NSA和CIA在建造新的Intersect，而最重要的“心脏”硬件，解码设备被一帮国际佣兵抢走。Chuck全力试图夺回这项可以让自己回归自由的设备。却不知道，如果新的Intersect顺利建成，那自己原本的保护者，将变成取他性命的人。新的Intersect能顺利建成么？Casey会真的忍心除掉Chuck么？

超市方面，Chuck将选择助力经理的权力交给了Morgan，胡子怪又会用什么令人啼笑皆非的办法选择Buy More的助理经理呢？

为找到真正的Intersect解码设备，Chuck几人需要找到传说中的老特工，蒙哥马利。并在老蒙的指导下引诱一名前KGB特工。Chuck作为一名资深宅男兼书呆子，能够在蒙哥马利的特训下引诱一名见多识广的女间谍么？

超市方面，Lester成为了新一任助理经理，竟然还十分臭屁的在商店门口挂上了“新助理经理上任”的横幅。这么一个权力欲爆发的助理经理，会给Buy More带来什么样的改变呢？

Sarah的前男友Bryce再次出现了，他也带来了关于Fulcrum的最新情报。根据情报，Sarah和Bryce将化妆为新婚夫妇参加嫌疑人的聚会。Sarah将如何平衡Chuck和Bryce的关系？Chuck该如何为了自己的爱情和幸福而努力争取呢？

超市方面，体育用品专卖店的大块头们成功的在Buy More的放映室抢滩登陆了，面对这些膀大腰圆的“敌人”，新上任的Lester有能力解决危机么？

本集讲述了Sarah的过去，最少是她一部分的过去。Sarah的真实身份一直是本剧的一大看点之一，因为间谍最重要的武器，就是他们的秘密身份。当Sarah的过去和身份面临危险，她会如何保护自己？Chuck会帮她隐瞒，还是会趁机了解心中的佳人呢？

超市方面，可爱憨厚的“大麦”为了热衷的淡水钓鱼事业，完全交权给Lester。而急于表现的Lester想到了一个疯狂的降价促销主意。这……

神神道道，怪异无比的Jeff也有一段“明星”史，甚至有间谍为了这段历史大张旗鼓地找上门来。在Chuck调查之后，这款名为“导弹指挥官”的古老游戏和神秘的Fulcrum又有什么联系呢？Jeff能够在压力下爆发，用自己的游戏技巧拯救生命么？

超市方面，新来的效率专家出现在Buy More，对所有员工展开调查。自然而然的，他对所有人的精神领袖，Chuck的行踪非常感兴趣。这会给Chuck的兼职工作带来什么影响呢？

在揭开Sarah历史的一页之后，Chuck那令人心酸的过去也展现在我们的面前。本集，传说已久的前女友Jill正式站在了聚光灯下。Chuck会和她点燃往日的感情么？Jill的出现又会对分分合合的C&S恋有怎样的影响？

超市里，Emmet在经历了“大麦被甜甜圈噎住事件”之后，开展了风风火火的急救训练课程。

据情报，潜伏在CIA内部的Fulcrum成员名单被隐藏在一个FBI监管下的犯罪现场中，Chuck等三人奉命前去取回这项重要的情报。同时Jill的出现迅速的俘获了Chuck的心，两人的感情与日俱增。只是，Jill的身份仿佛不仅仅是Chuck的前女友这么简单。

超市方面，Chuck每次出任务时的借口——“外出电脑装机”由于多次的使用而遭到了Emmett的怀疑。为了证实自己的怀疑，Emmet不惜威胁Morgan来挖掘Chuck的秘密。

可怜的Chuck，好像他所有的约会对象都迟早会被证实和间谍活动有关，这次的老情人Jill也不例外。而且Jill所属的组织正是Chuck近两年来一直试图瓦解的Fulcrum。面对老情人再次的背叛，心地善良的Chuck会如何表现，他能很下心来将Jill抓捕归案么？

超市方面，Morgan,Jeff,lester几人在感恩节这个美国传统节日里竟然没有任何活动，Big Mike索性就将商店交给他们看管。看看这几个活宝能将硕大一个超市搞成什么样子？

Casey作为NSA最优秀的特工之一，拥有一个优秀的师傅。但他却叛变加入了Fulcrum并试图招募Casey。面对自己的昔日的老师，Casey能够坚决地执行任务，并且找到方法胜过教会自己所知一切的人么？

超市方面，面对修炼“偷懒耍滑”大法有成的众多员工，Emmett推出了“月最佳员工”的竞选，以期激励毫无热情的手下。他能如愿以偿么？反对势力的领导，Morgan又会有怎样的应对？

圣诞特辑，圣诞前夕的Buy More，在所有人都沉浸在节日的欢乐气氛中时，一个正在和警方展开高速追车逃亡的嫌犯持枪撞进了Buy More的大门，并将包括Ellie Awesome在内的所有员工挟持。面对貌似普通人的嫌犯，出身间谍的Sarah和Casey将如何应对，商场中的其他人又会在危机面前如何表现呢？

著名摇滚歌星Taylor Martin（杜撰的）来到Buy More做宣传，却险些遭到不明身份袭 击 者的 炸 弹 袭 击，Chuck等人奉命调查并保护Taylor的安全。而不安分的Taylor却将Chuck带到了一个酒吧的聚会当中。面对歌星那五光十色的夜生活，Chuck能够保持清醒，保护好Taylor么？

超市内，Morgan等人为了获得Taylor演唱会的贵宾票，展开了轰轰烈烈的寻宝活动。甚至在找到门票之后，为了争夺归属权又开展了富有Buy More特色的铁人三项竞赛。

为了在一个平静无聊的居民区内寻找潜伏的间谍，Chuck和Sarah奉命假扮成新婚夫妇入住到小区内。在这里，从未经历过普通人生活的Sarah第一次体验到“美国梦想”式的郊区生活。只是，在这小区平静的外表下，巨大的危机正悄悄浮出水面……

超市老大“大麦”长久以来作为偷懒之王，一直是超市内众人的典范和支柱。在他突然转变，发奋办公之后，以偷懒为最高行为准则的几人便开始为了“大麦”和他们自身的幸福做起了“红娘”。只是，结果会让所有人满意么？

超市主线再次和间谍主线结合，Morgan的失恋让他开始偏执，甚至准备跟踪前女友Anna。而他选择的行动小组由资深跟踪狂Jeff，Lester，以及自己最好的朋友Chuck组成。而对此行动强烈反对的Chuck很快发现，原来Anna的新男友竟一直被怀疑和黑帮有合作。为了保护Morgan，为了完成任务，面对多年的友情和重要的职责，Chuck将如何选择？

一个被干掉的Fulcrum特工的墓地被盗，某包含重要资料的储存设备被偷走。为了确保Chuck的真实身份不被Fulcrum得知，Sarah必须使用一切手段从地方特工手中得到被盗的情报。而大吃飞醋的Chuck试图用自己的方法解密情报，却不知自己的失误会将Sarah陷入险境。

超市里，Jeff和Lester辗转得到了一个面试新售货员的机会，二人那不知道装了什么东西的脑袋里又跳出了一个让人啼笑皆非的计划。他们的计划会成功么？

知晓Chuck真实身份的英国特工Cole被Fulcrum抓获，由于安全考虑，Chuck短暂得接受了Sarah的24小时贴身保护。当Cole成功逃脱并和Chuck一起在基地中远程支援执行任务的Sarah和Casey时，两个都对Sarah有好感的大男孩儿开始了针锋相对的竞争。（最少是Chuck在试着竞争）阻止Fulcrum的任务能成功么？这场短暂的三角恋又会如何收场呢？Morgan准备和Chuck合租房子的文件被Anna发现，错以为对方终于长大的Anna欣喜万分。Morgan为了让Anna打消和他一起租房的念头，在Jeff和Lester的出谋划策下，导演了一场场十分雷人的自毁形象的喜剧。Morgan最终会成熟起来，和Anna迈出标志性的一步么？

一心想回归正常生活的Chuck终于找到了可以帮他卸载脑中秘密的人——Orion。可是这个身份神秘的电脑天才似乎并不是那么简单。为了找到他，Chuck自己制作了一个网络搜索系统，并成功了引起了Orion的注意。Chuck能否如愿以偿的找到Orion，对方又是否有能力卸载掉Chuck脑中的秘密呢？

Chuck和Sarah之间的感情在将军看来，已经影响到了二人在外勤任务中的表现。所以将军指派另外一名特工对他们进行名为49-B的表现评估。在评估过程中，几人接受的任务对象却住进了Ellie所在的医院，Chuck等人能否在不被发现的前提下顺利完成任务，49-B的评估又会有何结果？Ellie和Awesome的婚礼即将到来，没有被邀请参加Awesome的单身聚会的Morgan等人用尽一切办法试图参加这个“传说中”的活动，他们甚至不惜借助“绑架”。

在Sarah的帮助下，Chuck终于在十几年后找到了自己的父亲。这个看起来有些邋遢，有些痴狂的老男人，只是个不负责任的父亲？还是真正为子女考虑的无名英雄呢？

为了执行新的任务，Chuck需要混进一所名为Roark的软件公司。而Chuck等人不知道的是，Chuck的父亲竟然和Roark是过去的同事，并指责Roark多次窃取他的拉动成果。

与此同时，喜欢凑热闹的Jeff和Lester也参加了Roark的新操作系统发布会。在如此纷繁复杂的情况下，Chuck能否顺利地完成任务呢？

Chuck的父亲被Fulcrum抓走，为救父亲，不再相信NSA和CIA的Chuck决定用任何可用的方法，不择手段的找寻父亲——他准备和前女友，正在坐牢的Fulcrum特工Jill合作，以她的自由交换父亲被囚禁的信息。Jill会同意这项交易，Chuck能够找到自己的父亲么？

Buy More总部将派人前来检查这段时间Emmett的工作成效，为了与Emmett对抗，众店员在Morgan的带领下展开了一系列的动作。面对这样的不合作行为，Emmett与Morgan私下达成了貌似互利的协议。只是，事实真的如此么？

因为Chuck近期越来越难以控制的表现，将军下令将Chuck带到安全基地看押。作为Chuck最信任的人，原本事业第一的Sarah违反了命令，私自将Chuck带走，并试图协助他找回父亲。同时，Casey接到命令，必须不惜一切代价，将私自逃走的Sarah和Chuck抓回，死活不论。在这关键的时刻，Chuck能否顺利救出父亲，他和Sarah的感情又会有什么样的发展，貌似冷血的Casey会帮助他们，还是服从命令呢？

Morgan中了Emmett设下的圈套，在毫不知情的情况下帮助了Emmett将“大麦”踢下了Buy More的店长宝座。面对Emmett节节进逼的威胁和Big Mike的尴尬处境，Morgan将如何选择才能对得起自己的良心呢？

一切似乎都归于平淡，Chuck将Intersect取了出来，他的父亲，传说中的Orion也毫发无伤的从Fulcrum的基地中成功逃出。坏人邪恶的计划被阻止，一对有情人也终于要步入婚姻的殿堂。但是，一切真的会顺利地进行下去么？本季的大结局，Chuck和他身边的朋友，战友，亲人，爱人，都将何去何从？