宇文阀阀主宇文化及为取信于隋炀帝，命人去扬州大豪石龙处搜罗道家至宝《长生诀》进献，隋炀帝大喜。就在长生诀到手之际，辽东女侠傅君婥刺杀炀帝，无功遁走。 炀帝惊魂未定，却又发现长生诀为假。宇文化及为戴罪立功，受命去扬州追查长生诀及刺客下落。 自称扬州双龙的小混混寇仲和徐子陵私自扣下赃物被言老大发现，惨遭毒打。双龙幸亏得到因抵债卖身到包子铺做小妾的贞嫂时常救济，才得以不饿肚子。贞嫂因此受到正房恶大妇的欺负，寇仲戏弄恶大妇被发现，双龙惨遭〝烤乳猪〞后不甘再受欺凌，决心到石龙武场拜师学武。 宇文化及亲自来扬州抓捕石龙，想要得到石龙手中的长生诀。石龙不敌宇文化及，受伤借密道逃走。身受重伤的石龙在临死之前将《长生诀》托付给双龙。 宇文化及带兵追踪双龙，双龙逃跑途中巧遇傅君婥。

文化及亲自出手抢夺《长生诀》，傅君婥仗义出手迫退宇文化及，但自己也身受重伤。 双龙守候傅君婥期间昏睡过去，傅君婥好奇取走《长生诀》，并告知二人此书对他们毫无用处。寇徐二人试图要回《长生诀》，傅君婥故意耍弄二人。 丹阳城内，在酒楼中三人遇到岭南宋阀少阀主宋师道，宋对傅君婥一见倾心，傅却对其冷眼相对。傅君婥给双龙银两，欲送双龙出城逃走。双龙却仍然对《长生诀》耿耿于怀，并误会傅君婥留下《长生诀》的用心不良。 傅君婥识破双龙在饭菜下蒙汗药出手教训双龙，但双龙凭借体内被封印的内力自动护体，竟将傅君婥震的晕了过去。双龙成功取回《长生诀》，并逃出丹阳。 傅君婥醒来后追踪两人，遇隋兵围捕，宋师道出手相救。君婥昏迷期间忆起成为杀手经过。 北坡县境，寇徐偶遇官差，情急之下冒充宇文家的公子，知县胡途把二人的行踪报告给了宇文成都，成都当即率兵前往感。 胡途带双龙视察北坡县境，恰遇北坡县因饥荒民变，双龙摆出宇文化及的侄子身份威胁胡县令，胡途县令不得已开仓放粮。正在发放粮食，傅君婥来到当场。胡途问起傅的身份，双龙胡言乱语，称傅是他们的“小娘”。 宇文成都带兵来到，宋师道赶至，绑架成都逼其退兵，将傅君婥及双龙救走。 傅君婥试探双龙内功发现双龙体内怀着百年内力。宋师道邀双龙及君婥到宋阀疗伤及暂避峰。

双龙被傅君婥真情打动，主动认傅君婥做娘，并得知傅君婥乃辽东武学大宗师傅釆林的徒弟。 双龙心甘情愿将《长生诀》送给傅君婥，傅君婥太过喜爱二人，传其师门九玄大法，却被二人高得离谱的天分震撼。 宋师道已经深深的喜欢上了傅君婥，愿放弃少阀主之位，与其亡命天涯，但族叔宋鲁却不同意，并将宋师道绑了起来。 宇文无敌夜袭宋阀，擒获双龙要挟君婥，次日到西门校场用《长生诀》交换双龙。 君婥到西门校场救双龙，不敌宇文化及，被打至重伤，宋师道至救走君婥及双龙。 傅君婥重伤身死，临终托师道照顾双龙，双龙发誓报仇。 两人为报深仇，强行修炼傅君婥传授的“九玄大法”，却不慎走火入魔，寇仲眼盲，徐子陵腿瘸。双龙心灰意冷之下，带着《长生诀》，离开了傅君婥的墓地。 杨广怪罪宇文化及办事不力，罢免宇文化及本职。

宇文化及命宇文无敌全力追捕双龙及长生诀。 翠山镇，双龙因身体残疾又被众小孩戏弄而不支，三味斋张伯相救。双龙想要离开，张伯却出于好意，以三月为期，要双龙为其打工。 两人做事手脚不灵便，被泼皮寻衅滋事，二人伤上加伤。双龙修炼《长生诀》疗伤，却毫无效用。寇仲欲拼上性命，再度修炼九玄大法，却被徐子陵阻止，二人撕扯之下，《长生诀》落入水中。 双龙将《长生诀》放在火上烘烤，却被二人误打误撞的发现了《长生诀》“水火交融，真经方显”的秘密。 双龙按照真经上的方法修炼，残疾尽去，恢复如初。两人边做事边练功，内功均大有长进。泼皮再来闹事，被双龙轻易打发，《长生诀》威力初显，泼皮们也深服二人。 双龙在翠山镇的名头渐显，张老伯张罗给二人娶亲，子陵推辞。 双龙在店里做事，被一行脚商认出。隋朝各地战火四起，炀帝要宇文化及官复原职，重掌兵权。宇文化及得到双龙的消息，派宇文无敌带人捉拿二人。 双龙双双离开翠山镇，路上恰遇瓦岗大小姐近身丫鬟素素迷路被骗，双龙赶紧救下。 隋兵来三味斋捉拿双龙，并将张伯抓起，被路过的李靖出手相助。隋兵杀人，一泼皮逃出，遇到双龙，告知镇中之事。 双龙回到镇中，隋兵将张伯杀害。李靖杀了隋兵头目祁老大，余兵一哄而散。双龙、李靖、素素逃离镇子。

路上，李靖传授双龙“血战十式”刀法。 隋兵追杀过来，四人终被宇文化及之弟宇文无敌等人截住。一番恶战后，李靖与宇文无敌两败俱伤。 四人逃到一废弃的村落中。为救受重伤的李靖，双龙留下素素照顾李靖，两人却去丹阳城冒险抓药。两人得到药后，却被隋兵发现。徐子陵要寇仲将药送回，自己却转身挡住追兵。 寇仲含泪离去，徐子陵身陷重围。徐子陵被擒，寇仲将药送回后，把《长生诀》暂时交给素素保管后，立刻回到丹阳去救子陵。 寇仲以《长生诀》的下落诱惑宇文无敌，要他先治好子陵伤势，宇文无敌只好答应。 道观内，双龙故意胡言乱语惑人耳目，实际上却千方百计试图逃脱，但就要成功的时候还是被宇文无敌识破。 隋兵押着双龙来到茶棚休息的时候，双龙巧施妙计引隋兵与东海派单婉晶争斗，从而借机逃走。 双龙欲投奔瓦岗寨，于是前往。却在海边遇到独孤策统领巨鲲帮帮众正在密谋，二人被发现。独孤策欲独吞《长生诀》拦住了追杀双龙的宇文无敌，但双龙却乘机逃上了东海号，躲到船上的仓库中。在船上，寇仲见到了李秀宁，惊为天人。 双龙从船舱中出来去找饭食，寇仲却正撞上李秀宁沐浴，结果被单婉晶等人捉住，两人吃足了苦头，东海夫人明白原委后，放了双龙。 李秀宁来东海号原来是其二哥李世民指示，试图得到东海夫人的帐册，逼李渊起兵造反，却被东海夫人拒绝。

双龙背后说单婉晶坏话，被单婉晶听见恼羞成怒。寇仲为讨李秀宁欢心，亲自下厨做饭，并将清风饭送到李秀宁处，李秀宁为掩饰其盗账簿的行径，反诬寇仲不轨，双龙被单婉晶绑起。 单婉晶要双龙学狗叫，就放过他们，双龙不堪受辱义无返顾跳下大海。 双龙在长生决的练功状态下，用真气打通了内循环的呼吸系统，在海中绝处逢生，成功上岸。 双龙见巨鲲帮正在此集结，二人乔装混入巨鲲帮，却得知巨鲲帮为了帐册要攻打东海号，双龙欲救东海派。 巨鲲帮偷袭之时，双龙发信号给东海号，东海号有了防备，逼得独孤峰与巨鲲帮只能正面作战。结果被东海派打败。 单琬晶虽然处处针对双龙特别是徐子陵，并一直认为自己对徐子陵只是恨。但是双龙失踪了，单琬晶又怀着复杂的心情难过起来。这个单纯的女孩还没有发觉自己已经喜欢上了徐子陵。 混乱中，李秀宁盗窃帐册，却被尚公逼退，跳入海中。双龙借着混乱也偷得一条小船离开，却遇到暴风雨，也双双沉入大海。 双龙、李秀宁都飘到一处荒岛上。李秀宁本来中了尚公的无形剑气，受伤严重，但双龙凭借《长生诀》，合两人之力消了无形剑气的伤害。 三人在荒岛上生活，李秀宁却不肯受双龙救助，结果误食毒蘑菇中毒。 寇仲为救李秀宁，不惜以身试毒，终救了李秀宁性命。 李秀宁心怀感激，说出了在东海号上反诬双龙的隐情，郑重向两人致歉，双方冰释前嫌。互通姓名后，李秀宁惊喜之余招揽双龙入李阀，双龙慨然答应。

李秀宁心焦帐册之事，并称此帐册能让宇文化及倒霉，双龙自告奋勇，要再去东海号为其盗取帐册。李秀宁传双龙轻身功夫鸟渡术，双龙却无论如何练不成功。 一艘巨鲲帮的船只来到荒岛，李秀宁因有伤在身，被擒。双龙其时正在悬崖之上，情急之下，跳崖来救，却将轻身功夫鸟渡术融会贯通，并成功救下李秀宁。 双龙劫持巨鲲帮的船只来到临安，去见李世民，却先碰到柴绍，柴绍以为两人是要饭的，口出狂言，双龙与其大打出手。 李世民殷勤接待双龙，待若上宾。柴绍与双龙争去东海号盗取帐册，李世民难做决定，要陈老谋用三天时间，传授双龙机关盗窃之术，酌情再作定夺。 柴绍见李秀宁对他冷淡，却对寇仲很是亲热，不禁醋意大发，李世民让他放心，说即使李秀宁变心，他也不会允许。 陈老谋为明师，双龙为高徒，三天之内，双龙就悟到了机关盗窃之术的真谛。

柴绍要验证双龙本领，以自己身上玉佩为目标，要寇仲盗取，寇仲在柴绍毫无察觉的情况下盗得玉佩，根据李世民事先的承诺，双龙争得去东海号偷账簿的任务。 双龙出发去东海号盗取帐册。 东海派尚明等人一直在寻找双龙，临安城外，经过精心安排，双龙装扮成店伴，与尚明在酒楼中巧遇，一行人前往东海号。 在船上，东海夫人对双龙礼遇有加。东海夫人识破单婉晶对徐子陵暗生情愫。 单婉晶一改刁蛮的性情，大胆向徐子陵表达爱意起来，这一切让原本下定决心偷账簿的徐子陵犹豫之际，就连“听声辨物”的功夫也使不出来了。

正在此时，宇文无敌突袭东海号，意欲抢夺账簿和尚公激斗正酣。见到仇敌，分外眼红的徐子陵神奇的恢复了功夫，乘机盗走账簿。单婉晶伤心不已，发誓一定要找徐子陵算账。 柴绍接应上双龙，拿到账簿得意忘形之际，被宇文成都抢走。双龙借助环境帮助，反而夺回账簿，重伤大意的宇文成都。柴绍认定双龙必死无疑，而回去复命。 寇仲拿账簿向李家提亲。只是两人之间悬殊的身份差距对他们来说是个跨不过去的鸿沟。李世民什么都可以答应双龙，但就是出于门阀之见坚决反对，而且利用拿家族利益逼迫李秀宁斩断情丝。 寇仲受此刺激，为失去李秀宁而痛苦万分，第一次感觉身份的重要性和被人看不起的痛苦，决定不再屈居人下。寇仲激愤之下口出狂言，要当皇帝从而把门阀踩在脚下。 双龙无意间来到池塘边，天上的明月倒映水中，双龙领悟井中月心法，在武道上又进了一步。 双龙返回李阀别院，当面向李世索取帐簿。李世民将帐簿交还给了双龙。 双龙离开李阀，欲投奔瓦岗，来到彭城时，却巧遇被瓦岗沈落雁追杀的隋将秦叔宝。秦叔宝被掌柜以及混混蒙骗，双龙仗义出手，自此与秦成为朋友。

秦叔宝传授两人十二擒拿截脉手。 双龙与秦叔宝刚分手，就遇到瓦岗沈落雁带人追杀而至，双龙故意指点沈落雁追往另一方向，而两人则追秦叔宝，欲告诉仇人来袭。 双龙追上秦叔宝，劝说其立刻逃跑，却遇到了彭城一位富绅欲强抢民女。秦叔宝英雄气概，执意不顾仇人追击，要前去相救，双龙无奈跟随。而女扮男装的单婉晶带领尚明及众好手为帐簿追杀而至，恰好看到了这一幕。单婉晶决定将计就计，偷偷跟随双龙前去富绅宅中，相机行事。 富绅宅中，双龙故意捣乱，将富绅娶小妾的场面搅和的一团糟。 单婉晶冒充蒙着盖头的新娘子，忽然出现在双龙面前。双龙大惊，带着秦叔宝欲逃，单婉晶紧追，刚到门口，却被发觉上当受骗的沈落雁用“捕仙网”一起捉住。 双龙、单婉晶以及秦叔宝被瓦岗沈落雁抓住，但东海派的尚公出来横插一脚，拿住沈落雁，沈落雁无奈之下，与双龙约下三天之内三擒三纵赌注。 双龙、秦叔宝逃跑，失去了踪迹，沈落雁召来了最善追踪之术的郑踪，对付三人。 东海派对双龙紧追不舍，秦叔宝得知原委，劝双龙把帐簿还给东海派，子陵找到单婉晶，还了帐簿道了歉。

在郑踪的碧眼金雕追踪下，三人几乎无所遁形，决定分头逃走，双龙杀掉碧眼金雕暂解威胁。 宇文无敌找到郑踪，胁迫他暗助宇文阀除掉双龙，得到长生诀。 沈落雁依仗郑踪将双龙围堵，却被及时赶来的单婉晶所救。三人一起逃跑，狂怒的郑踪紧追不舍，擅长奇妙隐身功法的郑踪给三人造成了极大的威胁，徐子陵为救单婉晶受伤。 寇仲、单婉晶最终依靠徐子陵的“听声辨物”合力杀了郑踪，逃过了一劫。 单婉晶向子陵表白爱意，子陵以母仇未报为由拒绝。单婉晶伤心离去，临走时称要在东海之滨等候子陵三年。 在双龙去瓦岗途中，又被沈落雁拦住，愿不计前仇，招揽两人加入李密的蒲山公营，遭到双龙的拒绝。

双龙来到瓦岗，正遇素素被李密之子李天凡调戏，翟让出头解决纠纷。双龙尾随翟让、素素等人到大龙头府，并约素素出来见面。素素来到约定地点，被李天凡强奸，神智失常。 翟让之女翟娇误会双龙为害素素之凶手。 双龙带素素摆脱翟娇，并为素素治病。但百般努力，却束手无策，翟娇更带人围困住两人，要取两人性命。 双龙在最后关头用长生真气治好了素素，素素向翟娇解释了误会，双龙随素素一起回了翟让府。

李密挟大胜余威回到瓦岗，已浸浸然有压过翟让之势。李密得知其子天凡强奸了素素，大为震怒，沈落雁却称自己有一计，可以为李密分忧。 宇文阀已经与瓦岗有所勾结，沈落雁答应了宇文化及，要帮助其抓住双龙。 在翟让府中，翟娇仍对双龙心存芥蒂，将双龙关在一处宅院。 翟娇中了沈落雁的反间计，误会双龙为李密的奸细。 翟让欲招揽双龙被拒。与此同时素素在双龙房间发现沈落雁刺杀翟让密信，心里忐忑不安。 李密邀请翟让赴宴，双龙悄悄跟随而至。 酒宴上，沈落雁给翟让喝的酒中下了“销魂散”的毒药，翟让却懵然不知。 双龙在跟踪翟让的路上，却发觉李密军正在暗中布置，心知李密可能要夺取瓦岗大权，瓦岗即将大乱。 双龙急忙赶回翟让府，欲带素素一起逃跑，但翟娇却误会双龙为李密派来的奸细，逼迫素素给双龙下毒，素素无奈答应。 就在双龙即将喝下毒酒的时候，素素心下不忍，抢过毒酒喝了下去，并最终说出真相，双龙大怒，欲找翟娇算帐。翟娇却早已带人埋伏在外，准备击杀双龙，就在双方即将火并的时候，翟让出现，稳住了局面。

为给素素解毒，徐子陵决定前去李密府中偷取解药。 当子陵从李密府中将解药取回时，李密也已经对翟让府发动了进攻。双龙自告奋勇去城外搬兵救驾，却发现军营早已被李密军消灭掉。 李密杀进翟让府，杀了翟让、翟娇，并绑了素素，双龙受重伤而遁，躲在瓦岗城的一间废弃民居中用长生真气疗伤。但李密、沈落雁很快就带人围住了两人。 双龙利用心理战成功从李密手中逃脱，并逗留在瓦岗城中试图设法救出素素。 这时岭南宋阀宋鲁、宋玉致来到瓦岗，与李密联系合作事宜。寇仲与宋玉致在街上巧遇。 双龙潜进李密府中，准备营救素素，却遍寻不获素素被囚之处，双龙于是绑了正在李密府中做客的贵宾宋玉致，试图用来交换素素。 沈落雁和双龙的追捕拉锯过程中，寇仲、宋玉致就象欢喜冤家一样，互相看不顺眼。 宋玉致几次试图逃走，均被寇仲识破和制服。几番较量中，宋玉致竟被寇仲身上的霸气所吸引。

李密被逼无奈，答应用素素换宋玉致，但实际上却是设陷阱，等双龙来投。双龙果然上当，在瓦岗一树林里，双龙被大批瓦岗围住，就要死于非命。就在危急关头，宋师道忽然出现，救了双龙的性命。并利用宋阀少阀主的身份，逼沈落雁放了素素。 双龙、素素、宋师道四人就此离开瓦岗，准备前往江都，对付宇文化及。 四人来到傅君婥的坟前，却遇到前来中原为姐姐报仇的傅君瑜，傅君瑜性子暴躁，将素素扣作人质，要寇仲、徐子陵杀了宇文化及后再来找她要人。 双龙来到江都城，巧遇了自小就对二人极好的贞嫂。他们为进宫见杨广，找到宋师道，并通过独孤峰的引见进了皇宫。

在皇宫中，他们发现隋炀帝杨广竟然疯了。 双龙查出萧妃暗中勾结宇文化及向杨广下毒。 双龙用长生真气治好了杨广的疯病，并趁机将宇文阀私自购买兵器的帐簿献了出来，杨广一见之下大怒，命独孤峰与双龙众人合谋设计宇文化及。 但是杨广不仅要杀宇文化及，还要同时对付现在江都的李秀宁和宋师道。双龙只好从皇宫偷偷潜逃出去，分别通知两人。 寇仲找到李秀宁的住处，得知李秀宁与柴绍即将成婚，当他还是去惠远寺见到李秀宁，李秀宁正为她祈福，两人凝神相望，恍若隔世。

寇仲告诉李秀宁杨广要向李阀问罪的消息，让她赶快想法避难。 早朝时，眼见宇文化及就要落入众人精心布置的陷阱，没想到李秀宁为了家族利益，事先通知了宇文化及，宇文化及得以逃脱一劫。 宇文化及脱险后，立刻发动政变，进攻皇宫，宇文成都也带大军从城外赶回。 双龙见大势已去，欲带杨广逃离皇宫，杨广却不同意，最终被宇文化及亲手斩杀。 双龙与傅君瑜、宋师道等人逃到贞嫂的包子铺，要带贞嫂一起离开江都，却被宇文成都追上，双龙杀了宇文成都，但也被宇文军团团围困在了包子铺中。 宇文化及赶到，双龙走投无路。关键时刻，贞嫂引火烧屋，为众人从密道逃跑赢得了时间，可自己却葬身火海。

出了江都城，双龙为了救治身受重伤的傅君瑜，来到了神医鲁妙子隐身的“药神谷”求医。 但鲁妙子却因宋师道的门阀子弟身份，拒绝为傅君瑜医治。 宋师道为了傅君瑜，抛弃了门阀子弟的颜面，跪求鲁妙子救人，并心甘情愿做佣人。 鲁妙子将众人一番刁难，并取了双龙的长生诀后，终于出手给君瑜疗伤。 宇文无敌发现双龙等藏匿药神谷，贞嫂恳求化及放过双龙，宇文化及表面答应，暗中却下令杀死双龙，夺回长生诀。

宋师道为救君瑜不惜犯险服下并蒂连心草医治君瑜，君瑜暗里被感动。 宇文无敌带人杀到，鲁妙子自告奋勇断后，要众人先逃。众人在山脚下，见到鲁妙子被逼的从山顶跳下了悬崖。 双龙、君瑜和素素随着宋师道来到了岭南。宋师道堂兄宋师远为了夺权，设计陷害宋师道。 宋师远控制了宋鲁，将宋师道陷害并关押在地牢中，并带人追杀双龙等人。 双龙等人逃跑，并得到曾经的扬州朋友桂锡良的帮助，在岭南隐藏下来，伺机营救宋师道。

宋玉致通知双龙，宋师道即将被送往毒龙洞中受刑。双龙决定与傅君瑜一起劫囚车，救出宋师道。 双龙、傅君瑜出手劈开囚车，囚车中的人却并非宋师道，而是宋师远。君瑜失手被擒。 双龙本已无法逃脱，但宋玉致为救双龙，敲响了宋阀的“镇阀钟”。宋师远误以为老阀主宋缺回来了，心中大惊，双龙趁机逃了出去。 宋玉致敲钟，犯了宋阀的家规，被宋智、宋师远软禁。 沈落雁、李天凡代表瓦岗前来岭南，商谈合作事宜，宋师远俨然以少阀主自居，私自做主把宋玉致许配给李天凡，宋玉致不从，被看管起来。

沈落雁李天凡得知双龙现在岭南，要与宋师远联手对付双龙。 双龙与桂锡良来到关押宋师道的牢房，不料被宋师远发现，还被其毒掌所伤。锡良舍命阻挡使双龙有机会逃生。可在此过程中，素素桂锡良被李天凡所杀。双龙与李天凡的仇恨又深了一层。 宋师远、李天凡、沈落雁等人对双龙紧追不舍，双龙慌不择路闯入禁地。 双龙得树液解毒大难不死。 李天凡向宋玉致吹嘘亲手杀了双龙，宋玉致欲刺杀李天凡被宋师远所制止。 双龙闯入洗刀崖，遇上宋阀阀主宋缺，双龙想让宋缺会回到宋阀，平定族中事变，但没想到宋缺修炼武功，早已走火入魔，神智都已不清醒了。 宋玉致逃出宋阀，也来到磨刀崖，想劝宋缺出山。

君瑜传授弈剑术予双龙，双龙准备去江都刺杀宇文化及。 大难不死的贞嫂已经进了皇宫，被宇文化及所迷惑竟爱上了宇文化及。宇文无敌见宇文化及沈迷女色，决定除掉贞嫂，被宇文化及发现制止。 双龙与傅君瑜摸清了宇文化及的行动路线，并最终出手刺杀，在最紧要关头，却见到了一直和宇文化及在一起的贞嫂。双龙及君瑜遭贞嫂阻拦，刺杀未遂带着贞嫂一起逃跑，傅君瑜对贞嫂行为十分气愤，双龙只得两面安慰。 双龙再次寻找到刺杀宇文化及的机会，却又被贞嫂当街拦住宇文化及，阻止他进入伏击圈，致使行动失败。 宋玉致不放心寇仲安危，也来到了江都。她留下暗号通知双龙，双龙与君瑜逃跑时看到暗号，双方会合。 贞嫂回到宇文化及那边，劝宇文化及放过双龙，宇文化及未置可否，背后却下令对双龙格杀勿论。

宋阀在江都的眼线宋应出卖了众人，宇文化及带人将双龙等人包围。宋玉致在手下的护卫下，逃离了江都。 贞嫂挺身而出阻止宇文化及杀双龙，双龙伺机带走君瑜安顿，回头再救贞嫂。双龙大战宇文化及，贞嫂为救两人，被宇文化及杀死。宇文化及的冰玄劲大发神威，杀了寇仲，又将徐子陵打入河中。 宇文化及的冰玄劲神功突破了第十八层，达到了第十九层，由于魔功反噬面部溃烂，戴上了青铜面具，行事也更加的乖戾无常。 宋玉致为了寇仲的尸身，孤身一人，以宋阀的名义来见宇文化及，想要回寇仲的尸体。宇文化及称寇仲的尸体早已被抛到了荒郊野外。宋玉致伤心异常。 奄奄一息的徐子陵被飞马牧场场主商秀询救起。

在飞马牧场据点，子陵在商秀询的精心呵护下，身体日渐恢复，但对以往的一切都失去了记忆。为治好子陵的失忆症，不懂医道的商秀询翻阅父亲鲁妙子留下的医书，照方抓药，还学起了针灸， 子陵忘了自己的名字，商秀询就叫他阿呆。 飞马牧场的大长老陶书盛居心不良，多次让亲信陶宝儿盗取商秀询的军神丹，均被子陵用听声功夫发现而未遂，牧场护卫耍弄子陵，也被子陵大哥人仰马翻。商秀询好奇他的身世，急于治好他的失忆症。 在东海之滨等着子陵的单婉晶随东海夫人来找商秀询，商谈生意上的合作，意外见到了子陵，子陵却毫无反应。单婉晶为了唤醒子陵的记忆，想尽了各种办法，仍毫无功效，见他对商秀询极为依赖，对自己却反而冷淡，更醋意大发。

飞马牧场大长老陶书盛一直与宇文成都暗中勾结，想得到商秀询的“军神丹”配方，以提升军力。陶书盛几次派人下手去偷，均被徐子陵察觉，宇文成都得知情报后动了杀机。 陶书盛借设宴招待东海派之机，在酒中下了蒙汗药，埋伏在外的宇文成都趁机带兵闯入，大开杀戒。尚明带伤去找单婉晶，把单婉晶托付给徐子陵后死去。徐子陵前去营救，东海派众人死在宇文成都刀下，徐子陵救出商秀询，带着单婉晶、商秀询逃往东海号。 在东海号上，宇文成都已先到一步设下埋伏，混战中单婉晶被宇文成都重创，徐子陵激愤之下，恢复了记忆，奋起神威杀了宇文成都。徐子陵抱起单婉晶，说他爱她，要娶她，用一生来陪伴她，单婉晶含笑死去。 安葬了单婉晶，徐子陵准备单身前往江都去报仇，商秀询劝阻，徐子陵说世上有些事须明知不可为而为之。

徐子陵单身去江都找宇文化及报仇，商秀询心念子陵安危，悄悄带人前往江都，准备暗中帮助子陵。 徐子陵来到江都，把江都城搅了个人仰马翻。宇文化及设下陷阱，子陵果然上当，但幸亏商秀询出手相救，才得以脱身。 宇文化及邀徐子陵长街相斗，徐子陵慨然赴约。徐子陵不是功力大成的宇文化及的对手，就在他即将被杀的时候，寇仲忽然出现救了子陵。 双龙与商秀询逃离江都城，却在路上见到了正前往飞马牧场的李秀宁柴绍。李秀宁见寇仲居然还活着，不禁喜极而泣。众人随商秀询去到飞马牧场的据点，暂时安顿下来。 寇仲与李秀宁旧情复萌，拥抱在一起，寇仲说等我杀了宇文化及，成了大势，就来娶你。 柴绍偷听到这些，妒意大发。

一神秘女子找到双龙，称若杀宇文化及，必先得到火神刀，但火神刀却藏在杨公宝库中。而开启杨公宝库的钥匙，却是长生诀。 这一神秘女子名叫绾绾，正是她救了寇仲，绾绾在寇仲昏迷的时候，用魔功施展“种魔大法”，在寇仲的心灵中埋下了一颗魔种。寇仲日后碰到她时，在魔功的影响下，将会对她产生亲切感，视她为自己的“有缘人”。 为得长生诀，双龙决定前去皇宫，到宇文化及的身边盗取长生诀。 双龙、李秀宁、商秀询、柴绍等人来到江都城门，巧遇前来寻找寇仲的宋玉致、宋师道，众人一起进了江都城。 寇仲周旋於秀宁与玉致之间，两头表白，两头卖好，把两人搞得心神不定，互相敌视。子陵敏感到寇仲怪异的行为，不禁忧心忡忡。 双龙得到婠婠帮助进入皇宫，但就在得到长生诀的时候，宇文化及突然出现，双方在争斗过程中，长生诀忽然成了碎片，这才知道长生诀竟是假的。商秀询告知双龙，其父鲁妙子本是个自私小人，他肯定是诈死，将假的长生诀给了双龙，而真正的长生诀一定还在他的手中。 双龙找到众人，一起出城。城已经被封闭，众人没有办法的时候，绾绾柔弱民女面目出现，帮助众人出了江都。

宇文化及追来，绾绾为了帮双龙等人出城，以纤弱之身阻挡宇文化及对寇仲的致命一击，受了重伤生命垂危。 众人来到飞马牧场据点，寇仲对绾绾感觉十分亲切。他耗费真气给绾绾治伤。 绾绾受伤严重，寇仲凭借自己的长生真气治疗绾绾，使她起死回生，寇仲因救绾绾真气耗尽日渐消瘦。 子陵和秀询则决定去药神谷，找鲁妙子索取真正的长生诀。 宋玉致李秀宁心疼寇仲，两人轮流伺候绾绾，改用药疗加食补治疗，绾绾诬告宋玉致投毒陷害，宋玉致前去质问，她又用刀割伤自己，说宋玉致要杀她，寇怒斥宋恩将仇报。

宋玉致气急告宋师道，宋师道前来找寇仲。 寇仲骂他们是忘恩负义的小人，为保护绾竟与众人拔刀相向。 子陵和商秀询来到药神谷，果然发现了鲁妙子的踪迹，但鲁妙子隐身在阵法中，说长生诀不可能给双龙。商秀询说，你交出长生诀， 我们的恩怨就一笔勾销。鲁说宝库绝不能打开，里面的东西会给天下苍生带来祸患，为天下大义只好牺牲你我亲情了。秀询再不肯原谅鲁妙子，与子陵离开药神谷。 宋玉致伤心之下，和宋师道商量一起回了岭南。和寇仲告别的时候，寇仲毫不在乎，宋玉致黯然离开。 李世民飞鸽传书着秀宁尽快把军神丹弄到手。 婠婠为令秀宁消除误会与寇仲结拜为兄妹。 子陵和商秀珣回来，见宋玉致等人已走，甚感蹊跷。 绾绾为得长生诀，要寇仲劝说子陵与商秀询成婚，以引出鲁妙子，但徐子陵已经发现了寇仲的异常，坚决不同意，寇仲十分生气。 原来，绾绾正是阴癸派的魔女，她与宇文化及已勾结一气，得长生诀既可打开杨公宝库，又可用长生诀真气为宇文化及治疗魔功带来的面部溃烂。 绾绾诱使柴绍趁商秀询醉酒，去盗取军神丹配方，而绾绾当其下手时，却大声疾呼报警，并趁大家捉贼之际拿走了配方。

傅君瑜从皇宫的关押处逃出来，偷听到了绾绾和宇文化及的阴谋，君瑜要向双龙报告，半路撞上了被气走的师道玉致等人，三人一起回来和绾绾算帐。 君瑜、宋师道、宋玉致等人半夜回到牧场，找到徐子陵和商秀询，几人设计要困住绾绾。 众人将绾绾困进库房之际，却被寇仲所救，寇仲更是和众人大发脾气。 因绾绾一直是以不会武功的面目出现在寇仲面前，众人决定，在寇仲面前逼绾绾露出武功，以让寇仲认清绾绾的真面目，同时也有足够的证据证明绾绾居心不良。 傅君瑜、宋玉致与绾绾动手，但绾绾狡猾异常，不惜自己受伤，也不在寇仲面前显露武功。 众人商量如何令婠婠露出真面目。

绾绾见傅君瑜等人对自己逼迫太紧，终于对傅君瑜起了杀心。她用易容术假扮成寇仲的样子，杀了君瑜。 君瑜身死，宋师道伤心异常。所有证据都指向寇仲，宋师道要与寇仲拼命，却被子陵阻止。子陵痛心之余，为了兄弟感情，劝寇仲逃跑，寇仲却并不领情。 宋玉致被绾绾刺激的失去理智，抽出宝剑追杀绾绾。绾绾正好可以跑到寇仲面前哭诉，寇仲一怒之下，带绾绾离开。

寇仲受绾绾控制，终于与众人完全翻脸，带绾绾冲出飞马牧场。 李秀宁得到李世民的飞鸽传书，知道绾绾乃是魔门中人，于是跟踪绾绾和寇仲。 秀宁告知寇仲婠婠为魔门中人真相，但寇仲已被种魔大法及对李世民的嫉妒影响，对秀宁的话完全听不进耳。 宋师道伤心之下与玉致离开，师道决心出家，让玉致回岭南掌管家族大权。 婠婠得知李秀宁已掌握了她的秘密，大动杀机。

绾绾对李秀宁下了毒手，并利用李秀宁的死讯，打开了寇仲最后一道心理防线，将寇仲完全控制。 绾绾带寇仲来到江都，让寇仲为宇文化及用长生真气治疗魔功大进所带来的面部溃烂，寇仲身不由己，任人摆布。 李密为了得到鲁妙子手中的长生诀，派沈落雁绑架了鲁妙子的女儿商秀询。 子陵为救商秀询，来到瓦岗，巧遇来救女儿的鲁妙子。鲁妙子说要用假书去换商秀询，徐子陵怕鲁妙子这样会激怒李密，于是决定自己去救秀询。 鲁妙子拿假书去见李密，果然被李密识破。鲁妙子虽不交出真正的长生诀，却表示愿意以自己一命换商秀询一命，商秀询大为感动，原谅了鲁妙子。子陵出现，将鲁妙子救出了李密府。 徐子陵再去李密府救人，却正遇寇仲、绾绾两人。原来宇文化及也派两人前来瓦岗，夺取长生诀，子陵救出了寇仲。

寇仲已经不认识子陵，但对子陵还是怀有一丝亲切感。子陵带寇仲去旧地重游，希望唤起寇仲的记忆，寇仲却怎么也不能清醒。子陵决定按照鲁妙子的办法为寇仲输入长生真气治疗，但这样一来，却可能使寇仲摆脱绾绾控制的同时成为无人可制的魔头。 子陵孤身一人去救秀询，却中了李天凡的埋伏，被李天凡抓住。寇仲忽然出现，救出了子陵和商秀询。 绾绾再次出现，控制了寇仲。

绾绾将寇仲带回了江都，但是寇仲因为受子陵输入他体内的长生真气的影响，不再完全受绾绾的控制。但仍寇仲时而清醒，时而糊涂。 子陵为救寇仲，和商秀询来到了江都。并写书信向李阀、宋阀求援，但李阀、宋阀众人均对寇仲耿耿于怀，未做响应。 子陵和商秀询被宇文化及带人围困在了宅院中，就在危急关头，宋缺赶到，牵制住了宇文化及与绾绾两人。而子陵趁此时机逃跑，寇仲追了上去。双龙与商秀询来到君绰君瑜墓前，寇仲羞愧难当，要自杀谢罪，被子陵秀询拦住。 绾绾追杀而至，子陵为了寇仲，被绾绾捉住送回江都皇宫。宇文化及与子陵动手，实际却是趁机偷学子陵的长生真气的奥秘，子陵上当。宇文化及修炼魔功所带来的危害渐渐消除。 寇仲与商秀询来到了宋师道出家的“静念禅院”，寇仲向宋师道认错，宋师道不理，李秀宁出来才道出真相，宋师道才原谅了寇仲。李秀宁告诉寇仲，她被绾绾所伤后被师妃喧所救。绾绾追踪而至，她再次控制寇仲，正当局面就要失控的时候，江湖正道年轻高手师妃喧突然出现，挡住了绾绾的攻势。

寇仲所中的魔道邪法，被静念禅院的帝心尊者所破解。 寇仲清醒后，与秀宁等人一起前往江都，准备与宇文化及一拼生死，并救出子陵。 寇仲装作仍被绾绾控制的样子，接近了宇文化及与子陵，突然对宇文化及发起攻击，绾绾拼着受伤，挡住了寇仲的刀。 双龙不是宇文化及的对手，在关键时刻，鲁妙子出现，带来了可以克制宇文化及魔功的火神刀。魔功大成的宇文化及竟对火神刀毫不畏惧，双龙不敌宇文化及，鲁妙子舍命救出双龙。

宇文化及中了双龙一记长生真气，却大为欢喜，因为他就要再次突破屏障，达到武功的最顶峰。宇文化及闭关修炼，将一切事务交给绾绾处理。 李世民带大军来到江都城下，绾绾凭借超妙轻功送信，统合了宇文阀的军队，李世民吃了大亏。双龙等人在师妃喧的帮助下，截下了绾绾，并将绾绾杀死。李世民的李阀军队终于大胜，打进了江都城。 双龙等人杀进了皇宫，宇文化及也恰好魔功大成，摘了面具，正准备登基称帝。双龙大战宇文化及，互有胜负，但最后宇文化及以隐身战法将两人重创。鲁妙子带长生诀前来助阵，被宇文冰玄劲所伤致死。 宇文化及夺得长生诀後逃进秘道打开杨公宝库，双龙追至。最终，双龙凭借阴阳真气合一，合力击杀了宇文化及，将其打入了杨公宝库，成功的报了大仇，也遵照鲁妙子的嘱托，永远封存了宝库的秘密。 秀询深知子陵心性，与子陵吻别，要回飞马牧场，告诉他因为知他爱他所以不能勉强。 寇仲不愿再伤害自己心爱的人，他分别向秀宁和玉致道明了心事，推辞了两边的婚事。 寇仲再度踏上了征途，却一眼看见子陵正在前方等着他。