高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
原来这个叫叶才三的人,就是二十年前「四亿元强盗杀人案」的主谋,鲛崎和小武郎急忙赶到叶才三所在的101号房却发现屋内空无一人,反而吵醒
了睡在隔壁的服部,之后,大家找遍交响乐号也没有发现叶才三的身影,如果挨过今晚,法律将不再追诉他们二十年前所犯下的罪行,叶才三和他的
同伙也将恢复自由之身。十二点之后,甲板上传出枪声旗子也被人点燃,柯南发现了一张写有奇怪语句的纸钞,这时,船尾发生爆炸,而在这熊熊大
火之中,隐约可见一具尸体。