隆庆六年春二月，隆庆皇帝因盛年患病而不理朝政。就在他懈怠政事之时，广西里波传来匪患破城掠褰的消息。主管兵部事务的内阁次辅张居正急于向皇上禀报战事。但因司礼太监孟冲阻拦而不能如愿。情急之中，张居正敲响了登闻鼓。并因此与内阁首辅高拱发生冲突。

两广总督李延负责剿灭广西匪患事宜，但他屡误战机。张居正有意将他撤换，但因他是高拱门生，高拱一直对其袒护。

高拱听说了李延贪墨军饷的事情，不免大惊。于是，在病重初次理朝的隆庆皇帝面前，一反常态推荐张居正的同年殷正茂接替李延。

而在大内，因隆庆皇帝和奴儿花花的关系，引起陈皇后与李贵妃的极度不满。宫禁之内，亦处处陷阱。

高拱为了拉拢殷正茂，故意给他多拨二十万两银子的军费。这笔钱本是潮白河的工程款。挪作它用之后，治河工程陷入停顿。拿不到工钱的民工几欲闹事。工部尚书朱衡找户部尚书张本直讨要款项未果。张居正亦为此事与高拱发生龃龉。

而此时，已被免职的李延与手下师爷计议如何毁灭贪墨证据，可是，接任的殷正茂出奇不意地来到广州庆远。在李延为之举行的接风宴上，初步展示治军的本事……

孟冲与高拱计议，请了一位叫王九思的妖道为隆庆皇帝炼制阴阳大补丸，当隆庆皇帝吞下这种丸药后，立刻精神焕发。皇上一时高兴，便给王九思大加赏赐。

张居正为了索回二十万两银子，亲自跑到广西庆远剿匪前线。殷正茂正想用这笔钱招兵买马，因此不想退回。两人发生争执。这时冯保派来的监军张鲸封存李延的账簿。李延为了逃脱处罚，向殷正茂行贿二十万两银子。

此时邵大侠奉高拱之命也来到庆远，在古庙内设计杀死了李延。

因为吃了王九思的药丸，隆庆皇帝又常与奴儿花花取乐。张居正对此事坚持正见，引起隆庆皇帝不满。

工部因经费不足粥厂无法开张，张居正指点工部尚书预收来年富商购冰块账款。

王九思以寻找童女为借口，欲强抢民女玉娘，混乱中当街打死玉娘父兄二人。张居正散衙回家，在路上恰逢此事。

张居正毅然下令逮捕王九思，救下方老汉的女儿玉娘。但此事激怒隆庆皇帝，指示高拱要将王九思释放，高拱耍滑头，要张居正处置。张感到处处受制，难以施展抱负，遂萌退意。就在他来到午门前准备上书辞官时，冯保出现在他面前，将他痛斥一番，并拿出当年张居正的奏本《陈六事疏》，打消张居正辞官的念头。

张居正迫于无奈，从大牢里放出王九思。此事引起玉娘的极度不满。玉娘自己女扮男装前往王大真人府复仇，反被王九思抓住。

由于孟冲将奴儿花花的小厮客用扮成小太监留在宫内过夜，被太子朱翊钧发现报告给李贵妃。宫内斗争又骤然紧张起来。

为了在内廷斗争中抢占先机，孟冲意欲诬陷李贵妃，深夜将奴儿花花骗出游艺廊，并将她推入御花园水井淹死。

因奴儿花花之死，隆庆皇帝一怒之下，竟一命呜呼。他的死，使宫廷争斗更加白热化。

高拱、冯保与张居正同时被任命为顾命大臣，辅助太子朱翊钧登基。三人临危受命之后，都分头指示自己手下抓捕王九思，谁知王九思早已逃走，三人手下都扑空。

妖道王九思溜出真人府，前往秘密居住地，欲对禁锢在这里的玉娘非礼，王篆适时赶来。抓住王九思救下玉娘。

在高拱等大臣的劝说下，十一岁的太子朱翊钧登上帝位，是为万历皇帝。

新皇上登基后，在两宫太后的主持下，将司礼监掌印太监孟冲撤换，而让冯保接任。中旨传到内阁，高拱雷霆大怒，当即召聚六科言官商议弹劾冯保。

冯保亦想趁机扳倒高拱，听说张居政抓到王九思后，双方都逼着张居正把人交出来。都想借王九思扳倒对方。一时间，复杂而尖锐的斗争在三个人之间展开。

由张居正主持的谳审王九思的大案开始，王九思按冯保事先布置的口供，一口咬定自己是受高拱命令为皇上炼制丹药。张居正即时停审，并跑到天寿山视察隆庆皇帝的陵寝工程。

在天寿山中，张居正见到阔别二十多年的朋友何心隐，两人秉烛夜谈如何拨乱反正，救亡图存。

王纂依冯保之意，赶往天寿山与张居正会面。

王纂向张居正传达冯保之意，希望张居正回京城并合力搬倒高拱。

而在京城，高拱已议定弹劾冯保的奏章，言官们敲响登闻鼓递进奏疏。高拱的心腹大臣魏廷山等害怕冯保与张居正结盟，一齐跪到张大学士府，要求会见称病不出的张居正。

弹劾冯保的奏章送进大内之后，百官等待消息。第二天，新皇上突然取消早朝，而让太监在会极门宣布，撤去高拱首辅职务，即刻出京不得停留。张居正继任首辅职务。

张居正、冯保上任后，李贵妃和陈皇后共同晋升为太后。

就在高拱仓惶出京之际，冯保仍想借王九思一案将高拱致于死地。朝中一些大臣闻讯，纷纷找到张居正替高拱求情。张居正有心保护高拱，却又不能得罪冯保，正在苦想对策时，王篆又来禀报，玉娘一心想皈依佛门，已送往观音庵。

张居正指使王篆给王九思下药，让其变成哑巴，开堂谳审之日，王九思无法指控高拱，一场危机化解，王九思被绑赴刑场斩首。

广西方面，殷正茂剿匪胜利，张居正建议让殷正茂亲来北京献俘。

朝廷局面刚刚好转，但新任户部尚书王国光告诉张居正国库告罄。万般无奈，张居正只好用胡椒苏木折俸解决两京官员的月薪。

在储济仓发放胡椒苏木时，乾清宫太监邱得用的外甥章大郎带头闹事，与户部观政金学曾发生冲突，储济仓大使王菘被章大郎失手打死。

巡城御史王篆按张居正的吩咐，设计逮捕了章大郎。

但胡椒苏木的风波仍在扩大，许多官员有怨气，特别是老国丈李伟和老附马爷许从成两人，更是寻衅闹事，李伟还嚷着要将花园改成菜地以要挟皇上。

邱得用对张居正更是怀恨在心，为了实施报复和营救章大郎，他一面讨好冯保，一面又与寥公公计议，秘密诱拐玉娘。

玉娘被拐入“侍翠楼”青楼，锁在后院。鸨母夏婆为巴结巡警铺档头将二旺，竟把他放在玉娘房间。玉娘拼死抵抗，适逢王篆率兵巡查，侦得此事，再次将玉娘解救。

李太后决定前往昭宁寺燃烧香，武清伯李伟与附马都尉许从成得知消息。一起前往昭宁寺告刁状。引起李太后对张居正胡椒苏木折俸举措的不满。她决定取消皇亲国戚的胡椒苏木折俸，并不同张居正商议而直接发文到通政司。

张居正听说玉娘获救，散衙后到积香庐探望玉娘，冯保派人送信告之李太后的决定，张居正立即找来王国光计议，并连夜赶到紫禁城请求李太后召见。李太后在张居正与王国光的陪同下深夜视察太仓，目睹国库空虚，李太后遂改变了决定，从通政司收回中旨。

平息这场风波后，张居政在平台接受两宫太后的召见，他提出“万历新政”的第一步，在两宫官员中实施京察。

南京工部主事胡自皋走通冯保大管家徐爵的路子，给冯保送上三万两银子的巨额贿金，想谋取淮南盐运使的肥缺，冯保答应帮忙。

而此时，皇上刚颁布京察的诏旨，在两京官员中引起震动。这天夜里，礼部左侍郎王显爵邀吏部左侍郎魏廷山到薰风阁吃饭，本欲商议反对京察的对策。突然，一对玩杂耍的胡狲父子闯入房来，向他们出示高拱从老家送来的密信……

冯保夜里到张居正家拜访，请张居正帮助安排胡自皋两淮盐运使一职。张居正一口答应，然后找王国光做工作。王国光对“贪官受重用”的决定大惑不解，张居正对他讲述此一安排的苦衷及打算。

胡椒苏木折俸导致一些小官员生活窘迫。礼部主事童立本在王显爵的威迫下，生活无着陷入绝境。

张居正为缓解小官员们生活窘境，请京城首富郝一标收购胡椒苏木。

为解决户部财政窘迫的状况，金学曾冒险前往秋魁府挑战蟋蟀王毕愣子，赢得大笔银两。

礼部司务官纪有功在王显爵的唆使下，跑到户部申请用银。张居正恰好来到户部找王国光商量财政问题。

泰山提部杨用成前来户部交纳香税亦有五千两银子的亏空，而他拒不肯说出去向。他对杨用成严加训斥，欲查出亏空钱的去向。

张居正为缓解小官员们生活窘境，请京城首富郝一标收购胡椒苏木。

为解决户部财政窘迫的状况，金学曾冒险前往秋魁府挑战蟋蟀王毕愣子，赢得大笔银两。

礼部司务官纪有功在王显爵的唆使下，跑到户部申请用银。张居正恰好来到户部找王国光商量财政问题。

泰山提部杨用成前来户部交纳香税亦有五千两银子的亏空，而他拒不肯说出去向。他对杨用成严加训斥，欲查出亏空钱的去向。

同时，张居正已知晓金学曾参赌的消息。本欲治罪，但当金学曾说明真相后，张居正反而对他大加赞赏。张居正在户部议事未毕，忽然传来坏消息：户部主事童立本上吊而死。

王显爵欲借童立本上吊事件发动对张居正的围攻，每日前往羊尾巴胡同吊丧的官员络绎不绝。由于吕调阳升任内阁辅臣，空出的礼部尚书一职引起王显爵与张四维两人的觊觎，都在暗地里使劲。

李伟在王显爵的唆使下，前往皇宫找女儿李太后，希望升爵，由武清伯变为武清侯。

张居正在皇上召见时，当着众多部院大臣的面，教小皇上如何抖空竹。

金学曾奉张居正之命，前往礼部查账，却受到王显爵的百般阻拦。王显爵与魏廷山计议，决定为童立本举行盛大的公祭，串连在京官员联名上书皇上，试图废除京察。形势变得对张居正极为不利，但他仍决定亲自参加公祭。

冯保于公祭前一日，召聚东厂番役秘密计议怎样惩治以王显爵为首的闹事官员。

公祭当天早上，张居正的大轿接近羊尾巴胡同时，才知公祭现场发生大火。烧死官员及围观群众数十人。

当天夜里，冯保请得李太后旨意，将魏廷山打入诏狱，而王显爵畏罪自杀。

张居正来到积香庐，玉娘正准备招待张居正吃饭，游七送来魏廷山被打入诏狱的消息，他知道事态严重，当即就抓了一匹马驰回城内寻找冯保。

冯保一直想处死魏廷山，此时已收买北镇抚司堂官林从龙，准备对魏廷山施以酷刑。张居正适时赶到救下魏廷山，但魏廷山并不领他的情。

张居正与冯保因魏廷山一事爆发了激烈的争论，最终张居正还是控制了局势，顺利推荐魏廷山出任山东巡抚。

燕九节上，冯保领着一帮朱衣太监前往白云观烧香。李高闻讯寻到这里来，要冯保帮着在李太后面前说话，给武清伯多拨银子修坟。而太监孙隆亦赶来，告之龙衣织造受阻于工部尚书朱衡。冯保大怒，当夜找来心腹太监，密议惩治朱衡。

是夜风雪交加，太监诈传圣旨，将朱衡骗到午门，差点冻死。朱衡被家人救醒后，让人抬着到内阁来告状，他还未道出事情原委，皇上要调查他的旨意已到，朱衡再次昏死。张居正察觉出这一切都因龙衣制造而引发。于是紧急召见杭州知府莫文隆，询问龙衣织造的漏洞。当他到积香庐再次找莫文隆时，遇殷正茂来为朱衡鸣不平。

中官吴和陷害朱衡的内情被人刺得，冯保为其辩护，张居正对他晓以利害，冯保于是派徐爵前来讨主意。

冯保为保全自己，让东厂手下夜闯吴和私宅，将其毒死。由于张居正的巧妙应对，龙衣织造银由八十万两降到十万两。工部尚书朱衡官升一级致仕，殷正茂接职，这一切，都按张居正的计划进行。

年节中，两宫子粒银欠收，李太后让张居正调查，张居正找来王国光，两人计议，决定派金学曾前往宛平县查勘。李伟、许从成等皇亲得知此事，都纷纷想办法与金学曾作对。

金学曾与宛平县令沈度前往许氏庄园调查子粒田收成，受到许从成的百般凌辱。张居正得知消息后，决定将子粒田的弊政纠正过来，借以推行财税改革。于是，当李太后约他去大隆福寺烧香，他巧妙安排金学曾会见李太后，当面指出子粒田的问题。

李太后听了金学曾的话后深有感触，听张居正关于朝廷赋税的长篇宏论后，她决定采纳张居正的意见，给皇亲国戚的子粒田每亩加征三分税银。

子粒田征税的诏旨下发，皇亲国戚炸了锅，他们恨死了张居正，但碍于李太后与小皇上，他们只得暂忍一时之气。

张居正着手进行税制改革。全国十大税关之一的荆州税关收税倒数第一。张居正又把金学曾派往荆州当巡税御使，金学曾来此，便通过先他而来的沈度摸到了一些收税不易的原因。

荆州知府赵谦视金学曾为心腹之患，两人一见面就铆上劲儿，要斗个你死我活。

清早，税关巡拦段升拦住菜农李狗儿索要欠税，双方引起争执。适逢张居正的父亲张文明路过，混乱之中，张文明被人打伤。知府赵谦欲借此事栽赃金学曾，他指使师爷到牢房见李狗儿和陈大毛，要他们的联名告荆州税关。

金学曾连夜打开牢房，放出陈大毛与李狗儿。

经过与金学曾交谈，陈大毛与李狗儿两人认为金学曾是个好官，甘愿为金学曾服务。

第二天，荆州知府赵谦升堂，接受李狗儿等的状纸。他本以为胜券在握，谁知平地起波澜……

金学曾调查得知，赵谦数年前曾将一千亩本该入官的荒田作人情送给了张文明。经过艰难的抉择，金学曾还是将真相报告给张居正。

这一天，湖广按台周显谟奉张居正之命，前来荆州拆除赵谦为张居正建造的大学士牌楼。

与此同时，许从成的亲信随从卫彪也到了荆州，他此行的目的是刺杀金学曾。

本以为稳操胜券的赵谦突然知道金学曾掌握了他贪墨的证据，于是态度一百八十度大拐弯，欲讨好金学曾，向他说出有人准备加害于他。

在铁女寺内，赵谦被人下毒而死，凶手卫彪趁混乱中逃脱。此事传到京城，舆论大哗。皇上下令严查，但听说此事与许从成有关，又下令停止追查。

六月，蛰居多年的邵大侠忽然应李伟之请来到京城。原来，李伟从蓟辽总督王从古手中接下一桩大买卖，给前线军士赶制二十万套棉衣。李伟想鲸吞这笔制衣费，于是找来邵大侠，让他想办法。

李高领着邵大侠去香山寺玩耍，路上碰到玉娘。李高不认识她，便上前调戏，保护玉娘的护卫与之发生打斗。当李高得知真相后，对张居正更是恨之入骨。

邵大侠到扬州，用计把胡自皋拉下水，批出盐引牟取巨利，再用其中一部份钱为李伟赶制棉衣。

冬天大雪，长城上，因穿上劣质棉衣的士兵被冻死十九人。蓟辽总兵戚继光连夜赶来京城，找到张居正府上告状。

清晨，百官早朝，张居正领着戚继光走到御座跟前告状。朱翊钧手捧劣质棉衣跪在李太后面前，李太后震惊。而李伟害怕担罪，竟弄出假上吊的把戏。

张居正命令开出捕单，到扬州逮捕邵大侠和胡自皋。年岁将尽，邵大侠在漕运衙门大牢中被处死，而胡自皋因有冯保说情免于一死。

春节前，张居正晋见李太后，提出要给武清伯一个惩处，此事令李太后很为难，但出以公心，她还是同意给父亲一个教训。

听说李太后给父亲送来年礼，众皇亲都赶来庆贺，李佛当众打开层层包裹的礼盒，里头躺着的却是一把砌刀。李伟是泥瓦匠出身，太后的意思是要他不可忘本。

春去秋来，万历五年八月，山东巡抚魏廷山来京述职，谈到山东势豪大户侵占土地，隐瞒田数，张居正觉得这是朝廷最大的弊政。因此决定在山东试点清丈土地。正在他要魏廷山给皇上写本陈述清丈土地的理由时，他的故乡荆州方面派人送来急信，他的父亲张文明病死于家中。

张居正立即给皇上写手本，请求回荆州守孝三年。

鉴于朝廷局势，李太后决定让张居正夺情——即留任内阁继续柄政，此举在京城内外引起轩然大波。以李伟、许从成为首的皇亲怂恿一帮年轻官员闹事。

翰林院编修吴中行、赵用贤两人带头上书，反对皇上让张居正夺情。皇上大怒，下令将两人抓进诏狱。张居正闻讯，赶到皇宫为两人说情，皇上不允，他又在街上会见已被抓捕的吴中行与赵用贤——这两人都是他的门生。但今日师生反目，张居正苦劝他们不见效果，一个人孤零零站在街头，流下辛酸泪水。

皇上下旨将吴中行、赵用贤两人押往午门外广场，拷掠示众三天。一时间观者如潮。第二天，雒遵与韩揖再次上疏，其指斥比第一道更为厉害。皇上震怒，决定将四人施行廷杖并逐出京城流徙边疆。京城官员展开大营救，一时间人心惶惶。

张居正派游七打点军爷，以保护即将遭廷杖的四人。

廷杖如期进行，场面血腥。在午门城楼观看的万历皇帝心情畅快，他第一次感到了当皇帝的快感。

夺情风波平息之后，处理完皇上大婚。张居正请假三月回家葬父。路过真定府，知府钱普为其准备了一乘三十二人抬大轿，并肃请道路，将乞丐尽数圈禁。张居正得知消息，让手下放出乞丐。在钱普举行的欢迎酒会上，意外地大谈反腐。

张居正准备严惩给他手下放贿银的真定县知县康立乾。没想到县里老百姓都为他求情。经调查，张居正感叹“好官也不得不行贿”的官场腐败。他回乡途中经过河南新郑县，特地绕道前往高家庄拜访高拱。这一对政敌与旧友重逢，各自感叹人生无常。高拱敏锐指出浙东大捷中的种种疑窦，让张居正感到高拱“人在乡野，心存魏阙”的古大臣之风。他遂密令兵科给事中光懋迅速调查此事。

张居正回到荆州葬父，下葬之日，湖广数百官员尽数前来，张居正深为不满。

葬礼中，何心隐带着数百名学生闯入。何心隐借送一对 虫八 虫夏 为由，对张居正推行的改革进行讥刺。当夜，张居正召来改任湖北学政的金学曾面谈，拟欲整顿全国私立书院。

回到省城武昌后，金学曾说服巡抚陈瑞，将来洪山书院讲学的何心隐秘密逮捕。此事引起轩然大波。面对各种舆论，金学曾在抚台、按台与学台三长官会揖议事中，抚台与按台并不支持他，金学曾一时陷入孤立。

何心隐的信徒数百人围攻学政衙门，金学曾临危不惧，巧妙解围。这时，正在黄河边上的张居正收到金学曾的快报，他立刻回信给抚台陈瑞，力谏“讲学”的危害。陈瑞心领神会，设计将何心隐“瘐死”在狱中。

小皇上大婚之后，由于脱离了张居正的管束，玩心渐炽。这一日听信太监孙海的建议，在大内搞起了集市。

大内集市开张，皇上领着两宫太后一起玩赏。皇上花巨额银子买下倪云林的画作送给陈太后，又在冯保的安排下，吃下一万两银子做出的三菜一汤。

张居正回京前一夜，在京南驿会见光懋。了解到浙东大捷的真相后，又找来吏部尚书王国光，决定撤消所有因此捷而给出的封赏。内阁次辅吕调阳因此气死。

大臣之死，皇上并不伤心。他在孙海的引诱下，深夜来到御花园曲流馆调戏宫女。

曲流馆内，皇上朱翊钧逼宫女迎儿喝酒唱荤曲，迎儿不会，朱翊钧下旨削去她的头发。冯保侦知，带着李太后赶来。见到这幅情景，李太后决心废除万历皇帝，经张居正解劝，方才打消念头，但此事让朱翊钧记恨在心。

残冬腊月，已担任工部左侍郎的金学曾突接乡书，告之母亲辞世。他立即上书请求回家守制。临走前一夜，来京述职的沈度前来探望，故友相见，颇多感慨。而朱翊钧听说金学曾回家守制，却暗自高兴。

朱翊钧总是想方设法从国库调银子自用，张居正屡屡制止，以致引起不快。沈度调查出确凿证据，许从成隐瞒巨额田亩，张居正禀报皇上请求严惩，朱翊钧刻意袒护。张居正一气之下，晕倒在平台。

张居正患病的消息不胫而走，许从成等反对派兴奋异常，朱翊钧一改过去对张居正的尊敬，下令封锁张府，不许任何人进去探视。

在张鲸的唆使下，太医故意给张居正开反药，让张居正的病走越来越厉害。

李太后关心张居正的病情，让朱翊钧请京城名医延治，朱翊阳奉阴违。

春荒时节，许多流民涌来北京乞讨。二柱子等人在乞讨中与军士发生冲突造成死伤。二柱子等人跑到张府门前长跪呼冤。张居正闻讯，让人抬着出来接见群丐。听完他们的申诉后，张居正决心晋见皇上。他动弹不得，便躺在担架上进了皇宫。

朱翊钧听说张居正来见，大惊失色。他答应张居正一定要惩治贪官。张居正在他面前再次吐血昏晕死。三天后，张居正永远离开了人间。

朱翊钧紧急找来张鲸磋商，张鲸劝皇上痛下决心，将冯保逐出京城。朱翊钧秘密会见许从成、李高等皇亲，商定驱逐冯保的大计。

皇太子出生，两宫太后忙着庆典。冯保请来江南戏班子入大内演出。同一天夜里，李高带着朱翊钧密旨调京管兵士入城，将冯保的死党一一捉拿。当大内演剧结束，冯保回到家中，张鲸带着兵士包围了他的家。

冯保知道大势已去，遂招拢家丁，弹奏了一曲凄婉的《四时乐》，然后碎琴随官兵而去。

张鲸主持冯保的抄家。当朱翊钧看到巨额的抄没清单，认为张居正必定比冯保的财产更多，便决定派大臣前往荆州抄家，结果事与愿违。但朱翊钧一意孤行，将张居正柄政期间惩处过的官员尽行复职升官，而张居正提拔的“循吏”尽行贬谪，并剥夺了朝廷给予张居正的所有封赠。