高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇
到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已
变成了小孩儿的模样。
从火灾现场逃出来的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗,想要杀害馆长的三人却反被杀害,而初穗承认自己失手将想要对馆长下手的姐姐杀死,看到现场遗留的物品后柯南有了线索,这并不是一起单纯的正当防卫,在这个事件的背后还隐藏着不为人知的真相,隐藏在能面背后的真正凶手到底是谁?