宇宙纪元７０年。为追求经济圈的确立，札夫特军(调整者)与地球联合(自然人)的摩擦以「血腥情人节」的悲剧为契机，发展成武力冲突。拥有MS的扎夫特军在各地都获得压倒性的胜利。浮在L5的中立国「欧普」的资源卫星「海利欧波里斯」。煌.大和是在该地的工业大专院校上学的学生。像往常一样去听讲的他，在那里遇上了扎夫特军钢弹夺取作战行动的现场。海利欧波里斯因为工厂各地发生的爆炸及侵入殖民地的MS基恩而陷入混乱。奇袭行动成功致使联合军秘密制造的五架最初的MS”钢弹”，有三架落入扎夫特的手中。煌在临近的工厂中寻找避难场所，偶然目击剩下的两架钢弹。在那里他遇到了潜入的扎夫特军人，过去的好友阿斯兰．萨拉。两人困惑不知如何是好。另一方面，工厂内的爆炸越来越大。地球军的事官玛琉．拉米亚斯的强拉煌一起进入攻击钢弹的驾驶舱。在红莲火炎中，钢弹现在即将站起。

在熊熊燃烧的火舌中，煌与玛琉进入攻击钢弹驾驶舱。虽然勉强逃离了爆炸的工厂，马上又面临等待的扎夫特的ＭＳ基恩！受伤且本就不是驾驶员的玛琉，自然无法驾驶钢弹。陷入遭受基恩攻击的大危机时，煌挺身而出代为操纵。他以令人惊异的速度修正了钢弹的ＯＳ。发挥攻击钢弹的潜能，以压倒性的力量击败基恩。逃过一劫的煌与友人被玛琉以知道军方机密为由，遭到拘捕。虽然不平，但也只能服从。同一时间，穆察觉拉乌的行动，也赶往海利欧波里斯。在战场相会的两架一边交战一边闯进殖民地里面。另一方面，被关在遭爆破的矿山内的娜达尔，组织剩下的几人一起启动大天使号。此时海利欧波里斯开始有令人害怕的鸣动。其中，拉乌控制的ＭＳ席古与攻击钢弹展开了战斗。煌被身经百战的拉乌玩弄在手掌心。即使有穆加入支持，形势依然不办。就在千钧一发的一刻，大天使号突破岩壁，现出其威容。

拉乌的席古攻击煌等人。此时大天使号在众人面前现身了。乱斗中，攻击钢弹瞄准拉乌射击，竟然将殖民地误击出一个大洞。众人都被那个威力吓得目瞪口呆。拉乌见势不妙，立刻脱离。煌等人上了大天使号。见到开动钢弹的人竟然是个小孩，这事实震惊了在场士兵。穆看出了煌调整者的身份。 另一方面，返舰的拉乌感到钢弹的性能是个崴胁，决定再度攻击。阿斯兰在未许可的情况下，擅自出击，驾驶神盾钢弹去找煌。被煌改写ＯＳ的钢弹除了煌，任何人都无法操纵。虽然煌拒绝操纵，但是面对敌人的逼近，煌并没有任何选择的余地。再度展开的战斗，又重伤了殖民地。煌击落了米盖尔的基恩。与驾驶神盾钢弹的阿斯兰在战场上又再度交手。两位少年为彼此的敌对立场而困惑。另一方面，身边的战斗也更加火热化。受到致命性伤害的海利欧波里斯，开始崩溃。

煌从崩溃的海利欧波里斯的宙域带着逃生艇一起返回大天使号。芙蕾也在那艘船上。大天使号采取前往友军军事卫星阿尔缇蜜斯的航路。拉乌在一度跟丢大天使号之后，又推算出大天使号的行动，采取了切断进路与退路的作战计划。归舰后，煌与托尔一起待在难民居住区。对于提出的维护钢弹的要求，煌反弹地表示自己并不是驾驶员。另一方面，被拉乌质问上次擅自出动原因的阿斯兰，表明了自己想劝服友人煌的意向，表发誓万不得已时，会亲自杀死好友。事态如拉乌所预料的，大天使号遭到前后夹击。战斗配置的警报声响起，托尔等人顾及煌的负担，自愿加入帮忙舰桥的工作。独自烦恼的煌被穆的话与朋友的行动打动，决定再次驾驶钢弹。引擎起动的同时，大天使号的特装炮发射了。彷佛以此为信号，敌舰也放出了ＭＳ队。煌在弹射器的位置上大喊“煌大和！钢弹出动！”

攻击钢弹面临被夺走的四架钢弹。煌与阿斯兰在战场上再度遭遇。决斗钢弹插入两人之间，暴风钢弹、电击钢弹也过来会合，战况极度混乱。另一方面，先行出击的穆突袭符泽琉斯号，严重受损的符泽琉斯号因而被迫脱离。向阿尔缇蜜斯的伞进攻的伊萨克、迪安卡无视撤退命令继续攻击煌。由于不适应战斗，消耗了大量能源的攻击钢弹的相转移装甲都自动失效，陷入大危机。此时，MA形态的神盾钢弹带走了煌。 互相冲突的想法，以及决别。在穆的支持下，煌换上重炮型攻击装备，勉强击退伊萨克等人。

勉强摆脱札夫特追击，大天使号逃进了阿尔缇蜜斯军事要塞。但是在那里等着的，是友军士兵对向自己的枪口。 大天使号的船员们遭到要塞司令官加路西亚软禁。虽然同属地球联合军，玛琉等人属于大西洋联邦，可是阿尔缇蜜斯是属于欧亚联邦的要塞。并非完全相同。加路西亚企图以大天使号和钢弹为礼物，藉此荣升回地球。加路西亚以友人为盾牌，要求煌解除钢弹被上的锁。同一时候，在远方的伽莫夫号正对阿尔缇蜜斯展开讨论。阿尔蜜斯一向以全方位光波防御带这个特殊的防御武器来击退攻击的敌人。然而，电击钢弹的幻象化粒子，却突破了这个防御武器。受到突然攻击的阿尔提蜜斯，里面的士兵因对光波防御带有绝大自信而纪律松弛，根本无法应付意料外的事态。煌趁机逃脱进入打击钢弹，迎击攻来的电击钢弹。然而外面还有决斗钢弹与暴风钢弹在攻击阿尔缇蜜斯。与电击钢弹的战斗导致要塞破损进水，煌与逃脱的大天使号一起离开了这个开始崩溃的无敌要塞。

利用扎夫特的攻击，大天使号脱离了阿尔缇蜜斯要塞。但是舰内物资不足的情况也变得更加严峻。在不安升高的同时，穆心生一计，让大天使号前往碎石带，想从被遗弃的船舰中取得物资。血腥情人节中毁灭的尤尼乌斯七号殖民地也在那地方。拉乌返回殖民地出席最高评议会的审查会以说明海利欧波里斯崩溃的来龙去脉。.他与国防委员长派屈克.萨拉串通，故意将内容导向打倒自然人的方向。托尔等人持续展开从尤尼乌斯七号残骸中搬走物资的作业。少年们在这漂浮的大陆亲眼目击了战争的现实面。煌遇到负责哨戒的侦察型基恩，那既基恩前往的方向正好就是大家搬运的现场。虽然祈求不要过来，基恩还是发现了托尔等人。在这千钧一发之刻，攻击钢弹打下了基恩。此时，煌头一次体会到自己夺走的生命的份量。然后，又在现场捡回了搭乘逃生艇的拉克丝.克莱因。命运的邂逅与哈啰一起降临。

碎石带中救回来的逃生艇，里面的乘员是一位少女与小机器人，拉克丝.克莱因与哈啰。现任殖民地最高评议会会长席盖尔.克莱因的女儿。天真烂漫的她，给紧绷的大天使号内部带来了奇妙的安祥和的感觉。唯一例外是，对调整者天生厌恶的芙蕾.阿斯达。同一时候，在符泽琉斯改造期间返家的阿斯兰又接到召集令。要求他去寻找未婚妻拉克丝.克莱因。大天使号舰桥为了如何处理拉克丝的事而一阵骚动。这时有则通讯传入。那是他们等待已久的救援之手。这个好消息让舰内的气氛又轻快起来。但是，扎夫特的符泽琉斯也正逼近这个救援舰队…。

期待已久的救援终于来了。大天使号舰内气氛一度暂时缓和。过来会合的是第八舰队的先遣队，蒙哥马利、巴纳德、以及洛。芙蕾之父，地球联邦外务次官乔治.阿斯达也在蒙哥马利舰上。但是，扎夫特的獠牙却不放过这个小舰队。大天使号见状不妙、赶往支持，看到的是被神盾钢弹瞬间击沉的巴纳德与洛。阿斯兰横亘在驾驶攻击钢弹出击的大和煌面前。双方打得不分上下。眼见扎夫特舰逼近蒙哥马利号，父亲的生命即将不保，芙蕾拖出被软禁的殖民地评议会议长之女拉克丝.克莱因到舰桥，威胁扎夫特军，以拉克丝的生命来替换蒙哥马利号的安全。然而芙蕾并没有如愿，蒙哥马利号在她眼前被符泽琉斯的炮火击沉。芙蕾失控尖叫。心意已决的娜达尔以拉克斯为人质，让符泽琉斯号停止了攻击。

大天使号以拉克丝.克莱因为人质，让扎夫特军舰符泽琉斯停止了攻击。然而，目睹救援舰队全灭却带来了众人心理上巨大的打击。目睹父亲被杀的芙蕾陷入半疯狂状态，满腔怒气都倒往煌的身上。「你是因为自己也是调整者，所以才没有认真的作战对吧!?」此时对饱受折磨的煌好言相慰的是遭到软禁的扎夫特歌姬拉克丝。拉克丝不只认识煌的好友阿斯兰，而且还是阿斯兰的未婚妻。煌回顾往日的好友，及现在刀剑相向的现状。拉克丝很平静地说：「如果可以不用让那两人为敌就好了。」在思索良久之后，煌决定亲自护送拉克丝回到阿斯兰身边，在友人帮助下，擅自出动了攻击钢弹。这是攻击钢弹与神盾钢弹，煌与阿斯兰第四度碰面。将拉克丝交到阿斯兰手中，煌不顾好友的劝说，转身离去。彼此的命运就此错开。这是两人真正的诀别。

煌遵守与友人的约定返舰。擅自护送拉克丝给扎夫特军的问题以在玛琉的裁决下没有被惩罚。目睹先遣舰队全灭确实给托尔等人带来打击，但是即将远离战争的安心感还是大过一切─唯有芙蕾例外。夺走父亲生命的神盾钢弹的驾驶员，正好是煌的好友。偶然得知的这个消息让她的心更是雪上加霜。之后，在友人面前现身的她，说的第一句话竟然是向煌道歉。这意外的言词让煌大感困惑。此时，警报响起了。三架钢弹想在舰队会合前做最后的攻击。在向难民少女与芙蕾做下保护大家的承诺后，煌上了战场。扎夫特军看清大天使号的战斗模式，攻势极为猛烈。电击钢弹摆脱攻击钢弹与零式的阻挡，逼近大天使号的舰桥。在这千钧一发的瞬间，煌的身上不知产生了什么变化，攻击钢弹一转手就击退了决斗钢弹。由于伊萨克受伤的关系，剩下两架也跟着后退。很快的，就要与第八舰队会合了。

第八舰队与扎夫特军在地球轨道上的壮烈会战开始了。数量上占优势的联邦军，在拥有基恩、派出四架钢弹的克鲁泽队之前，战舰被接二连三的击沉。激战期间，大天使号果断执行紧急地球的行动。为了守护大天使号，煌抱着必死决心出动，遇到誓言报仇的伊萨克的决斗钢弹的阻拦。降落行动已经快要倒数计时了，扎夫特舰伽莫夫拼命地猛攻。在这危机中，哈尔巴顿提督舍身阻止伽莫夫，在宇宙中壮烈阵亡。此外，在战斗中，一路保护过来的难民也在煌的眼前丧命。大天使虽然成功逃出，付出的，却是牺牲掉第八舰队的代价。

与第八舰队发生轨道会战的前夜，拉乌在符泽琉斯号的个人房间内述发内心的感想。从袭击海利欧波里斯至今，「血腥情人节」的悲剧之后，殖民地最高评议会到现在仍在稳健派作风与强硬派作风之间摆荡不定。但是，夺取钢弹以后情势大幅倒向强硬派，「自然人不可饶恕….」，战火似乎即将扩展开来。整个事情的开端，始于一个男人。乔治.葛伦。在各方面都大幅凌驾常人的他，原来不是普通人类。他是接受基因操作而诞生的人，也就是第一代调整者。最后这个人也丧生在他所带来的调整者与自然人的争执中。在大决斗之前，他所想的是两种人类的将来还是….？

为了搭救进入大气层时与决斗钢弹交手的攻击钢弹，大天使号偏离了预定位置，降落到扎夫特势力范围的非洲。煌被救出来以后，由于受到损伤过重，人发高烧婚弥不醒。随身照料煌的人，出乎意外的，却是芙蕾。没多久，调整者的煌，以惊人的速度康复了。。但是，看到芙蕾带来的小张留言，煌又再度陷入恐慌状态。那是在煌的目前丧命的少女送给他的。芙蕾以慈母般的温柔安慰煌，缩短了心灵受创的两人之间的距离。暗中观察前往阿拉斯加、在沙漠中前进的大天使号。卡佳里.由拉.阿斯哈也是在旁观察的游击队的一员。

大天使号在非洲沙漠。连喘息的时间都没有，就遇到扎夫特军绰号沙漠之虎的安迪所率领的地上部队的夜袭。煌无法压抑求战的情绪，在黑暗中出击了。但是，在陌生的沙漠的战斗，使得攻击钢弹脚步不灵活，被身手活跃的敌人逼入了苦战。这时拯救煌脱离险境的，是卡佳里.由拉.阿斯哈率领的游击队。

得到反抗军「光明沙漠」的帮助，攻击钢弹击退发动猛烈攻击的巴库部队。在等待天明，与大天使号会合的人员中，煌与海利欧波里斯遇袭时碰面的少女卡佳里.由拉互相惊讶的发现彼此。反抗军的头目，赛布带领玛琉一行人到基地参观时，告知一行人联邦军在飞洲的据点维多利亚基地已经被攻陷。于是大天使号决定穿越红海，由太平洋到阿拉斯加。但是，路上却有沙漠之虎安迪.渥特菲德跟地上航空母舰雷塞布斯的阻挠。同一时候，渥特菲德正准备对光明沙漠展开报复攻击。当夜，大天使号的船员们得到暂时的休息。煌调整攻击钢弹的设定，为即将再度发生的作战而准备时，被卷入赛伊与芙蕾的口角。当芙蕾告知自己与煌的关系不浅时，赛伊恼怒的逼问煌。面对咄咄逼人的赛伊，煌压抑已久的情绪一下子就爆发出来。这时候，反抗军的家人居住的阿哲高原遭到了攻击。

札夫特军的雷赛布斯攻击反抗军居住的地方，阿哲高原。这时候，态度骤变的芙蕾导致赛伊与煌之间的关系产生决定性的裂痕。另一方面，穆与反抗军的人员赶往阿哲高原时，惊讶发现敌军早已撤退，而且受害程度也没预料的大。但是，还是有几名反抗军的人愤不可抑的对札夫特军发动追击。煌的攻击钢弹也出动掩护，但是…

由于物资的补给欠缺，煌与卡佳里潜入札夫特军基地所在的市政局的市场。两人偶然与沙漠之虎安迪.渥特菲德结识。两人被安迪耍得团团转。没多久，一伙人又遭到蓝色宇宙派的攻击。另一方面，玛琉为了煌与卡佳里没有返回大天使号而深感不安。这时候，赛伊想开动格纳库内的攻击钢弹，却无法控制，气愤的哽咽哭泣。芙蕾见状，眼角也隐隐泛着泪光。

阿斯兰前往拉克丝的家中拜访。两人在这栋位于殖民地的高级住宅街的克莱因邸之中，和乐融融的快乐聊天。阿斯兰听说煌至今依然珍视以前他赠予的小鸟，心中一片愁怅。在此同时，他们的父亲所参加的殖民地最高评议会，正在激烈争论是否应该让战争持续下去。而在地球，停留在反抗军基地的大天使号，以正为了突破沙漠之虎的防线而逐步进行计划。

留在直布罗陀基地的伊萨克与迪安卡在雷赛布斯会合了。大天使号与反抗军向雷赛布斯发动决战。没多久，巨大的爆炸火焰让反抗军动摇了。原来他们事先布置好的地雷阵，已经被破解了。「沙漠之虎」这次是真的露出獠牙了。当战斗越演越烈的时候，卡佳里为了打破僵局，驾驶空中霸者出动。煌的攻击钢弹被渥特菲德的拉寇逼得走头无路，亲身体验到战斗的残酷。此时，机体的能源也快要用完……。

激战之后打倒了渥特菲德，攻击钢弹与大天使号为了避开扎夫特军的攻击，向阿拉斯加前进。进入红海，精神一直很紧绷的船员们才松懈下来没多久，扎夫特军的摩拉西姆队就率领着空中战斗用的MS迪因和水中用MS古恩，划破了寂静，从海、空两面对萨天使号发动攻击!!第一次的水中战斗使得攻击钢弹陷入了苦战。另一方面，留在宇宙的克鲁泽队的阿斯兰与尼可终于也向地球出发了。

大天使号勉强击退了扎夫特军，但是还是被纠缠不清的摩拉西姆队潜水母舰给逼进了苦战。其中，卡佳里自己也驾驶了空中霸者进入战场。另一方面，阿斯兰与尼可降落到直布罗陀，以率领四架钢弹的萨拉队的队长身份，负责指挥追击大天使号的任务。阿斯兰为了接收卡贝塔利亚基地的MS母舰，搭乘运输机的途中，与中弹的卡佳里机发生战斗。阿斯兰搭乘的运输机与卡佳里的空中霸者在战斗之后，双双中弹坠落在无人岛上。

卡佳里的空中霸者与运输神盾钢弹的运输机发生战斗，中弹迫降在无人岛，然后，卡佳里在无人岛与乘坐被击落的运输机的阿斯兰在沙滩上相遇。虽然卡佳里被阿斯兰抓了起来，但是在电波状态不佳，彼此无法连络友军的情况下，俩人只好一起等待救援。两人很生硬的道出了彼此的经历。另一方面，由于卡佳里没返回大天使号，煌急着驾驶攻击钢弹出来搜救。

大天使号与阿斯兰的萨拉队在欧普近海展开战斗。萨拉队的激烈攻击渐渐把大天使号逼得无法招架。眼看着一步步接近欧普领海，扎夫特军与大天使号同时受到中立国欧普军的警告。卡佳里的劝说毫无作用，受到决斗钢弹、暴风钢弹、电击钢弹、神盾钢弹的围攻，大天使号引擎中弹，无法操控，还是进了中立国欧普的领海。

自从中立国欧普在太空的殖民地海利欧波里斯遭到攻击开始，少年煌大和驾驶的攻击钢弹就与大天使号一路展开逃命之旅。在扎夫特军的层层追杀中，煌与过去的好友阿斯兰.萨拉，屡次在战场上相逢。两人迫于无奈，内心不知历经多少煎熬。回忆像电影一样一幕幕的翻过，来到了现在，迎向未知的将来。

战斗受创的大天使号在欧普的甲板上接受修理。欧普的技术主任爱莉卡一边追溯大天使号和攻击钢弹与扎夫特军的战斗轨迹，一边分析资料。中途，煌被带入摩根雷堤社的工厂。摩根雷堤的技师爱莉卡要求煌来支持公司开发进度落后的欧普军MS「异端钢弹」的OS。卡佳里知道此事，卡佳里指责欧普以防卫为名目，拥有强大军事力量，却在殖民地和地球军之间扮演善人的作法。另一方面，阿斯兰也在着手准备追击大天使号的工作。

在玛琉的奔走下，米蕾莉亚等人获准在欧普军总部与父母面会。在大伙儿与亲人相会的喜悦气氛中，失去父亲的芙蕾跑去不肯与家人面会的煌的房间。芙蕾理解煌的温柔体贴为同情，而非常愤怒，对煌发泄怒气。煌错愕的呆立原地。就在这时候，潜入欧普的阿斯兰等人，正在刺探摩根雷堤的情况。飞到空中的小鸟找到了阿斯兰，追在小鸟后面的煌与阿斯兰隔着一层篱芭重逢了。但是两人还是只有选择错身而过一途。

大天使号结束了修理跟补给以后，从欧普出航了。卡佳里想与大天使号同行，但是被父亲乌兹米说服，了解了战争的源头。潜服在地下刺探动向的扎夫特军，看透了欧普军舰队的鱼目混珠之计，大天使号离开欧普领海以后，马上遭到四架钢弹的攻击。在煌、穆之后，煌的好友托尔也上战场了。在敌我难分的混乱激战中，煌的攻击钢弹与阿斯兰的神盾钢弹激烈冲突，最后，这场战斗招来了一场悲剧。

打败萨拉队的钢弹之后，等待着煌的，是梅铎与整辈兵的赞赏之声。煌紧紧握住拳头，忍受着众人的欢呼。另一方面，与煌的战斗中，失去了重要战友，使得克鲁泽队员们的心理大为动摇。阿斯兰心中暗暗后悔自己太过天真，没有狠下心来战斗。在忍不住自我苛责下，阿斯兰决定下次一定要亲手杀死煌。再次找上门来的萨拉队的钢弹与大天使号的战斗，以及煌与阿斯兰的战斗，变得比先前更加白热化…然后…

神盾钢弹起动自爆装置，使得攻击钢弹也被卷入爆炸。攻击钢弹与空中霸者二号机的通讯同时中断，在大天使号舰内引起一阵骚动。满身疮痍的大天使号遭到扎夫特军紧密追击，玛琉向欧普发出求救援讯号，以苦肉计解决了这场危机。这时候，欧普的救援队来到了神盾与攻击钢弹发生激战的岛屿附近。在那里，只发现到攻击钢弹与神盾钢弹的碎片。欧普救援队在附近搜索，发现了穿着红色驾驶服，被海水打上沙滩的扎夫特兵。

牺牲许多人命之后，大天使号终于抵达阿拉斯加的地球联合军总部。在基地，所有人都被命令在船上待命，不准下船。九死一生，好不容易才抵达总部，受到这样的待遇，令船员们内心里产生阵阵的不安。这时候，扎夫特军在卡贝塔利亚基地接到克鲁泽队的调动命令。于此同时，煌在殖民地的拉克因府醒过来。煌原本自己已经死在与阿斯兰的死斗中，没想到却被神秘男子救了一命，而大为吃惊。拉克丝对吃惊不已的煌投以温柔的微笑，使得煌放下心来诉说心事。

以俘虏、扎夫特士兵迪安卡为中心，失去托尔的米蕾莉亚等人，在半狂乱的状况中，向迪安卡兴师问罪。大天使号的船员听到一伙人的骚动声，急忙赶到，才将事情平息下来。大天使号少年兵们处在辛酸难过的气氛之中。这时候，玛琉、穆、娜达尔受到沙札蓝德上校的审问。沙札蓝德对于玛琉让调整者少年来操控攻击钢弹这件事，展开了严格的逼问。在那死缠烂打的审问的同时，大天使号的的三个船员收到了调职的命令。

芙蕾对调职命令心感不服，穆也不甘愿地服从命令。支撑大天使号的船员被调走，船上军心一阵动荡。而更加雪上加霜的是，大天使号被从第八舰队，调离到阿拉斯加总部的守备队了。另一方面，卫星轨道上、地上基地、在海中行走的潜水艇等等，扎夫特军几乎已经完成了集结动作。萨拉最高评议会议长为了让战争早点结束，发动了「割喉作战」。当晓得了这个作战的真正目标，不是巴拿马而是地球军总部时，在克莱因邸疗养的煌，为了保护在阿拉斯加的大天使号船员，为了找出战斗的意义，决定返回地球。临行前，拉克丝将某样东西送给了煌。

大天使号在阿拉斯加与MS部队展开激战。面对排山倒海而来的扎夫特军MS部队，主力军已派去守护巴拿马的的联合军，自然陷入了苦战。这时候，穆知道了军方上层是基于战略因素故意弃守阿拉斯加基地，勉强找到战斗机来开回大天使号。战局中扎夫特军占了上风，战争眼看似乎就要结束时，联合军引发了同归于尽的陷阱。差不多在这时间，大天使号被扎夫特军包围起来，已丧失逃脱的机会。在金恩的围堵下，正觉得万事休矣的时候，眼前突然出现从未见过的钢弹，展开双翼站立在前。

割喉作战计划失败的消息，让扎夫特国防委员会陷入混乱。就在同时，萨拉知道了扎夫特军机秘开发的自由钢弹被偷走，而且拉克丝还是共犯之一的时候，便唤来阿斯兰通知这个消息。得知拉克丝犯了叛国罪遭到通缉，两人的婚约已经失效，阿斯兰一阵错愕。萨拉议长掩不住愤怒，命令杀掉拉克丝.克莱因与夺走自由钢弹的所有相关人物。另一方面，在阿拉斯加发动了独眼巨人之后，解除危机的大天使号船员们与煌快乐的重逢。然而，煌的内心，从在殖民地与拉克丝相会后，就不断想找出在这场战争中战斗的意义。同时，在哈啰引导下，阿斯兰与拉克丝重逢，得知了煌还活着的消息。惊愕的他，遭到拉克丝的逼问「你是抱持什么信念而战的?」

满身疮痍的大天使号勉强从自爆的阿拉斯加基地逃出来。为了修理受伤的船身，开到了欧普的淤能碁吕岛。见到煌还活着，卡佳里忍不住泪水盈眶地扑向煌的身上。另一方面，失去了阿拉斯加的联合军为了准备战争的最后一仗，以国际情势恶化为由，不容许欧普维持中立国的立场，强制要求欧普协助地球联合。地球联合军为了拿下最后的质量投射装置，在黎明的时候，巴拿马的大地上成了扎夫特军数量庞大的MS部队的阿拉斯加复仇战的舞台。面对这些敌人，地球联合军投入了自认为可以扭转形势的反击部队。这时候，在欧普的摩根雷堤工厂修理的攻击钢弹即将苏醒。准备迎接新的驾驶员的到来…

扎夫特军对巴拿马的攻势越来越激烈。为了得到地球上最后的质量投射装置，地球联合内部拟立了一个策略。占地球联合的主导地位的大西洋联邦，与一位男子共同对欧普设下了下一个策略。霍姆拉朗读了地球联合对欧普的最后通牒。面对欧普再三拒绝联合军的要求，该内容是勒令欧普解除现在的政权、并解除武装。如果不顺从，将被视为支持扎夫特的国家，遭到武力讨伐。把世界一分为二，非友即敌的二分法，让人无从选择的选择题，使欧普的首长们头疼不已，乌兹米则忿恨不平。差不多同一时间，玛琉促请全体船员决定自己是要参加战斗还是直接下船。在紧迫的时间中，市民撤离了市中心与军事相关设施周边区域。全国进入备战状态。然后，时间来临的同时，战争的火苗也燃起了。

地球联合军最先进的三架钢弹与煌驾驶的自由钢弹对决了。这时煌的前面出现了阿斯兰驾驶的正义钢弹，这敌我难分的MS的登场，使战场气氛顿时更加紧张。然而，他暂时放下了扎夫特士兵的身份，以个人意志决定掩护煌。然后自由钢弹与正义钢弹以绝佳的合作默契渐渐将三架钢弹逼得无法招架。同一时候，在淤能碁吕岛近海，地球联合军展开了大攻势，以多得吓人的量产型MS「攻击钢弹」来进攻欧普。煌、阿斯兰的奋战虽然击退了联合军，可是欧普军已经受到了几近毁灭性的打击。彼此都以为对方被自己杀死的煌与阿斯兰再度重逢，两人过去的感情又回来了。但是，煌还是询问了阿斯兰的真正心意…

欧普数度尝试与地球联合交涉，但是地球联合的要求只有一个：要欧普解除武装。在再度展开总攻击的情况中，煌与阿斯兰互相表白自己的心意，化解了误会，同时阿斯兰也开始询问自己，战争的意义为何。而，以禁断、瘟神、侵略钢弹为首的地球军MS部队，开进了欧普的大地，几乎覆盖了整个淤能碁吕海岸线。在这情况下，乌兹米.那拉.阿斯哈放弃淤能碁吕岛，要求国民与大天使号脱离该地，自己则留在国内，决意战斗到底。为了将煌等人发射上宇宙，质量投射装置展开了发射准备。好像早就瞄准好这机会一样，在煌等人的面前，有三架钢弹阻挡了他们的去路。同时，决定留在国内抗战到底的乌兹米，告诉了卡加里冲击性的事实真相…。

草薙号与大天使号飞上了宇宙。草薙号接舷完毕，船员们为了补给与整备，航向因战乱而化成废墟的L4殖民地。此时，拉克丝在殖民地以全体市民为对象做地下广播，秘密进行反抗活动。其影响力连萨拉议长也大感棘手，派出搜捕的宪兵也全都无功折返。另一方面在地球，地球军虽然夺取欧普的质量投射装置不成，却也抢回了维多利亚基地，成功拿下进出宇宙的途径。地球军在打败扎夫特MS部队后，想乘势收回宇宙，以新型MS部队为主力，用质量投射装置将物资发射上空，想要展开大规模侵略行动。阿兹莱尔总合手上三架钢弹的战斗记录，察觉到自由与正义钢弹使用的动力之秘密，企图得到这两架钢弹。此外，阿斯兰下定决心，为了解父亲的真意，离开了大天使号，独自飞返殖民地…。

为了了解自己的父亲，扎夫特最高评议会议长派屈克.萨拉发动战争的真正想法，阿斯兰来到了殖民地。煌自愿驾驶自由钢弹护卫阿斯兰的航天飞机。阿斯兰向煌道出了自己的觉悟。煌体会到其中的深意，在分开时说道:「不论是你、或是我，现在都还不能死」。 阿斯兰当面询问父亲对这场战争的真正想法。但是，他所面对的并不是以往的父亲。对于萨拉带着疯狂眼神道出的战争的目的，阿斯兰吃惊到颤抖。萨拉枪口指向自己的儿子阿斯兰，质问正义钢弹与自由钢弹的下落，派人押走被烙上叛徒标记的阿斯兰。 达哥斯塔率领拉克丝派的成员，救走了解送途中的阿斯兰。拉克丝终于展开行动了。她夺走最新战舰永恒号，逃离殖民地。在她的舰桥上，赫然可见过去人称「沙漠之虎」的渥特菲德的身影。 大天使号、草薙号、与永恒号在L4会合。放下过去的敌我之分，一支独立部队在此成立。然后，拉克丝投入煌的怀里，宣泄自己的丧父之痛…。

在地球军的月面基地，大天使级二号舰主天使号，一直忙于战斗训练。坐在舰长席的，是娜达尔.巴吉路少校。搭载侵略钢弹、禁断钢弹、瘟神钢弹的主天使号，以及观察员阿兹莱亚，为了讨伐大天使号，即将开往L4殖民地群。娜达尔对于自己必须枪口指向过去的战友一事，受到不小的冲击。在此同时，抵达废弃的殖民地，门德尔后，大天使号、草薙号、永恒号三舰正商讨今后的计划。卡佳里见阿斯兰没有出现，担心的去找阿斯兰。苦恼已久的阿斯兰开口道出心声：「我什么都办不到，什么都不了解．．．」。卡佳理拼命的安慰阿斯兰。此时阿斯兰突然抱住卡佳理。阿斯兰与卡佳理之间，迷惑与安祥的时间流逝。但是，停在门德尔港内的大天使号还是被娜达尔发现，主天使号先发制人发动攻击，与过去的同袍的战争就此开始。

主天使号为了讨伐大天使号而开启了战端。三架钢弹在煌与阿斯兰默契十足的连手攻击下，落居下风。得知草薙号可能参战，娜达尔判断战况不利，决定暂时撤离战线。大天使号勉强脱困。 另一方面，穆与迪安卡察觉扎夫特军混入殖民地内，一同前往迎击。驾驶新型ＭＳ出现的拉乌，与穆的命运决斗开始了。在战斗中，伊萨克发现对峙的暴风钢弹，深感困惑。伊萨克不知驾驶者正是迪安卡，不停愤怒地攻击。拼命躲避攻击的暴风钢弹，一直不肯对决斗钢弹出手，最后终于呼叫伊萨克。伊萨克的决斗钢弹果然因而停止动作。两人下了ＭＳ，气氛极度紧绷。此时，拉乌与穆的激烈死斗因为驾驶自由钢弹赶来支持的煌而中断，逃入一栋建筑物里面。煌与穆也跟着追入，在那里见到冲击性的事实真相．．．！

煌与穆追踪克鲁泽，进入某栋建筑物里头。殖民地门德尔基因研究所…拉乌、穆、煌三人在这个地方展开了枪击战。然后，拉乌打破了紧张的沉默，道出冲击性的事实真相。同一时刻，伊萨克与在地球失踪的迪安卡对峙许久，尖锐质问迪安卡的真正想法。另一方面，在殖民地外侧，强力说服了娜达尔的阿兹莱尔，指示主天使号与大天使号再度展开战斗。枪击战中，拉乌道出过去这个研究所进行的，以人工子宫生产调整者的实验。煌的亲生父母是该计划的研究者，自己便是研究中唯一的成功例子。同时拉乌还告白自己与穆的关系。原来他是利用穆的父亲的基因，制造出来的失败的复制人。事实真相让两人大为震憾。拉乌大喊:「我有制裁全人类的权利!」后，匆匆逃离。 返回旗舰苻泽琉斯号的拉乌，委托俘虏芙蕾一张磁盘片，宣称那是可以结束战争的最后一道门。

大天使号与主天使号再度开战。在二者的夹缝中，拉乌为了攻击永恒号，命令符泽琉斯号出击。拉乌对两方舰队，片面发出交还遭扎夫特军拘束的俘虏的通告。被投射到战斗空域的小艇，里面载着的是对情况一无所知的芙蕾。两方舰队对拉乌的行为大感困惑。芙蕾感受到危险，拼命操作小艇，向大天使号求救。芙蕾「我握有钥匙!」这句话勾起阿兹莱尔的兴趣，突然插手，将小艇带回主天使号。另一方面，被包围的永恒号与草薙号击中火力攻击符泽琉斯号，企图突破重围。符泽琉斯号被击沉了。地球军与扎夫特军见状，双方同时撤退。而在安全归返的永恒号上，煌为了自己没有救回芙蕾一事，失声痛哭。就在此一同时，阿兹莱尔从芙蕾手中拿到磁盘片，晓得内容是「可使用核武的反中子干扰器」数据，而大为狂喜…。

由于芙蕾带来的一张盘片，地球联合军取得了反中子干扰器的技术。在阿兹莱尔的运作下，核飞弹飞上了宇宙。扎夫特预测到联邦将发动大规模攻击，在雅金.杜威与伯亚兹集结战力。然后，决战的火苗点燃了。调解队…搭载核弹的梅比乌斯(零式)部队闯进了扎夫特的军事卫星伯亚兹。剎那间，闪光迸裂开来。再度使用的核弹的火炎，瞬间就把要塞摧毁掉。目睹伯亚兹的毁灭，芙蕾对自己的作为带来的结果生起无限悔恨。原来拉乌「让战争结束掉」那句话，竟然是大屠杀。煌与阿斯兰为了阻止核弹部队「调解队」再度攻击而出动。他们以装备的「流星」将射向殖民地的飞弹全数击落。同时，派屈克.萨拉誓言要向自然人报仇，下令使用强大的激光束武器创世纪。于是雅金.杜威背后发出巨大闪光，射向地球军的舰队！

伽玛射线的闪光在一瞬间歼灭了联合军的前线舰队。扎夫特的秘密武器，甚至可以很轻易的瞄准地球。阿兹莱尔歇斯底里的责难地球军。勉强从毁灭状态中重新振作起来的联合军，下了悲壮的决定，向殖民地的秘密武器创世纪挑战。但是却打不过阻挡在前方的雅金.杜威要塞，而且殖民地的创世纪强大武器本身还装备了PS装甲。煌等人为了阻止双方的杀戮战，投入这最后的战场。煌、拉克丝、卡佳里、与阿斯兰，还有玛琉与穆。在晓得这可能是此生最后告别的情况下，纷纷诉出了自己的心意给对方。而还有另一个人，决定制裁全人类的拉乌，也驾驶天帝钢弹出击了。最终决战拉开序幕，杀到殖民地的地球军，以及立誓要阻止核武攻击的独立军。可惜太迟了。最终武器创世纪向地球军的月面基地发出了第二次攻击！

创世纪的第二次发射摧毁了地球联合军的月面基地。下个目标是地球吗?联合军重组溃散的舰队，让调解队再度出击，企图以核弹直接攻击殖民地。煌等人在创世纪与核弹之间奋战。激烈战斗中，M1异端钢弹队战死。穆与拉乌也在战斗中受伤。但是伊萨克与迪安卡的连手合作，总算打败了瘟神钢弹与禁断钢弹。同一时候，与大天使号战斗的主天使号内部，阿兹莱尔与娜达尔两人意见不合，抓狂的阿兹莱尔对命令全员离舰的娜达尔开火，而且还发射罗安格林破坏炮。大天使号来不及闪避。在危急的剎那间，穆挺身保护大天使号，壮烈爆炸。眼见穆的死去，玛琉发狂的也下令发射罗安格林破坏炮。同时娜达尔亦制伏阿兹莱尔，大喊“快动手!玛琉.雷明斯!”。牺牲了所爱的男人的二位女性，同心协力的埋葬掉战争的元凶之一，蓝色宇宙的盟主…。

即使付出了多人的牺牲，战争还是没有结束。芙蕾离开主天使号，受到那份对煌的割舍不下的感情牵引，卷入了自由钢弹与天帝钢弹的死斗中。然后，在煌的面前，被拉乌的无情之刃所杀死。在无法守护自己想守护的人的悔恨中，煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的灵魂终于在结束的时刻与煌融合了吗…。另一方面，萨拉下令创世纪瞄准攻击地球。扎夫特军中出现了试图停止其疯狂行动的人士。正好在此时，阿斯兰与卡佳理一起闯进雅金.杜威，想阻止父亲的凶行。但是他们到场后，却目击到萨拉被士官枪杀的场面。萨拉咽下最后一口之前，依然不停诅咒着自然人。然而他的死，并无法停止失控的事态。雅金的自爆，连带启动了创世纪。阿斯兰单身闯入让核引擎失控，摧毁整个创世纪。行动后阿斯兰本想同归于尽，却被卡佳里制止，一同逃出。同一时刻，煌与拉乌在死斗之后，两人同归于尽。而在扎夫特方面，旧克莱因派发出停战的呼吁，和平之路似乎已经开启。阿斯兰看着战场凄凉的遗迹，内心深深感到绝望。这时候，小鸟飞向宇宙了。它飞向化成残骸的自由钢弹的机体。在那里，有煌的身影…希望并没有消失啊。