和超能力者大友保持对立关系的物理学者金冈胜，在大友的表演舞台上作为参与者，接受瞬间移动表演时消失了。警视厅搜查一课认为，由于金冈胜债台高筑所以玩人间蒸发，这起事件并不形成案件。与此同时在失踪人搜查课内，阔别七年回到现场的刑警高城贤吾赴任了。高城贤吾和明神一起行动，开始了对今冈失踪的调查。法月和醍醐去找负责录制大友瞬间移动演出的节目组制作人，并从大友的助手田代清美处得知了瞬间移动的圈套。随即，高城和明神还从今冈的女儿美咲处得知，表面上大友和今冈是敌人私底下其实是非常要好的朋友。并且大友也告诉他们，今冈为了拿到演出费用还钱所以扮演自己的敌人，但为了女儿已经决定演出当天是他最后的表演了。高城从大友处得到了不少搜查资料，在书类中，发现了大友的老前辈魔术师横井偷走了大友的瞬间移动圈套，横井很嫉妒大友的成功，所以很可能是他为了让表演失败，绑架了今冈。

某天晚上发生了年轻团体乱斗事件，参与的人当中一个名叫南田春树的年轻人在现场失踪了，当天他本来要从学校毕业的。这个在学校成绩优秀个性开朗的年轻人，如今神秘失踪立刻引起媒体的大量关注，失踪人搜查课也开始了调查。春树失踪前很可能曾经卷入250万掩口费、恐吓等等事件，法月和醍醐两人去找引起打斗的两方社团老大阿健和良夫文化，却一无所获。另一方面，春树的父母告诉高城和神明，坚决不认为儿子是离家出走或者人间蒸发。高城却发现这对夫妻似乎隐瞒着什么。春树突然发短信给母亲美奈子“我很好，不要找我”，根据森田的调查显示，春树在失踪第二天就以“富泽光”的名义，利用伪造的护照飞往洛杉矶，并飞快再次返回日本。公子在春树的建议下在卡拉OK店里安装了防盗监控器，发现阿健在店里贩卖违禁药品。

被称作神秘女王的人气小说家木下薰，在庆祝了得到最佳悬疑小说大奖之后，突然失踪了。高城和明神前往作为会场的酒店，到达时发现被告知被书迷们围在中间的木下薰，看着什么非常吃惊的样子，飞快地逃进了建筑物。失踪人搜查课于是开始朝着绑架监禁的可能展开调查。高城和明神在木下薰弟弟的协助下，对木下薰的家进行了搜索，结果在房间里发现了没有使用过的衣服鞋子，没开封的商品等等乱七八糟放得到处都是，更有心脏病的处方药等等，他们渐渐发现了这位著名作家不为人知的一面。另一方面，法月和醍醐从木下薰的编辑井村正树处得知，有关键性人物和木下薰的失踪有关，并且这个人是她的书迷。木下薰失踪后曾从银行取出许多现金，警方怀疑她和周围的人发生了金钱纠葛。

四年来一直深深躲在房间里，不肯见亲人的青年宫泽良雄，某天突然失踪了，他的母亲洋子声称儿子什么时候出去的都不知道，良雄身体健壮但性格懦弱不知是否被什么人带走了，高城等人于是开始就他自己失踪的角度展开搜查。从邻居们的口中得知良雄的事情，根据他前女友和母亲的证词表示，良雄和朋友立花智也曾组成了搭档，他希望成为职业音乐人，但实际上只有智也美梦成真。醍醐把良雄的经历和自己过去在职业棒球界经历的挫折重合了，和森田一起，找到了跟良雄通过交友网站成为朋友的千岁。千岁已经重病在床没办法发邮件了，那么到底是谁假借千岁的名义和良雄亲密来往呢。经常到良雄的房间里来帮他剪头发的发型师川原美树，也曾劝过和良雄和智也谈谈。

本身成绩很好又是学校网球部主将的初三学生里田希，在放学回家途中失踪了。小希很少不参加社团活动，也总是会告诉同学们自己去哪里，实在没人想得出她失踪的理由。小希的父亲直纪是某IT公司的社长，于是失踪人搜查课开始以绑架的可能性展开调查。但直纪也好小希的母亲爱华也好都以这是家庭内部问题拒绝协助调查。高城和明神从报警希望警方进行调查的小希的同学处，得知他们父女的关系并不融洽。法月和醍醐更发现由于直纪我行我素的独裁经营方式，让他跟很多人都有矛盾。直纪的叔父稻本，从前也是公司的顾问知道很多里田家的内情，警方开始得知直纪有一个同父异母的弟弟堀辰巳的存在，他曾经也是公司的人。由于直纪挪用公款，作为弟弟的他当了替死鬼离职了，直纪给了一笔补偿费用，现在他自己开公司并获得很大的成功，但是因为直纪的关系被迫离开公司，如果说他憎恨直纪那么也并不奇怪。高城和醍醐于是来到了堀的家，堀并没有在家里，但从监视器的录像里可以看到，小希曾经来找过堀，并且之后两人乘坐同一辆车离去，两人亲密得就像一对情人。

21岁女子野口波瑠搬家最后一天神秘失踪，报警的是她的朋友名村，波瑠的父亲是全球有名的钢琴家阿公，两人在两个月前其父的葬礼上认识。名村告诉高城和明神，波瑠其实是她父亲的教女，波瑠并不知情，本身是一名派遣清扫员。和波瑠是同事的某女性告诉醍醐和法月，曾经看到波瑠在清扫的秦综合医院和一名年轻男子吵架。经过调查警方发现，那名男子很可能是波瑠的青梅竹马敦史。另一方面经过森田的调查显示，失踪前波瑠的账户得到一笔三千万的钱，那是父亲留给她的部分遗产。波瑠其实是阿公的私生女。她的母亲可南子告诉警方，波瑠和名村其实是同父异母的姐妹，当名村知道这件事后表示很担心不知道波瑠会怎么想。行踪同样不明的敦史，曾经袭击过和波瑠交往的秦综合医院外科部长秦智人，并因此被捕。三浦等人向他问取口供，告之秦在外借了钱并和波瑠分手，敦史曾经看到因为结婚美梦破碎的波瑠痛哭流涕的样子。并且实际上秦和院长的女儿英惠有孩子，结果秦在被警方询问和波瑠的关系时，只是一笑置之。

在广告公司上班的女子远野果步失踪了，和果步同居的未婚妻奈良桥良介并没有报警，报警的却是果步的朋友阪下静香。静香曾经是警官，并且和高城是同期，两人有过数面之缘彼此熟识，高城的心理更一直有七年前案件的影子。经过高城和醍醐调查显示，奈良桥一个星期以前也已经下落不明，他们在两人的家里发现奈良桥和果步发生争执的痕迹并且还有微量血迹，两人很可能遭到了绑架。但是经过调查发线，奈良桥早就提走了自己的钱，公寓和手机也早就办妥了解约手续。看来奈良桥和果步是自己离开的，但高城却发现两人似乎是J情关系。果然，奈良桥是有分居的妻子和子存在的。和子知道丈夫和果步的关系，但却始终不肯离婚，更利用自己律师的身份向奈良桥施压搞得他失去了工作。三浦断定奈良桥和果步可能想要躲开和子的压力，结果被人绑架了。从现场的血迹鉴定结果看来，血型有两种，其中之一是果步的O型，但另一种和奈良桥以及和子的血型都不一样，看来绑架犯的血型是不一样的AB型。

港大学发生了爆炸事件，卷入其中的理事长占部俊光在送到医院后突然失踪了。占部让本来经营不善的大学急速成长，是一位非常了不起的理事长备受关注。眼下正在和森野学院进行合并的计划中。爆炸事件、占部的失踪、森野学院事务局长藤井碧的死，一系列的事件似乎都是为了阻止合并一事，警方于是就这个方向展开调查。高城等人从别人的口中得知，占部曾经从医院的消防通道离开，于是从这里开始追踪他的行踪。法月和明神更找了港大学的副理事长须藤，询问是否有人什么人阻止合并一事，须藤的回答让两人深感疑惑。