祖金身，遂将陈宗汉尸首悬挂城中示众、周光弟将陈宗汉和林文轩的关系密告给山田，并向山田说出陈宗汉之妻、儿子均在台港，山田率警去陈宗汉妻子秀芝住地搜查，早已人去楼空，山田认定秀芝必知妈祖金身下落，便在全城搜捕秀芝，总督因为没找到妈祖金身十分愤怒，给山田定下了寻找期限。秀芝得知陈宗汉死讯悲痛欲绝，月娥百般安慰秀芝，林文轩外出找人准备将秀芝母子送回福建泉州。

山田带着已经长大的儿子雄一赴台湾上任，发现天后宫供奉着一尊22年前台湾天后宫的妈祖塑像，父子俩利用夜间将守夜人打倒，偷走妈祖像。秀芝回到泉州生下女儿起名海韵已经长大成人，发誓替父亲报仇，一定夺回妈祖金身，她随身带两丫鬟来到台湾，利用回春堂百年店庆之机，化妆打扮成帮工近距离查看回春堂地形后，夜间从林文轩密室偷走另一尊妈祖像。月娥离家后和季旺乡生活一起，不久生下林文轩儿子起名正光、一家三口靠唱戏为生。

海韵住进了杨海生在河畔为她们购置的洋楼。山田向雄一讲述了当年自己丢失金身的耻辱往事，并让雄一利用职务之便，尽快找到月娥的下落，并要雄一利用和正青的同学关系，和林文轩多接触，设法获得林文轩的信任，雄一惟命是从。为了挽救战场败局，日本医学博士本森来到台湾，准备在台湾研究神经化学毒药，山田带着从泉州偷来的妈祖像请本森辨别真伪，被本森教训一番，本森从皇民医院中挑选助手，正青被选中后左右为难。

本森的药物研究所正式开张，本森和山田密谋，用皇民医院台湾籍病人作活体实验，正青做为本森助手开始上班。山田大和会社正式开张，邀请台港商界开会，要求商人们交出药材配合战争需要遭到海韵、林文轩等众人的反对和抵制，山田怀恨在心。山田与警局局长小泉蜜谋，动用警力对22年前和妈祖有关的人员秘密监视，必须找到关键任务月娥。为反抗和抵制日本的皇民化运动，林文轩在自家后院办起私塾学校，鼓励孩子学汉文。

向林妈讲述了周光弟之卑劣往事，要正青和小云断绝往来，正青十分吃惊，小云闷闷不乐地回到家中，独自关门哭泣，母亲阿翠安慰女儿，小云向母亲倾诉了林文轩阻止自己和正青往来的事由，阿翠喟然长叹。周光弟从阿翠口中得知女儿和正青的恋情后，不由大喜过望，鼓励女儿与正青交往，让女儿将正青带回家中，小云方破涕为笑。一夜之间台港城到处撒满宣传中国抗日的传单，引起台港警局极大恐慌，雄一见到月娥，感觉十分亲切。

节日的台港北关街道人山人海，由林文轩和阿昌组织策划的极幅妈祖画像从高楼倾泻而下，过往台港城百姓纷纷下跪顶礼膜拜，匆匆赶来的山田和警察局长小泉气极败坏，面对众多百姓山田只能忍让，妈祖显圣在台港城引起极大轰动，全城人象过节一样高兴。日本总务长官气极败坏把山田和小泉讯斥一番。山田出谋采取明松暗紧的办法应对眼前局势。山田叫来周光地要他想一切尽办法打进台港城反政府组织内部，提供有价值情报给警察局。

周小云父亲周光地编造谎言向正青讲述了当年林文轩不愿让自己得到林家秘方，借故将周逐出林家的往事，并把月娥出走、陈宗汉被杀的事情告诉正青，正青不相信愤愤离开周家，正青一人独自在家伤心流泪。正青突然问自己的母亲月娥为什么离家出走，林妈十分生气无言以对。林妈急匆匆来到配药房，告诉林文轩正青的状态，林文轩断定是周光地从中挑拨，但是还没有找到秀芝之前林文轩不能将真相告诉正青。林文轩决定找周光地算帐。

海韵和阿仔组织的妈祖巡游活动令无数的台港百姓又一次见到妈祖圣颜，百姓们自发来到广场举香膜拜，很是热闹，林文轩因为山田监视，整整一天呆在家中没出门。闻讯赶来的警察企图阻止百姓撤离现场，遭到杨海生抗日铁血团的阻击，多名日本警察被打死，当山田和小泉率日警赶到现场时，参加巡游的人早已离去，小泉暴跳如雷。为了配合妈祖巡游活动，林文轩组织在河边漂放莲花灯，制造气氛。

林文轩告诉海韵山田是一个杀人不眨眼的东西，一定要小心再小心。海韵告诫手下丫鬟要提高警惕。雄一在回春堂故意放阿仔一码是为了得到林文轩的信任，但是他所做的事情被跟踪的密探报告给小泉局长，雄一要父亲山田出面向小泉解析一切。林文轩找阿昌商量，决心组织台港城的主要商界人员联合向总督上书，要求公平经商。周光地又来找季旺乡，用大把金钱收买季旺乡，并办酒宴款待季旺乡，希望今后得到季的帮忙。

山田回到警局交代小泉制定计划，允许浪人出面闹事，给台港有名的商人压力。海韵和林文轩商量，决定联手合作共同打击日本的战时市场管理条例。以中川为首的日本浪人开始在台港城闹事，他们来到回春堂滋事，被林文轩制服后狼狈逃离。正青找到周小云将22年前周光地的背叛行为告诉小云，周光地回家后告诉小云是林文轩把陈宗汉儿子交给日本人，日本人才杀害陈宗汉儿子的，林文轩才是杀人凶手。

周光地夫妇被林文轩赶出大堂，可是周光地的一席话让林文轩痛苦晕倒在地，正青听完周光地的话悲愤离开家，找到雄一尽情诉说心中疑团，雄一答应借档案给正青看。周小云将父母事情告诉海韵，希望得到海韵的帮助，海韵答应和小云父母交谈。海韵借安慰小云拜访周光地，了解林文轩为人和当年发生的真相，阿翠告诉海韵当年总有个男人来找月娥。山田前来拜访中福公司，希望拉拢海韵加盟山田的大和会社，海韵很直接逼得山田早早告退。

周光地宴请季旺乡，希望季旺乡能给警察局提供月娥的下落，周光地用酒将季旺乡灌醉，拉着季旺乡去吸大烟，又逼迫季旺乡交抽鸦片烟钱，季旺乡只好留下欠条。杨海生把中国打胜仗的喜信印好传单带到台湾，让台湾人也高兴高兴。林文轩化妆成日本人前往火车站途中，被山田和小泉截住，山田十分得意地奚落林文轩一番，引来无数围观市民，山田借机再次 提出条件要和林文轩做交易，反被林文轩耻笑一番离去。

正青因为心情不好又再次喝醉酒被雄一送回家。为解开22年前的真相，海韵策划绑架了周光地，周光地把一切推到林文轩身上。海韵从周光地口中淘不出东西只好把他放了，周光地找到山田为他做主，并一口咬定是当年的秀芝所为，山田信以为真。交代小泉派人日夜盯住回春堂的一举一动。一连串的事件搅得台港城不得安宁，长官把小泉叫去训斥一番，小泉只好抓来一名流浪汉顶替小野执行公开枪决以平民恨。

海韵拒接雄一的花令雄一很痛苦，借酒消愁后，又来到南音茶社听海韵唱南音，一伙浪人企图进南音社捣乱被雄一制止，雄一太爱海韵了，当夜他借酒大胆向海韵表达了自己对爱情的决心。林文轩对正青在本森手下工作感到十分不安，林文轩交代正青一定要多加小心，找机会复制本森保险箱钥匙，搞清本森的真正目的。林文轩被山田逼的临近破产，只好向海韵借款度过难关。可海韵借款给林文轩另有目的。

正光要他父亲季旺乡按照妈祖金身的大小制作了一尊一模一样的妈祖像交给林文轩，林文轩对正光父亲手艺赞叹不已。正青被周光地编造的谎言生气拼命喝酒，半夜酒醒发现有人闯进他们家。小偷夜间进回春堂查看地形引起林文轩的思考和注意。林文轩交代林妈一定不要声张，静观一切的变化。林文轩把自己对本森研究所拿台湾人作活体实验的猜疑告诉海韵，希望海韵一定要注意。为了应对万一，林文轩找来老铜匠，给已经雕刻好的妈祖像镀金。

林文轩找雄一希望他能好好劝劝，并告诉雄一月娥还活着，林文轩同时告诉雄一22年前发生的事情真相。雄一找到海韵再次表达他的爱意，并希望海韵注意自己的安全，因为警察已经怀疑她的行为了，雄一把泉州之行看见秀芝和杨海生的事告诉了海韵，海韵惊讶。林文轩找到正青希望他不要轻信周光地的谎言，可正青还是责问父亲22年前发生的一切，林文轩泪流满面无言以对。新镀金的妈祖像和真妈祖金身几乎一模一样，为防备万一。

为了解本森研究所的内容和目的，正青按照父亲的要求，复制了本森的保险柜钥匙样品，正青表示只要打开保险柜，本森的阴谋就会清楚。正青对收正光为回春堂徒弟很不以为难，听说又要住进家里更是生气和林妈顶撞，被林妈教训一番，正青愤愤离开找到周小云，发泄心中的不满。本森的研究工作遇到困难，找到小泉和山田，小泉想出解决办法，左道从监狱被带到本森研究所，开始协助本森的工作。

雄一顺利到达福建泉州，被周围隆烈的抗日气氛感染，雄一来到秀芝家，见到了杨海生偷偷拍下秀芝和杨海生的照片，雄一的突然到来被林崇贤认出是偷天后宫的日本人，当杨海生赶到客栈捉拿时，雄一早已跑回台港向父亲山田和小泉汇报。山田从而断定海韵和杨海生他们是一伙的，必须加强对海韵的监控。山田同时定下计划，只有让林文轩破产才能拿到妈祖金身。雄一再次到月娥的粽子铺卖肉棕子，雄一的到来令季旺乡惊恐万分。

海韵设下鸿门宴，请雄一、正光、正青到家里吃饭，用酒分别把他们灌醉，然后好对回春堂下手，搜查妈祖金身。酒宴上正光和正青等人果真相互比拼喝酒，直到酒醉为止。当晚，海韵蒙面进入回春堂，另一蒙面人也进入回春堂偷妈祖金身，被正青发现抢回了妈祖金身，这一切均被躲在暗处的海韵看的清清楚楚，正青的喊声惊醒了林文轩，林文轩告诉正青今晚的事情谁都不要说。

月娥寻找季旺乡在警察局门口发现了山田老婆美登子，小泉再次搜查回春堂，找不到任何东西，把林文轩带回警察局强迫要林文轩交出妈祖金身，被林文轩顶的哑口无言，小泉气坏了把林文轩扔进大牢。本森却打电话要求山田尽快放人，因为本森的实验需要林文轩的帮忙，小泉同意只要林写一份保证书，保证今后不离开台港就可以放人了。季旺乡口口声声说交了一位大老板，月娥跟踪后发现就是当年的周光地。

长谷一直负责监视雄一，小林上任后再三交代继续对雄一监视，直接对小林汇报。小林上任后第一次到中福公司，以威胁的口气教训海韵不要和雄一走得太近。海韵不以为然。正光正式成为回春堂徒弟，季旺乡害怕被林文轩拐走，心中很不快乐。林文轩为了庆祝小泉自杀，庆祝收正光为徒决定组织一次南音会唱，季旺乡因为心里怀恨林文轩把消息告诉了周光地，希望警察把林文轩抓走。

林文轩为了庆祝小泉自杀，庆祝收正光为徒决定组织一次南音会唱，季旺乡因为心里怀恨林文轩把消息告诉了周光地，希望警察把林文轩抓走。警察赶到，林文轩把所有责任挡下，要求放走所有人走，他和小林一起回警局，月娥听说林文轩被警局抓走，十分心急，她要儿子回到回春堂好好关照林家，有什么消息赶快回家报信。正青想尽办法疏通关系解救父亲林文轩。许多市民听说林文轩被抓，主动到回春堂以示安慰。

山田夫妇坚决反对儿子和中国女孩谈恋爱，他们要雄一断绝和海韵往来，否则就送雄一回国。正青在海韵的帮助下顺利打开本森的保险柜的门 ，从而了解本森目前正在研究一种叫死魂灵的毒药。林文轩见到样品后大吃一惊，为了粉粹本森的阴谋，挽救周小云的病情，林文轩不惜以身做实验，了解本森的毒药和解药办法。周光地为了女儿周小云的病能医治好，亲自登门求救林文轩，希望林文宣能全力挽救女儿的病情，林文轩点头一定尽全力挽救。

正青无限怀恋周小云的病情，无奈自己救不了小云，他伤心欲绝一遍一遍地回忆两人的相处时光，本森决定派正青前往大陆采购药材，目的是隔离他和小云之间的关系，防止意外发生。林文轩看到周小云被本森下毒后即将惨死，痛苦万分。山田和本森找来周光地，告诉他周小云已经感染病毒死亡，医院决定给予补偿，但不能看望小云的遗体。周光地无奈地离开，阿翠听说小云死了，发疯似地向周光地要人，周光地不知如何安慰。

正青第一次来到福建泉州，在天后宫主持林崇贤的指引下，正青见到海韵的母亲秀芝、林崇贤、杨海生等人。正青的突然到来，化解了秀芝对林文轩的误解，但是对正青所说的一切有待杨海生的证实。周光地找来季旺乡，希望他帮忙找到原来在戏班唱戏的月娥，季旺乡听后吓得找月娥商量出逃办法，月娥告诉季旺乡周光地就是22年前出卖宗汉的汉奸，应当想办法让他受到惩罚。季旺乡再次找到周光地，说月娥有线索了。

支票和房契还回来，警察局对妈祖金身的追查反而感到棘手。山田下令立即释放周光地，静观事态的发展。周光地回到家中，被眼前的情景惊呆，阿翠疯了。林文轩来到周光地家，告诉他小云是被本森毒死的，周光地如五雷轰顶一下惊醒了，为日本人干了那么多坏事，到头来连自己的女儿都保不住，周光地终于觉醒了，他最后一次给阿翠换好装，找本森报仇去。周光地炸毁了本森的研究所，和本森同归于尽。