高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
柯南和伙伴们去美术馆时捡到了一张画有奇怪符号的纸,大家自行成立少年侦探团去调查这些暗号,按照符号的指示先到达东京塔,在周围展开侦查
却一无所获,休息的时候步美的新发现为柯南找到破解暗号的出口,大家一路寻找从东京铁塔到南部水族馆的标记,然而,事情并非那样顺利,柯南
能破解暗号吗?暗中跟踪少年侦探团的黑衣人又是谁?