一列火车载着上海孤儿驶向内蒙古草原。 多兰为养一个上海孤儿用丈夫哈达心爱的雪花马换了两头奶牛，这使哈达愤怒不已。他把两头奶牛送回去，想要回雪花马，可是牧人扎那不给，于是他们动起了刀子。

正当人们谈论如何领养这些孤儿时，多兰的前夫--失踪多年的苏和从蒙古国刑满释放回来了，这使艾敏郭勒草原，尤其是多兰一家又多了一件无法平静的事。

没有奶牛，不能领养孤儿，可多兰的小女儿被死神带走了，现在她只想养一个小姑娘。于是她卖掉家里所有的羊毛和皮张，甚至卖掉她额吉的头饰，终于买了一头奶牛。 苏和无法要回他多年前的妻子多兰，怀着满腔的悲伤想离开草原。多兰得知消息后，追上苏和，劝留他不要离开养育他的故乡到处流浪。 孤儿梅子的妹妹病死了。 就在孤儿们围着梅子用幼小的心灵宽慰她的时候，一个个草原母亲张开双臂向他们走来……

大多数的孤儿们都有阿爸阿妈了，可是雨生等几个孩子因为不想分开，执意要去一户人家或者留在保育院。 多兰领走了遥遥，可是遥遥哭喊着要把留在保育院的哥哥姐姐们都带回家，这着实难为了多兰一家。尤其哈达坚决不同意再把遥遥的哥哥们接回来，可是多兰还是把雨生和志强接回来了。哈达为此抡起皮绳抽打多兰。

老奶奶带着孩子们去了艾敏河畔，让他们品尝了第一口艾敏河的水，并告诉他们从此以后你们就是艾敏郭勒草原的孩子了。可是原来就不想走进牧民毡包的雨生，不仅倔强地拒绝必力格这个名字还拒绝这个家。政府知道多兰领养了三个孩子，担心她养不好，并要求大队把孩子要回来分给其他牧民。这虽然合了哈达的心意，可是多兰不同意，经过一场激烈的冲突，哈达离开了家。

一心想要回上海的雨生(必力格)终于找到了机会，带着志强(额尔屯)逃走了，可等待他们的是一场暴风雨。 牧民在雨里终于找到了孩子们。伤心的多兰第一次打了必力格和额尔屯一顿，可挨打后的必力格和额尔屯的心是温暖的。就像走丢的小马驹，必力格还没有完全找到归途的时候，老奶奶那苍凉、悠远的劝歌超度了他幼小固执的心灵，使他在那轮绚丽的夕阳中第一次忘记了自己是孤儿，扑入了多兰的怀抱。

必力格的心真正进入蒙古包后，多兰一家过上了一段安静日子。可是苏和一直想知道多兰的孩子巴特尔是否是自己的儿子，这使多兰陷入新的困境。当他们真正站到一起的时候，不只是孩子的问题，还有多年的恩怨也一起折磨着他们。

赌气走的哈达回来了，他给家里带来祥和的气氛也酝酿了新的矛盾…… 孩子在儿戏般的打架中，说出巴特尔是苏和的儿子，这却引来哈达和苏和的激烈冲突。 其其格腿疼的走不了路了，桑杰喇嘛也治不了，这又给多兰家罩上一层不祥的阴影。

旗医院说，其其格的腿病的很重，弄不好要截肢。多兰要去更大的医院想保住女儿的腿，可是手头紧，四处借了钱还是不够。这时哈达为了治好女儿的病，把他心爱的雪花马卖了。当哈达孤零零地背着马鞍回来的时候，多兰再也无法控制她的眼泪……

当多兰费尽周折治好女儿的病回来的时候，她的额吉--奶奶却永远的告别了艾敏郭勒草原。 生生不息的草原迎来了新的生命，也送走了年迈的奶奶。年复一年，孩子们长大了，可文化大革命来了。苏和由于去过蒙古国成了批斗对象，他逃走了却把灾难留给了其它人。尤其是多兰，不幸的日子又开始了……

一场运动把一切都推向了白热化。必力格和知青红雨朦胧的初恋也分道扬镳了。额尔屯几乎全身心投入到革命中，也和家人产生了强烈的磨擦。 多兰因为过多的照顾了苏和可怜的女儿托雅，也正走向黑暗……

多兰因为送托雅去医院看病成了专政对象，喂起了生产队的病牛。这使额尔屯的"革命精神"受到了阻力被赶出了会场。 必力格为了母亲多兰到大队部进行争辩，但他毕竟还是孩子，力单势薄无济于事。 额尔屯和家里划清界线搬到了大队部。面对不幸的一切，必力格无奈只盼望他阿爸早日找到马群回到家里，拯救被这场暴风雪吹散的家。

哈达回来。他闯进大队部让他们把多兰放了，让儿子额尔屯回家，可他被打断了肋骨。 愤怒的必力格四处告发，终于找到了正义，也找回了他额吉多兰自由的权力。但是额尔屯无颜回家，当然必力格也不愿让他走进这个家门。

苏和冻死了，一个牧人在旷野中看到了他冻僵的尸体。可苏和连巴特尔是他的儿子都不知道，多兰不能把真相永远的隐瞒下去，于是她把一切告诉了她的儿子巴特尔…… 放牧的哈达在雪野上遇到逃跑的知青，他善意的帮助了他，可却被追来的民兵开枪打死了…… "没有刮不完的风"，文化大革命终于过去了。一枯一荣岁月更替，艾敏郭勒草原也迎来了二十年后的又一个冬天。 那年，离家出走的额尔屯又回到了艾敏郭勒草原，可他不敢回家见他日夜思念的额吉。多兰不知道儿子回来了，更不知道其其格的亲生母亲也从上海找来了……

必力格认为哈达是被额尔屯打死的，他决不能让杀父之弟回到家里，甚至不认为额尔屯是他弟。但多兰还是劝必力格出去找找额尔屯，她认为孩子们都是心头上的肉。 上海母亲想带走其其格，遭到了其其格的拒绝。可是做为女人，多兰理解上海母亲的心情，她答应上海母亲和女儿其其格说说。

必力格在野外打了额尔屯，并警告他不许进家门。可是额尔屯还是回到家，见到母亲并跪倒在地，必力格无法控制怒火，猛地抽出蒙古刀…… 其其格最终还是在多兰的劝说下离开了草原，踏上了去上海的路，当勒勒车缓缓地离开时，她撕心裂肺地哭喊着阿妈，再次扑到多兰的怀抱…… "有来的也有走的"，此时捡着牛粪的额吉多兰的内心深处究竟在想着什么呢？ 茫茫的草原，养育了三千个上海孤儿，额吉和孤儿用真情谱写无数首生命与爱的圣歌。当捡着牛粪的额吉多兰渐渐隐去的时候，但愿这条《静静的艾敏河》流淌到我们每个人的心中……。