民国时期，保定城有一个军阀阎司令。这阎司令家眷众多，却得了个怪病，夜夜梦见恶鬼缠身，还因此失手杀人。找遍了城内的大夫，大家都束手无策，无法治愈阎司令的怪病。阎司令一气之下将不能治好自己的大夫都给枪毙了，并且开始在保定城内大肆抓捕大夫。一时间，保定城内人心惶惶，凡是会看病的大夫纷纷出逃。怪医文三块恰好在此时来到保定，听说全城在抓捕大夫，便自告奋勇愿意为阎司令治病。文三块行医有个规矩，必须在看病前收三块大洋的号脉钱。阎司令看见他没治病先收钱，以为他是江湖游医，差点要枪毙他。后来文三块用独辟蹊径的“惊吓法”治好了阎司令的病。阎司令被文三块高超的医术折服，与他结为拜把兄弟。文三块想上京城行医，打响自己的名号，不愿留在司令府，阎司令无奈，为表示感激送他上京城，并给了他一张名片，让文三块去京城找自己的好友于世勋帮忙。于世勋是北平的警察署长，这时正为了能升任局长而到处疏通。于世勋喜欢药店掌柜车大吹的女儿菊花，但菊花并不肯接受他。于世勋无法得到菊花，只好回家毒打自己妻子出气。

文三块带着阎司令的推荐信找到了于世勋，于世勋非常热情地招待他，去庆丰楼里为文三块设宴接风。然而席间传来于妻不堪虐打自杀的消息，文三块看到于世勋惺惺作态的模样，心里对他的人品产生了质疑。于世勋表面上为妻子大办丧事，背地里则打着菊花的主意。车大吹是个势利眼，见于世勋得势，并且快要升任局长了，便劝女儿菊花嫁给于世勋，菊花不愿意。车大吹心疼自己那半根虎骨，生了一场大病，奄奄一息。于世勋请文三块去给车大吹看病。车家正大办丧事，车大吹已经入了殓，文三块执意要开棺救人，跟菊花冲突起来。车母做主让文三块开棺救人，文三块救活了车大吹，周围人对他的医术啧啧称奇，菊花也因此对文三块芳心暗许。于世勋本是想讨好菊花，却马屁拍在了马腿上，碰了一鼻子灰。于世勋和焦二爷想方设法想要霸占庆丰楼，许掌柜看出了门道，不由地向文三块诉苦。车大吹病痊愈之后，旧话重提，想让菊花嫁给于世勋，菊花直言自己看上了文三块。许掌柜在焦二爷的威逼下，终于将庆丰楼拱手让出了。

菊花借机灌醉了文三块，等文三块醒来，菊花便说他酒后乱性玷污了自己，文三块一时也懵了，菊花试探着问文三块可否娶了她，文三块坚决不答应，菊花气哼哼地离开。菊花离开后，于世勋来到客栈，邀请文三块参加自己跟菊花的婚礼，文三块对刚才发生的事情更是心虚，一时间拿不定主意。于世勋和菊花成亲当天，文三块思来想去，跑去大闹婚礼，阻止菊花嫁给于世勋。菊花当场表示自己是文三块的人了，不愿嫁给于世勋。这突然的变故让于世勋下不来台，混乱中来参加婚礼的王副厅长受了伤，于世勋升官的机会也泡汤了。于世勋至此跟文三块结下了深仇大恨。可菊花心里却甜滋滋的，她告诉父母自己只能嫁给文三块。于世勋怀恨在心，派人抓了文三块，却被文三块断言自己得了病，三天之内准发作。三天后，于世勋的脸果然肿了，无奈之下，他只得把文三块放出来，让他替自己治病。

文三块借治病之由，狠狠恶整了一把于世勋。许掌柜告诉菊花文三块被于世勋抓走的消息，菊花一气之下跑去朱局长处告状。于世勋被恶整了几日，身上的肿终于消了，这时却反悔，不愿放文三块离开。文三块威胁说自己并没有把于世勋身上的病根治，若是不想再犯病，得吃他配的药，这便杀不了文三块了。再加上朱局长此时来电话查问此事，于世勋只得放文三块离开。朱局长插手庆丰楼，焦二爷不得不把到嘴的肥肉吐出来。气不过的焦二爷决定拿文三块开刀。焦二爷从张宗翰处得知于世勋的病不过是平常的油漆中毒，是文三块故意戏弄他们，派人抓了文三块要活埋他。车母和菊花一路跟踪，救出了被活埋的文三块。恰巧遇上阎司令从保定来到京城，阎司令一听这事，立刻表示要为为文三块撑腰。他设宴请于世勋和文三块，想让二人和好，但于世勋和文三块都不肯妥协。在阎司令的主持下，文三块和菊花拜堂成亲，于世勋来到婚礼现场，坚定地表示这辈子一定要娶到菊花。阎司令跟于世勋翻脸，并派下重兵为文三块的诊所站岗。

阎司令向身边的副官道出于世勋的往事，他表示自己只能保文三块一时，之后于世勋若还要难为文三块，只能让他自求多福了。文三块的三块堂开在御医张宗翰的诊所对面，几日来大兵驻扎在门口，一个敢上门看病的病人都没有。丁福天的女儿紫玉得了急病，生命垂危，恰好张宗翰出诊去了，阎司令做主让文三块帮紫玉看病，文三块用烟袋油救活了紫玉，紫玉感谢文三块，称长大了要给文三块做太太。众人都以为是小孩戏言，哈哈一笑。文三块救好紫玉的事在城内传开了，门口的大兵一撤，病人们陆续都来看病。唱快板的街头艺人马金宝背着儿子来看病，文三块见对方小孩只是简单的中暑，不愿过多诊治，让对方去找张宗翰瞧病。文三块贴出告示，表示自己非疑难怪顽症不治，引来众人诸多非议。张宗翰听马金宝说了文三块拒医病人的事，觉得文三块是在哗众取宠。马金宝编了段快板骂文三块，在街上广为流传，车大吹得知后告诉了车妻，车妻上门找文三块询问情况。贾贵给小孩子钱，让他们到三块堂门口去骂。文三块听到后不怒反喜，菊花气不过，要找张宗翰理论，文三块拦住她，称现在对自己的非议都是为自己扬名。

溥仪找张宗翰看病让张宗翰回忆起了过去作为御医时的生活，提及文三块，张宗翰不屑地认为对方只是一个连江湖游医都算不上的骗子。阎司令本在为府院之争的事头疼，听说张宗翰让天桥上唱鼠来宝的艺人编词骂文三块，当即气得火冒三丈，要为文三块出头。文三块决定亲自去找张宗翰理论。文三块拿了个瓷瓶，让张宗翰和自己把瓷瓶中的毒药都喝一半，谁能配出解药就证明谁的医术高。张宗翰受激，拿出鹤顶红让文三块辨认，若是文三块能说出此毒的名字，自己就把毒药喝下去。文三块说出了鹤顶红的名字，张宗翰面子挂不住，欲饮鸩自杀，被文三块阻止。文三块还用一副药治好了张宗翰手里一个久咳的妇人，百姓们都对文三块的医术刮目相看。张宗翰被文三块这顿羞辱，抑郁病倒。文三块扬名赚钱后，显得春风得意起来。菊花得知张宗翰生病的事，劝文三块去道个歉。文三块也颇为内疚，让菊花给张宗翰去送药。焦二爷和于世勋商量着该如何教训文三块，于世勋为了让菊花断了对文三块的念想，决定让对方身败名裂。菊花去给张宗翰送药，但张宗翰并不领情。次日，一队从乡下来的病人来探望张宗翰。这些人都是过去被张宗翰治好的穷人。穷人们情真意切的慰问让菊花看在眼里。

见到穷人们真心实意的感激之情，菊花深受感动，回去她询问文三块能否像张宗翰那样开设平民号，文三块不置可否。自从被文三块那么一闹，张宗翰那里的病人越来越少，文三块看在眼里，他知道张宗翰擅医妇科，便拒看自己这边的妇科病人，将她们轰去了张宗翰那里。文三块外出出诊，被叫去八大胡同替j女看病。菊花买了礼物回家探望父母，车大吹见文三块扬了名，撺掇菊花让文三块跟自己合作生意，菊花得意地一口答应下来。文三块在妓院里见到了自己过去青梅竹马的未婚妻绿袖，大为惊讶。他要为绿袖赎身，老鸨作不了主，要问后台老板的意思。文三块因为要为绿袖赎身的事食不知味，菊花劝他与自己父亲合伙做生意，文三块只是草草敷衍了他。车大吹上门来找文三块合伙做生意，却被文三块狠狠一顿数落。车大吹败兴而归，回去后熬了很多绿豆汤，假借文三块的名义四处兜售。老百姓慕文三块的名都来抢着购买绿豆汤。菊花因为父亲的事跟文三块怄气，车母来给二人调停。

借着文三块的大名，车大吹绿豆汤卖得红火，车大吹见赚了钱，乐得眉开眼笑，决心继续借着文三块的名气招摇撞骗。j院的老鸨告诉了焦二爷文三块要为绿袖赎身，焦二爷让她提高绿袖赎身的价码。焦二爷在牌桌上把文三块去j院的事透露给了于世勋，于世勋立刻来到三块堂大闹，菊花这才知道文三块竟然背着自己去j院，但文三块一口咬定是去j院看诊，菊花虽然有所怀疑，但也没多问，于世勋讨了个没趣，灰溜溜地走了。老鸨开口要两千大洋的赎身钱，文三块没那么多钱，便去向焦二爷借高利贷。文三块替绿袖赎了身，带她回到了三块堂。原来绿袖是文三块在老家没过门的媳妇，菊花得知后，大为吃醋，让文三块替她治好病后立刻赶她走。于世勋得知文三块把窑姐接回家去后，到车母那里告状，车母不以为意。车母去看绿袖，安慰她让她安心养病。京城的老百姓都迷信车大吹的绿豆汤，诊所的病人越来越少，张宗翰告诉大家绿豆汤喝多了不好，有被绿豆汤耽误病情的人找上门来，大家都以为是文三块的主意，上三块堂找文三块算账。文三块和车母这才知道车大吹借着文三块招摇撞骗的事，车母一气之下砸了剩下的几缸绿豆汤。菊花受了父亲的挑拨，回去跟文三块因为绿袖的事起了冲突。

警察局朱局长带着夫人去找文三块看病，文三块见局长夫人只是简单的风寒，不愿诊治，令朱局长大为光火。见文三块得罪了朱局长，于世勋想出了一条毒计，找了个死囚，让几个流氓大半夜带着去三块堂看病，文三块发现来人根本没病，气冲冲地把一伙人轰了出去。流氓刀疤在门口弄死了死囚，诬陷是文三块误诊致死人命，一伙人闹到了警察局。刀疤纠集了一群人到三块堂门口闹丧，混乱中文三块被对方一砖拍在头上，晕了过去。张宗翰救下文三块，两个人冰释前嫌。车母见自家姑爷被打，咽不下这口气，跟那帮流氓干了一架。流氓见打不过车母， 第二天又找来一帮记者，把事件闹大。菊花无奈之下去找阎司令手下的黄副官求救。为了不惊动阎司令，黄副官便衣私访，怀疑的视线集中到了朱局长身上。文三块的新闻上报后，阎司令得知，派人将刀疤抓来严刑拷打，刀疤交代说是受朱局长的指使。阎司令带兵包围了警察局，朱局长全不知情，刀疤和于世勋借机把一切责任都推到朱局长身上，混乱中，朱局长被阎司令枪毙。朱局长被杀一事引起了轩然大波，于世勋趁机在王副厅长面前煽风点火，要借府院之争的机会，把文三块的靠山阎司令赶出北京城。

朱局长一死，于世勋再次讨好王副厅长，王副厅长打算提拔他。绿袖的病眼瞅着好起来了，菊花劝文三块送走绿袖，文三块不愿意，两个人大吵起来。绿袖含泪感激菊花，菊花心软了，感到过意不去。王副厅长跟于世勋商量着要以文三块无证行医的名义查封三块堂，同时也通知焦二爷准备跟文三块收保护费。丁福天带着紫玉上门来看望文三块，紫玉又提起了长大后要给文三块当太太的话。阎司令由于府院之争要离开北京，临走前，他做东撮合于世勋和文三块在一起吃了顿饭，但两人依旧互不服气，一顿饭吃的不欢而散。文三块从许掌柜嘴里得知了上次来闹丧的事是于世勋策划的，心中有所不安。焦二爷这几日做了噩梦，梦到过去被自己砍死的人要来报仇。焦二爷的嫂子一直卧病在床，连张宗翰也对她的病束手无策。张宗翰劝焦二爷去找文三块治病，重病的焦大嫂也不断劝焦二爷要积德行善，但他不以为然。焦二爷上三块堂收债时误服了中药，几天后药效发作，全身发起了疹子。张宗翰替他诊断过后，身上的疹子仍然不退。焦二爷误以为是有冤鬼缠身，找来道士做法。

文三块得知焦二爷生病了，前去探望，结果被做法的老道责怪说是打破了抓妖的时辰。文三块把实情告诉了焦二爷，称自己能治好对方的痒病。焦二爷看到药方里有母猪尿一项，认为是文三块戏弄他，要剁对方的手，被焦大嫂阻拦。在她的劝说下，焦二爷勉强同意让文三块医治自己。文三块看出焦大嫂身体抱恙，替对方诊治。青皮拿了文三块的药方去问张宗翰，张宗翰看出文三块这是有意戏弄焦二爷，但装作不知地替对方圆了谎。文三块治好了焦二爷和焦大嫂，焦二爷感恩于心，想要放过文三块，于世勋却不同意，两人为此事翻脸。焦二爷给大嫂办堂会，把两顿的药剂当成一顿给大嫂喝了，导致大嫂中毒。多亏文三块医治及时，救了焦大嫂的命。焦二爷更是对文三块感恩戴德。菊花因为绿袖的事回家找车母商量，车母问菊花怎么跟文三块结婚那么久还没有怀孕，菊花心里也犯起了嘀咕。菊花找文三块把脉看看自己身体有没有问题，文三块不肯，让她去找张宗翰。焦二爷给文三块送了块匾，于世勋全都看在眼里。

于世勋用文三块无照行医的事来威胁菊花，如果菊花不嫁给他，他就想办法弄得文三块生不如死。菊花大骂了于世勋一顿，回去将一切告诉文三块，文三块毫不在意。焦二爷得知于世勋要封三块堂，带着手下当着于世勋的面扎穿了自己的大腿。张宗翰劝文三块去考一个行医执照，文三块一直对张宗翰上次在焦二爷面前举荐自己的事感激在心，两人冰释前嫌。车母也来劝文三块考个行医执照，文三块思来想去，决定找丁福天帮这个忙。丁福天告诉文三块，自己有个日本朋友得了重病，连外国医生都束手无策。听说是日本人，文三块并不想去，但丁福天告诉他这是让他为中医长脸，文三块这才同意。病人原先的主治医生海东升对中医抱有敌视的态度，诬陷文三块的治疗方案是巫术。文三块用蚂蝗治好了病人的病，中医之神让日本人大开眼界。丁福天找王副厅长帮文三块疏通行医执照的事，谈话中两人得知，原来海东升是王副厅长的外甥。王副厅长告知于世勋不要再给文三块考执照设置障碍，于世勋便去疏通主考官，让他为难文三块。文三块太过自负的傲慢态度激怒了主考官，被取消了考试资格。王副厅长疏通了之后，文三块顺利拿到了行医执照，三块堂重开。许掌柜见焦二爷和于世勋闹僵了，来求文三块帮自己求情，让二爷把庆丰楼还给自己。二爷正想给于世勋一个下马威，当即二话不说便把庆丰楼还给了许掌柜。

菊花见行医执照的事落了地，开始张罗起绿袖的终身大事。正好以前光顾过临春楼的孙广才找到了三块堂，被菊花领进了门。孙广才叫起绿袖过去的花名，被绿袖当场扇了一个大嘴巴。孙广才被赶走后，文三块埋怨起了菊花的不是，菊花气愤，回去把孙广才的事告诉了父母，车大吹说自己跟孙广才熟悉，自告奋勇为女儿解决绿袖的事。菊花在三块堂门口捡了个肚痛的小孩，但张宗翰和文三块都救不了孩子的病。恰好一个云游和尚路过，文三块请他为小孩念经超度，但云游和尚却用偏方治好了小孩的病。车大吹去找孙广才，提出要帮他办成绿袖的事。但孙广才为人吝啬，不愿轻易相信车大吹。文三块经云游和尚的点化，得知了自己功利心太重的毛病，有所顿悟。贾贵代表于世勋来找焦二爷讲和。文三块见那个被救活的小孩眉清目秀的，收他做了干儿子，并起名叫成元。自从被云游和尚点化后，文三块对没钱给三块大洋诊费的人也一并救治。他改了自己行医的规矩，没钱的人也可以找他看病。孙广才打听到车大吹真是文三块的岳父后，给了他钱请车大吹去向绿袖提亲。文三块的改变让张宗翰颇为欣慰。孙广才送了很多金银珠宝上门给绿袖，但全被绿袖退了回去。孙广才讨了没趣，回去找车大吹要回自己的钱。菊花找张宗翰看病，想问一下自己和文三块为何迟迟生不出孩子。之前被文三块救过的日本姑娘直子来三块堂找文三块。

直子对文三块的医术钦佩不已，执意要拜文三块为师，文三块百般拒绝，好不容易才把直子打发离开。文三块想将自己的医术传给成元，让他跟着绿袖读书识字。菊花由张宗翰诊断后发现身体并无大碍，于是张宗翰找借口给文三块把了脉，觉得文三块有些肾虚。菊花想尽办法想给文三块补肾，她将补药的药材下在晚饭里，文三块觉得汤的味道不对，却被所有人指责是他的味觉出了问题，说得文三块也对自己产生了质疑。丁福天的妻子病重，找文三块治病。因为治病的事，文三块又与海东升产生了矛盾。文三块拿命担保要救活丁夫人的命，于世勋得知这一消息，指使贾贵去毒死丁夫人嫁祸给文三块。贾贵和秃子绑架了丁家的丫鬟春梅，交给她一包毒药，逼她下在文三块给丁夫人的药里面。春梅由于过度紧张，弄洒了药碗，被文三块发现药里有砒霜的事。丁福天向于世勋报了案，让他调查春梅下毒的原因。于世勋交代贾贵给春梅一笔钱，送她离开北平。贾贵却阳奉阴违，将春梅的全家灭口。秃子由于害怕，将春梅被杀一事向于世勋言明，于世勋得知贾贵跟自己撒谎，内心对他有所防范。丁夫人的病情逐渐好转，但菊花知道他拿自己性命做担保，气得跟他大吵，让文三块以后多多考虑她们娘俩。文三块这才得知原来菊花怀孕了。六年后，菊花的女儿长大了，整日跟着车母学功夫练身手。而长大后的丁紫玉也从国外留学归来了。

紫玉留学归国，在六国饭店召开舞会邀请文三块参加。文三块临时有急诊没来，拜托菊花前来参加。王副厅长带海东升一道来，海东升被紫玉的风采倾倒，对她一见钟情。海东升向紫玉邀舞，菊花跟丁太太都觉得二人郎才女貌，非常般配。丁福天想让王副厅长为紫玉谋一份工作，紫玉不喜欢。紫玉去三块堂拜访文三块，紫玉拥抱文三块，各种亲昵的举动让菊花很看不惯。紫玉提出给大家照相，搂着文三块大方合影，菊花为此大为吃醋，却被众人说是她多心了。海东升对紫玉展开了追求，上门送花却被紫玉以有男朋友的借口拒绝了。丁福天请王副厅长吃饭，答谢他为紫玉找工作，海东升带着花在席间向紫玉求婚，被紫玉拒绝。海东升追问紫玉的男朋友是谁，紫玉不答离席。回家后，丁福天夫妻俩追问紫玉是否真有男朋友，紫玉道出自己暗恋文三块的实情，丁福天大为震惊。他把紫玉的心意告诉了文三块，文三块不知该如何处理。丁福天训斥紫玉，并说明文三块已经有了菊花，但紫玉表示自己并不在乎什么名分。紫玉给文三块送去西装，约他去吃西餐。菊花得知紫玉喜欢文三块的事，一气之下差点将西装给剪烂。文三块认为紫玉是为了拒绝海东升才拿自己当了挡箭牌，但紫玉却表示自己是真心实意喜欢文三块的。而这一切都被一旁的贾贵听在耳里。

丁紫玉对文三块的爱慕，让车菊花感到婚姻出现了前所未有的危机。于世勋听说丁紫玉寄情于文三块，背地里给文三块设计了一个圈套，他授意王次长请文三块为海东升和紫玉做媒，明为海东升着想，实为陷害文三块失信于王次长。文三块爽快的接受了王次长的请求为紫玉做媒，丁紫玉当着全家人的面表明态度，非文三块不嫁。盛怒之下，丁福天单方面同意了海东升的提亲。文三块将丁紫玉的态度如实相告，并且建议海东升主动接近丁紫玉，互相抓紧了解。为了逃婚，丁紫玉跑到车掌柜的店里，偷偷花钱买了毒药，在家里自己服毒。丁紫玉服毒后给三块堂打电话，被车菊花挂断，等到丁福天来请文三块救治服毒后的紫玉之后，车菊花才发现事态严重，甚为担心。丁紫玉服毒，海东升和文三块都赶到了丁家，丁紫玉同时服下几种毒药，半个时辰内没有解药必死无疑，文三块束手无策。丁紫玉表示自己手中有解药，只要文三块答应娶自己，就马上吃解药解毒，情急之下，文三块无奈的答应了。海东升喝醉了酒倒在街上，碰见了于世勋，将事情的始末告诉了他。于世勋将此事告诉给了王次长，王次长听说文三块出尔反尔，对文三块甚为不满。于世勋授意手下将文三块答应娶紫玉一事告诉车家，在车家引起轩然大波。

车菊花质问文三块是否真的想要娶丁紫玉，二人言语不和，车菊花跟文三块大吵了起来，被赶来的车母制止。车家一家询问文三块和丁紫玉到底关系如何，文三块如实相告，答应娶丁紫玉只是权宜之计，隐瞒只是怕菊花多心。菊花这才放心下来。听说菊花和文三块吵架，于世勋暗地高兴，派贾贵探望菊花，表示于世勋一直挂念着菊花，并且说了文三块不少坏话，被成林用扫帚打跑。于世勋打电话给海东升，谎称文三块已经决意娶丁紫玉，海东升带上手枪，决定当面跟丁紫玉把话问清楚，丁紫玉对海东升表示，即使没有文三块，自己仍然不会喜欢上海东升，海东升急冲冲的拿着枪想要杀掉文三块，关键时刻丁紫玉站到了文三块的面前，海东升激动之下，开枪自杀，险些丧了命。于世勋授意报纸刊物上刊登了海东升自杀的消息，并将一切责任推在了海东升的身上，丁紫玉内疚不已。车菊花看报纸后对丁紫玉冷嘲热讽，文三块对此十分反感。于世勋趁机来到三块堂表明心迹，只要车菊花跟文三块离婚，自己马上就娶她，车菊花将于世勋赶走了。文三块出诊回来碰上于世勋，于世勋警告文三块善待菊花，文三块恼怒不已，回家之后和菊花大吵，菊花放下狠话只要文三块敢娶丁紫玉，自己就敢嫁于世勋，文三块直接去找丁家提亲去了。

气头之上，文三块来到了丁家，向丁紫玉提亲。三块堂里，菊花为自己口不择言后悔不已，决定等文三块回来跟他道歉。菊花和文三块吵架，惊动了车母，车母赶忙赶到三块堂。文三块回来，菊花想要道歉，却被文三块告知自己准备娶丁紫玉为妻的事实，菊花冲动之下对文三块动手，被车母制止。文三块将这些年诸多不满倾吐而出，二人关系破裂，菊花当下打电话个给于世勋，说要和文三块离婚。于世勋听到消息之后喜极而泣。菊花回到娘家，想起这些年所受的诸多委屈，更是坚定了一定要离婚的决心。张宗翰焦二爷等人苦劝文三块，未果。车母亲自去跟文三块求情，希望文三块能够和菊花解除误会，破镜重圆。然而文三块并没有同意。菊花下嫁于世勋，于世勋扬眉吐气，好不痛快。三块堂，新婚的文三块心神不定，丁紫玉和文三块诸多生活习惯产生冲突，文三块想到菊花，若有所思。于世勋酒醉，对着菊花倾诉衷肠，菊花被于世勋真情感动，表明一定会和于世勋好好过日子，于世勋欣慰不已。新婚早上，丁紫玉准备了西式的早餐，文三块很是不习惯。

丁紫玉将医院设计图拿给文三块，建议文三块开医院，文三块很感兴趣。丁紫玉建议文三块跟自己去国外考察医院，学习西方的先进技术，文三块不放心北京的病人，拒绝了，丁紫玉一个人出国考察。车站，王次长送别了身体痊愈的海东升出国留学。于世勋送古玩给王次长把玩，在王次长边上说了不少文三块的坏话，王次长对文三块异常看不顺眼。为了让菊花过上最幸福的生活，于世勋请了十几个佣人贴身伺候菊花，菊花很不适应。京城富商孙广才的儿子病了，文三块发现孩子患的是先天性心脏病，没有医治之法，除非换心，说者无意听者有心，孙广才决定不惜一切代价一定给孩子弄一颗心。文三块看好了房子，跟张宗翰商量好了，准备开医院。马金成的太太病了，肚子里长了几十条大虫子，张宗翰请来了文三块，一起会诊。文三块开出了毒药药方，将服用方法详细的告诉给了病人。马金成将信将疑，自作主张把药分成三份，病人吃死了。贾贵带着尸体来到三块堂闹事，事情闹得沸沸扬扬。于世勋得知此事之后，决定推波助澜，让文三块永无翻身之地，在于世勋的授意下，马金成把文三块告了。听说文三块有了麻烦，焦二爷变着法儿的想办法救文三块。

由于王次长从中作梗，文三块被抄家查办。文三块将成元等人交付给张宗翰，自己带上行李独自远行。听说文三块的事情，菊花心中担心，表面却还做出一副痛快的样子，和车母产生冲突，回到家后，车菊花痛哭发泄心中委屈，更加深了对丁紫玉的怨恨。文三块离家出走，焦二爷心中暗暗担心，派手下四处寻找文三块的下落。于世勋指使手下打晕了文三块，抢走了文三块最后的家当，文三块醒后只能和一群叫花子寄宿在破店之中。破店的掌柜的看文三块身无分文，并没有收取文三块住店的费用，文三块很感动，看到掌柜的有歪嘴的毛病，写了一个纸条，介绍掌柜去看病。听说文三块是一个大夫，一个叫花子求文三块给自己治疥疮，文三块教花子用铁锈治疗。歪嘴掌柜带着纸条来到张宗翰的诊所，大家这才知道文三块住在花子店里。成元和绿袖来探望文三块，请求文三块回去，文三块铁了心不受别人接济。听说文三块落魄了，富商孙广才很是高兴，这下文三块一定会收自己钱给孩子换心了!孙广才带了钱请文三块治病，被文三块拒绝了。焦二爷把上好家具送去花子店，被文三块原样退回，为了清净，文三块搬走了。菊花心中仍然挂念文三块，于世勋很是失落。文三块在街上摆了一个摊子，靠写家书谋生。绿袖用菊花给的钱替文三块租了一间房子，文三块总算安顿下来了。听说孙广才找文三块给儿子换心，于世勋顿觉这是跟文三块作对的好机会。

孙广才再次来找文三块，诊金加码到五千大洋，文三块不为所动，贾贵受于世勋指使来文三块的住处请孙广才，被成元看到，将此事告知文三块，文三块一切了然于胸。文三块在街上摆摊，受尽了冷眼耻辱，文三块一口闷气憋在心中。游方和尚再次遇到文三块，看到文三块不仅落魄，而且心中愤恨难平，交给文三块一张字条，希望能够让文三块平定心性，再成大业。孙广才再次来到文三块住处，以一万块大洋和三块堂的地契作为诊金，文三块终于答应了。于世勋听说文三块答应给孙公子换心，自己的计谋得逞，于世勋很是得意，就等文三块手术做完，当场逮捕文三块。文三块假意给孩子换心做手术，贾贵带了一队宪兵来逮捕他，他当面戳穿了于世勋的阴谋，贾贵悻悻的走了。文三块对孙广才表示自己手中有可以救他儿子的秘方，他不要钱，只要三块堂，孙广才从于世勋手里花了大价钱买下三块堂，文三块几番波折终于重回三块堂。丁紫玉国外归来，在丁紫玉的支持下，家业重新振兴了。丁紫玉的母亲去世，丁福天受到打击病倒了，绿袖细心照顾，二人产生感情。

文三块跟张宗翰定下了医院的名字——文翰庐，取文三块的姓，张宗翰的名，同时定下了成元和馨月的婚事，这双喜临门，两家都很是高兴。紫玉买了一辆自行车回来，带文三块来公园学自行车，刚巧撞倒了在公园玩耍的学谦，遇见菊花于世勋夫妇，于世勋借题发挥损了文三块几句，文三块很生气，态度强硬，引发了菊花的不满。文三块的医院开张，菊花看到文三块做的有声有色，心里很不是滋味，往日万般委屈涌上心头，对丁紫玉恨得牙根痒痒。菊花买了一瓶硫酸，准备报复丁紫玉。绿袖准备和丁福天去南京，临走和菊花辞行，刚好碰见菊花用硫酸在猪肉上做实验，心下明白大半。孙广才带着两个孩子来感谢文三块，文三块看到当初病怏怏的孩子活蹦乱跳很是欣慰。菊花来到医院门口，伺机向丁紫玉泼硫酸，被车母点了穴带走了。绿袖带菊花来到教堂，在教堂的钟声中，菊花感受到了异常的宁静，放下了心中的戾气。政府下令取缔中医，文三块决定去南京为中医请愿游行。学谦生病，久治不愈，菊花万般无奈来到三块堂请文三块为学谦诊病，刚巧碰上文三块准备出门去南京。文三块来到于家，于世勋很是不情愿，文三块不计前嫌治好了学谦的病，于世勋听从菊花的话跟文三块讲和，文三块没有接受，于世勋丢了大面子。日本大规模侵华，菊花女儿成琳担心于世勋当汉奸，菊花答应规劝于世勋。

北平警察重组，于世勋靠着给日本人送礼，仍然安稳的坐着警察局长的位置，菊花劝于世勋不要做局长，于世勋表示自己也不待见日本人，可是为了一家的生活自己也实在是无奈。张宗翰因为没有给日本人鞠躬行礼被日本人欺负，焦二爷路见不平把几个日本兵撂倒，却寡不敌众被群殴，高木司令听说自己一直拉拢的焦二爷被打了，赶紧叫吉野队长来道歉，焦二爷并没有买账。吉野提出要组建保安队的事情，焦二爷一口回绝，吉野想要对焦二爷不利，被于世勋拦了下来。日本人来没收中医院，遭到了大家的抵制，文三块被带到了高木面前，高木要求文三块为自己治病，文三块借着看病之名，狠狠地奚落了高木。高木并不在意，他提出要让文三块继续当医院的院长，文三块拒绝了。高木警告文三块，如果他不同意当院长，后果很危险。阎司令中了枪伤，连夜来到文三块住处，把他打鬼子的遭遇告诉给文三块，文三块安抚阎司令，安心养病。一清早，贾贵敲开了三块堂的门，催促文三块赶紧跟鬼子回话，并且要把文三块抓走，被赶来的焦二爷制止，悻悻而归。焦二爷和阎司令碰面，商量打鬼子大计，想要把北平的日本军官一网打尽，当晚，阎司令和文三块喝了酒，打鬼子去了，临行，文三块将祖传黑药赠予文三块。阎司令刚走，贾贵就以文三块叛变为由带走了，证据就是阎司令手上的黑药。在日本军营，文三块亲眼看到阎司令被处决，心痛不已。

成琳和学谦半夜贴标语，学谦被贾贵抓住。于世勋赶到宪兵队的时候，学谦已经被打得不成人形，高木表示只要学谦把组织名单交出来，就放了学谦。学谦骂于世勋是日本人的狗，于世勋生气的拿出腰带抽打学谦，学谦晕了过去。菊花听到消息之后焦急不已，绞尽脑汁想要把学谦救出来，成琳把学谦进了宪兵队的事情告诉了文三块，求文三块想个办法救学谦，文三块想到一个妙计，他亲自配了一副假死药，想要通过这招浑水摸鱼骗过日本人。于世勋跟高木提出，学谦很听菊花的话，让菊花来学谦一定有效，高木答应了。由于焦二爷不跟日本人合作，日本人将焦二爷的产业全面查封，焦二爷发誓一定要给日本人点颜色看看。菊花和于世勋来到牢里探望学谦，菊花看到学谦惨状心痛不已，借着给学谦喂饭的空挡，菊花将纸条和假死药塞到了学谦的手里，半夜学谦吃下了假死药。 第二天早起，于世勋故意和学谦产生冲突，学谦假死药发作，日本人以为学谦死了，同意于世勋领回尸体，好好安葬。于世勋和菊花带着学谦来到郊外，文三块等人在暗处接应，于世勋放走了学谦。日本人持续给文三块施压，文三块始终不为所动，高木想要对文三块不利，被于世勋劝阻了下来。日本人发令，全北平将时钟调快一个小时变为日本时间，文三块不肯，贾贵警告文三块如果再不拨钟，就要对文三块不利。

当晚，文三块交代后事，就算死也不肯向日本人妥协，全家为文三块的安危担忧不已。早餐后，丁紫玉将mi药放在茶壶中骗文三块喝下，文三块醒来发现自己被绑了起来，恼怒不已。成元把钟拨快了一个小时，刚好被成琳看到，成琳赶来将文三块松绑，刚好碰上贾贵来检查钟表，文三块再次表明自己立场，贾贵把文三块带走了。丁紫玉求菊花想办法救文三块，菊花答应了。当晚，菊花求于世勋救文三块，于世勋束手无策。高木给了文三块三天时间考虑，如果他同意当院长，就放了文三块。焦二爷召集弟兄们，组织抗日活动，一时间北平城不少日本兵被杀，日本人很是愤怒，下令一定要找到幕后黑手。菊花来到三块堂，让丁紫玉从病人的角度说动文三块，为老百姓看病。紫玉来到牢房探视文三块，用老百姓的生命来劝说文三块，文三块终于答应了，但是提出要开一个就职庆典。就职庆典当天，文三块按照中国时间来到现场，对大家讲明为什么自己会出来当院长，并且表示穷人看病不仅不收诊金还送药费，老百姓拍手称快。

就职庆典之后，大伙聚在三块堂，对文三块的演说拍手称快。文三块从看病必收三块大洋，到现在免费治病还赠药，有了很大的转变，众人问起了当年收三块钱的原因，文三块这才将缘由娓娓道来——当年自己的父亲悬壶济世，常常给病人义诊，然而自己生病，却少了三块钱药钱，病死了。从此之后，文三块立下规矩，治病一定要收三块大洋。后来文三块遇到了张宗翰等人，被大家感动，才慢慢转变。焦二爷的反日活动愈演愈烈，日本人的警惕越来越严密了。高木怀疑焦二爷和暗杀组织有关，叫于世勋密切关注焦二爷。于世勋劝告焦二爷不要再跟日本人对着干，但同时也跟焦二爷表明心迹，自己是绝对不会出卖焦二爷的，焦二爷听到这番话，顿感安慰。北平爆发瘟疫，海东升作为日本方面的医疗顾问回到北平，日本人下令，瘟疫病人不需救治，集中拉到城外消毒，名为消毒实际就是活埋。日本人来中医院抓病人，老百姓都不敢出门就医，文三块收拾出家中后院偷偷救治病人。绿袖和丁福天回到北平，丁福天和日本人交往密切，绿袖非常担心。徐掌柜被当做瘟疫病人带到郊外消毒，文三块焦二爷得知消息之后伤心不已，文三块发誓一定要将瘟疫治好。文三块找到高木，探讨治疗瘟疫的办法，碰见了久违了的海东升。文三块表示自己有防止瘟疫的特效药，要求高木同意自己给病人治疗，高木没有同意。

吉野为了文三块的事情头痛不已，贾贵向吉野献计，要吉野扶持张宗翰成为另一个医院的院长，这样一来就可以把文三块的嚣张气焰打消下去。贾贵来动员张宗翰，吃了钉子。连续两次过后，高木主动来请张宗翰，张宗翰并没有买账，回去后，高木叫来贾贵，询问张宗翰的家庭情况，要贾贵从张宗翰的亲人方面入手。张宗翰的侄子国良被日本宪兵队抓走，高木拿国良的三根手指威胁张宗翰，张宗翰在宪兵队领回了伤痕累累的国良，心痛不已，一边是血肉亲情，一边是国家大义，张宗翰很是为难。成元想要将事情告诉给文三块，张宗翰担心文三块惹麻烦，拒绝了。为了不做汉奸，张宗翰决定今后不再行医，日本人知道之后，将国良和馨月捆了起来，用他们的生命威胁张宗翰，张宗翰仍然不为所动，高木将二人放了，三人抱头痛哭。高木听说张宗翰对皇帝很是忠诚，用皇上的圣旨压制张宗翰，张宗翰深感皇命难违，主动找到高木司令官，答应了和日本人合作的请求。

当晚，张宗翰写下遗书，穿上了自己最重视的朝服，为了不违背自己不做汉奸的原则，饮下毒药自尽了。张宗翰的死给了文三块很大的打击，焦二爷听说之后发誓一定要给日本人好看。学谦乔装打扮，又一次回到了北平。文三块仍然为瘟疫的事情奔波，收治了很多的病人，眼看事情就要露馅了，成元建议给日本人下毒，让日本人也染上瘟疫，文三块开始着手给日本人下毒的事情。听说文三块收留瘟疫病人，贾贵带着人来搜查，文三块将病人偷偷藏入药房之中，日本人毫无收获，悻悻而去。日本人查得紧，焦二爷和文三块开始着手送病人出城的事情，病人乔装成要饭的被日本人发现，全军覆没。成琳和组织上的人接头，才发现跟自己接头的人正是学谦。高木发现死了的乞丐都是焦二爷的手下，对焦二爷和文三块密切关注了起来，文三块苦于没有办法给日本人下药，成琳提出她有办法。成琳找到了给日本兵当厨子的林师傅，软硬兼施，林师傅无奈之下同意给日本人下药。 文三块准备给日本人下药，怕日本人拿家人威胁，用调虎离山之际将门口盯梢的人调走，全家人趁这个功夫全部转移。日本士兵毒发，海东升建议高木请文三块给军人看病，高木同意了。文三块同意给日本人治病，前提条件是高木同意他医治所有的瘟疫病人，高木想要用文家人威胁，却发现文家只剩下文三块一人。

文三块发现高木咳嗽，断定他过几天必有大病，高木并不相信。丁福天和绿袖来到警备所劝服文三块，希望文三块能够为家里人着想，给日本人治病，文三块表示自己实在无法忍受日本人的暴行，就算舍生取义也在所不惜。丁福天表示让文三块先答应日本人，自己会全力劝服高木，让百姓拥有就医权。文三块发觉丁福天和日本人交往过密，丁福天表示自己确实在和日本人合作，但是他合作的目的是为了救老百姓，文三块表示难以理解丁福天的汉奸行为。贾贵从车掌柜手上拿到一张治疗痢疾的祖传秘方，呈给了高木。高木有了秘方，认为文三块无用，放走文三块，目的是引出文三块收留病人的证据。文三块一回家，高木就带着人搜查三块堂，将文三块抓走，想要枪毙文三块，没想到车掌柜的秘方加重了士兵的病情，车掌柜也被抓了起来。成琳和学谦二人终于成功的将病人送出了城。高木表示，只要文三块肯给日本人治病，就放了车掌柜，于世勋劝说文三块，文三块不甘心，明明眼看着老百姓就有救了，文三块陷入了巨大的矛盾当中。高木拿车母的性命要挟，文三块终于同于救治日本人，车掌柜回到家，伤重不治身亡。成林告诉文三块，日本人要去根据地扫荡，文三块用一副药将日本人送到了游击队的枪口下。

丁紫玉回到家，她已经知道了丁福天和日本人的关系，她要求父亲跟日本人断绝来往，丁福天坚定地认为自己的道路是正确的，不肯改变。成琳和学谦开会，才发现原来自己的外公丁福天是民族败类是个大汉奸，组织派学谦回来，就是要执行秘密任务，刺杀丁福天，成琳知道之后，震惊不已。高木发现焦二爷最近连门都不出，非常反常，叮嘱贾贵一定要严加防范。焦二爷看贾贵早就不顺眼了，他买通了剃头匠，希望能够把贾贵弄死。剃头匠来到侦察队，因为害怕，并没有得手，贾贵和青皮展开了激烈的枪战，青皮被贾贵打死，日本人包围了焦二爷的酒楼，焦二爷拒不投降，带着手下和日本人同归于尽了。学谦和成琳准备暗杀丁福天，成琳犹豫不已，最终被民族大义占了上风。菊花在家附近看到了乔装打扮的学谦，担心不已，嘱咐成琳如果见到学谦一定要他抓紧时间离开北平。菊花在三块堂遇见了文三块，这么多年二人 第一次在一起心平气和的交谈，成琳表示过今天文三块生日，一定要在酒楼请上所有的亲朋好友，大家一起热闹热闹。

文三块的生日宴，大家都很尽兴，多喝了几杯。绿袖和丁福天在酒楼跟大家告别，成琳故意拖住了绿袖夫妇，蒙面的学谦趁机开枪把丁福天打死，混乱之中，菊花认出了学谦的身影。尽管成琳完成了组织上交代的任务，但心中却对家人很是愧疚。菊花审问成琳，丁福天是不是学谦所杀，成林坦诚相告，菊花愤怒不已。学谦找到菊花，菊花劝说学谦不要再做这些危险的事情，学谦警告菊花，如果父亲仍然给日本人当走狗，自己就只能大义灭亲了。高木的咳嗽越发的严重了，海东升束手无策。日本人最近严抓革命党，菊花听到消息之后心急不已，她一定要找到学谦劝说他离开北平。学谦和成琳在据点开会，菊花发现二人被特务跟踪，连忙赶去报信，成琳接到了新任务——干掉高木。特务来搜查革命党人，菊花为了掩护学谦成琳二人，中枪倒下。菊花死在了三块堂，于世勋赶来之后悲痛不已，发誓一定要为菊花报仇。贾贵来到三块堂，要逮捕学谦，却被于世勋的手下抓了起来。成琳对贾贵这个汉奸痛恨已久，杀死了贾贵为民除害。于世勋不愿意再当汉奸，他孤身一人来到军备所，打死了小队长吉野和无数日本兵，英勇牺牲了。高木的咳嗽越来越严重，军医束手无策，只能请文三块诊治。

文三块来到警备所，诊断出高木的病，他掏出了毒药，表示就算是死，也不肯给日本人看病，这个时候，直子突然出现了，原来直子是高木的妹妹。直子感谢文三块当年的救命之恩，表示医生和病人是没有国界的，她恳请文三块再考虑一下，文三块果断拒绝了。车母每天晚上都去杀日本兵，用它们的脑袋祭奠菊花和世勋，却不小心中了子弹，文三块对取子弹束手无策，只能去找西医。直子为了哥哥的事情求文三块，刚好碰上文三块抢救车母，直子表示医生悬壶济世，如果是病人就算是日本的敌人也要治。直子不计前嫌给车母做了手术，这样的行为感动了文三块，文三块同意给高木治病。高木的肺部有积脓，必须用针刺穿肺部放出脓血，文三块将高木五花大绑，当头一盆凉水浇下，马上用针刺穿肺部，脓血流出。文三块讲明缘由，冷水浇头可以让心脏收缩，这样施针万无一失，高木敬佩不已。为了报答文三块的救命之恩，高木答应以后给文三块办一件事情。海东升被日本人抓了，文三块这才知道他是一名共产党，文三块决定一定要救出海东升。文三块求高木将海东升放出来，高木明着同意，背地里却还是把东升杀了。直子痛恨自己哥哥的所作所为，决定离开北平，成琳听说高木会去火车站，偷偷等在隐蔽处，将高木射杀。抗战结束，文三块带着家人缅怀因抗战死去的亲友。